source: trunk/data/plugin_configfile.xml @ 3675

Last change on this file since 3675 was 3675, checked in by Jari Häkkinen, 16 years ago

Fixing copyright statements. Fixing svn properties.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 29.7 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
3<!--
4  $Id: plugin_configfile.xml 3675 2007-08-16 14:16:43Z jari $
5
6  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
7  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
8
9  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
10  Available at http://base.thep.lu.se/
11
12  BASE is free software; you can redistribute it and/or
13  modify it under the terms of the GNU General Public License
14  as published by the Free Software Foundation; either version 2
15  of the License, or (at your option) any later version.
16
17  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
18  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
19  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
20  GNU General Public License for more details.
21
22  You should have received a copy of the GNU General Public License
23  along with this program; if not, write to the Free Software
24  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
25  Boston, MA  02111-1307, USA.
26-->
27<configfile>
28  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
29    <configname>384_wells plate import</configname>
30    <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 384-well plates.</description>
31    <parameter>
32      <name>nameColumnMapping</name>
33      <label>nameColumnMapping</label>
34      <class>java.lang.String</class>
35      <value>\384_number\</value>
36    </parameter>
37    <parameter>
38      <name>reporterColumnMapping</name>
39      <label>reporterColumnMapping</label>
40      <class>java.lang.String</class>
41      <value>\oligo_id\</value>
42    </parameter>
43    <parameter>
44      <name>dataHeaderRegexp</name>
45      <label>dataHeaderRegexp</label>
46      <class>java.lang.String</class>
47      <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
48    </parameter>
49    <parameter>
50      <name>dataSplitterRegexp</name>
51      <label>dataSplitterRegexp</label>
52      <class>java.lang.String</class>
53      <value>\t</value>
54    </parameter>
55    <parameter>
56      <name>columnColumnMapping</name>
57      <label>columnColumnMapping</label>
58      <class>java.lang.String</class>
59      <value>\384_column\</value>
60    </parameter>
61    <parameter>
62      <name>rowColumnMapping</name>
63      <label>rowColumnMapping</label>
64      <class>java.lang.String</class>
65      <value>\384_row\</value>
66    </parameter>
67  </configuration>
68  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
69    <configname>Reporters from 384well plates file</configname>
70    <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 384well plates are imported from.</description>
71    <parameter>
72      <name>nameColumnMapping</name>
73      <label>nameColumnMapping</label>
74      <class>java.lang.String</class>
75      <value>\oligo_id\</value>
76    </parameter>
77    <parameter>
78      <name>dataHeaderRegexp</name>
79      <label>dataHeaderRegexp</label>
80      <class>java.lang.String</class>
81      <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
82    </parameter>
83    <parameter>
84      <name>dataSplitterRegexp</name>
85      <label>dataSplitterRegexp</label>
86      <class>java.lang.String</class>
87      <value>\t</value>
88    </parameter>
89    <parameter>
90      <name>descriptionColumnMapping</name>
91      <label>descriptionColumnMapping</label>
92      <class>java.lang.String</class>
93      <value>\description_Ensembl*\</value>
94    </parameter>
95    <parameter>
96      <name>symbolColumnMapping</name>
97      <label>symbolColumnMapping</label>
98      <class>java.lang.String</class>
99      <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
100    </parameter>
101    <parameter>
102      <name>reporterIdColumnMapping</name>
103      <label>reporterIdColumnMapping</label>
104      <class>java.lang.String</class>
105      <value>\oligo_id\</value>
106    </parameter>
107    <parameter>
108      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
109      <label>extendedColumnMapping.sequence</label>
110      <class>java.lang.String</class>
111      <value>\oligo_sequence\</value>
112    </parameter>
113  </configuration>
114  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
115    <configname>Reporters from GenePix file</configname>
116    <description>This  configuration is for importing reporters from a GenePix file (*.gpr)</description>
117    <parameter>
118      <name>maxDataColumns</name>
119      <label>Max data columns</label>
120      <class />
121      <value />
122    </parameter>
123    <parameter>
124      <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
125      <label>LocusLink</label>
126      <class />
127      <value />
128    </parameter>
129    <parameter>
130      <name>trimQuotes</name>
131      <label>Remove quotes</label>
132      <class>java.lang.Boolean</class>
133      <value>true</value>
134    </parameter>
135    <parameter>
136      <name>scoreColumnMapping</name>
137      <label>Score</label>
138      <class />
139      <value />
140    </parameter>
141    <parameter>
142      <name>nameColumnMapping</name>
143      <label>Name</label>
144      <class>java.lang.String</class>
145      <value>\Name\</value>
146    </parameter>
147    <parameter>
148      <name>extendedColumnMapping.markers</name>
149      <label>Markers</label>
150      <class />
151      <value />
152    </parameter>
153    <parameter>
154      <name>extendedColumnMapping.vector</name>
155      <label>Vector</label>
156      <class />
157      <value />
158    </parameter>
159    <parameter>
160      <name>extendedColumnMapping.nid</name>
161      <label>NID</label>
162      <class />
163      <value />
164    </parameter>
165    <parameter>
166      <name>descriptionColumnMapping</name>
167      <label>Description</label>
168      <class />
169      <value />
170    </parameter>
171    <parameter>
172      <name>headerRegexp</name>
173      <label>Header</label>
174      <class />
175      <value />
176    </parameter>
177    <parameter>
178      <name>reporterIdColumnMapping</name>
179      <label>Reporter ID</label>
180      <class>java.lang.String</class>
181      <value>\ID\</value>
182    </parameter>
183    <parameter>
184      <name>symbolColumnMapping</name>
185      <label>Gene symbol</label>
186      <class />
187      <value />
188    </parameter>
189    <parameter>
190      <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
191      <label>Antibiotics</label>
192      <class />
193      <value />
194    </parameter>
195    <parameter>
196      <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
197      <label>Chromosome</label>
198      <class />
199      <value />
200    </parameter>
201    <parameter>
202      <name>reporterType</name>
203      <label>Reporter type</label>
204      <class />
205      <value />
206    </parameter>
207    <parameter>
208      <name>extendedColumnMapping.omim</name>
209      <label>OMIM</label>
210      <class />
211      <value />
212    </parameter>
213    <parameter>
214      <name>dataHeaderRegexp</name>
215      <label>Data header</label>
216      <class>java.lang.String</class>
217      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
218    </parameter>
219    <parameter>
220      <name>dataSplitterRegexp</name>
221      <label>Data splitter</label>
222      <class>java.lang.String</class>
223      <value>\t</value>
224    </parameter>
225    <parameter>
226      <name>extendedColumnMapping.length</name>
227      <label>Length</label>
228      <class />
229      <value />
230    </parameter>
231    <parameter>
232      <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
233      <label>Tissue</label>
234      <class />
235      <value />
236    </parameter>
237    <parameter>
238      <name>extendedColumnMapping.accession</name>
239      <label>Accession</label>
240      <class />
241      <value />
242    </parameter>
243    <parameter>
244      <name>minDataColumns</name>
245      <label>Min data columns</label>
246      <class />
247      <value />
248    </parameter>
249    <parameter>
250      <name>ignoreRegexp</name>
251      <label>Ignore</label>
252      <class />
253      <value />
254    </parameter>
255    <parameter>
256      <name>extendedColumnMapping.library</name>
257      <label>Library</label>
258      <class />
259      <value />
260    </parameter>
261    <parameter>
262      <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
263      <label>Cluster ID</label>
264      <class />
265      <value />
266    </parameter>
267    <parameter>
268      <name>dataFooterRegexp</name>
269      <label>Data footer</label>
270      <class />
271      <value />
272    </parameter>
273    <parameter>
274      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
275      <label>Sequence</label>
276      <class />
277      <value />
278    </parameter>
279    <parameter>
280      <name>extendedColumnMapping.species</name>
281      <label>Species</label>
282      <class />
283      <value />
284    </parameter>
285    <parameter>
286      <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
287      <label>Cytoband</label>
288      <class />
289      <value />
290    </parameter>
291  </configuration>
292  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterMapFlatFileImporter">
293    <configname>Features from Genepix file</configname>
294    <description>This configuration is for import features from a GenePix file.&#xD;
295Block mapping is used in this configuration.</description>
296    <parameter>
297      <name>dataHeaderRegexp</name>
298      <label>dataHeaderRegexp</label>
299      <class>java.lang.String</class>
300      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
301    </parameter>
302    <parameter>
303      <name>dataSplitterRegexp</name>
304      <label>dataSplitterRegexp</label>
305      <class>java.lang.String</class>
306      <value>\t</value>
307    </parameter>
308    <parameter>
309      <name>columnColumnMapping</name>
310      <label>columnColumnMapping</label>
311      <class>java.lang.String</class>
312      <value>\Column\</value>
313    </parameter>
314    <parameter>
315      <name>reporterIdColumnMapping</name>
316      <label>reporterIdColumnMapping</label>
317      <class>java.lang.String</class>
318      <value>\ID\</value>
319    </parameter>
320    <parameter>
321      <name>blockColumnMapping</name>
322      <label>blockColumnMapping</label>
323      <class>java.lang.String</class>
324      <value>\Block\</value>
325    </parameter>
326    <parameter>
327      <name>rowColumnMapping</name>
328      <label>rowColumnMapping</label>
329      <class>java.lang.String</class>
330      <value>\Row\</value>
331    </parameter>
332  </configuration>
333  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
334    <configname>GenePix raw data import (cy5/cy3)</configname>
335    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
336The wavelengths should be 635nm for channel_1 and 532nm for channel_2.</description>
337    <parameter>
338      <name>yColumnMapping</name>
339      <label>Y</label>
340      <class>java.lang.String</class>
341      <value>\Y\</value>
342    </parameter>
343    <parameter>
344      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
345      <label>Channel 2 background mean</label>
346      <class>java.lang.String</class>
347      <value>\B532 Mean\</value>
348    </parameter>
349    <parameter>
350      <name>propertyMapping.flags</name>
351      <label>Flags</label>
352      <class>java.lang.String</class>
353      <value>\Flags\</value>
354    </parameter>
355    <parameter>
356      <name>propertyMapping.mValue</name>
357      <label>M value</label>
358      <class>java.lang.String</class>
359      <value>\Log Ratio (635/532)\</value>
360    </parameter>
361    <parameter>
362      <name>trimQuotes</name>
363      <label>Remove quotes</label>
364      <class>java.lang.Boolean</class>
365      <value>true</value>
366    </parameter>
367    <parameter>
368      <name>propertyMapping.diameter</name>
369      <label>Spot diameter</label>
370      <class>java.lang.String</class>
371      <value>\Dia.\</value>
372    </parameter>
373    <parameter>
374      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
375      <label>Percent saturated pixels</label>
376      <class>java.lang.String</class>
377      <value>\F532 % Sat.\</value>
378    </parameter>
379    <parameter>
380      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
381      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
382      <class>java.lang.String</class>
383      <value>\F635 SD\</value>
384    </parameter>
385    <parameter>
386      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
387      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
388      <class>java.lang.String</class>
389      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
390    </parameter>
391    <parameter>
392      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
393      <label>Foreground pixels</label>
394      <class>java.lang.String</class>
395      <value>\F Pixels\</value>
396    </parameter>
397    <parameter>
398      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
399      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
400      <class>java.lang.String</class>
401      <value>\F532 SD\</value>
402    </parameter>
403    <parameter>
404      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
405      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
406      <class>java.lang.String</class>
407      <value>\B532 SD\</value>
408    </parameter>
409    <parameter>
410      <name>headerRegexp</name>
411      <label>Header</label>
412      <class>java.lang.String</class>
413      <value>"(.+)=(.*)"</value>
414    </parameter>
415    <parameter>
416      <name>reporterIdColumnMapping</name>
417      <label>Reporter ID</label>
418      <class>java.lang.String</class>
419      <value>\ID\</value>
420    </parameter>
421    <parameter>
422      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
423      <label>Channel 1 foreground median</label>
424      <class>java.lang.String</class>
425      <value>\F635 Median\</value>
426    </parameter>
427    <parameter>
428      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
429      <label>Channel 1 background mean</label>
430      <class>java.lang.String</class>
431      <value>\B635 Mean\</value>
432    </parameter>
433    <parameter>
434      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
435      <label>Channel 2 background median</label>
436      <class>java.lang.String</class>
437      <value>\B532 Median\</value>
438    </parameter>
439    <parameter>
440      <name>rowColumnMapping</name>
441      <label>Row</label>
442      <class>java.lang.String</class>
443      <value>\Row\</value>
444    </parameter>
445    <parameter>
446      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
447      <label>Channel 1 background median</label>
448      <class>java.lang.String</class>
449      <value>\B635 Median\</value>
450    </parameter>
451    <parameter>
452      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
453      <label>Channel 2 foreground mean</label>
454      <class>java.lang.String</class>
455      <value>\F532 Mean\</value>
456    </parameter>
457    <parameter>
458      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
459      <label>Rgn R2</label>
460      <class>java.lang.String</class>
461      <value>\Rgn R² (635/532)\</value>
462    </parameter>
463    <parameter>
464      <name>dataHeaderRegexp</name>
465      <label>Data header</label>
466      <class>java.lang.String</class>
467      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(635\/532\)".*</value>
468    </parameter>
469    <parameter>
470      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
471      <label>Standard deviation of ratios</label>
472      <class>java.lang.String</class>
473      <value>\Ratios SD (635/532)\</value>
474    </parameter>
475    <parameter>
476      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
477      <label>Channel 2 foreground median</label>
478      <class>java.lang.String</class>
479      <value>\F532 Median\</value>
480    </parameter>
481    <parameter>
482      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
483      <label>Percent saturated pixels</label>
484      <class>java.lang.String</class>
485      <value>\F635 % Sat.\</value>
486    </parameter>
487    <parameter>
488      <name>dataSplitterRegexp</name>
489      <label>Data splitter</label>
490      <class>java.lang.String</class>
491      <value>\t</value>
492    </parameter>
493    <parameter>
494      <name>columnColumnMapping</name>
495      <label>Column</label>
496      <class>java.lang.String</class>
497      <value>\Column\</value>
498    </parameter>
499    <parameter>
500      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
501      <label>Background pixels</label>
502      <class>java.lang.String</class>
503      <value>\B Pixels\</value>
504    </parameter>
505    <parameter>
506      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
507      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
508      <class>java.lang.String</class>
509      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
510    </parameter>
511    <parameter>
512      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
513      <label>Channel 1 foreground mean</label>
514      <class>java.lang.String</class>
515      <value>\F635 Mean\</value>
516    </parameter>
517    <parameter>
518      <name>xColumnMapping</name>
519      <label>X</label>
520      <class>java.lang.String</class>
521      <value>\X\</value>
522    </parameter>
523    <parameter>
524      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
525      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
526      <class>java.lang.String</class>
527      <value>\B635 SD\</value>
528    </parameter>
529    <parameter>
530      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
531      <label>Rgn ratio</label>
532      <class>java.lang.String</class>
533      <value>\Rgn Ratio (635/532)\</value>
534    </parameter>
535    <parameter>
536      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
537      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
538      <class>java.lang.String</class>
539      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
540    </parameter>
541    <parameter>
542      <name>rawDataType</name>
543      <label>Raw data type</label>
544      <class>java.lang.String</class>
545      <value>genepix</value>
546    </parameter>
547    <parameter>
548      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
549      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
550      <class>java.lang.String</class>
551      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
552    </parameter>
553    <parameter>
554      <name>blockColumnMapping</name>
555      <label>Block</label>
556      <class>java.lang.String</class>
557      <value>\Block\</value>
558    </parameter>
559  </configuration>
560  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
561    <configname>GenePix raw data import (cy3/cy5)</configname>
562    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
563The wavelengths should be 532nm for channel_1 and 635nm for channel_2.</description>
564    <parameter>
565      <name>yColumnMapping</name>
566      <label>Y</label>
567      <class>java.lang.String</class>
568      <value>\Y\</value>
569    </parameter>
570    <parameter>
571      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
572      <label>Channel 2 background mean</label>
573      <class>java.lang.String</class>
574      <value>\B635 Mean\</value>
575    </parameter>
576    <parameter>
577      <name>propertyMapping.flags</name>
578      <label>Flags</label>
579      <class>java.lang.String</class>
580      <value>\Flags\</value>
581    </parameter>
582    <parameter>
583      <name>propertyMapping.mValue</name>
584      <label>M value</label>
585      <class>java.lang.String</class>
586      <value>\Log Ratio (532/635)\</value>
587    </parameter>
588    <parameter>
589      <name>trimQuotes</name>
590      <label>Remove quotes</label>
591      <class>java.lang.Boolean</class>
592      <value>true</value>
593    </parameter>
594    <parameter>
595      <name>propertyMapping.diameter</name>
596      <label>Spot diameter</label>
597      <class>java.lang.String</class>
598      <value>\Dia.\</value>
599    </parameter>
600    <parameter>
601      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
602      <label>Percent saturated pixels</label>
603      <class>java.lang.String</class>
604      <value>\F635 % Sat.\</value>
605    </parameter>
606    <parameter>
607      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
608      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
609      <class>java.lang.String</class>
610      <value>\F532 SD\</value>
611    </parameter>
612    <parameter>
613      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
614      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
615      <class>java.lang.String</class>
616      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
617    </parameter>
618    <parameter>
619      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
620      <label>Foreground pixels</label>
621      <class>java.lang.String</class>
622      <value>\F Pixels\</value>
623    </parameter>
624    <parameter>
625      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
626      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
627      <class>java.lang.String</class>
628      <value>\F635 SD\</value>
629    </parameter>
630    <parameter>
631      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
632      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
633      <class>java.lang.String</class>
634      <value>\B635 SD\</value>
635    </parameter>
636    <parameter>
637      <name>headerRegexp</name>
638      <label>Header</label>
639      <class>java.lang.String</class>
640      <value>"(.+)=(.*)"</value>
641    </parameter>
642    <parameter>
643      <name>reporterIdColumnMapping</name>
644      <label>Reporter ID</label>
645      <class>java.lang.String</class>
646      <value>\ID\</value>
647    </parameter>
648    <parameter>
649      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
650      <label>Channel 1 foreground median</label>
651      <class>java.lang.String</class>
652      <value>\F532 Median\</value>
653    </parameter>
654    <parameter>
655      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
656      <label>Channel 1 background mean</label>
657      <class>java.lang.String</class>
658      <value>\B532 Mean\</value>
659    </parameter>
660    <parameter>
661      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
662      <label>Channel 2 background median</label>
663      <class>java.lang.String</class>
664      <value>\B635 Median\</value>
665    </parameter>
666    <parameter>
667      <name>rowColumnMapping</name>
668      <label>Row</label>
669      <class>java.lang.String</class>
670      <value>\Row\</value>
671    </parameter>
672    <parameter>
673      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
674      <label>Channel 1 background median</label>
675      <class>java.lang.String</class>
676      <value>\B532 Median\</value>
677    </parameter>
678    <parameter>
679      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
680      <label>Channel 2 foreground mean</label>
681      <class>java.lang.String</class>
682      <value>\F635 Mean\</value>
683    </parameter>
684    <parameter>
685      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
686      <label>Rgn R2</label>
687      <class>java.lang.String</class>
688      <value>\Rgn R² (532/635)\</value>
689    </parameter>
690    <parameter>
691      <name>dataHeaderRegexp</name>
692      <label>Data header</label>
693      <class>java.lang.String</class>
694      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(532\/635\)".*</value>
695    </parameter>
696    <parameter>
697      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
698      <label>Standard deviation of ratios</label>
699      <class>java.lang.String</class>
700      <value>\Ratios SD (532/635)\</value>
701    </parameter>
702    <parameter>
703      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
704      <label>Channel 2 foreground median</label>
705      <class>java.lang.String</class>
706      <value>\F635 Median\</value>
707    </parameter>
708    <parameter>
709      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
710      <label>Percent saturated pixels</label>
711      <class>java.lang.String</class>
712      <value>\F532 % Sat.\</value>
713    </parameter>
714    <parameter>
715      <name>dataSplitterRegexp</name>
716      <label>Data splitter</label>
717      <class>java.lang.String</class>
718      <value>\t</value>
719    </parameter>
720    <parameter>
721      <name>columnColumnMapping</name>
722      <label>Column</label>
723      <class>java.lang.String</class>
724      <value>\Column\</value>
725    </parameter>
726    <parameter>
727      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
728      <label>Background pixels</label>
729      <class>java.lang.String</class>
730      <value>\B Pixels\</value>
731    </parameter>
732    <parameter>
733      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
734      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
735      <class>java.lang.String</class>
736      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
737    </parameter>
738    <parameter>
739      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
740      <label>Channel 1 foreground mean</label>
741      <class>java.lang.String</class>
742      <value>\F532 Mean\</value>
743    </parameter>
744    <parameter>
745      <name>xColumnMapping</name>
746      <label>X</label>
747      <class>java.lang.String</class>
748      <value>\X\</value>
749    </parameter>
750    <parameter>
751      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
752      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
753      <class>java.lang.String</class>
754      <value>\B532 SD\</value>
755    </parameter>
756    <parameter>
757      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
758      <label>Rgn ratio</label>
759      <class>java.lang.String</class>
760      <value>\Rgn Ratio (532/635)\</value>
761    </parameter>
762    <parameter>
763      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
764      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
765      <class>java.lang.String</class>
766      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
767    </parameter>
768    <parameter>
769      <name>rawDataType</name>
770      <label>Raw data type</label>
771      <class>java.lang.String</class>
772      <value>genepix</value>
773    </parameter>
774    <parameter>
775      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
776      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
777      <class>java.lang.String</class>
778      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
779    </parameter>
780    <parameter>
781      <name>blockColumnMapping</name>
782      <label>Block</label>
783      <class>java.lang.String</class>
784      <value>\Block\</value>
785    </parameter>
786  </configuration>
787  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
788    <configname>96_well plate import</configname>
789    <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 96-well plates.</description>
790    <parameter>
791      <name>nameColumnMapping</name>
792      <label>Plate number/name</label>
793      <class>java.lang.String</class>
794      <value>\96_number\</value>
795    </parameter>
796    <parameter>
797      <name>reporterColumnMapping</name>
798      <label>Reporter ID</label>
799      <class>java.lang.String</class>
800      <value>\oligo_id\</value>
801    </parameter>
802    <parameter>
803      <name>dataHeaderRegexp</name>
804      <label>Data header</label>
805      <class>java.lang.String</class>
806      <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
807    </parameter>
808    <parameter>
809      <name>trimQuotes</name>
810      <label>Remove quotes</label>
811      <class>java.lang.Boolean</class>
812      <value>true</value>
813    </parameter>
814    <parameter>
815      <name>dataSplitterRegexp</name>
816      <label>Data splitter</label>
817      <class>java.lang.String</class>
818      <value>\t</value>
819    </parameter>
820    <parameter>
821      <name>columnColumnMapping</name>
822      <label>Column</label>
823      <class>java.lang.String</class>
824      <value>\96_column\</value>
825    </parameter>
826    <parameter>
827      <name>rowColumnMapping</name>
828      <label>Row</label>
829      <class>java.lang.String</class>
830      <value>\96_row\</value>
831    </parameter>
832  </configuration>
833  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
834    <configname>Reporters from 96well plates file</configname>
835    <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 96well plates are imported from.</description>
836    <parameter>
837      <name>nameColumnMapping</name>
838      <label>Name</label>
839      <class>java.lang.String</class>
840      <value>\oligo_id\</value>
841    </parameter>
842    <parameter>
843      <name>dataHeaderRegexp</name>
844      <label>Data header</label>
845      <class>java.lang.String</class>
846      <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
847    </parameter>
848    <parameter>
849      <name>trimQuotes</name>
850      <label>Remove quotes</label>
851      <class>java.lang.Boolean</class>
852      <value>true</value>
853    </parameter>
854    <parameter>
855      <name>dataSplitterRegexp</name>
856      <label>Data splitter</label>
857      <class>java.lang.String</class>
858      <value>\t</value>
859    </parameter>
860    <parameter>
861      <name>descriptionColumnMapping</name>
862      <label>Description</label>
863      <class>java.lang.String</class>
864      <value>\description_Ensembl*\</value>
865    </parameter>
866    <parameter>
867      <name>symbolColumnMapping</name>
868      <label>Gene symbol</label>
869      <class>java.lang.String</class>
870      <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
871    </parameter>
872    <parameter>
873      <name>reporterIdColumnMapping</name>
874      <label>Reporter ID</label>
875      <class>java.lang.String</class>
876      <value>\oligo_id\</value>
877    </parameter>
878    <parameter>
879      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
880      <label>Sequence</label>
881      <class>java.lang.String</class>
882      <value>\oligo_sequence\</value>
883    </parameter>
884  </configuration>
885  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
886    <configname>Zip archive (.zip)</configname>
887    <description>Compress the selected files/directories and put them in a ZIP file.</description>
888    <parameter>
889      <name>packer</name>
890      <label>Packer class</label>
891      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
892      <class>java.lang.String</class>
893      <value>net.sf.basedb.util.zip.ZipFilePacker</value>
894    </parameter>
895  </configuration>
896  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
897    <configname>TAR archive (.tar)</configname>
898    <description>Collect the selected files/directories into a TAR file (not compressed).</description>
899    <parameter>
900      <name>packer</name>
901      <label>Packer class</label>
902      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
903      <class>java.lang.String</class>
904      <value>net.sf.basedb.util.zip.TarFilePacker</value>
905    </parameter>
906  </configuration>
907  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
908    <configname>GZipped TAR archive (.tar.gz)</configname>
909    <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with GZIP.</description>
910    <parameter>
911      <name>packer</name>
912      <label>Packer class</label>
913      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
914      <class>java.lang.String</class>
915      <value>net.sf.basedb.util.zip.GzipFilePacker</value>
916    </parameter>
917  </configuration>
918  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
919    <configname>BZipped TAR archive (.tar.bz2)</configname>
920    <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with BZIP2.</description>
921    <parameter>
922      <name>packer</name>
923      <label>Packer class</label>
924      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
925      <class>java.lang.String</class>
926      <value>net.sf.basedb.util.zip.Bzip2FilePacker</value>
927    </parameter>
928  </configuration>
929</configfile>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.