source: branches/3.16-stable/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp @ 7804

Last change on this file since 7804 was 7804, checked in by Nicklas Nordborg, 2 years ago

References #2209: Add items to existing item list from list page

Fixed on the list pages for extracts, physical, derived and raw bioassays.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 30.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 7804 2020-05-04 11:45:21Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
30  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
33  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.FileSet"
36  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
38  import="net.sf.basedb.core.Include"
39  import="net.sf.basedb.core.Type"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
54  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
59  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
60  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.DataFileFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
76  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
77  import="net.sf.basedb.util.Values"
78  import="java.util.Iterator"
79  import="java.util.List"
80  import="java.util.Map"
81  import="java.util.Date"
82  import="java.util.ArrayList"
83%>
84<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
85<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
86<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
87<%!
88  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
89  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
90%>
91<%
92final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
93final String ID = sc.getId();
94final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
95final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
96final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
97
98final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
99final String callback = request.getParameter("callback");
100final String title = mode.generateTitle("derived bioassay", "derived bioassays");
101final DbControl dc = sc.newDbControl();
102ItemResultIterator<DerivedBioAssay> bioAssays = null;
103List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
104try
105{
106  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
107  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
108  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
109  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
110  {
111    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
112  }
113  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
114  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
115  {
116    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
117  }
118  List<DataFileType> fileTypeColumns = new ArrayList<DataFileType>(Base.getDataFileColumns(itemType, null).list(dc));
119 
120  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
121  final ItemQuery<ItemSubtype> jobSubtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(Item.JOB);
122
123  // Query for parent physical bioassays to the current bioassay
124  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalBioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
125  physicalBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
126  physicalBioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("derivedBioAssays", "dba"));
127  physicalBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
128  physicalBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
129
130  // Query for parent bioassays to the current bioassay
131  final ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
132  parentQuery.include(cc.getInclude());
133  parentQuery.join(Hql.innerJoin("children", "c"));
134  parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("c"), Expressions.parameter("bioAssay")));
135  parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
136
137  // Query for child bioassays to the current bioassay
138  final ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
139  childQuery.include(cc.getInclude());
140  childQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "p"));
141  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("p"), Expressions.parameter("bioAssay")));
142  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
143
144  // Query for raw bioassays to the current bioassay
145  final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
146  rawBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
147  rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
148  rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
149 
150  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
151  try
152  {
153    final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, DerivedBioAssay.getQuery(), mode);
154    bioAssays = query.iterate(dc);
155  }
156  catch (Throwable t)
157  {
158    cc.setMessage(t.getMessage());
159    t.printStackTrace();
160  }
161  int numListed = 0;
162  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
163  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
164  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
165  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<DerivedBioAssay,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
166  %>
167  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
168  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
169    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
170    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
171  </base:head>
172 
173  <base:body>
174    <h1><%=title==null ? "Derived bioassays" : title%></h1>
175    <div class="content">
176    <tbl:table 
177      id="bioassays" 
178      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
179      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
180      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
181      action="index.jsp"
182      sc="<%=sc%>"
183      item="<%=itemType%>"
184      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
185      subclass="fulltable"
186      data-inherited-annotations="true"
187      data-parent-columns="true"
188      >
189      <tbl:hidden 
190        name="mode" 
191        value="<%=mode.getName()%>" 
192      />
193      <tbl:hidden 
194        name="callback" 
195        value="<%=callback%>" 
196        skip="<%=callback == null%>" 
197      />
198      <tbl:columndef 
199        id="name"
200        property="name"
201        datatype="string"
202        title="Name"
203        sortable="true" 
204        filterable="true"
205        exportable="true"
206        show="always" 
207      />
208      <tbl:columndef 
209        id="itemSubtype"
210        property="itemSubtype"
211        sortproperty="itemSubtype.name"
212        exportproperty="itemSubtype.name:string"
213        datatype="int"
214        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
215        title="Type"
216        sortable="true" 
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219      />
220      <tbl:columndef
221        id="id"
222        clazz="uniquecol"
223        property="id"
224        datatype="int"
225        title="ID"
226        sortable="true"
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229      />
230      <tbl:columndef 
231        id="physicalBioAssays"
232        property="&physicalBioAssays(name)"
233        datatype="string"
234        title="Physical bioassays"
235        filterable="true"
236        exportable="true"
237      />
238      <tbl:columndef 
239        id="parents"
240        property="&parents(name)"
241        datatype="string"
242        title="Parent bioassays"
243        filterable="true"
244        exportable="true"
245      />
246      <tbl:columndef
247        id="children"
248        title="Child bioassays"
249        property="&children(name)"
250        datatype="string"
251        filterable="true"
252        exportable="true"
253      />
254      <tbl:columndef 
255        id="extract"
256        property="extract.name"
257        datatype="string"
258        title="Extract"
259        sortable="true" 
260        filterable="true"
261        exportable="true"
262      />
263      <tbl:columndef
264        id="rawBioAssays"
265        title="Raw bioassays"
266        property="&rawBioAssays(name)"
267        datatype="string"
268        filterable="true"
269        exportable="true"
270      />
271      <tbl:columndef 
272        id="jobType"
273        property="job.itemSubtype"
274        sortproperty="job.itemSubtype.name"
275        exportproperty="job.itemSubtype.name:string"
276        datatype="int"
277        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(jobSubtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
278        title="Job type"
279        sortable="true" 
280        filterable="true"
281        exportable="true"
282      />
283      <tbl:columndef 
284        id="plugin"
285        property="job.pluginDefinition.name"
286        datatype="string"
287        title="Plugin"
288        sortable="true" 
289        filterable="true"
290        exportable="true"
291      />
292      <tbl:columndef 
293        id="protocol"
294        property="protocol.name"
295        datatype="string"
296        title="Protocol"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true"
300      />
301      <tbl:columndef 
302        id="kit"
303        property="kit.name"
304        datatype="string"
305        title="Kit"
306        sortable="true" 
307        filterable="true"
308        exportable="true"
309      />
310      <tbl:columndef
311        id="hardware"
312        property="hardware.name"
313        datatype="string"
314        title="Hardware"
315        sortable="true"
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318      />
319      <tbl:columndef
320        id="software"
321        property="software.name"
322        datatype="string"
323        title="Software"
324        sortable="true"
325        filterable="true"
326        exportable="true"
327      />
328      <tbl:columndef 
329        id="entryDate"
330        property="entryDate"
331        datatype="date"
332        title="Registered"
333        sortable="true" 
334        filterable="true"
335        exportable="true"
336        formatter="<%=dateFormatter%>"
337      />
338      <tbl:columndef 
339        id="owner"
340        property="owner.name"
341        datatype="string"
342        title="Owner"
343        sortable="true" 
344        filterable="true"
345        exportable="true"
346      />
347      <tbl:columndef 
348        id="description"
349        property="description"
350        datatype="string"
351        title="Description" 
352        sortable="true" 
353        filterable="true" 
354        exportable="true"
355      />
356      <tbl:columndef
357        id="itemList"
358        property="§itemLists"
359        datatype="int"
360        title="Item list"
361        filterable="true"
362        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
363      />
364      <%
365      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
366      {
367        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
368        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
369        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
370        if (at.isEnumeration())
371        {
372          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
373          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
374          List<?> values = at.getValues();
375          for (Object value : values)
376          {
377            String encoded = formatter.format(value);
378            annotationEnum.add(encoded, encoded);
379          }
380        }
381        %>
382        <tbl:columndef 
383          subclass="controlled-width"
384          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
385          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
386          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
387          annotation="true"
388          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
389          enumeration="<%=annotationEnum%>"
390          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
391          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
392          filterable="true" 
393          exportable="true"
394          formatter="<%=formatter%>"
395          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
396        />
397        <%
398      }
399      for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
400      {
401        %>
402        <tbl:columndef
403          subclass="controlled-width"
404          id="<%="ft"+ft.getId()%>"
405          title="<%=HTML.encodeTags(ft.getName())+" [F]"%>"
406          property="<%="¤" + ft.getId()+"(file.name)"%>"
407          exportproperty="<%="¤" + ft.getId()+"(file.path)"%>"
408          datatype="string"
409          filterable="true"
410          sortable="false"
411          exportable="true"
412          formatter="<%=new DataFileFormatter(dc, ft, mode) %>"
413        />
414        <%
415      }
416      %>
417      <tbl:columndef
418        id="permission"
419        title="Permission"
420      />
421      <tbl:columndef
422        id="sharedTo"
423        title="Shared to"
424        filterable="true"
425        filterproperty="!sharedTo.name"
426        datatype="string"
427      />
428      <tbl:columndef 
429        id="xt-columns" 
430        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
431        jspcontext="<%=jspContext%>" 
432      />
433      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
434        <tbl:toolbar
435          subclass="bottomborder"
436          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
437          >
438          <tbl:button 
439            id="btnNewItem"
440            disabled="<%=!createPermission%>" 
441            image="new.png" 
442            title="New&hellip;" 
443            tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>" 
444          />
445          <tbl:button 
446            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
447            disabled="<%=!createPermission%>" 
448            image="new_pooled.png" 
449            title="Merge&hellip;" 
450            tooltip="<%=createPermission ? "Create new merged bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassay"%>" 
451          />
452          <tbl:button 
453            id="btnDeleteItems"
454            image="delete.png"
455            title="Delete" 
456            tooltip="Delete the selected items" 
457          />
458          <tbl:button 
459            id="btnRestoreItems"
460            image="restore.png"
461            title="Restore" 
462            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
463          />
464          <tbl:button 
465            id="btnShareItems"
466            image="share.png"
467            title="Share&hellip;" 
468            tooltip="Share the selected items"
469          />
470          <tbl:button 
471            id="btnSetOwner"
472            image="take_ownership.png"
473            title="Set owner&hellip;"
474            tooltip="Change owner of the selected items"
475          />
476          <tbl:button 
477            id="btnColumns"
478            image="columns.png" 
479            title="Columns&hellip;" 
480            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
481          />
482          <tbl:button
483            id="btnNewItemList"
484            image="add.png"
485            title="New item list&hellip;"
486            tooltip="Create a new item list from matching bioassays"
487            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
488          />
489          <tbl:button
490            id="btnAddToItemList"
491            image="add.png"
492            title="Add to item list&hellip;"
493            tooltip="Add bioassays to an existing item list"
494          />
495          <tbl:button
496            id="btnInheritAnnotations"
497            image="inherit.png"
498            title="Inherit annotations&hellip;"
499            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
500          />
501          <tbl:button 
502            id="btnImport"
503            data-plugin-type="IMPORT"
504            image="import.png" 
505            title="Import&hellip;" 
506            tooltip="Import data" 
507            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
508          />
509          <tbl:button 
510            id="btnExport"
511            data-plugin-type="EXPORT"
512            image="export.png" 
513            title="Export&hellip;" 
514            tooltip="Export data" 
515            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
516          />
517          <tbl:button 
518            id="btnRunPlugin"
519            data-plugin-type="OTHER"
520            image="runplugin.png" 
521            title="Run plugin&hellip;" 
522            tooltip="Run a plugin" 
523            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
524          />
525          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
526            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
527        </tbl:toolbar>
528        <tbl:panel>
529          <tbl:presetselector />
530          <tbl:navigator
531            page="<%=cc.getPage()%>" 
532            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
533            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
534            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
535          />
536        </tbl:panel>
537      </div>
538      <tbl:data>
539        <tbl:headers>
540          <tbl:headerrow>
541            <tbl:header colspan="3" />
542            <tbl:columnheaders />
543          </tbl:headerrow>
544          <%
545          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
546          int numRows = cc.getFilterRows();
547          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
548          {
549            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
550            %>
551            <tbl:headerrow>
552              <tbl:header subclass="index" />
553              <tbl:header 
554                subclass="check" 
555                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
556                ><base:icon 
557                  subclass="link table-check"
558                  image="check_uncheck.png" 
559                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
560                  visible="<%=lastRow%>"
561                /></tbl:header>
562              <tbl:header 
563                subclass="check" 
564                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
565                />
566              <tbl:header 
567                subclass="icons" 
568                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
569                >
570                <base:icon
571                  subclass="link table-filter-row-action"
572                  image="add.png"
573                  tooltip="Add extra filter row"
574                  visible="<%=lastRow%>"
575                /><base:icon
576                  subclass="link table-filter-row-action"
577                  image="remove.png"
578                  tooltip="Remove this filter row"
579                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
580                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
581                />
582              </tbl:header>
583              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
584            </tbl:headerrow>
585            <%
586          }
587          %>
588        </tbl:headers>
589        <tbl:rows>
590          <%
591          if (cc.getMessage() != null)
592          {
593            %>
594            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
595              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
596            </tbl:panel>
597            <%
598            cc.setMessage(null);
599          }
600          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
601          int selectedItemId = cc.getId();
602          if (bioAssays != null)
603          {           
604            while (bioAssays.hasNext())
605            {
606              DerivedBioAssay item = bioAssays.next();
607              int itemId = item.getId();
608              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
609             
610             
611              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
612              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
613              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
614              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
615                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
616              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
617              index++;
618              numListed++;
619              %>
620              <tbl:row>
621                <tbl:header 
622                  clazz="index"
623                  ><%=index%></tbl:header>
624                <tbl:header 
625                  clazz="check" 
626                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
627                  ><input 
628                    type="checkbox" 
629                    name="<%=itemId%>" 
630                    value="<%=itemId%>" 
631                    title="<%=name%>" 
632                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
633                  ></tbl:header>
634                <tbl:header 
635                  clazz="check" 
636                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
637                  ><input 
638                    type="radio" 
639                    name="item_id" 
640                    value="<%=itemId%>" 
641                    title="<%=name%>" 
642                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
643                  ></tbl:header>
644                <tbl:header 
645                  clazz="icons" 
646                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
647                  ><base:icon 
648                    image="deleted.png"
649                    id="<%="delete."+itemId %>"
650                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
651                    data-item-id="<%=itemId%>"
652                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
653                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
654                  /><base:icon 
655                    image="shared.png" 
656                    id="<%="share."+itemId %>"
657                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
658                    data-item-id="<%=itemId%>"
659                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
660                    visible="<%=item.isShared()%>"
661                  />&nbsp;</tbl:header>
662                <tbl:cell column="name"><div 
663                  class="link table-item"
664                  data-item-id="<%=itemId%>"
665                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
666                  tabindex="0"
667                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
668                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
669                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
670                    item="<%=item%>" 
671                    property="itemSubtype"
672                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
673                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
674                  /></tbl:cell>
675                <tbl:cell column="children">
676                  <%
677                  childQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
678                  try
679                  {
680                    String separator = "";
681                    for (DerivedBioAssay child : childQuery.list(dc))
682                    {
683                      out.write(separator);
684                      if (mode.hasPropertyLink())
685                      {
686                        out.write(Base.getLinkedName(ID, child, false, mode.hasEditLink()));
687                      }
688                      else
689                      {
690                        out.write(HTML.encodeTags(child.getName()));
691                      }
692                      separator = ", ";
693                    }
694                  }
695                  catch (Throwable t)
696                  {
697                    %>
698                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
699                    <%
700                  }
701                  %>             
702                  <base:icon
703                    subclass="link auto-init"
704                    data-auto-init="new-child-bioassay"
705                    data-item-id="<%=itemId %>"
706                    image="add.png" 
707                    tooltip="Create new child bioassay" 
708                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
709                  />
710                </tbl:cell>
711                <tbl:cell column="rawBioAssays">
712                  <%
713                  rawBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
714                  try
715                  {
716                    String separator = "";
717                    for (RawBioAssay rba : rawBioAssayQuery.list(dc))
718                    {
719                      out.write(separator);
720                      if (mode.hasPropertyLink())
721                      {
722                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
723                      }
724                      else
725                      {
726                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
727                      }
728                      separator = ", ";
729                    }
730                  }
731                  catch (Throwable t)
732                  {
733                    %>
734                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
735                    <%
736                  }
737                  %>             
738                  <base:icon
739                    subclass="link auto-init"
740                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
741                    data-item-id="<%=itemId %>"
742                    image="add.png" 
743                    tooltip="Create new raw bioassay" 
744                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
745                  />
746                </tbl:cell>
747                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
748                  <%
749                  physicalBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
750                  try
751                  {
752                    String separator = "";
753                    for (PhysicalBioAssay pba : physicalBioAssayQuery.list(dc))
754                    {
755                      out.write(separator);
756                      if (mode.hasPropertyLink())
757                      {
758                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
759                      }
760                      else
761                      {
762                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
763                      }
764                      separator = ", ";
765                    }
766                  }
767                  catch (Throwable t)
768                  {
769                    %>
770                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
771                    <%
772                  }
773                  %>             
774                </tbl:cell>
775                <tbl:cell column="parents">
776                  <%
777                  if (!item.isRoot())
778                  {
779                    parentQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
780                    try
781                    {
782                      String separator = "";
783                      for (DerivedBioAssay dba : parentQuery.list(dc))
784                      {
785                        out.write(separator);
786                        if (mode.hasPropertyLink())
787                        {
788                          out.write(Base.getLinkedName(ID, dba, false, mode.hasEditLink()));
789                        }
790                        else
791                        {
792                          out.write(HTML.encodeTags(dba.getName()));
793                        }
794                        separator = ", ";
795                      }
796                    }
797                    catch (Throwable t)
798                    {
799                      %>
800                      <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
801                      <%
802                    }
803                  }
804                  %>             
805                </tbl:cell>
806                <tbl:cell column="extract"
807                  ><base:propertyvalue 
808                    item="<%=item%>" 
809                    property="extract"
810                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
811                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
812                  /></tbl:cell>
813                <tbl:cell column="jobType"><base:propertyvalue 
814                    item="<%=item%>" 
815                    property="job.itemSubtype"
816                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
817                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
818                  /></tbl:cell>
819                <tbl:cell column="plugin"
820                  ><base:propertyvalue 
821                    item="<%=item%>" 
822                    property="job.pluginDefinition"
823                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
824                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
825                  /></tbl:cell>
826                <tbl:cell column="protocol"
827                  ><base:propertyvalue 
828                    item="<%=item%>" 
829                    property="protocol"
830                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
831                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
832                  /></tbl:cell>
833                <tbl:cell column="kit"
834                  ><base:propertyvalue 
835                    item="<%=item%>" 
836                    property="kit"
837                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
838                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
839                  /></tbl:cell>
840                <tbl:cell column="hardware"
841                  ><base:propertyvalue 
842                    item="<%=item%>"
843                    property="hardware"
844                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
845                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
846                  /></tbl:cell>
847                <tbl:cell column="software"
848                  ><base:propertyvalue 
849                    item="<%=item%>"
850                    property="software"
851                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
852                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
853                  /></tbl:cell>
854                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
855                <tbl:cell column="owner"
856                  ><base:propertyvalue 
857                    item="<%=item%>" 
858                    property="owner"
859                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
860                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
861                  /></tbl:cell>
862                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
863                <%
864                if (item.hasFileSet())
865                {
866                  FileSet fileSet = item.getFileSet();
867                  for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
868                  {
869                    %>
870                    <tbl:cell column="<%="ft"+ft.getId()%>" value="<%=fileSet%>" />
871                    <%
872                  }
873                }
874                if (item.isAnnotated())
875                {
876                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
877                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
878                  {
879                    %>
880                    <tbl:cell 
881                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
882                      ><%
883                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
884                      {
885                        %><tbl:cellvalue 
886                          list="<%=loader.getValues()%>"
887                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
888                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
889                        /><%
890                      }
891                      %></tbl:cell>
892                    <%
893                  }
894                }
895                %>
896                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
897                <tbl:cell column="sharedTo">
898                  <%
899                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
900                  while(sharees.hasNext())
901                  {
902                    Nameable n = sharees.next();
903                    if (mode.hasPropertyLink())
904                    {
905                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
906                    }
907                    else
908                    {
909                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
910                    }
911                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
912                  }
913                  %>
914                </tbl:cell>
915                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
916                  <tbl:cell column="xt-columns" />
917                </tbl:xt-cells>
918              </tbl:row>
919              <%
920              }
921            }
922          if (numListed == 0)
923          {
924            %>
925            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
926              <div class="messagecontainer note">
927              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
928              </div>
929            </tbl:panel>
930            <%
931          }
932          %>
933        </tbl:rows>
934      </tbl:data>
935    </tbl:table>
936    </div>
937   
938    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
939      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
940      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
941      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
942    </base:buttongroup>
943   
944  </base:body>
945  </base:page>
946  <%
947}
948finally
949{
950  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
951  if (dc != null) dc.close();
952}
953%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.