source: branches/3.18-stable/www/admin/annotationtypecategories/list_categories.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 6 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 16.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_categories.jsp 7932 2021-04-28 07:16:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Nicklas Nordborg, Dominic Oyeniran
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Dominic
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationTypeCategory"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.Include"
34  import="net.sf.basedb.core.Type"
35  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
39  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
40  import="net.sf.basedb.core.Permission"
41  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Values"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
55  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Iterator"
67  import="java.util.List"
68  import="java.util.Map"
69  import="java.util.Set"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.ANNOTATIONTYPECATEGORY;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77   
78%>
79<%
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
81final String ID = sc.getId();
82final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("annotation type category", "annotation type categories");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<AnnotationTypeCategory> annotationTypeCategories = null;
90try
91{
92  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
93  // Query for annotation types in the current category
94  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = AnnotationType.getQuery(null);
95  annotationTypeQuery.include(cc.getInclude());
96  annotationTypeQuery.join(Hql.innerJoin("categories", "ctg"));
97  annotationTypeQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("ctg"), Expressions.parameter("category")));
98  annotationTypeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
99
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
102  try
103  {
104    final ItemQuery<AnnotationTypeCategory> query = 
105      Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, AnnotationTypeCategory.getQuery(), mode);
106    annotationTypeCategories = query.iterate(dc);
107  }
108  catch (Throwable ex)
109  {
110    cc.setMessage(ex.getMessage());
111  }
112  int numListed = 0;
113  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
114  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<AnnotationTypeCategory,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
115  %>
116  <base:page title="<%=title==null ? "Annotation type categories" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
117 
118  <base:head scripts="table.js,~categories.js" styles="table.css,toolbar.css">
119    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
120    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
121  </base:head>
122 
123  <base:body>
124    <h1><%=title==null ? "Annotation type categories" : title%></h1>
125    <div class="content">
126    <tbl:table 
127      id="annotationTypeCategories" 
128      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
129      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
130      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
131      action="index.jsp"
132      sc="<%=sc%>"
133      item="<%=itemType%>"
134      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
135      subclass="fulltable sticky-headers"
136      >
137      <tbl:hidden 
138        name="mode" 
139        value="<%=mode.getName()%>" 
140      />
141      <tbl:hidden 
142        name="callback" 
143        value="<%=callback%>" 
144        skip="<%=callback == null%>" 
145      />
146
147      <tbl:columndef 
148        id="name"
149        property="name"
150        datatype="string"
151        title="Name"
152        sortable="true" 
153        filterable="true"
154        exportable="true"
155        show="always" 
156      />
157      <tbl:columndef 
158        id="id"
159        clazz="uniquecol"
160        property="id"
161        datatype="int"
162        title="ID"
163        sortable="true"
164        filterable="true"
165        exportable="true"
166      />
167      <tbl:columndef 
168        id="entryDate"
169        property="entryDate"
170        datatype="date"
171        title="Registered"
172        sortable="true" 
173        filterable="true"
174        exportable="true"
175        formatter="<%=dateFormatter%>"
176      />
177      <tbl:columndef 
178        id="annotationTypes"
179        title="Annotation types"
180        property="&annotationTypes(name)"
181        datatype="string"
182        filterable="true"
183        exportable="true"
184      />
185      <tbl:columndef 
186        id="owner"
187        property="owner.name"
188        datatype="string"
189        title="Owner"
190        sortable="true" 
191        filterable="true"
192        exportable="true"
193      />
194      <tbl:columndef 
195        id="description"
196        property="description"
197        datatype="string"
198        title="Description" 
199        sortable="true" 
200        filterable="true" 
201        exportable="true"
202      />
203      <tbl:columndef
204        id="permission"
205        title="Permission"
206      />
207      <tbl:columndef
208        id="sharedTo"
209        title="Shared to"
210        filterable="true"
211        filterproperty="!sharedTo.name"
212        datatype="string"
213      />
214      <tbl:columndef 
215        id="xt-columns" 
216        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
217        jspcontext="<%=jspContext%>" 
218      />
219      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
220        <tbl:toolbar
221          subclass="bottomborder"
222          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
223          >
224          <tbl:button 
225            id="btnNewItem"
226            disabled="<%=!createPermission%>" 
227            image="new.png" 
228            title="New&hellip;" 
229            tooltip="<%=createPermission ? "Create new annotation type category" : "You do not have permission to create annotation type categories"%>" 
230          />
231          <tbl:button 
232            id="btnDeleteItems"
233            image="delete.png"
234            title="Delete" 
235            tooltip="Delete the selected items" 
236          />
237          <tbl:button 
238            id="btnRestoreItems"
239            image="restore.png"
240            title="Restore" 
241            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
242          />
243          <tbl:button 
244            id="btnShareItems"
245            image="share.png"
246            title="Share&hellip;" 
247            tooltip="Share the selected items"
248          />
249          <tbl:button 
250            id="btnSetOwner"
251            image="take_ownership.png"
252            title="Set owner&hellip;"
253            tooltip="Change owner of the selected items"
254          />
255          <tbl:button 
256            id="btnColumns"
257            image="columns.png" 
258            title="Columns&hellip;" 
259            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
260          />
261          <tbl:button 
262            id="btnImport"
263            data-plugin-type="IMPORT"
264            image="import.png" 
265            title="Import&hellip;" 
266            tooltip="Import data" 
267            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
268          />
269          <tbl:button 
270            id="btnExport"
271            data-plugin-type="EXPORT"
272            image="export.png" 
273            title="Export&hellip;" 
274            tooltip="Export data" 
275            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
276          />
277          <tbl:button 
278            id="btnRunPlugin"
279            data-plugin-type="OTHER"
280            image="runplugin.png" 
281            title="Run plugin&hellip;" 
282            tooltip="Run a plugin" 
283            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
284          />
285          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
286            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
287        </tbl:toolbar>
288        <tbl:panel>
289          <tbl:presetselector />
290          <tbl:navigator
291            page="<%=cc.getPage()%>" 
292            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
293            totalrows="<%=annotationTypeCategories == null ? 0 : annotationTypeCategories.getTotalCount()%>" 
294            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
295          />
296        </tbl:panel>
297      </div>
298      <tbl:data>
299        <tbl:headers>
300          <tbl:headerrow>
301            <tbl:header colspan="3" />
302            <tbl:columnheaders />
303          </tbl:headerrow>
304          <%
305          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
306          int numRows = cc.getFilterRows();
307          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
308          {
309            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
310            %>
311            <tbl:headerrow>
312              <tbl:header subclass="index" />
313              <tbl:header 
314                subclass="check" 
315                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
316                ><base:icon 
317                  subclass="link table-check"
318                  image="check_uncheck.png" 
319                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
320                  visible="<%=lastRow%>"
321                /></tbl:header>
322              <tbl:header 
323                subclass="check" 
324                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
325                />
326              <tbl:header 
327                subclass="icons" 
328                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
329                >
330                <base:icon
331                  subclass="link table-filter-row-action"
332                  image="add.png"
333                  tooltip="Add extra filter row"
334                  visible="<%=lastRow%>"
335                /><base:icon
336                  subclass="link table-filter-row-action"
337                  image="remove.png"
338                  tooltip="Remove this filter row"
339                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
340                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
341                />
342              </tbl:header>
343              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
344            </tbl:headerrow>
345            <%
346          }
347          %>
348          <tbl:columnsubtitles />
349        </tbl:headers>
350        <tbl:rows>
351          <%
352          if (cc.getMessage() != null)
353          {
354            %>
355            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
356              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
357            </tbl:panel>
358            <%
359            cc.setMessage(null);
360          }
361          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
362          int selectedItemId = cc.getId();
363          if (annotationTypeCategories != null)
364          {
365            while (annotationTypeCategories.hasNext())
366            {
367              AnnotationTypeCategory item = annotationTypeCategories.next();
368              int itemId = item.getId();
369             
370              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
371             
372              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
373              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
374              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
375              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
376                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
377              index++;
378              numListed++;
379              %>
380              <tbl:row>
381                <tbl:header 
382                  clazz="index"
383                  ><%=index%></tbl:header>
384                <tbl:header 
385                  clazz="check" 
386                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
387                  ><input 
388                    type="checkbox" 
389                    name="<%=itemId%>" 
390                    value="<%=itemId%>" 
391                    title="<%=name%>" 
392                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
393                  ></tbl:header>
394                <tbl:header 
395                  clazz="check" 
396                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
397                  ><input 
398                    type="radio" 
399                    name="item_id" 
400                    value="<%=itemId%>" 
401                    title="<%=name%>" 
402                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
403                  ></tbl:header>
404                <tbl:header 
405                  clazz="icons" 
406                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
407                  ><base:icon 
408                    image="deleted.png"
409                    id="<%="delete."+itemId %>"
410                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
411                    data-item-id="<%=itemId%>"
412                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
413                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
414                  /><base:icon 
415                    image="shared.png" 
416                    id="<%="share."+itemId %>"
417                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
418                    data-item-id="<%=itemId%>"
419                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
420                    visible="<%=item.isShared()%>"
421                  />&nbsp;</tbl:header>
422                <tbl:cell column="name"><div 
423                  class="link table-item"
424                  data-item-id="<%=itemId%>"
425                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
426                  tabindex="0"
427                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
428                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
429                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
430                <tbl:cell column="owner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="owner.name" /></tbl:cell>
431                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
432                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
433                <tbl:cell column="annotationTypes">
434                  <%
435                  annotationTypeQuery.setParameter("category", itemId, Type.INT);
436                  try
437                  {
438                    String separator = "";
439                    for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
440                    {
441                      out.write(separator);
442                      if (mode.hasPropertyLink())
443                      {
444                        out.write(Base.getLinkedName(ID, at, false, mode.hasEditLink()));
445                      }
446                      else
447                      {
448                        out.write(HTML.encodeTags(at.getName()));
449                      }
450                      separator = ", ";
451                    }
452                  }
453                  catch (Throwable t)
454                  {
455                    %>
456                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
457                    <%
458                  }
459                  %>
460                </tbl:cell>
461                <tbl:cell column="sharedTo">
462                  <%
463                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
464                  while(sharees.hasNext())
465                  {
466                    Nameable n = sharees.next();
467                    if (mode.hasPropertyLink())
468                    {
469                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
470                    }
471                    else
472                    {
473                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
474                    }
475                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
476                  }
477                  %>
478                </tbl:cell>
479                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
480                  <tbl:cell column="xt-columns" />
481                </tbl:xt-cells>
482              </tbl:row>
483              <%
484            }
485          }
486          if (numListed == 0)
487          {
488            %>
489            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
490              <div class="messagecontainer note">
491              <%=annotationTypeCategories == null || annotationTypeCategories.getTotalCount() == 0 ? "No annotation type categories were found" : "No annotation types categories on this page. Please select another page!" %>
492              </div>
493            </tbl:panel>
494            <%
495          }
496          %>
497        </tbl:rows>
498      </tbl:data>
499    </tbl:table>
500    </div>
501   
502    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
503      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
504      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
505      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
506    </base:buttongroup>
507   
508  </base:body>
509  </base:page>
510  <%
511}
512finally
513{
514  if (annotationTypeCategories != null) annotationTypeCategories.close();
515  if (dc != null) dc.close();
516}
517%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.