source: trunk/doc/user/coreplugins.html @ 3048

Last change on this file since 3048 was 3048, checked in by Martin Svensson, 16 years ago

Extended the plugin-list. All core plugins are now in the list.
Left to do: add downloads link, add configuration packages
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 9.4 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
2<!--
3  $Id: coreplugins.html 3048 2007-01-05 11:11:21Z martin $
4
5  Copyright (C) Authors contributing to this file.
6
7  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
8  Available at http://base.thep.lu.se/
9
10  BASE is free software; you can redistribute it and/or
11  modify it under the terms of the GNU General Public License
12  as published by the Free Software Foundation; either version 2
13  of the License, or (at your option) any later version.
14
15  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
16  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
17  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
18  GNU General Public License for more details.
19
20  You should have received a copy of the GNU General Public License
21  along with this program; if not, write to the Free Software
22  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
23  Boston, MA  02111-1307, USA.
24-->
25<html>
26  <head>
27      <title>BASE 2 - Core plugins</title>
28    <link rel=stylesheet type="text/css" href="../styles.css">
29  </head>
30  <body>
31    <div class="navigation">
32      <a href="../index.html">BASE</a>
33      <img src="../next.gif">
34      <a href="index.html">User documentation</a>
35      <img src="../next.gif">
36      Core plugins
37    </div>
38   
39    <h1>BASE 2 - Core plugins</h1>
40   
41    <div class="abstract">
42      <p>
43        This document lists all available core plugins in BASE 2. <br>Each plugin can be downloaded and installed separately.<br>
44        There are also examples of configuration for some of the plugins that support configuration.
45        The plugin configurations are also available in packages for different kind of arrays.
46      </p>
47      <b>Plugins</b>
48      <ol>
49        <li><a href="#types">Types</a>
50          <ol type="a">
51            <li><a href="#analyze">Analyze</a></li>
52            <li><a href="#export">Export</a></li>
53            <li><a href="#import">Import</a></li>
54            <li><a href="#intensity">Intensity</a></li>
55            <li><a href="#other">Other</a></li>
56          </ol>
57        </li>
58        <li><a href="#config_packages">Configuration packages</a></li>
59      </ol>
60
61      <p class="authors">
62        <b>Last updated:</b> $Date: 2007-01-02 $ <br>
63        <b>Copyright &copy;</b> 2007 The respective authors. All
64        rights reserved.
65      </p>
66    </div>
67    <ol>
68      <li>
69        <a name="types"></a>
70        <h2>Types</h2>
71        <ol type="a">
72          <li>
73            <a name="analyze"></a>
74            <b>Analyze</b>
75            <table class="listing">
76              <tr>
77                <th>Plugin&nbsp;name</th>
78                <th>Download</th>
79                <th>Configuration</th>               
80                <th>BASE version</th>               
81              </tr>
82              <tr>
83                <td>Base1PluginExecuter</td>
84                <td><a href="">download</a></td>
85                <td><i>-N/A-</i></td>
86                <td>&nbsp;</td>
87              </tr>
88              <tr class="evenrow">
89                <td>JEP&nbsp;extra&nbsp;value calculator</td>
90                <td><a href="">download</a></td>
91                <td><i>-N/A-</i></td>
92                <td>&nbsp;</td>
93              </tr>
94              <tr>
95                <td>JEP&nbsp;filter plugin</td>
96                <td><a href="">download</a></td>
97                <td><i>-N/A-</i></td>
98                <td>&nbsp;</td>
99              </tr>
100              <tr class="evenrow">
101                <td>JEP&nbsp;intensity transformer</td>
102                <td><a href="">download</a></td>
103                <td><i>-N/A-</i></td>
104                <td>&nbsp;</td>
105              </tr>
106              <tr>
107                <td>Normalization: Lowess</td>
108                <td><a href="">download</a></td>
109                <td><i>-N/A- </i></td>
110                <td>&nbsp;</td>
111              </tr>
112              <tr class="evenrow">
113                <td>Normalization: Median&nbsp;ratio</td>
114                <td><a href="">download</a></td>
115                <td><i>-N/A-</i></td>
116                <td>&nbsp;</td>
117              </tr>
118            </table><br>         
119          </li>
120                   
121          <li>
122            <a name="export"></a>     
123            <b>Export</b>
124            <table class="listing">
125              <tr>
126                <th>Plugin&nbsp;name</th>           
127                <th>Download</th>
128                <th>Configuration</th>               
129                <th>BASE version</th>
130              </tr>
131              <tr>
132                <td>Bioassay&nbsp;set&nbsp;exporter</td>
133                <td><a href="">download</a></td>
134                <td><i>- N/A -</i></td>             
135                <td>&nbsp;</td>
136              </tr>         
137              <tr class="evenrow">
138                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
139                <td><a href="">download</a></td>
140                <td><i>- N/A -</i></td>             
141                <td>&nbsp;</td>
142              </tr>
143              <tr>
144                <td>Plate&nbsp;mapping&nbsp;exporter</td>
145                <td><a href="">download</a></td>
146                <td><i>- N/A -</i></td>             
147                <td>&nbsp;</td>
148              </tr> 
149              <tr class="evenrow">
150                <td>Plugin&nbsp;configuration exporter</td>
151                <td><a href="">download</a></td>
152                <td><i>- N/A -</i></td>             
153                <td>&nbsp;</td>
154              </tr> 
155              <tr>
156                <td>Table&nbsp;exporter</td>
157                <td><a href="">download</a></td>
158                <td><i>- N/A -</i></td>             
159                <td>&nbsp;</td>
160              </tr>     
161            </table><br>
162          </li>
163                         
164          <li>
165            <a name="import"></a>
166            <b>Import</b>
167            <table class="listing">
168              <tr>
169                <th>Plugin&nbsp;name</th>
170                <th>Download</th>
171                <th>Configuration</th>               
172                <th>BASE version</th>
173              </tr>
174              <tr>
175                <td>Help&nbsp;texts&nbsp;exporter</td>
176                <td><a href="">download</a></td>
177                <td><i>- N/A -</i></td>
178                <td>&nbsp;</td>
179              </tr>
180              <tr class="evenrow">
181                <td>Plate&nbsp;importer</td>
182                <td><a href="">download</a></td>
183                <td>
184                  <table cellspacing="0">
185                    <tr>
186                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/plate_importer(384wells).xml">384&nbsp;wells-plate</a></td>
187                    </tr>
188                    <tr>
189                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/plate_importer(96wells).xml">96&nbsp;wells-plate</a></td>
190                    </tr>
191                  </table>
192                </td>
193                <td>&nbsp;</td>
194              </tr>
195              <tr>
196                <td>Plate&nbsp;mapping importer</td>
197                <td><a href="">download</a></td>
198                <td><i>- N/A -</i></td>
199                <td>&nbsp;</td>
200              </tr>
201              <tr class="evenrow">
202                <td>Plugin&nbsp;configuration importer</td>
203                <td><a href="">download</a></td>
204                <td><i>- N/A -</i></td>
205                <td>&nbsp;</td>
206              </tr>
207              <tr>
208                <td>Print&nbsp;map importer</td>
209                <td><a href="">download</a></td>
210                <td><i>- N/A -</i></td>
211                <td>&nbsp;</td>
212              </tr>         
213              <tr class="evenrow">
214                <td>Raw&nbsp;data importer</td>
215                <td><a href="">download</a></td>
216                <td>
217                  <table cellspacing="0">
218                    <tr>
219                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/rawdata_importer_genepix(cy3_cy5).xml">cy3/cy5&nbsp;genepix</a></td>
220                    </tr>
221                    <tr>
222                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/rawdata_importer_genepix(cy5_cy3).xml">cy5/cy3&nbsp;genepix</a></td>
223                    </tr>
224                  </table>               
225                </td>
226                <td>&nbsp;</td>
227              </tr>
228              <tr>
229                <td>Reporter importer</td>
230                <td><a href="">download</a></td>
231                <td>
232                  <table cellspacing="0">
233                    <tr>
234                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_importer(96wells).xml">96&nbsp;wells</a></td>
235                    </tr>           
236                    <tr>
237                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_importer(384wells).xml">384&nbsp;wells</a></td>
238                    </tr>
239                    <tr>
240                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_importer(genepix).xml">genepix</a></td>
241                    </tr>
242                  </table>
243                </td>
244                <td>&nbsp;</td>
245              </tr>
246              <tr class="evenrow">
247                <td>Reporter&nbsp;map importer</td>
248                <td><a href="">download</a></td>
249                <td>
250                  <table cellspacing="0">
251                    <tr>
252                      <td><a href="download/plugin_configuration/importer/reporter_map_importer(genepix).xml">genepix</a></td>
253                    </tr>
254                  </table>
255                </td>
256                <td>&nbsp;</td>
257              </tr>
258            </table><br> 
259          </li>
260         
261          <li>
262            <a name="intensity"></a>
263            <b>Intensity</b>
264            <table class="listing">
265              <tr>
266                <th>Plugin&nbsp;name</th>
267                <th>Download</th>
268                <th>Configuration</th>               
269                <th>BASE version</th>
270              </tr>
271              <tr>
272                <td>Formula&nbsp;intensity calculator</td>
273                <td><a href="">download</a></td>
274                <td><i>- N/A -</i></td>
275                <td>&nbsp;</td>
276
277              </tr>
278            </table><br>         
279          </li>
280                   
281          <li>
282            <a name="other"></a>
283            <b>Other</b>
284            <table class="listing">
285              <tr>
286                <th>Plugin&nbsp;name</th>
287                <th>Download</th>
288                <th>Configuration</th>               
289                <th>BASE version</th>
290              </tr>
291                <tr>
292                <td>Spot&nbsp;images creator</td>
293                <td><a href="download/plugin_jar/other/spot_image_creator.jar">download</a></td>
294                <td><i>- N/A -</i></td>
295                <td>&nbsp;</td>
296              </tr>
297              <tr class="evenrow">
298                <td>ZIP&nbsp;file unpacker</td>
299                <td><a href="download/plugin_jar/other/zip_file_unpacker.jar">download</a></td>
300                <td><i>- N/A -</i></td>
301                <td>&nbsp;</td>
302              </tr>
303            </table><br>         
304          </li>
305        </ol>
306      </li>
307      <li>
308        <a name="config_packages"></a>
309        <h2>Configuration packages</h2>
310        <table class="listing">
311          <tr>
312            <th>Type</th>
313            <th>Date</th>
314            <th>Download</th>
315            <th>Plugins</th>
316          </tr>
317          <tr>
318            <td>Affymetrix</td>
319            <td>&nbsp;</td>
320            <td>download</td>
321            <td>&nbsp;</td>
322          </tr>
323          <tr class="evenrow">
324            <td>Genepix</td>
325            <td>&nbsp;</td>
326            <td>download</td>
327            <td>&nbsp;</td>
328          </tr>
329        </table>
330      </li>
331    </ol>
332  </body>
333</html>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.