source: branches/3.5-stable/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 6858

Last change on this file since 6858 was 6858, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

Fix some more javadoc warnings.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 33.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 6858 2015-04-15 05:57:19Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Sample"
32  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
36  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
37  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
39  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
40  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
41  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
42  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
43  import="net.sf.basedb.core.Unit"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
45  import="net.sf.basedb.core.Include"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
49  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
50  import="net.sf.basedb.core.Permission"
51  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
52  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
53  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
59  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
65  import="net.sf.basedb.core.Type"
66  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
67  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
68  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
74  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
81  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
82  import="net.sf.basedb.util.Values"
83  import="java.util.Iterator"
84  import="java.util.List"
85  import="java.util.Map"
86  import="java.util.Date"
87  import="java.util.ArrayList"
88%>
89<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
90<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
91<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
92<%!
93  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
94  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
101
102final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
103final String callback = request.getParameter("callback");
104final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
105final DbControl dc = sc.newDbControl();
106ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
107List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
108try
109{
110  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
111  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
115  }
116  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
117  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
118  {
119    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
120  }
121  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
122  final boolean createBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY);
123  final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
124
125  // Child bioassays
126  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
127  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
128  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
129  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
130  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
131  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
132
133  // Child raw bioassays
134  final ItemQuery<RawBioAssay> rawAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
135  rawAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
136  rawAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
137  rawAssayQuery.include(cc.getInclude());
138
139  // Child extracts
140  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
141  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
142  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
143  childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
144  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
145  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
146 
147  // Parent extracts
148  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
149  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
150  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
151  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
152  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
153  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
154 
155  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
156  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
157  try
158  {
159    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
160    System.out.println("ITERATE");
161    extracts = query.iterate(dc);
162    System.out.println("ITERATE2");
163  }
164  catch (Throwable t)
165  {
166    cc.setMessage(t.getMessage());
167    t.printStackTrace();
168  }
169  int numListed = 0;
170  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
171  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
172  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
173  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
174 
175  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
176  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
177  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
178  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
179  int maxRows = result.next().getRows();
180  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
181  {
182    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
183  }
184
185  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
186  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
187  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
188  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
189  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
190  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
191  {
192    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
193  }
194
195  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
196  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
197  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
198  %>
199  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
200  <base:head scripts="table.js,~extracts.js" styles="table.css,toolbar.css">
201    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
202    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
203  </base:head>
204 
205  <base:body>
206  <h1><%=title==null ? "Extracts" : title%></h1>
207  <div class="content">
208    <tbl:table 
209      id="extracts" 
210      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
211      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
212      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
213      action="index.jsp"
214      sc="<%=sc%>"
215      item="<%=itemType%>"
216      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
217      subclass="fulltable"
218      data-inherited-annotations="true"
219      >
220      <tbl:hidden 
221        name="mode" 
222        value="<%=mode.getName()%>" 
223      />
224      <tbl:hidden 
225        name="callback" 
226        value="<%=callback%>" 
227        skip="<%=callback == null%>" 
228      />
229      <tbl:columndef 
230        id="name"
231        property="name"
232        datatype="string"
233        title="Name"
234        sortable="true" 
235        filterable="true"
236        exportable="true"
237        show="always" 
238      />
239      <tbl:columndef 
240        id="itemSubtype"
241        property="itemSubtype"
242        sortproperty="itemSubtype.name"
243        exportproperty="itemSubtype.name:string"
244        datatype="int"
245        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
246        title="Type"
247        sortable="true" 
248        filterable="true"
249        exportable="true"
250      />
251      <tbl:columndef
252        id="id"
253        clazz="uniquecol"
254        property="id"
255        datatype="int"
256        title="ID"
257        sortable="true"
258        filterable="true"
259        exportable="true"
260      />
261      <tbl:columndef 
262        id="externalId"
263        property="externalId"
264        datatype="string"
265        title="External id"
266        sortable="true" 
267        filterable="true"
268        exportable="true"
269      />
270      <tbl:columndef 
271        id="originalQuantity"
272        property="originalQuantity"
273        datatype="float"
274        title="Original quantity (µg)"
275        sortable="true" 
276        filterable="true"
277        exportable="true"
278        unit="<%=microGram%>"
279        formatter="<%=numericFormatter%>"
280      />
281      <tbl:columndef 
282        id="remainingQuantity"
283        property="remainingQuantity"
284        datatype="float"
285        title="Remaining quantity (µg)"
286        sortable="true" 
287        filterable="true"
288        exportable="true"
289        unit="<%=microGram%>"
290        formatter="<%=numericFormatter%>"
291      />
292      <tbl:columndef 
293        id="tag"
294        property="tag.name"
295        datatype="string"
296        title="Tag"
297        sortable="true" 
298        filterable="true"
299        exportable="true"
300      />
301      <tbl:columndef 
302        id="protocol"
303        property="creationEvent.protocol"
304        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
305        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
306        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
307        datatype="string"
308        title="Protocol"
309        sortable="true" 
310        filterable="true"
311        exportable="true"
312      />
313      <tbl:columndef 
314        id="eventDate"
315        property="creationEvent.eventDate"
316        datatype="date"
317        title="Created"
318        sortable="true" 
319        filterable="true"
320        exportable="true"
321        formatter="<%=dateFormatter%>"
322      />
323      <tbl:columndef 
324        id="entryDate"
325        property="creationEvent.entryDate"
326        datatype="date"
327        title="Registered"
328        sortable="true" 
329        filterable="true"
330        exportable="true"
331        formatter="<%=dateFormatter%>"
332      />
333      <%
334      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
335      parentTypes.add("", "-none-");
336      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
337      parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
338      %>
339      <tbl:columndef
340        id="parentType"
341        title="Parent type"
342        property="parentType"
343        enumeration="<%=parentTypes%>"
344        datatype="int"
345        filterable="true"
346        exportable="true"
347        sortable="true"
348      />
349      <tbl:columndef
350        id="parents"
351        title="Parent items"
352        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
353        sortproperty="parent.name"
354        datatype="string"
355        filterable="true"
356        exportable="true"
357        sortable="true"
358      />
359      <tbl:columndef
360        id="children"
361        title="Child extracts"
362        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
363        datatype="string"
364        filterable="true"
365        exportable="true"
366      />
367      <tbl:columndef
368        id="physicalBioAssays"
369        title="Physical bioassays"
370        property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
371        datatype="string"
372        filterable="true"
373        exportable="true"
374      />
375      <tbl:columndef
376        id="rawBioAssays"
377        title="Raw bioassays"
378        property="&rawBioAssays(name)"
379        datatype="string"
380        filterable="true"
381        exportable="true"
382      />
383      <tbl:columndef 
384        id="bioPlate"
385        property="bioWell.bioPlate.name"
386        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
387        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
388        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
389        datatype="string"
390        title="Bioplate"
391        sortable="true" 
392        filterable="true"
393        exportable="true"
394      />
395      <tbl:columndef 
396        id="bioWellRow"
397        property="bioWell.row"
398        sortproperty="bioWell.row"
399        datatype="int"
400        title="Biowell row" 
401        filterable="true"
402        enumeration="<%=wellRows%>"
403        exportable="true"
404        sortable="true"
405        formatter="<%=rowFormatter%>"
406      />
407      <tbl:columndef 
408        id="bioWellColumn"
409        property="bioWell.column"
410        sortproperty="bioWell.column"
411        datatype="int"
412        title="Biowell column"   
413        filterable="true"
414        enumeration="<%=wellColumns%>"
415        exportable="true"
416        sortable="true"
417        formatter="<%=columnFormatter%>"
418      />   
419      <tbl:columndef 
420        id="owner"
421        property="owner.name"
422        datatype="string"
423        title="Owner"
424        sortable="true" 
425        filterable="true"
426        exportable="true"
427      />
428      <tbl:columndef 
429        id="description"
430        property="description"
431        datatype="string"
432        title="Description" 
433        sortable="true" 
434        filterable="true" 
435        exportable="true"
436      />     
437      <tbl:columndef
438        id="itemList"
439        property="§itemLists"
440        datatype="int"
441        title="Item list"
442        filterable="true"
443        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
444        multiple="false"
445      />
446      <%
447      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
448      {
449        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
450        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
451        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
452        if (at.isEnumeration())
453        {
454          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
455          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
456          List<?> values = at.getValues();
457          for (Object value : values)
458          {
459            String encoded = formatter.format(value);
460            annotationEnum.add(encoded, encoded);
461          }
462        }
463        %>
464        <tbl:columndef 
465          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
466          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
467          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
468          annotation="true"
469          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
470          enumeration="<%=annotationEnum%>"
471          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
472          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
473          filterable="true" 
474          exportable="true"
475          formatter="<%=formatter%>"
476          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
477        />
478        <%
479      }
480      %>
481      <tbl:columndef
482        id="permission"
483        title="Permission"
484      />
485      <tbl:columndef
486        id="sharedTo"
487        title="Shared to"
488        filterable="true"
489        filterproperty="!sharedTo.name"
490        datatype="string"
491      />
492      <tbl:columndef 
493        id="xt-columns" 
494        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
495        jspcontext="<%=jspContext%>" 
496      />
497    <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
498      <tbl:toolbar
499        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
500        subclass="bottomborder"
501        >
502        <tbl:button 
503          id="btnNewItem"
504          disabled="<%=!createPermission%>" 
505          image="new.png" 
506          title="New&hellip;" 
507          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
508        />
509        <tbl:button 
510          id="btnNewPooledItem"
511          disabled="<%=!createPermission%>" 
512          image="new_pooled.png" 
513          title="Pool&hellip;" 
514          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
515        />
516        <tbl:button 
517          id="btnNewPhysicalBioAssay"
518          disabled="<%=createBioAssayPermission ? false : true%>" 
519          image="add.png" 
520          title="New physical bioassay&hellip;" 
521          tooltip="<%=createBioAssayPermission ? "Create new bioassay with the selected extracts" : "You do not have permission to create bioassays"%>" 
522        />
523        <tbl:button 
524          id="btnDeleteItems"
525          image="delete.png"
526          title="Delete" 
527          tooltip="Delete the selected items" 
528        />
529        <tbl:button 
530          id="btnRestoreItems"
531          image="restore.png"
532          title="Restore" 
533          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
534        />
535        <tbl:button 
536          id="btnShareItems"
537          image="share.png"
538          title="Share&hellip;" 
539          tooltip="Share the selected items"
540        />
541        <tbl:button 
542          id="btnSetOwner"
543          image="take_ownership.png"
544          title="Set owner&hellip;"
545          tooltip="Change owner of the selected items"
546        />
547        <tbl:button 
548          id="btnColumns"
549          image="columns.png" 
550          title="Columns&hellip;" 
551          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
552        />
553        <tbl:button
554          id="btnNewItemList"
555          image="add.png"
556          title="New item list&hellip;"
557          tooltip="Create a new item list from matching extracts"
558          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
559        />
560        <tbl:button 
561          id="btnPlaceOnPlate"
562          image="place_on_plate.png" 
563          title="Place on plate&hellip;" 
564          tooltip="Place the selected/matching extracts on a bioplate" 
565        />
566        <tbl:button
567          id="btnInheritAnnotations"
568          image="inherit.png"
569          title="Inherit annotations&hellip;"
570          tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
571        />
572        <tbl:button 
573          id="btnImport"
574          data-plugin-type="IMPORT"
575          image="import.png" 
576          title="Import&hellip;" 
577          tooltip="Import data" 
578          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
579        />
580        <tbl:button 
581          id="btnExport"
582          data-plugin-type="EXPORT"
583          image="export.png" 
584          title="Export&hellip;" 
585          tooltip="Export data" 
586          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
587        />
588        <tbl:button 
589          id="btnRunPlugin"
590          data-plugin-type="OTHER"
591          image="runplugin.png" 
592          title="Run plugin&hellip;" 
593          tooltip="Run a plugin" 
594          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
595        />
596        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
597          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
598      </tbl:toolbar>
599      <tbl:panel>
600          <tbl:presetselector />
601        <tbl:navigator
602          page="<%=cc.getPage()%>" 
603          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
604          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
605          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
606        />
607      </tbl:panel>
608    </div>
609      <tbl:data>
610        <tbl:headers>
611          <tbl:headerrow>
612            <tbl:header colspan="3" />
613            <tbl:columnheaders />
614          </tbl:headerrow>
615          <%
616          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
617          int numRows = cc.getFilterRows();
618          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
619          {
620            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
621            %>
622            <tbl:headerrow>
623              <tbl:header subclass="index" />
624              <tbl:header 
625                subclass="check" 
626                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
627                ><base:icon 
628                  subclass="link table-check"
629                  image="check_uncheck.png" 
630                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
631                  visible="<%=lastRow%>"
632                /></tbl:header>
633              <tbl:header 
634                subclass="check" 
635                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
636                />
637              <tbl:header 
638                subclass="icons" 
639                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
640                >
641                <base:icon
642                  subclass="link table-filter-row-action"
643                  image="add.png"
644                  tooltip="Add extra filter row"
645                  visible="<%=lastRow%>"
646                /><base:icon
647                  subclass="link table-filter-row-action"
648                  image="remove.png"
649                  tooltip="Remove this filter row"
650                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
651                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
652                />
653              </tbl:header>
654              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
655            </tbl:headerrow>
656            <%
657          }
658          %>
659        </tbl:headers>
660        <tbl:rows>
661          <%
662          if (cc.getMessage() != null)
663          {
664            %>
665            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
666              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
667            </tbl:panel>
668            <%
669            cc.setMessage(null);
670          }
671          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
672          int selectedItemId = cc.getId();
673          if (extracts != null)
674          {           
675            while (extracts.hasNext())
676            {
677              Extract item = extracts.next();
678              Item parentType = item.getParentType();
679              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
680              int itemId = item.getId();
681              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
682             
683             
684              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
685              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
686              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
687              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
688                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
689              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
690              index++;
691              numListed++;
692              %>
693              <tbl:row>
694                <tbl:header 
695                  clazz="index"
696                  ><%=index%></tbl:header>
697                <tbl:header 
698                  clazz="check" 
699                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
700                  ><input 
701                    type="checkbox" 
702                    name="<%=itemId%>" 
703                    value="<%=itemId%>" 
704                    title="<%=name%>" 
705                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
706                  ></tbl:header>
707                <tbl:header 
708                  clazz="check" 
709                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
710                  ><input 
711                    type="radio" 
712                    name="item_id" 
713                    value="<%=itemId%>" 
714                    title="<%=name%>" 
715                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
716                  ></tbl:header>
717                <tbl:header 
718                  clazz="icons" 
719                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
720                  ><base:icon 
721                    image="deleted.png"
722                    id="<%="delete."+itemId %>"
723                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
724                    data-item-id="<%=itemId%>"
725                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
726                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
727                  /><base:icon 
728                    image="shared.png" 
729                    id="<%="share."+itemId %>"
730                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
731                    data-item-id="<%=itemId%>"
732                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
733                    visible="<%=item.isShared()%>"
734                  />&nbsp;</tbl:header>
735                <tbl:cell column="name"><div
736                  class="link table-item"
737                  data-item-id="<%=itemId%>"
738                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
739                  tabindex="0"
740                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
741                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
742                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
743                    item="<%=item%>" 
744                    property="itemSubtype"
745                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
746                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
747                  /></tbl:cell>
748                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
749                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
750                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
751                <tbl:cell column="tag"
752                  ><base:propertyvalue 
753                    item="<%=item%>" 
754                    property="tag"
755                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
756                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
757                  /></tbl:cell>
758                <tbl:cell column="protocol"
759                  ><base:propertyvalue 
760                    item="<%=creationEvent%>" 
761                    property="protocol"
762                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
763                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
764                  /></tbl:cell>
765                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
766                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
767                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
768                <tbl:cell column="parents">
769                  <%
770                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
771                  {
772                    Float usedQuantity = null;
773                    if (parentType != null)
774                    {
775                      try
776                      {
777                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((MeasuredBioMaterial)item.getParent());
778                      }
779                      catch (PermissionDeniedException ex)
780                      {}
781                    }
782                    %>
783                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent" />
784                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
785                    <%
786                  }
787                  else
788                  {
789                    String separator = "";
790                    parentExtractsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
791                    for (Extract e : parentExtractsQuery.list(dc))
792                    {
793                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(e);
794                      out.write(separator);
795                      if (mode.hasPropertyLink())
796                      {
797                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
798                      }
799                      else
800                      {
801                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
802                      }
803                      if (usedQuantity != null)
804                      {
805                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
806                      }
807                      separator = ", ";
808                    }
809                  }
810                  %>
811                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
812                </tbl:cell>
813                <tbl:cell column="children">
814                  <%
815                  childExtractsQuery.setEntityParameter("extract", item);
816                  String separator = "";
817                  for (Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
818                  {
819                    out.write(separator);
820                    if (mode.hasPropertyLink())
821                    {
822                      out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
823                    }
824                    else
825                    {
826                      out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
827                    }
828                    separator = ", ";
829                  }
830                  %>
831                  <base:icon
832                    id="<%="newextract."+itemId%>"
833                    image="add.png" 
834                    subclass="auto-init"
835                    data-auto-init="new-extract"
836                    data-item-id="<%=itemId %>"
837                    tooltip="Create new child extract" 
838                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
839                  />
840                </tbl:cell>
841                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
842                  <%                 
843                  try
844                  {
845                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
846                    String separator = "";
847                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
848                    {
849                      out.write(separator);
850                      if (mode.hasPropertyLink())
851                      {
852                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
853                      }
854                      else
855                      {
856                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
857                      }
858                      separator = ", ";
859                    }
860                  }
861                  catch (Throwable t)
862                  {
863                    %>
864                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
865                    <%
866                  }
867                  %>
868                </tbl:cell>
869                <tbl:cell column="rawBioAssays">
870                  <%                 
871                  try
872                  {
873                    rawAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
874                    String separator = "";
875                    for (RawBioAssay rba : rawAssayQuery.list(dc))
876                    {
877                      out.write(separator);
878                      if (mode.hasPropertyLink())
879                      {
880                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
881                      }
882                      else
883                      {
884                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
885                      }
886                      separator = ", ";
887                    }
888                  }
889                  catch (Throwable t)
890                  {
891                    %>
892                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
893                    <%
894                  }
895                  %>
896                  <base:icon
897                    id="<%="newRawBioAssay."+itemId%>"
898                    image="add.png" 
899                    subclass="auto-init"
900                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
901                    data-item-id="<%=itemId %>"
902                    tooltip="Create new raw bioassay from this extract" 
903                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
904                  />
905                </tbl:cell>
906                <%               
907                BioWell well = null;
908                boolean readBioWell = true;
909                try
910                {
911                  well = item.getBioWell();
912                }
913                catch(PermissionDeniedException e)
914                {
915                  readBioWell = false;
916                }
917                if (!readBioWell)
918                {
919                  %>
920                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
921                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
922                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
923                  <%
924                }
925                else if (well == null)
926                {
927                  %>
928                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
929                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
930                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
931                  <%
932                 
933                }
934                else
935                {               
936                  %>
937                  <tbl:cell column="bioWellRow">
938                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
939                  </tbl:cell>
940                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
941                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
942                  </tbl:cell>
943                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
944                  <%
945                }
946                %>
947                <tbl:cell column="owner"
948                  ><base:propertyvalue 
949                    item="<%=item%>" 
950                    property="owner"
951                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
952                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
953                  /></tbl:cell>
954                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
955                <%
956                if (item.isAnnotated())
957                {
958                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
959                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
960                  {
961                    %>
962                    <tbl:cell 
963                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
964                      ><%
965                      if (loader.find(snapshot)) 
966                      {
967                        %><tbl:cellvalue 
968                          list="<%=loader.getValues()%>"
969                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
970                        /><%
971                      }
972                      %></tbl:cell>
973                    <%
974                  }
975                }
976                %>
977                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
978                <tbl:cell column="sharedTo">
979                  <%
980                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
981                  while(sharees.hasNext())
982                  {
983                    Nameable n = sharees.next();
984                    if (mode.hasPropertyLink())
985                    {
986                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
987                    }
988                    else
989                    {
990                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
991                    }
992                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
993                  }
994                  %>
995                </tbl:cell>
996                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
997                  <tbl:cell column="xt-columns" />
998                </tbl:xt-cells>
999              </tbl:row>
1000              <%
1001              }
1002            }
1003            if (numListed == 0)
1004            {
1005              %>
1006              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
1007                <div class="messagecontainer note">
1008                <%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %>
1009                </div>
1010              </tbl:panel>
1011              <%
1012            }
1013          %>         
1014        </tbl:rows>
1015      </tbl:data>
1016    </tbl:table>
1017    </div>
1018    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
1019      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
1020      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
1021      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1022    </base:buttongroup>
1023   
1024  </base:body>
1025  </base:page>
1026  <%
1027}
1028finally
1029{
1030  if (extracts != null) extracts.close();
1031  if (dc != null) dc.close();
1032}
1033%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.