source: trunk/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html @ 3058

Last change on this file since 3058 was 3058, checked in by Martin Svensson, 15 years ago

Added one more configuration file for download in the plugin list.
Created a helptext about editing helptexts + updated the existing text to use help.css

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 8.6 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
2<!--
3  $Id: coreplugins.html 3058 2007-01-12 14:23:37Z martin $
4
5  Copyright (C) Authors contributing to this file.
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 2
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with this program; if not, write to the Free Software
22  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
23  Boston, MA  02111-1307, USA.
24-->
25<html>
26  <a name="top"></a>
27  <head>
28      <title>BASE 2 - Core plugins</title>
29    <link rel=stylesheet type="text/css" href="../../styles.css">
30  </head>
31  <body>
32    <div class="navigation">
33      <a href="../../index.html">BASE</a>
34      <img src="../../next.gif">
35      <a href="../index.html">Administrator documentation</a>
36      <img src="../../next.gif">Core plugins
37    </div>       
38   
39    <h1>BASE 2 - Core plugins</h1>   
40    <div class="abstract">
41      <p>
42        This document lists all core plugins that are included in an installation of the latest BASE 2 version.<br>
43        There are configuration examples, to download and import, for those plugins that support configuration.
44        Use the right-click menu of the mouse to download these xml-files.
45      </p>
46     
47      <b>Contents</b>
48      <ol>
49        <li><a href="#types">Types</a>
50          <ol type="a">
51            <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
52            <li><a href="#export">Export</a></li>
53            <li><a href="#import">Import</a></li>
54            <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
55            <li><a href="#other">Other</a></li>
56          </ol>
57        </li>
58        <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
59      </ol>
60
61      <p class="authors">
62        <b>Last updated:</b> $Date: 2007-01-09$ <br>
63        <b>Copyright ©</b> 2007 The respective authors. All rights reserved.
64      </p>
65    </div>
66    <ol>
67      <li>
68        <a name="types"></a>
69        <h2>Types</h2>
70        <ol type="a">
71          <li>
72            <a name="analyze"></a>
73            <b>Analyze</b>
74            <table class="listing">
75              <tr>
76                <th>Plugin&nbsp;name</th>
77                <th>Configuration</th>               
78                <th>Works with</th>               
79              </tr>
80              <tr>
81                <td>Base1PluginExecuter</td>
82                <td>&nbsp;</td>
83                <td>BASE 2.2+</td>
84              </tr>
85              <tr class="evenrow">
86                <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
87                <td><i>- N/A -</i></td>
88                <td>BASE 2.1+</td>
89              </tr>
90              <tr>
91                <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
92                <td><i>- N/A -</i></td>
93                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
94              </tr>
95              <tr class="evenrow">
96                <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
97                <td><i>- N/A -</i></td>
98                <td>BASE 2.1+</td>
99
100              </tr>
101              <tr>
102                <td>Normalization: Lowess</td>
103                <td><i>- N/A -</i></td>
104                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
105              </tr>
106              <tr class="evenrow">
107                <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
108                <td><i>- N/A -</i></td>
109                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
110              </tr>
111            </table>
112            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
113          </li>                   
114          <li>
115            <a name="export"></a>     
116            <b>Export</b>
117            <table class="listing">
118              <tr>
119                <th>Plugin&nbsp;name</th>           
120                <th>Configuration</th>               
121                <th>Works with</th>
122
123              </tr>
124              <tr>
125                <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
126                <td><i>- N/A -</i></td>             
127                <td>BASE 2.1+</td>
128              </tr>         
129              <tr class="evenrow">
130                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
131                <td><i>- N/A -</i></td>             
132                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
133              </tr>
134              <tr>
135                <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
136                <td><i>- N/A -</i></td>             
137                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
138              </tr> 
139              <tr class="evenrow">
140                <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
141                <td><i>- N/A -</i></td>             
142                <td>BASE 2.1+</td>
143              </tr> 
144              <tr>
145                <td>Table&nbsp;exporter</td>
146                <td><i>- N/A -</i></td>             
147                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
148              </tr>     
149            </table>
150            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
151          </li>                         
152          <li>
153            <a name="import"></a>
154            <b>Import</b>
155            <table class="listing">
156              <tr>
157                <th>Plugin&nbsp;name</th>
158                <th>Configuration</th>               
159                <th>Works with</th>
160              </tr>
161              <tr>
162                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;importer</td>
163                <td><i>- N/A -</i></td>
164                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
165              </tr>
166              <tr class="evenrow">
167                <td>Plate&nbsp;importer</td>
168                <td>
169                  <table cellspacing="0">
170                    <tr>
171                      <td><a href="import/plate_importer%28384wells%29.xml">384&nbsp;wells-plate</a></td>
172                    </tr>
173                    <tr>
174                      <td><a href="import/plate_importer%2896wells%29.xml">96&nbsp;wells-plate</a></td>
175                    </tr>
176                  </table>
177                </td>
178                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
179              </tr>
180              <tr>
181                <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
182                <td><i>- N/A -</i></td>
183                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
184              </tr>
185              <tr class="evenrow">
186                <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
187                <td><i>- N/A -</i></td>
188                <td>BASE 2.1+</td>
189              </tr>
190              <tr>
191                <td>Print&nbsp;map importer</td>
192                <td><i>- N/A -</i></td>
193                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
194              </tr>         
195              <tr class="evenrow">
196                <td>Raw&nbsp;data importer</td>
197                <td>
198                  <table cellspacing="0">
199                    <tr>
200                      <td><a href="import/raw_data_importer%28genepix-cy3_cy5%29.xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a></td>
201                    </tr>
202                    <tr>
203                      <td><a href="import/raw_data_importer%28genepix-cy5_cy3%29.xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a></td>
204                    </tr>
205                  </table>               
206                </td>
207                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
208              </tr>
209              <tr>
210                <td>Reporter importer</td>
211                <td>
212                  <table cellspacing="0">
213                    <tr>
214                      <td><a href="import/reporter_importer%2896wells%29.xml">96&nbsp;wells</a></td>
215                    </tr>           
216                    <tr>
217                      <td><a href="import/reporter_importer%28384wells%29.xml">384&nbsp;wells</a></td>
218                    </tr>
219                    <tr>
220                      <td><a href="import/reporter_importer%28genepix%29.xml">genepix</a></td>
221                    </tr>
222                  </table>
223                </td>
224                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
225              </tr>
226              <tr class="evenrow">
227                <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
228                <td>
229                  <table cellspacing="0">
230                    <tr>
231                      <td><a href="import/reporter_map_importer%28genepix%29.xml">genepix</a></td>
232                    </tr>
233                  </table>
234                </td>
235                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
236              </tr>
237            </table>
238            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
239          </li>         
240          <li>
241            <a name="intensity"></a>
242            <b>Intensity</b>
243            <table class="listing">
244              <tr>
245                <th>Plugin&nbsp;name</th>
246                <th>Configuration</th>               
247                <th>Works with</th>
248              </tr>
249              <tr>
250                <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
251                <td><i>- N/A -</i></td>
252                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
253              </tr>
254            </table>
255            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
256          </li>                   
257          <li>
258            <a name="other"></a>
259            <b>Other</b>
260            <table class="listing">
261              <tr>
262                <th>Plugin&nbsp;name</th>
263                <th>Configuration</th>               
264                <th>Works with</th>
265              </tr>
266              <tr>
267                <td>Spot&nbsp;images creator</td>
268                <td><i>- N/A -</i></td>
269                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
270              </tr>
271              <tr class="evenrow">
272                <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
273                <td><i>- N/A -</i></td>
274                <td>BASE 2.1+</td>
275              </tr>
276            </table>
277            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
278          </li>
279        </ol>
280      </li>
281      <li>
282        <a name="config_packages"></a>
283        <h2>Configuration packages</h2>
284        <table class="listing">
285          <tr>
286            <th>Type</th>
287            <th>Download</th>
288            <th>Plugins</th>
289          </tr>
290          <tr>
291            <td>Affymetrix</td>
292            <td>download</td>
293            <td>&nbsp;</td>
294          </tr>
295          <tr class="evenrow">
296            <td>Genepix</td>
297            <td>download</td>
298            <td>&nbsp;</td>
299          </tr>
300        </table>
301        <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>       
302      </li>
303    </ol>
304  </body>
305</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.