source: branches/3.4-stable/www/biomaterials/samples/list_samples.jsp @ 6780

Last change on this file since 6780 was 6780, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

Fixes #1929: Add 'none' option in annotation filters

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 29.4 KB
Line 
1<%-- $Id: list_samples.jsp 6780 2015-03-18 06:53:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Sample"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
33  import="net.sf.basedb.core.BioSource"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
38  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
40  import="net.sf.basedb.core.Include"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
44  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
45  import="net.sf.basedb.core.Permission"
46  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
47  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
48  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
49  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
50  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
51  import="net.sf.basedb.core.Unit"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
57  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
63  import="net.sf.basedb.core.Type"
64  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
65  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
66  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
80  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
81  import="java.util.Iterator" 
82  import="java.util.List"
83  import="java.util.Map"
84  import="java.util.Date"
85  import="java.util.ArrayList"
86%>
87<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
88<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
89<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
90<%!
91  private static final Item itemType = Item.SAMPLE;
92  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
93%>
94<%
95final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
96final String ID = sc.getId();
97final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
98final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
99
100final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
101final String callback = request.getParameter("callback");
102final String title = mode.generateTitle("sample", "samples");
103final DbControl dc = sc.newDbControl();
104ItemResultIterator<Sample> samples = null;
105List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
106try
107{
108  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
109  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
110 
111  // Child extracts
112  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
113  extractQuery.include(cc.getInclude());
114  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parent"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
115  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
116  final boolean createExtractPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.EXTRACT);
117
118  // Child samples
119  final ItemQuery<Sample> childSamplesQuery = Sample.getQuery();
120  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
121  childSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
122  childSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("sample", Item.SAMPLE)));
123  childSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
124  childSamplesQuery.include(cc.getInclude());
125 
126  // Parent samples
127  final ItemQuery<Sample> parentSamplesQuery = Sample.getQuery();
128  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
129  parentSamplesQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
130  parentSamplesQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
131  parentSamplesQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
132  parentSamplesQuery.include(cc.getInclude());
133
134  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
135  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
136  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
137  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
138  {
139    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
140  }
141  try
142  {
143    final ItemQuery<Sample> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Sample.getQuery(), mode);
144    samples = query.iterate(dc);
145  }
146  catch (Throwable t)
147  {
148    cc.setMessage(t.getMessage());
149    t.printStackTrace();
150  }
151  int numListed = 0;
152  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
153  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
154  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
155  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
156 
157  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
158  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
159  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
160  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
161  int maxRows = result.next().getRows();
162  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
163  {
164    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
165  }
166 
167  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
168  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
169  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
170  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
171  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
172  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
173  {
174    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
175  }
176
177  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
178  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
179  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
180  %>
181  <base:page title="<%=title==null ? "Samples" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
182  <base:head scripts="table.js,~samples.js" styles="table.css,toolbar.css,toolbar.css">
183    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
184    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
185  </base:head>
186 
187  <base:body>
188    <h1><%=title==null ? "Samples" : title%></h1>
189    <div class="content">
190    <tbl:table 
191      id="samples" 
192      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
193      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
194      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
195      action="index.jsp"
196      sc="<%=sc%>"
197      item="<%=itemType%>"
198      subclass="fulltable"
199      >
200      <tbl:hidden 
201        name="mode" 
202        value="<%=mode.getName()%>" 
203      />
204      <tbl:hidden 
205        name="callback" 
206        value="<%=callback%>" 
207        skip="<%=callback == null%>" 
208      />
209      <tbl:columndef 
210        id="name"
211        property="name"
212        datatype="string"
213        title="Name"
214        sortable="true" 
215        filterable="true"
216        exportable="true"
217        show="always" 
218      />
219      <tbl:columndef 
220        id="itemSubtype"
221        property="itemSubtype"
222        sortproperty="itemSubtype.name"
223        exportproperty="itemSubtype.name:string"
224        datatype="int"
225        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
226        title="Type"
227        sortable="true" 
228        filterable="true"
229        exportable="true"
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="id"
233        clazz="uniquecol"
234        property="id"
235        datatype="int"
236        title="ID"
237        sortable="true" 
238        filterable="true"
239        exportable="true" 
240      />
241      <tbl:columndef 
242        id="externalId"
243        property="externalId"
244        datatype="string"
245        title="External id"
246        sortable="true" 
247        filterable="true"
248        exportable="true"
249      />     
250      <tbl:columndef 
251        id="originalQuantity"
252        property="originalQuantity"
253        datatype="float"
254        title="Original quantity (µg)"
255        sortable="true" 
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258        unit="<%=microGram%>"
259        formatter="<%=numericFormatter%>"
260      />
261      <tbl:columndef 
262        id="remainingQuantity"
263        property="remainingQuantity"
264        datatype="float"
265        title="Remaining quantity (µg)"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269        unit="<%=microGram%>"
270        formatter="<%=numericFormatter%>"
271      />
272      <tbl:columndef 
273        id="protocol"
274        property="creationEvent.protocol"
275        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
276        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
277        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
278        datatype="string"
279        title="Protocol"
280        sortable="true" 
281        filterable="true"
282        exportable="true"
283      />
284      <tbl:columndef 
285        id="eventDate"
286        property="creationEvent.eventDate"
287        datatype="date"
288        title="Created"
289        sortable="true" 
290        filterable="true"
291        exportable="true"
292        formatter="<%=dateFormatter%>"
293      />
294      <tbl:columndef 
295        id="entryDate"
296        property="creationEvent.entryDate"
297        datatype="date"
298        title="Registered"
299        sortable="true" 
300        filterable="true"
301        exportable="true"
302        formatter="<%=dateFormatter%>"
303      />
304      <%
305      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
306      parentTypes.add("", "-none-");
307      parentTypes.add(Integer.toString(Item.BIOSOURCE.getValue()), Item.BIOSOURCE.toString());
308      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
309      %>
310      <tbl:columndef
311        id="parentType"
312        title="Parent type"
313        property="parentType"
314        enumeration="<%=parentTypes%>"
315        datatype="int"
316        filterable="true"
317        exportable="true"
318        sortable="true"
319      />
320      <tbl:columndef
321        id="parents"
322        title="Parent items"
323        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
324        sortproperty="parent.name"
325        datatype="string"
326        filterable="true"
327        exportable="true"
328        sortable="true"
329      />
330      <tbl:columndef
331        id="children"
332        title="Child samples"
333        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
334        datatype="string"
335        filterable="true"
336        exportable="true"
337      />
338      <tbl:columndef
339        id="extracts"
340        title="Extracts"
341        property="&children(name)"
342        datatype="string"
343        filterable="true"
344        exportable="true"
345      />
346      <tbl:columndef 
347        id="bioPlate"
348        property="bioWell.bioPlate.name"
349        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
350        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
351        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
352        datatype="string"
353        title="Bioplate"
354        sortable="true" 
355        filterable="true"
356        exportable="true"
357      />
358      <tbl:columndef 
359        id="bioWellRow"
360        property="bioWell.row"
361        sortproperty="bioWell.row"
362        datatype="int"
363        title="Biowell row" 
364        filterable="true"
365        enumeration="<%=wellRows%>"
366        exportable="true"
367        sortable="true"
368        formatter="<%=rowFormatter%>"
369      />
370      <tbl:columndef 
371        id="bioWellColumn"
372        property="bioWell.column"
373        sortproperty="bioWell.column"
374        datatype="int"
375        title="Biowell column"   
376        filterable="true"
377        enumeration="<%=wellColumns%>"
378        exportable="true"
379        sortable="true"
380        formatter="<%=columnFormatter%>"
381      />     
382      <tbl:columndef 
383        id="owner"
384        property="owner.name"
385        datatype="string"
386        title="Owner"
387        sortable="true" 
388        filterable="true"
389        exportable="true"
390      />
391      <tbl:columndef 
392        id="description"
393        property="description"
394        datatype="string"
395        title="Description" 
396        sortable="true" 
397        filterable="true" 
398        exportable="true"
399      />     
400      <tbl:columndef
401        id="bioMaterialList"
402        property="@bioMaterialLists"
403        datatype="int"
404        title="Biomaterial list"
405        filterable="true"
406        enumeration="<%=Base.getBioMaterialListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
407        multiple="false"
408      />
409      <%
410      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
411      {
412        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
413        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
414        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
415        if (at.isEnumeration())
416        {
417          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
418          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
419          List<?> values = at.getValues();
420          for (Object value : values)
421          {
422            String encoded = formatter.format(value);
423            annotationEnum.add(encoded, encoded);
424          }
425        }
426        %>
427        <tbl:columndef 
428          id="<%="at"+at.getId()%>"
429          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
430          property="<%="#"+at.getId()%>"
431          annotation="true"
432          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
433          enumeration="<%=annotationEnum%>"
434          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
435          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
436          filterable="true" 
437          exportable="true"
438          formatter="<%=formatter%>"
439          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
440        />
441        <%
442      }
443      %>
444      <tbl:columndef
445        id="permission"
446        title="Permission"
447      />
448      <tbl:columndef
449        id="sharedTo"
450        title="Shared to"
451        filterable="true"
452        filterproperty="!sharedTo.name"
453        datatype="string"
454      />
455      <tbl:columndef 
456        id="xt-columns" 
457        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
458        jspcontext="<%=jspContext%>" 
459      />
460     
461      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
462        <tbl:toolbar
463          subclass="bottomborder"
464          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
465          >
466          <tbl:button 
467            id="btnNewItem"
468            disabled="<%=!createPermission%>" 
469            image="new.png" 
470            title="New&hellip;" 
471            tooltip="<%=createPermission ? "Create new sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
472          />
473          <tbl:button 
474            id="btnNewPooledItem"
475            disabled="<%=!createPermission%>" 
476            image="new_pooled.png" 
477            title="Pool&hellip;" 
478            tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled sample" : "You do not have permission to create samples"%>" 
479          />
480          <tbl:button 
481            id="btnDeleteItems"
482            image="delete.png"
483            title="Delete" 
484            tooltip="Delete the selected items" 
485          />
486          <tbl:button 
487            id="btnRestoreItems"
488            image="restore.png"
489            title="Restore" 
490            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
491          />
492          <tbl:button 
493            id="btnShareItems"
494            image="share.png"
495            title="Share&hellip;" 
496            tooltip="Share the selected items"
497          />
498          <tbl:button 
499            id="btnSetOwner"
500            image="take_ownership.png"
501            title="Set owner&hellip;"
502            tooltip="Change owner of the selected items"
503          />
504          <tbl:button 
505            id="btnColumns"
506            image="columns.png" 
507            title="Columns&hellip;" 
508            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
509          />
510          <tbl:button
511            id="btnNewBioMaterialList"
512            image="add.png"
513            title="New biomaterial list&hellip;"
514            tooltip="Create a new biomaterial list from matching samples"
515            visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.BIOMATERIALLIST)%>"
516          />
517          <tbl:button 
518            id="btnPlaceOnPlate"
519            image="place_on_plate.png" 
520            title="Place on plate&hellip;" 
521            tooltip="Place the selected/matching samples on a bioplate" 
522          />
523          <tbl:button 
524            id="btnImport"
525            data-plugin-type="IMPORT"
526            image="import.png" 
527            title="Import&hellip;" 
528            tooltip="Import data" 
529            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
530          />
531          <tbl:button 
532            id="btnExport"
533            data-plugin-type="EXPORT"
534            image="export.png" 
535            title="Export&hellip;" 
536            tooltip="Export data" 
537            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
538          />
539          <tbl:button 
540            id="btnRunPlugin"
541            data-plugin-type="OTHER"
542            image="runplugin.png" 
543            title="Run plugin&hellip;" 
544            tooltip="Run a plugin" 
545            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
546          />
547          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
548            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
549        </tbl:toolbar>
550        <tbl:panel>
551          <tbl:presetselector />
552          <tbl:navigator
553            page="<%=cc.getPage()%>" 
554            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
555            totalrows="<%=samples == null ? 0 : samples.getTotalCount()%>" 
556            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
557          />
558        </tbl:panel>
559      </div>
560      <tbl:data>
561        <tbl:headers>
562          <tbl:headerrow>
563            <tbl:header colspan="3" />
564            <tbl:columnheaders />
565          </tbl:headerrow>
566          <tbl:headerrow>
567            <tbl:header subclass="index" />
568            <tbl:header 
569              subclass="check" 
570              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
571              ><base:icon 
572                id="check.uncheck"
573                image="check_uncheck.png" 
574                tooltip="Check/uncheck all"
575              /></tbl:header>
576            <tbl:header 
577              subclass="check" 
578              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
579              />
580            <tbl:header 
581              subclass="icons" 
582              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
583              />
584            <tbl:propertyfilter />
585          </tbl:headerrow>
586        </tbl:headers>
587        <tbl:rows>
588          <%
589          if (cc.getMessage() != null)
590          {
591            %>
592            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
593              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
594            </tbl:panel>
595            <%
596            cc.setMessage(null);
597          }
598         
599          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
600          int selectedItemId = cc.getId();
601          if (samples != null)
602          {           
603            while (samples.hasNext())
604            {
605              Sample item = samples.next();
606              Item parentType = item.getParentType();
607              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
608              int itemId = item.getId();
609              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
610             
611             
612              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
613              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
614              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
615              String tooltip = mode.isSelectionMode() ?
616                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
617              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
618              index++;
619              numListed++;
620              %>
621              <tbl:row>
622                <tbl:header 
623                  clazz="index"
624                  ><%=index%></tbl:header>
625                <tbl:header 
626                  clazz="check" 
627                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
628                  ><input 
629                    type="checkbox" 
630                    name="<%=itemId%>" 
631                    value="<%=itemId%>" 
632                    title="<%=name%>" 
633                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
634                  ></tbl:header>
635                <tbl:header 
636                  clazz="check" 
637                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
638                  ><input 
639                    type="radio" 
640                    name="item_id" 
641                    value="<%=itemId%>" 
642                    title="<%=name%>" 
643                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
644                  ></tbl:header>
645                <tbl:header 
646                  clazz="icons" 
647                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
648                  ><base:icon 
649                    image="deleted.png"
650                    id="<%="delete."+itemId %>"
651                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
652                    data-item-id="<%=itemId%>"
653                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
654                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
655                  /><base:icon 
656                    image="shared.png" 
657                    id="<%="share."+itemId %>"
658                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
659                    data-item-id="<%=itemId%>"
660                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
661                    visible="<%=item.isShared()%>"
662                  />&nbsp;</tbl:header>
663                <tbl:cell column="name"><div 
664                  class="link table-item"
665                  data-item-id="<%=itemId%>"
666                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
667                  tabindex="0"
668                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
669                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
670                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
671                    item="<%=item%>" 
672                    property="itemSubtype"
673                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
674                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
675                  /></tbl:cell>
676                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>               
677                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
678                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
679                <tbl:cell column="protocol"
680                  ><base:propertyvalue 
681                    item="<%=creationEvent%>" 
682                    property="protocol"
683                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
684                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
685                  /></tbl:cell>
686                <%               
687                BioWell well = null;
688                boolean readBioWell = true;
689                try
690                {
691                  well = item.getBioWell();
692                }
693                catch(PermissionDeniedException e)
694                {
695                  readBioWell = false;
696                }
697                if (!readBioWell)
698                {
699                  %>
700                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
701                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
702                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
703                  <%
704                }
705                else if (well == null)
706                {
707                  %>
708                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
709                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
710                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
711                  <%
712                 
713                }
714                else
715                {               
716                  %>
717                  <tbl:cell column="bioWellRow">
718                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
719                  </tbl:cell>
720                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
721                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
722                  </tbl:cell>
723                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
724                  <%
725                }
726                %>
727                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
728                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
729                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
730                <tbl:cell column="parents">
731                  <%
732                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
733                  {
734                    Float usedQuantity = null;
735                    if (parentType == Item.SAMPLE)
736                    {
737                      try
738                      {
739                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((Sample)item.getParent());
740                      }
741                      catch (PermissionDeniedException ex)
742                      {}
743                    }
744                    %>
745                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent"/>
746                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
747                    <%
748                  }
749                  else
750                  {
751                    String separator = "";
752                    parentSamplesQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
753                    for (Sample s : parentSamplesQuery.list(dc))
754                    {
755                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(s);
756                      out.write(separator);
757                      if (mode.hasPropertyLink())
758                      {
759                        out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
760                      }
761                      else
762                      {
763                        out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
764                      }
765                      if (usedQuantity != null)
766                      {
767                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
768                      }
769                      separator = ", ";
770                    }
771                  }
772                  %>
773                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
774                </tbl:cell>
775                <tbl:cell column="children">
776                  <%
777                  childSamplesQuery.setEntityParameter("sample", item);
778                  String separator = "";
779                  for (Sample s : childSamplesQuery.list(dc))
780                  {
781                    out.write(separator);
782                    if (mode.hasPropertyLink())
783                    {
784                      out.write(Base.getLinkedName(ID, s, false, mode.hasEditLink()));
785                    }
786                    else
787                    {
788                      out.write(HTML.encodeTags(s.getName()));
789                    }
790                    separator = ", ";
791                  }
792                  %>
793                  <base:icon
794                    id="<%="newsample."+itemId%>"
795                    image="add.png" 
796                    subclass="auto-init"
797                    data-auto-init="new-sample"
798                    data-item-id="<%=itemId %>"
799                    tooltip="Create new child sample" 
800                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
801                  />
802                </tbl:cell>
803                <tbl:cell column="extracts">
804                  <%
805                  extractQuery.setEntityParameter("sample", item);
806                  try
807                  {
808                    String separator = "";
809                    for(Extract e : extractQuery.list(dc))
810                    {
811                      out.write(separator);
812                      if (mode.hasPropertyLink())
813                      {
814                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
815                      }
816                      else
817                      {
818                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
819                      }
820                      separator = ", ";
821                    }
822                  }
823                  catch (Throwable t)
824                  {
825                    %>
826                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
827                    <%
828                  }
829                  %>
830                  <base:icon
831                    id="<%="newsample."+itemId%>"
832                    image="add.png" 
833                    subclass="auto-init"
834                    data-auto-init="new-extract"
835                    data-item-id="<%=itemId %>"
836                    tooltip="Create new extract" 
837                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createExtractPermission && usePermission %>"
838                  />
839                </tbl:cell>
840                <tbl:cell column="owner"
841                  ><base:propertyvalue 
842                    item="<%=item%>" 
843                    property="owner"
844                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
845                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>" 
846                  /></tbl:cell>
847                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
848                <%
849                if (item.isAnnotated())
850                {
851                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
852                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
853                  {
854                    %>
855                    <tbl:cell 
856                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
857                      ><%
858                      if (loader.find(snapshot)) 
859                      {
860                        %><tbl:cellvalue 
861                          list="<%=loader.getValues()%>"
862                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
863                        /><%
864                      }
865                      %></tbl:cell>
866                    <%
867                  }
868                }
869                %>
870                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
871                <tbl:cell column="sharedTo">
872                  <%
873                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
874                  while(sharees.hasNext())
875                  {
876                    Nameable n = sharees.next();
877                    if (mode.hasPropertyLink())
878                    {
879                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
880                    }
881                    else
882                    {
883                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
884                    }
885                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
886                  }
887                  %>
888                </tbl:cell>
889                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
890                  <tbl:cell column="xt-columns" />
891                </tbl:xt-cells>
892              </tbl:row>
893              <%
894              }
895            }
896            if (numListed == 0)
897            {
898              %>
899              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
900                <div class="messagecontainer note">
901                <%=samples == null || samples.getTotalCount() == 0 ? "No samples were found" : "No samples on this page. Please select another page!" %>
902                </div>
903              </tbl:panel>
904              <%
905            }
906            %>
907          </tbl:rows>
908      </tbl:data>
909    </tbl:table>
910    </div>
911
912    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
913      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
914      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
915      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
916    </base:buttongroup>
917  </base:body>
918  </base:page>
919  <%
920}
921finally
922{
923  if (samples != null) samples.close();
924  if (dc != null) dc.close();
925}
926%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.