source: branches/3.4-stable/www/views/derivedbioassays/list_bioassays.jsp @ 6780

Last change on this file since 6780 was 6780, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

Fixes #1929: Add 'none' option in annotation filters

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 25.5 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 6780 2015-03-18 06:53:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 3
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  ------------------------------------------------------------------
21
22--%>
23<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
24  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
25  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
26  import="net.sf.basedb.core.Item"
27  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
28  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
29  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
30  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
31  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
32  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
33  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
34  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
35  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
36  import="net.sf.basedb.core.Include"
37  import="net.sf.basedb.core.Type"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
41  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
42  import="net.sf.basedb.core.Permission"
43  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
51  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
52  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
53  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
54  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
55  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
56  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
57  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
58  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
60  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
61  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
62  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
63  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
68  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
70  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
71  import="net.sf.basedb.util.Values"
72  import="java.util.Iterator"
73  import="java.util.List"
74  import="java.util.Map"
75  import="java.util.Date"
76  import="java.util.ArrayList"
77%>
78<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
79<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
80<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
81<%!
82  private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
83  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
84%>
85<%
86final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
87final String ID = sc.getId();
88final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
89final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
90final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
91
92final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
93final String callback = request.getParameter("callback");
94final String title = mode.generateTitle("derived bioassay", "derived bioassays");
95final DbControl dc = sc.newDbControl();
96ItemResultIterator<DerivedBioAssay> bioAssays = null;
97List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
98try
99{
100  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
101  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
102  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
103  {
104    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
105  }
106  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
107
108  // Query for parent physical bioassays to the current bioassay
109  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalBioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
110  physicalBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
111  physicalBioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("derivedBioAssays", "dba"));
112  physicalBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
113  physicalBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
114
115  // Query for parent bioassays to the current bioassay
116  final ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
117  parentQuery.include(cc.getInclude());
118  parentQuery.join(Hql.innerJoin("children", "c"));
119  parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("c"), Expressions.parameter("bioAssay")));
120  parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
121
122  // Query for child bioassays to the current bioassay
123  final ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
124  childQuery.include(cc.getInclude());
125  childQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "p"));
126  childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("p"), Expressions.parameter("bioAssay")));
127  childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
128
129  // Query for raw bioassays to the current bioassay
130  final ItemQuery<RawBioAssay> rawBioAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
131  rawBioAssayQuery.include(cc.getInclude());
132  rawBioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
133  rawBioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
134 
135  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
136  try
137  {
138    final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, DerivedBioAssay.getQuery(), mode);
139    bioAssays = query.iterate(dc);
140  }
141  catch (Throwable t)
142  {
143    cc.setMessage(t.getMessage());
144    t.printStackTrace();
145  }
146  int numListed = 0;
147  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
148  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
149  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
150  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
151  %>
152  <base:page title="<%=title==null ? "Derived bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
153  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
154    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
155    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
156  </base:head>
157 
158  <base:body>
159    <h1><%=title==null ? "Derived bioassays" : title%></h1>
160    <div class="content">
161    <tbl:table 
162      id="bioassays" 
163      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
164      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
165      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
166      action="index.jsp"
167      sc="<%=sc%>"
168      item="<%=itemType%>"
169      subclass="fulltable"
170      >
171      <tbl:hidden 
172        name="mode" 
173        value="<%=mode.getName()%>" 
174      />
175      <tbl:hidden 
176        name="callback" 
177        value="<%=callback%>" 
178        skip="<%=callback == null%>" 
179      />
180      <tbl:columndef 
181        id="name"
182        property="name"
183        datatype="string"
184        title="Name"
185        sortable="true" 
186        filterable="true"
187        exportable="true"
188        show="always" 
189      />
190      <tbl:columndef 
191        id="itemSubtype"
192        property="itemSubtype"
193        sortproperty="itemSubtype.name"
194        exportproperty="itemSubtype.name:string"
195        datatype="int"
196        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
197        title="Type"
198        sortable="true" 
199        filterable="true"
200        exportable="true"
201      />
202      <tbl:columndef
203        id="id"
204        clazz="uniquecol"
205        property="id"
206        datatype="int"
207        title="ID"
208        sortable="true"
209        filterable="true"
210        exportable="true"
211      />
212      <tbl:columndef 
213        id="physicalBioAssays"
214        property="&physicalBioAssays(name)"
215        datatype="string"
216        title="Physical bioassays"
217        filterable="true"
218        exportable="true"
219      />
220      <tbl:columndef 
221        id="parents"
222        property="&parents(name)"
223        datatype="string"
224        title="Parent bioassays"
225        filterable="true"
226        exportable="true"
227      />
228      <tbl:columndef
229        id="children"
230        title="Child bioassays"
231        property="&children(name)"
232        datatype="string"
233        filterable="true"
234        exportable="true"
235      />
236      <tbl:columndef 
237        id="extract"
238        property="extract.name"
239        datatype="string"
240        title="Extract"
241        sortable="true" 
242        filterable="true"
243        exportable="true"
244      />
245      <tbl:columndef
246        id="rawBioAssays"
247        title="Raw bioassays"
248        property="&rawBioAssays(name)"
249        datatype="string"
250        filterable="true"
251        exportable="true"
252      />
253      <tbl:columndef 
254        id="plugin"
255        property="job.pluginDefinition.name"
256        datatype="string"
257        title="Plugin"
258        sortable="true" 
259        filterable="true"
260        exportable="true"
261      />
262      <tbl:columndef 
263        id="protocol"
264        property="protocol.name"
265        datatype="string"
266        title="Protocol"
267        sortable="true" 
268        filterable="true"
269        exportable="true"
270      />
271      <tbl:columndef
272        id="hardware"
273        property="hardware.name"
274        datatype="string"
275        title="Hardware"
276        sortable="true"
277        filterable="true"
278        exportable="true"
279      />
280      <tbl:columndef
281        id="software"
282        property="software.name"
283        datatype="string"
284        title="Software"
285        sortable="true"
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="entryDate"
291        property="entryDate"
292        datatype="date"
293        title="Registered"
294        sortable="true" 
295        filterable="true"
296        exportable="true"
297        formatter="<%=dateFormatter%>"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="owner"
301        property="owner.name"
302        datatype="string"
303        title="Owner"
304        sortable="true" 
305        filterable="true"
306        exportable="true"
307      />
308      <tbl:columndef 
309        id="description"
310        property="description"
311        datatype="string"
312        title="Description" 
313        sortable="true" 
314        filterable="true" 
315        exportable="true"
316      />
317      <%
318      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
319      {
320        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
321        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
322        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
323        if (at.isEnumeration())
324        {
325          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
326          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
327          List<?> values = at.getValues();
328          for (Object value : values)
329          {
330            String encoded = formatter.format(value);
331            annotationEnum.add(encoded, encoded);
332          }
333        }
334        %>
335        <tbl:columndef 
336          id="<%="at"+at.getId()%>"
337          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
338          property="<%="#"+at.getId()%>"
339          annotation="true"
340          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
341          enumeration="<%=annotationEnum%>"
342          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
343          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
344          filterable="true" 
345          exportable="true"
346          formatter="<%=formatter%>"
347          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
348        />
349        <%
350      }
351      %>
352      <tbl:columndef
353        id="permission"
354        title="Permission"
355      />
356      <tbl:columndef
357        id="sharedTo"
358        title="Shared to"
359        filterable="true"
360        filterproperty="!sharedTo.name"
361        datatype="string"
362      />
363      <tbl:columndef 
364        id="xt-columns" 
365        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
366        jspcontext="<%=jspContext%>" 
367      />
368      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
369        <tbl:toolbar
370          subclass="bottomborder"
371          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
372          >
373          <tbl:button 
374            id="btnNewItem"
375            disabled="<%=!createPermission%>" 
376            image="new.png" 
377            title="New&hellip;" 
378            tooltip="<%=createPermission ? "Create new derived bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>" 
379          />
380          <tbl:button 
381            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
382            disabled="<%=!createPermission%>" 
383            image="new_pooled.png" 
384            title="Merge&hellip;" 
385            tooltip="<%=createPermission ? "Create new merged bioassay" : "You do not have permission to create derived bioassay"%>" 
386          />
387          <tbl:button 
388            id="btnDeleteItems"
389            image="delete.png"
390            title="Delete" 
391            tooltip="Delete the selected items" 
392          />
393          <tbl:button 
394            id="btnRestoreItems"
395            image="restore.png"
396            title="Restore" 
397            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
398          />
399          <tbl:button 
400            id="btnShareItems"
401            image="share.png"
402            title="Share&hellip;" 
403            tooltip="Share the selected items"
404          />
405          <tbl:button 
406            id="btnSetOwner"
407            image="take_ownership.png"
408            title="Set owner&hellip;"
409            tooltip="Change owner of the selected items"
410          />
411          <tbl:button 
412            id="btnColumns"
413            image="columns.png" 
414            title="Columns&hellip;" 
415            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
416          />
417          <tbl:button 
418            id="btnImport"
419            data-plugin-type="IMPORT"
420            image="import.png" 
421            title="Import&hellip;" 
422            tooltip="Import data" 
423            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
424          />
425          <tbl:button 
426            id="btnExport"
427            data-plugin-type="EXPORT"
428            image="export.png" 
429            title="Export&hellip;" 
430            tooltip="Export data" 
431            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
432          />
433          <tbl:button 
434            id="btnRunPlugin"
435            data-plugin-type="OTHER"
436            image="runplugin.png" 
437            title="Run plugin&hellip;" 
438            tooltip="Run a plugin" 
439            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
440          />
441          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
442            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
443        </tbl:toolbar>
444        <tbl:panel>
445          <tbl:presetselector />
446          <tbl:navigator
447            page="<%=cc.getPage()%>" 
448            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
449            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
450            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
451          />
452        </tbl:panel>
453      </div>
454      <tbl:data>
455        <tbl:headers>
456          <tbl:headerrow>
457            <tbl:header colspan="3" />
458            <tbl:columnheaders />
459          </tbl:headerrow>
460          <tbl:headerrow>
461            <tbl:header subclass="index" />
462            <tbl:header 
463              subclass="check" 
464              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
465              ><base:icon 
466                id="check.uncheck"
467                image="check_uncheck.png" 
468                tooltip="Check/uncheck all" 
469                 
470              /></tbl:header>
471            <tbl:header 
472              subclass="check" 
473              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
474              />
475            <tbl:header 
476              subclass="icons" 
477              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
478              />
479            <tbl:propertyfilter />
480          </tbl:headerrow>
481        </tbl:headers>
482        <tbl:rows>
483          <%
484          if (cc.getMessage() != null)
485          {
486            %>
487            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
488              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
489            </tbl:panel>
490            <%
491            cc.setMessage(null);
492          }
493          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
494          int selectedItemId = cc.getId();
495          if (bioAssays != null)
496          {           
497            while (bioAssays.hasNext())
498            {
499              DerivedBioAssay item = bioAssays.next();
500              int itemId = item.getId();
501              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
502             
503             
504              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
505              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
506              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
507              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
508                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
509              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
510              index++;
511              numListed++;
512              %>
513              <tbl:row>
514                <tbl:header 
515                  clazz="index"
516                  ><%=index%></tbl:header>
517                <tbl:header 
518                  clazz="check" 
519                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
520                  ><input 
521                    type="checkbox" 
522                    name="<%=itemId%>" 
523                    value="<%=itemId%>" 
524                    title="<%=name%>" 
525                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
526                  ></tbl:header>
527                <tbl:header 
528                  clazz="check" 
529                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
530                  ><input 
531                    type="radio" 
532                    name="item_id" 
533                    value="<%=itemId%>" 
534                    title="<%=name%>" 
535                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
536                  ></tbl:header>
537                <tbl:header 
538                  clazz="icons" 
539                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
540                  ><base:icon 
541                    image="deleted.png"
542                    id="<%="delete."+itemId %>"
543                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
544                    data-item-id="<%=itemId%>"
545                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
546                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
547                  /><base:icon 
548                    image="shared.png" 
549                    id="<%="share."+itemId %>"
550                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
551                    data-item-id="<%=itemId%>"
552                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
553                    visible="<%=item.isShared()%>"
554                  />&nbsp;</tbl:header>
555                <tbl:cell column="name"><div 
556                  class="link table-item"
557                  data-item-id="<%=itemId%>"
558                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
559                  tabindex="0"
560                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
561                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
562                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
563                    item="<%=item%>" 
564                    property="itemSubtype"
565                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
566                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
567                  /></tbl:cell>
568                <tbl:cell column="children">
569                  <%
570                  childQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
571                  try
572                  {
573                    String separator = "";
574                    for (DerivedBioAssay child : childQuery.list(dc))
575                    {
576                      out.write(separator);
577                      if (mode.hasPropertyLink())
578                      {
579                        out.write(Base.getLinkedName(ID, child, false, mode.hasEditLink()));
580                      }
581                      else
582                      {
583                        out.write(HTML.encodeTags(child.getName()));
584                      }
585                      separator = ", ";
586                    }
587                  }
588                  catch (Throwable t)
589                  {
590                    %>
591                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
592                    <%
593                  }
594                  %>             
595                  <base:icon
596                    subclass="link auto-init"
597                    data-auto-init="new-child-bioassay"
598                    data-item-id="<%=itemId %>"
599                    image="add.png" 
600                    tooltip="Create new child bioassay" 
601                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
602                  />
603                </tbl:cell>
604                <tbl:cell column="rawBioAssays">
605                  <%
606                  rawBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
607                  try
608                  {
609                    String separator = "";
610                    for (RawBioAssay rba : rawBioAssayQuery.list(dc))
611                    {
612                      out.write(separator);
613                      if (mode.hasPropertyLink())
614                      {
615                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
616                      }
617                      else
618                      {
619                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
620                      }
621                      separator = ", ";
622                    }
623                  }
624                  catch (Throwable t)
625                  {
626                    %>
627                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
628                    <%
629                  }
630                  %>             
631                  <base:icon
632                    subclass="link auto-init"
633                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
634                    data-item-id="<%=itemId %>"
635                    image="add.png" 
636                    tooltip="Create new raw bioassay" 
637                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
638                  />
639                </tbl:cell>
640                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
641                  <%
642                  physicalBioAssayQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
643                  try
644                  {
645                    String separator = "";
646                    for (PhysicalBioAssay pba : physicalBioAssayQuery.list(dc))
647                    {
648                      out.write(separator);
649                      if (mode.hasPropertyLink())
650                      {
651                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
652                      }
653                      else
654                      {
655                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
656                      }
657                      separator = ", ";
658                    }
659                  }
660                  catch (Throwable t)
661                  {
662                    %>
663                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
664                    <%
665                  }
666                  %>             
667                </tbl:cell>
668                <tbl:cell column="parents">
669                  <%
670                  if (!item.isRoot())
671                  {
672                    parentQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
673                    try
674                    {
675                      String separator = "";
676                      for (DerivedBioAssay dba : parentQuery.list(dc))
677                      {
678                        out.write(separator);
679                        if (mode.hasPropertyLink())
680                        {
681                          out.write(Base.getLinkedName(ID, dba, false, mode.hasEditLink()));
682                        }
683                        else
684                        {
685                          out.write(HTML.encodeTags(dba.getName()));
686                        }
687                        separator = ", ";
688                      }
689                    }
690                    catch (Throwable t)
691                    {
692                      %>
693                      <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
694                      <%
695                    }
696                  }
697                  %>             
698                </tbl:cell>
699                <tbl:cell column="extract"
700                  ><base:propertyvalue 
701                    item="<%=item%>" 
702                    property="extract"
703                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
704                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
705                  /></tbl:cell>
706                <tbl:cell column="plugin"
707                  ><base:propertyvalue 
708                    item="<%=item%>" 
709                    property="job.pluginDefinition"
710                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
711                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
712                  /></tbl:cell>
713                <tbl:cell column="protocol"
714                  ><base:propertyvalue 
715                    item="<%=item%>" 
716                    property="protocol"
717                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
718                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
719                  /></tbl:cell>
720                <tbl:cell column="hardware"
721                  ><base:propertyvalue 
722                    item="<%=item%>"
723                    property="hardware"
724                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
725                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
726                  /></tbl:cell>
727                <tbl:cell column="software"
728                  ><base:propertyvalue 
729                    item="<%=item%>"
730                    property="software"
731                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
732                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
733                  /></tbl:cell>
734                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=item.getEntryDate()%>" />
735                <tbl:cell column="owner"
736                  ><base:propertyvalue 
737                    item="<%=item%>" 
738                    property="owner"
739                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
740                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
741                  /></tbl:cell>
742                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
743                <%
744                if (item.isAnnotated())
745                {
746                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
747                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
748                  {
749                    %>
750                    <tbl:cell 
751                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
752                      ><%
753                      if (loader.find(snapshot)) 
754                      {
755                        %><tbl:cellvalue 
756                          list="<%=loader.getValues()%>"
757                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
758                        /><%
759                      }
760                      %></tbl:cell>
761                    <%
762                  }
763                }
764                %>
765                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
766                <tbl:cell column="sharedTo">
767                  <%
768                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
769                  while(sharees.hasNext())
770                  {
771                    Nameable n = sharees.next();
772                    if (mode.hasPropertyLink())
773                    {
774                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
775                    }
776                    else
777                    {
778                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
779                    }
780                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
781                  }
782                  %>
783                </tbl:cell>
784                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
785                  <tbl:cell column="xt-columns" />
786                </tbl:xt-cells>
787              </tbl:row>
788              <%
789              }
790            }
791          if (numListed == 0)
792          {
793            %>
794            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
795              <div class="messagecontainer note">
796              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No bioassays were found" : "No bioassays on this page. Please select another page!" %>
797              </div>
798            </tbl:panel>
799            <%
800          }
801          %>
802        </tbl:rows>
803      </tbl:data>
804    </tbl:table>
805    </div>
806   
807    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
808      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
809      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
810      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
811    </base:buttongroup>
812   
813  </base:body>
814  </base:page>
815  <%
816}
817finally
818{
819  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
820  if (dc != null) dc.close();
821}
822%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.