Changeset 4541


Ignore:
Timestamp:
Jan 30, 2014, 4:30:57 PM (5 years ago)
Author:
fredrik
Message:

Refs #822. Taking care of 'pm' and 'id' annotations for the aa elements in X!Tandem output.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/plugin/src/org/proteios/plugins/TandemImportPlugin.java

    r4523 r4541  
    460460                        if (inputFile.toUpperCase().endsWith("MGF"))
    461461                        {
    462                                 pmh.inputMGF=true;
     462                                pmh.inputMGF = true;
    463463                        }
    464464                        else if (inputFile.toUpperCase().endsWith("MZML"))
    465465                        {
    466                                 pmh.inputMzML=true;
     466                                pmh.inputMzML = true;
    467467                        }
    468468                        pmh.progress = progress;
     
    856856                private List<String> protein_uids = new ArrayList<String>();
    857857                private String param_name;
    858                 private Map<Integer,String> spectrumIdMap = new HashMap<Integer,String>();
     858                private Map<Integer, String> spectrumIdMap = new HashMap<Integer, String>();
    859859                String inputSpectrumFileName = null;
    860860                boolean inputMGF = false;
     
    974974                                        .getIndex("modified")) + "@" + attrs.getValue(
    975975                                        attrs.getIndex("type")).charAt(0) + "" + pos;
     976                                if (attrs.getIndex("pm") != -1)
     977                                {
     978                                        String id = attrs.getValue(attrs.getIndex("id"));
     979                                        modifiedAminoAcid += "(" + attrs.getValue(attrs
     980                                                .getIndex("type")) + ">" + attrs.getValue(attrs
     981                                                .getIndex("pm")) + "_" + id + ")";
     982                                }
    976983                                log.debug("Sequence:" + current_peptide.getDescription() + " current_start:" + current_start + " pos:" + pos + " mod:" + modifiedAminoAcid);
    977984                                current_peptide
     
    10381045                                        {
    10391046                                                String spectrumID = buffer.toString();
    1040                                                 // Sometimes the MGF title has been merged with RT, and needs to be split
     1047                                                // Sometimes the MGF title has been merged with RT, and
     1048                                                // needs to be split
    10411049                                                if (inputMGF && spectrumID.contains("RTINSECONDS"))
    10421050                                                {
    1043                                                         spectrumID = spectrumID.substring(0,spectrumID.indexOf("RTINSECO")-1);
     1051                                                        spectrumID = spectrumID.substring(0,
     1052                                                                spectrumID.indexOf("RTINSECO") - 1);
    10441053                                                }
    1045                                                 spectrumIdMap.put(new Integer(current_spectrum_id), spectrumID);
     1054                                                spectrumIdMap.put(new Integer(current_spectrum_id),
     1055                                                        spectrumID);
    10461056                                        }
    10471057                                }
     
    10641074                        {
    10651075                                if (inputMGF || inputMzML)
    1066                                 for (AHit pep : peptide_results)
    1067                                 {
    1068                                         if (spectrumIdMap.containsKey(pep.getSpectrumId()))
    1069                                         {
    1070                                                 pep.setSpectrumStringId(spectrumIdMap.get(pep.getSpectrumId()));
    1071                                         }
    1072                                 }
     1076                                        for (AHit pep : peptide_results)
     1077                                        {
     1078                                                if (spectrumIdMap.containsKey(pep.getSpectrumId()))
     1079                                                {
     1080                                                        pep.setSpectrumStringId(spectrumIdMap.get(pep
     1081                                                                .getSpectrumId()));
     1082                                                }
     1083                                        }
    10731084
    10741085                                if (progress != null)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.