source: branches/3.18-stable/www/views/physicalbioassays/list_bioassays.jsp @ 7938

Last change on this file since 7938 was 7938, checked in by Nicklas Nordborg, 3 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all items in the "View" menu.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 27.3 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 7938 2021-05-03 11:20:19Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.Tag"
33  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.Include"
42  import="net.sf.basedb.core.Type"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemList"
47  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
48  import="net.sf.basedb.core.Permission"
49  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
50  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
63  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
64  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
69  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
70  import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.LinkedItemFormatter"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.util.ProjectSpecificInfoFilter"
81  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
82  import="net.sf.basedb.util.Values"
83  import="java.util.Iterator"
84  import="java.util.List"
85  import="java.util.Map"
86  import="java.util.Date"
87  import="java.util.ArrayList"
88%>
89<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
90<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
91<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
92<%!
93  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
94  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
101
102final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
103final Formatter<Nameable> nameableFormatter = mode.hasPropertyLink() ? new LinkedItemFormatter(mode.hasEditLink()) : new NameableFormatter();
104final String callback = request.getParameter("callback");
105final String title = mode.generateTitle("physical bioassay", "physical bioassays");
106final DbControl dc = sc.newDbControl();
107ItemResultIterator<PhysicalBioAssay> bioAssays = null;
108List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
109try
110{
111  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
112  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
113  ProjectSpecificInfoFilter psInfo = new ProjectSpecificInfoFilter();
114  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
115  {
116    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
117  }
118  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
119  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
120  {
121    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
122  }
123  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
124
125  // Query for extracts relatated to the current bioassay
126  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
127  extractQuery.setIncludes(cc.getInclude());
128  extractQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
129  extractQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
130  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
131  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("cce", "position")));
132  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
133
134  // Query for derived bioassay sets from to the current bioassay
135  final ItemQuery<DerivedBioAssay> dbasQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
136  dbasQuery.setIncludes(cc.getInclude());
137  dbasQuery.join(Hql.innerJoin("physicalBioAssays", "pba"));
138  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
139  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("root"), Expressions.bool(true)));
140  dbasQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
141
142  // List membership
143  final ItemQuery<ItemList> listQuery = ItemList.getQuery();
144  listQuery.setIncludes(cc.getInclude());
145  listQuery.join(Hql.innerJoin("members", "m"));
146  listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("memberType"), Expressions.integer(itemType.getValue())));
147  listQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("m"), Expressions.parameter("itemId", Type.INT)));
148  listQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
149
150  final boolean createDerivedBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY); 
151 
152  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
153  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
154  try
155  {
156    final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, jspContext, true, PhysicalBioAssay.getQuery(), mode);
157    bioAssays = query.iterate(dc);
158  }
159  catch (Throwable t)
160  {
161    cc.setMessage(t.getMessage());
162    t.printStackTrace();
163  }
164  int numListed = 0;
165  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
166  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
167  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
168  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<PhysicalBioAssay,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
169  %>
170  <base:page title="<%=title==null ? "Physical bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
171  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
172    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
173    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
174  </base:head>
175 
176  <base:body>
177    <h1><%=title==null ? "Physical bioassays" : title%></h1>
178    <div class="content">
179    <tbl:table 
180      id="bioassays" 
181      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
182      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
183      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
184      action="index.jsp"
185      sc="<%=sc%>"
186      item="<%=itemType%>"
187      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
188      subclass="fulltable"
189      data-inherited-annotations="true"
190      data-relateditem-columns="true"
191      stickyheaders="name"
192      >
193      <tbl:hidden 
194        name="mode" 
195        value="<%=mode.getName()%>" 
196      />
197      <tbl:hidden 
198        name="callback" 
199        value="<%=callback%>" 
200        skip="<%=callback == null%>" 
201      />
202      <tbl:columndef 
203        id="name"
204        property="name"
205        datatype="string"
206        title="Name"
207        sortable="true" 
208        filterable="true"
209        exportable="true"
210        show="always" 
211      />
212      <tbl:columndef 
213        id="itemSubtype"
214        property="itemSubtype"
215        sortproperty="itemSubtype.name"
216        exportproperty="itemSubtype.name:string"
217        datatype="int"
218        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
219        title="Type"
220        sortable="true" 
221        filterable="true"
222        exportable="true"
223      />
224      <tbl:columndef
225        id="id"
226        clazz="uniquecol"
227        property="id"
228        datatype="int"
229        title="ID"
230        sortable="true"
231        filterable="true"
232        exportable="true"
233      />
234      <tbl:columndef 
235        id="size"
236        property="size"
237        datatype="int"
238        title="Size"
239        sortable="true" 
240        filterable="true"
241        exportable="true"
242      />
243      <tbl:columndef
244        id="extracts"
245        title="Extracts"
246        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
247        datatype="string"
248        filterable="true"
249        exportable="true"
250      />
251      <tbl:columndef 
252        id="arraySlide"
253        property="arraySlide.name"
254        datatype="string"
255        title="Array slide"
256        sortable="true" 
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef
261        id="derivedBioAssays"
262        title="Derived bioassays"
263        property="&rootDerivedBioAssays(%name)"
264        datatype="string"
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef 
269        id="protocol"
270        property="creationEvent.protocol.name"
271        datatype="string"
272        title="Protocol"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276      />
277      <tbl:columndef
278        id="hardware"
279        property="creationEvent.hardware.name"
280        datatype="string"
281        title="Hardware"
282        sortable="true"
283        filterable="true"
284        exportable="true"
285      />
286      <tbl:columndef 
287        id="kit"
288        property="creationEvent.kit.name"
289        datatype="string"
290        title="Kit"
291        sortable="true" 
292        filterable="true"
293        exportable="true"
294      />
295      <tbl:columndef 
296        id="eventDate"
297        property="creationEvent.eventDate"
298        datatype="date"
299        title="Created"
300        sortable="true" 
301        filterable="true"
302        exportable="true"
303        formatter="<%=dateFormatter%>"
304      />
305      <tbl:columndef 
306        id="entryDate"
307        property="creationEvent.entryDate"
308        datatype="date"
309        title="Registered"
310        sortable="true" 
311        filterable="true"
312        exportable="true"
313        formatter="<%=dateFormatter%>"
314      />
315      <tbl:columndef 
316        id="owner"
317        property="owner.name"
318        datatype="string"
319        title="Owner"
320        sortable="true" 
321        filterable="true"
322        exportable="true"
323      />
324      <tbl:columndef 
325        id="description"
326        property="description"
327        datatype="string"
328        title="Description" 
329        sortable="true" 
330        filterable="true" 
331        exportable="true"
332      />
333      <tbl:columndef
334        id="itemList"
335        property="§itemLists"
336        datatype="int"
337        title="Item list"
338        filterable="true"
339        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
340      />
341      <%
342      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
343      {
344        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
345        Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
346        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
347        if (at.isEnumeration())
348        {
349          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
350          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
351          List<?> values = at.getValues();
352          for (Object value : values)
353          {
354            String encoded = formatter.format(value);
355            annotationEnum.add(encoded, encoded);
356          }
357        }
358        %>
359        <tbl:columndef 
360          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
361          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
362          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
363          annotation="true"
364          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
365          enumeration="<%=annotationEnum%>"
366          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
367          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
368          filterable="true" 
369          exportable="true"
370          formatter="<%=formatter%>"
371          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
372        />
373        <%
374      }
375      %>
376      <tbl:columndef
377        id="permission"
378        title="Permission"
379      />
380      <tbl:columndef
381        id="sharedTo"
382        title="Shared to"
383        filterable="true"
384        filterproperty="!sharedTo.name"
385        datatype="string"
386      />
387      <tbl:columndef 
388        id="xt-columns" 
389        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
390        jspcontext="<%=jspContext%>" 
391      />
392      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
393        <tbl:toolbar
394          subclass="bottomborder"
395          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
396          >
397          <tbl:button 
398            id="btnNewItem"
399            disabled="<%=!createPermission%>" 
400            image="new.png" 
401            title="New&hellip;" 
402            tooltip="<%=createPermission ? "Create new physical bioassay" : "You do not have permission to create physical bioassays"%>" 
403          />
404          <tbl:button
405            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
406            disabled="<%=!createDerivedBioAssayPermission %>"
407            image="add.png"
408            title="New derived bioassay&hellip;"
409            tooltip="<%=createDerivedBioAssayPermission ? "Create new derived bioassay from the selected physical bioassays" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>"
410          />
411          <tbl:button 
412            id="btnDeleteItems"
413            image="delete.png"
414            title="Delete" 
415            tooltip="Delete the selected items" 
416          />
417          <tbl:button 
418            id="btnRestoreItems"
419            image="restore.png"
420            title="Restore" 
421            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
422          />
423          <tbl:button 
424            id="btnShareItems"
425            image="share.png"
426            title="Share&hellip;" 
427            tooltip="Share the selected items"
428          />
429          <tbl:button 
430            id="btnSetOwner"
431            image="take_ownership.png"
432            title="Set owner&hellip;"
433            tooltip="Change owner of the selected items"
434          />
435          <tbl:button 
436            id="btnColumns"
437            image="columns.png" 
438            title="Columns&hellip;" 
439            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
440          />
441          <tbl:button
442            id="btnNewItemList"
443            image="add.png"
444            title="New item list&hellip;"
445            tooltip="Create a new item list from matching bioassays"
446            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
447          />
448          <tbl:button
449            id="btnAddToItemList"
450            image="add.png"
451            title="Add to item list&hellip;"
452            tooltip="Add bioassays to an existing item list"
453          />
454          <tbl:button
455            id="btnInheritAnnotations"
456            image="inherit.png"
457            title="Inherit annotations&hellip;"
458            tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
459          />
460          <tbl:button 
461            id="btnImport"
462            data-plugin-type="IMPORT"
463            image="import.png" 
464            title="Import&hellip;" 
465            tooltip="Import data" 
466            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
467          />
468          <tbl:button 
469            id="btnExport"
470            data-plugin-type="EXPORT"
471            image="export.png" 
472            title="Export&hellip;" 
473            tooltip="Export data" 
474            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
475          />
476          <tbl:button 
477            id="btnRunPlugin"
478            data-plugin-type="OTHER"
479            image="runplugin.png" 
480            title="Run plugin&hellip;" 
481            tooltip="Run a plugin" 
482            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
483          />
484          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
485            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
486        </tbl:toolbar>
487        <tbl:panel>
488          <tbl:presetselector />
489          <tbl:navigator
490            page="<%=cc.getPage()%>" 
491            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
492            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
493            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
494          />
495        </tbl:panel>
496      </div>
497      <tbl:data>
498        <tbl:headers>
499          <tbl:headerrow>
500            <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
501            <tbl:columnheaders />
502          </tbl:headerrow>
503          <%
504          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
505          int numRows = cc.getFilterRows();
506          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
507          {
508            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
509            %>
510            <tbl:headerrow>
511              <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
512                <div class="index-<%=mode.getName()%>">
513                  <div class="index"></div>
514                  <div class="check">
515                    <base:icon 
516                      subclass="link table-check"
517                      image="check_uncheck.png" 
518                      tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
519                      visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
520                    />
521                  </div>
522                  <div class="icons">
523                    <base:icon
524                      subclass="link table-filter-row-action"
525                      image="add.png"
526                      tooltip="Add extra filter row"
527                      visible="<%=lastRow%>"
528                    /><base:icon
529                      subclass="link table-filter-row-action"
530                      image="remove.png"
531                      tooltip="Remove this filter row"
532                      visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
533                      data-remove-row="<%=filterNo%>"
534                    />
535                  </div>
536                </div>
537              </tbl:header>
538              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
539            </tbl:headerrow>
540            <%
541          }
542          %>
543          <tbl:columnsubtitles />
544        </tbl:headers>
545        <tbl:rows>
546          <%
547          if (cc.getMessage() != null)
548          {
549            %>
550            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
551              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
552            </tbl:panel>
553            <%
554            cc.setMessage(null);
555          }
556          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
557          int selectedItemId = cc.getId();
558          if (bioAssays != null)
559          {           
560            while (bioAssays.hasNext())
561            {
562              PhysicalBioAssay item = bioAssays.next();
563              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
564              int itemId = item.getId();
565              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
566              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
567              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
568              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
569              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
570                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
571              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
572              index++;
573              numListed++;
574              %>
575              <tbl:row>
576                <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
577                  <div class="index-<%=mode.getName()%>">
578                    <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
579                    <div class="check">
580                      <base:input
581                        type="checkbox" 
582                        name="<%=itemId%>" 
583                        value="<%=itemId%>" 
584                        title="<%=name%>" 
585                        checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
586                        visible="<%=mode.hasCheck()%>"
587                      />
588                      <base:input 
589                        type="radio" 
590                        name="item_id" 
591                        value="<%=itemId%>" 
592                        title="<%=name%>" 
593                        checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
594                        visible="<%=mode.hasRadio()%>"
595                      />
596                    </div>
597                    <div class="icons">
598                      <base:icon 
599                        image="deleted.png"
600                        id="<%="delete."+itemId %>"
601                        subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : "disabled" %>"
602                        data-item-id="<%=itemId%>"
603                        tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
604                        visible="<%=item.isRemoved()%>"
605                      /><base:icon 
606                        image="shared.png" 
607                        id="<%="share."+itemId %>"
608                        subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : "disabled" %>"
609                        data-item-id="<%=itemId%>"
610                        tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
611                        visible="<%=item.isShared()%>"
612                      />
613                    </div>
614                  </div>
615                </tbl:header>
616                <tbl:cell column="name"><div
617                  class="link table-item"
618                  data-item-id="<%=itemId%>"
619                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
620                  tabindex="0"
621                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
622                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
623                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
624                    item="<%=item%>" 
625                    property="itemSubtype"
626                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
627                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
628                  /></tbl:cell>
629                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
630                <tbl:cell column="extracts">
631                  <%
632                  extractQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
633                  try
634                  {
635                    String separator = "";
636                    boolean needIndex = item.getSize() > 1;
637                    for (Extract extract : extractQuery.list(dc))
638                    {
639                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(extract);
640                      Tag tag = null;
641                      boolean readTag = true;
642                      try
643                      {
644                        tag = extract.getTag();
645                      }
646                      catch (PermissionDeniedException ex)
647                      {
648                        readTag = false;
649                      }
650                      out.write(separator);
651                      if (needIndex)
652                      {
653                        out.write(creationEvent.getEventSource(extract).getPosition() + ": ");
654                      }
655                      if (mode.hasPropertyLink())
656                      {
657                        out.write(Base.getLinkedName(ID, extract, false, mode.hasEditLink()));
658                      }
659                      else
660                      {
661                        out.write(HTML.encodeTags(extract.getName()));
662                      }
663                      if (tag != null || usedQuantity != null)
664                      {
665                        out.write(" (");
666                        if (usedQuantity != null)
667                        {
668                          out.write(numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg");
669                          if (tag != null) out.write("; ");
670                        }
671                        if (tag != null)
672                        {
673                          if (mode.hasPropertyLink())
674                          {
675                            out.write(Base.getLinkedName(ID, tag, !readTag, mode.hasEditLink()));
676                          }
677                          else
678                          {
679                            out.write(" (" + Base.getEncodedName(tag, !readTag));
680                          }
681                        }
682                        out.write(")");
683                      }
684                      separator = ", ";
685                    }
686                  }
687                  catch (Throwable t)
688                  {
689                    %>
690                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
691                    <%
692                  }
693                  %>             
694                </tbl:cell>
695                <tbl:cell column="arraySlide"
696                  ><base:propertyvalue 
697                    item="<%=item%>" 
698                    property="arraySlide"
699                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
700                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
701                  /></tbl:cell>
702                <tbl:cell column="derivedBioAssays">
703                  <%
704                  dbasQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
705                  %>
706                  <%=Values.getString(dbasQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
707                  <base:icon
708                    subclass="link auto-init"
709                    data-auto-init="new-derived-bioassay"
710                    data-item-id="<%=itemId %>"
711                    image="add.png" 
712                    tooltip="Create new derived bioassay" 
713                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createDerivedBioAssayPermission && usePermission %>"
714                  />
715                </tbl:cell>
716                <tbl:cell column="itemList">
717                  <%
718                  listQuery.setParameter("itemId", itemId, Type.INT);
719                  %>
720                  <%=Values.getString(listQuery.list(dc), ", ", false, nameableFormatter) %>
721                </tbl:cell>
722                <tbl:cell column="protocol"
723                  ><base:propertyvalue 
724                    item="<%=creationEvent%>" 
725                    property="protocol"
726                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
727                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
728                  /></tbl:cell>
729                <tbl:cell column="hardware"
730                  ><base:propertyvalue 
731                    item="<%=creationEvent%>"
732                    property="hardware"
733                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
734                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
735                  /></tbl:cell>
736                <tbl:cell column="kit"
737                  ><base:propertyvalue 
738                    item="<%=creationEvent%>" 
739                    property="kit"
740                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
741                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
742                  /></tbl:cell>
743                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
744                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
745                <tbl:cell column="owner"
746                  ><base:propertyvalue 
747                    item="<%=item%>" 
748                    property="owner"
749                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
750                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
751                  /></tbl:cell>
752                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
753                <%
754                if (item.isAnnotated())
755                {
756                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
757                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
758                  {
759                    %>
760                    <tbl:cell 
761                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
762                      ><%
763                      if (loader.find(snapshot, psInfo.reset())) 
764                      {
765                        %><tbl:cellvalue 
766                          list="<%=loader.getValues()%>"
767                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
768                          clazz="<%=psInfo.overridesDefaultAnnotation() ? "ps-annotation" : null%>"
769                        /><%
770                      }
771                      %></tbl:cell>
772                    <%
773                  }
774                }
775                %>
776                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
777                <tbl:cell column="sharedTo">
778                  <%=Values.getString(ShareableUtil.getSharedTo(dc, item), ", ", false, nameableFormatter) %>
779                </tbl:cell>
780                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
781                  <tbl:cell column="xt-columns" />
782                </tbl:xt-cells>
783              </tbl:row>
784              <%
785              }
786            }
787          if (numListed == 0)
788          {
789            %>
790            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
791              <div class="messagecontainer note">
792              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No physical bioassays were found" : "No physical bioassays on this page. Please select another page!" %>
793              </div>
794            </tbl:panel>
795            <%
796          }
797          %>
798        </tbl:rows>
799      </tbl:data>
800    </tbl:table>
801    </div>
802   
803    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
804      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
805      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
806      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
807    </base:buttongroup>
808   
809  </base:body>
810  </base:page>
811  <%
812}
813finally
814{
815  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
816  if (dc != null) dc.close();
817}
818%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.