source: trunk/doc/admin/plugin_configuration/import/raw_data_importer(genepix-cy3_cy5).xml @ 3054

Last change on this file since 3054 was 3054, checked in by Martin Svensson, 17 years ago

Moved the core plugin list to administration documentation
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 9.2 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
3<!--
4  $Id: raw_data_importer(genepix-cy3_cy5).xml 3054 2007-01-09 13:46:41Z martin $
5
6  Copyright (C) Authors contributing to this file.
7
8  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
9  Available at http://base.thep.lu.se/
10
11  BASE is free software; you can redistribute it and/or
12  modify it under the terms of the GNU General Public License
13  as published by the Free Software Foundation; either version 2
14  of the License, or (at your option) any later version.
15
16  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
17  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
18  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
19  GNU General Public License for more details.
20
21  You should have received a copy of the GNU General Public License
22  along with this program; if not, write to the Free Software
23  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
24  Boston, MA  02111-1307, USA.
25-->
26<configfile>
27  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
28    <configname>GenePix raw data import (cy3/cy5)</configname>
29    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
30The wavelengths should be 532nm for channel_1 and 635nm for channel_2.</description>
31    <parameter>
32      <name>yColumnMapping</name>
33      <label>Y</label>
34      <description />
35      <class>java.lang.String</class>
36      <value>\Y\</value>
37    </parameter>
38    <parameter>
39      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
40      <label>Channel 2 background mean</label>
41      <description />
42      <class>java.lang.String</class>
43      <value>\B635 Mean\</value>
44    </parameter>
45    <parameter>
46      <name>propertyMapping.flags</name>
47      <label>Flags</label>
48      <description />
49      <class>java.lang.String</class>
50      <value>\Flags\</value>
51    </parameter>
52    <parameter>
53      <name>propertyMapping.mValue</name>
54      <label>M value</label>
55      <description />
56      <class>java.lang.String</class>
57      <value>\Log Ratio (532/635)\</value>
58    </parameter>
59    <parameter>
60      <name>trimQuotes</name>
61      <label>Remove quotes</label>
62      <description />
63      <class>java.lang.Boolean</class>
64      <value>true</value>
65    </parameter>
66    <parameter>
67      <name>propertyMapping.diameter</name>
68      <label>Spot diameter</label>
69      <description />
70      <class>java.lang.String</class>
71      <value>\Dia.\</value>
72    </parameter>
73    <parameter>
74      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
75      <label>Percent saturated pixels</label>
76      <description />
77      <class>java.lang.String</class>
78      <value>\F635 % Sat.\</value>
79    </parameter>
80    <parameter>
81      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
82      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
83      <description />
84      <class>java.lang.String</class>
85      <value>\F532 SD\</value>
86    </parameter>
87    <parameter>
88      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
89      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
90      <description />
91      <class>java.lang.String</class>
92      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
93    </parameter>
94    <parameter>
95      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
96      <label>Foreground pixels</label>
97      <description />
98      <class>java.lang.String</class>
99      <value>\F Pixels\</value>
100    </parameter>
101    <parameter>
102      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
103      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
104      <description />
105      <class>java.lang.String</class>
106      <value>\F635 SD\</value>
107    </parameter>
108    <parameter>
109      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
110      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
111      <description />
112      <class>java.lang.String</class>
113      <value>\B635 SD\</value>
114    </parameter>
115    <parameter>
116      <name>headerRegexp</name>
117      <label>Header</label>
118      <description />
119      <class>java.lang.String</class>
120      <value>"(.+)=(.*)"</value>
121    </parameter>
122    <parameter>
123      <name>reporterIdColumnMapping</name>
124      <label>Reporter ID</label>
125      <description />
126      <class>java.lang.String</class>
127      <value>\ID\</value>
128    </parameter>
129    <parameter>
130      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
131      <label>Channel 1 foreground median</label>
132      <description />
133      <class>java.lang.String</class>
134      <value>\F532 Median\</value>
135    </parameter>
136    <parameter>
137      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
138      <label>Channel 1 background mean</label>
139      <description />
140      <class>java.lang.String</class>
141      <value>\B532 Mean\</value>
142    </parameter>
143    <parameter>
144      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
145      <label>Channel 2 background median</label>
146      <description />
147      <class>java.lang.String</class>
148      <value>\B635 Median\</value>
149    </parameter>
150    <parameter>
151      <name>rowColumnMapping</name>
152      <label>Row</label>
153      <description />
154      <class>java.lang.String</class>
155      <value>\Row\</value>
156    </parameter>
157    <parameter>
158      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
159      <label>Channel 1 background median</label>
160      <description />
161      <class>java.lang.String</class>
162      <value>\B532 Median\</value>
163    </parameter>
164    <parameter>
165      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
166      <label>Channel 2 foreground mean</label>
167      <description />
168      <class>java.lang.String</class>
169      <value>\F635 Mean\</value>
170    </parameter>
171    <parameter>
172      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
173      <label>Rgn R2</label>
174      <description />
175      <class>java.lang.String</class>
176      <value>\Rgn R² (532/635)\</value>
177    </parameter>
178    <parameter>
179      <name>dataHeaderRegexp</name>
180      <label>Data header</label>
181      <description />
182      <class>java.lang.String</class>
183      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(532\/635\)".*</value>
184    </parameter>
185    <parameter>
186      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
187      <label>Standard deviation of ratios</label>
188      <description />
189      <class>java.lang.String</class>
190      <value>\Ratios SD (532/635)\</value>
191    </parameter>
192    <parameter>
193      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
194      <label>Channel 2 foreground median</label>
195      <description />
196      <class>java.lang.String</class>
197      <value>\F635 Median\</value>
198    </parameter>
199    <parameter>
200      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
201      <label>Percent saturated pixels</label>
202      <description />
203      <class>java.lang.String</class>
204      <value>\F532 % Sat.\</value>
205    </parameter>
206    <parameter>
207      <name>dataSplitterRegexp</name>
208      <label>Data splitter</label>
209      <description />
210      <class>java.lang.String</class>
211      <value>\t</value>
212    </parameter>
213    <parameter>
214      <name>columnColumnMapping</name>
215      <label>Column</label>
216      <description />
217      <class>java.lang.String</class>
218      <value>\Column\</value>
219    </parameter>
220    <parameter>
221      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
222      <label>Background pixels</label>
223      <description />
224      <class>java.lang.String</class>
225      <value>\B Pixels\</value>
226    </parameter>
227    <parameter>
228      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
229      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
230      <description />
231      <class>java.lang.String</class>
232      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
233    </parameter>
234    <parameter>
235      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
236      <label>Channel 1 foreground mean</label>
237      <description />
238      <class>java.lang.String</class>
239      <value>\F532 Mean\</value>
240    </parameter>
241    <parameter>
242      <name>xColumnMapping</name>
243      <label>X</label>
244      <description />
245      <class>java.lang.String</class>
246      <value>\X\</value>
247    </parameter>
248    <parameter>
249      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
250      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
251      <description />
252      <class>java.lang.String</class>
253      <value>\B532 SD\</value>
254    </parameter>
255    <parameter>
256      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
257      <label>Rgn ratio</label>
258      <description />
259      <class>java.lang.String</class>
260      <value>\Rgn Ratio (532/635)\</value>
261    </parameter>
262    <parameter>
263      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
264      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
265      <description />
266      <class>java.lang.String</class>
267      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
268    </parameter>
269    <parameter>
270      <name>rawDataType</name>
271      <label>Raw data type</label>
272      <description />
273      <class>java.lang.String</class>
274      <value>genepix</value>
275    </parameter>
276    <parameter>
277      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
278      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
279      <description />
280      <class>java.lang.String</class>
281      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
282    </parameter>
283    <parameter>
284      <name>blockColumnMapping</name>
285      <label>Block</label>
286      <description />
287      <class>java.lang.String</class>
288      <value>\Block\</value>
289    </parameter>
290  </configuration>
291</configfile>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.