source: branches/3.18-stable/www/admin/software/list_software.jsp @ 7939

Last change on this file since 7939 was 7939, checked in by Nicklas Nordborg, 6 months ago

References #2246: Sticky table headers

It should now be implemented on all list pages.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 18.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_software.jsp 7939 2021-05-04 07:30:31Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Software"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
40  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
45  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
47  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
48  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
49  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
50  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
51  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
52  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
53  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
58  import="net.sf.basedb.util.Values"
59  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
69  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
70  import="java.util.Date"
71  import="java.util.Iterator"
72  import="java.util.List"
73  import="java.util.Map"
74  import="java.util.ArrayList"
75%>
76<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
77<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
78<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
79<%!
80  private static final Item itemType = Item.SOFTWARE;
81  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
82%>
83<%
84final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
85final String ID = sc.getId();
86final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
87final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
88
89final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
90final String callback = request.getParameter("callback");
91final String title = mode.generateTitle("software", "software");
92final DbControl dc = sc.newDbControl();
93ItemResultIterator<Software> software = null;
94List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
95try
96{
97  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
98  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
99  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
100  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
101  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
102  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
103  {
104    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
105  }
106
107  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
108  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
109  try
110  {
111    final ItemQuery<Software> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, Software.getQuery(), mode);
112    software = query.iterate(dc);
113  }
114  catch (Throwable t)
115  {
116    cc.setMessage(t.getMessage());
117  }
118  int numListed = 0;
119  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
120  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Software,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
121  %>
122  <base:page title="<%=title==null ? "Software" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
123  <base:head scripts="table.js,~software.js" styles="table.css,toolbar.css">
124    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
125    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
126  </base:head>
127 
128  <base:body>
129    <h1><%=title==null ? "Software" : title%></h1>
130    <div class="content">
131    <tbl:table 
132      id="software" 
133      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
134      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
135      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
136      action="index.jsp"
137      sc="<%=sc%>"
138      item="<%=itemType%>"
139      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
140      subclass="fulltable"
141      stickyheaders="name"
142      >
143      <tbl:hidden 
144        name="mode" 
145        value="<%=mode.getName()%>" 
146      />
147      <tbl:hidden 
148        name="callback" 
149        value="<%=callback%>" 
150        skip="<%=callback == null%>" 
151      />
152      <tbl:columndef 
153        id="name"
154        property="name"
155        datatype="string"
156        title="Name"
157        sortable="true" 
158        filterable="true"
159        exportable="true"
160        show="always" 
161      />
162      <tbl:columndef 
163        id="id"
164        clazz="uniquecol"
165        property="id"
166        datatype="int"
167        title="ID"
168        sortable="true"
169        filterable="true"
170        exportable="true"
171      />
172      <tbl:columndef 
173        id="entryDate"
174        property="entryDate"
175        datatype="date"
176        title="Registered"
177        sortable="true" 
178        filterable="true"
179        exportable="true"
180        formatter="<%=dateFormatter%>"
181      />
182      <tbl:columndef 
183        id="version"
184        property="versionString"
185        datatype="string"
186        title="Version"
187        sortable="true"
188        filterable="true"
189        exportable="true"
190      />
191      <tbl:columndef 
192        id="itemSubtype"
193        property="itemSubtype"
194        sortproperty="itemSubtype.name"
195        exportproperty="itemSubtype.name:string"
196        datatype="int"
197        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
198        title="Type"
199        sortable="true" 
200        filterable="true"
201        exportable="true"
202      />
203      <tbl:columndef 
204        id="owner"
205        property="owner.name"
206        datatype="string"
207        title="Owner"
208        sortable="true" 
209        filterable="true"
210        exportable="true"
211      />
212      <tbl:columndef 
213        id="description"
214        property="description"
215        datatype="string"
216        title="Description" 
217        sortable="true" 
218        filterable="true" 
219        exportable="true"
220      />
221      <%
222      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
223      {
224        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
225        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
226        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
227        if (at.isEnumeration())
228        {
229          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
230          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
231          List<?> values = at.getValues();
232          for (Object value : values)
233          {
234            String encoded = formatter.format(value);
235            annotationEnum.add(encoded, encoded);
236          }
237        }
238        %>
239        <tbl:columndef 
240          id="<%="at"+at.getId()%>"
241          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
242          property="<%="#"+at.getId()%>"
243          annotation="true"
244          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
245          enumeration="<%=annotationEnum%>"
246          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
247          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
248          filterable="true" 
249          exportable="true"
250          formatter="<%=formatter%>"
251          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
252        />
253        <%
254      }
255      %> 
256      <tbl:columndef
257        id="permission"
258        title="Permission"
259      />
260      <tbl:columndef
261        id="sharedTo"
262        title="Shared to"
263        filterable="true"
264        filterproperty="!sharedTo.name"
265        datatype="string"
266      />
267      <tbl:columndef 
268        id="xt-columns" 
269        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
270        jspcontext="<%=jspContext%>" 
271      />
272      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
273        <tbl:toolbar
274          subclass="bottomborder"
275          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
276          >
277          <tbl:button 
278            id="btnNewItem"
279            disabled="<%=!createPermission%>" 
280            image="new.png" 
281            title="New&hellip;" 
282            tooltip="<%=createPermission ? "Create new software" : "You do not have permission to create software"%>" 
283          />
284          <tbl:button
285            id="btnDeleteItems" 
286            image="delete.png"
287            title="Delete" 
288            tooltip="Delete the selected items" 
289          />
290          <tbl:button 
291            id="btnRestoreItems"
292            image="restore.png" 
293            title="Restore" 
294            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
295          />
296          <tbl:button 
297            id="btnShareItems"
298            image="share.png"
299            title="Share&hellip;" 
300            tooltip="Share the selected items"
301          />
302          <tbl:button 
303            id="btnSetOwnerOfItems"
304            image="take_ownership.png"
305            title="Set owner&hellip;"
306            tooltip="Change owner of the selected items"
307          />
308          <tbl:button 
309            id="btnColumns"
310            image="columns.png" 
311            title="Columns&hellip;" 
312            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
313          />
314          <tbl:button 
315            id="btnImport"
316            data-plugin-type="IMPORT"
317            image="import.png" 
318            title="Import&hellip;" 
319            tooltip="Import data" 
320            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
321          />
322          <tbl:button 
323            id="btnExport"
324            data-plugin-type="EXPORT"
325            image="export.png" 
326            title="Export&hellip;" 
327            tooltip="Export data" 
328            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
329          />
330          <tbl:button 
331            id="btnRunPlugin"
332            data-plugin-type="OTHER"
333            image="runplugin.png" 
334            title="Run plugin&hellip;" 
335            tooltip="Run a plugin" 
336            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
337          />
338          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
339            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
340        </tbl:toolbar>
341        <tbl:panel>
342          <tbl:presetselector />
343          <tbl:navigator
344            page="<%=cc.getPage()%>" 
345            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
346            totalrows="<%=software == null ? 0 : software.getTotalCount()%>" 
347            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
348          />
349        </tbl:panel>
350      </div>
351      <tbl:data>
352        <tbl:headers>
353          <tbl:headerrow>
354            <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
355            <tbl:columnheaders />
356          </tbl:headerrow>
357          <%
358          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
359          int numRows = cc.getFilterRows();
360          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
361          {
362            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
363            %>
364            <tbl:headerrow>
365              <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
366                <div class="index-<%=mode.getName()%>">
367                  <div class="index"></div>
368                  <div class="check">
369                    <base:icon 
370                      subclass="link table-check"
371                      image="check_uncheck.png" 
372                      tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
373                      visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
374                    />
375                  </div>
376                  <div class="icons">
377                    <base:icon
378                      subclass="link table-filter-row-action"
379                      image="add.png"
380                      tooltip="Add extra filter row"
381                      visible="<%=lastRow%>"
382                    /><base:icon
383                      subclass="link table-filter-row-action"
384                      image="remove.png"
385                      tooltip="Remove this filter row"
386                      visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
387                      data-remove-row="<%=filterNo%>"
388                    />
389                  </div>
390                </div>
391              </tbl:header>
392              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
393            </tbl:headerrow>
394            <%
395          }
396          %>
397          <tbl:columnsubtitles />
398        </tbl:headers>
399        <tbl:rows>
400          <%
401          if (cc.getMessage() != null)
402          {
403            %>
404            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
405              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
406            </tbl:panel>
407            <%
408            cc.setMessage(null);
409          }
410          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
411          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
412          if (software != null)
413          {           
414            while (software.hasNext())
415            {
416              Software item = software.next();
417              int itemId = item.getId();
418             
419             
420              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
421              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
422              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
423              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
424                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
425              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
426              index++;
427              numListed++;
428              %>
429              <tbl:row>
430                <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
431                  <div class="index-<%=mode.getName()%>">
432                    <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
433                    <div class="check">
434                      <base:input
435                        type="checkbox" 
436                        name="<%=itemId%>" 
437                        value="<%=itemId%>" 
438                        title="<%=name%>" 
439                        checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
440                        visible="<%=mode.hasCheck()%>"
441                      />
442                      <base:input 
443                        type="radio" 
444                        name="item_id" 
445                        value="<%=itemId%>" 
446                        title="<%=name%>" 
447                        checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
448                        visible="<%=mode.hasRadio()%>"
449                      />
450                    </div>
451                    <div class="icons">
452                      <base:icon 
453                        image="deleted.png"
454                        id="<%="delete."+itemId %>"
455                        subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
456                        data-item-id="<%=itemId%>"
457                        tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
458                        visible="<%=item.isRemoved()%>"
459                      /><base:icon 
460                        image="shared.png" 
461                        id="<%="share."+itemId %>"
462                        subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
463                        data-item-id="<%=itemId%>"
464                        tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
465                        visible="<%=item.isShared()%>"
466                      />
467                    </div>
468                  </div>
469                </tbl:header>
470                <tbl:cell column="name"><div 
471                  class="link table-item" 
472                  data-item-id="<%=itemId%>"
473                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>"
474                  tabindex="0"
475                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
476                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
477                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
478                <tbl:cell column="owner"
479                  ><base:propertyvalue 
480                    item="<%=item%>" 
481                    property="owner"
482                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
483                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
484                  /></tbl:cell>
485                <tbl:cell column="version"><%=HTML.encodeTags(item.getVersionString())%></tbl:cell>
486                <tbl:cell column="itemSubtype"
487                  ><base:propertyvalue 
488                    item="<%=item%>" 
489                    property="itemSubtype"
490                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
491                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
492                  /></tbl:cell>
493                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
494                <%
495                if (item.isAnnotated())
496                {
497                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
498                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
499                  {
500                    %>
501                    <tbl:cell 
502                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
503                      ><%
504                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
505                      {
506                        %><tbl:cellvalue 
507                          list="<%=loader.getValues()%>"
508                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
509                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
510                        /><%
511                      }
512                      %></tbl:cell>
513                    <%
514                  }
515                }
516                %>
517                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
518                <tbl:cell column="sharedTo">
519                  <%
520                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
521                  while(sharees.hasNext())
522                  {
523                    Nameable n = sharees.next();
524                    if (mode.hasPropertyLink())
525                    {
526                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
527                    }
528                    else
529                    {
530                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
531                    }
532                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
533                  }
534                  %>
535                </tbl:cell>
536                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
537                  <tbl:cell column="xt-columns" />
538                </tbl:xt-cells>
539              </tbl:row>
540              <%
541              }
542            }
543          if (numListed == 0)
544          {
545            %>
546            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
547              <div class="messagecontainer note">
548              <%=software == null || software.getTotalCount() == 0 ? "No software were found" : "No software on this page. Please select another page!" %>
549              </div>
550            </tbl:panel>
551            <%
552          }
553          %>
554        </tbl:rows>
555      </tbl:data>
556    </tbl:table>
557    </div>
558   
559    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
560      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
561      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
562      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
563    </base:buttongroup>
564   
565  </base:body>
566  </base:page>
567  <%
568}
569finally
570{
571  if (software != null) software.close();
572  if (dc != null) dc.close();
573}
574%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.