source: branches/3.18-stable/www/views/reporterlists/reporters/list_reporters.jsp @ 7938

Last change on this file since 7938 was 7938, checked in by Nicklas Nordborg, 3 months ago

References #2246: Sticky table headers

Implemented for all items in the "View" menu.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_reporters.jsp 7938 2021-05-03 11:20:19Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5 
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8 
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
10  under the terms of the GNU General Public License as published by
11  the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
12  (at your option) any later version.
13 
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17  General Public License for more details.
18 
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
34  import="net.sf.basedb.core.ReporterList"
35  import="net.sf.basedb.core.ReporterType"
36  import="net.sf.basedb.core.ReporterScore"
37  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
38  import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
39  import="net.sf.basedb.core.ReporterScoreQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.ReporterScoreResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperty"
42  import="net.sf.basedb.core.ExtendedProperties"
43  import="net.sf.basedb.core.Permission"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
52  import="net.sf.basedb.util.Values"
53  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
62  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
63  import="java.util.Date"
64  import="java.util.Map"
65  import="java.util.List"
66%>
67<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
68<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
69<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
70<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.REPORTERSCORE;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75%>
76<%
77final int reporterListId = Values.getInt(request.getParameter("reporterlist_id"));
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
79final String ID = sc.getId();
80
81final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
82
83final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
84final String callback = request.getParameter("callback");
85final String title = mode.generateTitle("reporter", "reporters");
86final DbControl dc = sc.newDbControl();
87ReporterScoreResultIterator reporters = null;
88ItemResultList<ReporterType> reporterTypes = null;
89try
90{
91  final ReporterList reporterList = ReporterList.getById(dc, reporterListId);
92  final boolean createPermission = reporterList.hasPermission(Permission.WRITE);
93  final boolean writePermission = createPermission;
94  final boolean deletePermission = createPermission;
95
96  final ReporterScoreQuery query = reporterList.getReporterScores();
97  query.join(Hql.innerJoin(null, "reporter", "rpt", true));
98  final ItemQuery<ReporterType> typeQuery = ReporterType.getQuery();
99  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
100  typeQuery.setCacheResult(true);
101  List<ExtendedProperty> reporterProperties = ExtendedProperties.getProperties("ReporterData");
102  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
103
104  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, reporterList);
105  try
106  {
107    cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
108    reporters = query.iterate(dc);
109  }
110  catch (Throwable t)
111  {
112    cc.setMessage(t.getMessage());
113    t.printStackTrace();
114  }
115  int numListed = 0;
116  Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
117  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
118  ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
119  ExtensionsInvoker<ListColumnAction<ReporterScore,?>> columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
120  %>
121  <base:page title="<%=title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
122  <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~reporters.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
123    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
124    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
125  </base:head>
126 
127  <base:body>
128    <p:path><p:pathelement 
129      title="Reporter lists" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
130      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(reporterList.getName())%>" 
131      /></p:path>
132 
133    <t:tabcontrol 
134      id="main" 
135      subclass="mastertabcontrol content"
136      active="reporters">
137    <t:tab id="properties" title="Properties" />
138   
139    <t:tab id="reporters" title="Reporters">
140    <tbl:table 
141      id="reporters" 
142      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
143      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
144      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
145      action="index.jsp"
146      sc="<%=sc%>"
147      item="<%=itemType%>"
148      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
149      subclass="fulltable"
150      stickyheaders="name"
151      >
152      <tbl:hidden 
153        name="mode" 
154        value="<%=mode.getName()%>" 
155      />
156      <tbl:hidden 
157        name="callback" 
158        value="<%=callback%>" 
159        skip="<%=callback == null%>" 
160      />
161      <tbl:hidden 
162        name="reporterlist_id" 
163        value="<%=String.valueOf(reporterListId)%>" 
164      />
165      <tbl:columndef 
166        id="externalId"
167        clazz="uniquecol"
168        property="reporter.externalId"
169        datatype="string"
170        title="External ID"
171        sortable="true" 
172        filterable="true"
173        exportable="true"
174      />
175      <tbl:columndef 
176        id="name"
177        property="reporter.name"
178        datatype="string"
179        title="Name"
180        sortable="true" 
181        filterable="true"
182        exportable="true"
183        show="always" 
184      />
185      <tbl:columndef 
186        id="id"
187        clazz="uniquecol"
188        property="reporter.id"
189        datatype="int"
190        title="ID"
191        sortable="true"
192        filterable="true"
193        exportable="true"
194      />
195      <tbl:columndef 
196        id="score"
197        property="score"
198        datatype="float"
199        title="Score"
200        sortable="true" 
201        filterable="true"
202        exportable="true"
203      />
204      <tbl:columndef 
205        id="symbol"
206        property="reporter.symbol"
207        datatype="string"
208        title="Gene symbol"
209        sortable="true" 
210        filterable="true"
211        exportable="true"
212      />
213      <tbl:columndef 
214        id="description"
215        property="reporter.description"
216        datatype="string"
217        title="Description" 
218        sortable="true" 
219        filterable="true" 
220        exportable="true"
221      />
222      <tbl:columndef
223        id="reporterList"
224        property="$rpt.£reporterListScores"
225        datatype="int"
226        title="Reporter list"
227        filterable="true"
228        enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
229        multiple="false"
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="entryDate"
233        property="reporter.entryDate"
234        datatype="date"
235        title="Registered"
236        sortable="true" 
237        filterable="true"
238        exportable="true"
239        formatter="<%=dateFormatter%>"
240      />
241      <tbl:columndef 
242        id="lastUpdate"
243        property="reporter.lastUpdate"
244        datatype="timestamp"
245        title="Last update" 
246        sortable="true" 
247        filterable="true" 
248        exportable="true"
249        formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
250      />
251      <%
252      if (reporterProperties != null)
253      {
254        for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
255        {
256          String name = ep.getName();
257          %>
258          <tbl:columndef
259            id="<%=name%>"
260            property="<%="reporter."+name%>"
261            datatype="<%=ep.getType().getStringValue()%>"
262            title="<%=HTML.encodeTags(ep.getTitle())%>"
263            sortable="true"
264            filterable="true"
265            exportable="true"
266            formatter="<%=FormatterFactory.getExtendedPropertyFormatter(sc, ep)%>"
267          />
268          <%
269        }
270      }
271      Enumeration<String, String> types = new Enumeration<String, String>();
272      reporterTypes = typeQuery.list(dc);
273      types.add("", "- none -");
274      for (ReporterType rt : reporterTypes)
275      {
276        types.add(Integer.toString(rt.getId()), HTML.encodeTags(rt.getName()));
277      }
278      %>
279      <tbl:columndef 
280        id="reporterType"
281        property="reporter.reporterType"
282        sortproperty="reporter.reporterType.name"
283        exportproperty="reporter.reporterType.name:string"
284        datatype="int"
285        enumeration="<%=types%>"
286        title="Type"
287        sortable="true" 
288        filterable="true"
289        exportable="true"
290      />
291      <tbl:columndef 
292        id="xt-columns" 
293        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
294        jspcontext="<%=jspContext%>" 
295      />
296      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
297        <tbl:toolbar
298          subclass="bottomborder"
299          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
300          >
301          <tbl:button 
302            id="btnAddReporters"
303            disabled="<%=!writePermission%>" 
304            image="add.png" 
305            title="Add&hellip;" 
306            tooltip="<%=writePermission ? "Add reporters to this list" : "You do not have permission to add reporters" %>" 
307          />
308          <tbl:button 
309            id="btnRemoveReporters"
310            disabled="<%=!deletePermission%>" 
311            image="delete.png" 
312            title="Remove&hellip;" 
313            tooltip="<%=deletePermission ? "Remove the selected items from this list" : "You do not have permission to remove reporters" %>" 
314          />
315          <tbl:button 
316            id="btnColumns"
317            image="columns.png" 
318            title="Columns&hellip;" 
319            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
320          />
321          <tbl:button 
322            id="btnImport"
323            data-plugin-type="IMPORT"
324            image="import.png" 
325            title="Import&hellip;" 
326            tooltip="Import data" 
327            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
328          />
329          <tbl:button 
330            id="btnExport"
331            data-plugin-type="EXPORT"
332            image="export.png" 
333            title="Export&hellip;" 
334            tooltip="Export data" 
335            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
336          />
337          <tbl:button 
338            id="btnRunPlugin"
339            data-plugin-type="OTHER"
340            image="runplugin.png" 
341            title="Run plugin&hellip;" 
342            tooltip="Run a plugin" 
343            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
344          />
345          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
346            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
347        </tbl:toolbar>
348        <tbl:panel>
349          <tbl:presetselector />
350          <tbl:navigator
351            page="<%=cc.getPage()%>" 
352            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
353            totalrows="<%=reporters == null ? 0 : reporters.getTotalCount()%>" 
354            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
355          />
356        </tbl:panel>
357      </div>
358      <tbl:data>
359        <tbl:headers>
360          <tbl:headerrow>
361            <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
362            <tbl:columnheaders />
363          </tbl:headerrow>
364          <%
365          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
366          int numRows = cc.getFilterRows();
367          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
368          {
369            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
370            %>
371            <tbl:headerrow>
372              <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
373                <div class="index-<%=mode.getName()%>">
374                  <div class="index"></div>
375                  <div class="check">
376                    <base:icon 
377                      subclass="link table-check"
378                      image="check_uncheck.png" 
379                      tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
380                      visible="<%=lastRow && mode.hasCheck()%>"
381                    />
382                  </div>
383                  <div class="icons">
384                    <base:icon
385                      subclass="link table-filter-row-action"
386                      image="add.png"
387                      tooltip="Add extra filter row"
388                      visible="<%=lastRow%>"
389                    /><base:icon
390                      subclass="link table-filter-row-action"
391                      image="remove.png"
392                      tooltip="Remove this filter row"
393                      visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
394                      data-remove-row="<%=filterNo%>"
395                    />
396                  </div>
397                </div>
398              </tbl:header>
399              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
400            </tbl:headerrow>
401            <%
402          }
403          %>
404          <tbl:columnsubtitles />
405        </tbl:headers>
406        <tbl:rows>
407          <%
408          if (cc.getMessage() != null)
409          {
410            %>
411            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
412              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
413            </tbl:panel>
414            <%
415            cc.setMessage(null);
416          }
417          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
418          int selectedItemId = cc.getId();
419          if (reporters != null)
420          {           
421            while (reporters.hasNext())
422            {
423              ReporterScore score = reporters.next();
424              ReporterData item = score.getReporter();
425              int itemId = item.getId();
426              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
427              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
428                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
429              index++;
430              numListed++;
431              %>
432              <tbl:row>
433                <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
434                  <div class="index-<%=mode.getName()%>">
435                    <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
436                    <div class="check">
437                      <base:input
438                        type="checkbox" 
439                        name="<%=itemId%>" 
440                        value="<%=itemId%>" 
441                        title="<%=name%>" 
442                        checked="<%=cc.getSelected().contains(itemId)%>"
443                        visible="<%=mode.hasCheck()%>"
444                      />
445                      <base:input 
446                        type="radio" 
447                        name="item_id" 
448                        value="<%=itemId%>" 
449                        title="<%=name%>" 
450                        checked="<%=selectedItemId == itemId%>"
451                        visible="<%=mode.hasRadio()%>"
452                      />
453                    </div>
454                    <div class="icons"></div>
455                  </div>
456                </tbl:header>
457                <tbl:cell column="name"><div
458                  class="link table-item"
459                  data-item-id="<%=itemId%>"
460                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
461                  tabindex="0"
462                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
463                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
464                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
465                <tbl:cell column="score"><%=Values.formatNumber(score.getScore(), 2)%></tbl:cell>
466                <tbl:cell column="symbol"><%=HTML.encodeTags(item.getSymbol())%></tbl:cell>
467                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
468                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
469                <tbl:cell column="lastUpdate" value="<%=item.getLastUpdate()%>" />
470                <tbl:cell column="reporterType"><base:propertyvalue dbcontrol="<%=dc%>" item="<%=item%>" property="reporterType.name" /></tbl:cell>
471                <%
472                if (reporterProperties != null)
473                {
474                  for (ExtendedProperty ep : reporterProperties)
475                  {
476                    name = ep.getName();
477                    %>
478                    <tbl:cell column="<%=name%>"><tbl:cellvalue value="<%=item.getExtended(name)%>" /></tbl:cell>
479                    <%
480                  }
481                }
482                %>
483                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
484                  <tbl:cell column="xt-columns" />
485                </tbl:xt-cells>
486              </tbl:row>
487              <%
488            }
489          }
490          if (numListed == 0)
491          {
492            %>
493            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
494              <div class="messagecontainer note">
495              <%=reporters == null || reporters.getTotalCount() == 0 ? "No reporters were found" : "No reporters on this page. Please select another page!" %>
496              </div>
497            </tbl:panel>
498            <%
499          }
500          %>
501          </tbl:rows>
502      </tbl:data>
503    </tbl:table>
504    </t:tab>
505    </t:tabcontrol>
506
507    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
508      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
509      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
510      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
511    </base:buttongroup>
512
513  </base:body>
514  </base:page>
515  <%
516}
517finally
518{
519  if (reporters != null) reporters.close();
520  if (dc != null) dc.close();
521}
522%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.