source: branches/3.18-stable/www/views/reporterlists/reporters/list_reporters.jsp @ 7932

Last change on this file since 7932 was 7932, checked in by Nicklas Nordborg, 3 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all item list pages and a few other places:

  • Extensions installation dialog
  • Administrate / Services list page
  • Batch inherit annotations
  • Manage list presets
  • List of changed item in view job dialog


  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_reporters.jsp 7932 2021-04-28 07:16:56Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5 
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8 
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
10  under the terms of the GNU General Public License as published by
11  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
12  (at your option) any later version.
13 
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17  General Public License for more details.
18 
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
34  import="net.sf.basedb.core.ReporterList"
35  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
36  import="net.sf.basedb.core.ReporterScore"
37  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
38  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
39  import="net.sf.basedb.core.ReporterScoreQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.ReporterScoreResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
42  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
43  import="net.sf.basedb.core.Permission"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
52  import="net.sf.basedb.util.Values"
53  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
62  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
63  import="java.util.Date"
64  import="java.util.Map"
65  import="java.util.List"
66%>
67<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
68<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
69<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
70<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.REPORTERSCORE;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75%>
76<%
77final int reporterListId = Values.getInt(request.getParameter("reporterlist_id"));
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
79final String ID = sc.getId();
80
81final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
82
83final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
84final String callback = request.getParameter("callback");
85final String title = mode.generateTitle("reporter", "reporters");
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87ReporterScoreResultIterator reporters = null;
88ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = null;
89try
90{
91  final ReporterList reporterList = ReporterList.getById(dc, reporterListId);
92  final boolean createPermission = reporterList.hasPermission(Permission.WRITE);
93  final boolean writePermission = createPermission;
94  final boolean deletePermission = createPermission;
95
96  final ReporterScoreQuery query = reporterList.getReporterScores();
97  query.join(Hql.innerJoin(null, "reporter", "rpt", true));
98  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
99  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
100  typeQuery.setCacheResult(true);
101  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
102  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
103
104  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, reporterList);
105  try
106  {
107    cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
108    reporters = query.iterate(dc);
109  }
110  catch (Throwable t)
111  {
112    cc.setMessage(t.getMessage());
113    t.printStackTrace();
114  }
115  int numListed = 0;
116  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
117  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
118  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
119  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<ReporterScore,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
120  %>
121  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
122  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~reporters.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
123    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
124    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
125  </base:head>
126 
127  <base:body>
128    <p:path><p:pathelement 
129      title="Reporter lists" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
130      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(reporterList.getName())%>" 
131      /></p:path>
132 
133    <t:tabcontrol 
134      id="main" 
135      subclass="mastertabcontrol content"
136      active="reporters">
137    <t:tab id="properties" title="Properties" />
138   
139    <t:tab id="reporters" title="Reporters">
140    <tbl:table 
141      id="reporters" 
142      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
143      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
144      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
145      action="index.jsp"
146      sc="<%=sc%>"
147      item="<%=itemType%>"
148      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
149      subclass="fulltable sticky-headers"
150      >
151      <tbl:hidden 
152        name="mode" 
153        value="<%=mode.getName()%>" 
154      />
155      <tbl:hidden 
156        name="callback" 
157        value="<%=callback%>" 
158        skip="<%=callback == null%>" 
159      />
160      <tbl:hidden 
161        name="reporterlist_id" 
162        value="<%=String.valueOf(reporterListId)%>" 
163      />
164      <tbl:columndef 
165        id="externalId"
166        clazz="uniquecol"
167        property="reporter.externalId"
168        datatype="string"
169        title="External ID"
170        sortable="true" 
171        filterable="true"
172        exportable="true"
173      />
174      <tbl:columndef 
175        id="name"
176        property="reporter.name"
177        datatype="string"
178        title="Name"
179        sortable="true" 
180        filterable="true"
181        exportable="true"
182        show="always" 
183      />
184      <tbl:columndef 
185        id="id"
186        clazz="uniquecol"
187        property="reporter.id"
188        datatype="int"
189        title="ID"
190        sortable="true"
191        filterable="true"
192        exportable="true"
193      />
194      <tbl:columndef 
195        id="score"
196        property="score"
197        datatype="float"
198        title="Score"
199        sortable="true" 
200        filterable="true"
201        exportable="true"
202      />
203      <tbl:columndef 
204        id="symbol"
205        property="reporter.symbol"
206        datatype="string"
207        title="Gene symbol"
208        sortable="true" 
209        filterable="true"
210        exportable="true"
211      />
212      <tbl:columndef 
213        id="description"
214        property="reporter.description"
215        datatype="string"
216        title="Description" 
217        sortable="true" 
218        filterable="true" 
219        exportable="true"
220      />
221      <tbl:columndef
222        id="reporterList"
223        property="$rpt.£reporterListScores"
224        datatype="int"
225        title="Reporter list"
226        filterable="true"
227        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
228        multiple="false"
229      />
230      <tbl:columndef 
231        id="entryDate"
232        property="reporter.entryDate"
233        datatype="date"
234        title="Registered"
235        sortable="true" 
236        filterable="true"
237        exportable="true"
238        formatter="<%=dateFormatter%>"
239      />
240      <tbl:columndef 
241        id="lastUpdate"
242        property="reporter.lastUpdate"
243        datatype="timestamp"
244        title="Last update" 
245        sortable="true" 
246        filterable="true" 
247        exportable="true"
248        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
249      />
250      <%
251      if (reporterProperties != null)
252      {
253        for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
254        {
255          String name = ep.getName();
256          %>
257          <tbl:columndef
258            id="<%=name%>"
259            property="<%="reporter."+name%>"
260            datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
261            title="<%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
262            sortable="true"
263            filterable="true"
264            exportable="true"
265            formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
266          />
267          <%
268        }
269      }
270      Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
271      reporterTypes = typeQuery.list(dc);
272      types.add("", "- none -");
273      for (ReporterType rt : reporterTypes)
274      {
275        types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
276      }
277      %>
278      <tbl:columndef 
279        id="reporterType"
280        property="reporter.reporterType"
281        sortproperty="reporter.reporterType.name"
282        exportproperty="reporter.reporterType.name:string"
283        datatype="int"
284        enumeration="<%=types%>"
285        title="Type"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="xt-columns" 
292        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
293        jspcontext="<%=jspContext%>" 
294      />
295      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
296        <tbl:toolbar
297          subclass="bottomborder"
298          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
299          >
300          <tbl:button 
301            id="btnAddReporters"
302            disabled="<%=!writePermission%>" 
303            image="add.png" 
304            title="Add&hellip;" 
305            tooltip="<%=writePermission ? "Add reporters to this list" : "You do not have permission to add reporters" %>" 
306          />
307          <tbl:button 
308            id="btnRemoveReporters"
309            disabled="<%=!deletePermission%>" 
310            image="delete.png" 
311            title="Remove&hellip;" 
312            tooltip="<%=deletePermission ? "Remove the selected items from this list" : "You do not have permission to remove reporters" %>" 
313          />
314          <tbl:button 
315            id="btnColumns"
316            image="columns.png" 
317            title="Columns&hellip;" 
318            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
319          />
320          <tbl:button 
321            id="btnImport"
322            data-plugin-type="IMPORT"
323            image="import.png" 
324            title="Import&hellip;" 
325            tooltip="Import data" 
326            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
327          />
328          <tbl:button 
329            id="btnExport"
330            data-plugin-type="EXPORT"
331            image="export.png" 
332            title="Export&hellip;" 
333            tooltip="Export data" 
334            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
335          />
336          <tbl:button 
337            id="btnRunPlugin"
338            data-plugin-type="OTHER"
339            image="runplugin.png" 
340            title="Run plugin&hellip;" 
341            tooltip="Run a plugin" 
342            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
343          />
344          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
345            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
346        </tbl:toolbar>
347        <tbl:panel>
348          <tbl:presetselector />
349          <tbl:navigator
350            page="<%=cc.getPage()%>" 
351            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
352            totalrows="<%=reporters == null ? 0 : reporters.getTotalCount()%>" 
353            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
354          />
355        </tbl:panel>
356      </div>
357      <tbl:data>
358        <tbl:headers>
359          <tbl:headerrow>
360            <tbl:header colspan="3" />
361            <tbl:columnheaders />
362          </tbl:headerrow>
363          <%
364          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
365          int numRows = cc.getFilterRows();
366          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
367          {
368            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
369            %>
370            <tbl:headerrow>
371              <tbl:header subclass="index" />
372              <tbl:header 
373                subclass="check" 
374                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
375                ><base:icon 
376                  subclass="link table-check"
377                  image="check_uncheck.png" 
378                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
379                  visible="<%=lastRow%>"
380                /></tbl:header>
381              <tbl:header 
382                subclass="check" 
383                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
384                />
385              <tbl:header 
386                subclass="icons" 
387                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
388                >
389                <base:icon
390                  subclass="link table-filter-row-action"
391                  image="add.png"
392                  tooltip="Add extra filter row"
393                  visible="<%=lastRow%>"
394                /><base:icon
395                  subclass="link table-filter-row-action"
396                  image="remove.png"
397                  tooltip="Remove this filter row"
398                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
399                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
400                />
401              </tbl:header>
402              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
403            </tbl:headerrow>
404            <%
405          }
406          %>
407          <tbl:columnsubtitles />
408        </tbl:headers>
409        <tbl:rows>
410          <%
411          if (cc.getMessage() != null)
412          {
413            %>
414            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
415              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
416            </tbl:panel>
417            <%
418            cc.setMessage(null);
419          }
420          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
421          int selectedItemId = cc.getId();
422          if (reporters != null)
423          {           
424            while (reporters.hasNext())
425            {
426              ReporterScore score = reporters.next();
427              ReporterData item = score.getReporter();
428              int itemId = item.getId();
429              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
430              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
431                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
432              index++;
433              numListed++;
434              %>
435              <tbl:row>
436                <tbl:header 
437                  clazz="index"
438                  ><%=index%></tbl:header>
439                <tbl:header 
440                  clazz="check" 
441                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
442                  ><input 
443                    type="checkbox" 
444                    name="<%=itemId%>" 
445                    value="<%=itemId%>" 
446                    title="<%=name%>" 
447                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
448                  ></tbl:header>
449                <tbl:header 
450                  clazz="check" 
451                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
452                  ><input 
453                    type="radio" 
454                    name="item_id" 
455                    value="<%=itemId%>" 
456                    title="<%=name%>" 
457                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
458                  ></tbl:header>
459                <tbl:header 
460                  clazz="icons" 
461                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
462                  >&nbsp;</tbl:header>
463                <tbl:cell column="name"><div
464                  class="link table-item"
465                  data-item-id="<%=itemId%>"
466                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
467                  tabindex="0"
468                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
469                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
470                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
471                <tbl:cell column="score"><%=Values.formatNumber(score.getScore(), 2)%></tbl:cell>
472                <tbl:cell column="symbol"><%=HTML.encodeTags(item.getSymbol())%></tbl:cell>
473                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
474                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
475                <tbl:cell column="lastUpdate" value="<%=item.getLastUpdate()%>" />
476                <tbl:cell column="reporterType"><base:propertyvalue dbcontrol="<%=dc%>" item="<%=item%>" property="reporterType.name" /></tbl:cell>
477                <%
478                if (reporterProperties != null)
479                {
480                  for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
481                  {
482                    name = ep.getName();
483                    %>
484                    <tbl:cell column="<%=name%>"><tbl:cellvalue value="<%=item.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
485                    <%
486                  }
487                }
488                %>
489                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
490                  <tbl:cell column="xt-columns" />
491                </tbl:xt-cells>
492              </tbl:row>
493              <%
494            }
495          }
496          if (numListed == 0)
497          {
498            %>
499            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
500              <div class="messagecontainer note">
501              <%=reporters == null || reporters.getTotalCount() == 0 ? "No reporters were found" : "No reporters on this page. Please select another page!" %>
502              </div>
503            </tbl:panel>
504            <%
505          }
506          %>
507          </tbl:rows>
508      </tbl:data>
509    </tbl:table>
510    </t:tab>
511    </t:tabcontrol>
512
513    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
514      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
515      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
516      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
517    </base:buttongroup>
518
519  </base:body>
520  </base:page>
521  <%
522}
523finally
524{
525  if (reporters != null) reporters.close();
526  if (dc != null) dc.close();
527}
528%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.