source: branches/3.5-stable/www/biomaterials/extracts/list_extracts.jsp @ 6859

Last change on this file since 6859 was 6859, checked in by Nicklas Nordborg, 7 years ago

Remove debug output.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 33.2 KB
Line 
1<%-- $Id: list_extracts.jsp 6859 2015-04-15 05:58:29Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Johan Enell, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.Item"
30  import="net.sf.basedb.core.Extract"
31  import="net.sf.basedb.core.Sample"
32  import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
33  import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
34  import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
35  import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
36  import="net.sf.basedb.core.BioWell"
37  import="net.sf.basedb.core.MeasuredBioMaterial"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
39  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
40  import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
41  import="net.sf.basedb.core.Annotation"
42  import="net.sf.basedb.core.Quantity"
43  import="net.sf.basedb.core.Unit"
44  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
45  import="net.sf.basedb.core.Include"
46  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
47  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
48  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
49  import="net.sf.basedb.core.Nameable"
50  import="net.sf.basedb.core.Permission"
51  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
52  import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
53  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
54  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
55  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
56  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
57  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
58  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
59  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
60  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationLoaderUtil"
61  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
62  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
63  import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
64  import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
65  import="net.sf.basedb.core.Type"
66  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
67  import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
68  import="net.sf.basedb.util.units.UnitUtil"
69  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
70  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
71  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
72  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
73  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
74  import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
75  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
76  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
77  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
78  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
79  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
80  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
81  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
82  import="net.sf.basedb.util.Values"
83  import="java.util.Iterator"
84  import="java.util.List"
85  import="java.util.Map"
86  import="java.util.Date"
87  import="java.util.ArrayList"
88%>
89<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
90<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
91<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
92<%!
93  private static final Item itemType = Item.EXTRACT;
94  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
95%>
96<%
97final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
98final String ID = sc.getId();
99final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
100final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
101
102final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
103final String callback = request.getParameter("callback");
104final String title = mode.generateTitle("extract", "extracts");
105final DbControl dc = sc.newDbControl();
106ItemResultIterator<Extract> extracts = null;
107List<AnnotationLoaderUtil> annotationLoaders = new ArrayList<AnnotationLoaderUtil>();
108try
109{
110  ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType);
111  SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
112  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
113  {
114    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at));
115  }
116  annotationTypeQuery = Base.getInheritedAnnotationColumns(cc.getSetting("columns"));
117  for (AnnotationType at : annotationTypeQuery.list(dc))
118  {
119    annotationLoaders.add(new AnnotationLoaderUtil(dc, manager, at, false, true));
120  }
121  final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
122  final boolean createBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.PHYSICALBIOASSAY);
123  final boolean createRawBioAssayPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.RAWBIOASSAY);
124
125  // Child bioassays
126  final ItemQuery<PhysicalBioAssay> bioAssayQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
127  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
128  bioAssayQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
129  bioAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
130  bioAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
131  bioAssayQuery.include(cc.getInclude());
132
133  // Child raw bioassays
134  final ItemQuery<RawBioAssay> rawAssayQuery = RawBioAssay.getQuery();
135  rawAssayQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentExtract"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
136  rawAssayQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
137  rawAssayQuery.include(cc.getInclude());
138
139  // Child extracts
140  final ItemQuery<Extract> childExtractsQuery = Extract.getQuery();
141  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("creationEvent", "ce"));
142  childExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("ce", "sources", "src"));
143  childExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("src", "bioMaterial"), Hql.entityParameter("extract", Item.EXTRACT)));
144  childExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
145  childExtractsQuery.include(cc.getInclude());
146 
147  // Parent extracts
148  final ItemQuery<Extract> parentExtractsQuery = Extract.getQuery();
149  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
150  parentExtractsQuery.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
151  parentExtractsQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("evt"), Hql.entityParameter("creationEvent", Item.BIOMATERIALEVENT)));
152  parentExtractsQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
153  parentExtractsQuery.include(cc.getInclude());
154 
155  Unit microGram = UnitUtil.getUnit(dc, Quantity.MASS, "µg");
156  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
157  try
158  {
159    final ItemQuery<Extract> query = Base.getConfiguredQuery(dc, cc, true, Extract.getQuery(), mode);
160    extracts = query.iterate(dc);
161  }
162  catch (Throwable t)
163  {
164    cc.setMessage(t.getMessage());
165    t.printStackTrace();
166  }
167  int numListed = 0;
168  Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
169  Formatter<Number> numericFormatter = FormatterFactory.getNumberFormatter(sc);
170  WellCoordinateFormatter rowFormatter = new WellCoordinateFormatter(true);
171  WellCoordinateFormatter columnFormatter = new WellCoordinateFormatter(false);
172 
173  Enumeration<String, String> wellRows = new Enumeration<String, String>();
174  ItemQuery<PlateGeometry> geometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
175  geometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("rows")));
176  ItemResultIterator<PlateGeometry> result = geometryQuery.iterate(dc);
177  int maxRows = result.next().getRows();
178  for (int r = 0; r < maxRows && r < 256; r++)
179  {
180    wellRows.add(Integer.toString(r), rowFormatter.format(r));
181  }
182
183  Enumeration<String, String> wellColumns = new Enumeration<String, String>();
184  ItemQuery<PlateGeometry> columnsGeometryQuery = PlateGeometry.getQuery(); 
185  columnsGeometryQuery.order(Orders.desc(Hql.property("columns")));
186  ItemResultIterator<PlateGeometry> columnsResult = columnsGeometryQuery.iterate(dc);
187  int maxColumns = columnsResult.next().getColumns();
188  for (int c = 0; c < maxColumns && c < 256; c++)
189  {
190    wellColumns.add(Integer.toString(c), columnFormatter.format(c));
191  }
192
193  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, null);
194  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
195  ExtensionsInvoker columnsInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
196  %>
197  <base:page title="<%=title==null ? "Extracts" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>" id="list-page">
198  <base:head scripts="table.js,~extracts.js" styles="table.css,toolbar.css">
199    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
200    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
201  </base:head>
202 
203  <base:body>
204  <h1><%=title==null ? "Extracts" : title%></h1>
205  <div class="content">
206    <tbl:table 
207      id="extracts" 
208      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
209      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
210      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
211      action="index.jsp"
212      sc="<%=sc%>"
213      item="<%=itemType%>"
214      filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
215      subclass="fulltable"
216      data-inherited-annotations="true"
217      >
218      <tbl:hidden 
219        name="mode" 
220        value="<%=mode.getName()%>" 
221      />
222      <tbl:hidden 
223        name="callback" 
224        value="<%=callback%>" 
225        skip="<%=callback == null%>" 
226      />
227      <tbl:columndef 
228        id="name"
229        property="name"
230        datatype="string"
231        title="Name"
232        sortable="true" 
233        filterable="true"
234        exportable="true"
235        show="always" 
236      />
237      <tbl:columndef 
238        id="itemSubtype"
239        property="itemSubtype"
240        sortproperty="itemSubtype.name"
241        exportproperty="itemSubtype.name:string"
242        datatype="int"
243        enumeration="<%=Enumeration.fromItems(subtypesQuery.list(dc), "-none-")%>"
244        title="Type"
245        sortable="true" 
246        filterable="true"
247        exportable="true"
248      />
249      <tbl:columndef
250        id="id"
251        clazz="uniquecol"
252        property="id"
253        datatype="int"
254        title="ID"
255        sortable="true"
256        filterable="true"
257        exportable="true"
258      />
259      <tbl:columndef 
260        id="externalId"
261        property="externalId"
262        datatype="string"
263        title="External id"
264        sortable="true" 
265        filterable="true"
266        exportable="true"
267      />
268      <tbl:columndef 
269        id="originalQuantity"
270        property="originalQuantity"
271        datatype="float"
272        title="Original quantity (µg)"
273        sortable="true" 
274        filterable="true"
275        exportable="true"
276        unit="<%=microGram%>"
277        formatter="<%=numericFormatter%>"
278      />
279      <tbl:columndef 
280        id="remainingQuantity"
281        property="remainingQuantity"
282        datatype="float"
283        title="Remaining quantity (µg)"
284        sortable="true" 
285        filterable="true"
286        exportable="true"
287        unit="<%=microGram%>"
288        formatter="<%=numericFormatter%>"
289      />
290      <tbl:columndef 
291        id="tag"
292        property="tag.name"
293        datatype="string"
294        title="Tag"
295        sortable="true" 
296        filterable="true"
297        exportable="true"
298      />
299      <tbl:columndef 
300        id="protocol"
301        property="creationEvent.protocol"
302        sortproperty="creationEvent.protocol.name"
303        filterproperty="creationEvent.protocol.name"
304        exportproperty="creationEvent.protocol.name"
305        datatype="string"
306        title="Protocol"
307        sortable="true" 
308        filterable="true"
309        exportable="true"
310      />
311      <tbl:columndef 
312        id="eventDate"
313        property="creationEvent.eventDate"
314        datatype="date"
315        title="Created"
316        sortable="true" 
317        filterable="true"
318        exportable="true"
319        formatter="<%=dateFormatter%>"
320      />
321      <tbl:columndef 
322        id="entryDate"
323        property="creationEvent.entryDate"
324        datatype="date"
325        title="Registered"
326        sortable="true" 
327        filterable="true"
328        exportable="true"
329        formatter="<%=dateFormatter%>"
330      />
331      <%
332      Enumeration<String, String> parentTypes = new Enumeration<String, String>();
333      parentTypes.add("", "-none-");
334      parentTypes.add(Integer.toString(Item.SAMPLE.getValue()), Item.SAMPLE.toString());
335      parentTypes.add(Integer.toString(Item.EXTRACT.getValue()), Item.EXTRACT.toString());
336      %>
337      <tbl:columndef
338        id="parentType"
339        title="Parent type"
340        property="parentType"
341        enumeration="<%=parentTypes%>"
342        datatype="int"
343        filterable="true"
344        exportable="true"
345        sortable="true"
346      />
347      <tbl:columndef
348        id="parents"
349        title="Parent items"
350        property="&creationEvent.sources(bioMaterial.name)"
351        sortproperty="parent.name"
352        datatype="string"
353        filterable="true"
354        exportable="true"
355        sortable="true"
356      />
357      <tbl:columndef
358        id="children"
359        title="Child extracts"
360        property="&childCreationEvents(event.bioMaterial.name)"
361        datatype="string"
362        filterable="true"
363        exportable="true"
364      />
365      <tbl:columndef
366        id="physicalBioAssays"
367        title="Physical bioassays"
368        property="&childCreationEvents(event.physicalBioAssay.name)"
369        datatype="string"
370        filterable="true"
371        exportable="true"
372      />
373      <tbl:columndef
374        id="rawBioAssays"
375        title="Raw bioassays"
376        property="&rawBioAssays(name)"
377        datatype="string"
378        filterable="true"
379        exportable="true"
380      />
381      <tbl:columndef 
382        id="bioPlate"
383        property="bioWell.bioPlate.name"
384        sortproperty="bioWell.bioPlate.name"
385        filterproperty="bioWell.bioPlate.name"
386        exportproperty="bioWell.bioPlate.name"
387        datatype="string"
388        title="Bioplate"
389        sortable="true" 
390        filterable="true"
391        exportable="true"
392      />
393      <tbl:columndef 
394        id="bioWellRow"
395        property="bioWell.row"
396        sortproperty="bioWell.row"
397        datatype="int"
398        title="Biowell row" 
399        filterable="true"
400        enumeration="<%=wellRows%>"
401        exportable="true"
402        sortable="true"
403        formatter="<%=rowFormatter%>"
404      />
405      <tbl:columndef 
406        id="bioWellColumn"
407        property="bioWell.column"
408        sortproperty="bioWell.column"
409        datatype="int"
410        title="Biowell column"   
411        filterable="true"
412        enumeration="<%=wellColumns%>"
413        exportable="true"
414        sortable="true"
415        formatter="<%=columnFormatter%>"
416      />   
417      <tbl:columndef 
418        id="owner"
419        property="owner.name"
420        datatype="string"
421        title="Owner"
422        sortable="true" 
423        filterable="true"
424        exportable="true"
425      />
426      <tbl:columndef 
427        id="description"
428        property="description"
429        datatype="string"
430        title="Description" 
431        sortable="true" 
432        filterable="true" 
433        exportable="true"
434      />     
435      <tbl:columndef
436        id="itemList"
437        property="§itemLists"
438        datatype="int"
439        title="Item list"
440        filterable="true"
441        enumeration="<%=Base.getItemListsEnum(dc, itemType, cc.getInclude())%>"
442        multiple="false"
443      />
444      <%
445      for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
446      {
447        AnnotationType at = loader.getAnnotationType();
448        Enumeration<String, String> annotationEnum = null;
449        Formatter formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
450        if (at.isEnumeration())
451        {
452          annotationEnum = new Enumeration<String, String>();
453          if (!at.getDisplayAsList()) annotationEnum.add("", "-none-");
454          List<?> values = at.getValues();
455          for (Object value : values)
456          {
457            String encoded = formatter.format(value);
458            annotationEnum.add(encoded, encoded);
459          }
460        }
461        %>
462        <tbl:columndef 
463          id="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+at.getId()%>"
464          title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())+(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? " [I]" : " [A]")%>" 
465          property="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "##" : "#")+at.getId()%>"
466          annotation="true"
467          datatype="<%=at.getValueType().getStringValue()%>"
468          enumeration="<%=annotationEnum%>"
469          smartenum="<%=at.getDisplayAsList() %>"
470          sortable="<%=at.getMultiplicity() == 1 && !loader.isSearchingInheritedAnnotations()%>" 
471          filterable="true" 
472          exportable="true"
473          formatter="<%=formatter%>"
474          unit="<%=at.getDefaultUnit()%>"
475        />
476        <%
477      }
478      %>
479      <tbl:columndef
480        id="permission"
481        title="Permission"
482      />
483      <tbl:columndef
484        id="sharedTo"
485        title="Shared to"
486        filterable="true"
487        filterproperty="!sharedTo.name"
488        datatype="string"
489      />
490      <tbl:columndef 
491        id="xt-columns" 
492        extensions="<%=columnsInvoker%>" 
493        jspcontext="<%=jspContext%>" 
494      />
495    <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
496      <tbl:toolbar
497        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
498        subclass="bottomborder"
499        >
500        <tbl:button 
501          id="btnNewItem"
502          disabled="<%=!createPermission%>" 
503          image="new.png" 
504          title="New&hellip;" 
505          tooltip="<%=createPermission ? "Create new extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
506        />
507        <tbl:button 
508          id="btnNewPooledItem"
509          disabled="<%=!createPermission%>" 
510          image="new_pooled.png" 
511          title="Pool&hellip;" 
512          tooltip="<%=createPermission ? "Create new pooled extract" : "You do not have permission to create extracts"%>" 
513        />
514        <tbl:button 
515          id="btnNewPhysicalBioAssay"
516          disabled="<%=createBioAssayPermission ? false : true%>" 
517          image="add.png" 
518          title="New physical bioassay&hellip;" 
519          tooltip="<%=createBioAssayPermission ? "Create new bioassay with the selected extracts" : "You do not have permission to create bioassays"%>" 
520        />
521        <tbl:button 
522          id="btnDeleteItems"
523          image="delete.png"
524          title="Delete" 
525          tooltip="Delete the selected items" 
526        />
527        <tbl:button 
528          id="btnRestoreItems"
529          image="restore.png"
530          title="Restore" 
531          tooltip="Restore the selected (deleted) items"
532        />
533        <tbl:button 
534          id="btnShareItems"
535          image="share.png"
536          title="Share&hellip;" 
537          tooltip="Share the selected items"
538        />
539        <tbl:button 
540          id="btnSetOwner"
541          image="take_ownership.png"
542          title="Set owner&hellip;"
543          tooltip="Change owner of the selected items"
544        />
545        <tbl:button 
546          id="btnColumns"
547          image="columns.png" 
548          title="Columns&hellip;" 
549          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
550        />
551        <tbl:button
552          id="btnNewItemList"
553          image="add.png"
554          title="New item list&hellip;"
555          tooltip="Create a new item list from matching extracts"
556          visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.ITEMLIST)%>"
557        />
558        <tbl:button 
559          id="btnPlaceOnPlate"
560          image="place_on_plate.png" 
561          title="Place on plate&hellip;" 
562          tooltip="Place the selected/matching extracts on a bioplate" 
563        />
564        <tbl:button
565          id="btnInheritAnnotations"
566          image="inherit.png"
567          title="Inherit annotations&hellip;"
568          tooltip="Batch inherit annotations from parent items"
569        />
570        <tbl:button 
571          id="btnImport"
572          data-plugin-type="IMPORT"
573          image="import.png" 
574          title="Import&hellip;" 
575          tooltip="Import data" 
576          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
577        />
578        <tbl:button 
579          id="btnExport"
580          data-plugin-type="EXPORT"
581          image="export.png" 
582          title="Export&hellip;" 
583          tooltip="Export data" 
584          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
585        />
586        <tbl:button 
587          id="btnRunPlugin"
588          data-plugin-type="OTHER"
589          image="runplugin.png" 
590          title="Run plugin&hellip;" 
591          tooltip="Run a plugin" 
592          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
593        />
594        <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
595          wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
596      </tbl:toolbar>
597      <tbl:panel>
598          <tbl:presetselector />
599        <tbl:navigator
600          page="<%=cc.getPage()%>" 
601          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
602          totalrows="<%=extracts == null ? 0 : extracts.getTotalCount()%>" 
603          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
604        />
605      </tbl:panel>
606    </div>
607      <tbl:data>
608        <tbl:headers>
609          <tbl:headerrow>
610            <tbl:header colspan="3" />
611            <tbl:columnheaders />
612          </tbl:headerrow>
613          <%
614          int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
615          int numRows = cc.getFilterRows();
616          for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
617          {
618            boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
619            %>
620            <tbl:headerrow>
621              <tbl:header subclass="index" />
622              <tbl:header 
623                subclass="check" 
624                visible="<%=mode.hasCheck()%>"
625                ><base:icon 
626                  subclass="link table-check"
627                  image="check_uncheck.png" 
628                  tooltip="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)" 
629                  visible="<%=lastRow%>"
630                /></tbl:header>
631              <tbl:header 
632                subclass="check" 
633                visible="<%=mode.hasRadio()%>"
634                />
635              <tbl:header 
636                subclass="icons" 
637                visible="<%=mode.hasIcons()%>"
638                >
639                <base:icon
640                  subclass="link table-filter-row-action"
641                  image="add.png"
642                  tooltip="Add extra filter row"
643                  visible="<%=lastRow%>"
644                /><base:icon
645                  subclass="link table-filter-row-action"
646                  image="remove.png"
647                  tooltip="Remove this filter row"
648                  visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
649                  data-remove-row="<%=filterNo%>"
650                />
651              </tbl:header>
652              <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
653            </tbl:headerrow>
654            <%
655          }
656          %>
657        </tbl:headers>
658        <tbl:rows>
659          <%
660          if (cc.getMessage() != null)
661          {
662            %>
663            <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
664              <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
665            </tbl:panel>
666            <%
667            cc.setMessage(null);
668          }
669          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
670          int selectedItemId = cc.getId();
671          if (extracts != null)
672          {           
673            while (extracts.hasNext())
674            {
675              Extract item = extracts.next();
676              Item parentType = item.getParentType();
677              BioMaterialEvent creationEvent = item.getCreationEvent();
678              int itemId = item.getId();
679              boolean usePermission = item.hasPermission(Permission.USE);
680             
681             
682              boolean deletePermission = item.hasPermission(Permission.DELETE);
683              boolean sharePermission = item.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
684              boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.WRITE);
685              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
686                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
687              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
688              index++;
689              numListed++;
690              %>
691              <tbl:row>
692                <tbl:header 
693                  clazz="index"
694                  ><%=index%></tbl:header>
695                <tbl:header 
696                  clazz="check" 
697                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
698                  ><input 
699                    type="checkbox" 
700                    name="<%=itemId%>" 
701                    value="<%=itemId%>" 
702                    title="<%=name%>" 
703                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
704                  ></tbl:header>
705                <tbl:header 
706                  clazz="check" 
707                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
708                  ><input 
709                    type="radio" 
710                    name="item_id" 
711                    value="<%=itemId%>" 
712                    title="<%=name%>" 
713                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
714                  ></tbl:header>
715                <tbl:header 
716                  clazz="icons" 
717                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
718                  ><base:icon 
719                    image="deleted.png"
720                    id="<%="delete."+itemId %>"
721                    subclass="<%=deletePermission ? "table-delete-item" : null %>"
722                    data-item-id="<%=itemId%>"
723                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
724                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
725                  /><base:icon 
726                    image="shared.png" 
727                    id="<%="share."+itemId %>"
728                    subclass="<%=sharePermission ? "table-share-item" : null %>"
729                    data-item-id="<%=itemId%>"
730                    tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects" 
731                    visible="<%=item.isShared()%>"
732                  />&nbsp;</tbl:header>
733                <tbl:cell column="name"><div
734                  class="link table-item"
735                  data-item-id="<%=itemId%>"
736                  data-no-edit="<%=writePermission ? 0 : 1 %>" 
737                  tabindex="0"
738                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
739                <tbl:cell column="id"><%=item.getId()%></tbl:cell>
740                <tbl:cell column="itemSubtype"><base:propertyvalue 
741                    item="<%=item%>" 
742                    property="itemSubtype"
743                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
744                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
745                  /></tbl:cell>
746                <tbl:cell column="externalId"><%=HTML.encodeTags(item.getExternalId())%></tbl:cell>
747                <tbl:cell column="originalQuantity" value="<%=item.getOriginalQuantity()%>" />
748                <tbl:cell column="remainingQuantity" value="<%=item.getRemainingQuantity()%>" />
749                <tbl:cell column="tag"
750                  ><base:propertyvalue 
751                    item="<%=item%>" 
752                    property="tag"
753                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
754                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
755                  /></tbl:cell>
756                <tbl:cell column="protocol"
757                  ><base:propertyvalue 
758                    item="<%=creationEvent%>" 
759                    property="protocol"
760                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
761                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
762                  /></tbl:cell>
763                <tbl:cell column="eventDate" value="<%=creationEvent.getEventDate()%>" />
764                <tbl:cell column="entryDate" value="<%=creationEvent.getEntryDate()%>" />
765                <tbl:cell column="parentType"><%=parentType == null ? "" : parentType.toString() %></tbl:cell>
766                <tbl:cell column="parents">
767                  <%
768                  if (item.hasSingleParent() || parentType == null)
769                  {
770                    Float usedQuantity = null;
771                    if (parentType != null)
772                    {
773                      try
774                      {
775                        usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity((MeasuredBioMaterial)item.getParent());
776                      }
777                      catch (PermissionDeniedException ex)
778                      {}
779                    }
780                    %>
781                    <base:propertyvalue item="<%=item%>" property="parent" />
782                    <%=usedQuantity != null ? "(" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)" : ""%>
783                    <%
784                  }
785                  else
786                  {
787                    String separator = "";
788                    parentExtractsQuery.setEntityParameter("creationEvent", creationEvent);
789                    for (Extract e : parentExtractsQuery.list(dc))
790                    {
791                      Float usedQuantity = creationEvent.getUsedQuantity(e);
792                      out.write(separator);
793                      if (mode.hasPropertyLink())
794                      {
795                        out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
796                      }
797                      else
798                      {
799                        out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
800                      }
801                      if (usedQuantity != null)
802                      {
803                        out.write(" (" + numericFormatter.format(usedQuantity) + "µg)");
804                      }
805                      separator = ", ";
806                    }
807                  }
808                  %>
809                  <%=parentType != null ? "<span class=\"itemsubtype\">(" + parentType + ")</span>" : "" %>
810                </tbl:cell>
811                <tbl:cell column="children">
812                  <%
813                  childExtractsQuery.setEntityParameter("extract", item);
814                  String separator = "";
815                  for (Extract e : childExtractsQuery.list(dc))
816                  {
817                    out.write(separator);
818                    if (mode.hasPropertyLink())
819                    {
820                      out.write(Base.getLinkedName(ID, e, false, mode.hasEditLink()));
821                    }
822                    else
823                    {
824                      out.write(HTML.encodeTags(e.getName()));
825                    }
826                    separator = ", ";
827                  }
828                  %>
829                  <base:icon
830                    id="<%="newextract."+itemId%>"
831                    image="add.png" 
832                    subclass="auto-init"
833                    data-auto-init="new-extract"
834                    data-item-id="<%=itemId %>"
835                    tooltip="Create new child extract" 
836                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createPermission && usePermission %>"
837                  />
838                </tbl:cell>
839                <tbl:cell column="physicalBioAssays">
840                  <%                 
841                  try
842                  {
843                    bioAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
844                    String separator = "";
845                    for (PhysicalBioAssay pba : bioAssayQuery.list(dc))
846                    {
847                      out.write(separator);
848                      if (mode.hasPropertyLink())
849                      {
850                        out.write(Base.getLinkedName(ID, pba, false, mode.hasEditLink()));
851                      }
852                      else
853                      {
854                        out.write(HTML.encodeTags(pba.getName()));
855                      }
856                      separator = ", ";
857                    }
858                  }
859                  catch (Throwable t)
860                  {
861                    %>
862                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
863                    <%
864                  }
865                  %>
866                </tbl:cell>
867                <tbl:cell column="rawBioAssays">
868                  <%                 
869                  try
870                  {
871                    rawAssayQuery.setEntityParameter("extract", item);
872                    String separator = "";
873                    for (RawBioAssay rba : rawAssayQuery.list(dc))
874                    {
875                      out.write(separator);
876                      if (mode.hasPropertyLink())
877                      {
878                        out.write(Base.getLinkedName(ID, rba, false, mode.hasEditLink()));
879                      }
880                      else
881                      {
882                        out.write(HTML.encodeTags(rba.getName()));
883                      }
884                      separator = ", ";
885                    }
886                  }
887                  catch (Throwable t)
888                  {
889                    %>
890                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
891                    <%
892                  }
893                  %>
894                  <base:icon
895                    id="<%="newRawBioAssay."+itemId%>"
896                    image="add.png" 
897                    subclass="auto-init"
898                    data-auto-init="new-raw-bioassay"
899                    data-item-id="<%=itemId %>"
900                    tooltip="Create new raw bioassay from this extract" 
901                    visible="<%=mode.hasEditLink() && createRawBioAssayPermission && usePermission %>"
902                  />
903                </tbl:cell>
904                <%               
905                BioWell well = null;
906                boolean readBioWell = true;
907                try
908                {
909                  well = item.getBioWell();
910                }
911                catch(PermissionDeniedException e)
912                {
913                  readBioWell = false;
914                }
915                if (!readBioWell)
916                {
917                  %>
918                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
919                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
920                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- denied -</i> </tbl:cell>
921                  <%
922                }
923                else if (well == null)
924                {
925                  %>
926                  <tbl:cell column="bioWellRow"><i>- none -</i> </tbl:cell>
927                  <tbl:cell column="bioWellColumn"><i>- none -</i> </tbl:cell>
928                  <tbl:cell column="bioPlate"><i>- none -</i> </tbl:cell>
929                  <%
930                 
931                }
932                else
933                {               
934                  %>
935                  <tbl:cell column="bioWellRow">
936                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getRow()%>"/>
937                  </tbl:cell>
938                  <tbl:cell column="bioWellColumn">
939                    <tbl:cellvalue value="<%=well.getColumn()%>"/>
940                  </tbl:cell>
941                  <tbl:cell column="bioPlate"><%=Base.getLinkedName(ID, well.getPlate(), false, true)%></tbl:cell>
942                  <%
943                }
944                %>
945                <tbl:cell column="owner"
946                  ><base:propertyvalue 
947                    item="<%=item%>" 
948                    property="owner"
949                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
950                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
951                  /></tbl:cell>
952                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>               
953                <%
954                if (item.isAnnotated())
955                {
956                  AnnotationSetSnapshot snapshot = manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId());
957                  for (AnnotationLoaderUtil loader : annotationLoaders)
958                  {
959                    %>
960                    <tbl:cell 
961                      column="<%=(loader.isSearchingInheritedAnnotations() ? "ia" : "at")+loader.getId()%>"
962                      ><%
963                      if (loader.find(snapshot)) 
964                      {
965                        %><tbl:cellvalue 
966                          list="<%=loader.getValues()%>"
967                          suffix="<%=loader.getUnitSymbol()%>"
968                        /><%
969                      }
970                      %></tbl:cell>
971                    <%
972                  }
973                }
974                %>
975                <tbl:cell column="permission"><%=PermissionUtil.getShortPermissions(item)%></tbl:cell>
976                <tbl:cell column="sharedTo">
977                  <%
978                  Iterator<Nameable> sharees = ShareableUtil.getSharedTo(dc, item).iterator();
979                  while(sharees.hasNext())
980                  {
981                    Nameable n = sharees.next();
982                    if (mode.hasPropertyLink())
983                    {
984                      out.write(Base.getLinkedName(ID, n, false, mode.hasEditLink()));
985                    }
986                    else
987                    {
988                      out.write(HTML.encodeTags(n.getName()));
989                    }
990                    out.write(sharees.hasNext() ? ", " : "");
991                  }
992                  %>
993                </tbl:cell>
994                <tbl:xt-cells dc="<%=dc%>" item="<%=item%>">
995                  <tbl:cell column="xt-columns" />
996                </tbl:xt-cells>
997              </tbl:row>
998              <%
999              }
1000            }
1001            if (numListed == 0)
1002            {
1003              %>
1004              <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
1005                <div class="messagecontainer note">
1006                <%=extracts == null || extracts.getTotalCount() == 0 ? "No extracts were found" : "No extracts on this page. Please select another page!" %>
1007                </div>
1008              </tbl:panel>
1009              <%
1010            }
1011          %>         
1012        </tbl:rows>
1013      </tbl:data>
1014    </tbl:table>
1015    </div>
1016    <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
1017      <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
1018      <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
1019      <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
1020    </base:buttongroup>
1021   
1022  </base:body>
1023  </base:page>
1024  <%
1025}
1026finally
1027{
1028  if (extracts != null) extracts.close();
1029  if (dc != null) dc.close();
1030}
1031%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.