source: trunk/doc/admin/plugin_configuration/coreplugins.html @ 3540

Last change on this file since 3540 was 3540, checked in by Peter Johansson, 16 years ago

corrected address to BASE-hacks trac site
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 11.8 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
2<!--
3  $Id: coreplugins.html 3540 2007-06-29 12:39:34Z peter $
4
5  Copyright (C) Authors contributing to this file.
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 2
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with this program; if not, write to the Free Software
22  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
23  Boston, MA  02111-1307, USA.
24-->
25<html>
26  <a name="top"></a>
27  <head>
28      <title>BASE 2 - Core plugins and tools</title>
29    <link rel=stylesheet type="text/css" href="../../styles.css">
30  </head>
31  <body style="width:880px">
32    <div class="navigation">
33      <a href="../../index.html">BASE</a>
34      <img src="../../next.gif">
35      <a href="../index.html">Administrator documentation</a>
36      <img src="../../next.gif">Core plugins
37    </div>       
38   
39    <h1>BASE 2 - Core plugins</h1>   
40    <div class="abstract">
41      <p>
42        This document lists all core plugins and tools that are included in an
43        installation of the latest BASE 2 version. <br> There are
44        configuration examples, to download and import (v2.2 and
45        later), for those plugins that support configuration. Use the
46        right-click menu of the mouse to download these xml-files.
47      </p>
48
49      <p>
50        Contributed plug-ins are available at
51        <a
52        href=http://baseplugins.thep.lu.se>http://baseplugins.thep.lu.se</a>
53      </p>
54     
55      <b>Contents</b>
56      <ol>
57        <li><a href="#types">Types</a>
58          <ol type="a">
59            <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
60            <li><a href="#export">Export</a></li>
61            <li><a href="#import">Import</a></li>
62            <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
63            <li><a href="#other">Other</a></li>
64          </ol>
65        </li>
66        <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
67        <li><a href="#tools">Tools</a></li>
68      </ol>
69
70      <p class="authors">
71        <b>Last updated:</b> $Date: 2007-01-09$ <br>
72        <b>Copyright ©</b> 2007 The respective authors. All rights reserved.
73      </p>
74    </div>
75    <ol>
76      <li>
77        <a name="types"></a>
78        <h2>Types</h2>
79        <ol type="a">
80          <li>
81            <a name="analyze"></a>
82            <b>Analyze</b>
83            <table class="listing">
84              <tr>
85                <th>Plugin&nbsp;name</th>
86                <th>Configuration</th>               
87                <th>Works with</th> 
88                <th>Remark</th>             
89              </tr>
90              <tr>
91                <td>Base1PluginExecuter</td>
92                <td><i>- N/A -</i></td>
93                <td>BASE 2.2+</td>
94                <td>Simulates the plug-in runner from Base 1.2.</td>
95              </tr>
96              <tr class="evenrow">
97                <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
98                <td><i>Not needed</i></td>
99                <td>BASE 2.1+</td>
100                <td>Calculates extra values for a bioassay set.</td>
101              </tr>
102              <tr>
103                <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
104                <td><i>Not needed</i></td>
105                <td>BASE 2.0RC2+</td>
106                <td>Bioassay set filter. Expressions parsed with JEP.</td>
107              </tr>
108              <tr class="evenrow">
109                <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
110                <td><i>Not needed</i></td>
111                <td>BASE 2.1+</td>
112                <td>Transforms the intensities of a bioassayset.</td>
113              </tr>
114              <tr>
115                <td>Normalization: Lowess</td>
116                <td><i>Not needed</i></td>
117                <td>BASE 2.0RC1+</td>
118                <td>Normalization using LOWESS algorithm.</td>
119              </tr>
120              <tr class="evenrow">
121                <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
122                <td><i>Not needed</i></td>
123                <td>BASE 2.0RC1+</td>
124                <td>Normalization based on median ratio.</td>
125              </tr>
126            </table>
127            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
128          </li>                   
129          <li>
130            <a name="export"></a>     
131            <b>Export</b>
132            <table class="listing">
133              <tr>
134                <th>Plugin&nbsp;name</th>           
135                <th>Configuration</th>               
136                <th>Works with</th>
137                <th>Remark</th>
138              </tr>
139              <tr>
140                <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
141                <td><i>Not needed</i></td>             
142                <td>BASE 2.1+</td>
143                <td>Exports bioassay sets in different formats.</td>
144              </tr>         
145              <tr class="evenrow">
146                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
147                <td><i>Not needed</i></td>             
148                <td>BASE 2.0RC2+</td>
149                <td>Exports helptexts to a XML-file.</td>
150              </tr>
151              <tr>
152                <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
153                <td><i>Not needed</i></td>             
154                <td>BASE 2.0RC2+</td>
155                <td>Exports plate mappings.</td>
156              </tr> 
157              <tr class="evenrow">
158                <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
159                <td><i>Not needed</i></td>             
160                <td>BASE 2.1+</td>
161                <td>Exports plugin configurations to a XML-file.</td>
162              </tr> 
163              <tr>
164                <td>Table&nbsp;exporter</td>
165                <td><i>Not needed</i></td>             
166                <td>BASE 2.0RC1+</td>
167                <td>Exports table listings in the web-interface.</td>
168              </tr>     
169            </table>
170            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
171          </li>                         
172
173          <li>
174            <a name="import"></a>
175            <b>Import</b>
176            <table class="listing">
177              <tr>
178                <th>Plugin&nbsp;name</th>
179                <th>Configuration</th>               
180                <th>Works with</th>
181                <th>Remark</th>
182              </tr>
183             
184              <tr>
185                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;importer</td>
186                <td><i>Not needed</i></td>
187                <td>BASE 2.0RC2+</td>
188                <td>Imports helptexts to the clients</td>
189              </tr>
190             
191              <tr class="evenrow">
192                <td rowspan="2"  valign="middle">
193                  Plate&nbsp;importer
194                </td>
195                <td>       
196                  <a href="import/plate_importer_384wells.xml">384&nbsp;wells-plate</a>
197                </td>
198                <td>BASE 2.0RC1+</td>
199                <td>Imports plates(384wells) from a simple flat file.</td>
200              </tr>
201              <tr class="evenrow">
202                <td>
203                  <a href="import/plate_importer_96wells.xml">96&nbsp;wells-plate</a>
204                </td>
205                <td>BASE 2.0RC1+</td>
206                <td>Imports plates(96wells) from a simple flat file.</td>
207              </tr>             
208             
209              <tr>
210                <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
211                <td><i>Not needed</i></td>
212                <td>BASE 2.0RC2+</td>
213                <td>Imports plate mappings.</td>
214              </tr>
215             
216              <tr class="evenrow">
217                <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
218                <td><i>Not needed</i></td>
219                <td>BASE 2.1+</td>
220                <td>Imports pluginconfigurations from a xml-file.</td>
221              </tr>
222             
223              <tr>
224                <td>Print&nbsp;map importer</td>
225                <td><i>Not needed</i></td>
226                <td>BASE 2.0RC1+</td>
227                <td>Imports arraydesign from a print map.</td>
228              </tr>         
229             
230              <tr class="evenrow">
231                <td rowspan="2" valign="middle">
232                  Raw&nbsp;data importer
233                </td>
234                <td>
235                  <a href="import/raw_data_importer_genepix-cy3_cy5.xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a>
236                </td>
237                <td>BASE 2.0RC1+</td>
238                <td>Imports raw data from a text file (ch1=cy3).</td>
239              </tr>             
240              <tr class="evenrow">
241                <td>
242                  <a href="import/raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a>
243                </td>
244                <td>BASE 2.0RC1+</td>
245                <td>Imports rawdata from a text file (ch1=cy5).</td>
246              </tr>               
247             
248              <tr>
249                <td rowspan="5" valign="middle">
250                  Reporter importer
251                </td>
252                <td>
253                  <a href="import/reporter_importer_96wells.xml">96&nbsp;wells</a><br>
254                </td>
255                <td>BASE 2.0RC1+</td>
256                <td>Imports reporters(96wells) from a file.</td>
257              </tr>             
258              <tr>
259                <td>
260                  <a href="import/reporter_importer_384wells.xml">384&nbsp;wells</a><br>
261                </td>
262                <td>BASE 2.0RC1+</td>
263                <td>Imports reporters(384wells) from a file.</td>
264              </tr>
265              <tr>
266                <td>
267                  <a href="import/reporter_importer_genepix.xml">Genepix</a>
268                </td>
269                <td>BASE 2.0RC1+</td>
270                <td>Imports reporters from a genepix file.</td>
271              </tr>
272              <tr>
273                <td>
274                  <a href="import/reporter_importer_affymetrix.xml">Affymetrix I</a>
275                </td>
276                <td>BASE 2.0+</td>
277                <td>Use for HG-U133_Plus_2 and MG_U74Av2. <br> Imports
278                  only minimum amount of information.</td>
279              </tr>
280              <tr>
281                <td>
282                  <a href="import/reporter_importer_affymetrix2.xml">Affymetrix II</a>
283                </td>
284                <td>BASE 2.0+</td>
285                <td>Use for HG-U133A. <br> Imports gene symbols and
286                  UniGene ID.</td>
287              </tr>
288             
289              <tr class="evenrow">
290                <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
291                <td>
292                  <table cellspacing="0">
293                    <tr>
294                      <td><a href="import/reporter_map_importer_genepix.xml">Genepix</a></td>
295                    </tr>
296                  </table>
297                </td>
298                <td>BASE 2.0RC1+</td>
299                <td>Imports genepix features from a gpr- file</td>
300              </tr>
301            </table>
302            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
303          </li>         
304
305          <li>
306            <a name="intensity"></a>
307            <b>Intensity</b>
308            <table class="listing">
309              <tr>
310                <th>Plugin&nbsp;name</th>
311                <th>Configuration</th>               
312                <th>Works with</th>
313                <th>Remark</th>
314              </tr>
315              <tr>
316                <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
317                <td><i>Not needed</i></td>
318                <td>BASE 2.0RC1+</td>
319                <td>Calculate intensities from raw data.</td>
320              </tr>
321            </table>
322            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>           
323          </li>                   
324          <li>
325            <a name="other"></a>
326            <b>Other</b>
327            <table class="listing">
328              <tr>
329                <th>Plugin&nbsp;name</th>
330                <th>Configuration</th>               
331                <th>Works with</th>
332                <th>Remark</th>
333              </tr>
334              <tr>
335                <td>Spot&nbsp;images creator</td>
336                <td><i>Not needed</i></td>
337                <td>BASE 2.0RC1+</td>
338                <td>Converts a full-size image into jpg images for each spot.</td>
339              </tr>
340              <tr class="evenrow">
341                <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
342                <td><i>Not needed</i></td>
343                <td>BASE 2.1+</td>
344                <td>Unpacks zip and jar file on the BASE2's file system.</td>
345              </tr>
346            </table>
347            <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>
348          </li>
349        </ol>
350      </li>
351      <li>
352        <a name="config_packages"></a>
353        <h2>Configuration packages</h2>
354        <table class="listing">
355          <tr>
356            <th>Type</th>
357            <th>Download</th>
358            <th>Plugins</th>
359          </tr>
360          <tr>
361            <td>Affymetrix</td>
362            <td>download</td>
363            <td>&nbsp;</td>
364          </tr>
365          <tr class="evenrow">
366            <td>Genepix</td>
367            <td>download</td>
368            <td>&nbsp;</td>
369          </tr>
370        </table>
371        <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>       
372      </li>
373      <li>
374        <a name="tools"></a>
375        <h2>Tools</h2>
376        <table class="listing">
377          <tr>
378            <th>Name</th>
379            <th>Note</th>
380          </tr>
381          <tr>
382            <td>MultiExperiment Viewer, MeV</td>
383            <td>MeV is a versatile microarray data analysis tool,
384              incorporating sophisticated algorithms for clustering,
385              visualization, classification, statistical analysis and
386              biological theme discovery, http://www.tm4.org. We use a
387              modified version of MeV and provide information about
388              the changes at
389              <a
390              href=http://trac.thep.lu.se/trac/BASE-hacks>http://trac.thep.lu.se/trac/BASE-hacks</a>.</td>
391          </tr>
392        </table>
393        <div align="right"><a href="#top">top of this document</a></div>       
394      </li>
395    </ol>
396  </body>
397</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.