source: trunk/data/plugin_configfile.xml @ 5761

Last change on this file since 5761 was 5761, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

References #1623: Create reporter importer for GTF files

Column mapping expressions was incorrect. Should be <gene_id> / <transcript_id>.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 35.9 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
3<!--
4  $Id: plugin_configfile.xml 5761 2011-09-26 12:08:05Z nicklas $
5
6  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
7  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
8
9  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
10  Available at http://base.thep.lu.se/
11
12  BASE is free software; you can redistribute it and/or
13  modify it under the terms of the GNU General Public License
14  as published by the Free Software Foundation; either version 3
15  of the License, or (at your option) any later version.
16
17  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
18  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
19  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
20  GNU General Public License for more details.
21
22  You should have received a copy of the GNU General Public License
23  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
24-->
25<configfile>
26  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
27    <configname>384_wells plate import</configname>
28    <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 384-well plates.</description>
29    <parameter>
30      <name>nameColumnMapping</name>
31      <label>nameColumnMapping</label>
32      <class>java.lang.String</class>
33      <value>\384_number\</value>
34    </parameter>
35    <parameter>
36      <name>reporterColumnMapping</name>
37      <label>reporterColumnMapping</label>
38      <class>java.lang.String</class>
39      <value>\oligo_id\</value>
40    </parameter>
41    <parameter>
42      <name>dataHeaderRegexp</name>
43      <label>dataHeaderRegexp</label>
44      <class>java.lang.String</class>
45      <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
46    </parameter>
47    <parameter>
48      <name>dataSplitterRegexp</name>
49      <label>dataSplitterRegexp</label>
50      <class>java.lang.String</class>
51      <value>\t</value>
52    </parameter>
53    <parameter>
54      <name>columnColumnMapping</name>
55      <label>columnColumnMapping</label>
56      <class>java.lang.String</class>
57      <value>\384_column\</value>
58    </parameter>
59    <parameter>
60      <name>rowColumnMapping</name>
61      <label>rowColumnMapping</label>
62      <class>java.lang.String</class>
63      <value>\384_row\</value>
64    </parameter>
65  </configuration>
66  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
67    <configname>Reporters from 384well plates file</configname>
68    <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 384well plates are imported from.</description>
69    <parameter>
70      <name>nameColumnMapping</name>
71      <label>nameColumnMapping</label>
72      <class>java.lang.String</class>
73      <value>\oligo_id\</value>
74    </parameter>
75    <parameter>
76      <name>dataHeaderRegexp</name>
77      <label>dataHeaderRegexp</label>
78      <class>java.lang.String</class>
79      <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
80    </parameter>
81    <parameter>
82      <name>dataSplitterRegexp</name>
83      <label>dataSplitterRegexp</label>
84      <class>java.lang.String</class>
85      <value>\t</value>
86    </parameter>
87    <parameter>
88      <name>descriptionColumnMapping</name>
89      <label>descriptionColumnMapping</label>
90      <class>java.lang.String</class>
91      <value>\description_Ensembl*\</value>
92    </parameter>
93    <parameter>
94      <name>symbolColumnMapping</name>
95      <label>symbolColumnMapping</label>
96      <class>java.lang.String</class>
97      <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
98    </parameter>
99    <parameter>
100      <name>reporterIdColumnMapping</name>
101      <label>reporterIdColumnMapping</label>
102      <class>java.lang.String</class>
103      <value>\oligo_id\</value>
104    </parameter>
105    <parameter>
106      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
107      <label>extendedColumnMapping.sequence</label>
108      <class>java.lang.String</class>
109      <value>\oligo_sequence\</value>
110    </parameter>
111  </configuration>
112  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
113    <configname>Reporters from GenePix file</configname>
114    <description>This  configuration is for importing reporters from a GenePix file (*.gpr)</description>
115    <parameter>
116      <name>maxDataColumns</name>
117      <label>Max data columns</label>
118      <class />
119      <value />
120    </parameter>
121    <parameter>
122      <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
123      <label>LocusLink</label>
124      <class />
125      <value />
126    </parameter>
127    <parameter>
128      <name>trimQuotes</name>
129      <label>Remove quotes</label>
130      <class>java.lang.Boolean</class>
131      <value>true</value>
132    </parameter>
133    <parameter>
134      <name>scoreColumnMapping</name>
135      <label>Score</label>
136      <class />
137      <value />
138    </parameter>
139    <parameter>
140      <name>nameColumnMapping</name>
141      <label>Name</label>
142      <class>java.lang.String</class>
143      <value>\Name\</value>
144    </parameter>
145    <parameter>
146      <name>extendedColumnMapping.markers</name>
147      <label>Markers</label>
148      <class />
149      <value />
150    </parameter>
151    <parameter>
152      <name>extendedColumnMapping.vector</name>
153      <label>Vector</label>
154      <class />
155      <value />
156    </parameter>
157    <parameter>
158      <name>extendedColumnMapping.nid</name>
159      <label>NID</label>
160      <class />
161      <value />
162    </parameter>
163    <parameter>
164      <name>descriptionColumnMapping</name>
165      <label>Description</label>
166      <class />
167      <value />
168    </parameter>
169    <parameter>
170      <name>headerRegexp</name>
171      <label>Header</label>
172      <class />
173      <value />
174    </parameter>
175    <parameter>
176      <name>reporterIdColumnMapping</name>
177      <label>Reporter ID</label>
178      <class>java.lang.String</class>
179      <value>\ID\</value>
180    </parameter>
181    <parameter>
182      <name>symbolColumnMapping</name>
183      <label>Gene symbol</label>
184      <class />
185      <value />
186    </parameter>
187    <parameter>
188      <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
189      <label>Antibiotics</label>
190      <class />
191      <value />
192    </parameter>
193    <parameter>
194      <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
195      <label>Chromosome</label>
196      <class />
197      <value />
198    </parameter>
199    <parameter>
200      <name>reporterType</name>
201      <label>Reporter type</label>
202      <class />
203      <value />
204    </parameter>
205    <parameter>
206      <name>extendedColumnMapping.omim</name>
207      <label>OMIM</label>
208      <class />
209      <value />
210    </parameter>
211    <parameter>
212      <name>dataHeaderRegexp</name>
213      <label>Data header</label>
214      <class>java.lang.String</class>
215      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
216    </parameter>
217    <parameter>
218      <name>dataSplitterRegexp</name>
219      <label>Data splitter</label>
220      <class>java.lang.String</class>
221      <value>\t</value>
222    </parameter>
223    <parameter>
224      <name>extendedColumnMapping.length</name>
225      <label>Length</label>
226      <class />
227      <value />
228    </parameter>
229    <parameter>
230      <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
231      <label>Tissue</label>
232      <class />
233      <value />
234    </parameter>
235    <parameter>
236      <name>extendedColumnMapping.accession</name>
237      <label>Accession</label>
238      <class />
239      <value />
240    </parameter>
241    <parameter>
242      <name>minDataColumns</name>
243      <label>Min data columns</label>
244      <class />
245      <value />
246    </parameter>
247    <parameter>
248      <name>ignoreRegexp</name>
249      <label>Ignore</label>
250      <class />
251      <value />
252    </parameter>
253    <parameter>
254      <name>extendedColumnMapping.library</name>
255      <label>Library</label>
256      <class />
257      <value />
258    </parameter>
259    <parameter>
260      <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
261      <label>Cluster ID</label>
262      <class />
263      <value />
264    </parameter>
265    <parameter>
266      <name>dataFooterRegexp</name>
267      <label>Data footer</label>
268      <class />
269      <value />
270    </parameter>
271    <parameter>
272      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
273      <label>Sequence</label>
274      <class />
275      <value />
276    </parameter>
277    <parameter>
278      <name>extendedColumnMapping.species</name>
279      <label>Species</label>
280      <class />
281      <value />
282    </parameter>
283    <parameter>
284      <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
285      <label>Cytoband</label>
286      <class />
287      <value />
288    </parameter>
289  </configuration>
290  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterMapFlatFileImporter">
291    <configname>Features from Genepix file</configname>
292    <description>This configuration is for import features from a GenePix file.&#xD;
293Block mapping is used in this configuration.</description>
294    <parameter>
295      <name>dataHeaderRegexp</name>
296      <label>dataHeaderRegexp</label>
297      <class>java.lang.String</class>
298      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
299    </parameter>
300    <parameter>
301      <name>dataSplitterRegexp</name>
302      <label>dataSplitterRegexp</label>
303      <class>java.lang.String</class>
304      <value>\t</value>
305    </parameter>
306    <parameter>
307      <name>columnColumnMapping</name>
308      <label>columnColumnMapping</label>
309      <class>java.lang.String</class>
310      <value>\Column\</value>
311    </parameter>
312    <parameter>
313      <name>reporterIdColumnMapping</name>
314      <label>reporterIdColumnMapping</label>
315      <class>java.lang.String</class>
316      <value>\ID\</value>
317    </parameter>
318    <parameter>
319      <name>blockColumnMapping</name>
320      <label>blockColumnMapping</label>
321      <class>java.lang.String</class>
322      <value>\Block\</value>
323    </parameter>
324    <parameter>
325      <name>rowColumnMapping</name>
326      <label>rowColumnMapping</label>
327      <class>java.lang.String</class>
328      <value>\Row\</value>
329    </parameter>
330  </configuration>
331  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
332    <configname>GenePix raw data import (cy5/cy3)</configname>
333    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
334The wavelengths should be 635nm for channel_1 and 532nm for channel_2.</description>
335    <parameter>
336      <name>yColumnMapping</name>
337      <label>Y</label>
338      <class>java.lang.String</class>
339      <value>\Y\</value>
340    </parameter>
341    <parameter>
342      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
343      <label>Channel 2 background mean</label>
344      <class>java.lang.String</class>
345      <value>\B532 Mean\</value>
346    </parameter>
347    <parameter>
348      <name>propertyMapping.flags</name>
349      <label>Flags</label>
350      <class>java.lang.String</class>
351      <value>\Flags\</value>
352    </parameter>
353    <parameter>
354      <name>propertyMapping.mValue</name>
355      <label>M value</label>
356      <class>java.lang.String</class>
357      <value>\Log Ratio (635/532)\</value>
358    </parameter>
359    <parameter>
360      <name>trimQuotes</name>
361      <label>Remove quotes</label>
362      <class>java.lang.Boolean</class>
363      <value>true</value>
364    </parameter>
365    <parameter>
366      <name>propertyMapping.diameter</name>
367      <label>Spot diameter</label>
368      <class>java.lang.String</class>
369      <value>\Dia.\</value>
370    </parameter>
371    <parameter>
372      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
373      <label>Percent saturated pixels</label>
374      <class>java.lang.String</class>
375      <value>\F532 % Sat.\</value>
376    </parameter>
377    <parameter>
378      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
379      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
380      <class>java.lang.String</class>
381      <value>\F635 SD\</value>
382    </parameter>
383    <parameter>
384      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
385      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
386      <class>java.lang.String</class>
387      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
388    </parameter>
389    <parameter>
390      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
391      <label>Foreground pixels</label>
392      <class>java.lang.String</class>
393      <value>\F Pixels\</value>
394    </parameter>
395    <parameter>
396      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
397      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
398      <class>java.lang.String</class>
399      <value>\F532 SD\</value>
400    </parameter>
401    <parameter>
402      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
403      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
404      <class>java.lang.String</class>
405      <value>\B532 SD\</value>
406    </parameter>
407    <parameter>
408      <name>headerRegexp</name>
409      <label>Header</label>
410      <class>java.lang.String</class>
411      <value>"(.+)=(.*)"</value>
412    </parameter>
413    <parameter>
414      <name>reporterIdColumnMapping</name>
415      <label>Reporter ID</label>
416      <class>java.lang.String</class>
417      <value>\ID\</value>
418    </parameter>
419    <parameter>
420      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
421      <label>Channel 1 foreground median</label>
422      <class>java.lang.String</class>
423      <value>\F635 Median\</value>
424    </parameter>
425    <parameter>
426      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
427      <label>Channel 1 background mean</label>
428      <class>java.lang.String</class>
429      <value>\B635 Mean\</value>
430    </parameter>
431    <parameter>
432      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
433      <label>Channel 2 background median</label>
434      <class>java.lang.String</class>
435      <value>\B532 Median\</value>
436    </parameter>
437    <parameter>
438      <name>rowColumnMapping</name>
439      <label>Row</label>
440      <class>java.lang.String</class>
441      <value>\Row\</value>
442    </parameter>
443    <parameter>
444      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
445      <label>Channel 1 background median</label>
446      <class>java.lang.String</class>
447      <value>\B635 Median\</value>
448    </parameter>
449    <parameter>
450      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
451      <label>Channel 2 foreground mean</label>
452      <class>java.lang.String</class>
453      <value>\F532 Mean\</value>
454    </parameter>
455    <parameter>
456      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
457      <label>Rgn R2</label>
458      <class>java.lang.String</class>
459      <value>\Rgn R² (635/532)\</value>
460    </parameter>
461    <parameter>
462      <name>dataHeaderRegexp</name>
463      <label>Data header</label>
464      <class>java.lang.String</class>
465      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(635\/532\)".*</value>
466    </parameter>
467    <parameter>
468      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
469      <label>Standard deviation of ratios</label>
470      <class>java.lang.String</class>
471      <value>\Ratios SD (635/532)\</value>
472    </parameter>
473    <parameter>
474      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
475      <label>Channel 2 foreground median</label>
476      <class>java.lang.String</class>
477      <value>\F532 Median\</value>
478    </parameter>
479    <parameter>
480      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
481      <label>Percent saturated pixels</label>
482      <class>java.lang.String</class>
483      <value>\F635 % Sat.\</value>
484    </parameter>
485    <parameter>
486      <name>dataSplitterRegexp</name>
487      <label>Data splitter</label>
488      <class>java.lang.String</class>
489      <value>\t</value>
490    </parameter>
491    <parameter>
492      <name>columnColumnMapping</name>
493      <label>Column</label>
494      <class>java.lang.String</class>
495      <value>\Column\</value>
496    </parameter>
497    <parameter>
498      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
499      <label>Background pixels</label>
500      <class>java.lang.String</class>
501      <value>\B Pixels\</value>
502    </parameter>
503    <parameter>
504      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
505      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
506      <class>java.lang.String</class>
507      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
508    </parameter>
509    <parameter>
510      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
511      <label>Channel 1 foreground mean</label>
512      <class>java.lang.String</class>
513      <value>\F635 Mean\</value>
514    </parameter>
515    <parameter>
516      <name>xColumnMapping</name>
517      <label>X</label>
518      <class>java.lang.String</class>
519      <value>\X\</value>
520    </parameter>
521    <parameter>
522      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
523      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
524      <class>java.lang.String</class>
525      <value>\B635 SD\</value>
526    </parameter>
527    <parameter>
528      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
529      <label>Rgn ratio</label>
530      <class>java.lang.String</class>
531      <value>\Rgn Ratio (635/532)\</value>
532    </parameter>
533    <parameter>
534      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
535      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
536      <class>java.lang.String</class>
537      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
538    </parameter>
539    <parameter>
540      <name>rawDataType</name>
541      <label>Raw data type</label>
542      <class>java.lang.String</class>
543      <value>genepix</value>
544    </parameter>
545    <parameter>
546      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
547      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
548      <class>java.lang.String</class>
549      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
550    </parameter>
551    <parameter>
552      <name>blockColumnMapping</name>
553      <label>Block</label>
554      <class>java.lang.String</class>
555      <value>\Block\</value>
556    </parameter>
557  </configuration>
558  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
559    <configname>GenePix raw data import (cy3/cy5)</configname>
560    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
561The wavelengths should be 532nm for channel_1 and 635nm for channel_2.</description>
562    <parameter>
563      <name>yColumnMapping</name>
564      <label>Y</label>
565      <class>java.lang.String</class>
566      <value>\Y\</value>
567    </parameter>
568    <parameter>
569      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
570      <label>Channel 2 background mean</label>
571      <class>java.lang.String</class>
572      <value>\B635 Mean\</value>
573    </parameter>
574    <parameter>
575      <name>propertyMapping.flags</name>
576      <label>Flags</label>
577      <class>java.lang.String</class>
578      <value>\Flags\</value>
579    </parameter>
580    <parameter>
581      <name>propertyMapping.mValue</name>
582      <label>M value</label>
583      <class>java.lang.String</class>
584      <value>\Log Ratio (532/635)\</value>
585    </parameter>
586    <parameter>
587      <name>trimQuotes</name>
588      <label>Remove quotes</label>
589      <class>java.lang.Boolean</class>
590      <value>true</value>
591    </parameter>
592    <parameter>
593      <name>propertyMapping.diameter</name>
594      <label>Spot diameter</label>
595      <class>java.lang.String</class>
596      <value>\Dia.\</value>
597    </parameter>
598    <parameter>
599      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
600      <label>Percent saturated pixels</label>
601      <class>java.lang.String</class>
602      <value>\F635 % Sat.\</value>
603    </parameter>
604    <parameter>
605      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
606      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
607      <class>java.lang.String</class>
608      <value>\F532 SD\</value>
609    </parameter>
610    <parameter>
611      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
612      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
613      <class>java.lang.String</class>
614      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
615    </parameter>
616    <parameter>
617      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
618      <label>Foreground pixels</label>
619      <class>java.lang.String</class>
620      <value>\F Pixels\</value>
621    </parameter>
622    <parameter>
623      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
624      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
625      <class>java.lang.String</class>
626      <value>\F635 SD\</value>
627    </parameter>
628    <parameter>
629      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
630      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
631      <class>java.lang.String</class>
632      <value>\B635 SD\</value>
633    </parameter>
634    <parameter>
635      <name>headerRegexp</name>
636      <label>Header</label>
637      <class>java.lang.String</class>
638      <value>"(.+)=(.*)"</value>
639    </parameter>
640    <parameter>
641      <name>reporterIdColumnMapping</name>
642      <label>Reporter ID</label>
643      <class>java.lang.String</class>
644      <value>\ID\</value>
645    </parameter>
646    <parameter>
647      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
648      <label>Channel 1 foreground median</label>
649      <class>java.lang.String</class>
650      <value>\F532 Median\</value>
651    </parameter>
652    <parameter>
653      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
654      <label>Channel 1 background mean</label>
655      <class>java.lang.String</class>
656      <value>\B532 Mean\</value>
657    </parameter>
658    <parameter>
659      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
660      <label>Channel 2 background median</label>
661      <class>java.lang.String</class>
662      <value>\B635 Median\</value>
663    </parameter>
664    <parameter>
665      <name>rowColumnMapping</name>
666      <label>Row</label>
667      <class>java.lang.String</class>
668      <value>\Row\</value>
669    </parameter>
670    <parameter>
671      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
672      <label>Channel 1 background median</label>
673      <class>java.lang.String</class>
674      <value>\B532 Median\</value>
675    </parameter>
676    <parameter>
677      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
678      <label>Channel 2 foreground mean</label>
679      <class>java.lang.String</class>
680      <value>\F635 Mean\</value>
681    </parameter>
682    <parameter>
683      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
684      <label>Rgn R2</label>
685      <class>java.lang.String</class>
686      <value>\Rgn R² (532/635)\</value>
687    </parameter>
688    <parameter>
689      <name>dataHeaderRegexp</name>
690      <label>Data header</label>
691      <class>java.lang.String</class>
692      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(532\/635\)".*</value>
693    </parameter>
694    <parameter>
695      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
696      <label>Standard deviation of ratios</label>
697      <class>java.lang.String</class>
698      <value>\Ratios SD (532/635)\</value>
699    </parameter>
700    <parameter>
701      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
702      <label>Channel 2 foreground median</label>
703      <class>java.lang.String</class>
704      <value>\F635 Median\</value>
705    </parameter>
706    <parameter>
707      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
708      <label>Percent saturated pixels</label>
709      <class>java.lang.String</class>
710      <value>\F532 % Sat.\</value>
711    </parameter>
712    <parameter>
713      <name>dataSplitterRegexp</name>
714      <label>Data splitter</label>
715      <class>java.lang.String</class>
716      <value>\t</value>
717    </parameter>
718    <parameter>
719      <name>columnColumnMapping</name>
720      <label>Column</label>
721      <class>java.lang.String</class>
722      <value>\Column\</value>
723    </parameter>
724    <parameter>
725      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
726      <label>Background pixels</label>
727      <class>java.lang.String</class>
728      <value>\B Pixels\</value>
729    </parameter>
730    <parameter>
731      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
732      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
733      <class>java.lang.String</class>
734      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
735    </parameter>
736    <parameter>
737      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
738      <label>Channel 1 foreground mean</label>
739      <class>java.lang.String</class>
740      <value>\F532 Mean\</value>
741    </parameter>
742    <parameter>
743      <name>xColumnMapping</name>
744      <label>X</label>
745      <class>java.lang.String</class>
746      <value>\X\</value>
747    </parameter>
748    <parameter>
749      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
750      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
751      <class>java.lang.String</class>
752      <value>\B532 SD\</value>
753    </parameter>
754    <parameter>
755      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
756      <label>Rgn ratio</label>
757      <class>java.lang.String</class>
758      <value>\Rgn Ratio (532/635)\</value>
759    </parameter>
760    <parameter>
761      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
762      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
763      <class>java.lang.String</class>
764      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
765    </parameter>
766    <parameter>
767      <name>rawDataType</name>
768      <label>Raw data type</label>
769      <class>java.lang.String</class>
770      <value>genepix</value>
771    </parameter>
772    <parameter>
773      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
774      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
775      <class>java.lang.String</class>
776      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
777    </parameter>
778    <parameter>
779      <name>blockColumnMapping</name>
780      <label>Block</label>
781      <class>java.lang.String</class>
782      <value>\Block\</value>
783    </parameter>
784  </configuration>
785  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
786    <configname>96_well plate import</configname>
787    <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 96-well plates.</description>
788    <parameter>
789      <name>nameColumnMapping</name>
790      <label>Plate number/name</label>
791      <class>java.lang.String</class>
792      <value>\96_number\</value>
793    </parameter>
794    <parameter>
795      <name>reporterColumnMapping</name>
796      <label>Reporter ID</label>
797      <class>java.lang.String</class>
798      <value>\oligo_id\</value>
799    </parameter>
800    <parameter>
801      <name>dataHeaderRegexp</name>
802      <label>Data header</label>
803      <class>java.lang.String</class>
804      <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
805    </parameter>
806    <parameter>
807      <name>trimQuotes</name>
808      <label>Remove quotes</label>
809      <class>java.lang.Boolean</class>
810      <value>true</value>
811    </parameter>
812    <parameter>
813      <name>dataSplitterRegexp</name>
814      <label>Data splitter</label>
815      <class>java.lang.String</class>
816      <value>\t</value>
817    </parameter>
818    <parameter>
819      <name>columnColumnMapping</name>
820      <label>Column</label>
821      <class>java.lang.String</class>
822      <value>\96_column\</value>
823    </parameter>
824    <parameter>
825      <name>rowColumnMapping</name>
826      <label>Row</label>
827      <class>java.lang.String</class>
828      <value>\96_row\</value>
829    </parameter>
830  </configuration>
831  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
832    <configname>Reporters from 96well plates file</configname>
833    <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 96well plates are imported from.</description>
834    <parameter>
835      <name>nameColumnMapping</name>
836      <label>Name</label>
837      <class>java.lang.String</class>
838      <value>\oligo_id\</value>
839    </parameter>
840    <parameter>
841      <name>dataHeaderRegexp</name>
842      <label>Data header</label>
843      <class>java.lang.String</class>
844      <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
845    </parameter>
846    <parameter>
847      <name>trimQuotes</name>
848      <label>Remove quotes</label>
849      <class>java.lang.Boolean</class>
850      <value>true</value>
851    </parameter>
852    <parameter>
853      <name>dataSplitterRegexp</name>
854      <label>Data splitter</label>
855      <class>java.lang.String</class>
856      <value>\t</value>
857    </parameter>
858    <parameter>
859      <name>descriptionColumnMapping</name>
860      <label>Description</label>
861      <class>java.lang.String</class>
862      <value>\description_Ensembl*\</value>
863    </parameter>
864    <parameter>
865      <name>symbolColumnMapping</name>
866      <label>Gene symbol</label>
867      <class>java.lang.String</class>
868      <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
869    </parameter>
870    <parameter>
871      <name>reporterIdColumnMapping</name>
872      <label>Reporter ID</label>
873      <class>java.lang.String</class>
874      <value>\oligo_id\</value>
875    </parameter>
876    <parameter>
877      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
878      <label>Sequence</label>
879      <class>java.lang.String</class>
880      <value>\oligo_sequence\</value>
881    </parameter>
882  </configuration>
883  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
884    <configname>Zip archive (.zip)</configname>
885    <description>Compress the selected files/directories and put them in a ZIP file.</description>
886    <parameter>
887      <name>packer</name>
888      <label>Packer class</label>
889      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
890      <class>java.lang.String</class>
891      <value>net.sf.basedb.util.zip.ZipFilePacker</value>
892    </parameter>
893  </configuration>
894  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
895    <configname>TAR archive (.tar)</configname>
896    <description>Collect the selected files/directories into a TAR file (not compressed).</description>
897    <parameter>
898      <name>packer</name>
899      <label>Packer class</label>
900      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
901      <class>java.lang.String</class>
902      <value>net.sf.basedb.util.zip.TarFilePacker</value>
903    </parameter>
904  </configuration>
905  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
906    <configname>GZipped TAR archive (.tar.gz)</configname>
907    <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with GZIP.</description>
908    <parameter>
909      <name>packer</name>
910      <label>Packer class</label>
911      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
912      <class>java.lang.String</class>
913      <value>net.sf.basedb.util.zip.GzipFilePacker</value>
914    </parameter>
915  </configuration>
916  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
917    <configname>BZipped TAR archive (.tar.bz2)</configname>
918    <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with BZIP2.</description>
919    <parameter>
920      <name>packer</name>
921      <label>Packer class</label>
922      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
923      <class>java.lang.String</class>
924      <value>net.sf.basedb.util.zip.Bzip2FilePacker</value>
925    </parameter>
926  </configuration>
927  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
928    <configname>gene_id (no prefix)</configname>
929    <description>A configuration that uses the gene_id (no prefix) instead of the transcript_id as reporter id.</description>
930    <parameter>
931      <name>trimQuotes</name>
932      <label>Remove quotes</label>
933      <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
934      <class>java.lang.Boolean</class>
935      <value>true</value>
936    </parameter>
937    <parameter>
938      <name>dataHeaderRegexp</name>
939      <label>Data header</label>
940      <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
941      <class>java.lang.String</class>
942      <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;gene_id&gt;.*</value>
943    </parameter>
944    <parameter>
945      <name>reporterIdColumnMapping</name>
946      <label>External ID</label>
947      <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
948      <class>java.lang.String</class>
949      <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
950    </parameter>
951    <parameter>
952      <name>minDataColumns</name>
953      <label>Min data columns</label>
954      <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
955      <class>java.lang.Integer</class>
956      <value>4</value>
957    </parameter>
958    <parameter>
959      <name>complexExpressions</name>
960      <label>Complex column mappings</label>
961      <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
962allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
963      <class>java.lang.String</class>
964      <value>disallow</value>
965    </parameter>
966    <parameter>
967      <name>charset</name>
968      <label>Character set</label>
969      <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
970      <class>java.lang.String</class>
971      <value>ISO-8859-1</value>
972    </parameter>
973    <parameter>
974      <name>nameColumnMapping</name>
975      <label>Name</label>
976      <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
977      <class>java.lang.String</class>
978      <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
979    </parameter>
980    <parameter>
981      <name>dataSplitterRegexp</name>
982      <label>Data splitter</label>
983      <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
984      <class>java.lang.String</class>
985      <value>\t</value>
986    </parameter>
987    <parameter>
988      <name>decimalSeparator</name>
989      <label>Decimal separator</label>
990      <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
991      <class>java.lang.String</class>
992      <value>dot</value>
993    </parameter>
994  </configuration>
995  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
996    <configname>transcript_id (no prefix)</configname>
997    <description>A configuration that uses the transcript_id (no prefix) as reporter id.</description>
998    <parameter>
999      <name>trimQuotes</name>
1000      <label>Remove quotes</label>
1001      <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
1002      <class>java.lang.Boolean</class>
1003      <value>true</value>
1004    </parameter>
1005    <parameter>
1006      <name>dataHeaderRegexp</name>
1007      <label>Data header</label>
1008      <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
1009      <class>java.lang.String</class>
1010      <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
1011    </parameter>
1012    <parameter>
1013      <name>reporterIdColumnMapping</name>
1014      <label>External ID</label>
1015      <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
1016      <class>java.lang.String</class>
1017      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1018    </parameter>
1019    <parameter>
1020      <name>minDataColumns</name>
1021      <label>Min data columns</label>
1022      <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
1023      <class>java.lang.Integer</class>
1024      <value>4</value>
1025    </parameter>
1026    <parameter>
1027      <name>complexExpressions</name>
1028      <label>Complex column mappings</label>
1029      <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
1030allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
1031      <class>java.lang.String</class>
1032      <value>disallow</value>
1033    </parameter>
1034    <parameter>
1035      <name>charset</name>
1036      <label>Character set</label>
1037      <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
1038      <class>java.lang.String</class>
1039      <value>ISO-8859-1</value>
1040    </parameter>
1041    <parameter>
1042      <name>nameColumnMapping</name>
1043      <label>Name</label>
1044      <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
1045      <class>java.lang.String</class>
1046      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1047    </parameter>
1048    <parameter>
1049      <name>dataSplitterRegexp</name>
1050      <label>Data splitter</label>
1051      <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
1052      <class>java.lang.String</class>
1053      <value>\t</value>
1054    </parameter>
1055    <parameter>
1056      <name>decimalSeparator</name>
1057      <label>Decimal separator</label>
1058      <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
1059      <class>java.lang.String</class>
1060      <value>dot</value>
1061    </parameter>
1062  </configuration>
1063</configfile>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.