source: branches/3.4-stable/www/lims/arrayslides/list_slides.jsp @ 6780

Last change on this file since 6780 was 6780, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

Fixes #1929: Add 'none' option in annotation filters

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 18.6 KB
Line 
1<%-- $Id: list_slides.jsp 6780 2015-03-18 06:53:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
31  import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
33  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
34  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
40  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
41  import="net.sf.basedb.core.Permission"
42  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
44  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
49  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
50  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
51  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
52  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
53  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
54  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
59  import="net.sf.basedb.util.Values"
60  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
63  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
67  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
68  import="java.util.Date"
69  import="java.util.Iterator"
70  import="java.util.List"
71  import="java.util.Map"
72  import="java.util.ArrayList"
73%>
74<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
75<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
76<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
77<%!
78  private static final Item itemType = Item.ARRAYSLIDE;
79  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
80%>
81<%
82final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
83final String ID = sc.getId();
84final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
85final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
86
87final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
88final String callback = request.getParameter("callback");
89final String title = mode.generateTitle("array slide", "array slides");
90final DbControl dc = sc.newDbControl();
91ItemResultIterator<ArraySlide> slides = null;
92List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
93try
94{
95  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
96  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
97  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
98  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
99  {
100    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
101  }
102
103  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
104  try
105  {
106    final ItemQuery<ArraySlide> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, ArraySlide.getQuery(), mode);
107    slides = query.iterate(dc);
108  }
109  catch (Throwable t)
110  {
111    cc.setMessage(t.getMessage());
112    t.printStackTrace();
113  }
114  int numListed = 0;
115  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
116  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
117  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
118  %>
119  <base:page title="<%=title==null ? "Array slides" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
120  <base:head scripts="table.js,~slides.js" styles="table.css,toolbar.css">
121    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
122    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
123  </base:head>
124 
125  <base:body>
126    <h1><%=title==null ? "Array slides" : title%></h1>
127    <div class="content">
128    <tbl:table 
129      id="slides" 
130      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
131      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
132      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
133      action="index.jsp"
134      sc="<%=sc%>"
135      item="<%=itemType%>"
136      subclass="fulltable"
137      >
138      <tbl:hidden 
139        name="mode" 
140        value="<%=mode.getName()%>" 
141      />
142      <tbl:hidden 
143        name="callback" 
144        value="<%=callback%>" 
145        skip="<%=callback == null%>" 
146      />
147      <tbl:columndef 
148        id="name"
149        property="name"
150        datatype="string"
151        title="Name"
152        sortable="true" 
153        filterable="true"
154        exportable="true"
155        show="always" 
156      />
157      <tbl:columndef 
158        id="id"
159        clazz="uniquecol"
160        property="id"
161        datatype="int"
162        title="ID"
163        sortable="true"
164        filterable="true"
165        exportable="true"
166      />
167      <tbl:columndef 
168        id="entryDate"
169        property="entryDate"
170        datatype="date"
171        title="Registered"
172        sortable="true" 
173        filterable="true"
174        exportable="true"
175        formatter="<%=dateFormatter%>"
176      />
177      <tbl:columndef 
178        id="arrayBatch"
179        property="arrayBatch.name"
180        datatype="string"
181        title="Array batch"
182        sortable="true" 
183        filterable="true"
184        exportable="true"
185      />
186      <tbl:columndef 
187        id="arrayDesign"
188        property="arrayBatch.arrayDesign.name"
189        datatype="string"
190        title="Array design"
191        sortable="true" 
192        filterable="true"
193        exportable="true"
194      />
195      <tbl:columndef 
196        id="physicalBioAssay"
197        property="physicalBioAssay.name"
198        datatype="string"
199        title="Physical bioassay"
200        sortable="true" 
201        filterable="true"
202        exportable="true"
203      />
204      <tbl:columndef 
205        id="barcode"
206        property="barcode"
207        datatype="string"
208        title="Barcode"
209        sortable="true" 
210        filterable="true"
211        exportable="true"
212      />
213      <tbl:columndef 
214        id="destroyed"
215        property="destroyed"
216        datatype="boolean"
217        title="Destroyed"
218        sortable="true" 
219        filterable="true"
220        exportable="true"
221      />
222      <tbl:columndef 
223        id="batchIndex"
224        property="batchIndex"
225        datatype="int"
226        title="Batch index"
227        sortable="true" 
228        filterable="true"
229        exportable="true"
230      />
231      <tbl:columndef 
232        id="owner"
233        property="owner.name"
234        datatype="string"
235        title="Owner"
236        sortable="true" 
237        filterable="true"
238        exportable="true"
239      />
240      <tbl:columndef 
241        id="description"
242        property="description"
243        datatype="string"
244        title="Description" 
245        sortable="true" 
246        filterable="true" 
247        exportable="true"
248      />     
249      <%
250      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
251      {
252        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
253        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
254        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
255        if (at.isEnumeration())
256        {
257          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
258          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
259          List<?> values = at.getValues();
260          for (Object value : values)
261          {
262            String encoded = formatter.format(value);
263            annotationEnum.add(encoded, encoded);
264          }
265        }
266        %>
267        <tbl:columndef 
268          id="<%="at"+at.getId()%>"
269          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
270          property="<%="#"+at.getId()%>"
271          annotation="true"
272          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
273          enumeration="<%=annotationEnum%>"
274          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
275          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
276          filterable="true" 
277          exportable="true"
278          formatter="<%=formatter%>"
279          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
280        />
281        <%
282      }
283      %>
284      <tbl:columndef
285        id="permission"
286        title="Permission"
287      />
288      <tbl:columndef
289        id="sharedTo"
290        title="Shared to"
291        filterable="true"
292        filterproperty="!sharedTo.name"
293        datatype="string"
294      />
295      <tbl:columndef 
296        id="xt-columns" 
297        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
298        jspcontext="<%=jspContext%>" 
299      />
300      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
301        <tbl:toolbar
302          subclass="bottomborder"
303          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
304          >
305          <tbl:button 
306            id="btnNewItem"
307            disabled="<%=!createPermission%>" 
308            image="new.png" 
309            title="New&hellip;" 
310            tooltip="<%=createPermission ? "Create new array slide" : "You do not have permission to create array slides"%>" 
311          />
312          <tbl:button
313            id="btnNewItemsWizard"
314            disabled="<%=!createPermission%>"
315            image="new_wizard.png"
316            title="Create multiple&hellip;"
317            tooltip="<%=createPermission ? "Create multiple new array slides using a wizard" : "You do not have permission to create array slides"%>" 
318          />
319          <tbl:button 
320            id="btnDeleteItems"
321            image="delete.png"
322            title="Delete" 
323            tooltip="Delete the selected items" 
324          />
325          <tbl:button 
326            id="btnRestoreItems"
327            image="restore.png"
328            title="Restore" 
329            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
330          />
331          <tbl:button 
332            id="btnShareItems"
333            image="share.png"
334            title="Share&hellip;" 
335            tooltip="Share the selected items"
336          />
337          <tbl:button 
338            id="btnSetOwner"
339            image="take_ownership.png"
340            title="Set owner&hellip;"
341            tooltip="Change owner of the selected items"
342          />
343          <tbl:button 
344            id="btnColumns"
345            image="columns.png" 
346            title="Columns&hellip;" 
347            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
348          />
349          <tbl:button 
350            id="btnImport"
351            data-plugin-type="IMPORT"
352            image="import.png" 
353            title="Import&hellip;" 
354            tooltip="Import data" 
355            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
356          />
357          <tbl:button 
358            id="btnExport"
359            data-plugin-type="EXPORT"
360            image="export.png" 
361            title="Export&hellip;" 
362            tooltip="Export data" 
363            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
364          />
365          <tbl:button 
366            id="btnRunPlugin"
367            data-plugin-type="OTHER"
368            image="runplugin.png" 
369            title="Run plugin&hellip;" 
370            tooltip="Run a plugin" 
371            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
372          />
373          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
374            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
375        </tbl:toolbar>
376        <tbl:panel>
377          <tbl:presetselector />
378          <tbl:navigator
379            page="<%=cc.getPage()%>" 
380            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
381            totalrows="<%=slides == null ? 0 : slides.getTotalCount()%>" 
382            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
383          />
384        </tbl:panel>
385      </div>
386      <tbl:data>
387        <tbl:headers>
388          <tbl:headerrow>
389            <tbl:header colspan="3" />
390            <tbl:columnheaders />
391          </tbl:headerrow>
392          <tbl:headerrow>
393            <tbl:header subclass="index" />
394            <tbl:header 
395              subclass="check" 
396              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
397              ><base:icon 
398                id="check.uncheck"
399                image="check_uncheck.png" 
400                tooltip="Check/uncheck all" 
401                 
402              /></tbl:header>
403            <tbl:header 
404              subclass="check" 
405              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
406              />
407            <tbl:header 
408              subclass="icons" 
409              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
410              />
411            <tbl:propertyfilter />
412          </tbl:headerrow>
413        </tbl:headers>
414        <tbl:rows>
415          <%
416          if (cc.getMessage() != null)
417          {
418            %>
419            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
420              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
421            </tbl:panel>
422            <%
423            cc.setMessage(null);
424          }
425          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
426          int selectedItemId = cc.getId();
427          if (slides != null)
428          {
429            while (slides.hasNext())
430            {
431              ArraySlide item = slides.next();
432              int itemId = item.getId();
433             
434             
435              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
436              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
437              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
438              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
439                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
440              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
441              index++;
442              numListed++;
443              %>
444              <tbl:row>
445                <tbl:header 
446                  clazz="index"
447                  ><%=index%></tbl:header>
448                <tbl:header 
449                  clazz="check" 
450                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
451                  ><input 
452                    type="checkbox" 
453                    name="<%=itemId%>" 
454                    value="<%=itemId%>" 
455                    title="<%=name%>" 
456                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
457                  ></tbl:header>
458                <tbl:header 
459                  clazz="check" 
460                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
461                  ><input 
462                    type="radio" 
463                    name="item_id" 
464                    value="<%=itemId%>" 
465                    title="<%=name%>" 
466                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
467                  ></tbl:header>
468                <tbl:header 
469                  clazz="icons" 
470                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
471                  ><base:icon 
472                    image="deleted.png"
473                    id="<%="delete."+itemId %>"
474                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
475                    data-item-id="<%=itemId%>"
476                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
477                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
478                  /><base:icon 
479                    image="shared.png" 
480                    id="<%="share."+itemId %>"
481                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
482                    data-item-id="<%=itemId%>"
483                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
484                    visible="<%=item.isShared()%>"
485                  />&nbsp;</tbl:header>
486                <tbl:cell column="name"><div
487                  class="link table-item"
488                  data-item-id="<%=itemId%>"
489                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
490                  tabindex="0"
491                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
492                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
493                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
494                <tbl:cell column="arrayBatch"
495                  ><base:propertyvalue 
496                    item="<%=item%>" 
497                    property="arrayBatch"
498                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
499                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
500                  /></tbl:cell>
501                <tbl:cell column="arrayDesign"
502                  ><base:propertyvalue 
503                    item="<%=item%>" 
504                    property="arrayBatch.arrayDesign"
505                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
506                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
507                  /></tbl:cell>
508                <tbl:cell column="physicalBioAssay"
509                  ><base:propertyvalue 
510                    item="<%=item%>" 
511                    property="physicalBioAssay"
512                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
513                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
514                  /></tbl:cell>
515                <tbl:cell column="barcode"><%=HTML.encodeTags(item.getBarcode())%></tbl:cell>
516                <tbl:cell column="batchIndex"><%=item.getBatchIndex()%></tbl:cell>
517                <tbl:cell column="destroyed"><%=item.isDestroyed()%></tbl:cell>
518                <tbl:cell column="owner"
519                  ><base:propertyvalue 
520                    item="<%=item%>" 
521                    property="owner"
522                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
523                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
524                  /></tbl:cell>
525                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
526                <%
527                if (item.isAnnotated())
528                {
529                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
530                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
531                  {
532                    %>
533                    <tbl:cell 
534                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
535                      ><%
536                      if (loader.find(snapshot)) 
537                      {
538                        %><tbl:cellvalue 
539                          list="<%=loader.getValues()%>"
540                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
541                        /><%
542                      }
543                      %></tbl:cell>
544                    <%
545                  }
546                }
547                %>
548                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
549                <tbl:cell column="sharedTo">
550                  <%
551                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
552                  while(sharees.hasNext())
553                  {
554                    Nameable n = sharees.next();
555                    if (mode.hasPropertyLink())
556                    {
557                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
558                    }
559                    else
560                    {
561                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
562                    }
563                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
564                  }
565                  %>
566                </tbl:cell>
567                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
568                  <tbl:cell column="xt-columns" />
569                </tbl:xt-cells>
570              </tbl:row>
571              <%
572              }
573            }
574          if (numListed == 0)
575          {
576            %>
577            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
578              <div class="messagecontainer note">
579              <%=slides == null || slides.getTotalCount() == 0 ? "No array slides were found" : "No array slides on this page. Please select another page!" %>
580              </div>
581            </tbl:panel>
582            <%
583          }
584          %>
585        </tbl:rows>
586      </tbl:data>
587    </tbl:table>
588    </div>
589   
590    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
591      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
592      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
593      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
594    </base:buttongroup>
595   
596  </base:body>
597  </base:page>
598  <%
599}
600finally
601{
602  if (slides != null) slides.close();
603  if (dc != null) dc.close();
604}
605%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.