source: branches/3.4-stable/www/biomaterials/lists/list_lists.jsp @ 6780

Last change on this file since 6780 was 6780, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

Fixes #1929: Add 'none' option in annotation filters

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_lists.jsp 6780 2015-03-18 06:53:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2008 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22  @author Nicklas
23  @version 2.10
24--%>
25<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
26  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
27  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
28  import="net.sf.basedb.core.Item"
29  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialList"
30  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
32  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
37  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
38  import="net.sf.basedb.core.Permission"
39  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
40  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
41  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
44  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
45  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
46  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
47  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
48  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
49  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
54  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
55  import="net.sf.basedb.util.Values"
56  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
63  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
64  import="java.util.Iterator"
65  import="java.util.List"
66  import="java.util.Map"
67  import="java.util.ArrayList"
68%>
69<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
70<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
71<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
72<%!
73  private static final Item itemType = Item.BIOMATERIALLIST;
74  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
75  private static Enumeration<String, String> memberTypes = new Enumeration<String, String>();
76  static
77  {
78    memberTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
79    memberTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
80    memberTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
81  }
82
83%>
84<%
85final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
86final String ID = sc.getId();
87final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
88final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
89
90final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
91final String callback = request.getParameter("callback");
92final String title = mode.generateTitle("biomaterial list", "biomaterial lists");
93final DbControl dc = sc.newDbControl();
94ItemResultIterator<BioMaterialList> lists = null;
95List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
96try
97{
98  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
99  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
100  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
101  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
102  {
103    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
104  }
105  try
106  {
107    final ItemQuery<BioMaterialList> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, BioMaterialList.getQuery(), mode);
108    lists = query.iterate(dc);
109  }
110  catch (Throwable t)
111  {
112    cc.setMessage(t.getMessage());
113  }
114  int numListed = 0;
115  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
116  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
117  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
118  %>
119  <base:page title="<%=title==null ? "Biomaterial lists" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
120  <base:head scripts="table.js,~lists.js" styles="table.css,toolbar.css">
121    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
122    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
123  </base:head>
124 
125  <base:body>
126    <h1><%=title==null ? "Biomaterial lists" : title%></h1>
127    <div class="content">
128    <tbl:table 
129      id="lists" 
130      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
131      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
132      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
133      action="index.jsp"
134      sc="<%=sc%>"
135      item="<%=itemType%>"
136      subclass="fulltable"
137      >
138      <tbl:hidden 
139        name="mode" 
140        value="<%=mode.getName()%>" 
141      />
142      <tbl:hidden 
143        name="callback" 
144        value="<%=callback%>" 
145        skip="<%=callback == null%>" 
146      />
147      <tbl:columndef 
148        id="name"
149        property="name"
150        datatype="string"
151        title="Name"
152        sortable="true" 
153        filterable="true"
154        exportable="true"
155        show="always" 
156      />
157      <tbl:columndef 
158        id="externalId"
159        property="externalId"
160        datatype="string"
161        title="External ID"
162        sortable="true" 
163        filterable="true"
164        exportable="true"
165      />
166      <tbl:columndef 
167        id="memberType"
168        property="memberType"
169        datatype="int"
170        title="Member type"
171        sortable="true" 
172        filterable="true"
173        exportable="true"
174        enumeration="<%=memberTypes%>"
175      />
176      <tbl:columndef 
177        id="size"
178        property="size"
179        datatype="int"
180        title="Size"
181        sortable="true" 
182        filterable="true"
183        exportable="true"
184      />
185      <tbl:columndef 
186        id="id"
187        clazz="uniquecol"
188        property="id"
189        datatype="int"
190        title="ID"
191        sortable="true"
192        filterable="true"
193        exportable="true"
194      />
195      <tbl:columndef 
196        id="owner"
197        property="owner.name"
198        datatype="string"
199        title="Owner"
200        sortable="true" 
201        filterable="true"
202        exportable="true"
203      />
204      <tbl:columndef 
205        id="description"
206        property="description"
207        datatype="string"
208        title="Description" 
209        sortable="true" 
210        filterable="true" 
211        exportable="true"
212      />
213      <%
214      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
215      {
216        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
217        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
218        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
219        if (at.isEnumeration())
220        {
221          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
222          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
223          List<?> values = at.getValues();
224          for (Object value : values)
225          {
226            String encoded = formatter.format(value);
227            annotationEnum.add(encoded, encoded);
228          }
229        }
230        %>
231        <tbl:columndef 
232          id="<%="at"+at.getId()%>"
233          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
234          property="<%="#"+at.getId()%>"
235          annotation="true"
236          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
237          enumeration="<%=annotationEnum%>"
238          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
239          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
240          filterable="true" 
241          exportable="true"
242          formatter="<%=formatter%>"
243          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
244        />
245        <%
246      }
247      %>
248      <tbl:columndef
249        id="permission"
250        title="Permission"
251      />
252      <tbl:columndef
253        id="sharedTo"
254        title="Shared to"
255        filterable="true"
256        filterproperty="!sharedTo.name"
257        datatype="string"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="xt-columns" 
261        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
262        jspcontext="<%=jspContext%>" 
263      />
264      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
265        <tbl:toolbar
266          subclass="bottomborder"
267          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
268          >
269          <tbl:button 
270            id="btnNewItem"
271            disabled="<%=!createPermission%>" 
272            image="new.png" 
273            title="New&hellip;" 
274            tooltip="<%=createPermission ? "Create new biomaterial list" : "You do not have permission to create biomaterial lists"%>" 
275          />
276          <tbl:button 
277            id="btnDeleteItems"
278            image="delete.png"
279            title="Delete" 
280            tooltip="Delete the selected items" 
281          />
282          <tbl:button 
283            id="btnRestoreItems"
284            image="restore.png"
285            title="Restore" 
286            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
287          />
288          <tbl:button 
289            id="btnShareItems"
290            image="share.png"
291            title="Share&hellip;" 
292            tooltip="Share the selected items"
293          />
294          <tbl:button 
295            id="btnSetOwner"
296            image="take_ownership.png"
297            title="Set owner&hellip;"
298            tooltip="Change owner of the selected items"
299          />
300          <tbl:button 
301            id="btnColumns"
302            image="columns.png" 
303            title="Columns&hellip;" 
304            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
305          />
306          <tbl:button 
307            id="btnImport"
308            data-plugin-type="IMPORT"
309            image="import.png" 
310            title="Import&hellip;" 
311            tooltip="Import data" 
312            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
313          />
314          <tbl:button 
315            id="btnExport"
316            data-plugin-type="EXPORT"
317            image="export.png" 
318            title="Export&hellip;" 
319            tooltip="Export data" 
320            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
321          />
322          <tbl:button 
323            id="btnRunPlugin"
324            data-plugin-type="OTHER"
325            image="runplugin.png" 
326            title="Run plugin&hellip;" 
327            tooltip="Run a plugin" 
328            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
329          />
330          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
331            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
332        </tbl:toolbar>
333        <tbl:panel>
334          <tbl:presetselector />
335          <tbl:navigator
336            page="<%=cc.getPage()%>" 
337            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
338            totalrows="<%=lists == null ? 0 : lists.getTotalCount()%>" 
339            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
340          />
341        </tbl:panel>
342      </div>
343      <tbl:data>
344        <tbl:headers>
345          <tbl:headerrow>
346            <tbl:header colspan="3" />
347            <tbl:columnheaders />
348          </tbl:headerrow>
349          <tbl:headerrow>
350            <tbl:header subclass="index" />
351            <tbl:header 
352              subclass="check" 
353              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
354              ><base:icon 
355                id="check.uncheck"
356                image="check_uncheck.png" 
357                tooltip="Check/uncheck all" 
358                 
359              /></tbl:header>
360            <tbl:header 
361              subclass="check" 
362              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
363              />
364            <tbl:header 
365              subclass="icons" 
366              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
367              />
368            <tbl:propertyfilter />
369          </tbl:headerrow>
370        </tbl:headers>
371        <tbl:rows>
372          <%
373          if (cc.getMessage() != null)
374          {
375            %>
376            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
377              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
378            </tbl:panel>
379            <%
380            cc.setMessage(null);
381          }
382          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
383          int selectedItemId = cc.getId();
384          if (lists != null)
385          {           
386            while (lists.hasNext())
387            {
388              BioMaterialList item = lists.next();
389              int itemId = item.getId();       
390             
391             
392              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
393              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION); 
394              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
395              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
396              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
397                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
398              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
399              index++;
400              numListed++;
401              %>
402              <tbl:row>
403                <tbl:header 
404                  clazz="index"
405                  ><%=index%></tbl:header>
406                <tbl:header 
407                  clazz="check" 
408                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
409                  ><input 
410                    type="checkbox" 
411                    name="<%=itemId%>" 
412                    value="<%=itemId%>" 
413                    title="<%=name%>" 
414                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
415                  ></tbl:header>
416                <tbl:header 
417                  clazz="check" 
418                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
419                  ><input 
420                    type="radio" 
421                    name="item_id" 
422                    value="<%=itemId%>" 
423                    title="<%=name%>" 
424                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
425                  ></tbl:header>
426                <tbl:header 
427                  clazz="icons" 
428                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
429                  ><base:icon 
430                    image="deleted.png"
431                    id="<%="delete."+itemId %>"
432                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
433                    data-item-id="<%=itemId%>"
434                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
435                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
436                  /><base:icon 
437                    image="shared.png" 
438                    id="<%="share."+itemId %>"
439                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
440                    data-item-id="<%=itemId%>"
441                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
442                    visible="<%=item.isShared()%>"
443                  />&nbsp;</tbl:header>
444                <tbl:cell column="name"><div 
445                  class="link table-item"
446                  data-item-id="<%=itemId%>"
447                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
448                  tabindex="0"
449                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
450                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
451                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
452                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
453                <tbl:cell column="memberType"><%=item.getMemberType()%></tbl:cell>
454                <tbl:cell column="owner"
455                  ><base:propertyvalue 
456                    item="<%=item%>" 
457                    property="owner"
458                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
459                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
460                  /></tbl:cell>
461                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
462                <%
463                if (item.isAnnotated())
464                {
465                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
466                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
467                  {
468                    %>
469                    <tbl:cell 
470                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
471                      ><%
472                      if (loader.find(snapshot)) 
473                      {
474                        %><tbl:cellvalue 
475                          list="<%=loader.getValues()%>"
476                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
477                        /><%
478                      }
479                      %></tbl:cell>
480                    <%
481                  }
482                }
483                %>
484                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
485                <tbl:cell column="sharedTo">
486                  <%
487                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
488                  while(sharees.hasNext())
489                  {
490                    Nameable n = sharees.next();
491                    if (mode.hasPropertyLink())
492                    {
493                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
494                    }
495                    else
496                    {
497                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
498                    }
499                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
500                  }
501                  %>
502                </tbl:cell>
503                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
504                  <tbl:cell column="xt-columns" />
505                </tbl:xt-cells>
506              </tbl:row>
507              <%
508              }
509            }
510          if (numListed == 0)
511          {
512            %>
513            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
514              <div class="messagecontainer note">
515              <%=lists == null || lists.getTotalCount() == 0 ? "No lists were found" : "No lists on this page. Please select another page!" %>
516              </div>
517            </tbl:panel>
518            <%
519          }
520          %>
521        </tbl:rows>
522      </tbl:data>
523    </tbl:table>
524    </div>
525   
526    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
527      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
528      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
529      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
530    </base:buttongroup>
531   
532  </base:body>
533  </base:page>
534  <%
535}
536finally
537{
538  if (lists != null) lists.close();
539  if (dc != null) dc.close();
540}
541%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.