source: trunk/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html @ 3066

Last change on this file since 3066 was 3066, checked in by Jari Häkkinen, 17 years ago

Removed parantheses in filenames. Trac cannot handle these in the admin docs section.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 8.7 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
2<!--
3  $Id: coreplugins.html 3066 2007-01-18 10:25:24Z jari $
4
5  Copyright (C) Authors contributing to this file.
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 2
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with this program; if not, write to the Free Software
22  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
23  Boston, MA  02111-1307, USA.
24-->
25<html>
26  <a name="top"></a>
27  <head>
28      <title>BASE 2 - Core plugins</title>
29    <link rel=stylesheet type="text/css" href="../../styles.css">
30  </head>
31  <body>
32    <div class="navigation">
33      <a href="../../index.html">BASE</a>
34      <img src="../../next.gif">
35      <a href="../index.html">Administrator documentation</a>
36      <img src="../../next.gif">Core plugins
37    </div>       
38   
39    <h1>BASE 2 - Core plugins</h1>   
40    <div class="abstract">
41      <p>
42        This document lists all core plugins that are included in an
43        installation of the latest BASE 2 version. <br> There are
44        configuration examples, to download and import (v2.2 and
45        later), for those plugins that support configuration. Use the
46        right-click menu of the mouse to download these xml-files.
47      </p>
48     
49      <b>Contents</b>
50      <ol>
51        <li><a href="#types">Types</a>
52          <ol type="a">
53            <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
54            <li><a href="#export">Export</a></li>
55            <li><a href="#import">Import</a></li>
56            <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
57            <li><a href="#other">Other</a></li>
58          </ol>
59        </li>
60        <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
61      </ol>
62
63      <p class="authors">
64        <b>Last updated:</b> $Date: 2007-01-09$ <br>
65        <b>Copyright ©</b> 2007 The respective authors. All rights reserved.
66      </p>
67    </div>
68    <ol>
69      <li>
70        <a name="types"></a>
71        <h2>Types</h2>
72        <ol type="a">
73          <li>
74            <a name="analyze"></a>
75            <b>Analyze</b>
76            <table class="listing">
77              <tr>
78                <th>Plugin&nbsp;name</th>
79                <th>Configuration</th>               
80                <th>Works with</th>               
81              </tr>
82              <tr>
83                <td>Base1PluginExecuter</td>
84                <td>&nbsp;</td>
85                <td>BASE 2.2+</td>
86              </tr>
87              <tr class="evenrow">
88                <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
89                <td><i>- N/A -</i></td>
90                <td>BASE 2.1+</td>
91              </tr>
92              <tr>
93                <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
94                <td><i>- N/A -</i></td>
95                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
96              </tr>
97              <tr class="evenrow">
98                <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
99                <td><i>- N/A -</i></td>
100                <td>BASE 2.1+</td>
101
102              </tr>
103              <tr>
104                <td>Normalization: Lowess</td>
105                <td><i>- N/A -</i></td>
106                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
107              </tr>
108              <tr class="evenrow">
109                <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
110                <td><i>- N/A -</i></td>
111                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
112              </tr>
113            </table>
114            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
115          </li>                   
116          <li>
117            <a name="export"></a>     
118            <b>Export</b>
119            <table class="listing">
120              <tr>
121                <th>Plugin&nbsp;name</th>           
122                <th>Configuration</th>               
123                <th>Works with</th>
124
125              </tr>
126              <tr>
127                <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
128                <td><i>- N/A -</i></td>             
129                <td>BASE 2.1+</td>
130              </tr>         
131              <tr class="evenrow">
132                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
133                <td><i>- N/A -</i></td>             
134                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
135              </tr>
136              <tr>
137                <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
138                <td><i>- N/A -</i></td>             
139                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
140              </tr> 
141              <tr class="evenrow">
142                <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
143                <td><i>- N/A -</i></td>             
144                <td>BASE 2.1+</td>
145              </tr> 
146              <tr>
147                <td>Table&nbsp;exporter</td>
148                <td><i>- N/A -</i></td>             
149                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
150              </tr>     
151            </table>
152            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
153          </li>                         
154          <li>
155            <a name="import"></a>
156            <b>Import</b>
157            <table class="listing">
158              <tr>
159                <th>Plugin&nbsp;name</th>
160                <th>Configuration</th>               
161                <th>Works with</th>
162              </tr>
163              <tr>
164                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;importer</td>
165                <td><i>- N/A -</i></td>
166                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
167              </tr>
168              <tr class="evenrow">
169                <td>Plate&nbsp;importer</td>
170                <td>
171                  <table cellspacing="0">
172                    <tr>
173                      <td><a href="import/plate_importer_384wells.xml">384&nbsp;wells-plate</a></td>
174                    </tr>
175                    <tr>
176                      <td><a href="import/plate_importer_96wells.xml">96&nbsp;wells-plate</a></td>
177                    </tr>
178                  </table>
179                </td>
180                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
181              </tr>
182              <tr>
183                <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
184                <td><i>- N/A -</i></td>
185                <td>BASE 2.0 RC2+</td>
186              </tr>
187              <tr class="evenrow">
188                <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
189                <td><i>- N/A -</i></td>
190                <td>BASE 2.1+</td>
191              </tr>
192              <tr>
193                <td>Print&nbsp;map importer</td>
194                <td><i>- N/A -</i></td>
195                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
196              </tr>         
197              <tr class="evenrow">
198                <td>Raw&nbsp;data importer</td>
199                <td>
200                  <table cellspacing="0">
201                    <tr>
202                      <td><a href="import/raw_data_importer_genepix-cy3_cy5.xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a></td>
203                    </tr>
204                    <tr>
205                      <td><a href="import/raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a></td>
206                    </tr>
207                  </table>               
208                </td>
209                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
210              </tr>
211              <tr>
212                <td>Reporter importer</td>
213                <td>
214                  <a href="import/reporter_importer_96wells.xml">96&nbsp;wells</a><br>
215                </td>
216                <td>BASE 2.0RC1+</td>
217              </tr>
218              <tr>
219                <td></td>
220                <td>
221                  <a href="import/reporter_importer_384wells.xml">384&nbsp;wells</a><br>
222                </td>
223                <td>BASE 2.0RC1+</td>
224              </tr>
225              <tr>
226                <td></td>
227                <td>
228                  <a href="import/reporter_importer_genepix.xml">Genepix</a>
229                </td>
230                <td>BASE 2.0RC1+</td>
231              </tr>
232              <tr>
233                <td></td>
234                <td>
235                  <a href="import/reporter_importer_affymetrix.xml">Affymetrix</a>
236                </td>
237                <td>BASE 2.0+</td>
238              </tr>
239              <tr class="evenrow">
240                <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
241                <td>
242                  <table cellspacing="0">
243                    <tr>
244                      <td><a href="import/reporter_map_importer_genepix.xml">genepix</a></td>
245                    </tr>
246                  </table>
247                </td>
248                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
249              </tr>
250            </table>
251            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
252          </li>         
253          <li>
254            <a name="intensity"></a>
255            <b>Intensity</b>
256            <table class="listing">
257              <tr>
258                <th>Plugin&nbsp;name</th>
259                <th>Configuration</th>               
260                <th>Works with</th>
261              </tr>
262              <tr>
263                <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
264                <td><i>- N/A -</i></td>
265                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
266              </tr>
267            </table>
268            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
269          </li>                   
270          <li>
271            <a name="other"></a>
272            <b>Other</b>
273            <table class="listing">
274              <tr>
275                <th>Plugin&nbsp;name</th>
276                <th>Configuration</th>               
277                <th>Works with</th>
278              </tr>
279              <tr>
280                <td>Spot&nbsp;images creator</td>
281                <td><i>- N/A -</i></td>
282                <td>BASE 2.0 RC1+</td>
283              </tr>
284              <tr class="evenrow">
285                <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
286                <td><i>- N/A -</i></td>
287                <td>BASE 2.1+</td>
288              </tr>
289            </table>
290            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
291          </li>
292        </ol>
293      </li>
294      <li>
295        <a name="config_packages"></a>
296        <h2>Configuration packages</h2>
297        <table class="listing">
298          <tr>
299            <th>Type</th>
300            <th>Download</th>
301            <th>Plugins</th>
302          </tr>
303          <tr>
304            <td>Affymetrix</td>
305            <td>download</td>
306            <td>&nbsp;</td>
307          </tr>
308          <tr class="evenrow">
309            <td>Genepix</td>
310            <td>download</td>
311            <td>&nbsp;</td>
312          </tr>
313        </table>
314        <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>       
315      </li>
316    </ol>
317  </body>
318</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.