Changeset 4541


Ignore:
Timestamp:
Jan 30, 2014, 4:30:57 PM (5 years ago)
Author:
Fredrik Levander
Message:

Refs #822. Taking care of 'pm' and 'id' annotations for the aa elements in X!Tandem output.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/plugin/src/org/proteios/plugins/TandemImportPlugin.java

    r4523 r4541  
    460460      if (inputFile.toUpperCase().endsWith("MGF"))
    461461      {
    462         pmh.inputMGF=true;
     462        pmh.inputMGF = true;
    463463      }
    464464      else if (inputFile.toUpperCase().endsWith("MZML"))
    465465      {
    466         pmh.inputMzML=true;
     466        pmh.inputMzML = true;
    467467      }
    468468      pmh.progress = progress;
     
    856856    private List<String> protein_uids = new ArrayList<String>();
    857857    private String param_name;
    858     private Map<Integer,String> spectrumIdMap = new HashMap<Integer,String>();
     858    private Map<Integer, String> spectrumIdMap = new HashMap<Integer, String>();
    859859    String inputSpectrumFileName = null;
    860860    boolean inputMGF = false;
     
    974974          .getIndex("modified")) + "@" + attrs.getValue(
    975975          attrs.getIndex("type")).charAt(0) + "" + pos;
     976        if (attrs.getIndex("pm") != -1)
     977        {
     978          String id = attrs.getValue(attrs.getIndex("id"));
     979          modifiedAminoAcid += "(" + attrs.getValue(attrs
     980            .getIndex("type")) + ">" + attrs.getValue(attrs
     981            .getIndex("pm")) + "_" + id + ")";
     982        }
    976983        log.debug("Sequence:" + current_peptide.getDescription() + " current_start:" + current_start + " pos:" + pos + " mod:" + modifiedAminoAcid);
    977984        current_peptide
     
    10381045          {
    10391046            String spectrumID = buffer.toString();
    1040             // Sometimes the MGF title has been merged with RT, and needs to be split
     1047            // Sometimes the MGF title has been merged with RT, and
     1048            // needs to be split
    10411049            if (inputMGF && spectrumID.contains("RTINSECONDS"))
    10421050            {
    1043               spectrumID = spectrumID.substring(0,spectrumID.indexOf("RTINSECO")-1);
     1051              spectrumID = spectrumID.substring(0,
     1052                spectrumID.indexOf("RTINSECO") - 1);
    10441053            }
    1045             spectrumIdMap.put(new Integer(current_spectrum_id), spectrumID);
     1054            spectrumIdMap.put(new Integer(current_spectrum_id),
     1055              spectrumID);
    10461056          }
    10471057        }
     
    10641074      {
    10651075        if (inputMGF || inputMzML)
    1066         for (AHit pep : peptide_results)
    1067         {
    1068           if (spectrumIdMap.containsKey(pep.getSpectrumId()))
    1069           {
    1070             pep.setSpectrumStringId(spectrumIdMap.get(pep.getSpectrumId()));
    1071           }
    1072         }
     1076          for (AHit pep : peptide_results)
     1077          {
     1078            if (spectrumIdMap.containsKey(pep.getSpectrumId()))
     1079            {
     1080              pep.setSpectrumStringId(spectrumIdMap.get(pep
     1081                .getSpectrumId()));
     1082            }
     1083          }
    10731084
    10741085        if (progress != null)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.