Changeset 1816


Ignore:
Timestamp:
Jan 31, 2013, 1:06:21 PM (7 years ago)
Author:
Nicklas Nordborg
Message:

References #424: Select RNA items for library preparation

Added support for setting comments per well.

Location:
extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422
Files:
1 added
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422/resources/libprep/plate.js

    r1814 r1816  
    322322  cp.well = this;
    323323  cp.name = this.extract ? this.extract.name : null;
     324  cp.comment = this.extract ? this.extract.comment : null;
    324325  this.clipboard = true;
    325326  this.copyText = cp.name;
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422/resources/libprep/select_rna.jsp

    r1814 r1816  
    213213        well.setError('RNA not found');
    214214      }
     215      if (rna.comment)
     216      {
     217        text += '<div class="comment">'+Main.encodeTags(rna.comment)+'</div>';
     218      }
    215219    }
    216220    else if (well.copyText)
     
    436440      }
    437441      well.extract.qc = newQc;
     442      well.extract.comment = 'Toggle QC';
    438443      count++;
    439444    }
     
    576581    {
    577582      rna = Rna.createByName(cp.name);
     583      rna.comment = cp.comment;
    578584    }
    579585    else
     
    618624  wells[0].setExtract(rna1);
    619625  wells[1].setExtract(rna0);
     626  Plate.paint(wells);
     627}
     628
     629// Set a comment on the selected wells
     630function commentSelected(comment)
     631{
     632  var wells = Plate.getSelected();
     633 
     634  if (comment == undefined)
     635  {
     636    if (wells.length == 0)
     637    {
     638      alert('No wells have been selected');
     639      return;
     640    }
     641   
     642    var count = 0;
     643    for (var i = 0; i < wells.length; i++)
     644    {
     645      var well = wells[i];
     646      if (well.extract)
     647      {
     648        count++;
     649        if (well.extract.comment) comment = well.extract.comment;
     650      }
     651    }
     652   
     653    if (count == 0)
     654    {
     655      alert('None of the selected wells contain any RNA');
     656      return;
     657    }
     658
     659    comment = prompt('Comment', comment || '');
     660    if (comment == null) return;
     661  }
     662 
     663  if (comment == '') comment = null;
     664  for (var i = 0; i < wells.length; i++)
     665  {
     666    var well = wells[i];
     667    if (well.extract) well.extract.comment = comment;
     668  }
    620669  Plate.paint(wells);
    621670}
     
    10821131  {
    10831132    var well = wells[i];
     1133    var rna = well.extract;
    10841134    if (well.hasWarning())
    10851135    {
     
    10921142    else
    10931143    {
    1094       if (well.extract && well.extract.id)
     1144      if (rna && rna.id)
    10951145      {
    10961146        var tmp = {};
     
    10981148        tmp.column = well.column;
    10991149        tmp.rna = {};
    1100         tmp.rna.id = well.extract.id;
    1101         tmp.rna.usedQuantity = well.extract.qc ? QUANTITY_QC : QUANTITY_REGULAR;
     1150        tmp.rna.id = rna.id;
     1151        tmp.rna.usedQuantity = rna.qc ? QUANTITY_QC : QUANTITY_REGULAR;
     1152        tmp.rna.comment = rna.comment;
    11021153        plateInfo.wells[plateInfo.wells.length] = tmp;
    11031154        numRna++;
    1104         if (well.extract.stratagene) numStratagene++;
    1105         if (well.extract.external) numExternal++;
     1155        if (rna.stratagene) numStratagene++;
     1156        if (rna.external) numExternal++;
    11061157      }
    11071158    }
     
    12531304  display: none;
    12541305}
    1255 
    12561306.volume
    12571307{
     
    12611311{
    12621312  color: #0000C8;
     1313}
     1314.comment
     1315{
     1316  font-style: italic;
    12631317}
    12641318#iconSpecialSelect
     
    13561410    style="display: none; font-weight: normal; text-align: left;">
    13571411    <m:menuitem
     1412      title="Comments&hellip;"
     1413      icon="<%=home+"/images/comment.png"%>"
     1414      onclick="commentSelected()"
     1415      tooltip="Add a comment to the selected wells"
     1416    />
     1417    <m:menuseparator />
     1418    <m:menuitem
    13581419      title="Cut&hellip;"
    13591420      icon="<%=home+"/images/cut.png"%>"
     
    14871548          onclick="toggleQc()"
    14881549          tooltip="Select/deselect RNA for QC"
     1550        />
     1551        <tbl:button
     1552          title="Comments&hellip;"
     1553          image="<%=home+"/images/comment.png"%>"
     1554          onclick="commentSelected()"
     1555          tooltip="Add a comment to the selected wells"
    14891556        />
    14901557        <tbl:button
  • extensions/net.sf.basedb.reggie/branches/ticket-422/src/net/sf/basedb/reggie/servlet/MRnaServlet.java

    r1807 r1816  
    251251         
    252252          r.setAnnotation("rna", rna.asJSONObject());
     253          r.setAnnotation("comment", r.getItem().getDescription());
    253254          jsonMRna.add(r.asJSONObject());
    254255         
     
    366367          Extract mRna = Extract.getNew(dc, destPlate);
    367368          mRna.setItemSubtype(mRnaType);
     369          mRna.setDescription((String)jsonRna.get("comment"));
    368370         
    369371          int childNum;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.