source: branches/3.4-stable/www/biomaterials/bioplates/list_bioplates.jsp @ 6711

Last change on this file since 6711 was 6711, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

Fixes #1916: List pages are loading annotations for non-visible columns

Moved the call to loader.find(snapshot) inside the <tbl:cell> tag which means that it is only executed for visible columns.

Bad news is that this change conflicts with #1906 ([6690] and others) so merging to trunk will require some extra work.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 22.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioplates.jsp 6711 2015-02-03 08:23:37Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
34  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.Include"
38  import="net.sf.basedb.core.Type"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
44  import="net.sf.basedb.core.Permission"
45  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
46  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
47  import="net.sf.basedb.core.Metadata.PropertyPath"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
52  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
60  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
61  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
66  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
73  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
74  import="net.sf.basedb.util.Values"
75  import="java.util.Iterator"
76  import="java.util.List"
77  import="java.util.Map"
78  import="java.util.Date"
79  import="java.util.ArrayList"
80%>
81<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
82<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
83<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
84<%!
85  private static final Item itemType = Item.BIOPLATE;
86  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
87
88  private static Enumeration<String, String> bioMaterialTypes = new Enumeration<String, String>();
89  static
90  {
91    bioMaterialTypes.add("", "-any-");
92    bioMaterialTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
93    bioMaterialTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
94  }
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
101
102final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
103final String callback = request.getParameter("callback");
104final String title = mode.generateTitle("bioplate", "bioplates");
105final DbControl dc = sc.newDbControl();
106ItemResultIterator<BioPlate> bioplates = null;
107List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
108try
109{
110  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
111  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
115  }
116
117  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(null);
118  subtypesQuery.restrict(
119    Restrictions.in(
120      Hql.property("itemType"), 
121      Expressions.integer(Item.SAMPLE.getValue()), Expressions.integer(Item.EXTRACT.getValue())
122    ));
123 
124  final ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery();
125  geometryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
126  geometryQuery.setCacheResult(true);
127 
128  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
129  try
130  {
131    final ItemQuery<BioPlate> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, BioPlate.getQuery(), mode);
132    bioplates = query.iterate(dc);
133  }
134  catch (Throwable t)
135  {
136    cc.setMessage(t.getMessage());
137    t.printStackTrace();
138  }
139  int numListed = 0;
140  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
141  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
142  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
143  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
144  %>
145  <base:page title="<%=title==null ? "Bioplates" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
146  <base:head scripts="table.js,~bioplates.js" styles="table.css,toolbar.css">
147    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
148    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
149  </base:head> 
150  <base:body>
151    <h1><%=title==null ? "Bioplates" : title%></h1>
152    <div class="content">
153    <tbl:table 
154      id="bioplates"
155      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
156      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
157      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
158      action="index.jsp"
159      sc="<%=sc%>"
160      item="<%=itemType%>"
161      subclass="fulltable"
162      >
163      <tbl:hidden 
164        name="mode" 
165        value="<%=mode.getName()%>" 
166      />
167      <tbl:hidden 
168        name="callback" 
169        value="<%=callback%>" 
170        skip="<%=callback == null%>" 
171      />
172      <tbl:columndef 
173        id="name"
174        property="name"
175        datatype="string"
176        title="Name"
177        sortable="true" 
178        filterable="true"
179        exportable="true"
180        show="always" 
181      />
182      <tbl:columndef 
183        id="id"
184        clazz="uniquecol"
185        property="id"
186        datatype="int"
187        title="ID"
188        sortable="true"
189        filterable="true"
190        exportable="true"
191      />
192      <tbl:columndef 
193        id="barcode"
194        property="barcode"
195        datatype="string"
196        title="Barcode"
197        sortable="true" 
198        filterable="true"
199        exportable="true"
200      />
201      <tbl:columndef 
202        id="destroyed"
203        property="destroyed"
204        datatype="boolean"
205        title="Destroyed"
206        sortable="true" 
207        filterable="true"
208        exportable="true"
209      />
210      <tbl:columndef 
211        id="eventDate"
212        property="eventDate"
213        datatype="date"
214        title="Created"
215        sortable="true" 
216        filterable="true"
217        exportable="true"
218        formatter="<%=dateFormatter%>"
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="entryDate"
222        property="entryDate"
223        datatype="date"
224        title="Registered"
225        sortable="true" 
226        filterable="true"
227        exportable="true"
228        formatter="<%=dateFormatter%>"
229      />
230      <tbl:columndef
231        id="freeWells"
232        property="freeWells"
233        datatype="int"
234        title="Free (total) wells"
235        sortable="true" 
236        filterable="true"
237        exportable="true"
238      />
239      <%
240      Enumeration<String, String> geometries = new Enumeration<String, String>();
241      ItemResultList<PlateGeometry> plateGeometries = geometryQuery.list(dc);
242      for (PlateGeometry pg : plateGeometries)
243      {
244        geometries.add(Integer.toString(pg.getId()), HTML.encodeTags(pg.getName()));
245      }
246      %>
247      <tbl:columndef 
248        id="plateGeometry"
249        property="plateGeometry"
250        sortproperty="plateGeometry.name"
251        exportproperty="plateGeometry.name:string"
252        datatype="int"
253        enumeration="<%=geometries%>"
254        title="Geometry"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="bioPlateType"
261        property="bioPlateType.name"
262        datatype="string"
263        title="Bioplate type"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef
269        id="bioMaterialType"
270        property="bioPlateType.bioMaterialType"
271        title="Biomaterial type"
272        datatype="int"
273        sortable="true" 
274        filterable="true" 
275        exportable="true"
276        enumeration="<%=bioMaterialTypes%>"
277      />
278      <tbl:columndef 
279        id="bioMaterialSubtype"
280        property="bioPlateType.itemSubtype"
281        sortproperty="bioPlateType.itemSubtype.name"
282        exportproperty="bioPlateType.itemSubtype.name:string"
283        datatype="int"
284        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-any-")%>"
285        title="Biomaterial subtype"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="freezer"
292        property="freezer.name"
293        datatype="string"
294        title="Storage location"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="section"
301        property="section"
302        datatype="string"
303        title="Section"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="tray"
310        property="tray"
311        datatype="string"
312        title="Tray"
313        sortable="true" 
314        filterable="true"
315        exportable="true"
316      />
317      <tbl:columndef 
318        id="position"
319        property="position"
320        datatype="string"
321        title="Position"
322        sortable="true" 
323        filterable="true"
324        exportable="true"
325      />
326      <tbl:columndef 
327        id="owner"
328        property="owner.name"
329        datatype="string"
330        title="Owner"
331        sortable="true" 
332        filterable="true"
333        exportable="true"
334      />
335      <tbl:columndef 
336        id="description"
337        property="description"
338        datatype="string"
339        title="Description" 
340        sortable="true" 
341        filterable="true" 
342        exportable="true"
343      />     
344      <%
345      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
346      {
347        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
348        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
349        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
350        if (at.isEnumeration())
351        {
352          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
353          List<?> values = at.getValues();
354          for (Object value : values)
355          {
356            String encoded = formatter.format(value);
357            annotationEnum.add(encoded, encoded);
358          }
359        }
360        %>
361        <tbl:columndef 
362          id="<%="at"+at.getId()%>"
363          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
364          property="<%="#"+at.getId()%>"
365          annotation="true"
366          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
367          enumeration="<%=annotationEnum%>"
368          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
369          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
370          filterable="true" 
371          exportable="true"
372          formatter="<%=formatter%>"
373          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
374        />
375        <%
376      }
377      %>
378      <tbl:columndef
379        id="permission"
380        title="Permission"
381      />
382      <tbl:columndef
383        id="sharedTo"
384        title="Shared to"
385        filterable="true"
386        filterproperty="!sharedTo.name"
387        datatype="string"
388      />
389      <tbl:columndef 
390        id="xt-columns" 
391        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
392        jspcontext="<%=jspContext%>" 
393      />
394      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
395        <tbl:toolbar
396          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
397          subclass="bottomborder"
398          >
399          <tbl:button 
400            id="btnNewItem"
401            disabled="<%=!createPermission%>" 
402            image="new.png" 
403            title="New&hellip;" 
404            tooltip="<%=createPermission ? "Create new bioplate" : "You do not have permission to create bioplate"%>" 
405          />
406          <tbl:button 
407            id="btnDeleteItems"
408            image="delete.png"
409            title="Delete" 
410            tooltip="Delete the selected items" 
411          />
412          <tbl:button 
413            id="btnRestoreItems"
414            image="restore.png"
415            title="Restore" 
416            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
417          />
418          <tbl:button 
419            id="btnShareItems"
420            image="share.png"
421            title="Share&hellip;" 
422            tooltip="Share the selected items"
423          />
424          <tbl:button 
425            id="btnSetOwner"
426            image="take_ownership.png"
427            title="Set owner&hellip;"
428            tooltip="Change owner of the selected items"
429          />
430          <tbl:button 
431            id="btnColumns"
432            image="columns.png" 
433            title="Columns&hellip;" 
434            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
435          />
436          <tbl:button 
437            id="btnImport"
438            data-plugin-type="IMPORT"
439            image="import.png" 
440            title="Import&hellip;" 
441            tooltip="Import data" 
442            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
443          />
444          <tbl:button 
445            id="btnExport"
446            data-plugin-type="EXPORT"
447            image="export.png" 
448            title="Export&hellip;" 
449            tooltip="Export data" 
450            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
451          />
452          <tbl:button 
453            id="btnRunPlugin"
454            data-plugin-type="OTHER"
455            image="runplugin.png" 
456            title="Run plugin&hellip;" 
457            tooltip="Run a plugin" 
458            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
459          />
460          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
461            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
462        </tbl:toolbar>
463        <tbl:panel>
464          <tbl:presetselector />
465          <tbl:navigator
466            page="<%=cc.getPage()%>" 
467            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
468            totalrows="<%=bioplates == null ? 0 : bioplates.getTotalCount()%>" 
469            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
470          />
471        </tbl:panel>
472      </div>
473      <tbl:data>
474        <tbl:headers>
475          <tbl:headerrow>
476            <tbl:header colspan="3" />
477            <tbl:columnheaders />
478          </tbl:headerrow>
479          <tbl:headerrow>
480            <tbl:header subclass="index" />
481            <tbl:header 
482              subclass="check" 
483              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
484              ><base:icon 
485                id="check.uncheck"
486                image="check_uncheck.png" 
487                tooltip="Check/uncheck all" 
488                 
489              /></tbl:header>
490            <tbl:header 
491              subclass="check" 
492              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
493              />
494            <tbl:header 
495              subclass="icons" 
496              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
497              />
498            <tbl:propertyfilter />
499          </tbl:headerrow>
500        </tbl:headers>
501        <tbl:rows>
502          <%
503          if (cc.getMessage() != null)
504          {
505            %>
506            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
507              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
508            </tbl:panel>
509            <%
510            cc.setMessage(null);
511          }
512          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
513          int selectedItemId = cc.getId();
514          if (bioplates != null)
515          {
516            PropertyPath<BioPlate, Integer> bmType = 
517              Metadata.getInstance(BioPlate.class).getPropertyPath("bioPlateType.bioMaterialType", false);
518            while (bioplates.hasNext())
519            {
520              BioPlate item = bioplates.next();
521              int itemId = item.getId();
522              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
523              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
524              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
525              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
526                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
527              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
528              index++;
529              numListed++;
530              %>
531              <tbl:row>
532                <tbl:header 
533                  clazz="index"
534                  ><%=index%></tbl:header>
535                <tbl:header 
536                  clazz="check" 
537                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
538                  ><input 
539                    type="checkbox" 
540                    name="<%=itemId%>" 
541                    value="<%=itemId%>" 
542                    title="<%=name%>" 
543                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
544                  ></tbl:header>
545                <tbl:header 
546                  clazz="check" 
547                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
548                  ><input 
549                    type="radio" 
550                    name="item_id" 
551                    value="<%=itemId%>" 
552                    title="<%=name%>" 
553                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
554                  ></tbl:header>
555                <tbl:header 
556                  clazz="icons" 
557                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
558                  ><base:icon 
559                    image="deleted.png"
560                    id="<%="delete."+itemId %>"
561                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
562                    data-item-id="<%=itemId%>"
563                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
564                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
565                  /><base:icon 
566                    image="shared.png" 
567                    id="<%="share."+itemId %>"
568                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
569                    data-item-id="<%=itemId%>"
570                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
571                    visible="<%=item.isShared()%>"
572                  />&nbsp;</tbl:header>
573                <tbl:cell column="name"><div 
574                  class="link table-item"
575                  data-item-id="<%=itemId%>"
576                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
577                  tabindex="0"
578                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
579                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
580                <tbl:cell column="barcode"><%=HTML.encodeTags(item.getBarcode())%></tbl:cell>
581                <tbl:cell column="destroyed"><%=item.isDestroyed()%></tbl:cell>
582                <tbl:cell column="freeWells"><%=item.getFreeWells()%> (<%=item.getTotalWells()%>)</tbl:cell>
583                <tbl:cell column="owner"
584                  ><base:propertyvalue 
585                    item="<%=item%>" 
586                    property="owner"
587                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
588                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
589                  /></tbl:cell>
590                <tbl:cell column="plateGeometry"
591                  ><base:propertyvalue 
592                    item="<%=item%>" 
593                    property="plateGeometry"
594                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
595                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
596                  /></tbl:cell>
597                <tbl:cell column="freezer">
598                  <base:propertyvalue 
599                    item="<%=item%>" 
600                    property="freezer"
601                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
602                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
603                  />
604                </tbl:cell>
605                <tbl:cell column="section"><%=HTML.encodeTags(item.getSection())%></tbl:cell>               
606                <tbl:cell column="tray"><%=HTML.encodeTags(item.getTray())%></tbl:cell>               
607                <tbl:cell column="position"><%=HTML.encodeTags(item.getPosition())%></tbl:cell>               
608                <tbl:cell column="bioPlateType">
609                  <base:propertyvalue 
610                    item="<%=item%>" 
611                    property="bioPlateType"
612                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
613                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
614                  />
615                </tbl:cell>
616                <tbl:cell column="bioMaterialType"><%
617                  Integer i = bmType.getValue(dc, item);
618                  %><%=i == null ? "<i>- any -</i>" : Item.fromValue(i).toString() %></tbl:cell>
619                <tbl:cell column="bioMaterialSubtype"><base:propertyvalue 
620                    item="<%=item%>" 
621                    property="bioPlateType.itemSubtype"
622                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
623                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
624                    nulltext="<i>- any -</i>"
625                  /></tbl:cell>
626                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=item.getEventDate()%>" />
627                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
628                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
629                <%
630                if (item.isAnnotated())
631                {
632                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
633                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
634                  {
635                    %>
636                    <tbl:cell 
637                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
638                      ><%
639                      if (loader.find(snapshot)) 
640                      {
641                        %><tbl:cellvalue 
642                          list="<%=loader.getValues()%>"
643                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
644                        /><%
645                      }
646                      %></tbl:cell>
647                    <%
648                  }
649                }
650                %>
651                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
652                <tbl:cell column="sharedTo">
653                  <%
654                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
655                  while(sharees.hasNext())
656                  {
657                    Nameable n = sharees.next();
658                    if (mode.hasPropertyLink())
659                    {
660                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
661                    }
662                    else
663                    {
664                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
665                    }
666                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
667                  }
668                  %>
669                </tbl:cell>
670                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
671                  <tbl:cell column="xt-columns" />
672                </tbl:xt-cells>
673              </tbl:row>
674              <%
675              }
676            }
677          if (numListed == 0)
678          {
679            %>
680            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
681              <div class="messagecontainer note">
682                <%=bioplates == null || bioplates.getTotalCount() == 0 ? "No plates were found" : "No plates on this page. Please select another page!" %>
683              </div> 
684            </tbl:panel>
685            <%
686          }
687          %>
688        </tbl:rows>
689      </tbl:data>
690    </tbl:table>
691    </div>
692
693    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
694      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
695      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
696      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
697    </base:buttongroup>
698  </base:body>
699  </base:page>
700  <%
701}
702finally
703{
704  if (bioplates != null) bioplates.close();
705  if (dc != null) dc.close();
706}
707%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.