source: branches/3.16-stable/www/views/rawbioassays/list_rawbioassays.jsp @ 7804

Last change on this file since 7804 was 7804, checked in by Nicklas Nordborg, 2 years ago

References #2209: Add items to existing item list from list page

Fixed on the list pages for extracts, physical, derived and raw bioassays.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 29.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_rawbioassays.jsp 7804 2020-05-04 11:45:21Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 3
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
32  import="net.sf.basedb.core.Platform"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
34  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
35  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.File"
40  import="net.sf.basedb.core.FileSet"
41  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
44  import="net.sf.basedb.core.Include"
45  import="net.sf.basedb.core.Type"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
49  import="net.sf.basedb.core.Job"
50  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
51  import="net.sf.basedb.core.Permission"
52  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
53  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
54  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
55  import="net.sf.basedb.core.Unit"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
59  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
60  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
61  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
65  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
66  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
67  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
68  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
69  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
70  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
75  import="net.sf.basedb.util.Values"
76  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.DataFileFormatter"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
81  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
82  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
83  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
84  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
85  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
86  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
87  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
88  import="java.util.Iterator"
89  import="java.util.List"
90  import="java.util.Map"
91  import="java.util.Date"
92  import="java.util.ArrayList"
93%>
94<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
95<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
96<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
97<%!
98  private static final Item itemType = Item.RAWBIOASSAY;
99  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
100%>
101<%
102final String root = request.getContextPath()+"/";
103final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
104final String ID = sc.getId();
105final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
106final boolean readPermission = sc.hasPermission(Permission.READ, itemType);
107final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
108
109final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
110final String callback = request.getParameter("callback");
111final String title = mode.generateTitle("raw bioassay", "raw bioassays");
112final DbControl dc = sc.newDbControl();
113ItemResultIterator<RawBioAssay> rawBioAssays = null;
114List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
115try
116{
117  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
118  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
119  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
120  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
121  {
122    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
123  }
124  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
125  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
126  {
127    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
128  }
129  List<DataFileType> fileTypeColumns = new ArrayList<DataFileType>(Base.getDataFileColumns(itemType, null).list(dc));
130
131  final ItemQuery<ItemSubtype> jobSubtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(Item.JOB);
132 
133  // Query for experiments relatated to the current raw bioassay
134  final ItemQuery<Experiment> experimentQuery = Experiment.getQuery();
135  experimentQuery.include(cc.getInclude());
136  experimentQuery.join(Hql.innerJoin("rawBioAssays", "rba"));
137  experimentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("rba"), Expressions.parameter("rawBioAssay")));
138  experimentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
139 
140  // Get all platforms
141  final ItemQuery<Platform> platformQuery = Platform.getQuery();
142  platformQuery.include(cc.getInclude());
143  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
144  platformQuery.setCacheResult(true);
145  Enumeration<String, String> platforms = new Enumeration<String, String>();
146  for (Platform p : platformQuery.list(dc))
147  {
148    platforms.add(Integer.toString(p.getId()), p.getName());
149  }
150 
151  Unit bytes = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.STORAGE_SIZE, "B");
152  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
153  try
154  {
155    final ItemQuery<RawBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, RawBioAssay.getQuery(), mode);
156    rawBioAssays = query.iterate(dc);
157  }
158  catch (Throwable t)
159  {
160    t.printStackTrace();
161    cc.setMessage(t.getMessage());
162  }
163  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
164  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
165  int numListed = 0;
166  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
167  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
168  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<RawBioAssay,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
169  %>
170  <base:page title="<%=title==null ? "Raw bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
171  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
172    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
173    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
174  </base:head>
175 
176  <base:body>
177    <h1><%=title==null ? "Raw bioassays" : title%></h1>
178    <div class="content">
179    <tbl:table 
180      id="rawbioassays" 
181      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
182      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
183      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
184      action="index.jsp"
185      sc="<%=sc%>"
186      item="<%=itemType%>"
187      subclass="fulltable"
188      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
189      data-inherited-annotations="true"
190      data-parent-columns="true"
191      >
192      <tbl:hidden 
193        name="mode" 
194        value="<%=mode.getName()%>" 
195      />
196      <tbl:hidden 
197        name="callback" 
198        value="<%=callback%>" 
199        skip="<%=callback == null%>" 
200      />
201      <tbl:columndef 
202        id="name"
203        property="name"
204        datatype="string"
205        title="Name"
206        sortable="true" 
207        filterable="true"
208        exportable="true"
209        show="always" 
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="id" 
213        clazz="uniquecol"
214        property="id"
215        datatype="int"
216        title="ID"
217        sortable="true"
218        filterable="true"
219        exportable="true"
220      />
221      <tbl:columndef 
222        id="entryDate"
223        property="entryDate"
224        datatype="date"
225        title="Registered"
226        sortable="true" 
227        filterable="true"
228        exportable="true"
229        formatter="<%=dateFormatter%>"
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="platform"
233        property="platform"
234        sortproperty="platform.name"
235        exportproperty="platform.name:string"
236        datatype="int"
237        enumeration="<%=platforms%>"
238        title="Platform"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      /> 
243      <tbl:columndef 
244        id="variant"
245        property="variant.name"
246        datatype="string"
247        title="Variant"
248        sortable="true" 
249        filterable="true"
250        exportable="true"
251      />       
252      <%
253      Enumeration<String, String> rawEnumeration = new Enumeration<String, String>();
254      for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
255      {
256        rawEnumeration.add(rdt.getId(), HTML.encodeTags(rdt.getName()));
257      }
258      rawEnumeration.sortValues();
259      %>
260      <tbl:columndef 
261        id="rawDataType"
262        property="rawDataType"
263        datatype="string"
264        enumeration="<%=rawEnumeration%>"
265        title="Raw data type"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="hasData"
272        property="hasData"
273        datatype="boolean"
274        title="Has data"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="spots"
281        property="spots"
282        datatype="int"
283        title="Db spots"
284        sortable="true" 
285        filterable="true"
286        exportable="true"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="numFileSpots"
290        property="numFileSpots"
291        datatype="int"
292        title="File spots"
293        sortable="true" 
294        filterable="true"
295        exportable="true"
296      />     
297      <tbl:columndef 
298        id="bytes"
299        property="bytes"
300        datatype="long"
301        title="Bytes"
302        sortable="true" 
303        filterable="true"
304        exportable="true"
305        unit="<%=bytes%>"
306      />
307      <tbl:columndef 
308        id="parentBioAssay"
309        property="parentBioAssay.name"
310        datatype="string"
311        title="Parent bioassay"
312        sortable="true" 
313        filterable="true"
314        exportable="true"
315      />
316      <tbl:columndef 
317        id="parentExtract"
318        property="parentExtract.name"
319        datatype="string"
320        title="Parent extract"
321        sortable="true" 
322        filterable="true"
323        exportable="true"
324      />
325      <tbl:columndef 
326        id="software"
327        property="software.name"
328        datatype="string"
329        title="Software"
330        sortable="true" 
331        filterable="true"
332        exportable="true"
333      />
334      <tbl:columndef 
335        id="protocol"
336        property="protocol.name"
337        datatype="string"
338        title="Protocol"
339        sortable="true" 
340        filterable="true"
341        exportable="true"
342      />
343      <tbl:columndef 
344        id="arrayDesign"
345        property="arrayDesign.name"
346        datatype="string"
347        title="Array design"
348        sortable="true" 
349        filterable="true"
350        exportable="true"
351      />
352      <tbl:columndef 
353        id="jobType"
354        property="job.itemSubtype"
355        sortproperty="job.itemSubtype.name"
356        exportproperty="job.itemSubtype.name:string"
357        datatype="int"
358        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(jobSubtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
359        title="Job type"
360        sortable="true" 
361        filterable="true"
362        exportable="true"
363      />
364      <tbl:columndef 
365        id="plugin"
366        property="job.pluginDefinition.name"
367        datatype="string"
368        title="Plugin"
369        sortable="true"
370        filterable="true"
371        exportable="true"
372        tooltip="The plug-in that was used to create data for the raw bioassay"
373      />
374      <tbl:columndef 
375        id="configuration"
376        property="job.pluginConfiguration.name"
377        datatype="string"
378        title="Configuration"
379        sortable="true"
380        filterable="true"
381        exportable="true" 
382        tooltip="The configuration/file format that was used to create data for the raw bioassay"
383      />
384      <tbl:columndef 
385        id="importdate"
386        property="job.ended"
387        datatype="date"
388        title="Import date"
389        sortable="true"
390        filterable="true"
391        exportable="true" 
392        tooltip="The date and time of the raw data import"
393        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
394      />
395      <tbl:columndef
396        id="experiments"
397        title="Experiments"
398        property="&experiments(name)"
399        datatype="string"
400        filterable="true"
401        exportable="true"
402      />
403      <tbl:columndef 
404        id="owner"
405        property="owner.name"
406        datatype="string"
407        title="Owner"
408        sortable="true" 
409        filterable="true"
410        exportable="true"
411      />
412      <tbl:columndef 
413        id="description"
414        property="description"
415        datatype="string"
416        title="Description" 
417        sortable="true" 
418        filterable="true" 
419        exportable="true"
420      />
421      <tbl:columndef
422        id="itemList"
423        property="§itemLists"
424        datatype="int"
425        title="Item list"
426        filterable="true"
427        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
428      />
429      <%
430      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
431      {
432        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
433        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
434        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
435        if (at.isEnumeration())
436        {
437          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
438          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
439          List<?> values = at.getValues();
440          for (Object value : values)
441          {
442            String encoded = HTML.encodeTags(value.toString());
443            annotationEnum.add(encoded, encoded);
444          }
445        }
446        %>
447        <tbl:columndef 
448          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
449          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
450          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
451          annotation="true"
452          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
453          enumeration="<%=annotationEnum%>"
454          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
455          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
456          filterable="true" 
457          exportable="true"
458          formatter="<%=formatter%>"
459          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
460        />
461        <%
462      }
463      for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
464      {
465        %>
466        <tbl:columndef
467          subclass="controlled-width"
468          id="<%="ft"+ft.getId()%>"
469          title="<%=HTML.encodeTags(ft.getName())+" [F]"%>"
470          property="<%="¤" + ft.getId()+"(file.name)"%>"
471          exportproperty="<%="¤" + ft.getId()+"(file.path)"%>"
472          datatype="string"
473          filterable="true"
474          sortable="false"
475          exportable="true"
476          formatter="<%=new DataFileFormatter(dc, ft, mode) %>"
477        />
478        <%
479      }
480      %>
481      <tbl:columndef
482        id="permission"
483        title="Permission"
484      />
485      <tbl:columndef
486        id="sharedTo"
487        title="Shared to"
488        filterable="true"
489        filterproperty="!sharedTo.name"
490        datatype="string"
491      />
492      <tbl:columndef 
493        id="xt-columns" 
494        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
495        jspcontext="<%=jspContext%>" 
496      />
497      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
498        <tbl:toolbar
499          subclass="bottomborder"
500          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
501          >
502          <tbl:button 
503            id="btnNewItem"
504            disabled="<%=!createPermission%>" 
505            image="new.png" 
506            title="New&hellip;" 
507            tooltip="<%=createPermission ? "Create new raw bioassay" : "You do not have permission to create raw bioassays"%>" 
508          />
509          <tbl:button 
510            id="btnDeleteItems"
511            image="delete.png"
512            title="Delete" 
513            tooltip="Delete the selected items" 
514          />
515          <tbl:button 
516            id="btnRestoreItems"
517            image="restore.png"
518            title="Restore" 
519            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
520          />
521          <tbl:button 
522            id="btnShareItems"
523            image="share.png"
524            title="Share&hellip;" 
525            tooltip="Share the selected items"
526          />
527          <tbl:button 
528            id="btnSetOwner"
529            image="take_ownership.png"
530            title="Set owner&hellip;"
531            tooltip="Change owner of the selected items"
532          />
533          <tbl:button 
534            id="btnColumns"
535            image="columns.png" 
536            title="Columns&hellip;" 
537            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
538          />
539          <tbl:button
540            id="btnNewItemList"
541            image="add.png"
542            title="New item list&hellip;"
543            tooltip="Create a new item list from matching raw bioassays"
544            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
545          />
546          <tbl:button
547            id="btnAddToItemList"
548            image="add.png"
549            title="Add to item list&hellip;"
550            tooltip="Add raw bioassays to an existing item list"
551          />
552          <tbl:button
553            id="btnNewExperiment"
554            image="add.png"
555            title="New experiment&hellip;"
556            tooltip="Create a new experiment from the selected raw bioassays"
557            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXPERIMENT)%>"
558          />
559          <tbl:button
560            id="btnInheritAnnotations"
561            image="inherit.png"
562            title="Inherit annotations&hellip;"
563            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
564          />
565          <tbl:button 
566            id="btnImport"
567            data-plugin-type="IMPORT"
568            image="import.png" 
569            title="Import&hellip;" 
570            tooltip="Import data" 
571            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
572          />
573          <tbl:button 
574            id="btnExport"
575            data-plugin-type="EXPORT"
576            image="export.png" 
577            title="Export&hellip;" 
578            tooltip="Export data" 
579            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
580          />
581          <tbl:button 
582            id="btnRunPlugin"
583            data-plugin-type="OTHER"
584            image="runplugin.png" 
585            title="Run plugin&hellip;" 
586            tooltip="Run a plugin" 
587            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
588          />
589          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
590            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
591        </tbl:toolbar>
592        <tbl:panel>
593          <tbl:presetselector />
594          <tbl:navigator
595            page="<%=cc.getPage()%>" 
596            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
597            totalrows="<%=rawBioAssays == null ? 0 : rawBioAssays.getTotalCount()%>" 
598            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
599          />
600        </tbl:panel>
601      </div>
602      <tbl:data>
603        <tbl:headers>
604          <tbl:headerrow>
605            <tbl:header colspan="3" />
606            <tbl:columnheaders />
607          </tbl:headerrow>
608          <%
609          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
610          int numRows = cc.getFilterRows();
611          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
612          {
613            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
614            %>
615            <tbl:headerrow>
616              <tbl:header subclass="index" />
617              <tbl:header 
618                subclass="check" 
619                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
620                ><base:icon 
621                  subclass="link table-check"
622                  image="check_uncheck.png" 
623                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
624                  visible="<%=lastRow%>"
625                /></tbl:header>
626              <tbl:header 
627                subclass="check" 
628                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
629                />
630              <tbl:header 
631                subclass="icons" 
632                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
633                >
634                <base:icon
635                  subclass="link table-filter-row-action"
636                  image="add.png"
637                  tooltip="Add extra filter row"
638                  visible="<%=lastRow%>"
639                /><base:icon
640                  subclass="link table-filter-row-action"
641                  image="remove.png"
642                  tooltip="Remove this filter row"
643                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
644                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
645                />
646              </tbl:header>
647              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
648            </tbl:headerrow>
649            <%
650          }
651          %>
652        </tbl:headers>
653        <tbl:rows>
654          <%
655          if (cc.getMessage() != null)
656          {
657            %>
658            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
659              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
660            </tbl:panel>
661            <%
662            cc.setMessage(null);
663          }
664          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
665          int selectedItemId = cc.getId();
666          if (rawBioAssays != null)
667          {           
668            while (rawBioAssays.hasNext())
669            {
670              RawBioAssay item = rawBioAssays.next();
671              Job job = null;
672              try
673              {
674                job = item.getJob();
675              }
676              catch (Throwable t)
677              {}
678              int itemId = item.getId();
679             
680             
681              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
682              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
683              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
684              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
685                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
686              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
687              index++;
688              numListed++;
689              %>
690              <tbl:row>
691                <tbl:header 
692                  clazz="index"
693                  ><%=index%></tbl:header>
694                <tbl:header 
695                  clazz="check" 
696                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
697                  ><input 
698                    type="checkbox" 
699                    name="<%=itemId%>" 
700                    value="<%=itemId%>" 
701                    title="<%=name%>" 
702                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
703                  ></tbl:header>
704                <tbl:header 
705                  clazz="check" 
706                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
707                  ><input 
708                    type="radio" 
709                    name="item_id" 
710                    value="<%=itemId%>" 
711                    title="<%=name%>" 
712                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
713                  ></tbl:header>
714                <tbl:header 
715                  clazz="icons" 
716                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
717                  ><base:icon 
718                    image="deleted.png"
719                    id="<%="delete."+itemId %>"
720                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
721                    data-item-id="<%=itemId%>"
722                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
723                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
724                  /><base:icon 
725                    image="shared.png" 
726                    id="<%="share."+itemId %>"
727                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
728                    data-item-id="<%=itemId%>"
729                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
730                    visible="<%=item.isShared()%>"
731                  />&nbsp;</tbl:header>
732                <tbl:cell column="name"><div 
733                  class="link table-item"
734                  data-item-id="<%=itemId%>"
735                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
736                  tabindex="0"
737                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
738                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
739                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
740                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumDbSpots()%></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="numFileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
742                <tbl:cell column="bytes"><%=Values.formatBytes(item.getBytes())%></tbl:cell>
743                <tbl:cell column="platform"
744                  ><base:propertyvalue 
745                    item="<%=item%>" 
746                    property="platform"
747                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
748                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
749                  /></tbl:cell>
750                <tbl:cell column="variant"
751                  ><base:propertyvalue 
752                    item="<%=item%>" 
753                    property="variant"
754                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
755                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
756                  /></tbl:cell>               
757                <tbl:cell column="rawDataType"><%=HTML.encodeTags(item.getRawDataType().getName())%></tbl:cell>
758                <tbl:cell column="hasData"><%=item.hasData()%></tbl:cell>
759                <tbl:cell column="parentBioAssay"
760                  ><base:propertyvalue 
761                    item="<%=item%>" 
762                    property="parentBioAssay"
763                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
764                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
765                  /></tbl:cell>
766                <tbl:cell column="parentExtract"
767                  ><base:propertyvalue 
768                    item="<%=item%>" 
769                    property="parentExtract"
770                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
771                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
772                  /></tbl:cell>
773                <tbl:cell column="software"
774                  ><base:propertyvalue 
775                    item="<%=item%>" 
776                    property="software"
777                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
778                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
779                  /></tbl:cell>
780                <tbl:cell column="protocol"
781                  ><base:propertyvalue 
782                    item="<%=item%>" 
783                    property="protocol"
784                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
785                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
786                  /></tbl:cell>
787                <tbl:cell column="arrayDesign"
788                  ><base:propertyvalue 
789                    item="<%=item%>" 
790                    property="arrayDesign"
791                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
792                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
793                  /></tbl:cell>
794                <tbl:cell column="jobType"><base:propertyvalue 
795                    item="<%=item%>" 
796                    property="job.itemSubtype"
797                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
798                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
799                  /></tbl:cell>
800                <tbl:cell column="plugin">
801                  <base:propertyvalue 
802                    item="<%=item%>"
803                    property="job.pluginDefinition" 
804                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
805                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
806                    />
807                </tbl:cell>
808                <tbl:cell column="configuration">
809                  <base:propertyvalue 
810                    item="<%=item%>"
811                    property="job.pluginConfiguration" 
812                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
813                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
814                  />
815                </tbl:cell>
816                <tbl:cell 
817                  column="importdate" 
818                  value="<%=job == null ? null : job.getEnded() %>" 
819                />
820                <tbl:cell column="experiments">
821                  <%
822                  experimentQuery.setParameter("rawBioAssay", itemId, Type.INT);
823                  try
824                  {
825                    String separator = "";
826                    for (Experiment e : experimentQuery.list(dc))
827                    {
828                      out.write(separator);
829                      if (mode.hasPropertyLink())
830                      {
831                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
832                      }
833                      else
834                      {
835                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
836                      }
837                      separator = ", ";
838                    }
839                  }
840                  catch (Throwable t)
841                  {
842                    %>
843                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
844                    <%
845                  }
846                  %>
847                </tbl:cell>
848                <tbl:cell column="owner"
849                  ><base:propertyvalue 
850                    item="<%=item%>" 
851                    property="owner"
852                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
853                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
854                  /></tbl:cell>
855                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
856                <%
857                if (item.hasFileSet())
858                {
859                  FileSet fileSet = item.getFileSet();
860                  for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
861                  {
862                    %>
863                    <tbl:cell column="<%="ft"+ft.getId()%>" value="<%=fileSet%>" />
864                    <%
865                  }
866                }
867                if (item.isAnnotated())
868                {
869                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
870                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
871                  {
872                    %>
873                    <tbl:cell 
874                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
875                      ><%
876                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
877                      {
878                        %><tbl:cellvalue 
879                          list="<%=loader.getValues()%>"
880                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
881                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
882                        /><%
883                      }
884                      %></tbl:cell>
885                    <%
886                  }
887                }
888                %>
889                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
890                <tbl:cell column="sharedTo">
891                  <%
892                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
893                  while(sharees.hasNext())
894                  {
895                    Nameable n = sharees.next();
896                    if (mode.hasPropertyLink())
897                    {
898                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
899                    }
900                    else
901                    {
902                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
903                    }
904                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
905                  }
906                  %>
907                </tbl:cell>
908                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
909                  <tbl:cell column="xt-columns" />
910                </tbl:xt-cells>
911              </tbl:row>
912              <%
913              }
914            }
915          if (numListed == 0)
916          {
917            %>
918            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
919              <div class="messagecontainer note">
920              <%=rawBioAssays == null || rawBioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No raw bioassays were found" : "No raw bioassays on this page. Please select another page!" %>
921              </div>
922            </tbl:panel>
923            <%
924          }
925          %>
926        </tbl:rows>
927      </tbl:data>
928    </tbl:table>
929    </div>
930   
931    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
932      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
933      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
934      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
935    </base:buttongroup>
936   
937  </base:body>
938  </base:page>
939  <%
940}
941finally
942{
943  if (rawBioAssays != null) rawBioAssays.close();
944  if (dc != null) dc.close();
945}
946%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.