source: branches/3.4-stable/www/views/physicalbioassays/list_bioassays.jsp @ 6780

Last change on this file since 6780 was 6780, checked in by Nicklas Nordborg, 8 years ago

Fixes #1929: Add 'none' option in annotation filters

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 24.1 KB
Line 
1<%-- $Id: list_bioassays.jsp 6780 2015-03-18 06:53:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
31  import="net.sf.basedb.core.Extract"
32  import="net.sf.basedb.core.Tag"
33  import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
36  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
37  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
38  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.Include"
42  import="net.sf.basedb.core.Type"
43  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
45  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
46  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
47  import="net.sf.basedb.core.Permission"
48  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
49  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
50  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
51  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
52  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
53  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
56  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
57  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
58  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
59  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
62  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
63  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
64  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
65  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
66  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
67  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
68  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
73  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
74  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
75  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
76  import="net.sf.basedb.util.Values"
77  import="java.util.Iterator"
78  import="java.util.List"
79  import="java.util.Map"
80  import="java.util.Date"
81  import="java.util.ArrayList"
82%>
83<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
84<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
85<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
86<%!
87  private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
88  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
89%>
90<%
91final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
92final String ID = sc.getId();
93final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
94final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
95
96final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
97final String callback = request.getParameter("callback");
98final String title = mode.generateTitle("physical bioassay", "physical bioassays");
99final DbControl dc = sc.newDbControl();
100ItemResultIterator<PhysicalBioAssay> bioAssays = null;
101List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
102try
103{
104  final ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
105  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
106  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
107  {
108    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
109  }
110  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
111
112  // Query for extracts relatated to the current bioassay
113  final ItemQuery<Extract> extractQuery = Extract.getQuery();
114  extractQuery.include(cc.getInclude());
115  extractQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
116  extractQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
117  extractQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssay")));
118  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("cce", "position")));
119  extractQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
120
121  // Query for derived bioassay sets from to the current bioassay
122  final ItemQuery<DerivedBioAssay> dbasQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
123  dbasQuery.include(cc.getInclude());
124  dbasQuery.join(Hql.innerJoin("physicalBioAssays", "pba"));
125  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pba"), Expressions.parameter("bioAssay")));
126  dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("root"), Expressions.bool(true)));
127  dbasQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
128  final boolean createDerivedBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.DERIVEDBIOASSAY); 
129 
130  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
131  try
132  {
133    final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, PhysicalBioAssay.getQuery(), mode);
134    bioAssays = query.iterate(dc);
135  }
136  catch (Throwable t)
137  {
138    cc.setMessage(t.getMessage());
139    t.printStackTrace();
140  }
141  int numListed = 0;
142  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
143  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
144  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
145  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
146  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
147  %>
148  <base:page title="<%=title==null ? "Physical bioassays" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
149  <base:head scripts="table.js,~bioassays.js" styles="table.css,toolbar.css">
150    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
151    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
152  </base:head>
153 
154  <base:body>
155    <h1><%=title==null ? "Physical bioassays" : title%></h1>
156    <div class="content">
157    <tbl:table 
158      id="bioassays" 
159      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
160      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
161      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
162      action="index.jsp"
163      sc="<%=sc%>"
164      item="<%=itemType%>"
165      subclass="fulltable"
166      >
167      <tbl:hidden 
168        name="mode" 
169        value="<%=mode.getName()%>" 
170      />
171      <tbl:hidden 
172        name="callback" 
173        value="<%=callback%>" 
174        skip="<%=callback == null%>" 
175      />
176      <tbl:columndef 
177        id="name"
178        property="name"
179        datatype="string"
180        title="Name"
181        sortable="true" 
182        filterable="true"
183        exportable="true"
184        show="always" 
185      />
186      <tbl:columndef 
187        id="itemSubtype"
188        property="itemSubtype"
189        sortproperty="itemSubtype.name"
190        exportproperty="itemSubtype.name:string"
191        datatype="int"
192        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
193        title="Type"
194        sortable="true" 
195        filterable="true"
196        exportable="true"
197      />
198      <tbl:columndef
199        id="id"
200        clazz="uniquecol"
201        property="id"
202        datatype="int"
203        title="ID"
204        sortable="true"
205        filterable="true"
206        exportable="true"
207      />
208      <tbl:columndef 
209        id="size"
210        property="size"
211        datatype="int"
212        title="Size"
213        sortable="true" 
214        filterable="true"
215        exportable="true"
216      />
217      <tbl:columndef
218        id="extracts"
219        title="Extracts"
220        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
221        datatype="string"
222        filterable="true"
223        exportable="true"
224      />
225      <tbl:columndef 
226        id="arraySlide"
227        property="arraySlide.name"
228        datatype="string"
229        title="Array slide"
230        sortable="true" 
231        filterable="true"
232        exportable="true"
233      />
234      <tbl:columndef
235        id="derivedBioAssays"
236        title="Derived bioassays"
237        property="&rootDerivedBioAssays(%name)"
238        datatype="string"
239        filterable="true"
240        exportable="true"
241      />
242      <tbl:columndef 
243        id="protocol"
244        property="creationEvent.protocol.name"
245        datatype="string"
246        title="Protocol"
247        sortable="true" 
248        filterable="true"
249        exportable="true"
250      />
251      <tbl:columndef
252        id="hardware"
253        property="creationEvent.hardware.name"
254        datatype="string"
255        title="Hardware"
256        sortable="true"
257        filterable="true"
258        exportable="true"
259      />
260      <tbl:columndef 
261        id="eventDate"
262        property="creationEvent.eventDate"
263        datatype="date"
264        title="Created"
265        sortable="true" 
266        filterable="true"
267        exportable="true"
268        formatter="<%=dateFormatter%>"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="entryDate"
272        property="creationEvent.entryDate"
273        datatype="date"
274        title="Registered"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278        formatter="<%=dateFormatter%>"
279      />
280      <tbl:columndef 
281        id="owner"
282        property="owner.name"
283        datatype="string"
284        title="Owner"
285        sortable="true" 
286        filterable="true"
287        exportable="true"
288      />
289      <tbl:columndef 
290        id="description"
291        property="description"
292        datatype="string"
293        title="Description" 
294        sortable="true" 
295        filterable="true" 
296        exportable="true"
297      />
298      <%
299      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
300      {
301        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
302        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
303        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
304        if (at.isEnumeration())
305        {
306          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
307          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
308          List<?> values = at.getValues();
309          for (Object value : values)
310          {
311            String encoded = formatter.format(value);
312            annotationEnum.add(encoded, encoded);
313          }
314        }
315        %>
316        <tbl:columndef 
317          id="<%="at"+at.getId()%>"
318          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+" [A]"%>" 
319          property="<%="#"+at.getId()%>"
320          annotation="true"
321          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
322          enumeration="<%=annotationEnum%>"
323          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
324          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1%>" 
325          filterable="true" 
326          exportable="true"
327          formatter="<%=formatter%>"
328          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
329        />
330        <%
331      }
332      %>
333      <tbl:columndef
334        id="permission"
335        title="Permission"
336      />
337      <tbl:columndef
338        id="sharedTo"
339        title="Shared to"
340        filterable="true"
341        filterproperty="!sharedTo.name"
342        datatype="string"
343      />
344      <tbl:columndef 
345        id="xt-columns" 
346        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
347        jspcontext="<%=jspContext%>" 
348      />
349      <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
350        <tbl:toolbar
351          subclass="bottomborder"
352          visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
353          >
354          <tbl:button 
355            id="btnNewItem"
356            disabled="<%=!createPermission%>" 
357            image="new.png" 
358            title="New&hellip;" 
359            tooltip="<%=createPermission ? "Create new physical bioassay" : "You do not have permission to create physical bioassays"%>" 
360          />
361          <tbl:button
362            id="btnNewMergedDerivedBioAssay"
363            disabled="<%=!createDerivedBioAssayPermission %>"
364            image="add.png"
365            title="New derived bioassay&hellip;"
366            tooltip="<%=createDerivedBioAssayPermission ? "Create new derived bioassay from the selected physical bioassays" : "You do not have permission to create derived bioassays"%>"
367          />
368          <tbl:button 
369            id="btnDeleteItems"
370            image="delete.png"
371            title="Delete" 
372            tooltip="Delete the selected items" 
373          />
374          <tbl:button 
375            id="btnRestoreItems"
376            image="restore.png"
377            title="Restore" 
378            tooltip="Restore the selected (deleted) items"
379          />
380          <tbl:button 
381            id="btnShareItems"
382            image="share.png"
383            title="Share&hellip;" 
384            tooltip="Share the selected items"
385          />
386          <tbl:button 
387            id="btnSetOwner"
388            image="take_ownership.png"
389            title="Set owner&hellip;"
390            tooltip="Change owner of the selected items"
391          />
392          <tbl:button 
393            id="btnColumns"
394            image="columns.png" 
395            title="Columns&hellip;" 
396            tooltip="Show, hide and re-order columns" 
397          />
398          <tbl:button 
399            id="btnImport"
400            data-plugin-type="IMPORT"
401            image="import.png" 
402            title="Import&hellip;" 
403            tooltip="Import data" 
404            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
405          />
406          <tbl:button 
407            id="btnExport"
408            data-plugin-type="EXPORT"
409            image="export.png" 
410            title="Export&hellip;" 
411            tooltip="Export data" 
412            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
413          />
414          <tbl:button 
415            id="btnRunPlugin"
416            data-plugin-type="OTHER"
417            image="runplugin.png" 
418            title="Run plugin&hellip;" 
419            tooltip="Run a plugin" 
420            visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
421          />
422          <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
423            wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
424        </tbl:toolbar>
425        <tbl:panel>
426          <tbl:presetselector />
427          <tbl:navigator
428            page="<%=cc.getPage()%>" 
429            rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
430            totalrows="<%=bioAssays == null ? 0 : bioAssays.getTotalCount()%>" 
431            visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
432          />
433        </tbl:panel>
434      </div>
435      <tbl:data>
436        <tbl:headers>
437          <tbl:headerrow>
438            <tbl:header colspan="3" />
439            <tbl:columnheaders />
440          </tbl:headerrow>
441          <tbl:headerrow>
442            <tbl:header subclass="index" />
443            <tbl:header 
444              subclass="check" 
445              visible="<%=mode.hasCheck()%>"
446              ><base:icon 
447                id="check.uncheck"
448                image="check_uncheck.png" 
449                tooltip="Check/uncheck all" 
450              /></tbl:header>
451            <tbl:header 
452              subclass="check" 
453              visible="<%=mode.hasRadio()%>"
454              />
455            <tbl:header 
456              subclass="icons" 
457              visible="<%=mode.hasIcons()%>"
458              />
459            <tbl:propertyfilter />
460          </tbl:headerrow>
461        </tbl:headers>
462        <tbl:rows>
463          <%
464          if (cc.getMessage() != null)
465          {
466            %>
467            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
468              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
469            </tbl:panel>
470            <%
471            cc.setMessage(null);
472          }
473          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
474          int selectedItemId = cc.getId();
475          if (bioAssays != null)
476          {           
477            while (bioAssays.hasNext())
478            {
479              PhysicalBioAssay item = bioAssays.next();
480              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
481              int itemId = item.getId();
482              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
483              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
484              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
485              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
486              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
487                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
488              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
489              index++;
490              numListed++;
491              %>
492              <tbl:row>
493                <tbl:header 
494                  clazz="index"
495                  ><%=index%></tbl:header>
496                <tbl:header 
497                  clazz="check" 
498                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
499                  ><input 
500                    type="checkbox" 
501                    name="<%=itemId%>" 
502                    value="<%=itemId%>" 
503                    title="<%=name%>" 
504                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
505                  ></tbl:header>
506                <tbl:header 
507                  clazz="check" 
508                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
509                  ><input 
510                    type="radio" 
511                    name="item_id" 
512                    value="<%=itemId%>" 
513                    title="<%=name%>" 
514                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
515                  ></tbl:header>
516                <tbl:header 
517                  clazz="icons" 
518                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
519                  ><base:icon 
520                    image="deleted.png"
521                    id="<%="delete."+itemId %>"
522                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
523                    data-item-id="<%=itemId%>"
524                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
525                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
526                  /><base:icon 
527                    image="shared.png" 
528                    id="<%="share."+itemId %>"
529                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
530                    data-item-id="<%=itemId%>"
531                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
532                    visible="<%=item.isShared()%>"
533                  />&nbsp;</tbl:header>
534                <tbl:cell column="name"><div
535                  class="link table-item"
536                  data-item-id="<%=itemId%>"
537                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
538                  tabindex="0"
539                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
540                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
541                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
542                    item="<%=item%>" 
543                    property="itemSubtype"
544                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
545                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
546                  /></tbl:cell>
547                <tbl:cell column="size"><%=item.getSize()%></tbl:cell>
548                <tbl:cell column="extracts">
549                  <%
550                  extractQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
551                  try
552                  {
553                    String separator = "";
554                    boolean needIndex = item.getSize() > 1;
555                    for (Extract extract : extractQuery.list(dc))
556                    {
557                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(extract);
558                      Tag tag = null;
559                      boolean readTag = true;
560                      try
561                      {
562                        tag = extract.getTag();
563                      }
564                      catch (PermissionDeniedException ex)
565                      {
566                        readTag = false;
567                      }
568                      out.write(separator);
569                      if (needIndex)
570                      {
571                        out.write(creationEvent.getEventSource(extract).getPosition() + ": ");
572                      }
573                      if (mode.hasPropertyLink())
574                      {
575                        out.write(Base.getLinkedName(ID, extract, false, mode.hasEditLink()));
576                      }
577                      else
578                      {
579                        out.write(HTML.encodeTags(extract.getName()));
580                      }
581                      if (tag != null || usedQuantity != null)
582                      {
583                        out.write(" (");
584                        if (usedQuantity != null)
585                        {
586                          out.write(numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg");
587                          if (tag != null) out.write("; ");
588                        }
589                        if (tag != null)
590                        {
591                          if (mode.hasPropertyLink())
592                          {
593                            out.write(Base.getLinkedName(ID, tag, !readTag, mode.hasEditLink()));
594                          }
595                          else
596                          {
597                            out.write(" (" + Base.getEncodedName(tag, !readTag));
598                          }
599                        }
600                        out.write(")");
601                      }
602                      separator = ", ";
603                    }
604                  }
605                  catch (Throwable t)
606                  {
607                    %>
608                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
609                    <%
610                  }
611                  %>             
612                </tbl:cell>
613                <tbl:cell column="arraySlide"
614                  ><base:propertyvalue 
615                    item="<%=item%>" 
616                    property="arraySlide"
617                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
618                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
619                  /></tbl:cell>
620                <tbl:cell column="derivedBioAssays">
621                  <%
622                  dbasQuery.setParameter("bioAssay", itemId, Type.INT);
623                  try
624                  {
625                    String separator = "";
626                    for (DerivedBioAssay dbas : dbasQuery.list(dc))
627                    {
628                      out.write(separator);
629                      if (mode.hasPropertyLink())
630                      {
631                        out.write(Base.getLinkedName(ID, dbas, false, mode.hasEditLink()));
632                      }
633                      else
634                      {
635                        out.write(HTML.encodeTags(dbas.getName()));
636                      }
637                      separator = ", ";
638                    }
639                  }
640                  catch (Throwable t)
641                  {
642                    %>
643                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
644                    <%
645                  }
646                  %>
647                  <base:icon
648                    subclass="link auto-init"
649                    data-auto-init="new-derived-bioassay"
650                    data-item-id="<%=itemId %>"
651                    image="add.png" 
652                    tooltip="Create new derived bioassay" 
653                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createDerivedBioAssayPermission && usePermission %>"
654                  />
655                </tbl:cell>
656                <tbl:cell column="protocol"
657                  ><base:propertyvalue 
658                    item="<%=creationEvent%>" 
659                    property="protocol"
660                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
661                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
662                  /></tbl:cell>
663                <tbl:cell column="hardware"
664                  ><base:propertyvalue 
665                    item="<%=creationEvent%>"
666                    property="hardware"
667                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
668                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
669                  /></tbl:cell>
670                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
671                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
672                <tbl:cell column="owner"
673                  ><base:propertyvalue 
674                    item="<%=item%>" 
675                    property="owner"
676                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
677                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
678                  /></tbl:cell>
679                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
680                <%
681                if (item.isAnnotated())
682                {
683                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
684                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
685                  {
686                    %>
687                    <tbl:cell 
688                      column="<%="at"+loader.getId()%>"
689                      ><%
690                      if (loader.find(snapshot)) 
691                      {
692                        %><tbl:cellvalue 
693                          list="<%=loader.getValues()%>"
694                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
695                        /><%
696                      }
697                      %></tbl:cell>
698                    <%
699                  }
700                }
701                %>
702                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
703                <tbl:cell column="sharedTo">
704                  <%
705                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
706                  while(sharees.hasNext())
707                  {
708                    Nameable n = sharees.next();
709                    if (mode.hasPropertyLink())
710                    {
711                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
712                    }
713                    else
714                    {
715                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
716                    }
717                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
718                  }
719                  %>
720                </tbl:cell>
721                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
722                  <tbl:cell column="xt-columns" />
723                </tbl:xt-cells>
724              </tbl:row>
725              <%
726              }
727            }
728          if (numListed == 0)
729          {
730            %>
731            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
732              <div class="messagecontainer note">
733              <%=bioAssays == null || bioAssays.getTotalCount() == 0 ? "No physical bioassays were found" : "No physical bioassays on this page. Please select another page!" %>
734              </div>
735            </tbl:panel>
736            <%
737          }
738          %>
739        </tbl:rows>
740      </tbl:data>
741    </tbl:table>
742    </div>
743   
744    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
745      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
746      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
747      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
748    </base:buttongroup>
749   
750  </base:body>
751  </base:page>
752  <%
753}
754finally
755{
756  if (bioAssays != null) bioAssays.close();
757  if (dc != null) dc.close();
758}
759%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.