source: branches/filedb/www/admin/datafiletypes/list_filetypes.jsp @ 3798

Last change on this file since 3798 was 3798, checked in by Nicklas Nordborg, 15 years ago

References #721: Changed systemId to externalId in JSP as well

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 15.8 KB
Line 
1<%-- $Id: list_filetypes.jsp 3798 2007-09-28 06:45:09Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
4
5  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6  Available at http://base.thep.lu.se/
7
8  BASE is free software; you can redistribute it and/or
9  modify it under the terms of the GNU General Public License
10  as published by the Free Software Foundation; either version 2
11  of the License, or (at your option) any later version.
12
13  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
14  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16  GNU General Public License for more details.
17
18  You should have received a copy of the GNU General Public License
19  along with this program; if not, write to the Free Software
20  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
21  Boston, MA  02111-1307, USA.
22  ------------------------------------------------------------------
23
24  @author Nicklas
25  @version 2.0
26--%>
27<%@ page session="false"
28  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
29  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
32  import="net.sf.basedb.core.FileType"
33  import="net.sf.basedb.core.PlatformFileType"
34  import="net.sf.basedb.core.Platform"
35  import="net.sf.basedb.core.PlatformVariant"
36  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
37  import="net.sf.basedb.core.Include"
38  import="net.sf.basedb.core.Type"
39  import="net.sf.basedb.core.Metadata"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
43  import="net.sf.basedb.core.Permission"
44  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
45  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
46  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
47  import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
49  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
50  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
51  import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
53  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
54  import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
56  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
58  import="net.sf.basedb.util.Values"
59  import="java.util.List"
60  import="java.util.Map"
61  import="java.util.Date"
62%>
63<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
64<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
65<%!
66  private static final Item itemType = Item.DATAFILETYPE;
67  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
68  private static final Enumeration<String, String> items = new Enumeration<String, String>();
69  static
70  {
71    for (Item item : Metadata.getFileStoreEnabledItems())
72    {
73      items.add(Integer.toString(item.getValue()), item.toString());
74    }
75  }
76%>
77<%
78final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, Permission.DENIED, itemType);
79final String ID = sc.getId();
80final boolean createPermission = sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType);
81final boolean writePermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, itemType);
82final boolean deletePermission = sc.hasPermission(Permission.DELETE, itemType);
83final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
84
85final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
86final String callback = request.getParameter("callback");
87final String title = mode.generateTitle("data file type", "data file types");
88final DbControl dc = sc.newDbControl();
89ItemResultIterator<DataFileType> fileTypes = null;
90try
91{
92  // Query to get the platforms a file type is registerd with
93  final ItemQuery<PlatformFileType> platformQuery = PlatformFileType.getQuery(null, null, false);
94  platformQuery.include(cc.getInclude());
95  platformQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("dataFileType"), Expressions.parameter("fileType")));
96  platformQuery.order(Orders.asc(Hql.property("platform.name"))); 
97 
98  // Get all file types
99  final ItemQuery<FileType> typeQuery = FileType.getQuery();
100  typeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
101  typeQuery.setCacheResult(true);
102  Enumeration<String, String> genericTypes = new Enumeration<String, String>();
103  for (FileType ft : typeQuery.list(dc))
104  {
105    genericTypes.add(Integer.toString(ft.getId()), ft.getName());
106  }
107
108  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
109  try
110  {
111    final ItemQuery<DataFileType> query = Base.getConfiguredQuery(cc, true, DataFileType.getQuery(), mode);
112    fileTypes = query.iterate(dc);
113  }
114  catch (Throwable t)
115  {
116    cc.setMessage(t.getMessage());
117  }
118  int numListed = 0;
119  %>
120  <%@page import="net.sf.basedb.core.PlatformFileType"%>
121<base:page title="<%=title==null ? "Data file types" : title%>" type="<%=mode.getPageType()%>">
122  <base:head scripts="menu.js,table.js" styles="menu.css,table.css">
123    <script language="JavaScript">
124    var submitPage = 'index.jsp';
125    var formId = 'fileTypes';
126    function newItem()
127    {
128      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', 0, true);
129    }
130    function editItem(itemId)
131    {
132      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, true);
133    }
134    function viewItem(itemId)
135    {
136      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', itemId, false);
137    }
138    function itemOnClick(evt, itemId)
139    {
140      Table.itemOnClick(formId, evt, itemId, '<%=mode.getName()%>', viewItem, editItem, returnSelected);
141    }
142    function deleteItems()
143    {
144      var frm = document.forms[formId];
145      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
146      {
147        alert('Please select at least one item in the list');
148        return;
149      }
150      frm.action = submitPage;
151      frm.cmd.value = 'DeleteItems';
152      frm.submit();
153    }
154    function restoreItems()
155    {
156      var frm = document.forms[formId];
157      if (Forms.numChecked(frm) == 0)
158      {
159        alert('Please select at least one item in the list');
160        return;
161      }
162      frm.action = submitPage;
163      frm.cmd.value = 'RestoreItems';
164      frm.submit();
165    }
166    function configureColumns()
167    {
168      Table.configureColumns('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
169    }
170    function runPlugin(cmd)
171    {
172      Table.submitToPopup(formId, cmd, 740, 540);
173    }
174    function returnSelected()
175    {
176      Table.returnSelected(formId, <%=callback != null ? "window.opener."+callback : "null" %>);
177      window.close();
178    }
179    function presetOnChange()
180    {
181      Table.presetOnChange('<%=ID%>', formId, '<%=itemType.name()%>', '<%=(String)cc.getObject("defaultColumns")%>');
182    }
183    </script>
184  </base:head>
185 
186  <base:body>
187    <%
188    if (cc.getMessage() != null)
189    {
190      %>
191      <div class="error"><%=cc.getMessage()%></div>
192      <%
193      cc.setMessage(null);
194    }
195    %>
196    <tbl:table 
197      id="fileTypes" 
198      clazz="itemlist" 
199      columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
200      sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
201      direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
202      title="<%=title%>"
203      action="index.jsp"
204      sc="<%=sc%>"
205      item="<%=itemType%>"
206      >
207      <tbl:hidden 
208        name="mode" 
209        value="<%=mode.getName()%>" 
210      />
211      <tbl:hidden 
212        name="callback" 
213        value="<%=callback%>" 
214        skip="<%=callback == null%>" 
215      />
216      <tbl:columndef 
217        id="name"
218        property="name"
219        datatype="string"
220        title="Name"
221        sortable="true" 
222        filterable="true"
223        exportable="true"
224        show="always" 
225      />
226      <tbl:columndef 
227        id="externalId"
228        property="externalId"
229        datatype="string"
230        title="External ID"
231        sortable="true"
232        filterable="true"
233        exportable="true"
234      />
235      <tbl:columndef 
236        id="extension"
237        property="extension"
238        datatype="string"
239        title="File extension"
240        sortable="true"
241        filterable="true"
242        exportable="true"
243      />
244      <tbl:columndef 
245        id="itemType"
246        property="itemType"
247        datatype="int"
248        title="Item type"
249        enumeration="<%=items%>"
250        sortable="true"
251        filterable="true"
252        exportable="true"
253      />
254      <tbl:columndef 
255        id="genericType"
256        property="genericType"
257        sortproperty="genericType.name"
258        exportproperty="genericType.name"
259        datatype="int"
260        enumeration="<%=genericTypes%>"
261        title="Generic type"
262        sortable="true" 
263        filterable="true"
264        exportable="true"
265      /> 
266      <tbl:columndef 
267        id="validatorClass"
268        property="validatorClass"
269        datatype="string"
270        title="Validator" 
271        sortable="true" 
272        filterable="true" 
273        exportable="true"
274      />
275      <tbl:columndef 
276        id="metadataReaderClass"
277        property="metadataReaderClass"
278        datatype="string"
279        title="Metadata reader" 
280        sortable="true" 
281        filterable="true" 
282        exportable="true"
283      />
284      <tbl:columndef
285        id="platforms"
286        title="Platforms"
287      />
288      <tbl:columndef 
289        id="description"
290        property="description"
291        datatype="string"
292        title="Description" 
293        sortable="true" 
294        filterable="true" 
295        exportable="true"
296      />
297      <tbl:toolbar
298        visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
299        >
300        <tbl:button 
301          disabled="<%=createPermission ? false : true%>" 
302          image="<%=createPermission ? "new.gif" : "new_disabled.gif"%>" 
303          onclick="newItem()" 
304          title="New&hellip;" 
305          tooltip="<%=createPermission ? "Create data file type" : "You do not have permission to create data file types"%>" 
306        />
307        <tbl:button 
308          disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
309          image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
310          onclick="deleteItems()" 
311          title="Delete" 
312          tooltip="<%=deletePermission ? "Delete the selected items" : "You do not have permission to delete data file types" %>" 
313        />
314        <tbl:button 
315          disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
316          image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
317          onclick="restoreItems()" 
318          title="Restore" 
319          tooltip="<%=writePermission ? "Restore the selected (deleted) items" : "You do not have permission to edit date file types" %>" 
320        />
321        <tbl:button 
322          image="columns.gif" 
323          onclick="configureColumns()" 
324          title="Columns&hellip;" 
325          tooltip="Show, hide and re-order columns" 
326        />
327        <tbl:button 
328          image="import.gif" 
329          onclick="runPlugin('ImportItems')" 
330          title="Import&hellip;" 
331          tooltip="Import data" 
332          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
333        />
334        <tbl:button 
335          image="export.gif" 
336          onclick="runPlugin('ExportItems')" 
337          title="Export&hellip;" 
338          tooltip="Export data" 
339          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
340        />
341        <tbl:button 
342          image="runplugin.gif" 
343          onclick="runPlugin('RunListPlugin')" 
344          title="Run plugin&hellip;" 
345          tooltip="Run a plugin" 
346          visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
347        />
348      </tbl:toolbar>
349      <tbl:navigator
350        page="<%=cc.getPage()%>" 
351        rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
352        totalrows="<%=fileTypes == null ? 0 : fileTypes.getTotalCount()%>" 
353        visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
354      />
355      <tbl:data>
356        <tbl:columns>
357        <tbl:presetselector 
358          clazz="columnheader"
359          colspan="3"
360          onchange="presetOnChange()"
361        />
362        </tbl:columns>
363
364        <tr>
365          <tbl:header 
366            clazz="index"
367            >&nbsp;</tbl:header>
368          <tbl:header 
369            clazz="check" 
370            visible="<%=mode.hasCheck()%>"
371            ><base:icon 
372              image="check_uncheck.gif" 
373              tooltip="Check/uncheck all" 
374              onclick="Forms.checkUncheck(document.forms[formId])" style="align: left;"
375            /></tbl:header>
376          <tbl:header 
377            clazz="check" 
378            visible="<%=mode.hasRadio()%>"
379            >&nbsp;</tbl:header>
380          <tbl:header 
381            clazz="icons" 
382            visible="<%=mode.hasIcons()%>"
383            >&nbsp;</tbl:header>
384          <tbl:propertyfilter />
385        </tr>
386         
387          <tbl:rows>
388          <%
389          int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
390          int selectedItemId = cc.getId();
391          if (fileTypes != null)
392          {           
393            while (fileTypes.hasNext())
394            {
395              DataFileType item = fileTypes.next();
396              int itemId = item.getId();
397              String name = HTML.encodeTags(item.getName());
398              String tooltip = mode.isSelectionMode() ? 
399                  "Select this item" : "View this item" + (writePermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : ""); 
400              index++;
401              numListed++;
402              %>
403              <tbl:row>
404                <tbl:header 
405                  clazz="index"
406                  ><%=index%></tbl:header>
407                <tbl:header 
408                  clazz="check" 
409                  visible="<%=mode.hasCheck()%>"
410                  ><input 
411                    type="checkbox" 
412                    name="<%=itemId%>" 
413                    value="<%=itemId%>" 
414                    title="<%=name%>" 
415                    <%=cc.getSelected().contains(itemId) ? "checked" : ""%> 
416                  ></tbl:header>
417                <tbl:header 
418                  clazz="check" 
419                  visible="<%=mode.hasRadio()%>"
420                  ><input 
421                    type="radio" 
422                    name="item_id" 
423                    value="<%=itemId%>" 
424                    title="<%=name%>" 
425                    <%=selectedItemId == itemId ? "checked" : ""%>
426                  ></tbl:header>
427                <tbl:header 
428                  clazz="icons" 
429                  visible="<%=mode.hasIcons()%>"
430                  ><base:icon 
431                    image="deleted.gif" 
432                    tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
433                    visible="<%=item.isRemoved()%>"
434                  />&nbsp;</tbl:header>
435                <tbl:cell column="name"><div class="link" 
436                  onclick="itemOnClick(<%=writePermission ? "event" : null%>, <%=itemId%>)"
437                  title="<%=tooltip%>"><%=name%></div></tbl:cell>
438                <tbl:cell column="externalId"><%=Values.getString(item.getExternalId())%></tbl:cell>
439                <tbl:cell column="extension"><%=Values.getString(item.getExtension())%></tbl:cell>
440                <tbl:cell column="itemType"><%=item.getItemType()%></tbl:cell>
441                <tbl:cell column="genericType"
442                  ><base:propertyvalue 
443                    item="<%=item%>" 
444                    property="genericType"
445                    enableEditLink="<%=mode.hasEditLink()%>" 
446                    enablePropertyLink="<%=mode.hasPropertyLink()%>"
447                  /></tbl:cell>
448                <tbl:cell column="validatorClass"><%=Values.getString(item.getValidatorClass())%></tbl:cell>
449                <tbl:cell column="metadataReaderClass"><%=Values.getString(item.getMetadataReaderClass())%></tbl:cell>
450                <tbl:cell column="platforms">
451                  <%
452                  platformQuery.setParameter("fileType", itemId, Type.INT);
453                  try
454                  {
455                    String separator = "";
456                    for (PlatformFileType pft : platformQuery.list(dc))
457                    {
458                      Platform p = pft.getPlatform();
459                      PlatformVariant v = pft.getVariant();
460                      out.write(separator);
461                      if (mode.hasPropertyLink())
462                      {
463                        out.write(Base.getLinkedName(ID, p, false, mode.hasEditLink()));
464                      }
465                      else
466                      {
467                        out.write(HTML.encodeTags(p.getName()));
468                      }
469                      separator = ", ";
470                    }
471                  }
472                  catch (Throwable t)
473                  {
474                    %>
475                    <div class="error"><%=t.getMessage()%></div>
476                    <%
477                  }
478                  %>
479                </tbl:cell>
480                <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
481              </tbl:row>
482              <%
483              }
484            }
485          %>
486          </tbl:rows>
487      </tbl:data>
488      <%
489      if (numListed == 0)
490      {
491        %>
492        <tbl:panel><%=fileTypes == null || fileTypes.getTotalCount() == 0 ? "No data file types were found" : "No data file types on this page. Please select another page!" %></tbl:panel>
493        <%
494      }
495      else
496      {
497        %>
498        <tbl:navigator
499          page="<%=cc.getPage()%>" 
500          rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
501          totalrows="<%=fileTypes == null ? 0 : fileTypes.getTotalCount()%>" 
502          visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
503          locked="true"
504        />
505        <%
506      }
507      %>
508    </tbl:table>
509    <base:buttongroup align="center" clazz="fixedatbottom">
510      <base:button onclick="returnSelected();" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
511      <base:button onclick="window.close();" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
512      <base:button onclick="window.close();" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
513    </base:buttongroup>
514    <br><br><br>
515  </base:body>
516  </base:page>
517  <%
518}
519finally
520{
521  if (fileTypes != null) fileTypes.close();
522  if (dc != null) dc.close();
523}
524%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.