source: branches/3.18-stable/www/my_base/projects/list_projects.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 14 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 17.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_projects.jsp 7932 2021-04-28 07:16:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Project"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.Include"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
37  import="net.sf.basedb.core.Permission"
38  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
39  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
40  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
41  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
42  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
43  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
44  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
45  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
46  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
47  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
48  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
52  import="net.sf.basedb.util.Values"
53  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Date"
65  import="java.util.ArrayList"
66  import="java.util.List"
67  import="java.util.Map"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.PROJECT;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75%>
76<%
77final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
78final String ID = sc.getId();
79final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
80final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
81
82final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
83final String callback = request.getParameter("callback");
84final String title = mode.generateTitle("project", "projects");
85final DbControl dc = sc.newDbControl();
86ItemResultIterator<Project> projects = null;
87List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
88try
89{
90  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
91
92  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
93  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
94  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
95  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
96  {
97    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
98  }
99 
100  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
101  try
102  {
103    final ItemQuery<Project> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, Project.getQuery(), mode);
104    projects = query.iterate(dc);
105  }
106  catch (Throwable t)
107  {
108    cc.setMessage(t.getMessage());
109  }
110 
111  int numListed = 0;
112  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
113  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
114  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Project,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
115  %>
116  <base:page title="<%=title==null ? "Projects" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
117  <base:head scripts="table.js,~projects.js" styles="table.css,toolbar.css">
118    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
119    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
120  </base:head>
121 
122  <base:body>
123    <h1><%=title==null ? "Projects" : title%></h1>
124    <div class="content">
125    <tbl:table 
126      id="projects" 
127      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
128      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
129      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
130      action="index.jsp"
131      sc="<%=sc%>"
132      item="<%=itemType%>"
133      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
134      subclass="fulltable sticky-headers"
135      >
136      <tbl:hidden 
137        name="mode" 
138        value="<%=mode.getName()%>" 
139      />
140      <tbl:hidden 
141        name="callback" 
142        value="<%=callback%>" 
143        skip="<%=callback == null%>" 
144      />
145      <tbl:columndef 
146        id="name"
147        property="name"
148        datatype="string"
149        title="Name"
150        sortable="true" 
151        filterable="true"
152        exportable="true"
153        show="always" 
154      />
155      <tbl:columndef 
156        id="id"
157        clazz="uniquecol"
158        property="id"
159        datatype="int"
160        title="ID"
161        sortable="true"
162        filterable="true"
163        exportable="true"
164      />
165      <tbl:columndef 
166        id="owner"
167        property="owner.name"
168        datatype="string"
169        title="Owner"
170        sortable="true" 
171        filterable="true"
172        exportable="true"
173      />
174      <tbl:columndef 
175        id="permissionTemplate"
176        property="permissionTemplate.name"
177        datatype="string"
178        title="Default permissions"
179        sortable="true" 
180        filterable="true"
181        exportable="true"
182      />
183      <tbl:columndef 
184        id="entryDate"
185        property="entryDate"
186        datatype="date"
187        title="Registered"
188        sortable="true" 
189        filterable="true"
190        exportable="true"
191        formatter="<%=dateFormatter%>"
192      />
193      <tbl:columndef 
194        id="description"
195        property="description"
196        datatype="string"
197        title="Description" 
198        sortable="true" 
199        filterable="true" 
200        exportable="true"
201      />
202      <%
203      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
204      {
205        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
206        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
207        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
208        if (at.isEnumeration())
209        {
210          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
211          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
212          List<?> values = at.getValues();
213          for (Object value : values)
214          {
215            String encoded = formatter.format(value);
216            annotationEnum.add(encoded, encoded);
217          }
218        }
219        %>
220        <tbl:columndef 
221          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
222          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
223          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
224          annotation="true"
225          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
226          enumeration="<%=annotationEnum%>"
227          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
228          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
229          filterable="true" 
230          exportable="true"
231          formatter="<%=formatter%>"
232          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
233        />
234        <%
235      }
236      %>
237      <tbl:columndef
238        id="actions"
239        title="Actions"
240        show="always"
241      />
242      <tbl:columndef
243        id="permission"
244        title="Permission"
245      />
246      <tbl:columndef 
247        id="xt-columns" 
248        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
249        jspcontext="<%=jspContext%>" 
250      />
251      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
252        <tbl:toolbar
253          subclass="bottomborder"
254          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
255          >
256          <tbl:button 
257            id="btnNewItem"
258            disabled="<%=!createPermission%>" 
259            image="new.png" 
260            title="New&hellip;" 
261            tooltip="<%=createPermission ? "Create new project" : "You do not have permission to create projects"%>" 
262          />
263          <tbl:button 
264            id="btnDeleteItems"
265            image="delete.png"
266            title="Delete" 
267            tooltip="Delete the selected items" 
268          />
269          <tbl:button 
270            id="btnRestoreItems"
271            image="restore.png"
272            title="Restore" 
273            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
274          />
275          <tbl:button 
276            id="btnSetOwner"
277            image="take_ownership.png"
278            title="Set owner&hellip;"
279            tooltip="Change owner of the selected items"
280          />
281          <tbl:button 
282            id="btnColumns"
283            image="columns.png" 
284            title="Columns&hellip;" 
285            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
286          />
287          <tbl:button 
288            id="btnImport"
289            data-plugin-type="IMPORT"
290            image="import.png" 
291            title="Import&hellip;" 
292            tooltip="Import data" 
293            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
294          />
295          <tbl:button 
296            id="btnExport"
297            data-plugin-type="EXPORT"
298            image="export.png" 
299            title="Export&hellip;" 
300            tooltip="Export data" 
301            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
302          />
303          <tbl:button 
304            id="btnRunPlugin"
305            data-plugin-type="OTHER"
306            image="runplugin.png" 
307            title="Run plugin&hellip;" 
308            tooltip="Run a plugin" 
309            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
310          />
311          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
312            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
313        </tbl:toolbar>
314        <tbl:panel>
315          <tbl:presetselector />
316          <tbl:navigator
317            page="<%=cc.getPage()%>" 
318            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
319            totalrows="<%=projects == null ? 0 : projects.getTotalCount()%>" 
320            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
321          />
322        </tbl:panel>
323      </div>
324      <tbl:data>
325        <tbl:headers>
326          <tbl:headerrow>
327            <tbl:header colspan="3" />
328            <tbl:columnheaders />
329          </tbl:headerrow>
330          <%
331          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
332          int numRows = cc.getFilterRows();
333          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
334          {
335            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
336            %>
337            <tbl:headerrow>
338              <tbl:header subclass="index" />
339              <tbl:header 
340                subclass="check" 
341                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
342                ><base:icon 
343                  subclass="link table-check"
344                  image="check_uncheck.png" 
345                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
346                  visible="<%=lastRow%>"
347                /></tbl:header>
348              <tbl:header 
349                subclass="check" 
350                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
351                />
352              <tbl:header 
353                subclass="icons" 
354                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
355                >
356                <base:icon
357                  subclass="link table-filter-row-action"
358                  image="add.png"
359                  tooltip="Add extra filter row"
360                  visible="<%=lastRow%>"
361                /><base:icon
362                  subclass="link table-filter-row-action"
363                  image="remove.png"
364                  tooltip="Remove this filter row"
365                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
366                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
367                />
368              </tbl:header>
369              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
370            </tbl:headerrow>
371            <%
372          }
373          %>
374          <tbl:columnsubtitles />
375        </tbl:headers>
376        <tbl:rows>
377          <%
378          if (cc.getMessage() != null)
379          {
380            %>
381            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
382              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
383            </tbl:panel>
384            <%
385            cc.setMessage(null);
386          }
387          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
388          int selectedItemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
389          if (projects != null)
390          {
391            while (projects.hasNext())
392            {
393              Project item = projects.next();
394              int itemId = item.getId();
395              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
396              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
397             
398              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
399              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
400                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
401              index++;
402              numListed++;
403              %>
404              <tbl:row>
405                <tbl:header 
406                  clazz="index"
407                  ><%=index%></tbl:header>
408                <tbl:header 
409                  clazz="check" 
410                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
411                  ><input 
412                    type="checkbox" 
413                    name="<%=itemId%>" 
414                    value="<%=itemId%>" 
415                    title="<%=name%>" 
416                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
417                  ></tbl:header>
418                <tbl:header 
419                  clazz="check" 
420                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
421                  ><input 
422                    type="radio" 
423                    name="item_id" 
424                    value="<%=itemId%>" 
425                    title="<%=name%>" 
426                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
427                  ></tbl:header>
428                <tbl:header 
429                  clazz="icons" 
430                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
431                  ><base:icon 
432                    image="deleted.png"
433                    id="<%="delete."+itemId %>"
434                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
435                    data-item-id="<%=itemId%>"
436                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
437                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
438                  />&nbsp;</tbl:header>
439                <tbl:cell column="name"><div
440                  class="link table-item"
441                  data-item-id="<%=itemId%>"
442                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
443                  tabindex="0"
444                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
445                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
446                <tbl:cell column="owner"
447                  ><base:propertyvalue 
448                    item="<%=item%>" 
449                    property="owner"
450                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
451                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
452                  /></tbl:cell>
453                <tbl:cell column="permissionTemplate"
454                  ><base:propertyvalue 
455                    item="<%=item%>" 
456                    property="permissionTemplate"
457                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
458                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
459                    nulltext="<%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(item.getAutoPermission(), "Annotate")%>"
460                  /></tbl:cell>
461                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
462                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
463                <%
464                if (item.isAnnotated())
465                {
466                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
467                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
468                  {
469                    %>
470                    <tbl:cell 
471                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
472                      ><%
473                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
474                      {
475                        %><tbl:cellvalue 
476                          list="<%=loader.getValues()%>"
477                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
478                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
479                        /><%
480                      }
481                      %></tbl:cell>
482                    <%
483                  }
484                }
485                %>
486                <tbl:cell column="actions"><span class="link auto-init" data-auto-init="set-active" data-item-id="<%=itemId%>">Set active</span></tbl:cell>
487                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
488                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
489                  <tbl:cell column="xt-columns" />
490                </tbl:xt-cells>
491              </tbl:row>
492              <%
493              }
494            }
495          if (numListed == 0)
496          {
497            %>
498            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
499              <div class="messagecontainer note">
500              <%=projects == null || projects.getTotalCount() == 0 ? "No projects were found" : "No projects on this page. Please select another page!" %>
501              </div>
502            </tbl:panel>
503            <%
504          }
505          %>
506        </tbl:rows>
507      </tbl:data>
508    </tbl:table>
509    </div>
510   
511    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
512      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
513      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
514      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
515    </base:buttongroup>
516   
517  </base:body>
518  </base:page>
519  <%
520}
521finally
522{
523  if (projects != null) projects.close();
524  if (dc != null) dc.close();
525}
526%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.