source: branches/3.16-stable/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 7802

Last change on this file since 7802 was 7802, checked in by Nicklas Nordborg, 2 years ago

References #2209: Add items to existing item list from list page

Fixed on the sample list page.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 32.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 7802 2020-04-30 12:49:01Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
63  import="net.sf.basedb.core.Type"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
66  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
81  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
82  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
83  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
84  import="java.util.Iterator" 
85  import="java.util.List"
86  import="java.util.Map"
87  import="java.util.Date"
88  import="java.util.ArrayList"
89%>
90<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
91<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
92<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
93<%!
94  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
95  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
96%>
97<%
98final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
99final String ID = sc.getId();
100final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
101final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
102
103final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
104final String callback = request.getParameter("callback");
105final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
106final DbControl dc = sc.newDbControl();
107ItemResultIterator<Sample> samples = null;
108List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
109try
110{
111  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
112  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
113 
114  // Child extracts
115  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
116  extractQuery.include(cc.getInclude());
117  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
118  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
119  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
120
121  // Child samples
122  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
123  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
124  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
125  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
126  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
127  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
128 
129  // Parent samples
130  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
131  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
132  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
133  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
134  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
135  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
136
137  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
138  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
139  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
140  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
141  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
142  {
143    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
144  }
145  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
146  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
147  {
148    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
149  }
150  try
151  {
152    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
153    samples = query.iterate(dc);
154  }
155  catch (Throwable t)
156  {
157    cc.setMessage(t.getMessage());
158    t.printStackTrace();
159  }
160  int numListed = 0;
161  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
162  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
163  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
164  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
165 
166  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
167  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
168  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
169  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
170  int maxRows = result.next().getRows();
171  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
172  {
173    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
174  }
175 
176  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
177  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
178  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
179  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
180  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
181  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
182  {
183    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
184  }
185
186  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
187  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
188  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Sample,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
189  %>
190  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
191  <base:head scripts="table.js,~samples.js" styles="table.css,toolbar.css,toolbar.css">
192    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
193    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
194  </base:head>
195 
196  <base:body>
197    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
198    <div class="content">
199    <tbl:table 
200      id="samples" 
201      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
202      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
203      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
204      action="index.jsp"
205      sc="<%=sc%>"
206      item="<%=itemType%>"
207      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
208      subclass="fulltable"
209      data-inherited-annotations="true"
210      data-parent-columns="true"
211      >
212      <tbl:hidden 
213        name="mode" 
214        value="<%=mode.getName()%>" 
215      />
216      <tbl:hidden 
217        name="callback" 
218        value="<%=callback%>" 
219        skip="<%=callback == null%>" 
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="name"
223        property="name"
224        datatype="string"
225        title="Name"
226        sortable="true" 
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229        show="always" 
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="itemSubtype"
233        property="itemSubtype"
234        sortproperty="itemSubtype.name"
235        exportproperty="itemSubtype.name:string"
236        datatype="int"
237        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
238        title="Type"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      />
243      <tbl:columndef 
244        id="id"
245        clazz="uniquecol"
246        property="id"
247        datatype="int"
248        title="ID"
249        sortable="true" 
250        filterable="true"
251        exportable="true" 
252      />
253      <tbl:columndef 
254        id="externalId"
255        property="externalId"
256        datatype="string"
257        title="External id"
258        sortable="true" 
259        filterable="true"
260        exportable="true"
261      />     
262      <tbl:columndef 
263        id="originalQuantity"
264        property="originalQuantity"
265        datatype="float"
266        title="Original quantity (µg)"
267        sortable="true" 
268        filterable="true"
269        exportable="true"
270        unit="<%=microGram%>"
271        formatter="<%=numericFormatter%>"
272      />
273      <tbl:columndef 
274        id="remainingQuantity"
275        property="remainingQuantity"
276        datatype="float"
277        title="Remaining quantity (µg)"
278        sortable="true" 
279        filterable="true"
280        exportable="true"
281        unit="<%=microGram%>"
282        formatter="<%=numericFormatter%>"
283      />
284      <tbl:columndef 
285        id="protocol"
286        property="creationEvent.protocol"
287        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
288        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
289        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
290        datatype="string"
291        title="Protocol"
292        sortable="true" 
293        filterable="true"
294        exportable="true"
295      />
296      <tbl:columndef 
297        id="kit"
298        property="creationEvent.kit"
299        sortproperty="creationEvent.kit.name"
300        filterproperty="creationEvent.kit.name"
301        exportproperty="creationEvent.kit.name"
302        datatype="string"
303        title="Kit"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="eventDate"
310        property="creationEvent.eventDate"
311        datatype="date"
312        title="Created"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316        formatter="<%=dateFormatter%>"
317      />
318      <tbl:columndef 
319        id="entryDate"
320        property="creationEvent.entryDate"
321        datatype="date"
322        title="Registered"
323        sortable="true" 
324        filterable="true"
325        exportable="true"
326        formatter="<%=dateFormatter%>"
327      />
328      <%
329      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
330      parentTypes.add("", "-none-");
331      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
332      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
333      %>
334      <tbl:columndef
335        id="parentType"
336        title="Parent type"
337        property="parentType"
338        enumeration="<%=parentTypes%>"
339        datatype="int"
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342        sortable="true"
343      />
344      <tbl:columndef
345        id="parents"
346        title="Parent items"
347        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
348        sortproperty="parent.name"
349        datatype="string"
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352        sortable="true"
353      />
354      <tbl:columndef
355        id="children"
356        title="Child samples"
357        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
358        datatype="string"
359        filterable="true"
360        exportable="true"
361      />
362      <tbl:columndef
363        id="extracts"
364        title="Extracts"
365        property="&children(name)"
366        datatype="string"
367        filterable="true"
368        exportable="true"
369      />
370      <tbl:columndef 
371        id="bioPlate"
372        property="bioWell.bioPlate.name"
373        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
374        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
375        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
376        datatype="string"
377        title="Bioplate"
378        sortable="true" 
379        filterable="true"
380        exportable="true"
381      />
382      <tbl:columndef 
383        id="bioWellRow"
384        property="bioWell.row"
385        sortproperty="bioWell.row"
386        datatype="int"
387        title="Biowell row" 
388        filterable="true"
389        enumeration="<%=wellRows%>"
390        exportable="true"
391        sortable="true"
392        formatter="<%=rowFormatter%>"
393      />
394      <tbl:columndef 
395        id="bioWellColumn"
396        property="bioWell.column"
397        sortproperty="bioWell.column"
398        datatype="int"
399        title="Biowell column"   
400        filterable="true"
401        enumeration="<%=wellColumns%>"
402        exportable="true"
403        sortable="true"
404        formatter="<%=columnFormatter%>"
405      />     
406      <tbl:columndef 
407        id="owner"
408        property="owner.name"
409        datatype="string"
410        title="Owner"
411        sortable="true" 
412        filterable="true"
413        exportable="true"
414      />
415      <tbl:columndef 
416        id="description"
417        property="description"
418        datatype="string"
419        title="Description" 
420        sortable="true" 
421        filterable="true" 
422        exportable="true"
423      />     
424      <tbl:columndef
425        id="itemList"
426        property="§itemLists"
427        datatype="int"
428        title="Item list"
429        filterable="true"
430        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
431      />
432      <%
433      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
434      {
435        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
436        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
437        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
438        if (at.isEnumeration())
439        {
440          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
441          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
442          List<?> values = at.getValues();
443          for (Object value : values)
444          {
445            String encoded = formatter.format(value);
446            annotationEnum.add(encoded, encoded);
447          }
448        }
449        %>
450        <tbl:columndef 
451          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
452          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
453          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
454          annotation="true"
455          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
456          enumeration="<%=annotationEnum%>"
457          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
458          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
459          filterable="true" 
460          exportable="true"
461          formatter="<%=formatter%>"
462          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
463        />
464        <%
465      }
466      %>
467      <tbl:columndef
468        id="permission"
469        title="Permission"
470      />
471      <tbl:columndef
472        id="sharedTo"
473        title="Shared to"
474        filterable="true"
475        filterproperty="!sharedTo.name"
476        datatype="string"
477      />
478      <tbl:columndef 
479        id="xt-columns" 
480        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
481        jspcontext="<%=jspContext%>" 
482      />
483     
484      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
485        <tbl:toolbar
486          subclass="bottomborder"
487          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
488          >
489          <tbl:button 
490            id="btnNewItem"
491            disabled="<%=!createPermission%>" 
492            image="new.png" 
493            title="New&hellip;" 
494            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
495          />
496          <tbl:button 
497            id="btnNewPooledItem"
498            disabled="<%=!createPermission%>" 
499            image="new_pooled.png" 
500            title="Pool&hellip;" 
501            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
502          />
503          <tbl:button 
504            id="btnDeleteItems"
505            image="delete.png"
506            title="Delete" 
507            tooltip="Delete the selected items" 
508          />
509          <tbl:button 
510            id="btnRestoreItems"
511            image="restore.png"
512            title="Restore" 
513            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
514          />
515          <tbl:button 
516            id="btnShareItems"
517            image="share.png"
518            title="Share&hellip;" 
519            tooltip="Share the selected items"
520          />
521          <tbl:button 
522            id="btnSetOwner"
523            image="take_ownership.png"
524            title="Set owner&hellip;"
525            tooltip="Change owner of the selected items"
526          />
527          <tbl:button 
528            id="btnColumns"
529            image="columns.png" 
530            title="Columns&hellip;" 
531            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
532          />
533          <tbl:button
534            id="btnNewItemList"
535            image="add.png"
536            title="New item list&hellip;"
537            tooltip="Create a new item list from matching samples"
538            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
539          />
540          <tbl:button
541            id="btnAddToItemList"
542            image="add.png"
543            title="Add to item list&hellip;"
544            tooltip="Add items to an existing item list"
545          />
546          <tbl:button 
547            id="btnPlaceOnPlate"
548            image="place_on_plate.png" 
549            title="Place on plate&hellip;" 
550            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
551          />
552          <tbl:button
553            id="btnInheritAnnotations"
554            image="inherit.png"
555            title="Inherit annotations&hellip;"
556            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
557          />
558          <tbl:button 
559            id="btnImport"
560            data-plugin-type="IMPORT"
561            image="import.png" 
562            title="Import&hellip;" 
563            tooltip="Import data" 
564            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
565          />
566          <tbl:button 
567            id="btnExport"
568            data-plugin-type="EXPORT"
569            image="export.png" 
570            title="Export&hellip;" 
571            tooltip="Export data" 
572            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
573          />
574          <tbl:button 
575            id="btnRunPlugin"
576            data-plugin-type="OTHER"
577            image="runplugin.png" 
578            title="Run plugin&hellip;" 
579            tooltip="Run a plugin" 
580            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
581          />
582          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
583            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
584        </tbl:toolbar>
585        <tbl:panel>
586          <tbl:presetselector />
587          <tbl:navigator
588            page="<%=cc.getPage()%>" 
589            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
590            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
591            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
592          />
593        </tbl:panel>
594      </div>
595      <tbl:data>
596        <tbl:headers>
597          <tbl:headerrow>
598            <tbl:header colspan="3" />
599            <tbl:columnheaders />
600          </tbl:headerrow>
601          <%
602          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
603          int numRows = cc.getFilterRows();
604          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
605          {
606            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
607            %>
608            <tbl:headerrow>
609              <tbl:header subclass="index" />
610              <tbl:header 
611                subclass="check" 
612                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
613                ><base:icon 
614                  subclass="link table-check"
615                  image="check_uncheck.png" 
616                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
617                  visible="<%=lastRow%>"
618                /></tbl:header>
619              <tbl:header 
620                subclass="check" 
621                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
622                />
623              <tbl:header 
624                subclass="icons" 
625                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
626                >
627                <base:icon
628                  subclass="link table-filter-row-action"
629                  image="add.png"
630                  tooltip="Add extra filter row"
631                  visible="<%=lastRow%>"
632                /><base:icon
633                  subclass="link table-filter-row-action"
634                  image="remove.png"
635                  tooltip="Remove this filter row"
636                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
637                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
638                />
639              </tbl:header>
640              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
641            </tbl:headerrow>
642            <%
643          }
644          %>
645        </tbl:headers>
646        <tbl:rows>
647          <%
648          if (cc.getMessage() != null)
649          {
650            %>
651            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
652              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
653            </tbl:panel>
654            <%
655            cc.setMessage(null);
656          }
657         
658          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
659          int selectedItemId = cc.getId();
660          if (samples != null)
661          {           
662            while (samples.hasNext())
663            {
664              Sample item = samples.next();
665              Item parentType = item.getParentType();
666              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
667              int itemId = item.getId();
668              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
669             
670             
671              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
672              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
673              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
674              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
675                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
676              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
677              index++;
678              numListed++;
679              %>
680              <tbl:row>
681                <tbl:header 
682                  clazz="index"
683                  ><%=index%></tbl:header>
684                <tbl:header 
685                  clazz="check" 
686                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
687                  ><input 
688                    type="checkbox" 
689                    name="<%=itemId%>" 
690                    value="<%=itemId%>" 
691                    title="<%=name%>" 
692                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
693                  ></tbl:header>
694                <tbl:header 
695                  clazz="check" 
696                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
697                  ><input 
698                    type="radio" 
699                    name="item_id" 
700                    value="<%=itemId%>" 
701                    title="<%=name%>" 
702                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
703                  ></tbl:header>
704                <tbl:header 
705                  clazz="icons" 
706                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
707                  ><base:icon 
708                    image="deleted.png"
709                    id="<%="delete."+itemId %>"
710                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
711                    data-item-id="<%=itemId%>"
712                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
713                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
714                  /><base:icon 
715                    image="shared.png" 
716                    id="<%="share."+itemId %>"
717                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
718                    data-item-id="<%=itemId%>"
719                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
720                    visible="<%=item.isShared()%>"
721                  />&nbsp;</tbl:header>
722                <tbl:cell column="name"><div 
723                  class="link table-item"
724                  data-item-id="<%=itemId%>"
725                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
726                  tabindex="0"
727                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
728                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
729                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
730                    item="<%=item%>" 
731                    property="itemSubtype"
732                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
733                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
734                  /></tbl:cell>
735                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
736                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
737                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
738                <tbl:cell column="protocol"
739                  ><base:propertyvalue 
740                    item="<%=creationEvent%>" 
741                    property="protocol"
742                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
743                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
744                  /></tbl:cell>
745                <tbl:cell column="kit"
746                  ><base:propertyvalue 
747                    item="<%=creationEvent%>" 
748                    property="kit"
749                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
750                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
751                  /></tbl:cell>
752                <%               
753                BioWell well = null;
754                boolean readBioWell = true;
755                try
756                {
757                  well = item.getBioWell();
758                }
759                catch(PermissionDeniedException e)
760                {
761                  readBioWell = false;
762                }
763                if (!readBioWell)
764                {
765                  %>
766                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
767                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
768                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
769                  <%
770                }
771                else if (well == null)
772                {
773                  %>
774                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
775                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
776                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
777                  <%
778                 
779                }
780                else
781                {               
782                  %>
783                  <tbl:cell column="bioWellRow">
784                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
785                  </tbl:cell>
786                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
787                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
788                  </tbl:cell>
789                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
790                  <%
791                }
792                %>
793                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
794                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
795                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
796                <tbl:cell column="parents">
797                  <%
798                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
799                  {
800                    Float usedQuantity = null;
801                    if (parentType == Item.SAMPLE)
802                    {
803                      try
804                      {
805                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
806                      }
807                      catch (PermissionDeniedException ex)
808                      {}
809                    }
810                    %>
811                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
812                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
813                    <%
814                  }
815                  else
816                  {
817                    String separator = "";
818                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
819                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
820                    {
821                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
822                      out.write(separator);
823                      if (mode.hasPropertyLink())
824                      {
825                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
826                      }
827                      else
828                      {
829                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
830                      }
831                      if (usedQuantity != null)
832                      {
833                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
834                      }
835                      separator = ", ";
836                    }
837                  }
838                  %>
839                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
840                </tbl:cell>
841                <tbl:cell column="children">
842                  <%
843                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
844                  String separator = "";
845                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
846                  {
847                    out.write(separator);
848                    if (mode.hasPropertyLink())
849                    {
850                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
851                    }
852                    else
853                    {
854                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
855                    }
856                    separator = ", ";
857                  }
858                  %>
859                  <base:icon
860                    id="<%="newsample."+itemId%>"
861                    image="add.png" 
862                    subclass="auto-init"
863                    data-auto-init="new-sample"
864                    data-item-id="<%=itemId %>"
865                    tooltip="Create new child sample" 
866                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
867                  />
868                </tbl:cell>
869                <tbl:cell column="extracts">
870                  <%
871                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
872                  try
873                  {
874                    String separator = "";
875                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
876                    {
877                      out.write(separator);
878                      if (mode.hasPropertyLink())
879                      {
880                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
881                      }
882                      else
883                      {
884                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
885                      }
886                      separator = ", ";
887                    }
888                  }
889                  catch (Throwable t)
890                  {
891                    %>
892                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
893                    <%
894                  }
895                  %>
896                  <base:icon
897                    id="<%="newsample."+itemId%>"
898                    image="add.png" 
899                    subclass="auto-init"
900                    data-auto-init="new-extract"
901                    data-item-id="<%=itemId %>"
902                    tooltip="Create new extract" 
903                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
904                  />
905                </tbl:cell>
906                <tbl:cell column="owner"
907                  ><base:propertyvalue 
908                    item="<%=item%>" 
909                    property="owner"
910                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
911                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
912                  /></tbl:cell>
913                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
914                <%
915                if (item.isAnnotated())
916                {
917                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
918                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
919                  {
920                    %>
921                    <tbl:cell 
922                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
923                      ><%
924                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
925                      {
926                        %><tbl:cellvalue 
927                          list="<%=loader.getValues()%>"
928                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
929                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
930                        /><%
931                      }
932                      %></tbl:cell>
933                    <%
934                  }
935                }
936                %>
937                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
938                <tbl:cell column="sharedTo">
939                  <%
940                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
941                  while(sharees.hasNext())
942                  {
943                    Nameable n = sharees.next();
944                    if (mode.hasPropertyLink())
945                    {
946                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
947                    }
948                    else
949                    {
950                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
951                    }
952                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
953                  }
954                  %>
955                </tbl:cell>
956                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
957                  <tbl:cell column="xt-columns" />
958                </tbl:xt-cells>
959              </tbl:row>
960              <%
961              }
962            }
963            if (numListed == 0)
964            {
965              %>
966              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
967                <div class="messagecontainer note">
968                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
969                </div>
970              </tbl:panel>
971              <%
972            }
973            %>
974          </tbl:rows>
975      </tbl:data>
976    </tbl:table>
977    </div>
978
979    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
980      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
981      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
982      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
983    </base:buttongroup>
984  </base:body>
985  </base:page>
986  <%
987}
988finally
989{
990  if (samples != null) samples.close();
991  if (dc != null) dc.close();
992}
993%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.