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1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
2<!--
3  $Id: base1Tables.html 4889 2009-04-06 12:52:39Z nicklas $
4
5  Copyright (C) 2005 Gregory Vincic
6  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
7
8  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
9  Available at http://base.thep.lu.se/
10
11  BASE is free software; you can redistribute it and/or
12  modify it under the terms of the GNU General Public License
13  as published by the Free Software Foundation; either version 3
14  of the License, or (at your option) any later version.
15
16  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
17  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
18  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
19  GNU General Public License for more details.
20
21  You should have received a copy of the GNU General Public License
22  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
23-->
24<html>
25  <head>
26    <title>BASE - Migration tool specifications</title>
27  <link rel=stylesheet type="text/css" href="../../styles.css">
28<style type="text/css">
29  body {
30    width: auto;
31    font-family: auto;
32    font-size: 1em;
33  }
34 
35  td {
36    width: 30%;
37  }
38
39  table {
40    margin-left: 20px;
41  }
42</style>
43  </head>
44<body>
45<div class="navigation">
46  <a href="../../index.html">BASE</a>
47  <img src="../../next.gif">
48  <a href="index.html">Migration tool specifications</a>
49  <img src="../../next.gif">
50  Base1 Tables
51</div>
52
53
54
55<a name="top">
56<h1>Base1 Tables</h1>
57</a>
58
59
60<table>
61<tr>
62
63<td valign="top">
64<a href="#ArrayBatch">ArrayBatch</a><br/>
65<a href="#ArrayBlock">ArrayBlock</a><br/>
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91</td><td valign="top">
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119</td><td valign="top">
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146</td>
147
148</tr>
149</table>
150
151
152<br clear="all"/>
153<hr/>
154
155
156
157<a name="ArrayBatch"/>
158<a href="#top">ArrayBatch</a>
159<p></p>
160<pre class="code">+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
161| Field          | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
162+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
163| id             | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
164| arrayType      | int(11)      |      | MUL | 0                   |                |
165| descr          | text         |      |     |                     |                |
166| printStartDate | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
167| printEndDate   | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
168| owner          | int(11)      |      |     | 0                   |                |
169| name           | varchar(80)  |      | MUL |                     |                |
170| addedDate      | date         |      |     | 0000-00-00          |                |
171| surfaceType    | varchar(255) |      |     |                     |                |
172| protocol       | int(11)      |      |     | 0                   |                |
173| notes          | text         |      |     |                     |                |
174| removed        | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
175| gid            | int(11)      |      |     | 0                   |                |
176| groupAccess    | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
177| worldAccess    | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
178+----------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+</pre>
179
180
181<a name="ArrayBlock"/>
182<a href="#top">ArrayBlock</a>
183<p></p>
184<pre class="code">+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+
185| Field           | Type        | Null | Key | Default | Extra |
186+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+
187| arrayType       | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
188| blockNum        | smallint(6) |      | PRI | 0       |       |
189| xOrigin         | float       |      |     | 0       |       |
190| yOrigin         | float       |      |     | 0       |       |
191| featureDiameter | float       |      |     | 0       |       |
192| xFeatures       | float       |      |     | 0       |       |
193| xSpacing        | float       |      |     | 0       |       |
194| yFeatures       | float       |      |     | 0       |       |
195| ySpacing        | float       |      |     | 0       |       |
196| metaRow         | smallint(6) |      |     | 0       |       |
197| metaColumn      | smallint(6) |      |     | 0       |       |
198+-----------------+-------------+------+-----+---------+-------+</pre>
199
200
201<a name="ArraySlide"/>
202<a href="#top">ArraySlide</a>
203<p></p>
204<pre class="code">+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
205| Field         | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
206+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
207| id            | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
208| batch         | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
209| orderNumber   | smallint(6) |      |     | 0          |                |
210| name          | varchar(80) | YES  | MUL | NULL       |                |
211| destroyed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
212| hybridization | int(11)     | YES  | MUL | NULL       |                |
213| descr         | text        |      |     |            |                |
214| owner         | int(11)     |      |     | 0          |                |
215| addedDate     | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
216| removed       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
217| gid           | int(11)     |      |     | 0          |                |
218| groupAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
219| worldAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
220+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
221
222
223<a name="ArrayType"/>
224<a href="#top">ArrayType</a>
225<p></p>
226<pre class="code">+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
227| Field         | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
228+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
229| id            | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
230| owner         | int(11)      |      |     | 0          |                |
231| name          | varchar(80)  |      | MUL |            |                |
232| platform      | varchar(255) |      |     |            |                |
233| protocol      | int(11)      |      |     | 0          |                |
234| descr         | text         |      |     |            |                |
235| addedDate     | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
236| printed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
237| printMapName  | varchar(255) |      |     |            |                |
238| removed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
239| gid           | int(11)      |      |     | 0          |                |
240| groupAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
241| worldAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
242| featureLock   | smallint(6)  |      |     | 0          |                |
243| featureCount  | int(11)      |      |     | 0          |                |
244| blankFeatures | int(11)      |      |     | 0          |                |
245+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
246
247
248<a name="ArrayTypePlate"/>
249<a href="#top">ArrayTypePlate</a>
250<p></p>
251<pre class="code">+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+
252| Field     | Type        | Null | Key | Default | Extra |
253+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+
254| arrayType | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
255| plate     | int(11)     |      |     | 0       |       |
256| position  | smallint(6) |      | PRI | 0       |       |
257+-----------+-------------+------+-----+---------+-------+</pre>
258
259
260<a name="BaseControl"/>
261<a href="#top">BaseControl</a>
262<p></p>
263<pre class="code">+----------------------+------------+------+-----+---------------------+-------+
264| Field                | Type       | Null | Key | Default             | Extra |
265+----------------------+------------+------+-----+---------------------+-------+
266| startTime            | datetime   |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |       |
267| shutDown             | tinyint(4) |      |     | 0                   |       |
268| pendingTransactions  | int(11)    |      |     | 0                   |       |
269| finishedTransactions | int(11)    |      |     | 0                   |       |
270| startedScripts       | int(11)    |      |     | 0                   |       |
271+----------------------+------------+------+-----+---------------------+-------+</pre>
272
273
274<a name="BaseFileSection"/>
275<a href="#top">BaseFileSection</a>
276<p></p>
277<pre class="code">+-------+--------------+------+-----+---------+----------------+
278| Field | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
279+-------+--------------+------+-----+---------+----------------+
280| id    | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
281| name  | varchar(255) |      | UNI |         |                |
282+-------+--------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
283
284
285<a name="BioAssay"/>
286<a href="#top">BioAssay</a>
287<p></p>
288<pre class="code">+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
289| Field       | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
290+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
291| id          | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
292| name        | varchar(80)  |      |     |            |                |
293| descr       | text         |      |     |            |                |
294| owner       | int(11)      |      |     | 0          |                |
295| addedDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
296| bioAssaySet | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
297| experiment  | int(11)      |      |     | 0          |                |
298| spots       | mediumint(9) |      |     | 0          |                |
299| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
300| channels    | tinyint(4)   |      |     | 2          |                |
301+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
302
303
304<a name="BioAssayOrigin"/>
305<a href="#top">BioAssayOrigin</a>
306<p></p>
307<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+---------+----------------+
308| Field       | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
309+-------------+-------------+------+-----+---------+----------------+
310| bioAssay    | int(11)     |      | PRI | 0       |                |
311| rawBioAssay | int(11)     |      | MUL | 0       |                |
312| position    | smallint(6) |      | PRI | NULL    | auto_increment |
313+-------------+-------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
314
315
316<a name="BioAssayParent"/>
317<a href="#top">BioAssayParent</a>
318<p></p>
319<pre class="code">+----------+-------------+------+-----+---------+----------------+
320| Field    | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
321+----------+-------------+------+-----+---------+----------------+
322| bioAssay | int(11)     |      | PRI | 0       |                |
323| parent   | int(11)     |      | MUL | 0       |                |
324| position | smallint(6) |      | PRI | NULL    | auto_increment |
325+----------+-------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
326
327
328<a name="BioAssaySample"/>
329<a href="#top">BioAssaySample</a>
330<p></p>
331<pre class="code">+----------+------------+------+-----+---------+-------+
332| Field    | Type       | Null | Key | Default | Extra |
333+----------+------------+------+-----+---------+-------+
334| bioAssay | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
335| sample   | int(11)    |      |     | 0       |       |
336| channel  | tinyint(4) |      | PRI | 0       |       |
337+----------+------------+------+-----+---------+-------+</pre>
338
339
340<a name="BioAssaySet"/>
341<a href="#top">BioAssaySet</a>
342<p></p>
343<pre class="code">+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
344| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
345+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
346| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
347| name             | varchar(80)  |      | MUL |            |                |
348| descr            | text         |      |     |            |                |
349| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
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365<pre class="code">+----------------+--------------+------+-----+---------+-------+
366| Field          | Type         | Null | Key | Default | Extra |
367+----------------+--------------+------+-----+---------+-------+
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399+-------------+-------------+------+-----+---------+-------+
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412+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
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414| name          | varchar(80)  |      |     |            |                |
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455| Field       | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
456+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
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476+-------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
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498
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513
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516<p></p>
517<pre class="code">+-------------+---------+------+-----+---------+-------+
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523
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526<a href="#top">ExtraDataColumn</a>
527<p></p>
528<pre class="code">+-----------+-------------+------+-----+---------+----------------+
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530+-----------+-------------+------+-----+---------+----------------+
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532| name      | varchar(80) |      | MUL |         |                |
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537<a name="Extract"/>
538<a href="#top">Extract</a>
539<p></p>
540<pre class="code">+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
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543| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
544| protocol       | int(11)     |      |     | 0          |                |
545| extractionDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
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548| descr          | text        |      |     |            |                |
549| quantity       | float       |      |     | 0          |                |
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562<p></p>
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566| id        | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
567| arrayType | int(11)      |      | MUL | 0       |                |
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595
596<a name="Hybridization"/>
597<a href="#top">Hybridization</a>
598<p></p>
599<pre class="code">+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
600| Field             | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
601+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
602| id                | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
603| owner             | int(11)     |      |     | 0          |                |
604| name              | varchar(80) |      | MUL |            |                |
605| descr             | text        |      |     |            |                |
606| addedDate         | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
607| hybridizationDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
608| protocol          | int(11)     |      |     | 0          |                |
609| removed           | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
610| gid               | int(11)     |      |     | 0          |                |
611| groupAccess       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
612| worldAccess       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
613+-------------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
614
615
616<a name="HybridizedLabeled"/>
617<a href="#top">HybridizedLabeled</a>
618<p></p>
619<pre class="code">+---------------+------------+------+-----+---------+-------+
620| Field         | Type       | Null | Key | Default | Extra |
621+---------------+------------+------+-----+---------+-------+
622| hybridization | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
623| channel       | tinyint(4) |      | PRI | 0       |       |
624| labeled       | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
625| quantity      | float      |      |     | 0       |       |
626+---------------+------------+------+-----+---------+-------+</pre>
627
628
629<a name="Image"/>
630<a href="#top">Image</a>
631<p></p>
632<pre class="code">+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
633| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
634+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
635| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
636| name             | varchar(255) |      |     |            |                |
637| descr            | text         |      |     |            |                |
638| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
639| addedDate        | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
640| imageAcquisition | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
641| channels         | tinyint(4)   |      |     | 0          |                |
642| useForJpeg       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
643| fileSize         | int(11)      |      |     | 0          |                |
644| removed          | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
645+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
646
647
648<a name="ImageAcquisition"/>
649<a href="#top">ImageAcquisition</a>
650<p></p>
651<pre class="code">+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
652| Field         | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
653+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
654| id            | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
655| name          | varchar(80) |      |     |            |                |
656| descr         | text        |      |     |            |                |
657| owner         | int(11)     |      |     | 0          |                |
658| addedDate     | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
659| hybridization | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
660| scanDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
661| scanner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
662| removed       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
663| gid           | int(11)     |      |     | 0          |                |
664| groupAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
665| worldAccess   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
666+---------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
667
668
669<a name="Item"/>
670<a href="#top">Item</a>
671<p></p>
672<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
673| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
674+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
675| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
676| name        | varchar(80) |      |     |            |                |
677| descr       | text        |      |     |            |                |
678| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
679| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
680| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
681| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
682| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
683| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
684+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
685
686
687<a name="Job"/>
688<a href="#top">Job</a>
689<p></p>
690<pre class="code">+-------------------+---------------+------+-----+---------------------+-------+
691| Field             | Type          | Null | Key | Default             | Extra |
692+-------------------+---------------+------+-----+---------------------+-------+
693| submitTime        | datetime      |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |       |
694| handlerTime       | datetime      |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |       |
695| startTime         | datetime      |      | MUL | 0000-00-00 00:00:00 |       |
696| endTime           | datetime      |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |       |
697| doneTime          | datetime      |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |       |
698| program           | int(11)       |      |     | 0                   |       |
699| resultText        | mediumtext    |      |     |                     |       |
700| transformation    | int(11)       |      | PRI | 0                   |       |
701| duration          | decimal(10,2) |      |     | -1.00               |       |
702| cpuTime           | decimal(10,2) |      |     | -1.00               |       |
703| exportCpuTime     | decimal(10,2) |      |     | -1.00               |       |
704| handlerCpuTime    | decimal(10,2) |      |     | -1.00               |       |
705| controlSha1       | varchar(42)   | YES  | MUL | NULL                |       |
706| curStatus         | tinyint(4)    |      | MUL | 0                   |       |
707| computationServer | int(11)       | YES  |     | NULL                |       |
708| handlerPid        | int(11)       | YES  |     | NULL                |       |
709| estimatedTime     | int(11)       |      |     | 60                  |       |
710| maxCpu            | int(11)       |      |     | -1                  |       |
711| maxRam            | double        |      |     | 67108864            |       |
712| matrixSize        | double        |      |     | -1                  |       |
713| queuePosition     | int(11)       | YES  | MUL | NULL                |       |
714+-------------------+---------------+------+-----+---------------------+-------+</pre>
715
716
717<a name="JobFile"/>
718<a href="#top">JobFile</a>
719<p></p>
720<pre class="code">+----------------+--------------+------+-----+---------+----------------+
721| Field          | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
722+----------------+--------------+------+-----+---------+----------------+
723| id             | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
724| transformation | int(11)      |      | MUL | 0       |                |
725| name           | varchar(255) |      |     |         |                |
726| fileSize       | int(11)      |      |     | 0       |                |
727+----------------+--------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
728
729
730<a name="JobFileSection"/>
731<a href="#top">JobFileSection</a>
732<p></p>
733<pre class="code">+--------------+-------------+------+-----+---------+-------+
734| Field        | Type        | Null | Key | Default | Extra |
735+--------------+-------------+------+-----+---------+-------+
736| jobFile      | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
737| fileSection  | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
738| sectionCount | smallint(6) |      |     | 0       |       |
739+--------------+-------------+------+-----+---------+-------+</pre>
740
741
742<a name="JobSetting"/>
743<a href="#top">JobSetting</a>
744<p></p>
745<pre class="code">+----------------+------------+------+-----+---------+-------+
746| Field          | Type       | Null | Key | Default | Extra |
747+----------------+------------+------+-----+---------+-------+
748| transformation | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
749| position       | tinyint(4) |      | PRI | 0       |       |
750| setting        | text       |      |     |         |       |
751+----------------+------------+------+-----+---------+-------+</pre>
752
753
754<a name="Label"/>
755<a href="#top">Label</a>
756<p></p>
757<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
758| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
759+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
760| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
761| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
762| descr       | text        |      |     |            |                |
763| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
764| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
765| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
766| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
767| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
768| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
769+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
770
771
772<a name="LabeledExtract"/>
773<a href="#top">LabeledExtract</a>
774<p></p>
775<pre class="code">+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
776| Field        | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
777+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
778| id           | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
779| owner        | int(11)     |      |     | 0          |                |
780| name         | varchar(80) |      | MUL |            |                |
781| descr        | text        |      |     |            |                |
782| addedDate    | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
783| extract      | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
784| protocol     | int(11)     |      |     | 0          |                |
785| labelingDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
786| quantity     | float       |      |     | 0          |                |
787| quantityLeft | float       | YES  |     | NULL       |                |
788| removed      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
789| gid          | int(11)     |      |     | 0          |                |
790| groupAccess  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
791| worldAccess  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
792| label        | int(11)     |      |     | 0          |                |
793+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
794
795
796<a name="News"/>
797<a href="#top">News</a>
798<p></p>
799<pre class="code">+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
800| Field     | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
801+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
802| id        | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
803| name      | varchar(255) |      |     |                     |                |
804| descr     | text         |      |     |                     |                |
805| owner     | int(11)      |      |     | 0                   |                |
806| addedDate | datetime     |      | MUL | 0000-00-00 00:00:00 |                |
807| removed   | tinyint(1)   |      |     | 0                   |                |
808+-----------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+</pre>
809
810
811<a name="Plate"/>
812<a href="#top">Plate</a>
813<p></p>
814<pre class="code">+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
815| Field       | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
816+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
817| id          | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
818| plateType   | int(11)      |      |     | 0          |                |
819| name        | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
820| descr       | text         |      |     |            |                |
821| owner       | int(11)      |      |     | 0          |                |
822| addedDate   | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
823| destroyed   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
824| barcode     | varchar(255) | YES  | MUL | NULL       |                |
825| wizzzard    | int(11)      |      |     | 0          |                |
826| removed     | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
827| gid         | int(11)      |      |     | 0          |                |
828| groupAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
829| worldAccess | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
830+-------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
831
832
833<a name="PlateEvent"/>
834<a href="#top">PlateEvent</a>
835<p></p>
836<pre class="code">+-----------+---------+------+-----+------------+-------+
837| Field     | Type    | Null | Key | Default    | Extra |
838+-----------+---------+------+-----+------------+-------+
839| plate     | int(11) |      | PRI | 0          |       |
840| etype     | int(11) |      | PRI | 0          |       |
841| eventDate | date    |      | MUL | 0000-00-00 |       |
842| protocol  | int(11) |      |     | 0          |       |
843+-----------+---------+------+-----+------------+-------+</pre>
844
845
846<a name="PlateEventType"/>
847<a href="#top">PlateEventType</a>
848<p></p>
849<pre class="code">+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
850| Field        | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
851+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
852| id           | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
853| name         | varchar(80) |      |     |            |                |
854| plateType    | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
855| protocolType | int(11)     |      |     | 0          |                |
856| descr        | text        |      |     |            |                |
857| addedDate    | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
858| owner        | int(11)     |      |     | 0          |                |
859| removed      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
860+--------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
861
862
863<a name="PlateParent"/>
864<a href="#top">PlateParent</a>
865<p></p>
866<pre class="code">+----------+------------+------+-----+---------+-------+
867| Field    | Type       | Null | Key | Default | Extra |
868+----------+------------+------+-----+---------+-------+
869| parent   | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
870| plate    | int(11)    |      | MUL | 0       |       |
871| position | tinyint(4) |      |     | 0       |       |
872+----------+------------+------+-----+---------+-------+</pre>
873
874
875<a name="PlateType"/>
876<a href="#top">PlateType</a>
877<p></p>
878<pre class="code">+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
879| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
880+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
881| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
882| name           | varchar(80) |      | MUL |            |                |
883| descr          | text        |      |     |            |                |
884| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
885| addedDate      | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
886| wells          | smallint(6) |      |     | 0          |                |
887| hasGrowth      | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
888| hasSeqVerified | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
889| hasBands       | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
890| hasComment     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
891| namePrefix     | varchar(40) |      |     |            |                |
892| parentSuffix   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
893| removed        | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
894| gid            | int(11)     |      |     | 0          |                |
895| groupAccess    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
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897+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
898
899
900<a name="Preset"/>
901<a href="#top">Preset</a>
902<p></p>
903<pre class="code">+-------------+---------------+------+-----+---------+-------+
904| Field       | Type          | Null | Key | Default | Extra |
905+-------------+---------------+------+-----+---------+-------+
906| search      | int(11)       |      | PRI | 0       |       |
907| searchType  | varchar(80)   |      |     |         |       |
908| owner       | int(11)       |      | MUL | 0       |       |
909| name        | varchar(80)   |      |     |         |       |
910| lastTouched | timestamp(14) | YES  |     | NULL    |       |
911+-------------+---------------+------+-----+---------+-------+</pre>
912
913
914<a name="Probe"/>
915<a href="#top">Probe</a>
916<p></p>
917<pre class="code">+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
918| Field    | Type         | Null | Key | Default | Extra          |
919+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+
920| id       | int(11)      |      | PRI | NULL    | auto_increment |
921| reporter | mediumint(9) |      |     | 0       |                |
922+----------+--------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
923
924
925<a name="Program"/>
926<a href="#top">Program</a>
927<p></p>
928<pre class="code">+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
929| Field         | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
930+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
931| id            | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
932| execName      | varchar(255) |      |     |            |                |
933| descr         | text         |      |     |            |                |
934| addedDate     | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
935| owner         | int(11)      |      |     | 0          |                |
936| name          | varchar(80)  |      | MUL |            |                |
937| usedColumns   | text         |      |     |            |                |
938| usedFields    | text         |      |     |            |                |
939| onServer      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
940| geneAverages  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
941| serialFormat  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
942| url           | varchar(255) |      |     |            |                |
943| removed       | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
944| gid           | int(11)      |      |     | 0          |                |
945| groupAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
946| worldAccess   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
947| minChannels   | tinyint(4)   |      |     | 2          |                |
948| leaveStdin    | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
949| leaveStdout   | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
950| maxChannels   | smallint(6)  |      |     | 0          |                |
951| uniqueName    | varchar(255) |      |     |            |                |
952| versionNumber | varchar(20)  |      |     |            |                |
953| estimatedTime | int(11)      |      |     | 3600       |                |
954| defaultMaxRam | double       |      |     | 134218000  |                |
955+---------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
956
957
958<a name="ProgramParameter"/>
959<a href="#top">ProgramParameter</a>
960<p></p>
961<pre class="code">+--------------+-----------------------------------+------+-----+---------+----------------+
962| Field        | Type                              | Null | Key | Default | Extra          |
963+--------------+-----------------------------------+------+-----+---------+----------------+
964| program      | int(11)                           |      | PRI | 0       |                |
965| position     | smallint(6)                       |      | PRI | NULL    | auto_increment |
966| name         | varchar(80)                       |      |     |         |                |
967| commonName   | varchar(80)                       |      |     |         |                |
968| valueType    | enum('i','f','t','a','n','h','e') |      |     | i       |                |
969| options      | text                              |      |     |         |                |
970| defaultValue | text                              |      |     |         |                |
971| enumOptions  | text                              |      |     |         |                |
972| removed      | smallint(1)                       |      |     | 0       |                |
973+--------------+-----------------------------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
974
975
976<a name="ProgramServer"/>
977<a href="#top">ProgramServer</a>
978<p></p>
979<pre class="code">+-------------------+---------+------+-----+---------+-------+
980| Field             | Type    | Null | Key | Default | Extra |
981+-------------------+---------+------+-----+---------+-------+
982| program           | int(11) |      | PRI | 0       |       |
983| computationServer | int(11) |      | PRI | 0       |       |
984+-------------------+---------+------+-----+---------+-------+</pre>
985
986
987<a name="Protocol"/>
988<a href="#top">Protocol</a>
989<p></p>
990<pre class="code">+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
991| Field        | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
992+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
993| id           | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
994| protocolType | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
995| name         | varchar(80)  |      |     |            |                |
996| descr        | text         |      |     |            |                |
997| owner        | int(11)      |      |     | 0          |                |
998| addedDate    | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
999| removed      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1000| gid          | int(11)      |      |     | 0          |                |
1001| groupAccess  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1002| worldAccess  | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1003| fileSize     | int(11)      |      |     | 0          |                |
1004| filename     | varchar(255) | YES  |     | NULL       |                |
1005+--------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1006
1007
1008<a name="ProtocolType"/>
1009<a href="#top">ProtocolType</a>
1010<p></p>
1011<pre class="code">+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+
1012| Field | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
1013+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+
1014| id    | int(11)     |      | PRI | NULL    | auto_increment |
1015| name  | varchar(80) |      | UNI |         |                |
1016+-------+-------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
1017
1018
1019<a name="RawBioAssay"/>
1020<a href="#top">RawBioAssay</a>
1021<p></p>
1022<pre class="code">+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
1023| Field            | Type         | Null | Key | Default    | Extra          |
1024+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+
1025| id               | int(11)      |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1026| name             | varchar(80)  |      |     |            |                |
1027| descr            | text         |      |     |            |                |
1028| owner            | int(11)      |      |     | 0          |                |
1029| addedDate        | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
1030| imageAcquisition | int(11)      |      | MUL | 0          |                |
1031| featureDate      | date         |      |     | 0000-00-00 |                |
1032| featureSoftware  | int(11)      |      |     | 0          |                |
1033| filename         | varchar(255) |      |     |            |                |
1034| spots            | mediumint(9) |      |     | 0          |                |
1035| hasSpotImages    | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1036| spotImagePixels  | smallint(6)  |      |     | 15         |                |
1037| spotImageOffsetX | float        |      |     | 0          |                |
1038| spotImageOffsetY | float        |      |     | 0          |                |
1039| spotImageScale   | float        |      |     | 1          |                |
1040| wizzzard         | int(11)      |      |     | 0          |                |
1041| removed          | tinyint(1)   |      |     | 3          |                |
1042| gid              | int(11)      |      |     | 0          |                |
1043| groupAccess      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1044| worldAccess      | tinyint(1)   |      |     | 0          |                |
1045| arrayType        | int(11)      | YES  |     | NULL       |                |
1046| positionMode     | tinyint(4)   |      |     | 0          |                |
1047+------------------+--------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1048
1049
1050<a name="RawBioAssayData"/>
1051<a href="#top">RawBioAssayData</a>
1052<p></p>
1053<pre class="code">+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1054| Field       | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1055+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1056| rawBioAssay | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1057| position    | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1058| element     | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
1059| reporter    | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
1060| block       | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
1061| numCol      | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1062| numRow      | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1063| x           | float        |      |     | 0       |       |
1064| y           | float        |      |     | 0       |       |
1065| dia         | float        | YES  |     | NULL    |       |
1066| FCh1Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
1067| FCh1Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
1068| FCh1SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
1069| BCh1Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
1070| BCh1Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
1071| BCh1SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
1072| percCh1SD1  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1073| percCh1SD2  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1074| percCh1Sat  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1075| FCh2Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
1076| FCh2Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
1077| FCh2SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
1078| BCh2Median  | float        | YES  |     | NULL    |       |
1079| BCh2Mean    | float        | YES  |     | NULL    |       |
1080| BCh2SD      | float        | YES  |     | NULL    |       |
1081| percCh2SD1  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1082| percCh2SD2  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1083| percCh2Sat  | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1084| ratiosSD    | float        | YES  |     | NULL    |       |
1085| rgnRatio    | float        | YES  |     | NULL    |       |
1086| rgnR2       | float        | YES  |     | NULL    |       |
1087| FPixels     | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
1088| BPixels     | smallint(6)  | YES  |     | NULL    |       |
1089| flags       | tinyint(4)   | YES  |     | NULL    |       |
1090| MValue      | float        | YES  |     | NULL    |       |
1091| CV          | float        | YES  |     | NULL    |       |
1092+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1093
1094
1095<a name="RawBioAssayHeader"/>
1096<a href="#top">RawBioAssayHeader</a>
1097<p></p>
1098<pre class="code">+-------------+------------+------+-----+---------+-------+
1099| Field       | Type       | Null | Key | Default | Extra |
1100+-------------+------------+------+-----+---------+-------+
1101| rawBioAssay | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
1102| fileHeader  | mediumtext |      |     |         |       |
1103+-------------+------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1104
1105
1106<a name="Reporter"/>
1107<a href="#top">Reporter</a>
1108<p></p>
1109<pre class="code">+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1110| Field         | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
1111+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1112| id            | mediumint(9) |      | PRI | NULL                | auto_increment |
1113| reporterId    | varchar(255) |      | UNI |                     |                |
1114| species       | varchar(255) |      |     |                     |                |
1115| clusterId     | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1116| geneName      | varchar(255) |      | MUL |                     |                |
1117| geneSymbol    | varchar(255) |      |     |                     |                |
1118| lastUpdate    | datetime     |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |                |
1119| length        | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1120| sequence      | text         | YES  |     | NULL                |                |
1121| vector        | text         | YES  |     | NULL                |                |
1122| tissue        | text         | YES  |     | NULL                |                |
1123| library       | text         | YES  |     | NULL                |                |
1124| accession     | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1125| nid           | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1126| chromosome    | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1127| cytoBand      | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1128| markers       | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1129| antibiotics   | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1130| locusLink     | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1131| omim          | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1132| startPosition | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1133| endPosition   | int(11)      | YES  |     | 0                   |                |
1134+---------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+</pre>
1135
1136
1137<a name="ReporterList"/>
1138<a href="#top">ReporterList</a>
1139<p></p>
1140<pre class="code">+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1141| Field      | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1142+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1143| id         | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1144| name       | varchar(80) |      |     |            |                |
1145| descr      | text        |      |     |            |                |
1146| owner      | int(11)     |      |     | 0          |                |
1147| addedDate  | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1148| experiment | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1149| reporters  | int(11)     |      |     | 0          |                |
1150| removed    | tinyint(1)  |      |     | 3          |                |
1151+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1152
1153
1154<a name="Sample"/>
1155<a href="#top">Sample</a>
1156<p></p>
1157<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1158| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1159+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1160| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1161| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
1162| descr       | text        |      |     |            |                |
1163| tissue      | int(11)     |      |     | 0          |                |
1164| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1165| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1166| sampleDate  | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1167| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1168| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1169| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1170| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1171+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1172
1173
1174<a name="SampleAnnotation"/>
1175<a href="#top">SampleAnnotation</a>
1176<p></p>
1177<pre class="code">+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
1178| Field          | Type    | Null | Key | Default | Extra |
1179+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
1180| sample         | int(11) |      | PRI | 0       |       |
1181| annotationType | int(11) |      | PRI | 0       |       |
1182| annotation     | text    |      |     |         |       |
1183+----------------+---------+------+-----+---------+-------+</pre>
1184
1185
1186<a name="SampleAnnotationType"/>
1187<a href="#top">SampleAnnotationType</a>
1188<p></p>
1189<pre class="code">+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+
1190| Field        | Type                  | Null | Key | Default    | Extra          |
1191+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+
1192| id           | int(11)               |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1193| name         | varchar(80)           |      | MUL |            |                |
1194| valueType    | enum('i','f','t','e') |      |     | i          |                |
1195| options      | text                  |      |     |            |                |
1196| defaultValue | text                  |      |     |            |                |
1197| descr        | text                  |      |     |            |                |
1198| owner        | int(11)               |      |     | 0          |                |
1199| addedDate    | date                  |      |     | 0000-00-00 |                |
1200| removed      | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
1201| gid          | int(11)               |      |     | 0          |                |
1202| groupAccess  | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
1203| worldAccess  | tinyint(1)            |      |     | 0          |                |
1204+--------------+-----------------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1205
1206
1207<a name="SampleTissue"/>
1208<a href="#top">SampleTissue</a>
1209<p></p>
1210<pre class="code">+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1211| Field     | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1212+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1213| id        | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1214| parent    | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1215| name      | varchar(80) |      |     |            |                |
1216| descr     | text        |      |     |            |                |
1217| owner     | int(11)     |      |     | 0          |                |
1218| addedDate | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1219| removed   | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1220+-----------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1221
1222
1223<a name="SchemaVersion"/>
1224<a href="#top">SchemaVersion</a>
1225<p></p>
1226<pre class="code">+---------------+----------+------+-----+---------------------+-------+
1227| Field         | Type     | Null | Key | Default             | Extra |
1228+---------------+----------+------+-----+---------------------+-------+
1229| baseVersion   | tinytext |      |     |                     |       |
1230| schemaVersion | tinytext |      |     |                     |       |
1231| lastChanged   | datetime |      |     | 0000-00-00 00:00:00 |       |
1232+---------------+----------+------+-----+---------------------+-------+</pre>
1233
1234
1235<a name="Search"/>
1236<a href="#top">Search</a>
1237<p></p>
1238<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+---------+----------------+
1239| Field       | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
1240+-------------+-------------+------+-----+---------+----------------+
1241| id          | int(11)     |      | PRI | NULL    | auto_increment |
1242| sortField   | varchar(80) |      |     |         |                |
1243| sortDesc    | tinyint(1)  |      |     | 0       |                |
1244| currentPage | smallint(6) |      |     | 0       |                |
1245+-------------+-------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
1246
1247
1248<a name="SearchCriterion"/>
1249<a href="#top">SearchCriterion</a>
1250<p></p>
1251<pre class="code">+--------------+-------------+------+-----+---------+----------------+
1252| Field        | Type        | Null | Key | Default | Extra          |
1253+--------------+-------------+------+-----+---------+----------------+
1254| search       | int(11)     |      | PRI | 0       |                |
1255| position     | smallint(6) |      | PRI | NULL    | auto_increment |
1256| field        | varchar(80) |      |     |         |                |
1257| op           | tinyint(4)  |      |     | 0       |                |
1258| searchString | text        |      |     |         |                |
1259+--------------+-------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
1260
1261
1262<a name="Software"/>
1263<a href="#top">Software</a>
1264<p></p>
1265<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1266| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1267+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1268| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1269| name        | varchar(80) |      | MUL |            |                |
1270| descr       | text        |      |     |            |                |
1271| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1272| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1273| version     | varchar(80) |      |     |            |                |
1274| removed     | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1275| gid         | int(11)     |      |     | 0          |                |
1276| groupAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1277| worldAccess | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1278+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1279
1280
1281<a name="TemplateBioAssayData"/>
1282<a href="#top">TemplateBioAssayData</a>
1283<p></p>
1284<pre class="code">+------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1285| Field      | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1286+------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1287| bioAssay   | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1288| position   | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1289| reporter   | mediumint(9) |      |     | 0       |       |
1290| intensity1 | float        |      |     | 0       |       |
1291+------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1292
1293
1294<a name="TemplateBioAssayExtraFloat"/>
1295<a href="#top">TemplateBioAssayExtraFloat</a>
1296<p></p>
1297<pre class="code">+-----------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1298| Field           | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1299+-----------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1300| bioAssay        | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1301| position        | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1302| extraDataColumn | smallint(6)  |      | PRI | 0       |       |
1303| extraValue      | float        | YES  |     | NULL    |       |
1304+-----------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1305
1306
1307<a name="TemplateBioAssayExtraString"/>
1308<a href="#top">TemplateBioAssayExtraString</a>
1309<p></p>
1310<pre class="code">+-----------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1311| Field           | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1312+-----------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1313| bioAssay        | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1314| position        | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1315| extraDataColumn | smallint(6)  |      | PRI | 0       |       |
1316| extraValue      | mediumtext   | YES  |     | NULL    |       |
1317+-----------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1318
1319
1320<a name="TemplateBioAssaySetGene"/>
1321<a href="#top">TemplateBioAssaySetGene</a>
1322<p></p>
1323<pre class="code">+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1324| Field       | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1325+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1326| bioAssaySet | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1327| reporter    | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1328| cnt         | smallint(11) |      |     | 0       |       |
1329+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1330
1331
1332<a name="TemplateBioAssaySetPosGene"/>
1333<a href="#top">TemplateBioAssaySetPosGene</a>
1334<p></p>
1335<pre class="code">+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1336| Field       | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1337+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1338| bioAssaySet | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1339| reporter    | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1340| position    | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1341| cnt         | smallint(11) |      |     | 0       |       |
1342+-------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1343
1344
1345<a name="TemplateReporterListRow"/>
1346<a href="#top">TemplateReporterListRow</a>
1347<p></p>
1348<pre class="code">+--------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1349| Field        | Type         | Null | Key | Default | Extra |
1350+--------------+--------------+------+-----+---------+-------+
1351| reporterList | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1352| reporter     | mediumint(9) |      | PRI | 0       |       |
1353| score        | float        |      |     | 0       |       |
1354+--------------+--------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1355
1356
1357<a name="Transformation"/>
1358<a href="#top">Transformation</a>
1359<p></p>
1360<pre class="code">+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1361| Field       | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1362+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1363| id          | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1364| name        | varchar(80) |      |     |            |                |
1365| descr       | text        |      |     |            |                |
1366| owner       | int(11)     |      |     | 0          |                |
1367| addedDate   | date        |      |     | 0000-00-00 |                |
1368| bioAssaySet | int(11)     |      | MUL | 0          |                |
1369| isFilter    | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
1370| removed     | tinyint(1)  |      |     | 3          |                |
1371+-------------+-------------+------+-----+------------+----------------+</pre>
1372
1373
1374<a name="TransformationCollapse"/>
1375<a href="#top">TransformationCollapse</a>
1376<p></p>
1377<pre class="code">+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
1378| Field          | Type    | Null | Key | Default | Extra |
1379+----------------+---------+------+-----+---------+-------+
1380| owner          | int(11) |      | PRI | 0       |       |
1381| transformation | int(11) |      | PRI | 0       |       |
1382+----------------+---------+------+-----+---------+-------+</pre>
1383
1384
1385<a name="TransformationSearch"/>
1386<a href="#top">TransformationSearch</a>
1387<p></p>
1388<pre class="code">+------------+-------------+------+-----+---------+-------+
1389| Field      | Type        | Null | Key | Default | Extra |
1390+------------+-------------+------+-----+---------+-------+
1391| item       | int(11)     |      | MUL | 0       |       |
1392| searchType | varchar(80) |      |     |         |       |
1393| search     | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
1394+------------+-------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1395
1396
1397<a name="Upload"/>
1398<a href="#top">Upload</a>
1399<p></p>
1400<pre class="code">+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1401| Field       | Type         | Null | Key | Default             | Extra          |
1402+-------------+--------------+------+-----+---------------------+----------------+
1403| id          | int(11)      |      | PRI | NULL                | auto_increment |
1404| owner       | int(11)      |      | MUL | 0                   |                |
1405| name        | varchar(255) | YES  |     | NULL                |                |
1406| fileSize    | int(11)      |      |     | 0                   |                |
1407| descr       | text         |      |     |                     |                |
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1420<pre class="code">+----------------------+--------------+------+-----+------------+-------+
1421| Field                | Type         | Null | Key | Default    | Extra |
1422+----------------------+--------------+------+-----+------------+-------+
1423| userGroup            | int(11)      |      | PRI | 0          |       |
1424| email                | varchar(255) |      |     |            |       |
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1426| phone                | varchar(60)  |      |     |            |       |
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1428| realName             | varchar(80)  |      |     |            |       |
1429| md5Pass              | varchar(40)  |      |     |            |       |
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1432| lastExperiment       | int(11)      |      |     | 0          |       |
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1439+----------------------+--------------+------+-----+------------+-------+</pre>
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1441
1442<a name="UserGroup"/>
1443<a href="#top">UserGroup</a>
1444<p></p>
1445<p>Class: MigrateUser</p>
1446<pre class="code">+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1447| Field      | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1448+------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1449| id         | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1450| name       | varchar(30) | YES  | MUL | NULL       |                |
1451| descr      | text        |      |     |            |                |
1452| owner      | int(11)     |      |     | 0          |                |
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1455| accessMask | int(11)     |      |     | 0          |                |
1456| isAccount  | tinyint(1)  |      |     | 0          |                |
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1461<a href="#top">UserGroupParent</a>
1462<p></p>
1463<pre class="code">+------------+------------+------+-----+---------+-------+
1464| Field      | Type       | Null | Key | Default | Extra |
1465+------------+------------+------+-----+---------+-------+
1466| child      | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
1467| parent     | int(11)    |      | PRI | 0       |       |
1468| isReviewer | tinyint(1) |      |     | 0       |       |
1469+------------+------------+------+-----+---------+-------+</pre>
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1472<a name="UserSearch"/>
1473<a href="#top">UserSearch</a>
1474<p></p>
1475<pre class="code">+------------+-------------+------+-----+---------+-------+
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1477+------------+-------------+------+-----+---------+-------+
1478| item       | int(11)     |      | MUL | 0       |       |
1479| searchType | varchar(80) |      |     |         |       |
1480| search     | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
1481+------------+-------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1482
1483
1484<a name="Well"/>
1485<a href="#top">Well</a>
1486<p></p>
1487<pre class="code">+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+
1488| Field           | Type                               | Null | Key | Default | Extra          |
1489+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+
1490| id              | int(11)                            |      | PRI | NULL    | auto_increment |
1491| parent          | int(11)                            |      |     | 0       |                |
1492| plate           | mediumint(9)                       |      | MUL | 0       |                |
1493| x               | smallint(6)                        |      |     | 0       |                |
1494| y               | smallint(6)                        |      |     | 0       |                |
1495| probe           | int(11)                            |      | MUL | 0       |                |
1496| seqVerified     | enum('','good','bad','failed')     |      |     |         |                |
1497| bands           | enum('','good','missing','double') |      |     |         |                |
1498| bacterialGrowth | enum('','yes','no')                |      |     |         |                |
1499| comment         | text                               |      |     |         |                |
1500+-----------------+------------------------------------+------+-----+---------+----------------+</pre>
1501
1502
1503<a name="WellAncestor"/>
1504<a href="#top">WellAncestor</a>
1505<p></p>
1506<pre class="code">+----------+-------------+------+-----+---------+-------+
1507| Field    | Type        | Null | Key | Default | Extra |
1508+----------+-------------+------+-----+---------+-------+
1509| well     | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
1510| ancestor | int(11)     |      | PRI | 0       |       |
1511| depth    | smallint(6) |      |     | 0       |       |
1512+----------+-------------+------+-----+---------+-------+</pre>
1513
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1515<a name="Wizzzard"/>
1516<a href="#top">Wizzzard</a>
1517<p></p>
1518<pre class="code">+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1519| Field          | Type        | Null | Key | Default    | Extra          |
1520+----------------+-------------+------+-----+------------+----------------+
1521| id             | int(11)     |      | PRI | NULL       | auto_increment |
1522| owner          | int(11)     |      |     | 0          |                |
1523| formatType     | varchar(40) |      | MUL |            |                |
1524| name           | varchar(80) |      |     |            |                |
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.