source: branches/3.18-stable/www/views/rawbioassays/rawdata/list_rawdata.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 3 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 30.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_rawdata.jsp 7932 2021-04-28 07:16:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
31  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
32  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
33  import="net.sf.basedb.core.RawDataProperty"
34  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
35  import="net.sf.basedb.core.Feature"
36  import="net.sf.basedb.core.Reporter"
37  import="net.sf.basedb.core.ArrayDesignBlock"
38  import="net.sf.basedb.core.Well"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
46  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
47  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
48  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
49  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
50  import="net.sf.basedb.core.data.RawData"
51  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
52  import="net.sf.basedb.core.data.FeatureData"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.Values"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="java.util.List"
77  import="java.util.Map"
78  import="java.util.Date"
79%>
80<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
81<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
82<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
83<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
84<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
85<%!
86  private static final Item itemType = Item.RAWDATA;
87%>
88<%
89final int rawBioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("rawbioassay_id"));
90final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
91final String ID = sc.getId();
92
93final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
94final String callback = request.getParameter("callback");
95final String title = mode.generateTitle("raw data", "raw data");
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97DataResultIterator<RawData> rawData = null;
98try
99{
100  final boolean readReporter = !sc.hasPermission(Permission.DENIED, Item.REPORTER);
101  RawBioAssay rawBioAssay = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
102  RawDataType rawDataType = rawBioAssay.getRawDataType();
103  final String subContext = rawDataType.getId();
104  final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST, subContext);
105
106  final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, null, null);
107  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, rawBioAssay);
108
109  final DataQuery<RawData> query = rawBioAssay.getRawData();
110  query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "r", null, true));
111  query.join(Hql.leftJoin(null, "feature", "f", null, true));
112  cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
113  if (!"row".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
114  if (!"column".equals(cc.getSortProperty())) query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
115
116  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
117  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
118  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
119  typeQuery.setCacheResult(true);
120  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
121 
122  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
123  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
124 
125  Enumeration<String, String> plateRows = new Enumeration<String, String>();
126  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
127  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
128  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
129  int maxRows = result.next().getRows();
130  for (int row = 0; row < maxRows && row < 256; row++)
131  {
132    plateRows.add(Integer.toString(row), rowFormatter.format(row));
133  }
134 
135  Enumeration<String, String> plateColumns = new Enumeration<String, String>();
136  final ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
137  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
138  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
139  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
140  for (int column = 0; column < maxColumns && column < 256; column++)
141  {
142    plateColumns.add(Integer.toString(column), columnFormatter.format(column));
143  }
144 
145  try
146  {
147    rawData = query.iterate(dc);
148  }
149  catch (Throwable t)
150  {
151    cc.setMessage(t.getMessage());
152    t.printStackTrace();
153  }
154  int numListed = 0;
155  final boolean writeReporterPermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, Item.REPORTER);
156  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
157  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
158  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<RawData,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
159  %>
160  <base:page title="<%=title%>" id="list-page">
161  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~rawdata.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
162    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
163    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
164  </base:head>
165 
166  <base:body>
167    <p:path><p:pathelement 
168      title="Raw bioassays" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>"
169      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(rawBioAssay.getName())%>" 
170      /></p:path>
171     
172    <t:tabcontrol 
173      id="main" 
174      subclass="mastertabcontrol content"
175      active="rawdata">
176    <t:tab id="properties" title="Properties" />
177    <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
178      tooltip="View annotation values and protocol parameters" />
179   
180    <t:tab id="rawdata" title="Raw data">
181
182    <tbl:table 
183      id="rawdata"
184      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
185      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
186      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
187      action="index.jsp"
188      sc="<%=sc%>"
189      item="<%=itemType%>"
190      subcontext="<%=subContext%>"
191      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
192      subclass="fulltable sticky-headers"
193      >
194      <tbl:hidden 
195        name="mode" 
196        value="<%=mode.getName()%>" 
197      />
198      <tbl:hidden 
199        name="rawbioassay_id" 
200        value="<%=String.valueOf(rawBioAssayId)%>" 
201      />
202      <tbl:hidden 
203        name="callback" 
204        value="<%=callback%>" 
205        skip="<%=callback == null%>" 
206      />
207      <tbl:columndef 
208        id="position"
209        clazz="uniquecol"
210        property="position"
211        datatype="int"
212        title="[Raw] Position"
213        sortable="true" 
214        filterable="true"
215        exportable="true"
216        show="always" 
217      />
218      <tbl:columndef 
219        id="id"
220        clazz="uniquecol"
221        property="id"
222        datatype="int"
223        title="ID"
224        sortable="true"
225        filterable="true"
226        exportable="true"
227      />
228      <tbl:columndef 
229        id="block"
230        property="block"
231        datatype="int"
232        title="[Raw] Block"
233        sortable="true" 
234        filterable="true"
235        exportable="true"
236      />
237      <tbl:columndef 
238        id="metaGridX"
239        property="metaGridX"
240        datatype="int"
241        title="[Raw] Meta grid X"
242        sortable="true" 
243        filterable="true"
244        exportable="true"
245      />
246      <tbl:columndef 
247        id="metaGridY"
248        property="metaGridY"
249        datatype="int"
250        title="[Raw] Meta grid Y"
251        sortable="true" 
252        filterable="true"
253        exportable="true"
254      />
255      <tbl:columndef 
256        id="row"
257        property="row"
258        datatype="int"
259        title="[Raw] Row"
260        sortable="true" 
261        filterable="true"
262        exportable="true"       
263      />
264      <tbl:columndef 
265        id="column"
266        property="column"
267        datatype="int"
268        title="[Raw] Column"
269        sortable="true" 
270        filterable="true"
271        exportable="true"
272      />
273      <tbl:columndef 
274        id="x"
275        property="x"
276        datatype="int"
277        title="[Raw] X"
278        sortable="true" 
279        filterable="true"
280        exportable="true"
281      />
282      <tbl:columndef 
283        id="y"
284        property="y"
285        datatype="int"
286        title="[Raw] Y"
287        sortable="true" 
288        filterable="true"
289        exportable="true"
290      />
291      <%
292      for (RawDataProperty rdp : rawBioAssay.getRawDataType().getProperties())
293      {
294        %>
295        <tbl:columndef
296          id="<%="raw."+rdp.getName()%>"
297          property="<%=rdp.getName()%>"
298          datatype="<%=rdp.getType().getStringValue()%>"
299          title="<%="[Raw] "+HTML.encodeTags(rdp.getTitle())%>"
300          sortable="true" 
301          filterable="true"
302          exportable="true"
303          formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, rdp)%>"
304        />
305        <%
306      }
307      %>
308      <tbl:columndef
309        id="reporterList"
310        property="$r.£reporterListScores"
311        datatype="int"
312        title="[Rep] Reporter list"
313        filterable="true"
314        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
315        multiple="false"
316      />     
317      <tbl:columndef 
318        id="reporter.name"
319        property="$r.name"
320        exportproperty="reporter.name"
321        datatype="string"
322        title="[Rep] Name"
323        sortable="<%=readReporter%>" 
324        filterable="<%=readReporter%>"
325        exportable="<%=readReporter%>"
326      />
327      <%
328      if (readReporter)
329      {
330        %>
331        <tbl:columndef 
332          id="reporter.externalId"
333          clazz="uniquecol"
334          property="$r.externalId"
335          exportproperty="reporter.externalId"
336          datatype="string"
337          title="[Rep] ID"
338          sortable="true" 
339          filterable="true"
340          exportable="true"
341        />
342        <tbl:columndef 
343          id="reporter.symbol"
344          property="$r.symbol"
345          exportproperty="reporter.symbol"
346          datatype="string"
347          title="[Rep] Gene symbol"
348          sortable="true" 
349          filterable="true"
350          exportable="true"
351        />
352        <tbl:columndef 
353          id="reporter.description"
354          property="$r.description"
355          exportproperty="reporter.description"
356          datatype="string"
357          title="[Rep] Description" 
358          sortable="true" 
359          filterable="true" 
360          exportable="true"
361        />
362        <tbl:columndef 
363          id="reporter.lastUpdate"
364          property="$r.lastUpdate"
365          exportproperty="reporter.lastUpdate"
366          datatype="timestamp"
367          title="[Rep] Last update" 
368          sortable="true" 
369          filterable="true" 
370          exportable="true"
371          formatter="<%=dateFormatter%>"
372        />
373        <%
374        Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
375        ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = typeQuery.list(dc);
376        types.add("", "- none -");
377        for (ReporterType rt : reporterTypes)
378        {
379          types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
380        }
381        %>
382        <tbl:columndef 
383          id="reporter.reporterType"
384          property="$r.reporterType"
385          sortproperty="$r.reporterType.name"
386          exportproperty="reporter.reporterType.name:string"
387          datatype="int"
388          enumeration="<%=types%>"
389          title="[Rep] Type"
390          sortable="true" 
391          filterable="true"
392          exportable="true"
393        />
394        <%
395        if (reporterProperties != null)
396        {
397          for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
398          {
399            String name = ep.getName();
400            %>
401            <tbl:columndef
402              id="<%="reporter."+name%>"
403              property="<%="$r."+name%>"
404              exportproperty="<%="reporter."+name%>"
405              datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
406              title="<%="[Rep] "+HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
407              sortable="true"
408              filterable="true"
409              exportable="true"
410              formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
411            />
412            <%
413          }
414        }
415      }
416      %>
417      <tbl:columndef 
418        id="feature.position"
419        clazz="uniquecol"
420        property="$f.position"
421        exportproperty="feature.position"
422        datatype="int"
423        title="[Feat] Position" 
424        sortable="true" 
425        filterable="true" 
426        exportable="true"
427      />
428      <tbl:columndef 
429        id="feature.externalId"
430        clazz="uniquecol"
431        property="$f.externalId"
432        exportproperty="feature.externalId"
433        datatype="string"
434        title="[Feat] Feature ID" 
435        sortable="true" 
436        filterable="true" 
437        exportable="true"
438      />
439      <tbl:columndef 
440        id="feature.block"
441        property="$f.arrayDesignBlock.blockNumber"
442        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.blockNumber"
443        datatype="int"
444        title="[Feat] Block"
445        sortable="true" 
446        filterable="true"
447        exportable="true"
448      />
449      <tbl:columndef 
450        id="feature.metaGridX"
451        property="$f.arrayDesignBlock.metaGridX"
452        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.metaGridX"
453        datatype="int"
454        title="[Feat] Meta grid X"
455        sortable="true" 
456        filterable="true"
457        exportable="true"
458      />
459      <tbl:columndef 
460        id="feature.metaGridY"
461        property="$f.arrayDesignBlock.metaGridY"
462        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.metaGridY"
463        datatype="int"
464        title="[Feat] Meta grid Y"
465        sortable="true" 
466        filterable="true"
467        exportable="true"
468      />
469      <tbl:columndef 
470        id="feature.row"
471        property="$f.row"
472        exportproperty="feature.row"
473        datatype="int"
474        title="[Feat] Row"
475        sortable="true" 
476        filterable="true"
477        exportable="true"
478      />
479      <tbl:columndef 
480        id="feature.column"
481        property="$f.column"
482        exportproperty="feature.column"
483        datatype="int"
484        title="[Feat] Column"
485        sortable="true" 
486        filterable="true"
487        exportable="true"
488      />
489      <tbl:columndef 
490        id="feature.blockSizeX"
491        property="$f.arrayDesignBlock.blockSizeX"
492        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.blockSizeX"
493        datatype="int"
494        title="[Feat] Block size X"
495        sortable="true" 
496        filterable="true"
497        exportable="true"
498      />
499      <tbl:columndef 
500        id="feature.blockSizeY"
501        property="$f.arrayDesignBlock.blockSizeY"
502        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.blockSizeY"
503        datatype="int"
504        title="[Feat] Block size Y"
505        sortable="true" 
506        filterable="true"
507        exportable="true"
508      />
509      <tbl:columndef 
510        id="feature.originX"
511        property="$f.arrayDesignBlock.originX"
512        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.originX"
513        datatype="int"
514        title="[Feat] Origin X"
515        sortable="true" 
516        filterable="true"
517        exportable="true"
518      />
519      <tbl:columndef 
520        id="feature.originY"
521        property="$f.arrayDesignBlock.originY"
522        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.originY"
523        datatype="int"
524        title="[Feat] Origin Y"
525        sortable="true" 
526        filterable="true"
527        exportable="true"
528      />
529      <tbl:columndef 
530        id="feature.spacingX"
531        property="$f.arrayDesignBlock.spacingX"
532        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.spacingX"
533        datatype="int"
534        title="[Feat] Spacing X"
535        sortable="true" 
536        filterable="true"
537        exportable="true"
538      />
539      <tbl:columndef 
540        id="feature.spacingY"
541        property="$f.arrayDesignBlock.spacingY"
542        exportproperty="feature.arrayDesignBlock.spacingY"
543        datatype="int"
544        title="[Feat] Spacing Y"
545        sortable="true" 
546        filterable="true"
547        exportable="true"
548      />
549      <tbl:columndef 
550        id="well.row"
551        property="$f.well.row"
552        exportproperty="feature.well.row"
553        datatype="int"
554        title="[Well] Row" 
555        sortable="true" 
556        filterable="true"
557        enumeration="<%=plateRows%>" 
558        exportable="true"
559        formatter="<%=rowFormatter%>"
560      />
561      <tbl:columndef 
562        id="well.column"
563        property="$f.well.column"
564        exportproperty="feature.well.column"
565        datatype="int"
566        title="[Well] Column" 
567        sortable="true" 
568        filterable="true" 
569        enumeration="<%=plateColumns%>" 
570        exportable="true"
571        formatter="<%=columnFormatter%>"
572      />
573      <tbl:columndef 
574        id="well.plate"
575        property="$f.well.plate.name"
576        exportproperty="feature.well.plate.name"
577        datatype="string"
578        title="[Well] Plate" 
579        sortable="true" 
580        filterable="true" 
581        exportable="true"
582      />
583      <tbl:columndef 
584        id="xt-columns" 
585        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
586        jspcontext="<%=jspContext%>" 
587      />
588      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
589        <tbl:toolbar
590          subclass="bottomborder"
591          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
592          >
593          <tbl:button 
594            id="btnColumns"
595            image="columns.png" 
596            title="Columns&hellip;" 
597            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
598          />
599          <tbl:button
600            id="btnNewReporterList"
601            image="add.png"
602            title="New reporter list&hellip;"
603            tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
604            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
605          />
606          <tbl:button 
607            id="btnImport"
608            data-plugin-type="IMPORT"
609            image="import.png" 
610            title="Import&hellip;" 
611            tooltip="Import data" 
612            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
613          />
614          <tbl:button 
615            id="btnExport"
616            data-plugin-type="EXPORT"
617            image="export.png" 
618            title="Export&hellip;" 
619            tooltip="Export data" 
620            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
621          />
622          <tbl:button 
623            id="btnRunPlugin"
624            data-plugin-type="OTHER"
625            image="runplugin.png" 
626            title="Run plugin&hellip;" 
627            tooltip="Run a plugin" 
628            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
629          />
630          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
631            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
632        </tbl:toolbar>
633        <tbl:panel>
634          <tbl:presetselector />
635          <tbl:navigator
636            page="<%=cc.getPage()%>" 
637            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
638            totalrows="<%=rawData == null ? 0 : rawData.getTotalCount()%>" 
639            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
640          />
641        </tbl:panel>
642      </div>
643      <tbl:data>
644        <tbl:headers>
645          <tbl:headerrow>
646            <tbl:header colspan="3" />
647            <tbl:columnheaders />
648          </tbl:headerrow>
649          <%
650          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
651          int numRows = cc.getFilterRows();
652          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
653          {
654            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
655            %>
656            <tbl:headerrow>
657              <tbl:header subclass="index" />
658              <tbl:header 
659                subclass="check" 
660                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
661                ><base:icon 
662                  subclass="link table-check"
663                  image="check_uncheck.png" 
664                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
665                  visible="<%=lastRow%>"
666                /></tbl:header>
667              <tbl:header 
668                subclass="check" 
669                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
670                />
671              <tbl:header 
672                subclass="icons" 
673                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
674                >
675                <base:icon
676                  subclass="link table-filter-row-action"
677                  image="add.png"
678                  tooltip="Add extra filter row"
679                  visible="<%=lastRow%>"
680                /><base:icon
681                  subclass="link table-filter-row-action"
682                  image="remove.png"
683                  tooltip="Remove this filter row"
684                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
685                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
686                />
687              </tbl:header>
688              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
689            </tbl:headerrow>
690            <%
691          }
692          %>
693          <tbl:columnsubtitles />
694        </tbl:headers>
695        <tbl:rows>
696          <%
697          if (cc.getMessage() != null)
698          {
699            %>
700            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
701              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
702            </tbl:panel>
703            <%
704            cc.setMessage(null);
705          }
706          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
707          int selectedItemId = cc.getId();
708          if (rawData != null)
709          {
710            String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
711              "Select this item" : "View this item";
712            while (rawData.hasNext())
713            {
714              RawData item = rawData.next();
715              int itemId = item.getId();
716              index++;
717              numListed++;
718              %>
719              <tbl:row>
720                <tbl:header 
721                  clazz="index"
722                  ><%=index%></tbl:header>
723                <tbl:header 
724                  clazz="check" 
725                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
726                  ><input 
727                      type="checkbox" 
728                      name="<%=itemId%>" 
729                      value="<%=itemId%>" 
730                      title="TODO" 
731                      <%=request.getParameter(Integer.toString(itemId)) == null ? "" : "checked"%> 
732                    ></tbl:header>
733                <tbl:header 
734                  clazz="check" 
735                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
736                  ><input 
737                      type="radio" 
738                      name="item_id" 
739                      value="<%=itemId%>" 
740                      title="TODO" 
741                      <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
742                    ></tbl:header>
743                <tbl:header 
744                  clazz="icons" 
745                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
746                  ></tbl:header>
747                <tbl:cell column="position"><div
748                  class="link table-item"
749                  data-item-id="<%=itemId%>"
750                  data-extra-url="<%="&rawbioassay_id="+rawBioAssayId%>"
751                  tabindex="0"
752                  title="<%=tooltip%>"><%=item.getPosition()%></div></tbl:cell>
753                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
754                <tbl:cell column="block"><%=item.getBlock()%></tbl:cell>
755                <tbl:cell column="row"><tbl:cellvalue value="<%=item.getRow()%>"/></tbl:cell>
756                <tbl:cell column="column"><tbl:cellvalue value="<%=item.getColumn()%>"/></tbl:cell>
757                <tbl:cell column="metaGridX"><%=item.getMetaGridX()%></tbl:cell>
758                <tbl:cell column="metaGridY"><%=item.getMetaGridY()%></tbl:cell>
759                <tbl:cell column="x"><%=item.getX()%></tbl:cell>
760                <tbl:cell column="y"><%=item.getY()%></tbl:cell>
761                <%
762                for (RawDataProperty rdp : rawBioAssay.getRawDataType().getProperties())
763                {
764                  %>
765                  <tbl:cell column="<%="raw."+rdp.getName()%>"><tbl:cellvalue value="<%=item.getExtended(rdp.getName())%>" /></tbl:cell>
766                  <%
767                }
768                %>
769                <%
770                if (!readReporter)
771                {
772                  %>
773                  <tbl:cell column="reporter.name"><i>- denied -</i></tbl:cell>
774                  <%
775                }
776                else
777                {
778                  ReporterData reporter = item.getReporter();
779                  if (reporter == null)
780                  {
781                    %>
782                    <tbl:cell column="reporter.name"><i>- none -</i></tbl:cell>
783                    <tbl:cell column="reporter.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
784                    <%
785                  }
786                  else
787                  {
788                    %>
789                    <tbl:cell column="reporter.name"><%=Base.getLink(ID, reporter.getName(), Item.REPORTER, reporter.getId(), writeReporterPermission)%></tbl:cell>
790                    <tbl:cell column="reporter.externalId"><%=HTML.encodeTags(reporter.getExternalId())%></tbl:cell>
791                    <tbl:cell column="reporter.symbol"><%=HTML.encodeTags(reporter.getSymbol())%></tbl:cell>
792                    <tbl:cell column="reporter.description"><%=HTML.encodeTags(reporter.getDescription())%></tbl:cell>
793                    <tbl:cell column="reporter.lastUpdate" value="<%=reporter.getLastUpdate()%>" />
794                    <tbl:cell column="reporter.reporterType"><base:propertyvalue dbcontrol="<%=dc%>" item="<%=reporter%>" property="reporterType.name" /></tbl:cell>
795                    <%
796                    if (reporterProperties != null)
797                    {
798                      for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
799                      {
800                        String name = ep.getName();
801                        %>
802                        <tbl:cell column="<%="reporter."+name%>"><tbl:cellvalue value="<%=reporter.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
803                        <%
804                      }
805                    }
806                  }
807                }
808                %>
809                <%
810                FeatureData feature = item.getFeature();
811                if (feature == null)
812                {
813                  %>
814                  <tbl:cell column="feature.position"><i>- none -</i></tbl:cell>
815                  <tbl:cell column="feature.externalId"><i>- none -</i></tbl:cell>
816                  <tbl:cell column="feature.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
817                  <tbl:cell column="feature.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
818                  <tbl:cell column="feature.block"><i>- none -</i></tbl:cell>
819                  <tbl:cell column="feature.metaGridX"><i>- none -</i></tbl:cell>
820                  <tbl:cell column="feature.metaGridY"><i>- none -</i></tbl:cell>
821                  <tbl:cell column="feature.blockSizeX"><i>- none -</i></tbl:cell>
822                  <tbl:cell column="feature.blockSizeY"><i>- none -</i></tbl:cell>
823                  <tbl:cell column="feature.originX"><i>- none -</i></tbl:cell>
824                  <tbl:cell column="feature.originY"><i>- none -</i></tbl:cell>
825                  <tbl:cell column="feature.spacingX"><i>- none -</i></tbl:cell>
826                  <tbl:cell column="feature.spacingY"><i>- none -</i></tbl:cell>
827                  <%
828                }
829                else
830                {
831                  %>
832                  <tbl:cell column="feature.position"><%=feature.getPosition()%></tbl:cell>
833                  <tbl:cell column="feature.externalId"><%=HTML.encodeTags(feature.getExternalId())%></tbl:cell>
834                  <tbl:cell column="feature.row"><%=feature.getRow()%></tbl:cell>
835                  <tbl:cell column="feature.column"><%=feature.getColumn()%></tbl:cell>
836                  <%
837                  ArrayDesignBlock block = null;
838                  try
839                  {
840                    block = Feature.getArrayDesignBlock(dc, feature);
841                  }
842                  catch (PermissionDeniedException ex)
843                  {}
844                  if (block == null)
845                  {
846                    %>
847                    <tbl:cell column="feature.block"><i>- denied -</i></tbl:cell>
848                    <tbl:cell column="feature.metaGridX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
849                    <tbl:cell column="feature.metaGridY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
850                    <tbl:cell column="feature.blockSizeX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
851                    <tbl:cell column="feature.blockSizeY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
852                    <tbl:cell column="feature.originX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
853                    <tbl:cell column="feature.originY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
854                    <tbl:cell column="feature.spacingX"><i>- denied -</i></tbl:cell>
855                    <tbl:cell column="feature.spacingY"><i>- denied -</i></tbl:cell>
856                    <%
857                  }
858                  else
859                  {
860                    %>
861                    <tbl:cell column="feature.block"><%=block.getBlockNumber()%></tbl:cell>
862                    <tbl:cell column="feature.metaGridX"><%=block.getMetaGridX()%></tbl:cell>
863                    <tbl:cell column="feature.metaGridY"><%=block.getMetaGridY()%></tbl:cell>
864                    <tbl:cell column="feature.blockSizeX"><%=block.getBlockSizeX()%></tbl:cell>
865                    <tbl:cell column="feature.blockSizeY"><%=block.getBlockSizeY()%></tbl:cell>
866                    <tbl:cell column="feature.originX"><%=block.getOriginX()%></tbl:cell>
867                    <tbl:cell column="feature.originY"><%=block.getOriginY()%></tbl:cell>
868                    <tbl:cell column="feature.spacingX"><%=block.getSpacingX()%></tbl:cell>
869                    <tbl:cell column="feature.spacingY"><%=block.getSpacingY()%></tbl:cell>
870                    <%
871                  }
872                  Well well = null;
873                  boolean readWell = true;
874                  try
875                  {
876                    well = Feature.getWell(dc, feature);
877                  }
878                  catch (PermissionDeniedException ex)
879                  {
880                    readWell = false;
881                  }
882                  if (!readWell)
883                  {
884                    %>
885                    <tbl:cell column="well.row"><i>- denied -</i></tbl:cell>
886                    <tbl:cell column="well.column"><i>- denied -</i></tbl:cell>
887                    <tbl:cell column="well.plate"><i>- denied -</i></tbl:cell>
888                    <%
889                  }
890                  else if (well == null)
891                  {
892                    %>
893                    <tbl:cell column="well.row"><i>- none -</i></tbl:cell>
894                    <tbl:cell column="well.column"><i>- none -</i></tbl:cell>
895                    <tbl:cell column="well.plate"><i>- none -</i></tbl:cell>
896                    <%
897                  }
898                  else
899                  {
900                    %>
901                    <tbl:cell column="well.row"><tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/></tbl:cell>
902                    <tbl:cell column="well.column"><tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/></tbl:cell>
903                    <tbl:cell column="well.plate"><%=well.getPlate().getName()%></tbl:cell>
904                    <%
905                  }
906                }
907                %>
908                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
909                  <tbl:cell column="xt-columns" />
910                </tbl:xt-cells>
911              </tbl:row>
912              <%
913            }
914          }
915          if (numListed == 0)
916          {
917            %>
918            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
919              <div class="messagecontainer note">
920              <%=rawData == null || rawData.getTotalCount() == 0 ? "No raw data were found" : "No raw data on this page. Please select another page!" %>
921              </div>
922            </tbl:panel>
923            <%
924          }
925          %>
926          </tbl:rows>
927        </tbl:data>
928    </tbl:table>
929    </t:tab>
930    <t:tab id="overview" title="Overview" 
931      tooltip="Display a tree overview of related items" />
932    <t:tab id="history" title="History"
933      tooltip="Displays a log with the history of this item"
934      visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>" />
935    </t:tabcontrol>
936
937    <base:buttongroup>
938      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
939      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
940      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
941    </base:buttongroup>
942
943  </base:body>
944  </base:page>
945  <%
946}
947finally
948{
949  if (rawData != null) rawData.close();
950  if (dc != null) dc.close();
951}
952%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.