source: trunk/doc/admin/plugin_configuration/import/raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml @ 3066

Last change on this file since 3066 was 3066, checked in by Jari Häkkinen, 17 years ago

Removed parantheses in filenames. Trac cannot handle these in the admin docs section.
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 9.2 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd">
3<!--
4  $Id: raw_data_importer_genepix-cy5_cy3.xml 3066 2007-01-18 10:25:24Z jari $
5
6  Copyright (C) Authors contributing to this file.
7
8  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
9  Available at http://base.thep.lu.se/
10
11  BASE is free software; you can redistribute it and/or
12  modify it under the terms of the GNU General Public License
13  as published by the Free Software Foundation; either version 2
14  of the License, or (at your option) any later version.
15
16  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
17  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
18  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
19  GNU General Public License for more details.
20
21  You should have received a copy of the GNU General Public License
22  along with this program; if not, write to the Free Software
23  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
24  Boston, MA  02111-1307, USA.
25-->
26<configfile>
27  <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
28    <configname>GenePix raw data import (cy5/cy3)</configname>
29    <description>Configuration to import raw data from a genepix file(*.gpr).&#xD;
30The wavelengths should be 635nm for channel_1 and 532nm for channel_2.</description>
31    <parameter>
32      <name>yColumnMapping</name>
33      <label>Y</label>
34      <description />
35      <class>java.lang.String</class>
36      <value>\Y\</value>
37    </parameter>
38    <parameter>
39      <name>propertyMapping.ch2BgMean</name>
40      <label>Channel 2 background mean</label>
41      <description />
42      <class>java.lang.String</class>
43      <value>\B532 Mean\</value>
44    </parameter>
45    <parameter>
46      <name>propertyMapping.flags</name>
47      <label>Flags</label>
48      <description />
49      <class>java.lang.String</class>
50      <value>\Flags\</value>
51    </parameter>
52    <parameter>
53      <name>propertyMapping.mValue</name>
54      <label>M value</label>
55      <description />
56      <class>java.lang.String</class>
57      <value>\Log Ratio (532/635)\</value>
58    </parameter>
59    <parameter>
60      <name>trimQuotes</name>
61      <label>Remove quotes</label>
62      <description />
63      <class>java.lang.Boolean</class>
64      <value>true</value>
65    </parameter>
66    <parameter>
67      <name>propertyMapping.diameter</name>
68      <label>Spot diameter</label>
69      <description />
70      <class>java.lang.String</class>
71      <value>\Dia.\</value>
72    </parameter>
73    <parameter>
74      <name>propertyMapping.ch2PercSat</name>
75      <label>Percent saturated pixels</label>
76      <description />
77      <class>java.lang.String</class>
78      <value>\F532 % Sat.\</value>
79    </parameter>
80    <parameter>
81      <name>propertyMapping.ch1FgSd</name>
82      <label>Channel 1 foreground standard deviation</label>
83      <description />
84      <class>java.lang.String</class>
85      <value>\F635 SD\</value>
86    </parameter>
87    <parameter>
88      <name>propertyMapping.ch2PercSd1</name>
89      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
90      <description />
91      <class>java.lang.String</class>
92      <value>\% &gt; B532+1SD\</value>
93    </parameter>
94    <parameter>
95      <name>propertyMapping.fgPixels</name>
96      <label>Foreground pixels</label>
97      <description />
98      <class>java.lang.String</class>
99      <value>\F Pixels\</value>
100    </parameter>
101    <parameter>
102      <name>propertyMapping.ch2FgSd</name>
103      <label>Channel 2 foreground standard deviation</label>
104      <description />
105      <class>java.lang.String</class>
106      <value>\F532 SD\</value>
107    </parameter>
108    <parameter>
109      <name>propertyMapping.ch2BgSd</name>
110      <label>Channel 2 background standard deviation</label>
111      <description />
112      <class>java.lang.String</class>
113      <value>\B532 SD\</value>
114    </parameter>
115    <parameter>
116      <name>headerRegexp</name>
117      <label>Header</label>
118      <description />
119      <class>java.lang.String</class>
120      <value>"(.+)=(.*)"</value>
121    </parameter>
122    <parameter>
123      <name>reporterIdColumnMapping</name>
124      <label>Reporter ID</label>
125      <description />
126      <class>java.lang.String</class>
127      <value>\ID\</value>
128    </parameter>
129    <parameter>
130      <name>propertyMapping.ch1FgMedian</name>
131      <label>Channel 1 foreground median</label>
132      <description />
133      <class>java.lang.String</class>
134      <value>\F635 Median\</value>
135    </parameter>
136    <parameter>
137      <name>propertyMapping.ch1BgMean</name>
138      <label>Channel 1 background mean</label>
139      <description />
140      <class>java.lang.String</class>
141      <value>\B635 Mean\</value>
142    </parameter>
143    <parameter>
144      <name>propertyMapping.ch2BgMedian</name>
145      <label>Channel 2 background median</label>
146      <description />
147      <class>java.lang.String</class>
148      <value>\B532 Median\</value>
149    </parameter>
150    <parameter>
151      <name>rowColumnMapping</name>
152      <label>Row</label>
153      <description />
154      <class>java.lang.String</class>
155      <value>\Row\</value>
156    </parameter>
157    <parameter>
158      <name>propertyMapping.ch1BgMedian</name>
159      <label>Channel 1 background median</label>
160      <description />
161      <class>java.lang.String</class>
162      <value>\B635 Median\</value>
163    </parameter>
164    <parameter>
165      <name>propertyMapping.ch2FgMean</name>
166      <label>Channel 2 foreground mean</label>
167      <description />
168      <class>java.lang.String</class>
169      <value>\F532 Mean\</value>
170    </parameter>
171    <parameter>
172      <name>propertyMapping.rgnR2</name>
173      <label>Rgn R2</label>
174      <description />
175      <class>java.lang.String</class>
176      <value>\Rgn R² (635/532)\</value>
177    </parameter>
178    <parameter>
179      <name>dataHeaderRegexp</name>
180      <label>Data header</label>
181      <description />
182      <class>java.lang.String</class>
183      <value>"Block"\t"Column"\t"Row"\t"Name"\t"ID".*"Ratio of Medians \(635\/532\)".*</value>
184    </parameter>
185    <parameter>
186      <name>propertyMapping.ratiosSd</name>
187      <label>Standard deviation of ratios</label>
188      <description />
189      <class>java.lang.String</class>
190      <value>\Ratios SD (532/635)\</value>
191    </parameter>
192    <parameter>
193      <name>propertyMapping.ch2FgMedian</name>
194      <label>Channel 2 foreground median</label>
195      <description />
196      <class>java.lang.String</class>
197      <value>\F532 Median\</value>
198    </parameter>
199    <parameter>
200      <name>propertyMapping.ch1PercSat</name>
201      <label>Percent saturated pixels</label>
202      <description />
203      <class>java.lang.String</class>
204      <value>\F635 % Sat.\</value>
205    </parameter>
206    <parameter>
207      <name>dataSplitterRegexp</name>
208      <label>Data splitter</label>
209      <description />
210      <class>java.lang.String</class>
211      <value>\t</value>
212    </parameter>
213    <parameter>
214      <name>columnColumnMapping</name>
215      <label>Column</label>
216      <description />
217      <class>java.lang.String</class>
218      <value>\Column\</value>
219    </parameter>
220    <parameter>
221      <name>propertyMapping.bgPixels</name>
222      <label>Background pixels</label>
223      <description />
224      <class>java.lang.String</class>
225      <value>\B Pixels\</value>
226    </parameter>
227    <parameter>
228      <name>propertyMapping.ch1PercSd2</name>
229      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
230      <description />
231      <class>java.lang.String</class>
232      <value>\% &gt; B635+2SD\</value>
233    </parameter>
234    <parameter>
235      <name>propertyMapping.ch1FgMean</name>
236      <label>Channel 1 foreground mean</label>
237      <description />
238      <class>java.lang.String</class>
239      <value>\F635 Mean\</value>
240    </parameter>
241    <parameter>
242      <name>xColumnMapping</name>
243      <label>X</label>
244      <description />
245      <class>java.lang.String</class>
246      <value>\X\</value>
247    </parameter>
248    <parameter>
249      <name>propertyMapping.ch1BgSd</name>
250      <label>Channel 1 background standard deviation</label>
251      <description />
252      <class>java.lang.String</class>
253      <value>\B635 SD\</value>
254    </parameter>
255    <parameter>
256      <name>propertyMapping.rgnRatio</name>
257      <label>Rgn ratio</label>
258      <description />
259      <class>java.lang.String</class>
260      <value>\Rgn Ratio (635/532)\</value>
261    </parameter>
262    <parameter>
263      <name>propertyMapping.ch1PercSd1</name>
264      <label>Percent pixels within 1 standard deviation</label>
265      <description />
266      <class>java.lang.String</class>
267      <value>\% &gt; B635+1SD\</value>
268    </parameter>
269    <parameter>
270      <name>rawDataType</name>
271      <label>Raw data type</label>
272      <description />
273      <class>java.lang.String</class>
274      <value>genepix</value>
275    </parameter>
276    <parameter>
277      <name>propertyMapping.ch2PercSd2</name>
278      <label>Percent pixels within 2 standard deviations</label>
279      <description />
280      <class>java.lang.String</class>
281      <value>\% &gt; B532+2SD\</value>
282    </parameter>
283    <parameter>
284      <name>blockColumnMapping</name>
285      <label>Block</label>
286      <description />
287      <class>java.lang.String</class>
288      <value>\Block\</value>
289    </parameter>
290  </configuration>
291</configfile>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.