source: branches/3.18-stable/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp @ 7938

Last change on this file since 7938 was 7938, checked in by Nicklas Nordborg, 3 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all items in the "View" menu.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 29.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 7938 2021-05-03 11:20:19Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
30  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
33  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.FileSet"
36  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemList"
39  import="net.sf.basedb.core.Include"
40  import="net.sf.basedb.core.Type"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
60  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
61  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.LinkedItemFormatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.DataFileFormatter"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.fileviewer.FileViewerContext"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.fileviewer.FileViewerUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
81  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
82  import="net.sf.basedb.util.Values"
83  import="java.util.Iterator"
84  import="java.util.List"
85  import="java.util.Map"
86  import="java.util.Date"
87  import="java.util.ArrayList"
88%>
89<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
90<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
91<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
92<%!
93  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
94  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
101final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
102
103final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
104final Formatter<Nameable> nameableFormatter = mode.hasPropertyLink() ? new LinkedItemFormatter(mode.hasEditLink()) : new NameableFormatter();
105final String callback = request.getParameter("callback");
106final String title = mode.generateTitle("derived bioassay", "derived bioassays");
107final DbControl dc = sc.newDbControl();
108ItemResultIterator<DerivedBioAssay> bioAssays = null;
109List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
110try
111{
112  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
113  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
114  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
115  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
116  {
117    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
118  }
119  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
120  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
121  {
122    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
123  }
124  List<DataFileType> fileTypeColumns = new ArrayList<DataFileType>(Base.getDataFileColumns(itemType, null).list(dc));
125 
126  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
127  final ItemQuery<ItemSubtype> jobSubtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(Item.JOB);
128
129  // Query for parent physical bioassays to the current bioassay
130  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalBioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
131  physicalBioAssayQuery.setIncludes(cc.getInclude());
132  physicalBioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("derivedBioAssays", "dba"));
133  physicalBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
134  physicalBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
135
136  // Query for parent bioassays to the current bioassay
137  final ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
138  parentQuery.setIncludes(cc.getInclude());
139  parentQuery.join(Hql.innerJoin("children", "c"));
140  parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("c"), Expressions.parameter("bioAssay")));
141  parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
142
143  // Query for child bioassays to the current bioassay
144  final ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
145  childQuery.setIncludes(cc.getInclude());
146  childQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "p"));
147  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("p"), Expressions.parameter("bioAssay")));
148  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
149
150  // Query for raw bioassays to the current bioassay
151  final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
152  rawBioAssayQuery.setIncludes(cc.getInclude());
153  rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
154  rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
155
156  // List membership
157  final ItemQuery<ItemList> listQuery = ItemList.getQuery();
158  listQuery.setIncludes(cc.getInclude());
159  listQuery.join(Hql.innerJoin("members", "m"));
160  listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("memberType"), Expressions.integer(itemType.getValue())));
161  listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("m"), Expressions.parameter("itemId", Type.INT)));
162  listQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
163
164  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
165  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
166  try
167  {
168    final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, DerivedBioAssay.getQuery(), mode);
169    bioAssays = query.iterate(dc);
170  }
171  catch (Throwable t)
172  {
173    cc.setMessage(t.getMessage());
174    t.printStackTrace();
175  }
176  int numListed = 0;
177  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
178  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
179  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<DerivedBioAssay,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
180  FileViewerUtil fileViewer = FileViewerUtil.getOrCreate(jspContext, FileViewerContext.file());
181  %>
182  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
183  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
184    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
185    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
186  </base:head>
187 
188  <base:body>
189    <h1><%=title==null ? "Derived bioassays" : title%></h1>
190    <div class="content">
191    <tbl:table 
192      id="bioassays" 
193      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
194      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
195      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
196      action="index.jsp"
197      sc="<%=sc%>"
198      item="<%=itemType%>"
199      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
200      subclass="fulltable"
201      data-inherited-annotations="true"
202      data-relateditem-columns="true"
203      stickyheaders="name"
204      >
205      <tbl:hidden 
206        name="mode" 
207        value="<%=mode.getName()%>" 
208      />
209      <tbl:hidden 
210        name="callback" 
211        value="<%=callback%>" 
212        skip="<%=callback == null%>" 
213      />
214      <tbl:columndef 
215        id="name"
216        property="name"
217        datatype="string"
218        title="Name"
219        sortable="true" 
220        filterable="true"
221        exportable="true"
222        show="always" 
223      />
224      <tbl:columndef 
225        id="itemSubtype"
226        property="itemSubtype"
227        sortproperty="itemSubtype.name"
228        exportproperty="itemSubtype.name:string"
229        datatype="int"
230        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
231        title="Type"
232        sortable="true" 
233        filterable="true"
234        exportable="true"
235      />
236      <tbl:columndef
237        id="id"
238        clazz="uniquecol"
239        property="id"
240        datatype="int"
241        title="ID"
242        sortable="true"
243        filterable="true"
244        exportable="true"
245      />
246      <tbl:columndef 
247        id="physicalBioAssays"
248        property="&physicalBioAssays(name)"
249        datatype="string"
250        title="Physical bioassays"
251        filterable="true"
252        exportable="true"
253      />
254      <tbl:columndef 
255        id="parents"
256        property="&parents(name)"
257        datatype="string"
258        title="Parent bioassays"
259        filterable="true"
260        exportable="true"
261      />
262      <tbl:columndef
263        id="children"
264        title="Child bioassays"
265        property="&children(name)"
266        datatype="string"
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="extract"
272        property="extract.name"
273        datatype="string"
274        title="Extract"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278      />
279      <tbl:columndef
280        id="rawBioAssays"
281        title="Raw bioassays"
282        property="&rawBioAssays(name)"
283        datatype="string"
284        filterable="true"
285        exportable="true"
286      />
287      <tbl:columndef 
288        id="jobType"
289        property="job.itemSubtype"
290        sortproperty="job.itemSubtype.name"
291        exportproperty="job.itemSubtype.name:string"
292        datatype="int"
293        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(jobSubtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
294        title="Job type"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="plugin"
301        property="job.pluginDefinition.name"
302        datatype="string"
303        title="Plugin"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="protocol"
310        property="protocol.name"
311        datatype="string"
312        title="Protocol"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316      />
317      <tbl:columndef 
318        id="kit"
319        property="kit.name"
320        datatype="string"
321        title="Kit"
322        sortable="true" 
323        filterable="true"
324        exportable="true"
325      />
326      <tbl:columndef
327        id="hardware"
328        property="hardware.name"
329        datatype="string"
330        title="Hardware"
331        sortable="true"
332        filterable="true"
333        exportable="true"
334      />
335      <tbl:columndef
336        id="software"
337        property="software.name"
338        datatype="string"
339        title="Software"
340        sortable="true"
341        filterable="true"
342        exportable="true"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="entryDate"
346        property="entryDate"
347        datatype="date"
348        title="Registered"
349        sortable="true" 
350        filterable="true"
351        exportable="true"
352        formatter="<%=dateFormatter%>"
353      />
354      <tbl:columndef 
355        id="owner"
356        property="owner.name"
357        datatype="string"
358        title="Owner"
359        sortable="true" 
360        filterable="true"
361        exportable="true"
362      />
363      <tbl:columndef 
364        id="description"
365        property="description"
366        datatype="string"
367        title="Description" 
368        sortable="true" 
369        filterable="true" 
370        exportable="true"
371      />
372      <tbl:columndef
373        id="itemList"
374        property="§itemLists"
375        datatype="int"
376        title="Item list"
377        filterable="true"
378        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
379      />
380      <%
381      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
382      {
383        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
384        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
385        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
386        if (at.isEnumeration())
387        {
388          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
389          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
390          List<?> values = at.getValues();
391          for (Object value : values)
392          {
393            String encoded = formatter.format(value);
394            annotationEnum.add(encoded, encoded);
395          }
396        }
397        %>
398        <tbl:columndef 
399          subclass="controlled-width"
400          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
401          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
402          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
403          annotation="true"
404          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
405          enumeration="<%=annotationEnum%>"
406          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
407          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
408          filterable="true" 
409          exportable="true"
410          formatter="<%=formatter%>"
411          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
412        />
413        <%
414      }
415      for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
416      {
417        %>
418        <tbl:columndef
419          subclass="controlled-width"
420          id="<%="ft"+ft.getId()%>"
421          title="<%=HTML.encodeTags(ft.getName())+" [F]"%>"
422          property="<%="¤" + ft.getId()+"(file.name)"%>"
423          exportproperty="<%="¤" + ft.getId()+"(file.path)"%>"
424          datatype="string"
425          filterable="true"
426          sortable="false"
427          exportable="true"
428          formatter="<%=new DataFileFormatter(dc, ft, mode, fileViewer) %>"
429        />
430        <%
431      }
432      %>
433      <tbl:columndef
434        id="permission"
435        title="Permission"
436      />
437      <tbl:columndef
438        id="sharedTo"
439        title="Shared to"
440        filterable="true"
441        filterproperty="!sharedTo.name"
442        datatype="string"
443      />
444      <tbl:columndef 
445        id="xt-columns" 
446        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
447        jspcontext="<%=jspContext%>" 
448      />
449      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
450        <tbl:toolbar
451          subclass="bottomborder"
452          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
453          >
454          <tbl:button 
455            id="btnNewItem"
456            disabled="<%=!createPermission%>" 
457            image="new.png" 
458            title="New&hellip;" 
459            tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>" 
460          />
461          <tbl:button 
462            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
463            disabled="<%=!createPermission%>" 
464            image="new_pooled.png" 
465            title="Merge&hellip;" 
466            tooltip="<%=createPermission ? "Create new merged bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassay"%>" 
467          />
468          <tbl:button 
469            id="btnDeleteItems"
470            image="delete.png"
471            title="Delete" 
472            tooltip="Delete the selected items" 
473          />
474          <tbl:button 
475            id="btnRestoreItems"
476            image="restore.png"
477            title="Restore" 
478            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
479          />
480          <tbl:button 
481            id="btnShareItems"
482            image="share.png"
483            title="Share&hellip;" 
484            tooltip="Share the selected items"
485          />
486          <tbl:button 
487            id="btnSetOwner"
488            image="take_ownership.png"
489            title="Set owner&hellip;"
490            tooltip="Change owner of the selected items"
491          />
492          <tbl:button 
493            id="btnColumns"
494            image="columns.png" 
495            title="Columns&hellip;" 
496            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
497          />
498          <tbl:button
499            id="btnNewItemList"
500            image="add.png"
501            title="New item list&hellip;"
502            tooltip="Create a new item list from matching bioassays"
503            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
504          />
505          <tbl:button
506            id="btnAddToItemList"
507            image="add.png"
508            title="Add to item list&hellip;"
509            tooltip="Add bioassays to an existing item list"
510          />
511          <tbl:button
512            id="btnInheritAnnotations"
513            image="inherit.png"
514            title="Inherit annotations&hellip;"
515            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
516          />
517          <tbl:button 
518            id="btnImport"
519            data-plugin-type="IMPORT"
520            image="import.png" 
521            title="Import&hellip;" 
522            tooltip="Import data" 
523            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
524          />
525          <tbl:button 
526            id="btnExport"
527            data-plugin-type="EXPORT"
528            image="export.png" 
529            title="Export&hellip;" 
530            tooltip="Export data" 
531            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
532          />
533          <tbl:button 
534            id="btnRunPlugin"
535            data-plugin-type="OTHER"
536            image="runplugin.png" 
537            title="Run plugin&hellip;" 
538            tooltip="Run a plugin" 
539            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
540          />
541          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
542            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
543        </tbl:toolbar>
544        <tbl:panel>
545          <tbl:presetselector />
546          <tbl:navigator
547            page="<%=cc.getPage()%>" 
548            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
549            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
550            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
551          />
552        </tbl:panel>
553      </div>
554      <tbl:data>
555        <tbl:headers>
556          <tbl:headerrow>
557            <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
558            <tbl:columnheaders />
559          </tbl:headerrow>
560          <%
561          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
562          int numRows = cc.getFilterRows();
563          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
564          {
565            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
566            %>
567            <tbl:headerrow>
568              <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
569                <div class="index-<%=mode.getName()%>">
570                  <div class="index"></div>
571                  <div class="check">
572                    <base:icon 
573                      subclass="link table-check"
574                      image="check_uncheck.png" 
575                      tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
576                      visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
577                    />
578                  </div>
579                  <div class="icons">
580                    <base:icon
581                      subclass="link table-filter-row-action"
582                      image="add.png"
583                      tooltip="Add extra filter row"
584                      visible="<%=lastRow%>"
585                    /><base:icon
586                      subclass="link table-filter-row-action"
587                      image="remove.png"
588                      tooltip="Remove this filter row"
589                      visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
590                      data-remove-row="<%=filterNo%>"
591                    />
592                  </div>
593                </div>
594              </tbl:header>
595              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
596            </tbl:headerrow>
597            <%
598          }
599          %>
600          <tbl:columnsubtitles />
601        </tbl:headers>
602        <tbl:rows>
603          <%
604          if (cc.getMessage() != null)
605          {
606            %>
607            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
608              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
609            </tbl:panel>
610            <%
611            cc.setMessage(null);
612          }
613          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
614          int selectedItemId = cc.getId();
615          if (bioAssays != null)
616          {           
617            while (bioAssays.hasNext())
618            {
619              DerivedBioAssay item = bioAssays.next();
620              int itemId = item.getId();
621              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
622             
623             
624              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
625              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
626              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
627              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
628                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
629              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
630              index++;
631              numListed++;
632              %>
633              <tbl:row>
634                <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
635                  <div class="index-<%=mode.getName()%>">
636                    <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
637                    <div class="check">
638                      <base:input
639                        type="checkbox" 
640                        name="<%=itemId%>" 
641                        value="<%=itemId%>" 
642                        title="<%=name%>" 
643                        checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
644                        visible="<%=mode.hasCheck()%>"
645                      />
646                      <base:input 
647                        type="radio" 
648                        name="item_id" 
649                        value="<%=itemId%>" 
650                        title="<%=name%>" 
651                        checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
652                        visible="<%=mode.hasRadio()%>"
653                      />
654                    </div>
655                    <div class="icons">
656                      <base:icon 
657                        image="deleted.png"
658                        id="<%="delete."+itemId %>"
659                        subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
660                        data-item-id="<%=itemId%>"
661                        tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
662                        visible="<%=item.isRemoved()%>"
663                      /><base:icon 
664                        image="shared.png" 
665                        id="<%="share."+itemId %>"
666                        subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
667                        data-item-id="<%=itemId%>"
668                        tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
669                        visible="<%=item.isShared()%>"
670                      />
671                    </div>
672                  </div>
673                </tbl:header>
674                <tbl:cell column="name"><div 
675                  class="link table-item"
676                  data-item-id="<%=itemId%>"
677                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
678                  tabindex="0"
679                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
680                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
681                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
682                    item="<%=item%>" 
683                    property="itemSubtype"
684                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
685                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
686                  /></tbl:cell>
687                <tbl:cell column="children">
688                  <%
689                  childQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
690                  %>             
691                  <%=Values.getString(childQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
692                  <base:icon
693                    subclass="link auto-init"
694                    data-auto-init="new-child-bioassay"
695                    data-item-id="<%=itemId %>"
696                    image="add.png" 
697                    tooltip="Create new child bioassay" 
698                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
699                  />
700                </tbl:cell>
701                <tbl:cell column="rawBioAssays">
702                  <%
703                  rawBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
704                  %>             
705                  <%=Values.getString(rawBioAssayQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
706                  <base:icon
707                    subclass="link auto-init"
708                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
709                    data-item-id="<%=itemId %>"
710                    image="add.png" 
711                    tooltip="Create new raw bioassay" 
712                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
713                  />
714                </tbl:cell>
715                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
716                  <%
717                  physicalBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
718                  %>             
719                  <%=Values.getString(physicalBioAssayQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
720                </tbl:cell>
721                <tbl:cell column="parents">
722                  <%
723                  if (!item.isRoot())
724                  {
725                    parentQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
726                    %>
727                    <%=Values.getString(parentQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
728                    <%
729                  }
730                  %>             
731                </tbl:cell>
732                <tbl:cell column="itemList">
733                  <%
734                  listQuery.setParameter("itemId", itemId, Type.INT);
735                  %>
736                  <%=Values.getString(listQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
737                </tbl:cell>
738                <tbl:cell column="extract"
739                  ><base:propertyvalue 
740                    item="<%=item%>" 
741                    property="extract"
742                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
743                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
744                  /></tbl:cell>
745                <tbl:cell column="jobType"><base:propertyvalue 
746                    item="<%=item%>" 
747                    property="job.itemSubtype"
748                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
749                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
750                  /></tbl:cell>
751                <tbl:cell column="plugin"
752                  ><base:propertyvalue 
753                    item="<%=item%>" 
754                    property="job.pluginDefinition"
755                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
756                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
757                  /></tbl:cell>
758                <tbl:cell column="protocol"
759                  ><base:propertyvalue 
760                    item="<%=item%>" 
761                    property="protocol"
762                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
763                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
764                  /></tbl:cell>
765                <tbl:cell column="kit"
766                  ><base:propertyvalue 
767                    item="<%=item%>" 
768                    property="kit"
769                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
770                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
771                  /></tbl:cell>
772                <tbl:cell column="hardware"
773                  ><base:propertyvalue 
774                    item="<%=item%>"
775                    property="hardware"
776                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
777                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
778                  /></tbl:cell>
779                <tbl:cell column="software"
780                  ><base:propertyvalue 
781                    item="<%=item%>"
782                    property="software"
783                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
784                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
785                  /></tbl:cell>
786                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
787                <tbl:cell column="owner"
788                  ><base:propertyvalue 
789                    item="<%=item%>" 
790                    property="owner"
791                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
792                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
793                  /></tbl:cell>
794                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
795                <%
796                if (item.hasFileSet())
797                {
798                  FileSet fileSet = item.getFileSet();
799                  for (DataFileType ft : fileTypeColumns)
800                  {
801                    %>
802                    <tbl:cell column="<%="ft"+ft.getId()%>" value="<%=fileSet%>" />
803                    <%
804                  }
805                }
806                if (item.isAnnotated())
807                {
808                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
809                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
810                  {
811                    %>
812                    <tbl:cell 
813                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
814                      ><%
815                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
816                      {
817                        %><tbl:cellvalue 
818                          list="<%=loader.getValues()%>"
819                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
820                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
821                        /><%
822                      }
823                      %></tbl:cell>
824                    <%
825                  }
826                }
827                %>
828                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
829                <tbl:cell column="sharedTo">
830                  <%=Values.getString(ShareableUtil.getSharedTo(dc, item), ", ", false, nameableFormatter) %>
831                </tbl:cell>
832                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
833                  <tbl:cell column="xt-columns" />
834                </tbl:xt-cells>
835              </tbl:row>
836              <%
837              }
838            }
839          if (numListed == 0)
840          {
841            %>
842            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
843              <div class="messagecontainer note">
844              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
845              </div>
846            </tbl:panel>
847            <%
848          }
849          %>
850        </tbl:rows>
851      </tbl:data>
852    </tbl:table>
853    </div>
854   
855    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
856      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
857      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
858      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
859    </base:buttongroup>
860   
861  </base:body>
862  </base:page>
863  <%
864}
865finally
866{
867  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
868  if (dc != null) dc.close();
869}
870%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.