source: branches/3.18-stable/www/admin/software/list_software.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 6 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 18.4 KB
Line 
1<%-- $Id: list_software.jsp 7932 2021-04-28 07:16:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Software"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
40  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
47  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
48  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
49  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
50  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
51  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
52  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
53  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
58  import="net.sf.basedb.util.Values"
59  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
69  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
70  import="java.util.Date"
71  import="java.util.Iterator"
72  import="java.util.List"
73  import="java.util.Map"
74  import="java.util.ArrayList"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
78<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
79<%!
80  private static final Item itemType = Item.SOFTWARE;
81  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
82%>
83<%
84final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
85final String ID = sc.getId();
86final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
87final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
88
89final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
90final String callback = request.getParameter("callback");
91final String title = mode.generateTitle("software", "software");
92final DbControl dc = sc.newDbControl();
93ItemResultIterator<Software> software = null;
94List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
95try
96{
97  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
98  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
99  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
100  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
101  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
102  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
103  {
104    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
105  }
106
107  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
108  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
109  try
110  {
111    final ItemQuery<Software> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, Software.getQuery(), mode);
112    software = query.iterate(dc);
113  }
114  catch (Throwable t)
115  {
116    cc.setMessage(t.getMessage());
117  }
118  int numListed = 0;
119  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
120  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Software,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
121  %>
122  <base:page title="<%=title==null ? "Software" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
123  <base:head scripts="table.js,~software.js" styles="table.css,toolbar.css">
124    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
125    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
126  </base:head>
127 
128  <base:body>
129    <h1><%=title==null ? "Software" : title%></h1>
130    <div class="content">
131    <tbl:table 
132      id="software" 
133      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
134      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
135      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
136      action="index.jsp"
137      sc="<%=sc%>"
138      item="<%=itemType%>"
139      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
140      subclass="fulltable sticky-headers"
141      >
142      <tbl:hidden 
143        name="mode" 
144        value="<%=mode.getName()%>" 
145      />
146      <tbl:hidden 
147        name="callback" 
148        value="<%=callback%>" 
149        skip="<%=callback == null%>" 
150      />
151      <tbl:columndef 
152        id="name"
153        property="name"
154        datatype="string"
155        title="Name"
156        sortable="true" 
157        filterable="true"
158        exportable="true"
159        show="always" 
160      />
161      <tbl:columndef 
162        id="id"
163        clazz="uniquecol"
164        property="id"
165        datatype="int"
166        title="ID"
167        sortable="true"
168        filterable="true"
169        exportable="true"
170      />
171      <tbl:columndef 
172        id="entryDate"
173        property="entryDate"
174        datatype="date"
175        title="Registered"
176        sortable="true" 
177        filterable="true"
178        exportable="true"
179        formatter="<%=dateFormatter%>"
180      />
181      <tbl:columndef 
182        id="version"
183        property="versionString"
184        datatype="string"
185        title="Version"
186        sortable="true"
187        filterable="true"
188        exportable="true"
189      />
190      <tbl:columndef 
191        id="itemSubtype"
192        property="itemSubtype"
193        sortproperty="itemSubtype.name"
194        exportproperty="itemSubtype.name:string"
195        datatype="int"
196        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
197        title="Type"
198        sortable="true" 
199        filterable="true"
200        exportable="true"
201      />
202      <tbl:columndef 
203        id="owner"
204        property="owner.name"
205        datatype="string"
206        title="Owner"
207        sortable="true" 
208        filterable="true"
209        exportable="true"
210      />
211      <tbl:columndef 
212        id="description"
213        property="description"
214        datatype="string"
215        title="Description" 
216        sortable="true" 
217        filterable="true" 
218        exportable="true"
219      />
220      <%
221      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
222      {
223        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
224        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
225        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
226        if (at.isEnumeration())
227        {
228          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
229          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
230          List<?> values = at.getValues();
231          for (Object value : values)
232          {
233            String encoded = formatter.format(value);
234            annotationEnum.add(encoded, encoded);
235          }
236        }
237        %>
238        <tbl:columndef 
239          id="<%="at"+at.getId()%>"
240          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
241          property="<%="#"+at.getId()%>"
242          annotation="true"
243          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
244          enumeration="<%=annotationEnum%>"
245          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
246          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
247          filterable="true" 
248          exportable="true"
249          formatter="<%=formatter%>"
250          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
251        />
252        <%
253      }
254      %> 
255      <tbl:columndef
256        id="permission"
257        title="Permission"
258      />
259      <tbl:columndef
260        id="sharedTo"
261        title="Shared to"
262        filterable="true"
263        filterproperty="!sharedTo.name"
264        datatype="string"
265      />
266      <tbl:columndef 
267        id="xt-columns" 
268        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
269        jspcontext="<%=jspContext%>" 
270      />
271      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
272        <tbl:toolbar
273          subclass="bottomborder"
274          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
275          >
276          <tbl:button 
277            id="btnNewItem"
278            disabled="<%=!createPermission%>" 
279            image="new.png" 
280            title="New&hellip;" 
281            tooltip="<%=createPermission ? "Create new software" : "You do not have permission to create software"%>" 
282          />
283          <tbl:button
284            id="btnDeleteItems" 
285            image="delete.png"
286            title="Delete" 
287            tooltip="Delete the selected items" 
288          />
289          <tbl:button 
290            id="btnRestoreItems"
291            image="restore.png" 
292            title="Restore" 
293            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
294          />
295          <tbl:button 
296            id="btnShareItems"
297            image="share.png"
298            title="Share&hellip;" 
299            tooltip="Share the selected items"
300          />
301          <tbl:button 
302            id="btnSetOwnerOfItems"
303            image="take_ownership.png"
304            title="Set owner&hellip;"
305            tooltip="Change owner of the selected items"
306          />
307          <tbl:button 
308            id="btnColumns"
309            image="columns.png" 
310            title="Columns&hellip;" 
311            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
312          />
313          <tbl:button 
314            id="btnImport"
315            data-plugin-type="IMPORT"
316            image="import.png" 
317            title="Import&hellip;" 
318            tooltip="Import data" 
319            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
320          />
321          <tbl:button 
322            id="btnExport"
323            data-plugin-type="EXPORT"
324            image="export.png" 
325            title="Export&hellip;" 
326            tooltip="Export data" 
327            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
328          />
329          <tbl:button 
330            id="btnRunPlugin"
331            data-plugin-type="OTHER"
332            image="runplugin.png" 
333            title="Run plugin&hellip;" 
334            tooltip="Run a plugin" 
335            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
336          />
337          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
338            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
339        </tbl:toolbar>
340        <tbl:panel>
341          <tbl:presetselector />
342          <tbl:navigator
343            page="<%=cc.getPage()%>" 
344            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
345            totalrows="<%=software == null ? 0 : software.getTotalCount()%>" 
346            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
347          />
348        </tbl:panel>
349      </div>
350      <tbl:data>
351        <tbl:headers>
352          <tbl:headerrow>
353            <tbl:header colspan="3" />
354            <tbl:columnheaders />
355          </tbl:headerrow>
356          <%
357          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
358          int numRows = cc.getFilterRows();
359          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
360          {
361            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
362            %>
363            <tbl:headerrow>
364              <tbl:header subclass="index" />
365              <tbl:header 
366                subclass="check" 
367                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
368                ><base:icon 
369                  subclass="link table-check"
370                  image="check_uncheck.png" 
371                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
372                  visible="<%=lastRow%>"
373                /></tbl:header>
374              <tbl:header 
375                subclass="check" 
376                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
377                />
378              <tbl:header 
379                subclass="icons" 
380                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
381                >
382                <base:icon
383                  subclass="link table-filter-row-action"
384                  image="add.png"
385                  tooltip="Add extra filter row"
386                  visible="<%=lastRow%>"
387                /><base:icon
388                  subclass="link table-filter-row-action"
389                  image="remove.png"
390                  tooltip="Remove this filter row"
391                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
392                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
393                />
394              </tbl:header>
395              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
396            </tbl:headerrow>
397            <%
398          }
399          %>
400          <tbl:columnsubtitles />
401        </tbl:headers>
402        <tbl:rows>
403          <%
404          if (cc.getMessage() != null)
405          {
406            %>
407            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
408              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
409            </tbl:panel>
410            <%
411            cc.setMessage(null);
412          }
413          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
414          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
415          if (software != null)
416          {           
417            while (software.hasNext())
418            {
419              Software item = software.next();
420              int itemId = item.getId();
421             
422             
423              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
424              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
425              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
426              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
427                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
428              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
429              index++;
430              numListed++;
431              %>
432              <tbl:row>
433                <tbl:header 
434                  clazz="index"
435                  ><%=index%></tbl:header>
436                <tbl:header 
437                  clazz="check" 
438                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
439                  ><input 
440                    type="checkbox" 
441                    name="<%=itemId%>" 
442                    value="<%=itemId%>" 
443                    title="<%=name%>" 
444                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
445                  ></tbl:header>
446                <tbl:header 
447                  clazz="check" 
448                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
449                  ><input 
450                    type="radio" 
451                    name="item_id" 
452                    value="<%=itemId%>" 
453                    title="<%=name%>" 
454                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
455                  ></tbl:header>
456                <tbl:header 
457                  clazz="icons" 
458                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
459                  ><base:icon 
460                    image="deleted.png"
461                    id="<%="delete."+itemId %>"
462                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
463                    data-item-id="<%=itemId%>"
464                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
465                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
466                  /><base:icon 
467                    image="shared.png" 
468                    id="<%="share."+itemId %>"
469                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
470                    data-item-id="<%=itemId%>"
471                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
472                    visible="<%=item.isShared()%>"
473                  />&nbsp;</tbl:header>
474                <tbl:cell column="name"><div 
475                  class="link table-item" 
476                  data-item-id="<%=itemId%>"
477                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>"
478                  tabindex="0"
479                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
480                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
481                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
482                <tbl:cell column="owner"
483                  ><base:propertyvalue 
484                    item="<%=item%>" 
485                    property="owner"
486                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
487                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
488                  /></tbl:cell>
489                <tbl:cell column="version"><%=HTML.encodeTags(item.getVersionString())%></tbl:cell>
490                <tbl:cell column="itemSubtype"
491                  ><base:propertyvalue 
492                    item="<%=item%>" 
493                    property="itemSubtype"
494                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
495                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
496                  /></tbl:cell>
497                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
498                <%
499                if (item.isAnnotated())
500                {
501                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
502                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
503                  {
504                    %>
505                    <tbl:cell 
506                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
507                      ><%
508                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
509                      {
510                        %><tbl:cellvalue 
511                          list="<%=loader.getValues()%>"
512                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
513                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
514                        /><%
515                      }
516                      %></tbl:cell>
517                    <%
518                  }
519                }
520                %>
521                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
522                <tbl:cell column="sharedTo">
523                  <%
524                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
525                  while(sharees.hasNext())
526                  {
527                    Nameable n = sharees.next();
528                    if (mode.hasPropertyLink())
529                    {
530                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
531                    }
532                    else
533                    {
534                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
535                    }
536                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
537                  }
538                  %>
539                </tbl:cell>
540                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
541                  <tbl:cell column="xt-columns" />
542                </tbl:xt-cells>
543              </tbl:row>
544              <%
545              }
546            }
547          if (numListed == 0)
548          {
549            %>
550            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
551              <div class="messagecontainer note">
552              <%=software == null || software.getTotalCount() == 0 ? "No software were found" : "No software on this page. Please select another page!" %>
553              </div>
554            </tbl:panel>
555            <%
556          }
557          %>
558        </tbl:rows>
559      </tbl:data>
560    </tbl:table>
561    </div>
562   
563    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
564      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
565      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
566      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
567    </base:buttongroup>
568   
569  </base:body>
570  </base:page>
571  <%
572}
573finally
574{
575  if (software != null) software.close();
576  if (dc != null) dc.close();
577}
578%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.