source: branches/3.18-stable/www/admin/annotationtypecategories/list_categories.jsp @ 7939

Last change on this file since 7939 was 7939, checked in by Nicklas Nordborg, 6 months ago

References #2246: Sticky table headers

It should now be implemented on all list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 16.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_categories.jsp 7939 2021-05-04 07:30:31Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Nicklas Nordborg, Dominic Oyeniran
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Dominic
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationTypeCategory"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.Include"
34  import="net.sf.basedb.core.Type"
35  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
39  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
40  import="net.sf.basedb.core.Permission"
41  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Values"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
55  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
64  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
65  import="java.util.Date"
66  import="java.util.Iterator"
67  import="java.util.List"
68  import="java.util.Map"
69  import="java.util.Set"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.ANNOTATIONTYPECATEGORY;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77   
78%>
79<%
80final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
81final String ID = sc.getId();
82final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("annotation type category", "annotation type categories");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<AnnotationTypeCategory> annotationTypeCategories = null;
90try
91{
92  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
93  // Query for annotation types in the current category
94  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = AnnotationType.getQuery(null);
95  annotationTypeQuery.include(cc.getInclude());
96  annotationTypeQuery.join(Hql.innerJoin("categories", "ctg"));
97  annotationTypeQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("ctg"), Expressions.parameter("category")));
98  annotationTypeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
99
100  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
101  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
102  try
103  {
104    final ItemQuery<AnnotationTypeCategory> query = 
105      Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, AnnotationTypeCategory.getQuery(), mode);
106    annotationTypeCategories = query.iterate(dc);
107  }
108  catch (Throwable ex)
109  {
110    cc.setMessage(ex.getMessage());
111  }
112  int numListed = 0;
113  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
114  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<AnnotationTypeCategory,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
115  %>
116  <base:page title="<%=title==null ? "Annotation type categories" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
117 
118  <base:head scripts="table.js,~categories.js" styles="table.css,toolbar.css">
119    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
120    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
121  </base:head>
122 
123  <base:body>
124    <h1><%=title==null ? "Annotation type categories" : title%></h1>
125    <div class="content">
126    <tbl:table 
127      id="annotationTypeCategories" 
128      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
129      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
130      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
131      action="index.jsp"
132      sc="<%=sc%>"
133      item="<%=itemType%>"
134      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
135      subclass="fulltable"
136      stickyheaders="name"
137      >
138      <tbl:hidden 
139        name="mode" 
140        value="<%=mode.getName()%>" 
141      />
142      <tbl:hidden 
143        name="callback" 
144        value="<%=callback%>" 
145        skip="<%=callback == null%>" 
146      />
147
148      <tbl:columndef 
149        id="name"
150        property="name"
151        datatype="string"
152        title="Name"
153        sortable="true" 
154        filterable="true"
155        exportable="true"
156        show="always" 
157      />
158      <tbl:columndef 
159        id="id"
160        clazz="uniquecol"
161        property="id"
162        datatype="int"
163        title="ID"
164        sortable="true"
165        filterable="true"
166        exportable="true"
167      />
168      <tbl:columndef 
169        id="entryDate"
170        property="entryDate"
171        datatype="date"
172        title="Registered"
173        sortable="true" 
174        filterable="true"
175        exportable="true"
176        formatter="<%=dateFormatter%>"
177      />
178      <tbl:columndef 
179        id="annotationTypes"
180        title="Annotation types"
181        property="&annotationTypes(name)"
182        datatype="string"
183        filterable="true"
184        exportable="true"
185      />
186      <tbl:columndef 
187        id="owner"
188        property="owner.name"
189        datatype="string"
190        title="Owner"
191        sortable="true" 
192        filterable="true"
193        exportable="true"
194      />
195      <tbl:columndef 
196        id="description"
197        property="description"
198        datatype="string"
199        title="Description" 
200        sortable="true" 
201        filterable="true" 
202        exportable="true"
203      />
204      <tbl:columndef
205        id="permission"
206        title="Permission"
207      />
208      <tbl:columndef
209        id="sharedTo"
210        title="Shared to"
211        filterable="true"
212        filterproperty="!sharedTo.name"
213        datatype="string"
214      />
215      <tbl:columndef 
216        id="xt-columns" 
217        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
218        jspcontext="<%=jspContext%>" 
219      />
220      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
221        <tbl:toolbar
222          subclass="bottomborder"
223          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
224          >
225          <tbl:button 
226            id="btnNewItem"
227            disabled="<%=!createPermission%>" 
228            image="new.png" 
229            title="New&hellip;" 
230            tooltip="<%=createPermission ? "Create new annotation type category" : "You do not have permission to create annotation type categories"%>" 
231          />
232          <tbl:button 
233            id="btnDeleteItems"
234            image="delete.png"
235            title="Delete" 
236            tooltip="Delete the selected items" 
237          />
238          <tbl:button 
239            id="btnRestoreItems"
240            image="restore.png"
241            title="Restore" 
242            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
243          />
244          <tbl:button 
245            id="btnShareItems"
246            image="share.png"
247            title="Share&hellip;" 
248            tooltip="Share the selected items"
249          />
250          <tbl:button 
251            id="btnSetOwner"
252            image="take_ownership.png"
253            title="Set owner&hellip;"
254            tooltip="Change owner of the selected items"
255          />
256          <tbl:button 
257            id="btnColumns"
258            image="columns.png" 
259            title="Columns&hellip;" 
260            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
261          />
262          <tbl:button 
263            id="btnImport"
264            data-plugin-type="IMPORT"
265            image="import.png" 
266            title="Import&hellip;" 
267            tooltip="Import data" 
268            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
269          />
270          <tbl:button 
271            id="btnExport"
272            data-plugin-type="EXPORT"
273            image="export.png" 
274            title="Export&hellip;" 
275            tooltip="Export data" 
276            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
277          />
278          <tbl:button 
279            id="btnRunPlugin"
280            data-plugin-type="OTHER"
281            image="runplugin.png" 
282            title="Run plugin&hellip;" 
283            tooltip="Run a plugin" 
284            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
285          />
286          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
287            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
288        </tbl:toolbar>
289        <tbl:panel>
290          <tbl:presetselector />
291          <tbl:navigator
292            page="<%=cc.getPage()%>" 
293            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
294            totalrows="<%=annotationTypeCategories == null ? 0 : annotationTypeCategories.getTotalCount()%>" 
295            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
296          />
297        </tbl:panel>
298      </div>
299      <tbl:data>
300        <tbl:headers>
301          <tbl:headerrow>
302            <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
303            <tbl:columnheaders />
304          </tbl:headerrow>
305          <%
306          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
307          int numRows = cc.getFilterRows();
308          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
309          {
310            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
311            %>
312            <tbl:headerrow>
313              <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
314                <div class="index-<%=mode.getName()%>">
315                  <div class="index"></div>
316                  <div class="check">
317                    <base:icon 
318                      subclass="link table-check"
319                      image="check_uncheck.png" 
320                      tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
321                      visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
322                    />
323                  </div>
324                  <div class="icons">
325                    <base:icon
326                      subclass="link table-filter-row-action"
327                      image="add.png"
328                      tooltip="Add extra filter row"
329                      visible="<%=lastRow%>"
330                    /><base:icon
331                      subclass="link table-filter-row-action"
332                      image="remove.png"
333                      tooltip="Remove this filter row"
334                      visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
335                      data-remove-row="<%=filterNo%>"
336                    />
337                  </div>
338                </div>
339              </tbl:header>
340              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
341            </tbl:headerrow>
342            <%
343          }
344          %>
345          <tbl:columnsubtitles />
346        </tbl:headers>
347        <tbl:rows>
348          <%
349          if (cc.getMessage() != null)
350          {
351            %>
352            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
353              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
354            </tbl:panel>
355            <%
356            cc.setMessage(null);
357          }
358          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
359          int selectedItemId = cc.getId();
360          if (annotationTypeCategories != null)
361          {
362            while (annotationTypeCategories.hasNext())
363            {
364              AnnotationTypeCategory item = annotationTypeCategories.next();
365              int itemId = item.getId();
366             
367              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
368             
369              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
370              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
371              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
372              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
373                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
374              index++;
375              numListed++;
376              %>
377              <tbl:row>
378                <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
379                  <div class="index-<%=mode.getName()%>">
380                    <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
381                    <div class="check">
382                      <base:input
383                        type="checkbox" 
384                        name="<%=itemId%>" 
385                        value="<%=itemId%>" 
386                        title="<%=name%>" 
387                        checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
388                        visible="<%=mode.hasCheck()%>"
389                      />
390                      <base:input 
391                        type="radio" 
392                        name="item_id" 
393                        value="<%=itemId%>" 
394                        title="<%=name%>" 
395                        checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
396                        visible="<%=mode.hasRadio()%>"
397                      />
398                    </div>
399                    <div class="icons">
400                      <base:icon 
401                        image="deleted.png"
402                        id="<%="delete."+itemId %>"
403                        subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
404                        data-item-id="<%=itemId%>"
405                        tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
406                        visible="<%=item.isRemoved()%>"
407                      /><base:icon 
408                        image="shared.png" 
409                        id="<%="share."+itemId %>"
410                        subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
411                        data-item-id="<%=itemId%>"
412                        tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
413                        visible="<%=item.isShared()%>"
414                      />
415                    </div>
416                  </div>
417                </tbl:header>
418                <tbl:cell column="name"><div 
419                  class="link table-item"
420                  data-item-id="<%=itemId%>"
421                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
422                  tabindex="0"
423                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
424                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
425                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
426                <tbl:cell column="owner"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="owner.name" /></tbl:cell>
427                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
428                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
429                <tbl:cell column="annotationTypes">
430                  <%
431                  annotationTypeQuery.setParameter("category", itemId, Type.INT);
432                  try
433                  {
434                    String separator = "";
435                    for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
436                    {
437                      out.write(separator);
438                      if (mode.hasPropertyLink())
439                      {
440                        out.write(Base.getLinkedName(ID, at, false, mode.hasEditLink()));
441                      }
442                      else
443                      {
444                        out.write(HTML.encodeTags(at.getName()));
445                      }
446                      separator = ", ";
447                    }
448                  }
449                  catch (Throwable t)
450                  {
451                    %>
452                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
453                    <%
454                  }
455                  %>
456                </tbl:cell>
457                <tbl:cell column="sharedTo">
458                  <%
459                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
460                  while(sharees.hasNext())
461                  {
462                    Nameable n = sharees.next();
463                    if (mode.hasPropertyLink())
464                    {
465                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
466                    }
467                    else
468                    {
469                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
470                    }
471                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
472                  }
473                  %>
474                </tbl:cell>
475                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
476                  <tbl:cell column="xt-columns" />
477                </tbl:xt-cells>
478              </tbl:row>
479              <%
480            }
481          }
482          if (numListed == 0)
483          {
484            %>
485            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
486              <div class="messagecontainer note">
487              <%=annotationTypeCategories == null || annotationTypeCategories.getTotalCount() == 0 ? "No annotation type categories were found" : "No annotation types categories on this page. Please select another page!" %>
488              </div>
489            </tbl:panel>
490            <%
491          }
492          %>
493        </tbl:rows>
494      </tbl:data>
495    </tbl:table>
496    </div>
497   
498    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
499      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
500      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
501      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
502    </base:buttongroup>
503   
504  </base:body>
505  </base:page>
506  <%
507}
508finally
509{
510  if (annotationTypeCategories != null) annotationTypeCategories.close();
511  if (dc != null) dc.close();
512}
513%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.