source: branches/3.4-stable/www/views/physicalbioassays/list_bioassays.jsp @ 6711

Last change on this file since 6711 was 6711, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

Fixes #1916: List pages are loading annotations for non-visible columns

Moved the call to loader.find(snapshot) inside the <tbl:cell> tag which means that it is only executed for visible columns.

Bad news is that this change conflicts with #1906 ([6690] and others) so merging to trunk will require some extra work.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.0 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 6711 2015-02-03 08:23:37Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.Tag"
33  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.Include"
42  import="net.sf.basedb.core.Type"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
62  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
63  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="net.sf.basedb.util.Values"
77  import="java.util.Iterator"
78  import="java.util.List"
79  import="java.util.Map"
80  import="java.util.Date"
81  import="java.util.ArrayList"
82%>
83<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
84<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
85<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
86<%!
87  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
88  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
89%>
90<%
91final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
92final String ID = sc.getId();
93final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
94final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
95
96final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
97final String callback = request.getParameter("callback");
98final String title = mode.generateTitle("physical bioassay", "physical bioassays");
99final DbControl dc = sc.newDbControl();
100ItemResultIterator<PhysicalBioAssay> bioAssays = null;
101List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
102try
103{
104  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
105  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
106  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
107  {
108    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
109  }
110  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
111
112  // Query for extracts relatated to the current bioassay
113  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
114  extractQuery.include(cc.getInclude());
115  extractQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
116  extractQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
117  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
118  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("cce", "position")));
119  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
120
121  // Query for derived bioassay sets from to the current bioassay
122  final ItemQuery<DerivedBioAssay> dbasQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
123  dbasQuery.include(cc.getInclude());
124  dbasQuery.join(Hql.innerJoin("physicalBioAssays", "pba"));
125  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
126  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("root"), Expressions.bool(true)));
127  dbasQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
128  final boolean createDerivedBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY); 
129 
130  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
131  try
132  {
133    final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PhysicalBioAssay.getQuery(), mode);
134    bioAssays = query.iterate(dc);
135  }
136  catch (Throwable t)
137  {
138    cc.setMessage(t.getMessage());
139    t.printStackTrace();
140  }
141  int numListed = 0;
142  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
143  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
144  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
145  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
146  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
147  %>
148  <base:page title="<%=title==null ? "Physical bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
149  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
150    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
151    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
152  </base:head>
153 
154  <base:body>
155    <h1><%=title==null ? "Physical bioassays" : title%></h1>
156    <div class="content">
157    <tbl:table 
158      id="bioassays" 
159      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
160      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
161      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
162      action="index.jsp"
163      sc="<%=sc%>"
164      item="<%=itemType%>"
165      subclass="fulltable"
166      >
167      <tbl:hidden 
168        name="mode" 
169        value="<%=mode.getName()%>" 
170      />
171      <tbl:hidden 
172        name="callback" 
173        value="<%=callback%>" 
174        skip="<%=callback == null%>" 
175      />
176      <tbl:columndef 
177        id="name"
178        property="name"
179        datatype="string"
180        title="Name"
181        sortable="true" 
182        filterable="true"
183        exportable="true"
184        show="always" 
185      />
186      <tbl:columndef 
187        id="itemSubtype"
188        property="itemSubtype"
189        sortproperty="itemSubtype.name"
190        exportproperty="itemSubtype.name:string"
191        datatype="int"
192        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
193        title="Type"
194        sortable="true" 
195        filterable="true"
196        exportable="true"
197      />
198      <tbl:columndef
199        id="id"
200        clazz="uniquecol"
201        property="id"
202        datatype="int"
203        title="ID"
204        sortable="true"
205        filterable="true"
206        exportable="true"
207      />
208      <tbl:columndef 
209        id="size"
210        property="size"
211        datatype="int"
212        title="Size"
213        sortable="true" 
214        filterable="true"
215        exportable="true"
216      />
217      <tbl:columndef
218        id="extracts"
219        title="Extracts"
220        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
221        datatype="string"
222        filterable="true"
223        exportable="true"
224      />
225      <tbl:columndef 
226        id="arraySlide"
227        property="arraySlide.name"
228        datatype="string"
229        title="Array slide"
230        sortable="true" 
231        filterable="true"
232        exportable="true"
233      />
234      <tbl:columndef
235        id="derivedBioAssays"
236        title="Derived bioassays"
237        property="&rootDerivedBioAssays(%name)"
238        datatype="string"
239        filterable="true"
240        exportable="true"
241      />
242      <tbl:columndef 
243        id="protocol"
244        property="creationEvent.protocol.name"
245        datatype="string"
246        title="Protocol"
247        sortable="true" 
248        filterable="true"
249        exportable="true"
250      />
251      <tbl:columndef
252        id="hardware"
253        property="creationEvent.hardware.name"
254        datatype="string"
255        title="Hardware"
256        sortable="true"
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="eventDate"
262        property="creationEvent.eventDate"
263        datatype="date"
264        title="Created"
265        sortable="true" 
266        filterable="true"
267        exportable="true"
268        formatter="<%=dateFormatter%>"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="entryDate"
272        property="creationEvent.entryDate"
273        datatype="date"
274        title="Registered"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278        formatter="<%=dateFormatter%>"
279      />
280      <tbl:columndef 
281        id="owner"
282        property="owner.name"
283        datatype="string"
284        title="Owner"
285        sortable="true" 
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="description"
291        property="description"
292        datatype="string"
293        title="Description" 
294        sortable="true" 
295        filterable="true" 
296        exportable="true"
297      />
298      <%
299      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
300      {
301        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
302        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
303        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
304        if (at.isEnumeration())
305        {
306          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
307          List<?> values = at.getValues();
308          for (Object value : values)
309          {
310            String encoded = formatter.format(value);
311            annotationEnum.add(encoded, encoded);
312          }
313        }
314        %>
315        <tbl:columndef 
316          id="<%="at"+at.getId()%>"
317          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
318          property="<%="#"+at.getId()%>"
319          annotation="true"
320          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
321          enumeration="<%=annotationEnum%>"
322          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
323          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
324          filterable="true" 
325          exportable="true"
326          formatter="<%=formatter%>"
327          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
328        />
329        <%
330      }
331      %>
332      <tbl:columndef
333        id="permission"
334        title="Permission"
335      />
336      <tbl:columndef
337        id="sharedTo"
338        title="Shared to"
339        filterable="true"
340        filterproperty="!sharedTo.name"
341        datatype="string"
342      />
343      <tbl:columndef 
344        id="xt-columns" 
345        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
346        jspcontext="<%=jspContext%>" 
347      />
348      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
349        <tbl:toolbar
350          subclass="bottomborder"
351          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
352          >
353          <tbl:button 
354            id="btnNewItem"
355            disabled="<%=!createPermission%>" 
356            image="new.png" 
357            title="New&hellip;" 
358            tooltip="<%=createPermission ? "Create new physical bioassay" : "You do not have permission to create physical bioassays"%>" 
359          />
360          <tbl:button
361            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
362            disabled="<%=!createDerivedBioAssayPermission %>"
363            image="add.png"
364            title="New derived bioassay&hellip;"
365            tooltip="<%=createDerivedBioAssayPermission ? "Create new derived bioassay from the selected physical bioassays" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>"
366          />
367          <tbl:button 
368            id="btnDeleteItems"
369            image="delete.png"
370            title="Delete" 
371            tooltip="Delete the selected items" 
372          />
373          <tbl:button 
374            id="btnRestoreItems"
375            image="restore.png"
376            title="Restore" 
377            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
378          />
379          <tbl:button 
380            id="btnShareItems"
381            image="share.png"
382            title="Share&hellip;" 
383            tooltip="Share the selected items"
384          />
385          <tbl:button 
386            id="btnSetOwner"
387            image="take_ownership.png"
388            title="Set owner&hellip;"
389            tooltip="Change owner of the selected items"
390          />
391          <tbl:button 
392            id="btnColumns"
393            image="columns.png" 
394            title="Columns&hellip;" 
395            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
396          />
397          <tbl:button 
398            id="btnImport"
399            data-plugin-type="IMPORT"
400            image="import.png" 
401            title="Import&hellip;" 
402            tooltip="Import data" 
403            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
404          />
405          <tbl:button 
406            id="btnExport"
407            data-plugin-type="EXPORT"
408            image="export.png" 
409            title="Export&hellip;" 
410            tooltip="Export data" 
411            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
412          />
413          <tbl:button 
414            id="btnRunPlugin"
415            data-plugin-type="OTHER"
416            image="runplugin.png" 
417            title="Run plugin&hellip;" 
418            tooltip="Run a plugin" 
419            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
420          />
421          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
422            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
423        </tbl:toolbar>
424        <tbl:panel>
425          <tbl:presetselector />
426          <tbl:navigator
427            page="<%=cc.getPage()%>" 
428            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
429            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
430            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
431          />
432        </tbl:panel>
433      </div>
434      <tbl:data>
435        <tbl:headers>
436          <tbl:headerrow>
437            <tbl:header colspan="3" />
438            <tbl:columnheaders />
439          </tbl:headerrow>
440          <tbl:headerrow>
441            <tbl:header subclass="index" />
442            <tbl:header 
443              subclass="check" 
444              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
445              ><base:icon 
446                id="check.uncheck"
447                image="check_uncheck.png" 
448                tooltip="Check/uncheck all" 
449              /></tbl:header>
450            <tbl:header 
451              subclass="check" 
452              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
453              />
454            <tbl:header 
455              subclass="icons" 
456              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
457              />
458            <tbl:propertyfilter />
459          </tbl:headerrow>
460        </tbl:headers>
461        <tbl:rows>
462          <%
463          if (cc.getMessage() != null)
464          {
465            %>
466            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
467              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
468            </tbl:panel>
469            <%
470            cc.setMessage(null);
471          }
472          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
473          int selectedItemId = cc.getId();
474          if (bioAssays != null)
475          {           
476            while (bioAssays.hasNext())
477            {
478              PhysicalBioAssay item = bioAssays.next();
479              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
480              int itemId = item.getId();
481              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
482              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
483              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
484              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
485              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
486                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
487              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
488              index++;
489              numListed++;
490              %>
491              <tbl:row>
492                <tbl:header 
493                  clazz="index"
494                  ><%=index%></tbl:header>
495                <tbl:header 
496                  clazz="check" 
497                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
498                  ><input 
499                    type="checkbox" 
500                    name="<%=itemId%>" 
501                    value="<%=itemId%>" 
502                    title="<%=name%>" 
503                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
504                  ></tbl:header>
505                <tbl:header 
506                  clazz="check" 
507                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
508                  ><input 
509                    type="radio" 
510                    name="item_id" 
511                    value="<%=itemId%>" 
512                    title="<%=name%>" 
513                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
514                  ></tbl:header>
515                <tbl:header 
516                  clazz="icons" 
517                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
518                  ><base:icon 
519                    image="deleted.png"
520                    id="<%="delete."+itemId %>"
521                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
522                    data-item-id="<%=itemId%>"
523                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
524                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
525                  /><base:icon 
526                    image="shared.png" 
527                    id="<%="share."+itemId %>"
528                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
529                    data-item-id="<%=itemId%>"
530                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
531                    visible="<%=item.isShared()%>"
532                  />&nbsp;</tbl:header>
533                <tbl:cell column="name"><div
534                  class="link table-item"
535                  data-item-id="<%=itemId%>"
536                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
537                  tabindex="0"
538                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
539                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
540                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
541                    item="<%=item%>" 
542                    property="itemSubtype"
543                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
544                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
545                  /></tbl:cell>
546                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
547                <tbl:cell column="extracts">
548                  <%
549                  extractQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
550                  try
551                  {
552                    String separator = "";
553                    boolean needIndex = item.getSize() > 1;
554                    for (Extract extract : extractQuery.list(dc))
555                    {
556                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(extract);
557                      Tag tag = null;
558                      boolean readTag = true;
559                      try
560                      {
561                        tag = extract.getTag();
562                      }
563                      catch (PermissionDeniedException ex)
564                      {
565                        readTag = false;
566                      }
567                      out.write(separator);
568                      if (needIndex)
569                      {
570                        out.write(creationEvent.getEventSource(extract).getPosition() + ": ");
571                      }
572                      if (mode.hasPropertyLink())
573                      {
574                        out.write(Base.getLinkedName(ID, extract, false, mode.hasEditLink()));
575                      }
576                      else
577                      {
578                        out.write(HTML.encodeTags(extract.getName()));
579                      }
580                      if (tag != null || usedQuantity != null)
581                      {
582                        out.write(" (");
583                        if (usedQuantity != null)
584                        {
585                          out.write(numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg");
586                          if (tag != null) out.write("; ");
587                        }
588                        if (tag != null)
589                        {
590                          if (mode.hasPropertyLink())
591                          {
592                            out.write(Base.getLinkedName(ID, tag, !readTag, mode.hasEditLink()));
593                          }
594                          else
595                          {
596                            out.write(" (" + Base.getEncodedName(tag, !readTag));
597                          }
598                        }
599                        out.write(")");
600                      }
601                      separator = ", ";
602                    }
603                  }
604                  catch (Throwable t)
605                  {
606                    %>
607                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
608                    <%
609                  }
610                  %>             
611                </tbl:cell>
612                <tbl:cell column="arraySlide"
613                  ><base:propertyvalue 
614                    item="<%=item%>" 
615                    property="arraySlide"
616                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
617                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
618                  /></tbl:cell>
619                <tbl:cell column="derivedBioAssays">
620                  <%
621                  dbasQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
622                  try
623                  {
624                    String separator = "";
625                    for (DerivedBioAssay dbas : dbasQuery.list(dc))
626                    {
627                      out.write(separator);
628                      if (mode.hasPropertyLink())
629                      {
630                        out.write(Base.getLinkedName(ID, dbas, false, mode.hasEditLink()));
631                      }
632                      else
633                      {
634                        out.write(HTML.encodeTags(dbas.getName()));
635                      }
636                      separator = ", ";
637                    }
638                  }
639                  catch (Throwable t)
640                  {
641                    %>
642                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
643                    <%
644                  }
645                  %>
646                  <base:icon
647                    subclass="link auto-init"
648                    data-auto-init="new-derived-bioassay"
649                    data-item-id="<%=itemId %>"
650                    image="add.png" 
651                    tooltip="Create new derived bioassay" 
652                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createDerivedBioAssayPermission && usePermission %>"
653                  />
654                </tbl:cell>
655                <tbl:cell column="protocol"
656                  ><base:propertyvalue 
657                    item="<%=creationEvent%>" 
658                    property="protocol"
659                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
660                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
661                  /></tbl:cell>
662                <tbl:cell column="hardware"
663                  ><base:propertyvalue 
664                    item="<%=creationEvent%>"
665                    property="hardware"
666                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
667                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
668                  /></tbl:cell>
669                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
670                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
671                <tbl:cell column="owner"
672                  ><base:propertyvalue 
673                    item="<%=item%>" 
674                    property="owner"
675                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
676                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
677                  /></tbl:cell>
678                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
679                <%
680                if (item.isAnnotated())
681                {
682                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
683                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
684                  {
685                    %>
686                    <tbl:cell 
687                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
688                      ><%
689                      if (loader.find(snapshot)) 
690                      {
691                        %><tbl:cellvalue 
692                          list="<%=loader.getValues()%>"
693                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
694                        /><%
695                      }
696                      %></tbl:cell>
697                    <%
698                  }
699                }
700                %>
701                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
702                <tbl:cell column="sharedTo">
703                  <%
704                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
705                  while(sharees.hasNext())
706                  {
707                    Nameable n = sharees.next();
708                    if (mode.hasPropertyLink())
709                    {
710                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
711                    }
712                    else
713                    {
714                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
715                    }
716                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
717                  }
718                  %>
719                </tbl:cell>
720                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
721                  <tbl:cell column="xt-columns" />
722                </tbl:xt-cells>
723              </tbl:row>
724              <%
725              }
726            }
727          if (numListed == 0)
728          {
729            %>
730            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
731              <div class="messagecontainer note">
732              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No physical bioassays were found" : "No physical bioassays on this page. Please select another page!" %>
733              </div>
734            </tbl:panel>
735            <%
736          }
737          %>
738        </tbl:rows>
739      </tbl:data>
740    </tbl:table>
741    </div>
742   
743    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
744      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
745      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
746      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
747    </base:buttongroup>
748   
749  </base:body>
750  </base:page>
751  <%
752}
753finally
754{
755  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
756  if (dc != null) dc.close();
757}
758%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.