source: branches/3.16-stable/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 7804

Last change on this file since 7804 was 7804, checked in by Nicklas Nordborg, 2 years ago

References #2209: Add items to existing item list from list page

Fixed on the list pages for extracts, physical, derived and raw bioassays.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 38.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 7804 2020-05-04 11:45:21Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Sample"
32  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
35  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
36  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
37  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
38  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
41  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
42  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
43  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
44  import="net.sf.basedb.core.Unit"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
46  import="net.sf.basedb.core.Include"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
49  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
50  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
51  import="net.sf.basedb.core.Permission"
52  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
53  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
54  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
59  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
60  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
65  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
66  import="net.sf.basedb.core.Type"
67  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
68  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
69  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
74  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
75  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
81  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
82  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
83  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
84  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
85  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
86  import="net.sf.basedb.util.Values"
87  import="java.util.Iterator"
88  import="java.util.List"
89  import="java.util.Map"
90  import="java.util.Date"
91  import="java.util.ArrayList"
92%>
93<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
94<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
95<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
96<%!
97  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
98  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
99%>
100<%
101final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
102final String ID = sc.getId();
103final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
104final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
105
106final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
107final String callback = request.getParameter("callback");
108final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
109final DbControl dc = sc.newDbControl();
110ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
111List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
112List<AnnotationLoaderUtil> bioPlateAnnotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
113try
114{
115  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
116  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
117  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
118  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
119  {
120    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
121  }
122  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
123  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
124  {
125    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
126  }
127  ItemQuery<AnnotationType> plateAnnotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(Item.BIOPLATE);
128  for (AnnotationType at : plateAnnotationTypeQuery.list(dc))
129  {
130    bioPlateAnnotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
131  }
132  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
133  final boolean createBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY);
134  final boolean createDerivedBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY);
135  final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
136
137  // Child physical bioassays
138  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
139  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
140  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
141  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
142  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
143  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
144
145  // Child derived bioassays
146  final ItemQuery<DerivedBioAssay> derivedAssayQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
147  derivedAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("extract"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
148  derivedAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
149  derivedAssayQuery.include(cc.getInclude());
150
151  // Child raw bioassays
152  final ItemQuery<RawBioAssay> rawAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
153  rawAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
154  rawAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
155  rawAssayQuery.include(cc.getInclude());
156
157  // Child extracts
158  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
159  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
160  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
161  childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
162  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
163  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
164 
165  // Parent extracts
166  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
167  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
168  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
169  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
170  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
171  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
172 
173  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
174  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
175  try
176  {
177    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
178    extracts = query.iterate(dc);
179  }
180  catch (Throwable t)
181  {
182    cc.setMessage(t.getMessage());
183    t.printStackTrace();
184  }
185  int numListed = 0;
186  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
187  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
188  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
189  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
190 
191  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
192  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
193  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
194  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
195  int maxRows = result.next().getRows();
196  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
197  {
198    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
199  }
200
201  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
202  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
203  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
204  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
205  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
206  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
207  {
208    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
209  }
210
211  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
212  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
213  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Extract,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
214  %>
215  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
216  <base:head scripts="table.js,~extracts.js" styles="table.css,toolbar.css">
217    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
218    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
219  </base:head>
220 
221  <base:body>
222  <h1><%=title==null ? "Extracts" : title%></h1>
223  <div class="content">
224    <tbl:table 
225      id="extracts" 
226      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
227      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
228      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
229      action="index.jsp"
230      sc="<%=sc%>"
231      item="<%=itemType%>"
232      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
233      subclass="fulltable"
234      data-inherited-annotations="true"
235      data-parent-columns="true"
236      >
237      <tbl:hidden 
238        name="mode" 
239        value="<%=mode.getName()%>" 
240      />
241      <tbl:hidden 
242        name="callback" 
243        value="<%=callback%>" 
244        skip="<%=callback == null%>" 
245      />
246      <tbl:columndef 
247        id="name"
248        property="name"
249        datatype="string"
250        title="Name"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254        show="always" 
255      />
256      <tbl:columndef 
257        id="itemSubtype"
258        property="itemSubtype"
259        sortproperty="itemSubtype.name"
260        exportproperty="itemSubtype.name:string"
261        datatype="int"
262        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
263        title="Type"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef
269        id="id"
270        clazz="uniquecol"
271        property="id"
272        datatype="int"
273        title="ID"
274        sortable="true"
275        filterable="true"
276        exportable="true"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="externalId"
280        property="externalId"
281        datatype="string"
282        title="External id"
283        sortable="true" 
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286      />
287      <tbl:columndef 
288        id="originalQuantity"
289        property="originalQuantity"
290        datatype="float"
291        title="Original quantity (µg)"
292        sortable="true" 
293        filterable="true"
294        exportable="true"
295        unit="<%=microGram%>"
296        formatter="<%=numericFormatter%>"
297      />
298      <tbl:columndef 
299        id="remainingQuantity"
300        property="remainingQuantity"
301        datatype="float"
302        title="Remaining quantity (µg)"
303        sortable="true" 
304        filterable="true"
305        exportable="true"
306        unit="<%=microGram%>"
307        formatter="<%=numericFormatter%>"
308      />
309      <tbl:columndef 
310        id="tag"
311        property="tag.name"
312        datatype="string"
313        title="Tag"
314        sortable="true" 
315        filterable="true"
316        exportable="true"
317      />
318      <tbl:columndef 
319        id="protocol"
320        property="creationEvent.protocol"
321        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
322        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
323        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
324        datatype="string"
325        title="Protocol"
326        sortable="true" 
327        filterable="true"
328        exportable="true"
329      />
330      <tbl:columndef 
331        id="kit"
332        property="creationEvent.kit"
333        sortproperty="creationEvent.kit.name"
334        filterproperty="creationEvent.kit.name"
335        exportproperty="creationEvent.kit.name"
336        datatype="string"
337        title="Kit"
338        sortable="true" 
339        filterable="true"
340        exportable="true"
341      />
342      <tbl:columndef 
343        id="eventDate"
344        property="creationEvent.eventDate"
345        datatype="date"
346        title="Created"
347        sortable="true" 
348        filterable="true"
349        exportable="true"
350        formatter="<%=dateFormatter%>"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="entryDate"
354        property="creationEvent.entryDate"
355        datatype="date"
356        title="Registered"
357        sortable="true" 
358        filterable="true"
359        exportable="true"
360        formatter="<%=dateFormatter%>"
361      />
362      <%
363      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
364      parentTypes.add("", "-none-");
365      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
366      parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
367      %>
368      <tbl:columndef
369        id="parentType"
370        title="Parent type"
371        property="parentType"
372        enumeration="<%=parentTypes%>"
373        datatype="int"
374        filterable="true"
375        exportable="true"
376        sortable="true"
377      />
378      <tbl:columndef
379        id="parents"
380        title="Parent items"
381        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
382        sortproperty="parent.name"
383        datatype="string"
384        filterable="true"
385        exportable="true"
386        sortable="true"
387      />
388      <tbl:columndef
389        id="children"
390        title="Child extracts"
391        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
392        datatype="string"
393        filterable="true"
394        exportable="true"
395      />
396      <tbl:columndef
397        id="physicalBioAssays"
398        title="Physical bioassays"
399        property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
400        datatype="string"
401        filterable="true"
402        exportable="true"
403      />
404      <tbl:columndef
405        id="derivedBioAssays"
406        title="Derived bioassays"
407        property="&derivedBioAssays(name)"
408        datatype="string"
409        filterable="true"
410        exportable="true"
411      />
412      <tbl:columndef
413        id="rawBioAssays"
414        title="Raw bioassays"
415        property="&rawBioAssays(name)"
416        datatype="string"
417        filterable="true"
418        exportable="true"
419      />
420      <tbl:columndef 
421        id="bioPlate"
422        property="bioWell.bioPlate.name"
423        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
424        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
425        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
426        datatype="string"
427        title="Bioplate"
428        sortable="true" 
429        filterable="true"
430        exportable="true"
431      />
432      <tbl:columndef 
433        id="bioWellRow"
434        property="bioWell.row"
435        sortproperty="bioWell.row"
436        datatype="int"
437        title="Biowell row" 
438        filterable="true"
439        enumeration="<%=wellRows%>"
440        exportable="true"
441        sortable="true"
442        formatter="<%=rowFormatter%>"
443      />
444      <tbl:columndef 
445        id="bioWellColumn"
446        property="bioWell.column"
447        sortproperty="bioWell.column"
448        datatype="int"
449        title="Biowell column"   
450        filterable="true"
451        enumeration="<%=wellColumns%>"
452        exportable="true"
453        sortable="true"
454        formatter="<%=columnFormatter%>"
455      />   
456      <tbl:columndef 
457        id="owner"
458        property="owner.name"
459        datatype="string"
460        title="Owner"
461        sortable="true" 
462        filterable="true"
463        exportable="true"
464      />
465      <tbl:columndef 
466        id="description"
467        property="description"
468        datatype="string"
469        title="Description" 
470        sortable="true" 
471        filterable="true" 
472        exportable="true"
473      />     
474      <tbl:columndef
475        id="itemList"
476        property="§itemLists"
477        datatype="int"
478        title="Item list"
479        filterable="true"
480        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
481      />
482      <%
483      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
484      {
485        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
486        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
487        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
488        if (at.isEnumeration())
489        {
490          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
491          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
492          List<?> values = at.getValues();
493          for (Object value : values)
494          {
495            String encoded = formatter.format(value);
496            annotationEnum.add(encoded, encoded);
497          }
498        }
499        %>
500        <tbl:columndef 
501          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
502          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
503          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
504          annotation="true"
505          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
506          enumeration="<%=annotationEnum%>"
507          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
508          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
509          filterable="true" 
510          exportable="true"
511          formatter="<%=formatter%>"
512          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
513        />
514        <%
515      }
516      for (AnnotationLoaderUtil loader : bioPlateAnnotationLoaders)
517      {
518        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
519        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
520        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
521        if (at.isEnumeration())
522        {
523          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
524          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
525          List<?> values = at.getValues();
526          for (Object value : values)
527          {
528            String encoded = formatter.format(value);
529            annotationEnum.add(encoded, encoded);
530          }
531        }
532        %>
533        <tbl:columndef 
534          id="<%="pa"+at.getId()%>"
535          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+ " [P]"%>" 
536          property="<%="#(bioWell.bioPlate)"+at.getId()%>"
537          annotation="true"
538          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
539          enumeration="<%=annotationEnum%>"
540          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
541          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
542          filterable="true" 
543          exportable="true"
544          formatter="<%=formatter%>"
545          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
546        />
547        <%
548      }
549      %>
550      <tbl:columndef
551        id="permission"
552        title="Permission"
553      />
554      <tbl:columndef
555        id="sharedTo"
556        title="Shared to"
557        filterable="true"
558        filterproperty="!sharedTo.name"
559        datatype="string"
560      />
561      <tbl:columndef 
562        id="xt-columns" 
563        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
564        jspcontext="<%=jspContext%>" 
565      />
566    <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
567      <tbl:toolbar
568        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
569        subclass="bottomborder"
570        >
571        <tbl:button 
572          id="btnNewItem"
573          disabled="<%=!createPermission%>" 
574          image="new.png" 
575          title="New&hellip;" 
576          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
577        />
578        <tbl:button 
579          id="btnNewPooledItem"
580          disabled="<%=!createPermission%>" 
581          image="new_pooled.png" 
582          title="Pool&hellip;" 
583          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
584        />
585        <tbl:button 
586          id="btnNewPhysicalBioAssay"
587          disabled="<%=createBioAssayPermission ? false : true%>" 
588          image="add.png" 
589          title="New physical bioassay&hellip;" 
590          tooltip="<%=createBioAssayPermission ? "Create new bioassay with the selected extracts" : "You do not have permission to create bioassays"%>" 
591        />
592        <tbl:button 
593          id="btnDeleteItems"
594          image="delete.png"
595          title="Delete" 
596          tooltip="Delete the selected items" 
597        />
598        <tbl:button 
599          id="btnRestoreItems"
600          image="restore.png"
601          title="Restore" 
602          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
603        />
604        <tbl:button 
605          id="btnShareItems"
606          image="share.png"
607          title="Share&hellip;" 
608          tooltip="Share the selected items"
609        />
610        <tbl:button 
611          id="btnSetOwner"
612          image="take_ownership.png"
613          title="Set owner&hellip;"
614          tooltip="Change owner of the selected items"
615        />
616        <tbl:button 
617          id="btnColumns"
618          image="columns.png" 
619          title="Columns&hellip;" 
620          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
621        />
622        <tbl:button
623          id="btnNewItemList"
624          image="add.png"
625          title="New item list&hellip;"
626          tooltip="Create a new item list from matching extracts"
627          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
628        />
629        <tbl:button
630          id="btnAddToItemList"
631          image="add.png"
632          title="Add to item list&hellip;"
633          tooltip="Add extracts to an existing item list"
634        />
635        <tbl:button 
636          id="btnPlaceOnPlate"
637          image="place_on_plate.png" 
638          title="Place on plate&hellip;" 
639          tooltip="Place the selected/matching extracts on a bioplate" 
640        />
641        <tbl:button
642          id="btnInheritAnnotations"
643          image="inherit.png"
644          title="Inherit annotations&hellip;"
645          tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
646        />
647        <tbl:button 
648          id="btnImport"
649          data-plugin-type="IMPORT"
650          image="import.png" 
651          title="Import&hellip;" 
652          tooltip="Import data" 
653          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
654        />
655        <tbl:button 
656          id="btnExport"
657          data-plugin-type="EXPORT"
658          image="export.png" 
659          title="Export&hellip;" 
660          tooltip="Export data" 
661          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
662        />
663        <tbl:button 
664          id="btnRunPlugin"
665          data-plugin-type="OTHER"
666          image="runplugin.png" 
667          title="Run plugin&hellip;" 
668          tooltip="Run a plugin" 
669          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
670        />
671        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
672          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
673      </tbl:toolbar>
674      <tbl:panel>
675          <tbl:presetselector />
676        <tbl:navigator
677          page="<%=cc.getPage()%>" 
678          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
679          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
680          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
681        />
682      </tbl:panel>
683    </div>
684      <tbl:data>
685        <tbl:headers>
686          <tbl:headerrow>
687            <tbl:header colspan="3" />
688            <tbl:columnheaders />
689          </tbl:headerrow>
690          <%
691          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
692          int numRows = cc.getFilterRows();
693          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
694          {
695            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
696            %>
697            <tbl:headerrow>
698              <tbl:header subclass="index" />
699              <tbl:header 
700                subclass="check" 
701                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
702                ><base:icon 
703                  subclass="link table-check"
704                  image="check_uncheck.png" 
705                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
706                  visible="<%=lastRow%>"
707                /></tbl:header>
708              <tbl:header 
709                subclass="check" 
710                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
711                />
712              <tbl:header 
713                subclass="icons" 
714                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
715                >
716                <base:icon
717                  subclass="link table-filter-row-action"
718                  image="add.png"
719                  tooltip="Add extra filter row"
720                  visible="<%=lastRow%>"
721                /><base:icon
722                  subclass="link table-filter-row-action"
723                  image="remove.png"
724                  tooltip="Remove this filter row"
725                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
726                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
727                />
728              </tbl:header>
729              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
730            </tbl:headerrow>
731            <%
732          }
733          %>
734        </tbl:headers>
735        <tbl:rows>
736          <%
737          if (cc.getMessage() != null)
738          {
739            %>
740            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
741              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
742            </tbl:panel>
743            <%
744            cc.setMessage(null);
745          }
746          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
747          int selectedItemId = cc.getId();
748          if (extracts != null)
749          {           
750            while (extracts.hasNext())
751            {
752              Extract item = extracts.next();
753              Item parentType = item.getParentType();
754              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
755              int itemId = item.getId();
756              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
757             
758             
759              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
760              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
761              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
762              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
763                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
764              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
765              index++;
766              numListed++;
767              %>
768              <tbl:row>
769                <tbl:header 
770                  clazz="index"
771                  ><%=index%></tbl:header>
772                <tbl:header 
773                  clazz="check" 
774                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
775                  ><input 
776                    type="checkbox" 
777                    name="<%=itemId%>" 
778                    value="<%=itemId%>" 
779                    title="<%=name%>" 
780                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
781                  ></tbl:header>
782                <tbl:header 
783                  clazz="check" 
784                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
785                  ><input 
786                    type="radio" 
787                    name="item_id" 
788                    value="<%=itemId%>" 
789                    title="<%=name%>" 
790                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
791                  ></tbl:header>
792                <tbl:header 
793                  clazz="icons" 
794                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
795                  ><base:icon 
796                    image="deleted.png"
797                    id="<%="delete."+itemId %>"
798                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
799                    data-item-id="<%=itemId%>"
800                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
801                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
802                  /><base:icon 
803                    image="shared.png" 
804                    id="<%="share."+itemId %>"
805                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
806                    data-item-id="<%=itemId%>"
807                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
808                    visible="<%=item.isShared()%>"
809                  />&nbsp;</tbl:header>
810                <tbl:cell column="name"><div
811                  class="link table-item"
812                  data-item-id="<%=itemId%>"
813                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
814                  tabindex="0"
815                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
816                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
817                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
818                    item="<%=item%>" 
819                    property="itemSubtype"
820                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
821                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
822                  /></tbl:cell>
823                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
824                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
825                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
826                <tbl:cell column="tag"
827                  ><base:propertyvalue 
828                    item="<%=item%>" 
829                    property="tag"
830                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
831                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
832                  /></tbl:cell>
833                <tbl:cell column="protocol"
834                  ><base:propertyvalue 
835                    item="<%=creationEvent%>" 
836                    property="protocol"
837                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
838                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
839                  /></tbl:cell>
840                <tbl:cell column="kit"
841                  ><base:propertyvalue 
842                    item="<%=creationEvent%>" 
843                    property="kit"
844                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
845                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
846                  /></tbl:cell>
847                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
848                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
849                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
850                <tbl:cell column="parents">
851                  <%
852                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
853                  {
854                    Float usedQuantity = null;
855                    if (parentType != null)
856                    {
857                      try
858                      {
859                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((MeasuredBioMaterial)item.getParent());
860                      }
861                      catch (PermissionDeniedException ex)
862                      {}
863                    }
864                    %>
865                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent" />
866                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
867                    <%
868                  }
869                  else
870                  {
871                    String separator = "";
872                    parentExtractsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
873                    for (Extract e : parentExtractsQuery.list(dc))
874                    {
875                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(e);
876                      out.write(separator);
877                      if (mode.hasPropertyLink())
878                      {
879                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
880                      }
881                      else
882                      {
883                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
884                      }
885                      if (usedQuantity != null)
886                      {
887                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
888                      }
889                      separator = ", ";
890                    }
891                  }
892                  %>
893                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
894                </tbl:cell>
895                <tbl:cell column="children">
896                  <%
897                  childExtractsQuery.setEntityParameter("extract", item);
898                  String separator = "";
899                  for (Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
900                  {
901                    out.write(separator);
902                    if (mode.hasPropertyLink())
903                    {
904                      out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
905                    }
906                    else
907                    {
908                      out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
909                    }
910                    separator = ", ";
911                  }
912                  %>
913                  <base:icon
914                    id="<%="newextract."+itemId%>"
915                    image="add.png" 
916                    subclass="auto-init"
917                    data-auto-init="new-extract"
918                    data-item-id="<%=itemId %>"
919                    tooltip="Create new child extract" 
920                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
921                  />
922                </tbl:cell>
923                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
924                  <%                 
925                  try
926                  {
927                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
928                    String separator = "";
929                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
930                    {
931                      out.write(separator);
932                      if (mode.hasPropertyLink())
933                      {
934                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
935                      }
936                      else
937                      {
938                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
939                      }
940                      separator = ", ";
941                    }
942                  }
943                  catch (Throwable t)
944                  {
945                    %>
946                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
947                    <%
948                  }
949                  %>
950                </tbl:cell>
951                <tbl:cell column="derivedBioAssays">
952                  <%                 
953                  try
954                  {
955                    derivedAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
956                    String separator = "";
957                    for (DerivedBioAssay dba : derivedAssayQuery.list(dc))
958                    {
959                      out.write(separator);
960                      if (mode.hasPropertyLink())
961                      {
962                        out.write(Base.getLinkedName(ID, dba, false, mode.hasEditLink()));
963                      }
964                      else
965                      {
966                        out.write(HTML.encodeTags(dba.getName()));
967                      }
968                      separator = ", ";
969                    }
970                  }
971                  catch (Throwable t)
972                  {
973                    %>
974                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
975                    <%
976                  }
977                  %>
978                  <base:icon
979                    id="<%="newDerivedBioAssay."+itemId%>"
980                    image="add.png" 
981                    subclass="auto-init"
982                    data-auto-init="new-derived-bioassay"
983                    data-item-id="<%=itemId %>"
984                    tooltip="Create new derived bioassay from this extract" 
985                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createDerivedBioAssayPermission && usePermission %>"
986                  />
987                </tbl:cell>
988                <tbl:cell column="rawBioAssays">
989                  <%                 
990                  try
991                  {
992                    rawAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
993                    String separator = "";
994                    for (RawBioAssay rba : rawAssayQuery.list(dc))
995                    {
996                      out.write(separator);
997                      if (mode.hasPropertyLink())
998                      {
999                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
1000                      }
1001                      else
1002                      {
1003                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
1004                      }
1005                      separator = ", ";
1006                    }
1007                  }
1008                  catch (Throwable t)
1009                  {
1010                    %>
1011                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
1012                    <%
1013                  }
1014                  %>
1015                  <base:icon
1016                    id="<%="newRawBioAssay."+itemId%>"
1017                    image="add.png" 
1018                    subclass="auto-init"
1019                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
1020                    data-item-id="<%=itemId %>"
1021                    tooltip="Create new raw bioassay from this extract" 
1022                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
1023                  />
1024                </tbl:cell>
1025                <%               
1026                BioWell well = null;
1027                BioPlate bioPlate = null;
1028                boolean readBioWell = true;
1029                try
1030                {
1031                  well = item.getBioWell();
1032                  if (well != null) bioPlate = well.getPlate();
1033                }
1034                catch(PermissionDeniedException e)
1035                {
1036                  readBioWell = false;
1037                }
1038                if (!readBioWell)
1039                {
1040                  %>
1041                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
1042                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
1043                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
1044                  <%
1045                }
1046                else if (well == null)
1047                {
1048                  %>
1049                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
1050                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
1051                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
1052                  <%
1053                 
1054                }
1055                else
1056                {               
1057                  %>
1058                  <tbl:cell column="bioWellRow">
1059                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
1060                  </tbl:cell>
1061                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
1062                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
1063                  </tbl:cell>
1064                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, bioPlate, false, true)%></tbl:cell>
1065                  <%
1066                }
1067                %>
1068                <tbl:cell column="owner"
1069                  ><base:propertyvalue 
1070                    item="<%=item%>" 
1071                    property="owner"
1072                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
1073                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
1074                  /></tbl:cell>
1075                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
1076                <%
1077                if (item.isAnnotated())
1078                {
1079                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
1080                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
1081                  {
1082                    %>
1083                    <tbl:cell 
1084                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
1085                      ><%
1086                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
1087                      {
1088                        %><tbl:cellvalue 
1089                          list="<%=loader.getValues()%>"
1090                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
1091                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
1092                        /><%
1093                      }
1094                      %></tbl:cell>
1095                    <%
1096                  }
1097                }
1098                if (bioPlate != null && bioPlate.isAnnotated())
1099                {
1100                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, bioPlate.getAnnotationSet().getId());
1101                  for (AnnotationLoaderUtil loader : bioPlateAnnotationLoaders)
1102                  {
1103                    %>
1104                    <tbl:cell 
1105                      column="<%="pa"+loader.getId()%>"
1106                      ><%
1107                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
1108                      {
1109                        %><tbl:cellvalue 
1110                          list="<%=loader.getValues()%>"
1111                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
1112                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
1113                        /><%
1114                      }
1115                      %></tbl:cell>
1116                    <%
1117                  }
1118                }
1119                %>
1120                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
1121                <tbl:cell column="sharedTo">
1122                  <%
1123                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
1124                  while(sharees.hasNext())
1125                  {
1126                    Nameable n = sharees.next();
1127                    if (mode.hasPropertyLink())
1128                    {
1129                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
1130                    }
1131                    else
1132                    {
1133                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
1134                    }
1135                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
1136                  }
1137                  %>
1138                </tbl:cell>
1139                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
1140                  <tbl:cell column="xt-columns" />
1141                </tbl:xt-cells>
1142              </tbl:row>
1143              <%
1144              }
1145            }
1146            if (numListed == 0)
1147            {
1148              %>
1149              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
1150                <div class="messagecontainer note">
1151                <%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %>
1152                </div>
1153              </tbl:panel>
1154              <%
1155            }
1156          %>         
1157        </tbl:rows>
1158      </tbl:data>
1159    </tbl:table>
1160    </div>
1161    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
1162      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
1163      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
1164      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1165    </base:buttongroup>
1166   
1167  </base:body>
1168  </base:page>
1169  <%
1170}
1171finally
1172{
1173  if (extracts != null) extracts.close();
1174  if (dc != null) dc.close();
1175}
1176%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.