source: branches/filedb/www/admin/platforms/edit_platform.jsp @ 3800

Last change on this file since 3800 was 3800, checked in by Nicklas Nordborg, 15 years ago

References #721: It is now possible to edit platforms and data file types throguh the web
interface. Added proper permissions to all items.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 11.3 KB
Line 
1<%-- $Id: edit_platform.jsp 3800 2007-09-28 11:47:54Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
4  Copyright (C) 2006 Jari Hakkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 2
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with this program; if not, write to the Free Software
21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
22  Boston, MA  02111-1307, USA.
23  ------------------------------------------------------------------
24
25
26  @author Nicklas
27  @version 2.0
28--%>
29<%@ page session="false"
30  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
31  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
32  import="net.sf.basedb.core.Item"
33  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
34  import="net.sf.basedb.core.Permission"
35  import="net.sf.basedb.core.Platform"
36  import="net.sf.basedb.core.PlatformFileType"
37  import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
38  import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
39  import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
41  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
42  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
43  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
44  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
45  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
46  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
47  import="net.sf.basedb.util.Values"
48%>
49<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
50<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
51<%
52final Item itemType = Item.PLATFORM;
53final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
54final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
55final int itemId = cc.getId();
56final String ID = sc.getId();
57final float scale = Base.getScale(sc);
58final DbControl dc = sc.newDbControl();
59try
60{
61  String title = null;
62  Platform platform = null;
63  boolean isFileOnly = false;
64  ItemQuery<PlatformFileType> fileTypeQuery = null;
65  if (itemId == 0)
66  {
67    title = "Create platform";
68    isFileOnly = Values.getBoolean(cc.getPropertyValue("fileOnly"), isFileOnly);
69    cc.removeObject("item");
70  }
71  else
72  {
73    platform = Platform.getById(dc, itemId);
74    isFileOnly = platform.isFileOnly();
75    cc.setObject("item", platform);
76    title = "Edit platform -- " + HTML.encodeTags(platform.getName());
77    platform.checkPermission(Permission.WRITE);
78    fileTypeQuery = platform.getFileTypes(null, true);
79    fileTypeQuery.order(Orders.asc(Hql.property("dataFileType.name")));
80  }
81
82  final String clazz = "class=\"text\"";
83  final String requiredClazz = "class=\"text required\"";
84  final String unchangeableClazz = "class=\"text required unchangeable\"";
85  %>
86
87  <base:page type="popup" title="<%=title%>">
88  <base:head scripts="tabcontrol.js,linkitems.js" styles="tabcontrol.css">
89    <script language="JavaScript">
90    // Validate the "Platform" tab
91    function validatePlatform()
92    {
93      var frm = document.forms['platform'];
94      if (Main.trimString(frm.name.value) == '')
95      {
96        alert("You must enter a name");
97        frm.name.focus();
98        return false;
99      }
100      if (frm.externalId)
101      {
102        var fileOnly = Forms.getCheckedRadio(frm.fileOnly).value == '1';
103        if (Main.trimString(frm.externalId.value) == '')
104        {
105          alert("You must enter an external ID");
106          frm.externalId.focus();
107          return false;
108        }
109        else if (fileOnly)
110        {
111          if (!Numbers.isInteger(frm.channels.value))
112          {
113            alert("You must enter the number of channels");
114            frm.channels.focus();
115            return false;
116          }
117          if (parseInt(frm.channels.value) <= 0)
118          {
119            alert("The number of channels must be > 0");
120            frm.channels.focus();
121            return false;
122          }
123        }
124      }
125      return true;
126    }
127
128    // Submit the form
129    function saveSettings()
130    {
131      var frm = document.forms['platform'];
132      if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
133      {
134        frm.modifiedFileTypes.value = Link.exportModified(frm, 'F', true).join(',');
135        frm.removedFileTypes.value = Link.getActionIds(-1, 'F').join(',');
136        frm.submit();
137      }
138    }
139   
140    function init()
141    {
142      <%
143      if (platform == null)
144      {
145        %>
146        var frm = document.forms['platform'];
147        frm.name.focus();
148        frm.name.select();
149        fileOnlyOnClick();
150        <%
151      }
152      %>
153      initFileTypes();
154    }
155    function fileOnlyOnClick()
156    {
157      var frm = document.forms['platform'];
158      var fileOnly = Forms.getCheckedRadio(frm.fileOnly).value == '1';
159      frm.rawdatatype.disabled = fileOnly;
160      frm.channels.disabled = !fileOnly;
161      Main.addOrRemoveClass(frm.rawdatatype, 'required', !frm.rawdatatype.disabled);
162      Main.addOrRemoveClass(frm.channels, 'required', !frm.channels.disabled);
163    }
164    function initFileTypes()
165    {
166      var fileTypes = document.forms['platform'].fileTypes;
167      <%
168      if (fileTypeQuery != null)
169      {
170        ItemResultList<PlatformFileType> fileTypes = fileTypeQuery.list(dc);
171        for (PlatformFileType ft : fileTypes)
172        {
173          DataFileType dft = ft.getDataFileType();
174          boolean required = ft.isRequired();
175          %>
176          Link.addNewItem(fileTypes, new Item('F', <%=dft.getId()%>, '<%=HTML.javaScriptEncode(dft.getName())%> <%=required ? "[×]" : "[-]"%>', '<%=required ? "1" : "0"%>'));
177          <%
178        }
179      }
180      %>
181    }
182    function addFileTypesOnClick()
183    {
184      var frm = document.forms['platform'];
185      Main.openPopup('../datafiletypes/index.jsp?ID=<%=ID%>&mode=selectmultiple&callback=addFileTypeCallback', 'AddFileTypes', 1000, 700);
186    }
187    function addFileTypeCallback(fileTypeId, name)
188    {
189      var item = Link.getItem('F', fileTypeId);
190      var frm = document.forms['platform'];
191      var required = frm.required.checked;
192      if (!item) item = new Item('F', fileTypeId, name+(required ? '[×]' : '[-]'), required ? '1' : '0', '');
193      Link.addItem(frm.fileTypes, item);
194    }
195    function removeOnClick()
196    {
197      Link.removeSelected(document.forms['platform'].fileTypes);
198    }
199    function fileTypesOnChange()
200    {
201      var frm = document.forms['platform'];
202      var item = frm.fileTypes[frm.fileTypes.selectedIndex].item;
203      if (item && item.id)
204      {
205        frm.required.checked = item.value != '0';
206      }
207      else
208      {
209        frm.required.checked = false;
210      }
211    }
212    function requiredOnClick()
213    {
214      var frm = document.forms['platform'];
215      var required = frm.required.checked;
216      for (var i = 0; i < frm.fileTypes.length; i++)  // >
217      {
218        var option = frm.fileTypes[i];
219        if (option.selected && option.item.id)
220        {
221          option.item.value = required ? '1' : '0';
222          var text = option.text.replace(/\[.*\]/, '['+(required ? '×' : '-') +']');
223          option.text = text;
224        }
225      }
226    }
227    </script>
228  </base:head>
229  <base:body onload="init()">
230    <p>
231    <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="platform" onsubmit="return false;">
232    <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
233
234    <h3 class="docked"><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h3>
235    <t:tabcontrol id="settings" contentstyle="<%="height: "+(int)(scale*260)+"px;"%>" 
236      position="bottom"  remember="<%=platform != null%>">
237    <t:tab id="info" title="Platform" validate="validatePlatform()" helpid="platform.edit">
238      <table class="form" cellspacing=0>
239      <tr>
240        <td class="prompt">Name</td>
241        <td><input <%=requiredClazz%> type="text" name="name" 
242          value="<%=HTML.encodeTags(platform == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New platform") : platform.getName())%>" 
243          size="40" maxlength="<%=Platform.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
244      </tr>
245      <%
246      if (platform == null)
247      {
248        // For new platforms only
249        RawDataType currentRawDataType = 
250          RawDataTypes.getRawDataType(cc.getPropertyValue("rawDataType"));
251        if (currentRawDataType == null)
252        {
253          currentRawDataType = RawDataTypes.getRawDataType(cc.getRecent("RawDataType", 0));
254        }
255       
256        %>
257        <tr>
258          <td class="prompt">External ID</td>
259          <td><input <%=unchangeableClazz%> type="text" name="externalId" 
260            value="<%=HTML.encodeTags(cc.getPropertyValue("externalId"))%>" 
261            size="40" maxlength="<%=Platform.MAX_EXTERNAL_ID_LENGTH%>"></td>
262        </tr>
263        <tr>
264          <td class="prompt">File-only</td>
265          <td>
266            <input <%=unchangeableClazz%> type="radio" name="fileOnly" value="0" <%=!isFileOnly ? "checked" : ""%>
267              onclick="fileOnlyOnClick()">no
268            <input <%=unchangeableClazz%> type="radio" name="fileOnly" value="1" <%=isFileOnly ? "checked" : ""%>
269              onclick="fileOnlyOnClick()">yes
270          </td>
271        </tr>
272
273        <tr>
274          <td class="prompt">Raw data type</td>
275          <td>
276            <select name="rawdatatype" <%=unchangeableClazz%>>
277            <option value="">- any -
278            <%
279            for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
280            {
281              String selected = rdt.equals(currentRawDataType) ? "selected" : "";
282              %>
283              <option value="<%=rdt.getId()%>" <%=selected%>><%=HTML.encodeTags(rdt.getName())%>
284              <%
285            }
286            %>
287            </select>
288          </td>
289        </tr>
290        <tr>
291          <td class="prompt">Channels</td>
292          <td><input <%=unchangeableClazz%> type="text" name="channels" 
293            value="<%=Values.getInt(cc.getPropertyValue("channels"), 1)%>" 
294            size="12" maxlength="10" 
295            onkeypress="return Numbers.integerOnly(event)"></td>
296        </tr>
297        <%
298      }
299      %>
300      <tr valign=top>
301        <td class="prompt">Description</td>
302        <td nowrap>
303          <textarea <%=clazz%> rows="4" cols="40" name="description" wrap="virtual"
304            ><%=HTML.encodeTags(platform == null ? cc.getPropertyValue("description") : platform.getDescription())%></textarea>
305          <a href="javascript:Main.zoom('Description', 'platform', 'description')"
306            title="Edit in larger window"><base:icon image="zoom.gif" /></a>
307        </td>
308      </tr>
309      </table>
310      <div align=right>
311        &nbsp;<i><base:icon image="required.gif" /> = required information</i>
312        <%if (platform == null) {%><br>
313        <i><base:icon image="unchangeable.gif" /> = can't be changed later</i>
314        <%}%>
315        </div>
316    </t:tab>
317   
318    <t:tab id="fileTypes" title="Data file types"
319      tooltip="Associate this platform with date file types"
320      helpid="platform.edit.filetypes"
321      >
322      <table >
323      <tr valign="top">
324      <td>
325        <b>Data file types</b><br>
326        <select name="fileTypes" size="10" multiple style="width: 20em;" 
327          onchange="fileTypesOnChange()">
328        </select>&nbsp;<br>
329        × = Required
330        <input type="checkbox" name="required" value="1" onchange="requiredOnClick()">
331        <input type="hidden" name="modifiedFileTypes" value="">
332        <input type="hidden" name="removedFileTypes" value="">
333      </td>
334      <td>
335        <br>
336        <table width="150">
337        <tr><td width="150"><base:button 
338          onclick="addFileTypesOnClick()" 
339          title="Add&nbsp;data file types&hellip;" 
340          tooltip="Add more data file types to this platform"
341          /></td></tr>
342        <tr><td width="150"><base:button 
343          onclick="removeOnClick()" 
344          title="Remove" 
345          tooltip="Remove the selected data file types"
346        /></td></tr>
347        </table>
348      </td>
349      </tr>     
350      </table>
351    </t:tab>
352   
353    </t:tabcontrol>
354
355    <table align="center">
356    <tr>
357      <td width="50%"><base:button onclick="saveSettings()" title="Save" /></td>
358      <td width="50%"><base:button onclick="window.close()" title="Cancel" /></td>
359    </tr>
360    </table>
361    </form>
362  </base:body>
363  </base:page>
364  <%
365}
366finally
367{
368  if (dc != null) dc.close();
369}
370%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.