source: branches/3.2-stable/www/views/physicalbioassays/view_bioassay.jsp @ 6251

Last change on this file since 6251 was 6251, checked in by Nicklas Nordborg, 9 years ago

Fixes #1746: The original and remaining quantity values are always displayed with 2 decimals

Needed to fix in a lot more places than I thought. Hope I have found all of them...

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 18.7 KB
Line 
1<%-- $Id: view_bioassay.jsp 6251 2013-03-13 14:45:39Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
32  import="net.sf.basedb.core.Permission"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
35  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
36  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
37  import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
39  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
40  import="net.sf.basedb.core.Protocol"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
42  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
43  import="net.sf.basedb.core.Group"
44  import="net.sf.basedb.core.Hardware"
45  import="net.sf.basedb.core.User"
46  import="net.sf.basedb.core.Extract"
47  import="net.sf.basedb.core.Tag"
48  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
49  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
50  import="net.sf.basedb.core.SpecialQuery"
51  import="net.sf.basedb.core.Include"
52  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
53  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
54  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.Project"
58  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
59  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
60  import="net.sf.basedb.core.query.ResultList"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
65  import="net.sf.basedb.util.Values"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterSettings"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
73  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
74  import="java.util.Collections"
75  import="java.util.Date"
76  import="java.util.Map"
77  import="java.util.Set"
78  import="java.util.List"
79%>
80<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
81<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
84<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
85<%!
86  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
87  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
88%>
89<%
90final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
91final String ID = sc.getId();
92final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
93final int itemId = cc.getId();
94final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
95final float scale = Base.getScale(sc);
96final DbControl dc = sc.newDbControl();
97try
98{
99  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
100  int numDecimals = FormatterSettings.getNumDecimals(sc);
101  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
102
103  String title = null;
104  PhysicalBioAssay pba = PhysicalBioAssay.getById(dc, itemId);
105  BioMaterialEvent creationEvent = pba.getCreationEvent();
106 
107  final boolean usePermission = pba.hasPermission(Permission.USE);
108  final boolean writePermission = pba.hasPermission(Permission.WRITE);
109  final boolean deletePermission = pba.hasPermission(Permission.DELETE);
110  final boolean sharePermission = pba.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
111  final boolean setOwnerPermission = pba.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
112  final boolean isRemoved = pba.isRemoved();
113  final boolean isUsed = isRemoved && pba.isUsed();
114  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
115  final boolean isOwner = pba.isOwner();
116  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, pba);
117  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
118  %>
119  <base:page title="<%=title%>">
120  <base:head scripts="table.js,tabcontrol.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
121    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
122    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
123    <script language="JavaScript">
124    function editItem()
125    {
126      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
127    }
128    function shareItem()
129    {
130      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'SharePhysicalBioAssay', 600, 400);
131    }
132    function deleteItem()
133    {
134      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
135    }
136    function restoreItem()
137    {
138      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
139    }
140    function deleteItemPermanently()
141    {
142      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
143    }
144    function itemDeleted()
145    {
146      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
147    }
148    function showUsingItems()
149    {
150      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
151    }
152    function setOwner()
153    {
154      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 300);
155    }
156    function runPlugin(cmd)
157    {
158      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 750, 500);
159    }
160    function switchTab(tabControlId, tabId)
161    {
162      if (TabControl.isActive(tabControlId, tabId)) return;
163      if ((tabId == 'overview' || tabId == 'history') && tabId != '<%=tab%>')
164      {
165        location.href = 'index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ViewItem&item_id=<%=itemId%>&tab='+tabId;
166      }
167      else
168      {
169        TabControl.setActiveTab(tabControlId, tabId);
170      }
171    }
172    function newDerivedBioAssay()
173    {
174      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', 'DERIVEDBIOASSAY', 0, true, '&physicalbioassay_id=<%=itemId%>');
175    }
176    </script>
177  </base:head>
178  <base:body>
179    <p:path><p:pathelement 
180      title="Physical bioassays" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" 
181      /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(pba.getName())%>" 
182      /></p:path>
183    <t:tabcontrol 
184      id="main" 
185      subclass="content mastertabcontrol" 
186      active="<%=tab%>" switch="switchTab" remember="false">
187    <t:tab id="properties" title="Properties">
188      <div>
189      <table class="fullform bottomborder">
190      <tr>
191        <th class="itemstatus">
192          <base:icon 
193            image="shared.png" 
194            visible="<%=pba.isShared()%>"
195            tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
196          />
197          <base:icon 
198            image="deleted.png"
199            onclick="deleteItemPermanently()"
200            tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
201            enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
202            visible="<%=isRemoved%>" 
203          />
204          <base:icon image="used.png" 
205            onclick="showUsingItems()"
206            tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
207            visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
208        </th>
209        <td style="padding: 0px;">
210          <tbl:toolbar subclass="bottomborder">
211            <tbl:button 
212              disabled="<%=!writePermission%>" 
213              image="edit.png" 
214              onclick="editItem()" 
215              title="Edit&hellip;" 
216              tooltip="<%=writePermission ? "Edit this physical bioassay" : "You do not have permission to edit this physical bioassay"%>" 
217            />
218            <tbl:button 
219              disabled="<%=!deletePermission%>" 
220              image="delete.png" 
221              onclick="deleteItem()" 
222              title="Delete"
223              visible="<%=!pba.isRemoved()%>"
224              tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this physical bioassay" : "You do not have permission to delete this physical bioassay"%>" 
225            />
226            <tbl:button 
227              disabled="<%=!writePermission%>" 
228              image="restore.png" 
229              onclick="restoreItem()" 
230              title="Restore"
231              visible="<%=pba.isRemoved()%>"
232              tooltip="<%=writePermission ? "Restore this physical bioassay" : "You do not have permission to restore this physical bioassay"%>" 
233            />
234            <tbl:button 
235              disabled="<%=!sharePermission%>"
236              image="share.png"
237              onclick="shareItem()" 
238              title="Share&hellip;" 
239              tooltip="<%=sharePermission ? "Share this physical bioassay to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this physical bioassay"%>"
240            />
241            <tbl:button 
242              disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
243              image="take_ownership.png"
244              onclick="setOwner()" 
245              title="Set owner&hellip;"
246              tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
247            />
248            <tbl:button
249              image="add.png"
250              onclick="newDerivedBioAssay()"
251              title="New derived bioassay&hellip;"
252              tooltip="Create a derived bioassay from this bioassay"
253              visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY) && usePermission%>"
254            />
255            <tbl:button 
256              image="import.png" 
257              onclick="runPlugin('ImportItem')" 
258              title="Import&hellip;" 
259              tooltip="Import data" 
260              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
261            />
262            <tbl:button 
263              image="export.png" 
264              onclick="runPlugin('ExportItem')" 
265              title="Export&hellip;" 
266              tooltip="Export data" 
267              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
268            />
269            <tbl:button 
270              image="runplugin.png" 
271              onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
272              title="Run plugin&hellip;" 
273              tooltip="Run a plugin" 
274              visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
275            />
276            <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
277              wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
278            <tbl:button
279              image="help.png"
280              onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'physicalbioassay.view.properties')"%>"
281              title="Help&hellip;"
282              tooltip="Get help about this page"
283            />
284          </tbl:toolbar>
285        </td>
286      </tr>
287      <tr>
288        <th>Name</th>
289        <td><%=HTML.encodeTags(pba.getName())%></td>
290      </tr>
291      <tr>
292        <th>Type</th>
293        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="itemSubtype" /></td>
294      </tr>
295      <tr>
296        <th>Size</th>
297        <td><%=pba.getSize()%></td>
298      </tr>
299      <tr>
300        <th>Array slide</th>
301        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide" /></td>
302      </tr>
303      <tr>
304        <th class="subprompt">-barcode</th>
305        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="arraySlide.barcode" /></td>
306      </tr>
307      <tr>
308        <th>Created</th>
309        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEventDate())%></td>
310      </tr>
311      <tr>
312        <th>Registered</th>
313        <td><%=dateFormatter.format(creationEvent.getEntryDate())%></td>
314      </tr>
315      <tr>
316        <th>Protocol</th>
317        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="protocol" /></td>
318      </tr>
319      <tr>
320        <th>Hardware</th>
321        <td><base:propertyvalue item="<%=creationEvent%>" property="hardware" /></td>
322      </tr>
323      <tr>
324        <th>Owner</th>
325        <td><base:propertyvalue item="<%=pba%>" property="owner" /></td>
326      </tr>
327      <tr>
328        <th>Permissions</th>
329        <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(pba)%></td>
330      </tr>
331      <tr>
332        <th>Description</th>
333        <td><%=HTML.niceFormat(pba.getDescription())%></td>
334      </tr>
335      </table>
336      </div>
337     
338      <%
339      SpecialQuery<BioMaterialEventSource> sourceQuery = creationEvent.getEventSources();
340      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
341      sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("bioMaterial.name")));
342      ResultList<BioMaterialEventSource> sources = sourceQuery.list(dc);
343      %>
344      <base:section
345        id="extractSection"
346        title="<%="Extracts (" + sources.size() + ")"%>"
347        context="<%=cc%>"
348        >
349        <%
350        if (sources.size() == 0)
351        {
352          %>
353          <div class="messagecontainer note">
354          No extracts has been added to this physical bioassay
355          (or, you don't have permission to view them).
356          </div>
357          <%
358        }
359        else
360        {
361          %>
362          <tbl:table
363            id="extracts"
364            columns="all"
365            >
366            <tbl:columndef 
367              id="position"
368              title="Position"
369              show="<%=pba.getSize() > 1 ? "always" : "never"%>"
370            />
371            <tbl:columndef 
372              id="name"
373              title="Name"
374            />
375            <tbl:columndef 
376              id="type"
377              title="Type"
378            />
379            <tbl:columndef 
380              id="tag"
381              title="Tag"
382            />
383            <tbl:columndef 
384              id="quantity"
385              title="Used quantity (µg)"
386            />
387            <tbl:columndef 
388              id="description"
389              title="Description"
390            />
391            <tbl:data>
392              <tbl:headers>
393                <tbl:headerrow>
394                  <tbl:columnheaders />
395                </tbl:headerrow>
396              </tbl:headers>
397              <tbl:rows>
398              <%
399              for (BioMaterialEventSource item : sources)
400              {
401                BioMaterial bm = null;
402                ItemSubtype subtype = null;
403                try
404                {
405                  bm = item.getBioMaterial();
406                  subtype = bm.getItemSubtype();
407                }
408                catch (PermissionDeniedException ex)
409                {}
410                %>
411                <tbl:row>
412                  <tbl:cell column="position"><%=item.getPosition()%></tbl:cell>
413                  <tbl:cell column="name"><base:icon 
414                      image="deleted.png" 
415                      tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
416                      visible="<%=bm != null && bm.isRemoved()%>"
417                    /><%=Base.getLinkedName(ID, bm, bm == null, true)%></tbl:cell>
418                  <tbl:cell column="type">
419                    <%
420                    if (subtype != null)
421                    {
422                      %>
423                      <%=Base.getLinkedName(ID, subtype, false, true)%> <span class="itemsubtype">(<%=bm.getType() %>)</span>
424                      <%
425                    }
426                    else
427                    {
428                      %>
429                      <%=bm != null ? bm.getType() : "" %>
430                      <%
431                    }
432                    %>
433                  </tbl:cell>
434                  <tbl:cell column="tag" visible="<%=bm != null && bm.getType() == Item.EXTRACT%>"><base:propertyvalue item="<%=bm%>" property="tag" /></tbl:cell>
435                  <tbl:cell column="quantity"><%=Values.formatNumber(item.getUsedQuantity(), numDecimals)%></tbl:cell>
436                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(bm == null ? "" : bm.getDescription())%></tbl:cell>
437                </tbl:row>
438                <%
439              }
440              %>
441              </tbl:rows>
442            </tbl:data>
443          </tbl:table>
444          <%
445        }
446        %>
447      </base:section>
448      <%
449      ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = pba.getRootDerivedBioAssays();
450      childQuery.include(Include.ALL);
451      childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
452      ItemResultList<DerivedBioAssay> children = childQuery.list(dc);
453      %>
454      <base:section 
455        id="children"
456        title="<%="Derived bioassays (" + children.size() + ")"%>"
457        context="<%=cc%>"
458        >
459        <%
460        if (children.size() == 0)
461        {
462          %>
463          <div class="messagecontainer note">
464          This bioassay doesn't have any derived bioassays.
465          </div>
466          <%
467        }
468        else
469        {
470          %>
471          <tbl:table
472            id="children"
473            columns="all"
474            >
475            <tbl:columndef 
476              id="name"
477              title="Name"
478            />
479            <tbl:columndef 
480              id="itemSubtype"
481              title="Type"
482            />
483            <tbl:columndef 
484              id="description"
485              title="Description"
486            />
487            <tbl:data>
488              <tbl:headers>
489                <tbl:headerrow>
490                  <tbl:columnheaders />
491                </tbl:headerrow>
492              </tbl:headers>
493              <tbl:rows>
494              <%
495              for (DerivedBioAssay item : children)
496              {
497                %>
498                <tbl:row>
499                  <tbl:cell column="name"><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
500                  <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue item="<%=item%>" property="itemSubtype" /></tbl:cell>
501                  <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
502                </tbl:row>
503                <%
504              }
505              %>
506              </tbl:rows>
507            </tbl:data>
508          </tbl:table>
509          <%
510        }
511        %>
512      </base:section>
513      <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
514        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
515        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
516        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
517        <jsp:param name="title" value="Other items related to this physical bioassay" />
518      </jsp:include>
519      <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
520        <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
521        <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
522        <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
523        <jsp:param name="title" value="Shared to" />
524      </jsp:include>
525
526      </t:tab>
527     
528      <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" 
529        tooltip="View annotation values and protocol parameters" clazz="white">
530        <jsp:include page="../../common/annotations/list_annotations.jsp">
531          <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
532          <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
533          <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
534        </jsp:include>
535      </t:tab>
536
537      <t:tab id="overview" title="Overview" 
538        tooltip="Display a tree overview of related items">
539        <%
540        if ("overview".equals(tab))
541        {
542          %>
543          <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
544            <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
545            <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
546            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
547          </jsp:include>
548          <%
549        }
550        %>
551      </t:tab>
552      <t:tab id="history" title="Change history" 
553        tooltip="Displays a log of all modifications made to this item"
554        visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
555        <%
556        if ("history".equals(tab))
557        {
558          %>
559          <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
560            <jsp:param name="source_type" value="<%=itemType.name()%>" />
561            <jsp:param name="source_id" value="<%=itemId%>" />
562            <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
563          </jsp:include>
564          <%
565        }
566        %>
567      </t:tab>
568      </t:tabcontrol>
569
570  </base:body>
571  </base:page>
572  <%
573}
574finally
575{
576  if (dc != null) dc.close();
577}
578
579%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.