source: trunk/config/dist/mysql-migration-queries.sql @ 4508

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Addresses #1106. Missed to change reference wherefrom retrive GPLv3 license text. And some other changes.

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Line 
1/*
2   $Id: mysql-migration-queries.sql 2973 2006-11-29 09:24:26Z nicklas $
3
4  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
10   modify it under the terms of the GNU General Public License
11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
12   of the License, or (at your option) any later version.
13
14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17   GNU General Public License for more details.
18
19   You should have received a copy of the GNU General Public License
20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21
22   ----------
23
24   This file contains all statements used in the migration.
25   All statements are defined by a
26
27   \/* statementId *\/
28   SELECT .... FROM ... WHERE... ;
29
30   There is no fancy selection method so make sure that the stsatementId
31   is written exactly as above, excluding the '\' ofcourse, no Extra whitespaces are allowed.
32   In migrate.properties you specify which queryStatementFile to use.
33   
34   Use this one if your base 1.2.* installation is on a MySQL database.
35
36   @author Gregory
37
38*/
39
40/* verifySchemaVersion */
41SELECT `baseVersion`, `schemaVersion`, `lastChanged` FROM `SchemaVersion`;
42
43
44/* UserGroup
45+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
46| Field      | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
47+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
48| id         | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
49| name       | varchar(30) | YES  | MUL | NULL       |                |
50| descr      | text        |      |     |            |                |
51| owner      | int(11)     |      |     | 0          |                |
52| addedDate  | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
53| removed    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
54| accessMask | int(11)     |      |     | 0          |                |
55| isAccount  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
56| byteQuota  | double      | YES  |     | NULL       |                |
57| usedQuota  | double      | YES  |     | NULL       |                |
58+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
59
60/* countUsers */
61SELECT count(*) FROM `UserGroup` WHERE `isAccount` = 1;
62
63
64/* selectUsers */
65SELECT  `id`,
66  `name`,
67  `realName`,
68  `address`,
69  `descr`,
70  `email`,
71  `fax`,
72  `md5pass`,
73  `phone`,
74  `removed`,
75  `byteQuota`,
76  `activeUntil`,
77  `accessMask`
78FROM  `UserGroup`,
79  `UserAccount` 
80WHERE   `isAccount` = 1
81AND   `UserGroup`.`id` = `UserAccount`.`userGroup`
82ORDER BY `id`
83LIMIT   ?,?;
84
85
86/* selectGroupPrivileges */
87SELECT `g`.`child`, `u`.`accessMask` as mask
88FROM  `UserGroup` u,
89  `UserGroupParent` g
90WHERE   `u`.`id` = `g`.`parent`;
91
92
93/* countGroups */
94SELECT count(*) FROM `UserGroup` WHERE `isAccount` = 0;
95
96/* selectGroups */
97SELECT `id`, `name`, `descr`, `removed`, `accessMask`, `byteQuota`
98FROM `UserGroup`
99WHERE `isAccount` = 0
100ORDER BY `id`;
101
102
103
104/* UserGroupParent;
105+------------+------------+------+-----+---------+-------+
106| Field      | Type       | Null | Key | Default | Extra |
107+------------+------------+------+-----+---------+-------+
108| child      | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
109| parent     | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
110| isReviewer | tinyint(1) |      |     | 0       |       |
111+------------+------------+------+-----+---------+-------+*/
112
113/* selectUsersByGroup */
114SELECT `child` FROM `UserGroupParent` WHERE `parent` = ?;
115
116 
117
118/* SampleAnnotation
119+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
120| Field          | Type    | Null | Key | Default | Extra |
121+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
122| sample         | int(11) |      | PRI | 0       |       |
123| annotationType | int(11) |      | PRI | 0       |       |
124| annotation     | text    |      |     |         |       |
125+----------------+---------+------+-----+---------+-------+*/
126
127/* selectSampleAnnotations */
128SELECT  `sample`, `annotationType`, `annotation`
129FROM `SampleAnnotation`
130ORDER BY `sample`, `annotationType`
131LIMIT ?,?;
132
133
134/* countSampleAnnotations */
135SELECT count(*) FROM `SampleAnnotation`;
136
137
138
139/* SampleAnnotationType
140+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+
141| Field        | Type                  | Null | Key | Default    | Extra          |
142+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+
143| id           | int(11)               |      | PRI | NULL       | auto_increment |
144| name         | varchar(80)           |      | MUL |            |                |
145| valueType    | enum('i','f','t','e') |      |     | i          |                |
146| options      | text                  |      |     |            |                |
147| defaultValue | text                  |      |     |            |                |
148| descr        | text                  |      |     |            |                |
149| owner        | int(11)               |      |     | 0          |                |
150| addedDate    | date                  |      |     | 0000-00-00 |                |
151| removed      | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
152| gid          | int(11)               |      |     | 0          |                |
153| groupAccess  | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
154| worldAccess  | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
155+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+ */
156
157/* countSampleAnnotationTypes */
158SELECT count(*) FROM `SampleAnnotationType`;
159
160
161/* selectSampleAnnotationTypes */
162SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
163  `valueType`,
164  `options`,
165  `defaultValue`
166FROM SampleAnnotationType
167ORDER BY `id`;
168
169
170/* ArrayBatch
171+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
172| Field          | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
173+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
174| id             | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
175| arrayType      | int(11)      |      | MUL | 0                   |                |
176| descr          | text         |      |     |                     |                |
177| printStartDate | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
178| printEndDate   | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
179| owner          | int(11)      |      |     | 0                   |                |
180| name           | varchar(80)  |      | MUL |                     |                |
181| addedDate      | date         |      |     | 0000-00-00          |                |
182| surfaceType    | varchar(255) |      |     |                     |                |
183| protocol       | int(11)      |      |     | 0                   |                |
184| notes          | text         |      |     |                     |                |
185| removed        | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
186| gid            | int(11)      |      |     | 0                   |                |
187| groupAccess    | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
188| worldAccess    | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
189+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
190
191/* countArrayBatches */
192SELECT count(*) FROM ArrayBatch;
193
194
195/* selectArrayBatches */
196SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
197  `arrayType`,
198  `printStartDate`,
199  `printEndDate`,
200  `surfaceType`,
201  `protocol`,
202  `notes`
203FROM  `ArrayBatch`
204ORDER BY `id`
205LIMIT   ?,?;
206
207
208
209/* ArrayBlock
210+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+
211| Field           | Type        | Null | Key | Default | Extra |
212+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+
213| arrayType       | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
214| blockNum        | smallint(6) |      | PRI | 0       |       |
215| xOrigin         | float       |      |     | 0       |       |
216| yOrigin         | float       |      |     | 0       |       |
217| featureDiameter | float       |      |     | 0       |       |
218| xFeatures       | float       |      |     | 0       |       |
219| xSpacing        | float       |      |     | 0       |       |
220| yFeatures       | float       |      |     | 0       |       |
221| ySpacing        | float       |      |     | 0       |       |
222| metaRow         | smallint(6) |      |     | 0       |       |
223| metaColumn      | smallint(6) |      |     | 0       |       |
224+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+ */
225
226/* selectArrayBlocksByArrayType */
227SELECT  `arrayType`,
228  `blockNum`,
229  `xOrigin`,
230  `yOrigin`,
231  `featureDiameter`,
232  `xFeatures`,
233  `xSpacing`,
234  `yFeatures`,
235  `ySpacing`,
236  `metaRow`,
237  `metaColumn`
238FROM  `ArrayBlock`
239WHERE   `arrayType` = ?
240ORDER BY `blockNum`
241LIMIT   ?,?;
242
243
244/* Feature
245+-----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
246| Field     | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
247+-----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
248| id        | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
249| arrayType | int(11)      |      | MUL | 0       |                |
250| block     | smallint(6)  |      |     | 0       |                |
251| x         | smallint(6)  |      |     | 0       |                |
252| y         | smallint(6)  |      |     | 0       |                |
253| position  | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
254| reporter  | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
255| well      | int(11)      | YES  |     | NULL    |                |
256+-----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
257
258Well
259+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+
260| Field           | Type                               | Null | Key | Default | Extra          |
261+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+
262| id              | int(11)                            |      | PRI | NULL    | auto_increment |
263| parent          | int(11)                            |      |     | 0       |                |
264| plate           | mediumint(9)                       |      | MUL | 0       |                |
265| x               | smallint(6)                        |      |     | 0       |                |
266| y               | smallint(6)                        |      |     | 0       |                |
267| probe           | int(11)                            |      | MUL | 0       |                |
268| seqVerified     | enum('','good','bad','failed')     |      |     |         |                |
269| bands           | enum('','good','missing','double') |      |     |         |                |
270| bacterialGrowth | enum('','yes','no')                |      |     |         |                |
271| comment         | text                               |      |     |         |                |
272+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+*/
273
274/* countFeatures */
275SELECT count(*) FROM `Feature`;
276
277
278/* selectFeaturesByArrayTypeAndBlock */
279SELECT  `f`.`id`,
280  `f`.`arrayType`,
281  `f`.`block`,
282  `f`.`x` as fx,
283  `f`.`y` as fy,
284  `f`.`position`,
285  `f`.`reporter`,
286  `f`.`well`,
287  `w`.`plate`,
288  `w`.`x`,
289  `w`.`y`
290FROM  `Feature` f LEFT JOIN `Well` w ON `f`.`well` = `w`.`id`
291WHERE   `arrayType` = ?
292AND   `block` = ?
293ORDER BY `f`.`id`
294LIMIT ?,?;
295
296       
297
298
299/* ArraySlide
300+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
301| Field         | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
302+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
303| id            | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
304| batch         | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
305| orderNumber   | smallint(6) |      |     | 0          |                |
306| name          | varchar(80) | YES  | MUL | NULL       |                |
307| destroyed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
308| hybridization | int(11)     | YES  | MUL | NULL       |                |
309| descr         | text        |      |     |            |                |
310| owner         | int(11)     |      |     | 0          |                |
311| addedDate     | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
312| removed       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
313| gid           | int(11)     |      |     | 0          |                |
314| groupAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
315| worldAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
316+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
317
318/* countArraySlides */
319SELECT count(*) FROM `ArraySlide`;
320
321/* selectArraySlides */
322SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
323  `batch`,
324  `orderNumber`
325FROM `ArraySlide`
326ORDER BY `id`;
327
328
329
330
331
332/* ArrayTypePlate
333+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+
334| Field     | Type        | Null | Key | Default | Extra |
335+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+
336| arrayType | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
337| plate     | int(11)     |      |     | 0       |       |
338| position  | smallint(6) |      | PRI | 0       |       |
339+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+*/
340
341/* selectArrayTypePlates */
342SELECT `arrayType`,
343  `plate`,
344  `position`
345FROM  `ArrayTypePlate`
346WHERE   `arrayType` = ?
347ORDER BY `position`;
348
349
350
351
352/* ArrayType
353+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
354| Field         | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
355+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
356| id            | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
357| owner         | int(11)      |      |     | 0          |                |
358| name          | varchar(80)  |      | MUL |            |                |
359| platform      | varchar(255) |      |     |            |                |
360| protocol      | int(11)      |      |     | 0          |                |
361| descr         | text         |      |     |            |                |
362| addedDate     | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
363| printed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
364| printMapName  | varchar(255) |      |     |            |                |
365| removed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
366| gid           | int(11)      |      |     | 0          |                |
367| groupAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
368| worldAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
369| featureLock   | smallint(6)  |      |     | 0          |                |
370| featureCount  | int(11)      |      |     | 0          |                |
371| blankFeatures | int(11)      |      |     | 0          |                |
372+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
373
374/* countArrayTypes */
375SELECT count(*) FROM `ArrayType`;
376
377/* selectArrayTypes */
378SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
379  `platform`,
380  `protocol`,
381  `printed`,
382  `printMapName`,
383  `featureLock`,
384  `featureCount`,
385  `blankFeatures`
386FROM  `ArrayType`
387ORDER BY `id`
388LIMIT ?,?;
389
390/* countPrintmaps */
391SELECT count(*) FROM `ArrayType` where `printed` > 0;
392
393/* selectPrintmapFiles */
394SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `printMapName`, `descr`, `removed`,
395  `addedDate`
396FROM  `ArrayType`
397WHERE `printed` > 0
398ORDER BY `id`
399LIMIT   ?, ?;
400
401
402/* Experiment
403+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
404| Field             | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
405+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
406| id                | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
407| name              | varchar(80)  |      |     |            |                |
408| descr             | text         |      |     |            |                |
409| owner             | int(11)      |      |     | 0          |                |
410| addedDate         | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
411| authors           | text         |      |     |            |                |
412| affiliations      | text         |      |     |            |                |
413| experimentType    | varchar(255) |      |     |            |                |
414| experimentDesign  | text         |      |     |            |                |
415| publication       | text         |      |     |            |                |
416| abstract          | text         |      |     |            |                |
417| pubMedId          | varchar(80)  |      |     |            |                |
418| publicationDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
419| removed           | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
420| gid               | int(11)      |      |     | 0          |                |
421| groupAccess       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
422| worldAccess       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
423| channels          | tinyint(4)   |      |     | 2          |                |
424| hasMageml         | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
425| extraColumnTables | int(11)      |      |     | 0          |                |
426| diskUsage         | bigint(20)   |      |     | 0          |                |
427+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
428
429/* countExperiments */
430SELECT count(*) FROM `Experiment`;
431
432
433/* selectExperiments */
434SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
435  `authors`,
436  `affiliations`,
437  `experimentType`,
438  `experimentDesign`,
439  `publication`,
440  `abstract`,
441  `pubMedId`,
442  `publicationDate`,
443  `channels`,
444  `hasMageml`,
445  `extraColumnTables`,
446  `diskUsage`
447FROM  `Experiment`
448ORDER BY `id`;
449
450
451
452
453/* ExperimentRawBioAssay;
454+-------------+---------+------+-----+---------+-------+
455| Field       | Type    | Null | Key | Default | Extra |
456+-------------+---------+------+-----+---------+-------+
457| experiment  | int(11) |      | PRI | 0       |       |
458| rawBioAssay | int(11) |      | PRI | 0       |       |
459+-------------+---------+------+-----+---------+-------+*/
460
461/* selectRawBioAssayByExperiment */
462SELECT  `rawBioAssay`
463FROM  `ExperimentRawBioAssay`
464WHERE   `experiment` = ?;
465
466
467
468/* Extract
469+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
470| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
471+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
472| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
473| protocol       | int(11)     |      |     | 0          |                |
474| extractionDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
475| sample         | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
476| name           | varchar(80) |      | MUL |            |                |
477| descr          | text        |      |     |            |                |
478| quantity       | float       |      |     | 0          |                |
479| quantityLeft   | float       | YES  |     | NULL       |                |
480| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
481| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
482| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
483| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
484| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
485| worldAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
486+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
487
488/* countExtracts */
489SELECT count(*) FROM `Extract`;
490
491
492/* selectExtracts */
493SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
494  `extractionDate`,
495  `quantity`,
496  `protocol`,
497  `sample`
498FROM  `Extract`
499ORDER BY `id`;
500
501
502
503
504
505/* Hardware
506+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
507| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
508+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
509| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
510| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
511| descr       | text        |      |     |            |                |
512| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
513| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
514| version     | varchar(80) |      |     |            |                |
515| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
516| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
517| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
518| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
519+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
520
521/* countHardware */
522SELECT count(*) FROM `Hardware`;
523
524/* selectHardware */
525SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
526  `version`
527FROM `Hardware`
528ORDER BY `id`;
529
530
531
532/* Hybridization
533+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
534| Field             | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
535+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
536| id                | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
537| owner             | int(11)     |      |     | 0          |                |
538| name              | varchar(80) |      | MUL |            |                |
539| descr             | text        |      |     |            |                |
540| addedDate         | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
541| hybridizationDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
542| protocol          | int(11)     |      |     | 0          |                |
543| removed           | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
544| gid               | int(11)     |      |     | 0          |                |
545| groupAccess       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
546| worldAccess       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
547+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
548
549/* countHybridizations */
550SELECT count(*) FROM `Hybridization`;
551
552/* selectHybridizations */
553SELECT  `h`.`id`, `h`.`owner`, `h`.`gid`, `h`.`groupAccess`, `h`.`worldAccess`, `h`.`name`, `h`.`descr`, `h`.`removed`,
554  `h`.`hybridizationDate`,
555  `h`.`protocol`,
556  `s`.`id` as arraySlideId,
557  `s`.`hybridization`
558FROM  `Hybridization` h LEFT JOIN `ArraySlide` s ON `h`.`id` = `s`.`hybridization`
559ORDER BY `h`.`id`
560LIMIT   ?,?;
561
562
563
564
565/* Image
566+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
567| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
568+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
569| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
570| name             | varchar(255) |      |     |            |                |
571| descr            | text         |      |     |            |                |
572| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
573| addedDate        | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
574| imageAcquisition | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
575| channels         | tinyint(4)   |      |     | 0          |                |
576| useForJpeg       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
577| fileSize         | int(11)      |      |     | 0          |                |
578| removed          | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
579+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
580
581/* countImages */
582SELECT count(*) FROM `Image`;
583
584/* selectImages */
585SELECT  `id`, `owner`, 0 as gid, 0 as groupAccess, 0 as worldAccess, `name`, `descr`, `removed`, `imageAcquisition`, `channels`, `useForJpeg`, `fileSize`
586FROM `Image`
587ORDER BY `id`
588LIMIT ?,?;
589
590
591
592/* selectImageFiles */
593SELECT  `id`, `owner`, 0 as gid, 0 as groupAccess, 0 as worldAccess, `name`, `descr`, `removed`, `fileSize`, `addedDate`
594FROM `Image`
595ORDER BY `id`
596LIMIT ?,?;
597
598
599/* Label
600+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
601| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
602+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
603| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
604| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
605| descr       | text        |      |     |            |                |
606| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
607| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
608| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
609| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
610| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
611| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
612+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
613
614/* countLabels */
615SELECT count(*) FROM `Label`;
616
617/* selectLabels */
618SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`
619FROM  `Label`
620ORDER BY `id`
621LIMIT   ?,?;
622
623
624
625/* LabeledExtract
626+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
627| Field        | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
628+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
629| id           | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
630| owner        | int(11)     |      |     | 0          |                |
631| name         | varchar(80) |      | MUL |            |                |
632| descr        | text        |      |     |            |                |
633| addedDate    | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
634| extract      | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
635| protocol     | int(11)     |      |     | 0          |                |
636| labelingDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
637| quantity     | float       |      |     | 0          |                |
638| quantityLeft | float       | YES  |     | NULL       |                |
639| removed      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
640| gid          | int(11)     |      |     | 0          |                |
641| groupAccess  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
642| worldAccess  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
643| label        | int(11)     |      |     | 0          |                |
644+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
645
646/* countLabeledExtracts */
647SELECT count(*) FROM `LabeledExtract`;
648
649
650/* selectLabeledExtracts */
651SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
652  `labelingDate`,
653  `quantity`,
654  `protocol`,
655  `extract`,
656  `label`
657FROM  `LabeledExtract`
658ORDER BY `id`
659LIMIT   ?,?;
660
661/* selectLabeledExtractsByHybridization */
662SELECT  `labeled`, `quantity`
663FROM  `HybridizedLabeled`
664WHERE hybridization = ?
665ORDER BY `channel`;
666
667
668
669/* PlateParent
670+----------+------------+------+-----+---------+-------+
671| Field    | Type       | Null | Key | Default | Extra |
672+----------+------------+------+-----+---------+-------+
673| parent   | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
674| plate    | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
675| position | tinyint(4) |      |     | 0       |       |
676+----------+------------+------+-----+---------+-------+*/
677
678/* countDistinctPlateParents */
679SELECT count( distinct(`plate`) ) FROM `PlateParent`;
680
681
682/* selectPlateParents */
683SELECT `plate`, `parent`, `position` FROM `PlateParent`;
684
685
686
687
688
689
690/* Plate
691+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
692| Field       | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
693+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
694| id          | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
695| plateType   | int(11)      |      |     | 0          |                |
696| name        | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
697| descr       | text         |      |     |            |                |
698| owner       | int(11)      |      |     | 0          |                |
699| addedDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
700| destroyed   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
701| barcode     | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
702| wizzzard    | int(11)      |      |     | 0          |                |
703| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
704| gid         | int(11)      |      |     | 0          |                |
705| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
706| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
707| wellMapping | smallint(6)  | YES  |     | NULL       |                |
708+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
709
710/* selectMappedPlates */
711SELECT  `p`.`id`, `p`.`owner`, `p`.`gid`, `p`.`groupAccess`, `p`.`worldAccess`, `p`.`name`, `p`.`descr`, `p`.`removed`,
712  `p`.`plateType`,
713  `p`.`destroyed`,
714  `p`.`barcode`,
715  `p`.`wizzzard`,
716  `pp`.`parent`,
717  `pp`.`position`,
718  `pt`.`wells`
719FROM  `Plate` p LEFT JOIN `PlateParent` pp ON `pp`.`plate` = `p`.`id`
720  LEFT JOIN `PlateType` pt ON `p`.`plateType` = `pt`.`id`
721WHERE   `pp`.`plate` IS not NULL
722GROUP BY `pp`.`plate`
723ORDER BY `p`.`id`
724LIMIT ?,?;
725
726
727
728
729/* News
730+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
731| Field     | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
732+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
733| id        | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
734| name      | varchar(255) |      |     |                     |                |
735| descr     | text         |      |     |                     |                |
736| owner     | int(11)      |      |     | 0                   |                |
737| addedDate | datetime     |      | MUL | 0000-00-00 00:00:00 |                |
738| removed   | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
739+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
740
741/* countNews */
742SELECT count(*) FROM `News`;
743
744/* selectNews */
745SELECT `id`, `name`, `descr`, `addedDate`, `removed`
746FROM `News`
747ORDER BY `id`;
748
749
750
751
752/* PlateEvent
753+-----------+---------+------+-----+------------+-------+
754| Field     | Type    | Null | Key | Default    | Extra |
755+-----------+---------+------+-----+------------+-------+
756| plate     | int(11) |      | PRI | 0          |       |
757| etype     | int(11) |      | PRI | 0          |       |
758| eventDate | date    |      | MUL | 0000-00-00 |       |
759| protocol  | int(11) |      |     | 0          |       |
760+-----------+---------+------+-----+------------+-------+*/
761
762/* countPlateEvents */
763SELECT count(*) FROM `PlateEvent`;
764
765/* selectPlateEvents */
766SELECT `plate`, `etype`, `eventDate`, `protocol`
767FROM `PlateEvent`
768ORDER BY `plate`, `etype`;
769
770
771
772
773
774
775
776/* PlateEventType
777+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
778| Field        | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
779+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
780| id           | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
781| name         | varchar(80) |      |     |            |                |
782| plateType    | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
783| protocolType | int(11)     |      |     | 0          |                |
784| descr        | text        |      |     |            |                |
785| addedDate    | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
786| owner        | int(11)     |      |     | 0          |                |
787| removed      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
788+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
789
790/* countPlateEventTypes */
791SELECT count(*) FROM `PlateEventType`;
792
793
794/* selectPlateEventTypes */
795SELECT `id`, `name`, `plateType`, `protocolType`, `descr`, `removed`
796FROM `PlateEventType`
797ORDER BY `id`;
798
799
800
801
802/* PlateType
803+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
804| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
805+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
806| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
807| name           | varchar(80) |      | MUL |            |                |
808| descr          | text        |      |     |            |                |
809| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
810| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
811| wells          | smallint(6) |      |     | 0          |                |
812| hasGrowth      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
813| hasSeqVerified | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
814| hasBands       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
815| hasComment     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
816| namePrefix     | varchar(40) |      |     |            |                |
817| parentSuffix   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
818| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
819| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
820| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
821| worldAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
822+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
823
824/* countPlateTypes */
825SELECT count(*) FROM `PlateType`;
826
827
828/* selectPlateTypes */
829SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
830  `wells`,
831  `hasGrowth`,
832  `hasSeqVerified`,
833  `hasBands`,
834  `hasComment`,
835  `namePrefix`,
836  `parentSuffix`
837FROM  `PlateType`
838ORDER BY `id`
839LIMIT   ?,?;
840
841
842
843
844
845/* Protocol
846+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
847| Field        | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
848+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
849| id           | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
850| protocolType | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
851| name         | varchar(80)  |      |     |            |                |
852| descr        | text         |      |     |            |                |
853| owner        | int(11)      |      |     | 0          |                |
854| addedDate    | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
855| removed      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
856| gid          | int(11)      |      |     | 0          |                |
857| groupAccess  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
858| worldAccess  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
859| fileSize     | int(11)      |      |     | 0          |                |
860| filename     | varchar(255) | YES  |     | NULL       |                |
861+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
862
863/* countProtocols */
864SELECT count(*) FROM `Protocol`;
865
866/* selectProtocols */
867SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
868  `protocolType`,
869  `addedDate`
870FROM  `Protocol`
871ORDER BY `id`
872LIMIT ?,?;
873
874/* selectProtocolFiles */
875SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
876  `fileSize`,
877  `addedDate`,
878  `filename`
879FROM  `Protocol`
880ORDER BY `id`
881LIMIT ?,?;
882
883
884
885
886
887/* ProtocolType;
888+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+
889| Field | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
890+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+
891| id    | int(11)     |      | PRI | NULL    | auto_increment |
892| name  | varchar(80) |      | UNI |         |                |
893+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+*/
894
895/* countProtocolTypes */
896SELECT count(*) FROM `ProtocolType`;
897
898/* selectProtocolTypes */
899SELECT `id`, `name`
900FROM `ProtocolType`
901ORDER BY `id`
902LIMIT ?,?;
903
904
905
906
907
908/*  RawBioAssayData
909+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
910| Field       | Type         | Null | Key | Default | Extra |
911+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
912| rawBioAssay | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
913| position    | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
914| element     | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
915| reporter    | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
916| block       | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
917| numCol      | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
918| numRow      | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
919| x           | float        |      |     | 0       |       |
920| y           | float        |      |     | 0       |       |
921| dia         | float        | YES  |     | NULL    |       |
922| FCh1Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
923| FCh1Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
924| FCh1SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
925| BCh1Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
926| BCh1Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
927| BCh1SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
928| percCh1SD1  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
929| percCh1SD2  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
930| percCh1Sat  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
931| FCh2Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
932| FCh2Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
933| FCh2SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
934| BCh2Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
935| BCh2Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
936| BCh2SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
937| percCh2SD1  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
938| percCh2SD2  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
939| percCh2Sat  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
940| ratiosSD    | float        | YES  |     | NULL    |       |
941| rgnRatio    | float        | YES  |     | NULL    |       |
942| rgnR2       | float        | YES  |     | NULL    |       |
943| FPixels     | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
944| BPixels     | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
945| flags       | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
946| MValue      | float        | YES  |     | NULL    |       |
947| CV          | float        | YES  |     | NULL    |       |
948+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+*/
949
950/* countRawBioAssayData */
951SELECT count(*) FROM `RawBioAssayData`;
952
953
954/* selectRawBioAssayData */
955SELECT `element`, `reporter`, `block`, `numCol`, `numRow`, `x`, `y`,
956  `dia`,
957  `FCh1Median`,
958  `FCh1Mean`,
959  `FCh1SD`,
960  `BCh1Median`,
961  `BCh1Mean`,
962  `BCh1SD`,
963  `FCh2Median`,
964  `FCh2Mean`,
965  `FCh2SD`,
966  `BCh2Median`,
967  `BCh2Mean`,
968  `BCh2SD`,
969  `ratiosSD`,
970  `rgnRatio`,
971  `rgnR2`,
972  `MValue`,
973  `CV`,
974  `percCh1SD1`,
975  `percCh1SD2`,
976  `percCh1Sat`,
977  `percCh2SD1`,
978  `percCh2SD2`,
979  `percCh2Sat`,
980  `FPixels`,
981  `BPixels`,
982  `flags`
983FROM  `RawBioAssayData`
984WHERE   `rawBioAssay` = ?;
985
986
987/* selectMinimumRawBioAssayData */
988SELECT `element`, `reporter`, `block`, `numCol`, `numRow`, `x`, `y`
989FROM  `RawBioAssayData`
990WHERE   `rawBioAssay` = ?;
991
992
993
994/* RawBioAssay
995+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
996| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
997+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
998| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
999| name             | varchar(80)  |      |     |            |                |
1000| descr            | text         |      |     |            |                |
1001| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
1002| addedDate        | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
1003| imageAcquisition | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
1004| featureDate      | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
1005| featureSoftware  | int(11)      |      |     | 0          |                |
1006| filename         | varchar(255) |      |     |            |                |
1007| spots            | mediumint(9) |      |     | 0          |                |
1008| hasSpotImages    | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1009| spotImagePixels  | smallint(6)  |      |     | 15         |                |
1010| spotImageOffsetX | float        |      |     | 0          |                |
1011| spotImageOffsetY | float        |      |     | 0          |                |
1012| spotImageScale   | float        |      |     | 1          |                |
1013| wizzzard         | int(11)      |      |     | 0          |                |
1014| removed          | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
1015| gid              | int(11)      |      |     | 0          |                |
1016| groupAccess      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1017| worldAccess      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1018| arrayType        | int(11)      | YES  |     | NULL       |                |
1019| positionMode     | tinyint(4)   |      |     | 0          |                |
1020| diskUsage        | bigint(20)   |      |     | 0          |                |
1021+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
1022
1023/* countRawBioAssays */
1024SELECT count(*) FROM `RawBioAssay`;
1025
1026/* selectRawBioAssays */
1027SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1028  `imageAcquisition`,
1029  `featureDate`,
1030  `featureSoftware`,
1031  `filename`,
1032  `spots`,
1033  `hasSpotImages`,
1034  `spotImagePixels`,
1035  `spotImageOffsetX`,
1036  `spotImageOffsetY`,
1037  `spotImageScale`,
1038  `wizzzard`,
1039  `arrayType`,
1040  `positionMode`,
1041  `fileHeader`
1042FROM  `RawBioAssay` LEFT JOIN `RawBioAssayHeader` ON  `id` = rawBioAssay
1043ORDER BY `id`
1044LIMIT   ?, ?;
1045
1046/* getCh1SampleForRawBioAssay */
1047SELECT s.`id` FROM `Sample` s
1048INNER JOIN `Extract` e ON e.`sample` = s.`id`
1049INNER JOIN `LabeledExtract` le ON le.`extract` = e.`id`
1050INNER JOIN `HybridizedLabeled` hl ON hl.`labeled` = le.`id` AND hl.`channel` = 1
1051INNER JOIN `ImageAcquisition` ia ON ia.`hybridization` =  hl.`hybridization`
1052INNER JOIN `RawBioAssay` rba ON rba.`imageAcquisition` = ia.`id`
1053WHERE rba.`id` = ?;
1054
1055/* selectRawBioAssaysWithSpotData */
1056SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1057  `imageAcquisition`,
1058  `featureDate`,
1059  `featureSoftware`,
1060  `filename`,
1061  `spots`,
1062  `hasSpotImages`,
1063  `spotImagePixels`,
1064  `spotImageOffsetX`,
1065  `spotImageOffsetY`,
1066  `spotImageScale`,
1067  `wizzzard`,
1068  `arrayType`,
1069  `positionMode`
1070FROM  `RawBioAssay`
1071ORDER BY `id`
1072LIMIT   ?,?;
1073
1074
1075/* selectRawBioAssayFiles */
1076SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1077  `addedDate`
1078FROM  `RawBioAssay`
1079ORDER BY `id`
1080LIMIT   ?, ?;
1081
1082
1083/* Reporter
1084+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1085| Field         | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
1086+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1087| id            | mediumint(9) |      | PRI | NULL                | auto_increment |
1088| reporterId    | varchar(255) |      | UNI |                     |                |
1089| species       | varchar(255) |      |     |                     |                |
1090| clusterId     | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1091| geneName      | varchar(255) |      | MUL |                     |                |
1092| geneSymbol    | varchar(255) |      |     |                     |                |
1093| lastUpdate    | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
1094| length        | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1095| sequence      | text         | YES  |     | NULL                |                |
1096| vector        | text         | YES  |     | NULL                |                |
1097| tissue        | text         | YES  |     | NULL                |                |
1098| library       | text         | YES  |     | NULL                |                |
1099| accession     | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1100| nid           | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1101| chromosome    | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1102| cytoBand      | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1103| markers       | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1104| antibiotics   | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1105| locusLink     | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1106| omim          | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1107| startPosition | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1108| endPosition   | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1109+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
1110
1111/* countReporters */
1112SELECT count(*) FROM `Reporter`;
1113
1114/* selectReporters */
1115SELECT `id`,
1116  `reporterId`,
1117  `geneName`,
1118  `geneSymbol`,
1119  `species`,
1120  `clusterId`,
1121  `accession`,
1122  `nid`,
1123  `chromosome`,
1124  `cytoband`,
1125  `markers`,
1126  `antibiotics`,
1127  `locuslink`,
1128  `omim`,
1129  `sequence`,
1130  `vector`,
1131  `tissue`,
1132  `library`,
1133  `length`
1134FROM  `Reporter`
1135ORDER BY `id`
1136LIMIT   ?,?;
1137
1138/* selectMinimumReporters */
1139SELECT `id`, `reporterId`, `geneName`, `geneSymbol`
1140FROM `Reporter`
1141ORDER BY `id`
1142LIMIT ?,?;
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149/* SampleTissue
1150+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1151| Field     | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1152+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1153| id        | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1154| parent    | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1155| name      | varchar(80) |      |     |            |                |
1156| descr     | text        |      |     |            |                |
1157| owner     | int(11)     |      |     | 0          |                |
1158| addedDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1159| removed   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1160+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1161
1162/* countSampleTissues */
1163SELECT count(*) FROM `SampleTissue`;
1164
1165
1166/* selectSampleTissues */
1167SELECT `id`, `parent`, `name`
1168FROM `SampleTissue`
1169ORDER BY `id`
1170LIMIT ?,?;
1171
1172
1173
1174
1175/* Sample
1176+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1177| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1178+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1179| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1180| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
1181| descr       | text        |      |     |            |                |
1182| tissue      | int(11)     |      |     | 0          |                |
1183| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1184| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1185| sampleDate  | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1186| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1187| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1188| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1189| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1190+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1191
1192/* countSamples */
1193SELECT count(*) FROM `Sample`;
1194
1195
1196/* selectSampleQuantities */
1197SELECT `s`.`id`, sum(`e`.`quantity`)
1198FROM `Sample` s, `Extract` e
1199WHERE `s`.`id` = `e`.`sample`
1200GROUP BY `e`.`sample`;
1201
1202
1203/* selectSamples */
1204SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1205  `sampleDate`, 0 as quantity, 0 as protocol, `tissue`
1206FROM  `Sample`
1207ORDER BY `id`
1208LIMIT ?,?;
1209
1210
1211
1212
1213/* ImageAcquisition
1214+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1215| Field         | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1216+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1217| id            | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1218| name          | varchar(80) |      |     |            |                |
1219| descr         | text        |      |     |            |                |
1220| owner         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1221| addedDate     | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1222| hybridization | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1223| scanDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1224| scanner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1225| removed       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1226| gid           | int(11)     |      |     | 0          |                |
1227| groupAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1228| worldAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1229| diskUsage     | bigint(20)  |      |     | 0          |                |
1230+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1231
1232/* countScans */
1233SELECT count(*) FROM `ImageAcquisition`;
1234
1235/* selectScans */
1236SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1237  `hybridization`,
1238  `scanDate`,
1239  `scanner`
1240FROM  `ImageAcquisition`
1241ORDER BY `id`
1242LIMIT   ?,?;
1243
1244
1245
1246
1247/* Software
1248+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1249| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1250+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1251| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1252| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
1253| descr       | text        |      |     |            |                |
1254| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1255| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1256| version     | varchar(80) |      |     |            |                |
1257| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1258| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1259| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1260| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1261+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1262
1263/* countSoftware */
1264SELECT count(*) FROM `Software`;
1265
1266
1267/* selectSoftware */
1268SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1269  `version`
1270FROM  `Software`
1271ORDER BY `id`
1272LIMIT ?,?;
1273
1274
1275
1276/* Plate
1277+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
1278| Field       | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
1279+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
1280| id          | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1281| plateType   | int(11)      |      |     | 0          |                |
1282| name        | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
1283| descr       | text         |      |     |            |                |
1284| owner       | int(11)      |      |     | 0          |                |
1285| addedDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
1286| destroyed   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1287| barcode     | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
1288| wizzzard    | int(11)      |      |     | 0          |                |
1289| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
1290| gid         | int(11)      |      |     | 0          |                |
1291| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1292| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1293| wellMapping | smallint(6)  | YES  |     | NULL       |                |
1294+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+*/
1295
1296/* countPlates */
1297SELECT count(*) FROM `Plate`;
1298
1299/* countUnmappedPlates */
1300SELECT count(*) FROM `Plate` p LEFT JOIN `PlateParent` pp ON `pp`.`plate` = `p`.`id` WHERE `pp`.`plate` IS NULL;
1301
1302/* selectUnmappedPlates */
1303SELECT  `p`.`id`, `p`.`owner`, `p`.`gid`, `p`.`groupAccess`, `p`.`worldAccess`, `p`.`name`, `p`.`descr`, `p`.`removed`,
1304  `p`.`plateType`,
1305  `p`.`destroyed`,
1306  `p`.`barcode`,
1307  `p`.`wizzzard`
1308FROM  `Plate` p LEFT JOIN `PlateParent` pp ON `pp`.`plate` = `p`.`id` WHERE `pp`.`plate` IS NULL
1309ORDER BY `p`.`id`
1310LIMIT ?,?;
1311
1312
1313/* Probe
1314+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
1315| Field    | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
1316+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
1317| id       | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
1318| reporter | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
1319+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+*/
1320
1321/* selectWellAndProbesByPlateId */
1322SELECT  `w`.`id`, `w`.`x`, `w`.`y`, `p`.`reporter`, `w`.`seqVerified`, `w`.`bands`, `w`.`bacterialGrowth`, `w`.`comment`
1323FROM    `Well` w, `Probe` p
1324WHERE   `w`.`probe` = `p`.`id`
1325AND   `plate` = ?
1326ORDER BY `y`;
1327
1328
1329
1330/* Upload
1331+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1332| Field       | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
1333+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1334| id          | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
1335| owner       | int(11)      |      | MUL | 0                   |                |
1336| name        | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1337| fileSize    | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1338| descr       | text         |      |     |                     |                |
1339| addedDate   | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
1340| mimeType    | varchar(100) |      |     |                     |                |
1341| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3                   |                |
1342| gid         | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1343| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
1344| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
1345+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+*/
1346
1347/* countUploads */
1348SELECT count(*) FROM `Upload` WHERE `removed` = 0;
1349
1350/* selectUploads */
1351SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1352  `fileSize`,
1353  `addedDate`,
1354  `mimeType` 
1355FROM  `Upload`
1356WHERE   `removed` = 0
1357ORDER BY `id`
1358LIMIT   ?,?;
1359
1360
1361
1362
1363/* Wizzzard
1364+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1365| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1366+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1367| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1368| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
1369| formatType     | varchar(40) |      | MUL |            |                |
1370| name           | varchar(80) |      |     |            |                |
1371| minCols        | smallint(6) |      |     | 0          |                |
1372| maxCols        | smallint(6) |      |     | 0          |                |
1373| dataHeader     | text        |      |     |            |                |
1374| typeHeader     | text        |      |     |            |                |
1375| typeHeaderLine | int(11)     |      |     | 0          |                |
1376| mapping        | mediumtext  |      |     |            |                |
1377| descr          | text        |      |     |            |                |
1378| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1379| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1380| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
1381| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1382| worldAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1383| dataFooter     | text        | YES  |     | NULL       |                |
1384| fieldSeparator | varchar(10) |      |     |            |                |
1385| maxHeaderLine  | int(11)     |      |     | 120        |                |
1386+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+*/
1387
1388/* countWizzzards */
1389SELECT count(*) FROM `Wizzzard`;
1390
1391
1392/* selectWizzzards */
1393SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1394  `formatType`,
1395  `minCols`,
1396  `maxCols`,
1397  `dataHeader`,
1398  `typeHeader`,
1399  `typeHeaderLine`,
1400  `mapping`,
1401  `dataFooter`,
1402  `fieldSeparator`,
1403  `maxHeaderLine`
1404FROM  `Wizzzard`
1405ORDER BY `id`
1406LIMIT   ?,?;
1407
1408/* countPlugins */
1409SELECT count(*) FROM `Program`;
1410
1411/* selectPlugins */
1412SELECT  `id`, `owner`, `gid`, `groupAccess`, `worldAccess`, `name`, `descr`, `removed`,
1413  `execName`,
1414  `usedColumns`,
1415  `usedFields`,
1416  `geneAverages`,
1417  `serialFormat`,
1418  `url`,
1419  `minChannels`,
1420  `maxChannels`,
1421  `leaveStdin`,
1422  `leaveStdout`,
1423  `uniqueName`,
1424  `versionNumber`,
1425  `estimatedTime`,
1426  `defaultMaxRam`
1427FROM  `Program`
1428ORDER BY `id`
1429LIMIT   ?,?;
1430
1431/* selectPluginParameters */
1432SELECT `position`,
1433  `name`,
1434  `commonName`,
1435  `valueType`,
1436  `options`,
1437  `defaultValue`,
1438  `enumOptions`,
1439  `removed`
1440FROM `ProgramParameter`
1441WHERE `program` = ?
1442ORDER BY `position`;
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.