source: branches/3.18-stable/www/admin/datafiletypes/list_filetypes.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 6 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.6 KB
Line 
1<%-- $Id:list_filetypes.jsp 3820 2007-10-12 10:03:18Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23  @version 2.0
24--%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.Item"
29  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
31  import="net.sf.basedb.core.PlatformFileType"
32  import="net.sf.basedb.core.Platform"
33  import="net.sf.basedb.core.PlatformVariant"
34  import="net.sf.basedb.core.PlatformFileType"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtypeFileType"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.Include"
38  import="net.sf.basedb.core.Type"
39  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Permission"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
51  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
56  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
65  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
66  import="net.sf.basedb.util.Values"
67  import="java.util.List"
68  import="java.util.Map"
69  import="java.util.Date"
70%>
71<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
72<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
73<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
74<%!
75  private static final Item itemType = Item.DATAFILETYPE;
76  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
77  private static final Enumeration<String, String> items = new Enumeration<String, String>();
78  static
79  {
80    for (Item item : Metadata.getFileStoreEnabledItems())
81    {
82      items.add(Integer.toString(item.getValue()), item.toString());
83    }
84  }
85%>
86<%
87final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
88final String ID = sc.getId();
89final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
90final boolean writePermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, itemType);
91final boolean deletePermission = sc.hasPermission(Permission.DELETE, itemType);
92final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
93
94final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
95final String callback = request.getParameter("callback");
96final String title = mode.generateTitle("data file type", "data file types");
97final DbControl dc = sc.newDbControl();
98ItemResultIterator<DataFileType> fileTypes = null;
99try
100{
101  // Query to get the platforms a file type is registerd with
102  final ItemQuery<PlatformFileType> platformQuery = PlatformFileType.getQuery(null, null, false);
103  platformQuery.include(cc.getInclude());
104  platformQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("dataFileType"), Expressions.parameter("fileType")));
105  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("platform.name"))); 
106
107  // Query to get the item subtypes a file type is registerd with
108  final ItemQuery<ItemSubtypeFileType> subtypeQuery = ItemSubtypeFileType.getQuery((DataFileType)null);
109  subtypeQuery.include(cc.getInclude());
110  subtypeQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("dataFileType"), Expressions.parameter("fileType")));
111  subtypeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("itemSubtype.name"))); 
112 
113  // Get all file types
114  final ItemQuery<ItemSubtype> typeQuery = ItemSubtype.getQuery(Item.FILE);
115  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
116  typeQuery.setCacheResult(true);
117  Enumeration<String, String> genericTypes = new Enumeration<String, String>();
118  for (ItemSubtype ft : typeQuery.list(dc))
119  {
120    genericTypes.add(Integer.toString(ft.getId()), ft.getName());
121  }
122
123  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
124  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
125  try
126  {
127    final ItemQuery<DataFileType> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, DataFileType.getQuery(), mode);
128    fileTypes = query.iterate(dc);
129  }
130  catch (Throwable t)
131  {
132    cc.setMessage(t.getMessage());
133  }
134  int numListed = 0;
135  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
136  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<DataFileType,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
137  %>
138  <base:page title="<%=title==null ? "Data file types" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
139  <base:head scripts="table.js,~filetypes.js" styles="table.css,toolbar.css">
140    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
141    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
142  </base:head>
143 
144  <base:body>
145    <h1><%=title==null ? "Data file types" : title%></h1>
146    <div class="content">
147    <tbl:table 
148      id="fileTypes" 
149      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
150      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
151      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
152      action="index.jsp"
153      sc="<%=sc%>"
154      item="<%=itemType%>"
155      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
156      subclass="fulltable sticky-headers"
157      >
158      <tbl:hidden 
159        name="mode" 
160        value="<%=mode.getName()%>" 
161      />
162      <tbl:hidden 
163        name="callback" 
164        value="<%=callback%>" 
165        skip="<%=callback == null%>" 
166      />
167      <tbl:columndef 
168        id="name"
169        property="name"
170        datatype="string"
171        title="Name"
172        sortable="true" 
173        filterable="true"
174        exportable="true"
175        show="always" 
176      />
177      <tbl:columndef 
178        id="id"
179        clazz="uniquecol"
180        property="id"
181        datatype="int"
182        title="ID"
183        sortable="true"
184        filterable="true"
185        exportable="true"
186      />
187      <tbl:columndef 
188        id="externalId"
189        clazz="uniquecol"
190        property="externalId"
191        datatype="string"
192        title="External ID"
193        sortable="true"
194        filterable="true"
195        exportable="true"
196      />
197      <tbl:columndef 
198        id="extension"
199        property="extension"
200        datatype="string"
201        title="File extension"
202        sortable="true"
203        filterable="true"
204        exportable="true"
205      />
206      <tbl:columndef 
207        id="itemType"
208        property="itemType"
209        datatype="int"
210        title="Item type"
211        enumeration="<%=items%>"
212        sortable="true"
213        filterable="true"
214        exportable="true"
215      />
216      <tbl:columndef 
217        id="genericType"
218        property="genericType"
219        sortproperty="genericType.name"
220        exportproperty="genericType.name:string"
221        datatype="int"
222        enumeration="<%=genericTypes%>"
223        title="Generic type"
224        sortable="true" 
225        filterable="true"
226        exportable="true"
227      /> 
228      <tbl:columndef
229        id="platforms"
230        title="Platforms"
231        property="&platforms(platform.name)"
232        datatype="string"
233        filterable="true"
234      />
235      <tbl:columndef
236        id="subtypes"
237        title="Subtypes"
238        property="&itemSubtypes(itemSubtype.name)"
239        datatype="string"
240        filterable="true"
241      />
242      <tbl:columndef 
243        id="description"
244        property="description"
245        datatype="string"
246        title="Description" 
247        sortable="true" 
248        filterable="true" 
249        exportable="true"
250      />
251      <tbl:columndef 
252        id="xt-columns" 
253        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
254        jspcontext="<%=jspContext%>" 
255      />
256      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
257        <tbl:toolbar
258          subclass="bottomborder"
259          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
260          >
261          <tbl:button 
262            id="btnNewItem"
263            disabled="<%=!createPermission%>" 
264            image="new.png" 
265            title="New&hellip;" 
266            tooltip="<%=createPermission ? "Create data file type" : "You do not have permission to create data file types"%>" 
267          />
268          <tbl:button 
269            id="btnDeleteItems"
270            disabled="<%=!deletePermission%>" 
271            image="delete.png" 
272            title="Delete" 
273            tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete data file types" %>" 
274          />
275          <tbl:button 
276            id="btnRestoreItems"
277            disabled="<%=!writePermission%>" 
278            image="restore.png" 
279            title="Restore" 
280            tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to edit date file types" %>" 
281          />
282          <tbl:button 
283            id="btnColumns"
284            image="columns.png" 
285            title="Columns&hellip;" 
286            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
287          />
288          <tbl:button 
289            id="btnImport"
290            data-plugin-type="IMPORT"
291            image="import.png" 
292            title="Import&hellip;" 
293            tooltip="Import data" 
294            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
295          />
296          <tbl:button 
297            id="btnExport"
298            data-plugin-type="EXPORT"
299            image="export.png" 
300            title="Export&hellip;" 
301            tooltip="Export data" 
302            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
303          />
304          <tbl:button 
305            id="btnRunPlugin"
306            data-plugin-type="OTHER"
307            image="runplugin.png" 
308            title="Run plugin&hellip;" 
309            tooltip="Run a plugin" 
310            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
311          />
312          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
313            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
314        </tbl:toolbar>
315        <tbl:panel>
316          <tbl:presetselector />
317          <tbl:navigator
318            page="<%=cc.getPage()%>" 
319            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
320            totalrows="<%=fileTypes == null ? 0 : fileTypes.getTotalCount()%>" 
321            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
322          />
323        </tbl:panel>
324      </div>
325      <tbl:data>
326        <tbl:headers>
327          <tbl:headerrow>
328            <tbl:header colspan="3" />
329            <tbl:columnheaders />
330          </tbl:headerrow>
331          <%
332          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
333          int numRows = cc.getFilterRows();
334          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
335          {
336            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
337            %>
338            <tbl:headerrow>
339              <tbl:header subclass="index" />
340              <tbl:header 
341                subclass="check" 
342                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
343                ><base:icon 
344                  subclass="link table-check"
345                  image="check_uncheck.png" 
346                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
347                  visible="<%=lastRow%>"
348                /></tbl:header>
349              <tbl:header 
350                subclass="check" 
351                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
352                />
353              <tbl:header 
354                subclass="icons" 
355                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
356                >
357                <base:icon
358                  subclass="link table-filter-row-action"
359                  image="add.png"
360                  tooltip="Add extra filter row"
361                  visible="<%=lastRow%>"
362                /><base:icon
363                  subclass="link table-filter-row-action"
364                  image="remove.png"
365                  tooltip="Remove this filter row"
366                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
367                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
368                />
369              </tbl:header>
370              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
371            </tbl:headerrow>
372            <%
373          }
374          %>
375          <tbl:columnsubtitles />
376        </tbl:headers>
377        <tbl:rows>
378          <%
379          if (cc.getMessage() != null)
380          {
381            %>
382            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
383              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
384            </tbl:panel>
385            <%
386            cc.setMessage(null);
387          }
388          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
389          int selectedItemId = cc.getId();
390          if (fileTypes != null)
391          {           
392            while (fileTypes.hasNext())
393            {
394              DataFileType item = fileTypes.next();
395              int itemId = item.getId();
396              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
397              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
398                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : ""); 
399             
400              index++;
401              numListed++;
402              %>
403              <tbl:row>
404                <tbl:header 
405                  clazz="index"
406                  ><%=index%></tbl:header>
407                <tbl:header 
408                  clazz="check" 
409                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
410                  ><input 
411                    type="checkbox" 
412                    name="<%=itemId%>" 
413                    value="<%=itemId%>" 
414                    title="<%=name%>" 
415                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
416                  ></tbl:header>
417                <tbl:header 
418                  clazz="check" 
419                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
420                  ><input 
421                    type="radio" 
422                    name="item_id" 
423                    value="<%=itemId%>" 
424                    title="<%=name%>" 
425                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
426                  ></tbl:header>
427                <tbl:header 
428                  clazz="icons" 
429                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
430                  ><base:icon 
431                    image="deleted.png"
432                    id="<%="delete."+itemId %>"
433                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
434                    data-item-id="<%=itemId%>"
435                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
436                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
437                  />&nbsp;</tbl:header>
438                <tbl:cell column="name"><div 
439                  class="link table-item"
440                  data-item-id="<%=itemId%>"
441                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
442                  tabindex="0"
443                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
444                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
445                <tbl:cell column="externalId"><%=Values.getString(item.getExternalId())%></tbl:cell>
446                <tbl:cell column="extension"><%=Values.getString(item.getExtension())%></tbl:cell>
447                <tbl:cell column="itemType"><%=item.getItemType()%></tbl:cell>
448                <tbl:cell column="genericType"
449                  ><base:propertyvalue 
450                    item="<%=item%>" 
451                    property="genericType"
452                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
453                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
454                  /></tbl:cell>
455                <tbl:cell column="platforms">
456                  <%
457                  platformQuery.setParameter("fileType", itemId, Type.INT);
458                  try
459                  {
460                    String separator = "";
461                    for (PlatformFileType pft : platformQuery.list(dc))
462                    {
463                      Platform p = pft.getPlatform();
464                      PlatformVariant v = pft.getVariant();
465                      out.write(separator);
466                      if (mode.hasPropertyLink())
467                      {
468                        out.write(Base.getLinkedName(ID, p, false, mode.hasEditLink()));
469                      }
470                      else
471                      {
472                        out.write(HTML.encodeTags(p.getName()));
473                      }
474                      separator = ", ";
475                    }
476                  }
477                  catch (Throwable t)
478                  {
479                    %>
480                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
481                    <%
482                  }
483                  %>
484                </tbl:cell>
485                <tbl:cell column="subtypes">
486                  <%
487                  subtypeQuery.setParameter("fileType", itemId, Type.INT);
488                  try
489                  {
490                    String separator = "";
491                    for (ItemSubtypeFileType st : subtypeQuery.list(dc))
492                    {
493                      ItemSubtype s = st.getItemSubtype();
494                      out.write(separator);
495                      if (mode.hasPropertyLink())
496                      {
497                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
498                      }
499                      else
500                      {
501                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
502                      }
503                      separator = ", ";
504                    }
505                  }
506                  catch (Throwable t)
507                  {
508                    %>
509                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
510                    <%
511                  }
512                  %>
513                </tbl:cell>
514                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
515                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
516                  <tbl:cell column="xt-columns" />
517                </tbl:xt-cells>
518              </tbl:row>
519              <%
520              }
521            }
522          if (numListed == 0)
523          {
524            %>
525            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
526              <div class="messagecontainer note">
527              <%=fileTypes == null || fileTypes.getTotalCount() == 0 ? "No data file types were found" : "No data file types on this page. Please select another page!" %>
528              </div>
529            </tbl:panel>
530            <%
531          }
532          %>
533          </tbl:rows>
534      </tbl:data>
535    </tbl:table>
536    </div>
537   
538    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
539      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
540      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
541      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
542    </base:buttongroup>
543   
544  </base:body>
545  </base:page>
546  <%
547}
548finally
549{
550  if (fileTypes != null) fileTypes.close();
551  if (dc != null) dc.close();
552}
553%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.