source: trunk/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html @ 3064

Last change on this file since 3064 was 3064, checked in by Jari Häkkinen, 17 years ago

Added Affymetrix reporter (probeset) importer configuration.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 8.8 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
2<!--
3  $Id: coreplugins.html 3064 2007-01-18 10:01:09Z jari $
4
5  Copyright (C) Authors contributing to this file.
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 2
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with this program; if not, write to the Free Software
22  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
23  Boston, MA  02111-1307, USA.
24-->
25<html>
26  <a name="top"></a>
27  <head>
28      <title>BASE 2 - Core plugins</title>
29    <link rel=stylesheet type="text/css" href="../../styles.css">
30  </head>
31  <body>
32    <div class="navigation">
33      <a href="../../index.html">BASE</a>
34      <img src="../../next.gif">
35      <a href="../index.html">Administrator documentation</a>
36      <img src="../../next.gif">Core plugins
37    </div>       
38   
39    <h1>BASE 2 - Core plugins</h1>   
40    <div class="abstract">
41      <p>
42        This document lists all core plugins that are included in an
43        installation of the latest BASE 2 version. <br> There are
44        configuration examples, to download and import (v2.2 and
45        later), for those plugins that support configuration. Use the
46        right-click menu of the mouse to download these xml-files.
47      </p>
48     
49      <b>Contents</b>
50      <ol>
51        <li><a href="#types">Types</a>
52          <ol type="a">
53            <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
54            <li><a href="#export">Export</a></li>
55            <li><a href="#import">Import</a></li>
56            <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
57            <li><a href="#other">Other</a></li>
58          </ol>
59        </li>
60        <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
61      </ol>
62
63      <p class="authors">
64        <b>Last updated:</b> $Date: 2007-01-09$ <br>
65        <b>Copyright ©</b> 2007 The respective authors. All rights reserved.
66      </p>
67    </div>
68    <ol>
69      <li>
70        <a name="types"></a>
71        <h2>Types</h2>
72        <ol type="a">
73          <li>
74            <a name="analyze"></a>
75            <b>Analyze</b>
76            <table class="listing">
77              <tr>
78                <th>Plugin&nbsp;name</th>
79                <th>Configuration</th>               
80                <th>Works with</th>               
81              </tr>
82              <tr>
83                <td>Base1PluginExecuter</td>
84                <td>&nbsp;</td>
85                <td>BASE 2.2+</td>
86              </tr>
87              <tr class="evenrow">
88                <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
89                <td><i>- N/A -</i></td>
90                <td>BASE 2.1+</td>
91              </tr>
92              <tr>
93                <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
94                <td><i>- N/A -</i></td>
95                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
96              </tr>
97              <tr class="evenrow">
98                <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
99                <td><i>- N/A -</i></td>
100                <td>BASE 2.1+</td>
101
102              </tr>
103              <tr>
104                <td>Normalization: Lowess</td>
105                <td><i>- N/A -</i></td>
106                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
107              </tr>
108              <tr class="evenrow">
109                <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
110                <td><i>- N/A -</i></td>
111                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
112              </tr>
113            </table>
114            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
115          </li>                   
116          <li>
117            <a name="export"></a>     
118            <b>Export</b>
119            <table class="listing">
120              <tr>
121                <th>Plugin&nbsp;name</th>           
122                <th>Configuration</th>               
123                <th>Works with</th>
124
125              </tr>
126              <tr>
127                <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
128                <td><i>- N/A -</i></td>             
129                <td>BASE 2.1+</td>
130              </tr>         
131              <tr class="evenrow">
132                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
133                <td><i>- N/A -</i></td>             
134                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
135              </tr>
136              <tr>
137                <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
138                <td><i>- N/A -</i></td>             
139                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
140              </tr> 
141              <tr class="evenrow">
142                <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
143                <td><i>- N/A -</i></td>             
144                <td>BASE 2.1+</td>
145              </tr> 
146              <tr>
147                <td>Table&nbsp;exporter</td>
148                <td><i>- N/A -</i></td>             
149                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
150              </tr>     
151            </table>
152            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
153          </li>                         
154          <li>
155            <a name="import"></a>
156            <b>Import</b>
157            <table class="listing">
158              <tr>
159                <th>Plugin&nbsp;name</th>
160                <th>Configuration</th>               
161                <th>Works with</th>
162              </tr>
163              <tr>
164                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;importer</td>
165                <td><i>- N/A -</i></td>
166                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
167              </tr>
168              <tr class="evenrow">
169                <td>Plate&nbsp;importer</td>
170                <td>
171                  <table cellspacing="0">
172                    <tr>
173                      <td><a href="import/plate_importer%28384wells%29.xml">384&nbsp;wells-plate</a></td>
174                    </tr>
175                    <tr>
176                      <td><a href="import/plate_importer%2896wells%29.xml">96&nbsp;wells-plate</a></td>
177                    </tr>
178                  </table>
179                </td>
180                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
181              </tr>
182              <tr>
183                <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
184                <td><i>- N/A -</i></td>
185                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
186              </tr>
187              <tr class="evenrow">
188                <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
189                <td><i>- N/A -</i></td>
190                <td>BASE 2.1+</td>
191              </tr>
192              <tr>
193                <td>Print&nbsp;map importer</td>
194                <td><i>- N/A -</i></td>
195                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
196              </tr>         
197              <tr class="evenrow">
198                <td>Raw&nbsp;data importer</td>
199                <td>
200                  <table cellspacing="0">
201                    <tr>
202                      <td><a href="import/raw_data_importer%28genepix-cy3_cy5%29.xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a></td>
203                    </tr>
204                    <tr>
205                      <td><a href="import/raw_data_importer%28genepix-cy5_cy3%29.xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a></td>
206                    </tr>
207                  </table>               
208                </td>
209                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
210              </tr>
211              <tr>
212                <td>Reporter importer</td>
213                <td>
214                  <a href="import/reporter_importer%2896wells%29.xml">96&nbsp;wells</a><br>
215                </td>
216                <td>BASE 2.0RC1+</td>
217              </tr>
218              <tr>
219                <td></td>
220                <td>
221                  <a href="import/reporter_importer%28384wells%29.xml">384&nbsp;wells</a><br>
222                </td>
223                <td>BASE 2.0RC1+</td>
224              </tr>
225              <tr>
226                <td></td>
227                <td>
228                  <a href="import/reporter_importer%28genepix%29.xml">Genepix</a>
229                </td>
230                <td>BASE 2.0RC1+</td>
231              </tr>
232              <tr>
233                <td></td>
234                <td>
235                  <a href="import/reporter_importer_affymetrix.xml">Affymetrix</a>
236                </td>
237                <td>BASE 2.0+</td>
238              </tr>
239              <tr class="evenrow">
240                <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
241                <td>
242                  <table cellspacing="0">
243                    <tr>
244                      <td><a href="import/reporter_map_importer%28genepix%29.xml">genepix</a></td>
245                    </tr>
246                  </table>
247                </td>
248                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
249              </tr>
250            </table>
251            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
252          </li>         
253          <li>
254            <a name="intensity"></a>
255            <b>Intensity</b>
256            <table class="listing">
257              <tr>
258                <th>Plugin&nbsp;name</th>
259                <th>Configuration</th>               
260                <th>Works with</th>
261              </tr>
262              <tr>
263                <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
264                <td><i>- N/A -</i></td>
265                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
266              </tr>
267            </table>
268            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
269          </li>                   
270          <li>
271            <a name="other"></a>
272            <b>Other</b>
273            <table class="listing">
274              <tr>
275                <th>Plugin&nbsp;name</th>
276                <th>Configuration</th>               
277                <th>Works with</th>
278              </tr>
279              <tr>
280                <td>Spot&nbsp;images creator</td>
281                <td><i>- N/A -</i></td>
282                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
283              </tr>
284              <tr class="evenrow">
285                <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
286                <td><i>- N/A -</i></td>
287                <td>BASE 2.1+</td>
288              </tr>
289            </table>
290            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
291          </li>
292        </ol>
293      </li>
294      <li>
295        <a name="config_packages"></a>
296        <h2>Configuration packages</h2>
297        <table class="listing">
298          <tr>
299            <th>Type</th>
300            <th>Download</th>
301            <th>Plugins</th>
302          </tr>
303          <tr>
304            <td>Affymetrix</td>
305            <td>download</td>
306            <td>&nbsp;</td>
307          </tr>
308          <tr class="evenrow">
309            <td>Genepix</td>
310            <td>download</td>
311            <td>&nbsp;</td>
312          </tr>
313        </table>
314        <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>       
315      </li>
316    </ol>
317  </body>
318</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.