source: branches/2.4-stable/config/dist/mysql-migration-queries.sql @ 3709

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References #744: Make it possible to resume the migration program in case of a failure

It should now be possible to resume the migration if there is a failure during raw data transfer.

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Line 
1/*
2   $Id: mysql-migration-queries.sql 2973 2006-11-29 09:24:26Z nicklas $
3
4  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
10   modify it under the terms of the GNU General Public License
11   as published by the Free Software Foundation; either version 2
12   of the License, or (at your option) any later version.
13
14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17   GNU General Public License for more details.
18
19   You should have received a copy of the GNU General Public License
20   along with this program; if not, write to the Free Software
21   Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
22   Boston, MA  02111-1307, USA.
23
24   ----------
25
26   This file contains all statements used in the migration.
27   All statements are defined by a
28
29   \/* statementId *\/
30   SELECT .... FROM ... WHERE... ;
31
32   There is no fancy selection method so make sure that the stsatementId
33   is written exactly as above, excluding the '\' ofcourse, no Extra whitespaces are allowed.
34   In migrate.properties you specify which queryStatementFile to use.
35   
36   Use this one if your base 1.2.* installation is on a MySQL database.
37
38   @author Gregory
39
40*/
41
42/* UserGroup
43+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
44| Field      | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
45+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
46| id         | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
47| name       | varchar(30) | YES  | MUL | NULL       |                |
48| descr      | text        |      |     |            |                |
49| owner      | int(11)     |      |     | 0          |                |
50| addedDate  | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
51| removed    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
52| accessMask | int(11)     |      |     | 0          |                |
53| isAccount  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
54| byteQuota  | double      | YES  |     | NULL       |                |
55| usedQuota  | double      | YES  |     | NULL       |                |
56+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
57
58/* countUsers */
59SELECT count(*) FROM `UserGroup` WHERE `isAccount` = 1;
60
61
62/* selectUsers */
63SELECT  `id`,
64  `name`,
65  `realName`,
66  `address`,
67  `descr`,
68  `email`,
69  `fax`,
70  `md5pass`,
71  `phone`,
72  `removed`,
73  `byteQuota`,
74  `activeUntil`,
75  `accessMask`
76FROM  `UserGroup`,
77  `UserAccount` 
78WHERE   `isAccount` = 1
79AND   `UserGroup`.`id` = `UserAccount`.`userGroup`
80ORDER BY `id`
81LIMIT   ?,?;
82
83
84/* selectGroupPrivileges */
85SELECT `g`.`child`, `u`.`accessMask` as mask
86FROM  `UserGroup` u,
87  `UserGroupParent` g
88WHERE   `u`.`id` = `g`.`parent`;
89
90
91/* countGroups */
92SELECT count(*) FROM `UserGroup` WHERE `isAccount` = 0;
93
94/* selectGroups */
95SELECT `id`, `name`, `descr`, `removed`, `accessMask`, `byteQuota`
96FROM `UserGroup`
97WHERE `isAccount` = 0
98ORDER BY `id`;
99
100
101
102/* UserGroupParent;
103+------------+------------+------+-----+---------+-------+
104| Field      | Type       | Null | Key | Default | Extra |
105+------------+------------+------+-----+---------+-------+
106| child      | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
107| parent     | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
108| isReviewer | tinyint(1) |      |     | 0       |       |
109+------------+------------+------+-----+---------+-------+*/
110
111/* selectUsersByGroup */
112SELECT `child` FROM `UserGroupParent` WHERE `parent` = ?;
113
114 
115
116/* SampleAnnotation
117+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
118| Field          | Type    | Null | Key | Default | Extra |
119+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
120| sample         | int(11) |      | PRI | 0       |       |
121| annotationType | int(11) |      | PRI | 0       |       |
122| annotation     | text    |      |     |         |       |
123+----------------+---------+------+-----+---------+-------+*/
124
125/* selectSampleAnnotations */
126SELECT  `sample`, `annotationType`, `annotation`
127FROM `SampleAnnotation`
128ORDER BY `sample`, `annotationType`
129LIMIT ?,?;
130
131
132/* countSampleAnnotations */
133SELECT count(*) FROM `SampleAnnotation`;
134
135
136
137/* SampleAnnotationType
138+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+
139| Field        | Type                  | Null | Key | Default    | Extra          |
140+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+
141| id           | int(11)               |      | PRI | NULL       | auto_increment |
142| name         | varchar(80)           |      | MUL |            |                |
143| valueType    | enum('i','f','t','e') |      |     | i          |                |
144| options      | text                  |      |     |            |                |
145| defaultValue | text                  |      |     |            |                |
146| descr        | text                  |      |     |            |                |
147| owner        | int(11)               |      |     | 0          |                |
148| addedDate    | date                  |      |     | 0000-00-00 |                |
149| removed      | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
150| gid          | int(11)               |      |     | 0          |                |
151| groupAccess  | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
152| worldAccess  | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
153+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+ */
154
155/* countSampleAnnotationTypes */
156SELECT count(*) FROM `SampleAnnotationType`;
157
158
159/* selectSampleAnnotationTypes */
160SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
161  `valueType`,
162  `options`,
163  `defaultValue`
164FROM SampleAnnotationType
165ORDER BY `id`;
166
167
168/* ArrayBatch
169+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
170| Field          | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
171+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
172| id             | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
173| arrayType      | int(11)      |      | MUL | 0                   |                |
174| descr          | text         |      |     |                     |                |
175| printStartDate | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
176| printEndDate   | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
177| owner          | int(11)      |      |     | 0                   |                |
178| name           | varchar(80)  |      | MUL |                     |                |
179| addedDate      | date         |      |     | 0000-00-00          |                |
180| surfaceType    | varchar(255) |      |     |                     |                |
181| protocol       | int(11)      |      |     | 0                   |                |
182| notes          | text         |      |     |                     |                |
183| removed        | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
184| gid            | int(11)      |      |     | 0                   |                |
185| groupAccess    | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
186| worldAccess    | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
187+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
188
189/* countArrayBatches */
190SELECT count(*) FROM ArrayBatch;
191
192
193/* selectArrayBatches */
194SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
195  `arrayType`,
196  `printStartDate`,
197  `printEndDate`,
198  `surfaceType`,
199  `protocol`,
200  `notes`
201FROM  `ArrayBatch`
202ORDER BY `id`
203LIMIT   ?,?;
204
205
206
207/* ArrayBlock
208+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+
209| Field           | Type        | Null | Key | Default | Extra |
210+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+
211| arrayType       | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
212| blockNum        | smallint(6) |      | PRI | 0       |       |
213| xOrigin         | float       |      |     | 0       |       |
214| yOrigin         | float       |      |     | 0       |       |
215| featureDiameter | float       |      |     | 0       |       |
216| xFeatures       | float       |      |     | 0       |       |
217| xSpacing        | float       |      |     | 0       |       |
218| yFeatures       | float       |      |     | 0       |       |
219| ySpacing        | float       |      |     | 0       |       |
220| metaRow         | smallint(6) |      |     | 0       |       |
221| metaColumn      | smallint(6) |      |     | 0       |       |
222+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+ */
223
224/* selectArrayBlocksByArrayType */
225SELECT  `arrayType`,
226  `blockNum`,
227  `xOrigin`,
228  `yOrigin`,
229  `featureDiameter`,
230  `xFeatures`,
231  `xSpacing`,
232  `yFeatures`,
233  `ySpacing`,
234  `metaRow`,
235  `metaColumn`
236FROM  `ArrayBlock`
237WHERE   `arrayType` = ?
238ORDER BY `blockNum`
239LIMIT   ?,?;
240
241
242/* Feature
243+-----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
244| Field     | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
245+-----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
246| id        | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
247| arrayType | int(11)      |      | MUL | 0       |                |
248| block     | smallint(6)  |      |     | 0       |                |
249| x         | smallint(6)  |      |     | 0       |                |
250| y         | smallint(6)  |      |     | 0       |                |
251| position  | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
252| reporter  | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
253| well      | int(11)      | YES  |     | NULL    |                |
254+-----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
255
256Well
257+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+
258| Field           | Type                               | Null | Key | Default | Extra          |
259+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+
260| id              | int(11)                            |      | PRI | NULL    | auto_increment |
261| parent          | int(11)                            |      |     | 0       |                |
262| plate           | mediumint(9)                       |      | MUL | 0       |                |
263| x               | smallint(6)                        |      |     | 0       |                |
264| y               | smallint(6)                        |      |     | 0       |                |
265| probe           | int(11)                            |      | MUL | 0       |                |
266| seqVerified     | enum('','good','bad','failed')     |      |     |         |                |
267| bands           | enum('','good','missing','double') |      |     |         |                |
268| bacterialGrowth | enum('','yes','no')                |      |     |         |                |
269| comment         | text                               |      |     |         |                |
270+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+*/
271
272/* countFeatures */
273SELECT count(*) FROM `Feature`;
274
275
276/* selectFeaturesByArrayTypeAndBlock */
277SELECT  `f`.`id`,
278  `f`.`arrayType`,
279  `f`.`block`,
280  `f`.`x` as fx,
281  `f`.`y` as fy,
282  `f`.`position`,
283  `f`.`reporter`,
284  `f`.`well`,
285  `w`.`plate`,
286  `w`.`x`,
287  `w`.`y`
288FROM  `Feature` f LEFT JOIN `Well` w ON `f`.`well` = `w`.`id`
289WHERE   `arrayType` = ?
290AND   `block` = ?
291ORDER BY `f`.`id`
292LIMIT ?,?;
293
294       
295
296
297/* ArraySlide
298+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
299| Field         | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
300+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
301| id            | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
302| batch         | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
303| orderNumber   | smallint(6) |      |     | 0          |                |
304| name          | varchar(80) | YES  | MUL | NULL       |                |
305| destroyed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
306| hybridization | int(11)     | YES  | MUL | NULL       |                |
307| descr         | text        |      |     |            |                |
308| owner         | int(11)     |      |     | 0          |                |
309| addedDate     | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
310| removed       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
311| gid           | int(11)     |      |     | 0          |                |
312| groupAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
313| worldAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
314+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
315
316/* countArraySlides */
317SELECT count(*) FROM `ArraySlide`;
318
319/* selectArraySlides */
320SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
321  `batch`,
322  `orderNumber`
323FROM `ArraySlide`
324ORDER BY `id`;
325
326
327
328
329
330/* ArrayTypePlate
331+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+
332| Field     | Type        | Null | Key | Default | Extra |
333+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+
334| arrayType | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
335| plate     | int(11)     |      |     | 0       |       |
336| position  | smallint(6) |      | PRI | 0       |       |
337+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+*/
338
339/* selectArrayTypePlates */
340SELECT `arrayType`,
341  `plate`,
342  `position`
343FROM  `ArrayTypePlate`
344WHERE   `arrayType` = ?
345ORDER BY `position`;
346
347
348
349
350/* ArrayType
351+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
352| Field         | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
353+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
354| id            | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
355| owner         | int(11)      |      |     | 0          |                |
356| name          | varchar(80)  |      | MUL |            |                |
357| platform      | varchar(255) |      |     |            |                |
358| protocol      | int(11)      |      |     | 0          |                |
359| descr         | text         |      |     |            |                |
360| addedDate     | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
361| printed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
362| printMapName  | varchar(255) |      |     |            |                |
363| removed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
364| gid           | int(11)      |      |     | 0          |                |
365| groupAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
366| worldAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
367| featureLock   | smallint(6)  |      |     | 0          |                |
368| featureCount  | int(11)      |      |     | 0          |                |
369| blankFeatures | int(11)      |      |     | 0          |                |
370+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
371
372/* countArrayTypes */
373SELECT count(*) FROM `ArrayType`;
374
375/* selectArrayTypes */
376SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
377  `platform`,
378  `protocol`,
379  `printed`,
380  `printMapName`,
381  `featureLock`,
382  `featureCount`,
383  `blankFeatures`
384FROM  `ArrayType`
385ORDER BY `id`
386LIMIT ?,?;
387
388
389
390
391/* Experiment
392+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
393| Field             | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
394+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
395| id                | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
396| name              | varchar(80)  |      |     |            |                |
397| descr             | text         |      |     |            |                |
398| owner             | int(11)      |      |     | 0          |                |
399| addedDate         | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
400| authors           | text         |      |     |            |                |
401| affiliations      | text         |      |     |            |                |
402| experimentType    | varchar(255) |      |     |            |                |
403| experimentDesign  | text         |      |     |            |                |
404| publication       | text         |      |     |            |                |
405| abstract          | text         |      |     |            |                |
406| pubMedId          | varchar(80)  |      |     |            |                |
407| publicationDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
408| removed           | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
409| gid               | int(11)      |      |     | 0          |                |
410| groupAccess       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
411| worldAccess       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
412| channels          | tinyint(4)   |      |     | 2          |                |
413| hasMageml         | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
414| extraColumnTables | int(11)      |      |     | 0          |                |
415| diskUsage         | bigint(20)   |      |     | 0          |                |
416+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
417
418/* countExperiments */
419SELECT count(*) FROM `Experiment`;
420
421
422/* selectExperiments */
423SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
424  `authors`,
425  `affiliations`,
426  `experimentType`,
427  `experimentDesign`,
428  `publication`,
429  `abstract`,
430  `pubMedId`,
431  `publicationDate`,
432  `channels`,
433  `hasMageml`,
434  `extraColumnTables`,
435  `diskUsage`
436FROM  `Experiment`
437ORDER BY `id`;
438
439
440
441
442/* ExperimentRawBioAssay;
443+-------------+---------+------+-----+---------+-------+
444| Field       | Type    | Null | Key | Default | Extra |
445+-------------+---------+------+-----+---------+-------+
446| experiment  | int(11) |      | PRI | 0       |       |
447| rawBioAssay | int(11) |      | PRI | 0       |       |
448+-------------+---------+------+-----+---------+-------+*/
449
450/* selectRawBioAssayByExperiment */
451SELECT  `rawBioAssay`
452FROM  `ExperimentRawBioAssay`
453WHERE   `experiment` = ?;
454
455
456
457/* Extract
458+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
459| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
460+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
461| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
462| protocol       | int(11)     |      |     | 0          |                |
463| extractionDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
464| sample         | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
465| name           | varchar(80) |      | MUL |            |                |
466| descr          | text        |      |     |            |                |
467| quantity       | float       |      |     | 0          |                |
468| quantityLeft   | float       | YES  |     | NULL       |                |
469| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
470| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
471| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
472| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
473| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
474| worldAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
475+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
476
477/* countExtracts */
478SELECT count(*) FROM `Extract`;
479
480
481/* selectExtracts */
482SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
483  `extractionDate`,
484  `quantity`,
485  `protocol`,
486  `sample`
487FROM  `Extract`
488ORDER BY `id`;
489
490
491
492
493
494/* Hardware
495+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
496| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
497+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
498| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
499| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
500| descr       | text        |      |     |            |                |
501| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
502| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
503| version     | varchar(80) |      |     |            |                |
504| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
505| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
506| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
507| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
508+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
509
510/* countHardware */
511SELECT count(*) FROM `Hardware`;
512
513/* selectHardware */
514SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
515  `version`
516FROM `Hardware`
517ORDER BY `id`;
518
519
520
521/* Hybridization
522+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
523| Field             | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
524+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
525| id                | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
526| owner             | int(11)     |      |     | 0          |                |
527| name              | varchar(80) |      | MUL |            |                |
528| descr             | text        |      |     |            |                |
529| addedDate         | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
530| hybridizationDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
531| protocol          | int(11)     |      |     | 0          |                |
532| removed           | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
533| gid               | int(11)     |      |     | 0          |                |
534| groupAccess       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
535| worldAccess       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
536+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
537
538/* countHybridizations */
539SELECT count(*) FROM `Hybridization`;
540
541/* selectHybridizations */
542SELECT  `h`.`id`, `h`.`owner`, `h`.`gid`, `h`.`groupAccess`, `h`.`worldAccess`, `h`.`name`, `h`.`descr`, `h`.`removed`,
543  `h`.`hybridizationDate`,
544  `h`.`protocol`,
545  `s`.`id` as arraySlideId,
546  `s`.`hybridization`
547FROM  `Hybridization` h LEFT JOIN `ArraySlide` s ON `h`.`id` = `s`.`hybridization`
548ORDER BY `h`.`id`
549LIMIT   ?,?;
550
551
552
553
554/* Image
555+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
556| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
557+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
558| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
559| name             | varchar(255) |      |     |            |                |
560| descr            | text         |      |     |            |                |
561| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
562| addedDate        | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
563| imageAcquisition | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
564| channels         | tinyint(4)   |      |     | 0          |                |
565| useForJpeg       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
566| fileSize         | int(11)      |      |     | 0          |                |
567| removed          | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
568+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
569
570/* countImages */
571SELECT count(*) FROM `Image`;
572
573/* selectImages */
574SELECT  `id`, `owner`, 0 as gid, 0 as groupAccess, 0 as worldAccess, `name`, `descr`, `removed`, `imageAcquisition`, `channels`, `useForJpeg`, `fileSize`
575FROM `Image`
576ORDER BY `id`
577LIMIT ?,?;
578
579
580
581/* selectImageFiles */
582SELECT  `id`, `owner`, 0 as gid, 0 as groupAccess, 0 as worldAccess, `name`, `descr`, `removed`, `fileSize`, `addedDate`
583FROM `Image`
584ORDER BY `id`
585LIMIT ?,?;
586
587
588/* Label
589+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
590| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
591+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
592| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
593| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
594| descr       | text        |      |     |            |                |
595| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
596| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
597| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
598| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
599| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
600| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
601+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
602
603/* countLabels */
604SELECT count(*) FROM `Label`;
605
606/* selectLabels */
607SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`
608FROM  `Label`
609ORDER BY `id`
610LIMIT   ?,?;
611
612
613
614/* LabeledExtract
615+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
616| Field        | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
617+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
618| id           | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
619| owner        | int(11)     |      |     | 0          |                |
620| name         | varchar(80) |      | MUL |            |                |
621| descr        | text        |      |     |            |                |
622| addedDate    | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
623| extract      | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
624| protocol     | int(11)     |      |     | 0          |                |
625| labelingDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
626| quantity     | float       |      |     | 0          |                |
627| quantityLeft | float       | YES  |     | NULL       |                |
628| removed      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
629| gid          | int(11)     |      |     | 0          |                |
630| groupAccess  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
631| worldAccess  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
632| label        | int(11)     |      |     | 0          |                |
633+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
634
635/* countLabeledExtracts */
636SELECT count(*) FROM `LabeledExtract`;
637
638
639/* selectLabeledExtracts */
640SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
641  `labelingDate`,
642  `quantity`,
643  `protocol`,
644  `extract`,
645  `label`
646FROM  `LabeledExtract`
647ORDER BY `id`
648LIMIT   ?,?;
649
650/* selectLabeledExtractsByHybridization */
651SELECT  `labeled`, `quantity`
652FROM  `HybridizedLabeled`
653WHERE hybridization = ?
654ORDER BY `channel`;
655
656
657
658/* PlateParent
659+----------+------------+------+-----+---------+-------+
660| Field    | Type       | Null | Key | Default | Extra |
661+----------+------------+------+-----+---------+-------+
662| parent   | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
663| plate    | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
664| position | tinyint(4) |      |     | 0       |       |
665+----------+------------+------+-----+---------+-------+*/
666
667/* countDistinctPlateParents */
668SELECT count( distinct(`plate`) ) FROM `PlateParent`;
669
670
671/* selectPlateParents */
672SELECT `plate`, `parent`, `position` FROM `PlateParent`;
673
674
675
676
677
678
679/* Plate
680+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
681| Field       | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
682+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
683| id          | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
684| plateType   | int(11)      |      |     | 0          |                |
685| name        | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
686| descr       | text         |      |     |            |                |
687| owner       | int(11)      |      |     | 0          |                |
688| addedDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
689| destroyed   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
690| barcode     | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
691| wizzzard    | int(11)      |      |     | 0          |                |
692| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
693| gid         | int(11)      |      |     | 0          |                |
694| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
695| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
696| wellMapping | smallint(6)  | YES  |     | NULL       |                |
697+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
698
699/* selectMappedPlates */
700SELECT  `p`.`id`, `p`.`owner`, `p`.`gid`, `p`.`groupAccess`, `p`.`worldAccess`, `p`.`name`, `p`.`descr`, `p`.`removed`,
701  `p`.`plateType`,
702  `p`.`destroyed`,
703  `p`.`barcode`,
704  `p`.`wizzzard`,
705  `pp`.`parent`,
706  `pp`.`position`,
707  `pt`.`wells`
708FROM  `Plate` p LEFT JOIN `PlateParent` pp ON `pp`.`plate` = `p`.`id`
709  LEFT JOIN `PlateType` pt ON `p`.`plateType` = `pt`.`id`
710WHERE   `pp`.`plate` IS not NULL
711GROUP BY `pp`.`plate`
712ORDER BY `p`.`id`
713LIMIT ?,?;
714
715
716
717
718/* News
719+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
720| Field     | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
721+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
722| id        | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
723| name      | varchar(255) |      |     |                     |                |
724| descr     | text         |      |     |                     |                |
725| owner     | int(11)      |      |     | 0                   |                |
726| addedDate | datetime     |      | MUL | 0000-00-00 00:00:00 |                |
727| removed   | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
728+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
729
730/* countNews */
731SELECT count(*) FROM `News`;
732
733/* selectNews */
734SELECT `id`, `name`, `descr`, `addedDate`, `removed`
735FROM `News`
736ORDER BY `id`;
737
738
739
740
741/* PlateEvent
742+-----------+---------+------+-----+------------+-------+
743| Field     | Type    | Null | Key | Default    | Extra |
744+-----------+---------+------+-----+------------+-------+
745| plate     | int(11) |      | PRI | 0          |       |
746| etype     | int(11) |      | PRI | 0          |       |
747| eventDate | date    |      | MUL | 0000-00-00 |       |
748| protocol  | int(11) |      |     | 0          |       |
749+-----------+---------+------+-----+------------+-------+*/
750
751/* countPlateEvents */
752SELECT count(*) FROM `PlateEvent`;
753
754/* selectPlateEvents */
755SELECT `plate`, `etype`, `eventDate`, `protocol`
756FROM `PlateEvent`
757ORDER BY `plate`, `etype`;
758
759
760
761
762
763
764
765/* PlateEventType
766+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
767| Field        | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
768+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
769| id           | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
770| name         | varchar(80) |      |     |            |                |
771| plateType    | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
772| protocolType | int(11)     |      |     | 0          |                |
773| descr        | text        |      |     |            |                |
774| addedDate    | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
775| owner        | int(11)     |      |     | 0          |                |
776| removed      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
777+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
778
779/* countPlateEventTypes */
780SELECT count(*) FROM `PlateEventType`;
781
782
783/* selectPlateEventTypes */
784SELECT `id`, `name`, `plateType`, `protocolType`, `descr`, `removed`
785FROM `PlateEventType`
786ORDER BY `id`;
787
788
789
790
791/* PlateType
792+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
793| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
794+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
795| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
796| name           | varchar(80) |      | MUL |            |                |
797| descr          | text        |      |     |            |                |
798| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
799| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
800| wells          | smallint(6) |      |     | 0          |                |
801| hasGrowth      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
802| hasSeqVerified | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
803| hasBands       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
804| hasComment     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
805| namePrefix     | varchar(40) |      |     |            |                |
806| parentSuffix   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
807| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
808| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
809| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
810| worldAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
811+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
812
813/* countPlateTypes */
814SELECT count(*) FROM `PlateType`;
815
816
817/* selectPlateTypes */
818SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
819  `wells`,
820  `hasGrowth`,
821  `hasSeqVerified`,
822  `hasBands`,
823  `hasComment`,
824  `namePrefix`,
825  `parentSuffix`
826FROM  `PlateType`
827ORDER BY `id`
828LIMIT   ?,?;
829
830
831
832
833
834/* Protocol
835+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
836| Field        | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
837+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
838| id           | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
839| protocolType | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
840| name         | varchar(80)  |      |     |            |                |
841| descr        | text         |      |     |            |                |
842| owner        | int(11)      |      |     | 0          |                |
843| addedDate    | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
844| removed      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
845| gid          | int(11)      |      |     | 0          |                |
846| groupAccess  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
847| worldAccess  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
848| fileSize     | int(11)      |      |     | 0          |                |
849| filename     | varchar(255) | YES  |     | NULL       |                |
850+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
851
852/* countProtocols */
853SELECT count(*) FROM `Protocol`;
854
855/* selectProtocols */
856SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
857  `protocolType`,
858  `addedDate`
859FROM  `Protocol`
860ORDER BY `id`
861LIMIT ?,?;
862
863/* selectProtocolFiles */
864SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
865  `fileSize`,
866  `addedDate`,
867  `filename`
868FROM  `Protocol`
869ORDER BY `id`
870LIMIT ?,?;
871
872
873
874
875
876/* ProtocolType;
877+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+
878| Field | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
879+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+
880| id    | int(11)     |      | PRI | NULL    | auto_increment |
881| name  | varchar(80) |      | UNI |         |                |
882+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+*/
883
884/* countProtocolTypes */
885SELECT count(*) FROM `ProtocolType`;
886
887/* selectProtocolTypes */
888SELECT `id`, `name`
889FROM `ProtocolType`
890ORDER BY `id`
891LIMIT ?,?;
892
893
894
895
896
897/*  RawBioAssayData
898+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
899| Field       | Type         | Null | Key | Default | Extra |
900+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
901| rawBioAssay | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
902| position    | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
903| element     | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
904| reporter    | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
905| block       | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
906| numCol      | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
907| numRow      | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
908| x           | float        |      |     | 0       |       |
909| y           | float        |      |     | 0       |       |
910| dia         | float        | YES  |     | NULL    |       |
911| FCh1Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
912| FCh1Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
913| FCh1SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
914| BCh1Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
915| BCh1Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
916| BCh1SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
917| percCh1SD1  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
918| percCh1SD2  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
919| percCh1Sat  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
920| FCh2Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
921| FCh2Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
922| FCh2SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
923| BCh2Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
924| BCh2Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
925| BCh2SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
926| percCh2SD1  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
927| percCh2SD2  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
928| percCh2Sat  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
929| ratiosSD    | float        | YES  |     | NULL    |       |
930| rgnRatio    | float        | YES  |     | NULL    |       |
931| rgnR2       | float        | YES  |     | NULL    |       |
932| FPixels     | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
933| BPixels     | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
934| flags       | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
935| MValue      | float        | YES  |     | NULL    |       |
936| CV          | float        | YES  |     | NULL    |       |
937+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+*/
938
939/* countRawBioAssayData */
940SELECT count(*) FROM `RawBioAssayData`;
941
942
943/* selectRawBioAssayData */
944SELECT `element`, `reporter`, `block`, `numCol`, `numRow`, `x`, `y`,
945  `dia`,
946  `FCh1Median`,
947  `FCh1Mean`,
948  `FCh1SD`,
949  `BCh1Median`,
950  `BCh1Mean`,
951  `BCh1SD`,
952  `FCh2Median`,
953  `FCh2Mean`,
954  `FCh2SD`,
955  `BCh2Median`,
956  `BCh2Mean`,
957  `BCh2SD`,
958  `ratiosSD`,
959  `rgnRatio`,
960  `rgnR2`,
961  `MValue`,
962  `CV`,
963  `percCh1SD1`,
964  `percCh1SD2`,
965  `percCh1Sat`,
966  `percCh2SD1`,
967  `percCh2SD2`,
968  `percCh2Sat`,
969  `FPixels`,
970  `BPixels`,
971  `flags`
972FROM  `RawBioAssayData`
973WHERE   `rawBioAssay` = ?;
974
975
976/* selectMinimumRawBioAssayData */
977SELECT `element`, `reporter`, `block`, `numCol`, `numRow`, `x`, `y`
978FROM  `RawBioAssayData`
979WHERE   `rawBioAssay` = ?;
980
981
982
983/* RawBioAssay
984+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
985| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
986+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
987| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
988| name             | varchar(80)  |      |     |            |                |
989| descr            | text         |      |     |            |                |
990| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
991| addedDate        | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
992| imageAcquisition | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
993| featureDate      | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
994| featureSoftware  | int(11)      |      |     | 0          |                |
995| filename         | varchar(255) |      |     |            |                |
996| spots            | mediumint(9) |      |     | 0          |                |
997| hasSpotImages    | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
998| spotImagePixels  | smallint(6)  |      |     | 15         |                |
999| spotImageOffsetX | float        |      |     | 0          |                |
1000| spotImageOffsetY | float        |      |     | 0          |                |
1001| spotImageScale   | float        |      |     | 1          |                |
1002| wizzzard         | int(11)      |      |     | 0          |                |
1003| removed          | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
1004| gid              | int(11)      |      |     | 0          |                |
1005| groupAccess      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1006| worldAccess      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1007| arrayType        | int(11)      | YES  |     | NULL       |                |
1008| positionMode     | tinyint(4)   |      |     | 0          |                |
1009| diskUsage        | bigint(20)   |      |     | 0          |                |
1010+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
1011
1012/* countRawBioAssays */
1013SELECT count(*) FROM `RawBioAssay`;
1014
1015/* selectRawBioAssays */
1016SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1017  `imageAcquisition`,
1018  `featureDate`,
1019  `featureSoftware`,
1020  `filename`,
1021  `spots`,
1022  `hasSpotImages`,
1023  `spotImagePixels`,
1024  `spotImageOffsetX`,
1025  `spotImageOffsetY`,
1026  `spotImageScale`,
1027  `wizzzard`,
1028  `arrayType`,
1029  `positionMode`,
1030  `fileHeader`
1031FROM  `RawBioAssay` LEFT JOIN `RawBioAssayHeader` ON  `id` = rawBioAssay
1032ORDER BY `id`
1033LIMIT   ?, ?;
1034
1035/* getCh1SampleForRawBioAssay */
1036SELECT s.`id` FROM `Sample` s
1037INNER JOIN `Extract` e ON e.`sample` = s.`id`
1038INNER JOIN `LabeledExtract` le ON le.`extract` = e.`id`
1039INNER JOIN `HybridizedLabeled` hl ON hl.`labeled` = le.`id` AND hl.`channel` = 1
1040INNER JOIN `ImageAcquisition` ia ON ia.`hybridization` =  hl.`hybridization`
1041INNER JOIN `RawBioAssay` rba ON rba.`imageAcquisition` = ia.`id`
1042WHERE rba.`id` = ?;
1043
1044/* selectRawBioAssaysWithSpotData */
1045SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1046  `imageAcquisition`,
1047  `featureDate`,
1048  `featureSoftware`,
1049  `filename`,
1050  `spots`,
1051  `hasSpotImages`,
1052  `spotImagePixels`,
1053  `spotImageOffsetX`,
1054  `spotImageOffsetY`,
1055  `spotImageScale`,
1056  `wizzzard`,
1057  `arrayType`,
1058  `positionMode`
1059FROM  `RawBioAssay`
1060ORDER BY `id`
1061LIMIT   ?,?;
1062
1063
1064/* selectRawBioAssayFiles */
1065SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1066  `addedDate`
1067FROM  `RawBioAssay`
1068ORDER BY `id`
1069LIMIT   ?, ?;
1070
1071
1072/* Reporter
1073+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1074| Field         | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
1075+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1076| id            | mediumint(9) |      | PRI | NULL                | auto_increment |
1077| reporterId    | varchar(255) |      | UNI |                     |                |
1078| species       | varchar(255) |      |     |                     |                |
1079| clusterId     | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1080| geneName      | varchar(255) |      | MUL |                     |                |
1081| geneSymbol    | varchar(255) |      |     |                     |                |
1082| lastUpdate    | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
1083| length        | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1084| sequence      | text         | YES  |     | NULL                |                |
1085| vector        | text         | YES  |     | NULL                |                |
1086| tissue        | text         | YES  |     | NULL                |                |
1087| library       | text         | YES  |     | NULL                |                |
1088| accession     | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1089| nid           | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1090| chromosome    | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1091| cytoBand      | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1092| markers       | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1093| antibiotics   | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1094| locusLink     | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1095| omim          | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1096| startPosition | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1097| endPosition   | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1098+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
1099
1100/* countReporters */
1101SELECT count(*) FROM `Reporter`;
1102
1103/* selectReporters */
1104SELECT `id`,
1105  `reporterId`,
1106  `geneName`,
1107  `geneSymbol`,
1108  `species`,
1109  `clusterId`,
1110  `accession`,
1111  `nid`,
1112  `chromosome`,
1113  `cytoband`,
1114  `markers`,
1115  `antibiotics`,
1116  `locuslink`,
1117  `omim`,
1118  `sequence`,
1119  `vector`,
1120  `tissue`,
1121  `library`,
1122  `length`
1123FROM  `Reporter`
1124ORDER BY `id`
1125LIMIT   ?,?;
1126
1127/* selectMinimumReporters */
1128SELECT `id`, `reporterId`, `geneName`, `geneSymbol`
1129FROM `Reporter`
1130ORDER BY `id`
1131LIMIT ?,?;
1132
1133
1134
1135
1136
1137
1138/* SampleTissue
1139+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1140| Field     | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1141+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1142| id        | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1143| parent    | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1144| name      | varchar(80) |      |     |            |                |
1145| descr     | text        |      |     |            |                |
1146| owner     | int(11)     |      |     | 0          |                |
1147| addedDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1148| removed   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1149+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1150
1151/* countSampleTissues */
1152SELECT count(*) FROM `SampleTissue`;
1153
1154
1155/* selectSampleTissues */
1156SELECT `id`, `parent`, `name`
1157FROM `SampleTissue`
1158ORDER BY `id`
1159LIMIT ?,?;
1160
1161
1162
1163
1164/* Sample
1165+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1166| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1167+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1168| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1169| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
1170| descr       | text        |      |     |            |                |
1171| tissue      | int(11)     |      |     | 0          |                |
1172| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1173| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1174| sampleDate  | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1175| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1176| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1177| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1178| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1179+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1180
1181/* countSamples */
1182SELECT count(*) FROM `Sample`;
1183
1184
1185/* selectSampleQuantities */
1186SELECT `s`.`id`, sum(`e`.`quantity`)
1187FROM `Sample` s, `Extract` e
1188WHERE `s`.`id` = `e`.`sample`
1189GROUP BY `e`.`sample`;
1190
1191
1192/* selectSamples */
1193SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1194  `sampleDate`, 0 as quantity, 0 as protocol, `tissue`
1195FROM  `Sample`
1196ORDER BY `id`
1197LIMIT ?,?;
1198
1199
1200
1201
1202/* ImageAcquisition
1203+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1204| Field         | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1205+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1206| id            | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1207| name          | varchar(80) |      |     |            |                |
1208| descr         | text        |      |     |            |                |
1209| owner         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1210| addedDate     | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1211| hybridization | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1212| scanDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1213| scanner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1214| removed       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1215| gid           | int(11)     |      |     | 0          |                |
1216| groupAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1217| worldAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1218| diskUsage     | bigint(20)  |      |     | 0          |                |
1219+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1220
1221/* countScans */
1222SELECT count(*) FROM `ImageAcquisition`;
1223
1224/* selectScans */
1225SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1226  `hybridization`,
1227  `scanDate`,
1228  `scanner`
1229FROM  `ImageAcquisition`
1230ORDER BY `id`
1231LIMIT   ?,?;
1232
1233
1234
1235
1236/* Software
1237+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1238| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1239+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1240| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1241| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
1242| descr       | text        |      |     |            |                |
1243| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1244| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1245| version     | varchar(80) |      |     |            |                |
1246| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1247| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1248| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1249| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1250+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1251
1252/* countSoftware */
1253SELECT count(*) FROM `Software`;
1254
1255
1256/* selectSoftware */
1257SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1258  `version`
1259FROM  `Software`
1260ORDER BY `id`
1261LIMIT ?,?;
1262
1263
1264
1265/* Plate
1266+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
1267| Field       | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
1268+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
1269| id          | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1270| plateType   | int(11)      |      |     | 0          |                |
1271| name        | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
1272| descr       | text         |      |     |            |                |
1273| owner       | int(11)      |      |     | 0          |                |
1274| addedDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
1275| destroyed   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1276| barcode     | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
1277| wizzzard    | int(11)      |      |     | 0          |                |
1278| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
1279| gid         | int(11)      |      |     | 0          |                |
1280| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1281| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1282| wellMapping | smallint(6)  | YES  |     | NULL       |                |
1283+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
1284
1285/* countPlates */
1286SELECT count(*) FROM `Plate`;
1287
1288/* countUnmappedPlates */
1289SELECT count(*) FROM `Plate` p LEFT JOIN `PlateParent` pp ON `pp`.`plate` = `p`.`id` WHERE `pp`.`plate` IS NULL;
1290
1291/* selectUnmappedPlates */
1292SELECT  `p`.`id`, `p`.`owner`, `p`.`gid`, `p`.`groupAccess`, `p`.`worldAccess`, `p`.`name`, `p`.`descr`, `p`.`removed`,
1293  `p`.`plateType`,
1294  `p`.`destroyed`,
1295  `p`.`barcode`,
1296  `p`.`wizzzard`
1297FROM  `Plate` p LEFT JOIN `PlateParent` pp ON `pp`.`plate` = `p`.`id` WHERE `pp`.`plate` IS NULL
1298ORDER BY `p`.`id`
1299LIMIT ?,?;
1300
1301
1302/* Probe
1303+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
1304| Field    | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
1305+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
1306| id       | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
1307| reporter | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
1308+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+*/
1309
1310/* selectWellAndProbesByPlateId */
1311SELECT  `w`.`id`, `w`.`x`, `w`.`y`, `p`.`reporter`, `w`.`seqVerified`, `w`.`bands`, `w`.`bacterialGrowth`, `w`.`comment`
1312FROM    `Well` w, `Probe` p
1313WHERE   `w`.`probe` = `p`.`id`
1314AND   `plate` = ?
1315ORDER BY `y`;
1316
1317
1318
1319/* Upload
1320+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1321| Field       | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
1322+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1323| id          | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
1324| owner       | int(11)      |      | MUL | 0                   |                |
1325| name        | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1326| fileSize    | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1327| descr       | text         |      |     |                     |                |
1328| addedDate   | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
1329| mimeType    | varchar(100) |      |     |                     |                |
1330| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3                   |                |
1331| gid         | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1332| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
1333| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
1334+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
1335
1336/* countUploads */
1337SELECT count(*) FROM `Upload` WHERE `removed` = 0;
1338
1339/* selectUploads */
1340SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1341  `fileSize`,
1342  `addedDate`,
1343  `mimeType` 
1344FROM  `Upload`
1345WHERE   `removed` = 0
1346ORDER BY `id`
1347LIMIT   ?,?;
1348
1349
1350
1351
1352/* Wizzzard
1353+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1354| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1355+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1356| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1357| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
1358| formatType     | varchar(40) |      | MUL |            |                |
1359| name           | varchar(80) |      |     |            |                |
1360| minCols        | smallint(6) |      |     | 0          |                |
1361| maxCols        | smallint(6) |      |     | 0          |                |
1362| dataHeader     | text        |      |     |            |                |
1363| typeHeader     | text        |      |     |            |                |
1364| typeHeaderLine | int(11)     |      |     | 0          |                |
1365| mapping        | mediumtext  |      |     |            |                |
1366| descr          | text        |      |     |            |                |
1367| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1368| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1369| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
1370| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1371| worldAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1372| dataFooter     | text        | YES  |     | NULL       |                |
1373| fieldSeparator | varchar(10) |      |     |            |                |
1374| maxHeaderLine  | int(11)     |      |     | 120        |                |
1375+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1376
1377/* countWizzzards */
1378SELECT count(*) FROM `Wizzzard`;
1379
1380
1381/* selectWizzzards */
1382SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1383  `formatType`,
1384  `minCols`,
1385  `maxCols`,
1386  `dataHeader`,
1387  `typeHeader`,
1388  `typeHeaderLine`,
1389  `mapping`,
1390  `dataFooter`,
1391  `fieldSeparator`,
1392  `maxHeaderLine`
1393FROM  `Wizzzard`
1394ORDER BY `id`
1395LIMIT   ?,?;
1396
1397/* countPlugins */
1398SELECT count(*) FROM `Program`;
1399
1400/* selectPlugins */
1401SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1402  `execName`,
1403  `usedColumns`,
1404  `usedFields`,
1405  `geneAverages`,
1406  `serialFormat`,
1407  `url`,
1408  `minChannels`,
1409  `maxChannels`,
1410  `leaveStdin`,
1411  `leaveStdout`,
1412  `uniqueName`,
1413  `versionNumber`,
1414  `estimatedTime`,
1415  `defaultMaxRam`
1416FROM  `Program`
1417ORDER BY `id`
1418LIMIT   ?,?;
1419
1420/* selectPluginParameters */
1421SELECT `position`,
1422  `name`,
1423  `commonName`,
1424  `valueType`,
1425  `options`,
1426  `defaultValue`,
1427  `enumOptions`,
1428  `removed`
1429FROM `ProgramParameter`
1430WHERE `program` = ?
1431ORDER BY `position`;
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.