source: trunk/misc/mage/rawdatatypes/QT_AIDA.xml @ 2925

Last change on this file since 2925 was 2925, checked in by Jari Häkkinen, 17 years ago

Added svndigest:ignore property tom some items.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
  • Property svndigest:ignore set to *
File size: 16.7 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" standalone="no"?>
2<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="QT.xsl"?>
3<!DOCTYPE MAGE-ML PUBLIC "-//OMG//DTD MAGE-ML 1.0//EN" "http://schema.omg.org/lsr/gene_expression/1.0/MAGE-ML.dtd">
4<MAGE-ML identifier="EBI:eleh:AIDA QT xml">
5  <QuantitationType_package>
6    <QuantitationType_assnlist>
7      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
8                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Area [pixel]"
9                                   name="Area [pixel]">
10        <Descriptions_assnlist>
11          <Description text="Spot area in pixels.">
12          </Description>
13        </Descriptions_assnlist>
14        <Scale_assn>
15          <OntologyEntry category="Scale"
16                         value="linear_scale">
17          </OntologyEntry>
18        </Scale_assn>
19        <DataType_assn>
20          <OntologyEntry category="DataType"
21                         value="float">
22          </OntologyEntry>
23        </DataType_assn>
24      </SpecializedQuantitationType>
25      <MeasuredSignal isBackground="0"
26                      identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral [QL] Cy5"
27                      name="Integral [QL] Cy5">
28        <Descriptions_assnlist>
29          <Description text="Integrated raw intensity of spot Channel Cy5.">
30          </Description>
31        </Descriptions_assnlist>
32        <Channel_assnref>
33          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
34        </Channel_assnref>
35        <Scale_assn>
36          <OntologyEntry category="Scale"
37                         value="linear_scale">
38          </OntologyEntry>
39        </Scale_assn>
40        <DataType_assn>
41          <OntologyEntry category="DataType"
42                         value="float">
43          </OntologyEntry>
44        </DataType_assn>
45        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
46          <Error_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral SD Cy5"/>
47        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
48      </MeasuredSignal>
49      <Error isBackground="0"
50             identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral SD Cy5"
51             name="Integral SD Cy5">
52        <Descriptions_assnlist>
53          <Description text="Standard deviation of integrated raw intensity channel Cy5.">
54          </Description>
55        </Descriptions_assnlist>
56        <Channel_assnref>
57          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
58        </Channel_assnref>
59        <Scale_assn>
60          <OntologyEntry category="Scale"
61                         value="linear_scale">
62          </OntologyEntry>
63        </Scale_assn>
64        <DataType_assn>
65          <OntologyEntry category="DataType"
66                         value="float">
67          </OntologyEntry>
68        </DataType_assn>
69        <TargetQuantitationType_assnref>
70          <MeasuredSignal_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral [QL] Cy5"/>
71        </TargetQuantitationType_assnref>
72      </Error>
73      <MeasuredSignal isBackground="0"
74                      identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral [QL] Cy3"
75                      name="Integral [QL] Cy3">
76        <Descriptions_assnlist>
77          <Description text="Integrated raw intensity of spot Channel Cy3.">
78          </Description>
79        </Descriptions_assnlist>
80        <Channel_assnref>
81          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
82        </Channel_assnref>
83        <Scale_assn>
84          <OntologyEntry category="Scale"
85                         value="linear_scale">
86          </OntologyEntry>
87        </Scale_assn>
88        <DataType_assn>
89          <OntologyEntry category="DataType"
90                         value="float">
91          </OntologyEntry>
92        </DataType_assn>
93        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
94          <Error_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral SD Cy3"/>
95        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
96      </MeasuredSignal>
97      <Error isBackground="0"
98             identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral SD Cy3"
99             name="Integral SD Cy3">
100        <Descriptions_assnlist>
101          <Description text="Standard deviation of integrated raw intensity channel Cy3.">
102          </Description>
103        </Descriptions_assnlist>
104        <Channel_assnref>
105          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
106        </Channel_assnref>
107        <Scale_assn>
108          <OntologyEntry category="Scale"
109                         value="linear_scale">
110          </OntologyEntry>
111        </Scale_assn>
112        <DataType_assn>
113          <OntologyEntry category="DataType"
114                         value="float">
115          </OntologyEntry>
116        </DataType_assn>
117        <TargetQuantitationType_assnref>
118          <MeasuredSignal_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Integral [QL] Cy3"/>
119        </TargetQuantitationType_assnref>
120      </Error>
121      <MeasuredSignal isBackground="0"
122                      identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Mean [QL] Cy5"
123                      name="Mean [QL] Cy5">
124        <Descriptions_assnlist>
125          <Description text="Mean (Integral/Area) Channel Cy5.">
126          </Description>
127        </Descriptions_assnlist>
128        <Channel_assnref>
129          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
130        </Channel_assnref>
131        <Scale_assn>
132          <OntologyEntry category="Scale"
133                         value="linear_scale">
134          </OntologyEntry>
135        </Scale_assn>
136        <DataType_assn>
137          <OntologyEntry category="DataType"
138                         value="float">
139          </OntologyEntry>
140        </DataType_assn>
141      </MeasuredSignal>
142      <MeasuredSignal isBackground="0"
143                      identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Mean [QL] Cy3"
144                      name="Mean [QL] Cy3">
145        <Descriptions_assnlist>
146          <Description text="Mean (Integral/Area) Channel Cy3.">
147          </Description>
148        </Descriptions_assnlist>
149        <Channel_assnref>
150          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
151        </Channel_assnref>
152        <Scale_assn>
153          <OntologyEntry category="Scale"
154                         value="linear_scale">
155          </OntologyEntry>
156        </Scale_assn>
157        <DataType_assn>
158          <OntologyEntry category="DataType"
159                         value="float">
160          </OntologyEntry>
161        </DataType_assn>
162      </MeasuredSignal>
163      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
164                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Median [QL] Cy5"
165                                   name="Median [QL] Cy5">
166        <Descriptions_assnlist>
167          <Description text="Median of the raw pixel intensity of spot Channel Cy5.">
168          </Description>
169        </Descriptions_assnlist>
170        <Channel_assnref>
171          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
172        </Channel_assnref>
173        <Scale_assn>
174          <OntologyEntry category="Scale"
175                         value="linear_scale">
176          </OntologyEntry>
177        </Scale_assn>
178        <DataType_assn>
179          <OntologyEntry category="DataType"
180                         value="float">
181          </OntologyEntry>
182        </DataType_assn>
183      </SpecializedQuantitationType>
184      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
185                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Median [QL] Cy3"
186                                   name="Median [QL] Cy3">
187        <Descriptions_assnlist>
188          <Description text="Median of the raw pixel intensity of spot Channel Cy3.">
189          </Description>
190        </Descriptions_assnlist>
191        <Channel_assnref>
192          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
193        </Channel_assnref>
194        <Scale_assn>
195          <OntologyEntry category="Scale"
196                         value="linear_scale">
197          </OntologyEntry>
198        </Scale_assn>
199        <DataType_assn>
200          <OntologyEntry category="DataType"
201                         value="float">
202          </OntologyEntry>
203        </DataType_assn>
204      </SpecializedQuantitationType>
205      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
206                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg [QL] Cy5"
207                                   name="Bkg [QL] Cy5">
208        <Descriptions_assnlist>
209          <Description text="Standard deviation of background channel Cy5.">
210          </Description>
211        </Descriptions_assnlist>
212        <Channel_assnref>
213          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
214        </Channel_assnref>
215        <Scale_assn>
216          <OntologyEntry category="Scale"
217                         value="linear_scale">
218          </OntologyEntry>
219        </Scale_assn>
220        <DataType_assn>
221          <OntologyEntry category="DataType"
222                         value="float">
223          </OntologyEntry>
224        </DataType_assn>
225        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
226          <Error_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg SD Cy5"/>
227        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
228      </SpecializedQuantitationType>
229      <Error isBackground="1"
230             identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg SD Cy5"
231             name="Bkg SD Cy5">
232        <Descriptions_assnlist>
233          <Description text="Standard deviation of background channel Cy5.">
234          </Description>
235        </Descriptions_assnlist>
236        <Channel_assnref>
237          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
238        </Channel_assnref>
239        <Scale_assn>
240          <OntologyEntry category="Scale"
241                         value="linear_scale">
242          </OntologyEntry>
243        </Scale_assn>
244        <DataType_assn>
245          <OntologyEntry category="DataType"
246                         value="float">
247          </OntologyEntry>
248        </DataType_assn>
249        <TargetQuantitationType_assnref>
250          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg [QL] Cy5"/>
251        </TargetQuantitationType_assnref>
252      </Error>
253      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
254                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg [QL] Cy3"
255                                   name="Bkg [QL] Cy3">
256        <Descriptions_assnlist>
257          <Description text="Standard deviation of background channel Cy3.">
258          </Description>
259        </Descriptions_assnlist>
260        <Channel_assnref>
261          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
262        </Channel_assnref>
263        <Scale_assn>
264          <OntologyEntry category="Scale"
265                         value="linear_scale">
266          </OntologyEntry>
267        </Scale_assn>
268        <DataType_assn>
269          <OntologyEntry category="DataType"
270                         value="float">
271          </OntologyEntry>
272        </DataType_assn>
273        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
274          <Error_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg SD Cy3"/>
275        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
276      </SpecializedQuantitationType>
277      <Error isBackground="1"
278             identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg SD Cy3"
279             name="Bkg SD Cy3">
280        <Descriptions_assnlist>
281          <Description text="Standard deviation of background channel Cy3.">
282          </Description>
283        </Descriptions_assnlist>
284        <Channel_assnref>
285          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
286        </Channel_assnref>
287        <Scale_assn>
288          <OntologyEntry category="Scale"
289                         value="linear_scale">
290          </OntologyEntry>
291        </Scale_assn>
292        <DataType_assn>
293          <OntologyEntry category="DataType"
294                         value="float">
295          </OntologyEntry>
296        </DataType_assn>
297        <TargetQuantitationType_assnref>
298          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Bkg [QL] Cy3"/>
299        </TargetQuantitationType_assnref>
300      </Error>
301      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
302                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Saturated [pixel] Cy5"
303                                   name="Saturated [pixel] Cy5">
304        <Descriptions_assnlist>
305          <Description text="Measure of saturation pixels channel Cy5.">
306          </Description>
307        </Descriptions_assnlist>
308        <Channel_assnref>
309          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
310        </Channel_assnref>
311        <Scale_assn>
312          <OntologyEntry category="Scale"
313                         value="linear_scale">
314          </OntologyEntry>
315        </Scale_assn>
316        <DataType_assn>
317          <OntologyEntry category="DataType"
318                         value="float">
319          </OntologyEntry>
320        </DataType_assn>
321      </SpecializedQuantitationType>
322      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
323                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Saturated [pixel] Cy3"
324                                   name="Saturated [pixel] Cy3">
325        <Descriptions_assnlist>
326          <Description text="Measure of saturation pixels channel Cy3.">
327          </Description>
328        </Descriptions_assnlist>
329        <Channel_assnref>
330          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
331        </Channel_assnref>
332        <Scale_assn>
333          <OntologyEntry category="Scale"
334                         value="linear_scale">
335          </OntologyEntry>
336        </Scale_assn>
337        <DataType_assn>
338          <OntologyEntry category="DataType"
339                         value="float">
340          </OntologyEntry>
341        </DataType_assn>
342      </SpecializedQuantitationType>
343      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
344                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Homogeneity [%] Cy5"
345                                   name="Homogeneity [%] Cy5">
346        <Descriptions_assnlist>
347          <Description text="Percentage of dot deviation from homogenous intensity distribution channel Cy5.">
348          </Description>
349        </Descriptions_assnlist>
350        <Channel_assnref>
351          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
352        </Channel_assnref>
353        <Scale_assn>
354          <OntologyEntry category="Scale"
355                         value="linear_scale">
356          </OntologyEntry>
357        </Scale_assn>
358        <DataType_assn>
359          <OntologyEntry category="DataType"
360                         value="float">
361          </OntologyEntry>
362        </DataType_assn>
363      </SpecializedQuantitationType>
364      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
365                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Homogeneity [%] Cy3"
366                                   name="Homogeneity [%] Cy3">
367        <Descriptions_assnlist>
368          <Description text="Percentage of dot deviation from homogenous intensity distribution channel Cy3.">
369          </Description>
370        </Descriptions_assnlist>
371        <Channel_assnref>
372          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
373        </Channel_assnref>
374        <Scale_assn>
375          <OntologyEntry category="Scale"
376                         value="linear_scale">
377          </OntologyEntry>
378        </Scale_assn>
379        <DataType_assn>
380          <OntologyEntry category="DataType"
381                         value="float">
382          </OntologyEntry>
383        </DataType_assn>
384      </SpecializedQuantitationType>
385      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
386                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Quality Cy5"
387                                   name="Quality Cy5">
388        <Descriptions_assnlist>
389          <Description text="Quality flag Channel Cy5.">
390          </Description>
391        </Descriptions_assnlist>
392        <Channel_assnref>
393          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
394        </Channel_assnref>
395        <Scale_assn>
396          <OntologyEntry category="Scale"
397                         value="unscaled">
398          </OntologyEntry>
399        </Scale_assn>
400        <DataType_assn>
401          <OntologyEntry category="DataType"
402                         value="boolean">
403          </OntologyEntry>
404        </DataType_assn>
405      </SpecializedQuantitationType>
406      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
407                                   identifier="Raytest:AIDA_QuantitationType:Quality Cy3"
408                                   name="Quality Cy3">
409        <Descriptions_assnlist>
410          <Description text="Quality flag Channel Cy3.">
411          </Description>
412        </Descriptions_assnlist>
413        <Channel_assnref>
414          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
415        </Channel_assnref>
416        <Scale_assn>
417          <OntologyEntry category="Scale"
418                         value="unscaled">
419          </OntologyEntry>
420        </Scale_assn>
421        <DataType_assn>
422          <OntologyEntry category="DataType"
423                         value="boolean">
424          </OntologyEntry>
425        </DataType_assn>
426      </SpecializedQuantitationType>
427    </QuantitationType_assnlist>
428  </QuantitationType_package>
429</MAGE-ML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.