source: trunk/data/plugin_configfile.xml @ 5764

Last change on this file since 5764 was 5764, checked in by Nicklas Nordborg, 10 years ago

Fixes #1624: Create array design (feature) importer for GTF files

  • Created GtfReporterMapImporter and two configurations that uses transcript_id/gene_id for reporter ids. The GTF importer builds on the ReporterMapFlatFileImporter but has less configuration options. Eg. it is locked to use FEATURE_ID for identifying features.
  • Added a new parameter to the regular ReporterMapFlatFileImporter that makes it possible to limit a configuration to certain platforms. This is used to hide genepix, illumina, etc. when using the sequencing platform.
  • Added SEQUENCING platform and SEQUENCING_EXPRESSION variant.
  • Created a GTF validator that hooks into the fileset validation extension point for array designs and extracts the number of unique transcript_id:s from the GTF file.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 42.2 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
3<!--
4  $Id: plugin_configfile.xml 5764 2011-09-27 12:35:28Z nicklas $
5
6  Copyright (C) 2006 Johan Enell, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
7  Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
8
9  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
10  Available at http://base.thep.lu.se/
11
12  BASE is free software; you can redistribute it and/or
13  modify it under the terms of the GNU General Public License
14  as published by the Free Software Foundation; either version 3
15  of the License, or (at your option) any later version.
16
17  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
18  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
19  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
20  GNU General Public License for more details.
21
22  You should have received a copy of the GNU General Public License
23  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
24-->
25<configfile>
26  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
27    <configname>384_wells plate import</configname>
28    <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 384-well plates.</description>
29    <parameter>
30      <name>nameColumnMapping</name>
31      <label>nameColumnMapping</label>
32      <class>java.lang.String</class>
33      <value>\384_number\</value>
34    </parameter>
35    <parameter>
36      <name>reporterColumnMapping</name>
37      <label>reporterColumnMapping</label>
38      <class>java.lang.String</class>
39      <value>\oligo_id\</value>
40    </parameter>
41    <parameter>
42      <name>dataHeaderRegexp</name>
43      <label>dataHeaderRegexp</label>
44      <class>java.lang.String</class>
45      <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
46    </parameter>
47    <parameter>
48      <name>dataSplitterRegexp</name>
49      <label>dataSplitterRegexp</label>
50      <class>java.lang.String</class>
51      <value>\t</value>
52    </parameter>
53    <parameter>
54      <name>columnColumnMapping</name>
55      <label>columnColumnMapping</label>
56      <class>java.lang.String</class>
57      <value>\384_column\</value>
58    </parameter>
59    <parameter>
60      <name>rowColumnMapping</name>
61      <label>rowColumnMapping</label>
62      <class>java.lang.String</class>
63      <value>\384_row\</value>
64    </parameter>
65  </configuration>
66  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
67    <configname>Reporters from 384well plates file</configname>
68    <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 384well plates are imported from.</description>
69    <parameter>
70      <name>nameColumnMapping</name>
71      <label>nameColumnMapping</label>
72      <class>java.lang.String</class>
73      <value>\oligo_id\</value>
74    </parameter>
75    <parameter>
76      <name>dataHeaderRegexp</name>
77      <label>dataHeaderRegexp</label>
78      <class>java.lang.String</class>
79      <value>384_number\t384_column\t384_row\t384_position\toligo_id.*</value>
80    </parameter>
81    <parameter>
82      <name>dataSplitterRegexp</name>
83      <label>dataSplitterRegexp</label>
84      <class>java.lang.String</class>
85      <value>\t</value>
86    </parameter>
87    <parameter>
88      <name>descriptionColumnMapping</name>
89      <label>descriptionColumnMapping</label>
90      <class>java.lang.String</class>
91      <value>\description_Ensembl*\</value>
92    </parameter>
93    <parameter>
94      <name>symbolColumnMapping</name>
95      <label>symbolColumnMapping</label>
96      <class>java.lang.String</class>
97      <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
98    </parameter>
99    <parameter>
100      <name>reporterIdColumnMapping</name>
101      <label>reporterIdColumnMapping</label>
102      <class>java.lang.String</class>
103      <value>\oligo_id\</value>
104    </parameter>
105    <parameter>
106      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
107      <label>extendedColumnMapping.sequence</label>
108      <class>java.lang.String</class>
109      <value>\oligo_sequence\</value>
110    </parameter>
111  </configuration>
112  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
113    <configname>Reporters from GenePix file</configname>
114    <description>This  configuration is for importing reporters from a GenePix file (*.gpr)</description>
115    <parameter>
116      <name>maxDataColumns</name>
117      <label>Max data columns</label>
118      <class />
119      <value />
120    </parameter>
121    <parameter>
122      <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
123      <label>LocusLink</label>
124      <class />
125      <value />
126    </parameter>
127    <parameter>
128      <name>trimQuotes</name>
129      <label>Remove quotes</label>
130      <class>java.lang.Boolean</class>
131      <value>true</value>
132    </parameter>
133    <parameter>
134      <name>scoreColumnMapping</name>
135      <label>Score</label>
136      <class />
137      <value />
138    </parameter>
139    <parameter>
140      <name>nameColumnMapping</name>
141      <label>Name</label>
142      <class>java.lang.String</class>
143      <value>\Name\</value>
144    </parameter>
145    <parameter>
146      <name>extendedColumnMapping.markers</name>
147      <label>Markers</label>
148      <class />
149      <value />
150    </parameter>
151    <parameter>
152      <name>extendedColumnMapping.vector</name>
153      <label>Vector</label>
154      <class />
155      <value />
156    </parameter>
157    <parameter>
158      <name>extendedColumnMapping.nid</name>
159      <label>NID</label>
160      <class />
161      <value />
162    </parameter>
163    <parameter>
164      <name>descriptionColumnMapping</name>
165      <label>Description</label>
166      <class />
167      <value />
168    </parameter>
169    <parameter>
170      <name>headerRegexp</name>
171      <label>Header</label>
172      <class />
173      <value />
174    </parameter>
175    <parameter>
176      <name>reporterIdColumnMapping</name>
177      <label>Reporter ID</label>
178      <class>java.lang.String</class>
179      <value>\ID\</value>
180    </parameter>
181    <parameter>
182      <name>symbolColumnMapping</name>
183      <label>Gene symbol</label>
184      <class />
185      <value />
186    </parameter>
187    <parameter>
188      <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
189      <label>Antibiotics</label>
190      <class />
191      <value />
192    </parameter>
193    <parameter>
194      <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
195      <label>Chromosome</label>
196      <class />
197      <value />
198    </parameter>
199    <parameter>
200      <name>reporterType</name>
201      <label>Reporter type</label>
202      <class />
203      <value />
204    </parameter>
205    <parameter>
206      <name>extendedColumnMapping.omim</name>
207      <label>OMIM</label>
208      <class />
209      <value />
210    </parameter>
211    <parameter>
212      <name>dataHeaderRegexp</name>
213      <label>Data header</label>
214      <class>java.lang.String</class>
215      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
216    </parameter>
217    <parameter>
218      <name>dataSplitterRegexp</name>
219      <label>Data splitter</label>
220      <class>java.lang.String</class>
221      <value>\t</value>
222    </parameter>
223    <parameter>
224      <name>extendedColumnMapping.length</name>
225      <label>Length</label>
226      <class />
227      <value />
228    </parameter>
229    <parameter>
230      <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
231      <label>Tissue</label>
232      <class />
233      <value />
234    </parameter>
235    <parameter>
236      <name>extendedColumnMapping.accession</name>
237      <label>Accession</label>
238      <class />
239      <value />
240    </parameter>
241    <parameter>
242      <name>minDataColumns</name>
243      <label>Min data columns</label>
244      <class />
245      <value />
246    </parameter>
247    <parameter>
248      <name>ignoreRegexp</name>
249      <label>Ignore</label>
250      <class />
251      <value />
252    </parameter>
253    <parameter>
254      <name>extendedColumnMapping.library</name>
255      <label>Library</label>
256      <class />
257      <value />
258    </parameter>
259    <parameter>
260      <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
261      <label>Cluster ID</label>
262      <class />
263      <value />
264    </parameter>
265    <parameter>
266      <name>dataFooterRegexp</name>
267      <label>Data footer</label>
268      <class />
269      <value />
270    </parameter>
271    <parameter>
272      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
273      <label>Sequence</label>
274      <class />
275      <value />
276    </parameter>
277    <parameter>
278      <name>extendedColumnMapping.species</name>
279      <label>Species</label>
280      <class />
281      <value />
282    </parameter>
283    <parameter>
284      <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
285      <label>Cytoband</label>
286      <class />
287      <value />
288    </parameter>
289  </configuration>
290  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterMapFlatFileImporter">
291    <configname>Features from Genepix file</configname>
292    <description>This configuration is for import features from a GenePix file.&#xD;
293Block mapping is used in this configuration.</description>
294    <parameter>
295      <name>platforms</name>
296      <label>Platforms/variants</label>
297      <description>Select all platforms/variants where this configuration can be used. If not selected, the configuration can be used on all except file-only platforms.</description>
298      <class>java.lang.String</class>
299      <value>P:generic</value>
300    </parameter>
301    <parameter>
302      <name>dataHeaderRegexp</name>
303      <label>dataHeaderRegexp</label>
304      <class>java.lang.String</class>
305      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*</value>
306    </parameter>
307    <parameter>
308      <name>dataSplitterRegexp</name>
309      <label>dataSplitterRegexp</label>
310      <class>java.lang.String</class>
311      <value>\t</value>
312    </parameter>
313    <parameter>
314      <name>columnColumnMapping</name>
315      <label>columnColumnMapping</label>
316      <class>java.lang.String</class>
317      <value>\Column\</value>
318    </parameter>
319    <parameter>
320      <name>reporterIdColumnMapping</name>
321      <label>reporterIdColumnMapping</label>
322      <class>java.lang.String</class>
323      <value>\ID\</value>
324    </parameter>
325    <parameter>
326      <name>blockColumnMapping</name>
327      <label>blockColumnMapping</label>
328      <class>java.lang.String</class>
329      <value>\Block\</value>
330    </parameter>
331    <parameter>
332      <name>rowColumnMapping</name>
333      <label>rowColumnMapping</label>
334      <class>java.lang.String</class>
335      <value>\Row\</value>
336    </parameter>
337  </configuration>
338  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
339    <configname>GenePix raw data import (cy5/cy3)</configname>
340    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
341The wavelengths should be 635nm for channel_1 and 532nm for channel_2.</description>
342    <parameter>
343      <name>yColumnMapping</name>
344      <label>Y</label>
345      <class>java.lang.String</class>
346      <value>\Y\</value>
347    </parameter>
348    <parameter>
349      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
350      <label>Channel 2 background mean</label>
351      <class>java.lang.String</class>
352      <value>\B532 Mean\</value>
353    </parameter>
354    <parameter>
355      <name>propertyMapping.flags</name>
356      <label>Flags</label>
357      <class>java.lang.String</class>
358      <value>\Flags\</value>
359    </parameter>
360    <parameter>
361      <name>propertyMapping.mValue</name>
362      <label>M value</label>
363      <class>java.lang.String</class>
364      <value>\Log Ratio (635/532)\</value>
365    </parameter>
366    <parameter>
367      <name>trimQuotes</name>
368      <label>Remove quotes</label>
369      <class>java.lang.Boolean</class>
370      <value>true</value>
371    </parameter>
372    <parameter>
373      <name>propertyMapping.diameter</name>
374      <label>Spot diameter</label>
375      <class>java.lang.String</class>
376      <value>\Dia.\</value>
377    </parameter>
378    <parameter>
379      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
380      <label>Percent saturated pixels</label>
381      <class>java.lang.String</class>
382      <value>\F532 % Sat.\</value>
383    </parameter>
384    <parameter>
385      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
386      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
387      <class>java.lang.String</class>
388      <value>\F635 SD\</value>
389    </parameter>
390    <parameter>
391      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
392      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
393      <class>java.lang.String</class>
394      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
395    </parameter>
396    <parameter>
397      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
398      <label>Foreground pixels</label>
399      <class>java.lang.String</class>
400      <value>\F Pixels\</value>
401    </parameter>
402    <parameter>
403      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
404      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
405      <class>java.lang.String</class>
406      <value>\F532 SD\</value>
407    </parameter>
408    <parameter>
409      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
410      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
411      <class>java.lang.String</class>
412      <value>\B532 SD\</value>
413    </parameter>
414    <parameter>
415      <name>headerRegexp</name>
416      <label>Header</label>
417      <class>java.lang.String</class>
418      <value>"(.+)=(.*)"</value>
419    </parameter>
420    <parameter>
421      <name>reporterIdColumnMapping</name>
422      <label>Reporter ID</label>
423      <class>java.lang.String</class>
424      <value>\ID\</value>
425    </parameter>
426    <parameter>
427      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
428      <label>Channel 1 foreground median</label>
429      <class>java.lang.String</class>
430      <value>\F635 Median\</value>
431    </parameter>
432    <parameter>
433      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
434      <label>Channel 1 background mean</label>
435      <class>java.lang.String</class>
436      <value>\B635 Mean\</value>
437    </parameter>
438    <parameter>
439      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
440      <label>Channel 2 background median</label>
441      <class>java.lang.String</class>
442      <value>\B532 Median\</value>
443    </parameter>
444    <parameter>
445      <name>rowColumnMapping</name>
446      <label>Row</label>
447      <class>java.lang.String</class>
448      <value>\Row\</value>
449    </parameter>
450    <parameter>
451      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
452      <label>Channel 1 background median</label>
453      <class>java.lang.String</class>
454      <value>\B635 Median\</value>
455    </parameter>
456    <parameter>
457      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
458      <label>Channel 2 foreground mean</label>
459      <class>java.lang.String</class>
460      <value>\F532 Mean\</value>
461    </parameter>
462    <parameter>
463      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
464      <label>Rgn R2</label>
465      <class>java.lang.String</class>
466      <value>\Rgn R² (635/532)\</value>
467    </parameter>
468    <parameter>
469      <name>dataHeaderRegexp</name>
470      <label>Data header</label>
471      <class>java.lang.String</class>
472      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(635\/532\)".*</value>
473    </parameter>
474    <parameter>
475      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
476      <label>Standard deviation of ratios</label>
477      <class>java.lang.String</class>
478      <value>\Ratios SD (635/532)\</value>
479    </parameter>
480    <parameter>
481      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
482      <label>Channel 2 foreground median</label>
483      <class>java.lang.String</class>
484      <value>\F532 Median\</value>
485    </parameter>
486    <parameter>
487      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
488      <label>Percent saturated pixels</label>
489      <class>java.lang.String</class>
490      <value>\F635 % Sat.\</value>
491    </parameter>
492    <parameter>
493      <name>dataSplitterRegexp</name>
494      <label>Data splitter</label>
495      <class>java.lang.String</class>
496      <value>\t</value>
497    </parameter>
498    <parameter>
499      <name>columnColumnMapping</name>
500      <label>Column</label>
501      <class>java.lang.String</class>
502      <value>\Column\</value>
503    </parameter>
504    <parameter>
505      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
506      <label>Background pixels</label>
507      <class>java.lang.String</class>
508      <value>\B Pixels\</value>
509    </parameter>
510    <parameter>
511      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
512      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
513      <class>java.lang.String</class>
514      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
515    </parameter>
516    <parameter>
517      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
518      <label>Channel 1 foreground mean</label>
519      <class>java.lang.String</class>
520      <value>\F635 Mean\</value>
521    </parameter>
522    <parameter>
523      <name>xColumnMapping</name>
524      <label>X</label>
525      <class>java.lang.String</class>
526      <value>\X\</value>
527    </parameter>
528    <parameter>
529      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
530      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
531      <class>java.lang.String</class>
532      <value>\B635 SD\</value>
533    </parameter>
534    <parameter>
535      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
536      <label>Rgn ratio</label>
537      <class>java.lang.String</class>
538      <value>\Rgn Ratio (635/532)\</value>
539    </parameter>
540    <parameter>
541      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
542      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
543      <class>java.lang.String</class>
544      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
545    </parameter>
546    <parameter>
547      <name>rawDataType</name>
548      <label>Raw data type</label>
549      <class>java.lang.String</class>
550      <value>genepix</value>
551    </parameter>
552    <parameter>
553      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
554      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
555      <class>java.lang.String</class>
556      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
557    </parameter>
558    <parameter>
559      <name>blockColumnMapping</name>
560      <label>Block</label>
561      <class>java.lang.String</class>
562      <value>\Block\</value>
563    </parameter>
564  </configuration>
565  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
566    <configname>GenePix raw data import (cy3/cy5)</configname>
567    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
568The wavelengths should be 532nm for channel_1 and 635nm for channel_2.</description>
569    <parameter>
570      <name>yColumnMapping</name>
571      <label>Y</label>
572      <class>java.lang.String</class>
573      <value>\Y\</value>
574    </parameter>
575    <parameter>
576      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
577      <label>Channel 2 background mean</label>
578      <class>java.lang.String</class>
579      <value>\B635 Mean\</value>
580    </parameter>
581    <parameter>
582      <name>propertyMapping.flags</name>
583      <label>Flags</label>
584      <class>java.lang.String</class>
585      <value>\Flags\</value>
586    </parameter>
587    <parameter>
588      <name>propertyMapping.mValue</name>
589      <label>M value</label>
590      <class>java.lang.String</class>
591      <value>\Log Ratio (532/635)\</value>
592    </parameter>
593    <parameter>
594      <name>trimQuotes</name>
595      <label>Remove quotes</label>
596      <class>java.lang.Boolean</class>
597      <value>true</value>
598    </parameter>
599    <parameter>
600      <name>propertyMapping.diameter</name>
601      <label>Spot diameter</label>
602      <class>java.lang.String</class>
603      <value>\Dia.\</value>
604    </parameter>
605    <parameter>
606      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
607      <label>Percent saturated pixels</label>
608      <class>java.lang.String</class>
609      <value>\F635 % Sat.\</value>
610    </parameter>
611    <parameter>
612      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
613      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
614      <class>java.lang.String</class>
615      <value>\F532 SD\</value>
616    </parameter>
617    <parameter>
618      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
619      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
620      <class>java.lang.String</class>
621      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
622    </parameter>
623    <parameter>
624      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
625      <label>Foreground pixels</label>
626      <class>java.lang.String</class>
627      <value>\F Pixels\</value>
628    </parameter>
629    <parameter>
630      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
631      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
632      <class>java.lang.String</class>
633      <value>\F635 SD\</value>
634    </parameter>
635    <parameter>
636      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
637      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
638      <class>java.lang.String</class>
639      <value>\B635 SD\</value>
640    </parameter>
641    <parameter>
642      <name>headerRegexp</name>
643      <label>Header</label>
644      <class>java.lang.String</class>
645      <value>"(.+)=(.*)"</value>
646    </parameter>
647    <parameter>
648      <name>reporterIdColumnMapping</name>
649      <label>Reporter ID</label>
650      <class>java.lang.String</class>
651      <value>\ID\</value>
652    </parameter>
653    <parameter>
654      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
655      <label>Channel 1 foreground median</label>
656      <class>java.lang.String</class>
657      <value>\F532 Median\</value>
658    </parameter>
659    <parameter>
660      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
661      <label>Channel 1 background mean</label>
662      <class>java.lang.String</class>
663      <value>\B532 Mean\</value>
664    </parameter>
665    <parameter>
666      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
667      <label>Channel 2 background median</label>
668      <class>java.lang.String</class>
669      <value>\B635 Median\</value>
670    </parameter>
671    <parameter>
672      <name>rowColumnMapping</name>
673      <label>Row</label>
674      <class>java.lang.String</class>
675      <value>\Row\</value>
676    </parameter>
677    <parameter>
678      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
679      <label>Channel 1 background median</label>
680      <class>java.lang.String</class>
681      <value>\B532 Median\</value>
682    </parameter>
683    <parameter>
684      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
685      <label>Channel 2 foreground mean</label>
686      <class>java.lang.String</class>
687      <value>\F635 Mean\</value>
688    </parameter>
689    <parameter>
690      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
691      <label>Rgn R2</label>
692      <class>java.lang.String</class>
693      <value>\Rgn R² (532/635)\</value>
694    </parameter>
695    <parameter>
696      <name>dataHeaderRegexp</name>
697      <label>Data header</label>
698      <class>java.lang.String</class>
699      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(532\/635\)".*</value>
700    </parameter>
701    <parameter>
702      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
703      <label>Standard deviation of ratios</label>
704      <class>java.lang.String</class>
705      <value>\Ratios SD (532/635)\</value>
706    </parameter>
707    <parameter>
708      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
709      <label>Channel 2 foreground median</label>
710      <class>java.lang.String</class>
711      <value>\F635 Median\</value>
712    </parameter>
713    <parameter>
714      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
715      <label>Percent saturated pixels</label>
716      <class>java.lang.String</class>
717      <value>\F532 % Sat.\</value>
718    </parameter>
719    <parameter>
720      <name>dataSplitterRegexp</name>
721      <label>Data splitter</label>
722      <class>java.lang.String</class>
723      <value>\t</value>
724    </parameter>
725    <parameter>
726      <name>columnColumnMapping</name>
727      <label>Column</label>
728      <class>java.lang.String</class>
729      <value>\Column\</value>
730    </parameter>
731    <parameter>
732      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
733      <label>Background pixels</label>
734      <class>java.lang.String</class>
735      <value>\B Pixels\</value>
736    </parameter>
737    <parameter>
738      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
739      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
740      <class>java.lang.String</class>
741      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
742    </parameter>
743    <parameter>
744      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
745      <label>Channel 1 foreground mean</label>
746      <class>java.lang.String</class>
747      <value>\F532 Mean\</value>
748    </parameter>
749    <parameter>
750      <name>xColumnMapping</name>
751      <label>X</label>
752      <class>java.lang.String</class>
753      <value>\X\</value>
754    </parameter>
755    <parameter>
756      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
757      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
758      <class>java.lang.String</class>
759      <value>\B532 SD\</value>
760    </parameter>
761    <parameter>
762      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
763      <label>Rgn ratio</label>
764      <class>java.lang.String</class>
765      <value>\Rgn Ratio (532/635)\</value>
766    </parameter>
767    <parameter>
768      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
769      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
770      <class>java.lang.String</class>
771      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
772    </parameter>
773    <parameter>
774      <name>rawDataType</name>
775      <label>Raw data type</label>
776      <class>java.lang.String</class>
777      <value>genepix</value>
778    </parameter>
779    <parameter>
780      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
781      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
782      <class>java.lang.String</class>
783      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
784    </parameter>
785    <parameter>
786      <name>blockColumnMapping</name>
787      <label>Block</label>
788      <class>java.lang.String</class>
789      <value>\Block\</value>
790    </parameter>
791  </configuration>
792  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PlateFlatFileImporter">
793    <configname>96_well plate import</configname>
794    <description>This configuration is for the Plate importer plugin when to import 96-well plates.</description>
795    <parameter>
796      <name>nameColumnMapping</name>
797      <label>Plate number/name</label>
798      <class>java.lang.String</class>
799      <value>\96_number\</value>
800    </parameter>
801    <parameter>
802      <name>reporterColumnMapping</name>
803      <label>Reporter ID</label>
804      <class>java.lang.String</class>
805      <value>\oligo_id\</value>
806    </parameter>
807    <parameter>
808      <name>dataHeaderRegexp</name>
809      <label>Data header</label>
810      <class>java.lang.String</class>
811      <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
812    </parameter>
813    <parameter>
814      <name>trimQuotes</name>
815      <label>Remove quotes</label>
816      <class>java.lang.Boolean</class>
817      <value>true</value>
818    </parameter>
819    <parameter>
820      <name>dataSplitterRegexp</name>
821      <label>Data splitter</label>
822      <class>java.lang.String</class>
823      <value>\t</value>
824    </parameter>
825    <parameter>
826      <name>columnColumnMapping</name>
827      <label>Column</label>
828      <class>java.lang.String</class>
829      <value>\96_column\</value>
830    </parameter>
831    <parameter>
832      <name>rowColumnMapping</name>
833      <label>Row</label>
834      <class>java.lang.String</class>
835      <value>\96_row\</value>
836    </parameter>
837  </configuration>
838  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.ReporterFlatFileImporter">
839    <configname>Reporters from 96well plates file</configname>
840    <description>This configuration is for importing reporters from the same text file as 96well plates are imported from.</description>
841    <parameter>
842      <name>nameColumnMapping</name>
843      <label>Name</label>
844      <class>java.lang.String</class>
845      <value>\oligo_id\</value>
846    </parameter>
847    <parameter>
848      <name>dataHeaderRegexp</name>
849      <label>Data header</label>
850      <class>java.lang.String</class>
851      <value>96_number\t96_column\t96_row\t96_position\toligo_id.*</value>
852    </parameter>
853    <parameter>
854      <name>trimQuotes</name>
855      <label>Remove quotes</label>
856      <class>java.lang.Boolean</class>
857      <value>true</value>
858    </parameter>
859    <parameter>
860      <name>dataSplitterRegexp</name>
861      <label>Data splitter</label>
862      <class>java.lang.String</class>
863      <value>\t</value>
864    </parameter>
865    <parameter>
866      <name>descriptionColumnMapping</name>
867      <label>Description</label>
868      <class>java.lang.String</class>
869      <value>\description_Ensembl*\</value>
870    </parameter>
871    <parameter>
872      <name>symbolColumnMapping</name>
873      <label>Gene symbol</label>
874      <class>java.lang.String</class>
875      <value>\gene_symbol_Ensembl*\</value>
876    </parameter>
877    <parameter>
878      <name>reporterIdColumnMapping</name>
879      <label>Reporter ID</label>
880      <class>java.lang.String</class>
881      <value>\oligo_id\</value>
882    </parameter>
883    <parameter>
884      <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
885      <label>Sequence</label>
886      <class>java.lang.String</class>
887      <value>\oligo_sequence\</value>
888    </parameter>
889  </configuration>
890  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
891    <configname>Zip archive (.zip)</configname>
892    <description>Compress the selected files/directories and put them in a ZIP file.</description>
893    <parameter>
894      <name>packer</name>
895      <label>Packer class</label>
896      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
897      <class>java.lang.String</class>
898      <value>net.sf.basedb.util.zip.ZipFilePacker</value>
899    </parameter>
900  </configuration>
901  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
902    <configname>TAR archive (.tar)</configname>
903    <description>Collect the selected files/directories into a TAR file (not compressed).</description>
904    <parameter>
905      <name>packer</name>
906      <label>Packer class</label>
907      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
908      <class>java.lang.String</class>
909      <value>net.sf.basedb.util.zip.TarFilePacker</value>
910    </parameter>
911  </configuration>
912  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
913    <configname>GZipped TAR archive (.tar.gz)</configname>
914    <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with GZIP.</description>
915    <parameter>
916      <name>packer</name>
917      <label>Packer class</label>
918      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
919      <class>java.lang.String</class>
920      <value>net.sf.basedb.util.zip.GzipFilePacker</value>
921    </parameter>
922  </configuration>
923  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.PackedFileExporter">
924    <configname>BZipped TAR archive (.tar.bz2)</configname>
925    <description>Collect the selected files/directoris into a TAR file and compress it with BZIP2.</description>
926    <parameter>
927      <name>packer</name>
928      <label>Packer class</label>
929      <description>Enter the name of the class that is responsible for packing the files. It must be a class that implements the FilePacker interface.</description>
930      <class>java.lang.String</class>
931      <value>net.sf.basedb.util.zip.Bzip2FilePacker</value>
932    </parameter>
933  </configuration>
934  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
935    <configname>gene_id (no prefix)</configname>
936    <description>A configuration that uses the gene_id (no prefix) instead of the transcript_id as reporter id.</description>
937    <parameter>
938      <name>trimQuotes</name>
939      <label>Remove quotes</label>
940      <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
941      <class>java.lang.Boolean</class>
942      <value>true</value>
943    </parameter>
944    <parameter>
945      <name>dataHeaderRegexp</name>
946      <label>Data header</label>
947      <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
948      <class>java.lang.String</class>
949      <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;gene_id&gt;.*</value>
950    </parameter>
951    <parameter>
952      <name>reporterIdColumnMapping</name>
953      <label>External ID</label>
954      <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
955      <class>java.lang.String</class>
956      <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
957    </parameter>
958    <parameter>
959      <name>minDataColumns</name>
960      <label>Min data columns</label>
961      <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
962      <class>java.lang.Integer</class>
963      <value>4</value>
964    </parameter>
965    <parameter>
966      <name>complexExpressions</name>
967      <label>Complex column mappings</label>
968      <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
969allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
970      <class>java.lang.String</class>
971      <value>disallow</value>
972    </parameter>
973    <parameter>
974      <name>charset</name>
975      <label>Character set</label>
976      <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
977      <class>java.lang.String</class>
978      <value>ISO-8859-1</value>
979    </parameter>
980    <parameter>
981      <name>nameColumnMapping</name>
982      <label>Name</label>
983      <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
984      <class>java.lang.String</class>
985      <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
986    </parameter>
987    <parameter>
988      <name>dataSplitterRegexp</name>
989      <label>Data splitter</label>
990      <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
991      <class>java.lang.String</class>
992      <value>\t</value>
993    </parameter>
994    <parameter>
995      <name>decimalSeparator</name>
996      <label>Decimal separator</label>
997      <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
998      <class>java.lang.String</class>
999      <value>dot</value>
1000    </parameter>
1001  </configuration>
1002  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterImporter">
1003    <configname>transcript_id (no prefix)</configname>
1004    <description>A configuration that uses the transcript_id (no prefix) as reporter id.</description>
1005    <parameter>
1006      <name>trimQuotes</name>
1007      <label>Remove quotes</label>
1008      <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
1009      <class>java.lang.Boolean</class>
1010      <value>true</value>
1011    </parameter>
1012    <parameter>
1013      <name>dataHeaderRegexp</name>
1014      <label>Data header</label>
1015      <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
1016      <class>java.lang.String</class>
1017      <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
1018    </parameter>
1019    <parameter>
1020      <name>reporterIdColumnMapping</name>
1021      <label>External ID</label>
1022      <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
1023      <class>java.lang.String</class>
1024      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1025    </parameter>
1026    <parameter>
1027      <name>minDataColumns</name>
1028      <label>Min data columns</label>
1029      <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
1030      <class>java.lang.Integer</class>
1031      <value>4</value>
1032    </parameter>
1033    <parameter>
1034      <name>complexExpressions</name>
1035      <label>Complex column mappings</label>
1036      <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
1037allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
1038      <class>java.lang.String</class>
1039      <value>disallow</value>
1040    </parameter>
1041    <parameter>
1042      <name>charset</name>
1043      <label>Character set</label>
1044      <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
1045      <class>java.lang.String</class>
1046      <value>ISO-8859-1</value>
1047    </parameter>
1048    <parameter>
1049      <name>nameColumnMapping</name>
1050      <label>Name</label>
1051      <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
1052      <class>java.lang.String</class>
1053      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1054    </parameter>
1055    <parameter>
1056      <name>dataSplitterRegexp</name>
1057      <label>Data splitter</label>
1058      <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
1059      <class>java.lang.String</class>
1060      <value>\t</value>
1061    </parameter>
1062    <parameter>
1063      <name>decimalSeparator</name>
1064      <label>Decimal separator</label>
1065      <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
1066      <class>java.lang.String</class>
1067      <value>dot</value>
1068    </parameter>
1069  </configuration>
1070  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterMapImporter">
1071    <configname>transcript_id (no prefix)</configname>
1072    <description>A configuration that uses the transcript_id (no prefix) as reporter and feature id.</description>
1073    <parameter>
1074      <name>reporterIdColumnMapping</name>
1075      <label>Reporter ID</label>
1076      <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
1077      <class>java.lang.String</class>
1078      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1079    </parameter>
1080    <parameter>
1081      <name>trimQuotes</name>
1082      <label>Remove quotes</label>
1083      <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
1084      <class>java.lang.Boolean</class>
1085      <value>true</value>
1086    </parameter>
1087    <parameter>
1088      <name>dataHeaderRegexp</name>
1089      <label>Data header</label>
1090      <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
1091      <class>java.lang.String</class>
1092      <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;transcript_id&gt;.*</value>
1093    </parameter>
1094    <parameter>
1095      <name>featureIdentification</name>
1096      <label />
1097      <description />
1098      <class>java.lang.String</class>
1099      <value>FEATURE_ID</value>
1100    </parameter>
1101    <parameter>
1102      <name>complexExpressions</name>
1103      <label>Complex column mappings</label>
1104      <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
1105allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
1106      <class>java.lang.String</class>
1107      <value>disallow</value>
1108    </parameter>
1109    <parameter>
1110      <name>charset</name>
1111      <label>Character set</label>
1112      <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
1113      <class>java.lang.String</class>
1114      <value>ISO-8859-1</value>
1115    </parameter>
1116    <parameter>
1117      <name>featureIdColumnMapping</name>
1118      <label>Feature ID</label>
1119      <description>Mapping that picks the feature's ID from the data columns. This column is only used when the array design uses the FEATURE_ID method for identifying features. In the other cases, the value is just stored as it is.For example: \Feature ID\</description>
1120      <class>java.lang.String</class>
1121      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1122    </parameter>
1123    <parameter>
1124      <name>dataSplitterRegexp</name>
1125      <label>Data splitter</label>
1126      <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
1127      <class>java.lang.String</class>
1128      <value>\t</value>
1129    </parameter>
1130  </configuration>
1131  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.gtf.GtfReporterMapImporter">
1132    <configname>gene_id (no prefix)</configname>
1133    <description>A configuration that uses the gene_id (no prefix) as reporter id and transcript_id as feature id. Note that gene_id may not be unique so it is not recommended to use that as feature id.</description>
1134    <parameter>
1135      <name>reporterIdColumnMapping</name>
1136      <label>Reporter ID</label>
1137      <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
1138      <class>java.lang.String</class>
1139      <value>\&lt;gene_id&gt;\</value>
1140    </parameter>
1141    <parameter>
1142      <name>trimQuotes</name>
1143      <label>Remove quotes</label>
1144      <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
1145      <class>java.lang.Boolean</class>
1146      <value>true</value>
1147    </parameter>
1148    <parameter>
1149      <name>dataHeaderRegexp</name>
1150      <label>Data header</label>
1151      <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
1152      <class>java.lang.String</class>
1153      <value>&lt;seqname&gt;\t.*&lt;gene_id&gt;.*</value>
1154    </parameter>
1155    <parameter>
1156      <name>featureIdentification</name>
1157      <label />
1158      <description />
1159      <class>java.lang.String</class>
1160      <value>FEATURE_ID</value>
1161    </parameter>
1162    <parameter>
1163      <name>complexExpressions</name>
1164      <label>Complex column mappings</label>
1165      <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
1166allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
1167      <class>java.lang.String</class>
1168      <value>disallow</value>
1169    </parameter>
1170    <parameter>
1171      <name>charset</name>
1172      <label>Character set</label>
1173      <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
1174      <class>java.lang.String</class>
1175      <value>ISO-8859-1</value>
1176    </parameter>
1177    <parameter>
1178      <name>featureIdColumnMapping</name>
1179      <label>Feature ID</label>
1180      <description>Mapping that picks the feature's ID from the data columns. This column is only used when the array design uses the FEATURE_ID method for identifying features. In the other cases, the value is just stored as it is.For example: \Feature ID\</description>
1181      <class>java.lang.String</class>
1182      <value>\&lt;transcript_id&gt;\</value>
1183    </parameter>
1184    <parameter>
1185      <name>dataSplitterRegexp</name>
1186      <label>Data splitter</label>
1187      <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
1188      <class>java.lang.String</class>
1189      <value>\t</value>
1190    </parameter>
1191  </configuration>
1192</configfile>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.