source: branches/3.18-stable/www/views/experiments/bioassays/list_bioassays.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 3 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 21.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 7932 2021-04-28 07:16:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@page import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.plot.OverviewPlotAction"%>
27<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Experiment"
33  import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
34  import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
35  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.Unit"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.Permission"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
46  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
47  import="net.sf.basedb.core.Type"
48  import="net.sf.basedb.core.Include"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
54  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
60  import="net.sf.basedb.util.Tree"
61  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
62  import="net.sf.basedb.util.BioAssaySetUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
67  import="net.sf.basedb.util.Values"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
76  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
77  import="java.util.List"
78  import="java.util.LinkedList"
79  import="java.util.ArrayList"
80  import="java.util.Map"
81  import="java.util.HashMap"
82  import="java.util.Iterator"
83  import="java.util.Collection"
84%>
85<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
86<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
87<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
88<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
89<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
90<%!
91  private static final Item itemType = Item.BIOASSAY;
92  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
93%>
94<%
95final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
96final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
97final String ID = sc.getId();
98final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
99
100final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
101final String callback = request.getParameter("callback");
102final String title = mode.generateTitle("bioassay", "bioassays");
103final DbControl dc = sc.newDbControl();
104ItemResultIterator<BioAssay> bioAssays = null;
105List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
106ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = null;
107try
108{
109  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
110  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
111  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
115  }
116  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
117  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
118  {
119    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
120  }
121  final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
122  final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
123  final boolean hasDbSpots = bioAssaySet.getNumSpots() > 0;
124  final ItemQuery<AnnotationType> experimentalFactorQuery = experiment.getExperimentalFactors();
125  experimentalFactorQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
126  final int experimentId = experiment.getId();
127  final RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
128  final boolean createPermission = experiment.hasPermission(Permission.USE);
129  final boolean deletePermission = bioAssaySet.hasPermission(Permission.DELETE);
130  final boolean writePermission = bioAssaySet.hasPermission(Permission.WRITE);
131
132  // Query for raw bioassays related to the current bioassay
133  final ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = RawBioAssay.getQuery();
134  rawQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
135  rawQuery.join(Hql.innerJoin("bioAssays", "bas"));
136  rawQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("bas"), Expressions.parameter("bioAssay"))); 
137  rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
138 
139  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
140  experimentalFactors = experimentalFactorQuery.list(dc);
141  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
142      guiContext, bioAssaySet);
143  try
144  {
145    final ItemQuery<BioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, bioAssaySet.getBioAssays(), mode);
146    query.join(Hql.leftJoin("rawParents", "rba"));
147    query.setDistinct(true);
148    bioAssays = query.iterate(dc);
149  }
150  catch (Throwable t)
151  {
152    t.printStackTrace();
153    cc.setMessage(t.getMessage());
154  }
155  int numListed = 0;
156  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
157  ExtensionsInvoker<OverviewPlotAction> overviewPlotInvoker = ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, 
158      "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
159  %>
160  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
161  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
162    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
163    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
164  </base:head>
165  <base:body>
166    <%
167    if (!mode.isSelectionMode())
168    {
169      %>
170      <p:path><p:pathelement 
171        title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
172        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
173          href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;experiment_id="+experiment.getId()%>" 
174        /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>"
175        /></p:path>
176      <%
177    }
178    else
179    {
180      %>
181      <h1><%=title %></h1>
182      <%
183    }
184    %>
185    <t:tabcontrol 
186      id="main"
187      subclass="mastertabcontrol content"
188      active="bioassays" notabs="<%=mode.isSelectionMode() %>">
189    <t:tab id="bioassayset.properties" title="Properties" />
190   
191    <t:tab id="bioassayset.annotations" title="Annotations" 
192        tooltip="View annotation values" />
193   
194    <t:tab id="bioassays" title="Bioassays">
195    <tbl:table 
196      id="bioassays" 
197      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
198      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
199      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
200      action="index.jsp"
201      sc="<%=sc%>"
202      item="<%=itemType%>"
203      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
204      subclass="fulltable sticky-headers"
205      data-inherited-annotations="true"
206      >
207      <tbl:hidden 
208        name="mode" 
209        value="<%=mode.getName()%>" 
210      />
211      <tbl:hidden 
212        name="bioassayset_id" 
213        value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
214      />
215      <tbl:hidden 
216        name="callback" 
217        value="<%=callback%>" 
218        skip="<%=callback == null%>" 
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="name"
222        property="name"
223        datatype="string"
224        title="Name"
225        sortable="true" 
226        filterable="true"
227        exportable="true"
228        show="always" 
229      />
230      <tbl:columndef 
231        id="id"
232        clazz="uniquecol"
233        property="id"
234        datatype="int"
235        title="ID"
236        sortable="true"
237        filterable="true"
238        exportable="true"
239      />
240      <tbl:columndef 
241        id="spots"
242        property="numSpots"
243        datatype="int"
244        title="Spots in db"
245        sortable="true" 
246        filterable="true"
247        exportable="true"
248      />
249      <tbl:columndef 
250        id="fileSpots"
251        property="numFileSpots"
252        datatype="int"
253        title="Spots in file"
254        sortable="true" 
255        filterable="true"
256        exportable="true"
257      />
258      <tbl:columndef
259        id="rawBioAssays"
260        title="Raw bioassays"
261      />
262      <tbl:columndef 
263        id="description"
264        property="description"
265        datatype="string"
266        title="Description" 
267        sortable="true" 
268        filterable="true" 
269        exportable="true"
270      />
271      <tbl:columndef 
272        id="tools"
273        title="Tools" 
274        show="<%=mode.isSelectionMode() ? "never" : "auto"%>"
275      />
276      <%
277      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
278      {
279        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
280        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
281        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
282        if (at.isEnumeration())
283        {
284          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
285          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
286          List<?> values = at.getValues();
287          for (Object value : values)
288          {
289            String encoded = formatter.format(value);
290            annotationEnum.add(encoded, encoded);
291          }
292        }
293        %>
294        <tbl:columndef 
295          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
296          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
297          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
298          annotation="true"
299          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
300          enumeration="<%=annotationEnum%>"
301          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
302          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
303          filterable="true" 
304          exportable="true"
305          formatter="<%=formatter%>"
306          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
307        />
308        <%
309      }
310      %>
311      <%
312      for (AnnotationType at : experimentalFactors)
313      {
314        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
315        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
316        if (at.isEnumeration())
317        {
318          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
319          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
320          List<?> values = at.getValues();
321          for (Object value : values)
322          {
323            String encoded = formatter.format(value);
324            annotationEnum.add(encoded, encoded);
325          }
326        }
327        %>
328        <tbl:columndef 
329          id="<%="ef"+at.getId()%>"
330          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [EF]"%>" 
331          property="<%="$rba.##"+at.getId()%>"
332          exportproperty="<%="#" + at.getId() %>"
333          annotation="true"
334          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
335          enumeration="<%=annotationEnum%>"
336          sortable="false" 
337          filterable="true" 
338          exportable="true"
339          formatter="<%=formatter%>"
340        />
341        <%
342      }
343      %>
344      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
345        <tbl:toolbar
346          subclass="bottomborder"
347          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
348          >
349          <tbl:button 
350            id="btnColumns"
351            image="columns.png" 
352            title="Columns&hellip;" 
353            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
354          />
355          <tbl:button 
356            id="btnImport"
357            data-plugin-type="IMPORT"
358            image="import.png" 
359            title="Import&hellip;" 
360            tooltip="Import data" 
361            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
362          />
363          <tbl:button 
364            id="btnExport"
365            data-plugin-type="EXPORT"
366            image="export.png" 
367            title="Export&hellip;" 
368            tooltip="Export data" 
369            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
370          />
371          <tbl:button
372            id="btnFilter"
373            data-plugin-type="ANALYZE"
374            data-cmd="NewFilteredBioAssaySet"
375            disabled="<%=!createPermission%>"
376            image="filter.png"
377            title="Filter bioassay set&hellip;"
378            tooltip="<%=createPermission ? 
379              "Create a new bioassay set by filtering this bioassayset" :
380              "You do not have permission analyze this experiment"%>"
381            visible="<%=!mode.isSelectionMode()%>"
382          />
383          <tbl:button 
384            id="btnRunPlugin"
385            data-plugin-type="OTHER"
386            image="runplugin.png" 
387            title="Run plugin&hellip;" 
388            tooltip="Run a plugin" 
389            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER) && !mode.isSelectionMode()%>"
390          />
391          <tbl:button 
392            id="btnAnalyze"
393            data-plugin-type="ANALYZE"
394            disabled="<%=!createPermission%>"
395            image="runplugin.png" 
396            title="Run analysis&hellip;" 
397            tooltip="<%=createPermission ? "Run an analysis plugin" : 
398              "You do not have permission to analyze this experiment"%>"
399            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.ANALYZE) && !mode.isSelectionMode()%>"
400          />
401          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
402            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
403        </tbl:toolbar>
404        <tbl:panel>
405          <tbl:presetselector />
406          <tbl:navigator
407            page="<%=cc.getPage()%>" 
408            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
409            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
410            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
411          />
412        </tbl:panel>
413      </div>
414      <tbl:data>
415        <tbl:headers>
416          <tbl:headerrow>
417            <tbl:header colspan="3" />
418            <tbl:columnheaders />
419          </tbl:headerrow>
420          <%
421          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
422          int numRows = cc.getFilterRows();
423          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
424          {
425            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
426            %>
427            <tbl:headerrow>
428              <tbl:header subclass="index" />
429              <tbl:header 
430                subclass="check" 
431                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
432                ><base:icon 
433                  subclass="link table-check"
434                  image="check_uncheck.png" 
435                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
436                  visible="<%=lastRow%>"
437                /></tbl:header>
438              <tbl:header 
439                subclass="check" 
440                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
441                />
442              <tbl:header 
443                subclass="icons" 
444                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
445                >
446                <base:icon
447                  subclass="link table-filter-row-action"
448                  image="add.png"
449                  tooltip="Add extra filter row"
450                  visible="<%=lastRow%>"
451                /><base:icon
452                  subclass="link table-filter-row-action"
453                  image="remove.png"
454                  tooltip="Remove this filter row"
455                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
456                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
457                />
458              </tbl:header>
459              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
460            </tbl:headerrow>
461            <%
462          }
463          %>
464          <tbl:columnsubtitles />
465        </tbl:headers>
466        <tbl:rows>
467          <%
468          if (cc.getMessage() != null)
469          {
470            %>
471            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
472              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
473            </tbl:panel>
474            <%
475            cc.setMessage(null);
476          }
477          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
478          int selectedItemId = cc.getId();
479          if (bioAssays != null)
480          {           
481            while (bioAssays.hasNext())
482            {
483              BioAssay item = bioAssays.next();
484              boolean bioAssayHasDbSpots = item.getNumSpots() > 0;
485              int itemId = item.getId();
486              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
487              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
488                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
489              index++;
490              numListed++;         
491              %>
492              <tbl:row>
493                <tbl:header 
494                  clazz="index"
495                  ><%=index%></tbl:header>
496                <tbl:header 
497                  clazz="check" 
498                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
499                  ><input 
500                      type="checkbox" 
501                      name="<%=itemId%>" 
502                      value="<%=itemId%>" 
503                      title="<%=name%>" 
504                      <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%>
505                    ></tbl:header>
506                <tbl:header 
507                  clazz="check" 
508                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
509                  ><input 
510                      type="radio" 
511                      name="item_id" 
512                      value="<%=itemId%>" 
513                      title="<%=name%>" 
514                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
515                    ></tbl:header>
516                <tbl:header 
517                  clazz="icons" 
518                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
519                  >&nbsp;</tbl:header>
520                <tbl:cell column="name"><div 
521                  class="link table-item"
522                  data-item-id="<%=itemId%>"
523                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
524                  tabindex="0"
525                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
526                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
527                <tbl:cell column="spots"><%=item.getNumSpots()%></tbl:cell>
528                <tbl:cell column="fileSpots"><%=item.getNumFileSpots()%></tbl:cell>
529                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
530                <tbl:cell column="rawBioAssays">
531                  <%
532                  rawQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
533                  try
534                  {
535                    String separator = "";
536                    for (RawBioAssay rba : rawQuery.list(dc))
537                    {
538                      out.write(separator);
539                      if (mode.hasPropertyLink())
540                      {
541                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
542                      }
543                      else
544                      {
545                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
546                      }
547                      separator = ", ";
548                    }
549                  }
550                  catch (Throwable t)
551                  {
552                    %>
553                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
554                    <%
555                  }
556                  %>
557                </tbl:cell>
558                <%
559                if (item.isAnnotated())
560                {
561                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
562                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
563                  {
564                    %>
565                    <tbl:cell 
566                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
567                      ><%
568                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
569                      {
570                        %><tbl:cellvalue 
571                          list="<%=loader.getValues()%>"
572                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
573                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
574                        /><%
575                      }
576                      %></tbl:cell>
577                    <%
578                  }
579                }
580                for (AnnotationType at : experimentalFactors)
581                {
582                  Unit unit = at.getDefaultUnit();
583                  String symbol = unit == null ? null : unit.getDisplaySymbol();
584                  %>
585                  <tbl:cell column="<%="ef"+at.getId()%>"
586                    ><tbl:cellvalue
587                    list="<%=BioAssaySetUtil.getAnnotationValues(dc, manager, item, at)%>"
588                    suffix="<%=symbol%>"
589                  /></tbl:cell>
590                  <%
591                }               
592                %>
593                <tbl:cell column="tools" style="white-space: nowrap;">
594                  <% 
595                  if (bioAssayHasDbSpots) 
596                  {
597                    %>
598                    <base:icon 
599                      subclass="link auto-init"
600                      data-auto-init="plotter"
601                      data-item-id="<%=itemId %>"
602                      image="plotter.png" 
603                      tooltip="A simple plot tool"
604                    />
605                    <base:icon 
606                      subclass="link auto-init"
607                      data-auto-init="spotdata"
608                      data-item-id="<%=itemId %>"
609                      image="table.png" 
610                      tooltip="View spot data as a table"
611                    />
612                    <%
613                  }
614                  %>
615                </tbl:cell>
616              </tbl:row>
617              <%
618            }
619          }
620          if (numListed == 0)
621          {
622            %>
623            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
624              <div class="messagecontainer note">
625              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
626              </div>
627            </tbl:panel>
628            <%
629          }
630          %>
631          </tbl:rows>
632        </tbl:data>
633    </tbl:table>
634    </t:tab>
635   
636    <t:tab id="spotdata" title="Spot data" visible="<%=hasDbSpots%>" />
637   
638    <t:tab id="bioassayset.overviewplots" title="Overview plots" 
639      visible="<%=overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" />
640    </t:tabcontrol>
641
642    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
643      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
644      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
645      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
646    </base:buttongroup>
647
648  </base:body>
649  </base:page>
650  <%
651}
652finally
653{
654  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
655  if (dc != null) dc.close();
656}
657%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.