source: trunk/misc/mage/rawdatatypes/QT_GenePix.xml @ 1938

Last change on this file since 1938 was 1938, checked in by Nicklas Nordborg, 17 years ago

Added QuantArray? raw data types
Added some intensity formulas to other raw data types
Added MAGE files describing raw data types
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 40.7 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="QT.xsl"?>
3<!DOCTYPE MAGE-ML PUBLIC "-//OMG//DTD MAGE-ML 1.0//EN" "http://schema.omg.org/lsr/gene_expression/1.0/MAGE-ML.dtd">
4<MAGE-ML identifier="EBI:eleh:GenePix QT XML">
5  <QuantitationType_package>
6    <QuantitationType_assnlist>
7      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
8                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B532+1SD"
9                                   name="% &gt; B532+1SD">
10  <Descriptions_assnlist>
11    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than one standard deviation above the background pixel intensity, at wavelength 532 nm.">
12    </Description>
13  </Descriptions_assnlist>
14        <Channel_assnref>
15          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
16        </Channel_assnref>
17        <Scale_assn>
18          <OntologyEntry category="Scale"
19                         value="linear_scale">
20          </OntologyEntry>
21        </Scale_assn>
22        <DataType_assn>
23          <OntologyEntry category="DataType"
24                         value="integer">
25          </OntologyEntry>
26        </DataType_assn>
27      </SpecializedQuantitationType>
28      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
29                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B532+2SD"
30                                   name="% &gt; B532+2SD">
31  <Descriptions_assnlist>
32    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than two standard deviations above the background pixel intensity, at wavelength 532 nm.">
33    </Description>
34  </Descriptions_assnlist>
35        <Channel_assnref>
36          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
37        </Channel_assnref>
38        <Scale_assn>
39          <OntologyEntry category="Scale"
40                         value="linear_scale">
41          </OntologyEntry>
42        </Scale_assn>
43        <DataType_assn>
44          <OntologyEntry category="DataType"
45                         value="integer">
46          </OntologyEntry>
47        </DataType_assn>
48      </SpecializedQuantitationType>
49      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
50                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B635+1SD"
51                                   name="% &gt; B635+1SD">
52  <Descriptions_assnlist>
53    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than one standard deviation above the background pixel intensity, at wavelength 635 nm.">
54    </Description>
55  </Descriptions_assnlist>
56        <Channel_assnref>
57          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
58        </Channel_assnref>
59        <Scale_assn>
60          <OntologyEntry category="Scale"
61                         value="linear_scale">
62          </OntologyEntry>
63        </Scale_assn>
64        <DataType_assn>
65          <OntologyEntry category="DataType"
66                         value="integer">
67          </OntologyEntry>
68        </DataType_assn>
69      </SpecializedQuantitationType>
70      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
71                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B635+2SD"
72                                   name="% &gt; B635+2SD">
73  <Descriptions_assnlist>
74    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than two standard deviations above the background pixel intensity, at wavelength 635 nm.">
75    </Description>
76  </Descriptions_assnlist>
77        <Channel_assnref>
78          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
79        </Channel_assnref>
80        <Scale_assn>
81          <OntologyEntry category="Scale"
82                         value="linear_scale">
83          </OntologyEntry>
84        </Scale_assn>
85        <DataType_assn>
86          <OntologyEntry category="DataType"
87                         value="integer">
88          </OntologyEntry>
89        </DataType_assn>
90      </SpecializedQuantitationType>
91      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
92                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B Pixels"
93                                   name="B Pixels">
94  <Descriptions_assnlist>
95    <Description text="The total number of background pixels.">
96    </Description>
97  </Descriptions_assnlist>
98        <Scale_assn>
99          <OntologyEntry category="Scale"
100                         value="linear_scale">
101          </OntologyEntry>
102        </Scale_assn>
103        <DataType_assn>
104          <OntologyEntry category="DataType"
105                         value="integer">
106          </OntologyEntry>
107        </DataType_assn>
108      </SpecializedQuantitationType>
109      <MeasuredSignal isBackground="1"
110                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 Mean"
111                      name="B532 Mean">
112  <Descriptions_assnlist>
113    <Description text="The mean feature background intensity at wavelength 532 nm.">
114    </Description>
115  </Descriptions_assnlist>
116        <Channel_assnref>
117          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
118        </Channel_assnref>
119        <Scale_assn>
120          <OntologyEntry category="Scale"
121                         value="linear_scale">
122          </OntologyEntry>
123        </Scale_assn>
124        <DataType_assn>
125          <OntologyEntry category="DataType"
126                         value="integer">
127          </OntologyEntry>
128        </DataType_assn>
129      </MeasuredSignal>
130      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
131                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 Median"
132                                   name="B532 Median">
133  <Descriptions_assnlist>
134    <Description text="The median feature background intensity at wavelength 532 nm.">
135    </Description>
136  </Descriptions_assnlist>
137        <Channel_assnref>
138          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
139        </Channel_assnref>
140        <Scale_assn>
141          <OntologyEntry category="Scale"
142                         value="linear_scale">
143          </OntologyEntry>
144        </Scale_assn>
145        <DataType_assn>
146          <OntologyEntry category="DataType"
147                         value="integer">
148          </OntologyEntry>
149        </DataType_assn>
150      </SpecializedQuantitationType>
151      <Error isBackground="1"
152             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 SD"
153             name="B532 SD">
154  <Descriptions_assnlist>
155    <Description text="The standard deviation of the feature background intensity at wavelength 532 nm.">
156    </Description>
157  </Descriptions_assnlist>
158        <Channel_assnref>
159          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
160        </Channel_assnref>
161        <Scale_assn>
162          <OntologyEntry category="Scale"
163                         value="linear_scale">
164          </OntologyEntry>
165        </Scale_assn>
166        <DataType_assn>
167          <OntologyEntry category="DataType"
168                         value="integer">
169          </OntologyEntry>
170        </DataType_assn>
171        <TargetQuantitationType_assnref>
172          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 Median"/>
173        </TargetQuantitationType_assnref>
174      </Error>
175      <MeasuredSignal isBackground="1"
176                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 Mean"
177                      name="B635 Mean">
178  <Descriptions_assnlist>
179    <Description text="The mean feature background intensity at wavelength 635 nm.">
180    </Description>
181  </Descriptions_assnlist>
182        <Channel_assnref>
183          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
184        </Channel_assnref>
185        <Scale_assn>
186          <OntologyEntry category="Scale"
187                         value="linear_scale">
188          </OntologyEntry>
189        </Scale_assn>
190        <DataType_assn>
191          <OntologyEntry category="DataType"
192                         value="integer">
193          </OntologyEntry>
194        </DataType_assn>
195      </MeasuredSignal>
196      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
197                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 Median"
198                                   name="B635 Median">
199  <Descriptions_assnlist>
200    <Description text="The median feature background intensity at wavelength 635 nm.">
201    </Description>
202  </Descriptions_assnlist>
203        <Channel_assnref>
204          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
205        </Channel_assnref>
206        <Scale_assn>
207          <OntologyEntry category="Scale"
208                         value="linear_scale">
209          </OntologyEntry>
210        </Scale_assn>
211        <DataType_assn>
212          <OntologyEntry category="DataType"
213                         value="integer">
214          </OntologyEntry>
215        </DataType_assn>
216      </SpecializedQuantitationType>
217      <Error isBackground="1"
218             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 SD"
219             name="B635 SD">
220  <Descriptions_assnlist>
221    <Description text="The standard deviation of the feature background intensity at wavelength 635 nm.">
222    </Description>
223  </Descriptions_assnlist>
224        <Channel_assnref>
225          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
226        </Channel_assnref>
227        <Scale_assn>
228          <OntologyEntry category="Scale"
229                         value="linear_scale">
230          </OntologyEntry>
231        </Scale_assn>
232        <DataType_assn>
233          <OntologyEntry category="DataType"
234                         value="integer">
235          </OntologyEntry>
236        </DataType_assn>
237        <TargetQuantitationType_assnref>
238          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 Median"/>
239        </TargetQuantitationType_assnref>
240      </Error>
241      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
242                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Dia."
243                                   name="Dia.">
244  <Descriptions_assnlist>
245    <Description text="The diameter in um of the feature-indicator.">
246    </Description>
247  </Descriptions_assnlist>
248        <Scale_assn>
249          <OntologyEntry category="Scale"
250                         value="linear_scale">
251          </OntologyEntry>
252        </Scale_assn>
253        <DataType_assn>
254          <OntologyEntry category="DataType"
255                         value="integer">
256          </OntologyEntry>
257        </DataType_assn>
258      </SpecializedQuantitationType>
259      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
260                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F Pixels"
261                                   name="F Pixels">
262  <Descriptions_assnlist>
263    <Description text="The total number of feature pixels.">
264    </Description>
265  </Descriptions_assnlist>
266        <Scale_assn>
267          <OntologyEntry category="Scale"
268                         value="linear_scale">
269          </OntologyEntry>
270        </Scale_assn>
271        <DataType_assn>
272          <OntologyEntry category="DataType"
273                         value="integer">
274          </OntologyEntry>
275        </DataType_assn>
276      </SpecializedQuantitationType>
277      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
278                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 % Sat."
279                                   name="F532 % Sat.">
280  <Descriptions_assnlist>
281    <Description text="The percentage of feature pixels at wavelength 532 nm that are saturated.">
282    </Description>
283  </Descriptions_assnlist>
284        <Channel_assnref>
285          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
286        </Channel_assnref>
287        <Scale_assn>
288          <OntologyEntry category="Scale"
289                         value="linear_scale">
290          </OntologyEntry>
291        </Scale_assn>
292        <DataType_assn>
293          <OntologyEntry category="DataType"
294                         value="integer">
295          </OntologyEntry>
296        </DataType_assn>
297      </SpecializedQuantitationType>
298      <MeasuredSignal isBackground="0"
299                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Mean"
300                      name="F532 Mean">
301  <Descriptions_assnlist>
302    <Description text="Mean feature pixel intensity at wavelength 532 nm.">
303    </Description>
304  </Descriptions_assnlist>
305        <Channel_assnref>
306          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
307        </Channel_assnref>
308        <Scale_assn>
309          <OntologyEntry category="Scale"
310                         value="linear_scale">
311          </OntologyEntry>
312        </Scale_assn>
313        <DataType_assn>
314          <OntologyEntry category="DataType"
315                         value="integer">
316          </OntologyEntry>
317        </DataType_assn>
318      </MeasuredSignal>
319      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
320                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Mean - B532"
321                                   name="F532 Mean - B532">
322  <Descriptions_assnlist>
323    <Description text="The mean feature pixel intensity at wavelength 532 nm with the median background subtracted.">
324    </Description>
325  </Descriptions_assnlist>
326        <Channel_assnref>
327          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
328        </Channel_assnref>
329        <Scale_assn>
330          <OntologyEntry category="Scale"
331                         value="linear_scale">
332          </OntologyEntry>
333        </Scale_assn>
334        <DataType_assn>
335          <OntologyEntry category="DataType"
336                         value="integer">
337          </OntologyEntry>
338        </DataType_assn>
339      </SpecializedQuantitationType>
340      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
341                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Median"
342                                   name="F532 Median">
343  <Descriptions_assnlist>
344    <Description text="Median feature pixel intensity at wavelength 532 nm.">
345    </Description>
346  </Descriptions_assnlist>
347        <Channel_assnref>
348          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
349        </Channel_assnref>
350        <Scale_assn>
351          <OntologyEntry category="Scale"
352                         value="linear_scale">
353          </OntologyEntry>
354        </Scale_assn>
355        <DataType_assn>
356          <OntologyEntry category="DataType"
357                         value="integer">
358          </OntologyEntry>
359        </DataType_assn>
360      </SpecializedQuantitationType>
361      <Error isBackground="0"
362             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 SD"
363             name="F532 SD">
364  <Descriptions_assnlist>
365    <Description text="The standard deviation of the feature intensity at wavelength 532 nm.">
366    </Description>
367  </Descriptions_assnlist>
368        <Channel_assnref>
369          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
370        </Channel_assnref>
371        <Scale_assn>
372          <OntologyEntry category="Scale"
373                         value="linear_scale">
374          </OntologyEntry>
375        </Scale_assn>
376        <DataType_assn>
377          <OntologyEntry category="DataType"
378                         value="integer">
379          </OntologyEntry>
380        </DataType_assn>
381        <TargetQuantitationType_assnref>
382          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Median"/>
383        </TargetQuantitationType_assnref>
384      </Error>
385      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
386                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Median - B532"
387                                   name="F532 Median - B532">
388  <Descriptions_assnlist>
389    <Description text="The median feature pixel intensity at wavelength 532 nm with the median background subtracted.">
390    </Description>
391  </Descriptions_assnlist>
392        <Channel_assnref>
393          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
394        </Channel_assnref>
395        <Scale_assn>
396          <OntologyEntry category="Scale"
397                         value="linear_scale">
398          </OntologyEntry>
399        </Scale_assn>
400        <DataType_assn>
401          <OntologyEntry category="DataType"
402                         value="integer">
403          </OntologyEntry>
404        </DataType_assn>
405      </SpecializedQuantitationType>
406      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
407                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Total Intensity"
408                                   name="F532 Total Intensity">
409  <Descriptions_assnlist>
410    <Description text="The sum of feature pixel intensities at 532 nm.">
411    </Description>
412  </Descriptions_assnlist>
413        <Channel_assnref>
414          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
415        </Channel_assnref>
416        <Scale_assn>
417          <OntologyEntry category="Scale"
418                         value="linear_scale">
419          </OntologyEntry>
420        </Scale_assn>
421        <DataType_assn>
422          <OntologyEntry category="DataType"
423                         value="integer">
424          </OntologyEntry>
425        </DataType_assn>
426      </SpecializedQuantitationType>
427      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
428                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 % Sat."
429                                   name="F635 % Sat.">
430  <Descriptions_assnlist>
431    <Description text="The percentage of feature pixels at wavelength 635 nm that are saturated.">
432    </Description>
433  </Descriptions_assnlist>
434        <Channel_assnref>
435          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
436        </Channel_assnref>
437        <Scale_assn>
438          <OntologyEntry category="Scale"
439                         value="linear_scale">
440          </OntologyEntry>
441        </Scale_assn>
442        <DataType_assn>
443          <OntologyEntry category="DataType"
444                         value="integer">
445          </OntologyEntry>
446        </DataType_assn>
447      </SpecializedQuantitationType>
448      <MeasuredSignal isBackground="0"
449                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Mean"
450                      name="F635 Mean">
451  <Descriptions_assnlist>
452    <Description text="Mean feature pixel intensity at wavelength 635 nm.">
453    </Description>
454  </Descriptions_assnlist>
455        <Channel_assnref>
456          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
457        </Channel_assnref>
458        <Scale_assn>
459          <OntologyEntry category="Scale"
460                         value="linear_scale">
461          </OntologyEntry>
462        </Scale_assn>
463        <DataType_assn>
464          <OntologyEntry category="DataType"
465                         value="integer">
466          </OntologyEntry>
467        </DataType_assn>
468      </MeasuredSignal>
469      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
470                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Mean - B635"
471                                   name="F635 Mean - B635">
472  <Descriptions_assnlist>
473    <Description text="The mean feature pixel intensity at wavelength 635 nm with the median background subtracted.">
474    </Description>
475  </Descriptions_assnlist>
476        <Channel_assnref>
477          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
478        </Channel_assnref>
479        <Scale_assn>
480          <OntologyEntry category="Scale"
481                         value="linear_scale">
482          </OntologyEntry>
483        </Scale_assn>
484        <DataType_assn>
485          <OntologyEntry category="DataType"
486                         value="integer">
487          </OntologyEntry>
488        </DataType_assn>
489      </SpecializedQuantitationType>
490      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
491                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Median"
492                                   name="F635 Median">
493  <Descriptions_assnlist>
494    <Description text="Median feature pixel intensity at wavelength 635 nm.">
495    </Description>
496  </Descriptions_assnlist>
497        <Channel_assnref>
498          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
499        </Channel_assnref>
500        <Scale_assn>
501          <OntologyEntry category="Scale"
502                         value="linear_scale">
503          </OntologyEntry>
504        </Scale_assn>
505        <DataType_assn>
506          <OntologyEntry category="DataType"
507                         value="integer">
508          </OntologyEntry>
509        </DataType_assn>
510      </SpecializedQuantitationType>
511      <Error isBackground="0"
512             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 SD"
513             name="F635 SD">
514  <Descriptions_assnlist>
515    <Description text="The standard deviation of the feature intensity at wavelength 635 nm.">
516    </Description>
517  </Descriptions_assnlist>
518        <Channel_assnref>
519          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
520        </Channel_assnref>
521        <Scale_assn>
522          <OntologyEntry category="Scale"
523                         value="linear_scale">
524          </OntologyEntry>
525        </Scale_assn>
526        <DataType_assn>
527          <OntologyEntry category="DataType"
528                         value="integer">
529          </OntologyEntry>
530        </DataType_assn>
531        <TargetQuantitationType_assnref>
532          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Median"/>
533        </TargetQuantitationType_assnref>
534      </Error>
535      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
536                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Median - B635"
537                                   name="F635 Median - B635">
538  <Descriptions_assnlist>
539    <Description text="The median feature pixel intensity at wavelength 635 nm with the median background subtracted.">
540    </Description>
541  </Descriptions_assnlist>
542        <Channel_assnref>
543          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
544        </Channel_assnref>
545        <Scale_assn>
546          <OntologyEntry category="Scale"
547                         value="linear_scale">
548          </OntologyEntry>
549        </Scale_assn>
550        <DataType_assn>
551          <OntologyEntry category="DataType"
552                         value="integer">
553          </OntologyEntry>
554        </DataType_assn>
555      </SpecializedQuantitationType>
556      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
557                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Total Intensity"
558                                   name="F635 Total Intensity">
559  <Descriptions_assnlist>
560    <Description text="The sum of feature pixel intensities at 635 nm.">
561    </Description>
562  </Descriptions_assnlist>
563        <Channel_assnref>
564          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
565        </Channel_assnref>
566        <Scale_assn>
567          <OntologyEntry category="Scale"
568                         value="linear_scale">
569          </OntologyEntry>
570        </Scale_assn>
571        <DataType_assn>
572          <OntologyEntry category="DataType"
573                         value="integer">
574          </OntologyEntry>
575        </DataType_assn>
576      </SpecializedQuantitationType>
577      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
578                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Flags"
579                                   name="Flags">
580  <Descriptions_assnlist>
581    <Description text="The type of flag associated with a feature: -100 = user-flagged null spot; -50 = software-flagged null spot; 0 = spot valid.">
582    </Description>
583  </Descriptions_assnlist>
584        <Scale_assn>
585          <OntologyEntry category="Scale"
586                         value="linear_scale">
587          </OntologyEntry>
588        </Scale_assn>
589        <DataType_assn>
590          <OntologyEntry category="DataType"
591                         value="integer">
592          </OntologyEntry>
593        </DataType_assn>
594      </SpecializedQuantitationType>
595      <Ratio isBackground="0"
596             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Log Ratio"
597             name="Log Ratio">
598  <Descriptions_assnlist>
599    <Description text="Log (base 2) transform of the ratio of the medians.">
600    </Description>
601  </Descriptions_assnlist>
602        <Scale_assn>
603          <OntologyEntry category="Scale"
604                         value="log_base_2">
605          </OntologyEntry>
606        </Scale_assn>
607        <DataType_assn>
608          <OntologyEntry category="DataType"
609                         value="float">
610          </OntologyEntry>
611        </DataType_assn>
612      </Ratio>
613      <Ratio isBackground="0"
614             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Log Ratio (635/532)"
615             name="Log Ratio (635/532)">
616  <Descriptions_assnlist>
617    <Description text="Log (base 2) transform of the ratio of the medians.">
618    </Description>
619  </Descriptions_assnlist>
620        <Scale_assn>
621          <OntologyEntry category="Scale"
622                         value="log_base_2">
623          </OntologyEntry>
624        </Scale_assn>
625        <DataType_assn>
626          <OntologyEntry category="DataType"
627                         value="float">
628          </OntologyEntry>
629        </DataType_assn>
630      </Ratio>
631      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
632                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Mean of Ratios"
633                                   name="Mean of Ratios">
634  <Descriptions_assnlist>
635    <Description text="The geometric mean of the pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
636    </Description>
637  </Descriptions_assnlist>
638        <Scale_assn>
639          <OntologyEntry category="Scale"
640                         value="linear_scale">
641          </OntologyEntry>
642        </Scale_assn>
643        <DataType_assn>
644          <OntologyEntry category="DataType"
645                         value="float">
646          </OntologyEntry>
647        </DataType_assn>
648      </SpecializedQuantitationType>
649      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
650                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Mean of Ratios (635/532)"
651                                   name="Mean of Ratios (635/532)">
652  <Descriptions_assnlist>
653    <Description text="The geometric mean of the pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
654    </Description>
655  </Descriptions_assnlist>
656        <Scale_assn>
657          <OntologyEntry category="Scale"
658                         value="linear_scale">
659          </OntologyEntry>
660        </Scale_assn>
661        <DataType_assn>
662          <OntologyEntry category="DataType"
663                         value="float">
664          </OntologyEntry>
665        </DataType_assn>
666      </SpecializedQuantitationType>
667      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
668                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios"
669                                   name="Median of Ratios">
670  <Descriptions_assnlist>
671    <Description text="The median of pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
672    </Description>
673  </Descriptions_assnlist>
674        <Scale_assn>
675          <OntologyEntry category="Scale"
676                         value="linear_scale">
677          </OntologyEntry>
678        </Scale_assn>
679        <DataType_assn>
680          <OntologyEntry category="DataType"
681                         value="float">
682          </OntologyEntry>
683        </DataType_assn>
684      </SpecializedQuantitationType>
685      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
686                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios (635/532)"
687                                   name="Median of Ratios (635/532)">
688  <Descriptions_assnlist>
689    <Description text="The median of pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
690    </Description>
691  </Descriptions_assnlist>
692        <Scale_assn>
693          <OntologyEntry category="Scale"
694                         value="linear_scale">
695          </OntologyEntry>
696        </Scale_assn>
697        <DataType_assn>
698          <OntologyEntry category="DataType"
699                         value="float">
700          </OntologyEntry>
701        </DataType_assn>
702      </SpecializedQuantitationType>
703      <Error isBackground="0"
704             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratios SD"
705             name="Ratios SD">
706  <Descriptions_assnlist>
707    <Description text="The geometric standard deviation of the pixel intensity ratios.">
708    </Description>
709  </Descriptions_assnlist>
710        <Scale_assn>
711          <OntologyEntry category="Scale"
712                         value="linear_scale">
713          </OntologyEntry>
714        </Scale_assn>
715        <DataType_assn>
716          <OntologyEntry category="DataType"
717                         value="float">
718          </OntologyEntry>
719        </DataType_assn>
720        <TargetQuantitationType_assnref>
721          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios"/>
722        </TargetQuantitationType_assnref>
723      </Error>
724      <Error isBackground="0"
725             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratios SD (635/532)"
726             name="Ratios SD (635/532)">
727  <Descriptions_assnlist>
728    <Description text="The geometric standard deviation of the pixel intensity ratios.">
729    </Description>
730  </Descriptions_assnlist>
731        <Scale_assn>
732          <OntologyEntry category="Scale"
733                         value="linear_scale">
734          </OntologyEntry>
735        </Scale_assn>
736        <DataType_assn>
737          <OntologyEntry category="DataType"
738                         value="float">
739          </OntologyEntry>
740        </DataType_assn>
741        <TargetQuantitationType_assnref>
742          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios (635/532)"/>
743        </TargetQuantitationType_assnref>
744      </Error>
745      <PresentAbsent isBackground="0"
746                     identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Normalize"
747                     name="Normalize">
748  <Descriptions_assnlist>
749    <Description text="The normalization status of the feature (included/not included).">
750    </Description>
751  </Descriptions_assnlist>
752        <Scale_assn>
753          <OntologyEntry category="Scale"
754                         value="unscaled">
755          </OntologyEntry>
756        </Scale_assn>
757        <DataType_assn>
758          <OntologyEntry category="DataType"
759                         value="integer">
760          </OntologyEntry>
761        </DataType_assn>
762      </PresentAbsent>
763      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
764                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Means"
765                                   name="Ratio of Means">
766  <Descriptions_assnlist>
767    <Description text="The ratio of the arithmetic mean intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
768    </Description>
769  </Descriptions_assnlist>
770        <Scale_assn>
771          <OntologyEntry category="Scale"
772                         value="linear_scale">
773          </OntologyEntry>
774        </Scale_assn>
775        <DataType_assn>
776          <OntologyEntry category="DataType"
777                         value="float">
778          </OntologyEntry>
779        </DataType_assn>
780      </SpecializedQuantitationType>
781      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
782                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Means (635/532)"
783                                   name="Ratio of Means (635/532)">
784  <Descriptions_assnlist>
785    <Description text="The ratio of the arithmetic mean intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
786    </Description>
787  </Descriptions_assnlist>
788        <Scale_assn>
789          <OntologyEntry category="Scale"
790                         value="linear_scale">
791          </OntologyEntry>
792        </Scale_assn>
793        <DataType_assn>
794          <OntologyEntry category="DataType"
795                         value="float">
796          </OntologyEntry>
797        </DataType_assn>
798      </SpecializedQuantitationType>
799      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
800                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Medians"
801                                   name="Ratio of Medians">
802  <Descriptions_assnlist>
803    <Description text="The ratio of the median intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
804    </Description>
805  </Descriptions_assnlist>
806        <Scale_assn>
807          <OntologyEntry category="Scale"
808                         value="linear_scale">
809          </OntologyEntry>
810        </Scale_assn>
811        <DataType_assn>
812          <OntologyEntry category="DataType"
813                         value="float">
814          </OntologyEntry>
815        </DataType_assn>
816      </SpecializedQuantitationType>
817      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
818                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Medians (635/532)"
819                                   name="Ratio of Medians (635/532)">
820  <Descriptions_assnlist>
821    <Description text="The ratio of the median intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
822    </Description>
823  </Descriptions_assnlist>
824        <Scale_assn>
825          <OntologyEntry category="Scale"
826                         value="linear_scale">
827          </OntologyEntry>
828        </Scale_assn>
829        <DataType_assn>
830          <OntologyEntry category="DataType"
831                         value="float">
832          </OntologyEntry>
833        </DataType_assn>
834      </SpecializedQuantitationType>
835      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
836                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn R2"
837                                   name="Rgn R&#178;">
838  <Descriptions_assnlist>
839    <Description text="The coefficient of determination for the current regression value.">
840    </Description>
841  </Descriptions_assnlist>
842        <Scale_assn>
843          <OntologyEntry category="Scale"
844                         value="linear_scale">
845          </OntologyEntry>
846        </Scale_assn>
847        <DataType_assn>
848          <OntologyEntry category="DataType"
849                         value="float">
850          </OntologyEntry>
851        </DataType_assn>
852      </SpecializedQuantitationType>
853      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
854                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn R2 (635/532)"
855                                   name="Rgn R&#178; (635/532)">
856  <Descriptions_assnlist>
857    <Description text="The coefficient of determination for the current regression value.">
858    </Description>
859  </Descriptions_assnlist>
860        <Scale_assn>
861          <OntologyEntry category="Scale"
862                         value="linear_scale">
863          </OntologyEntry>
864        </Scale_assn>
865        <DataType_assn>
866          <OntologyEntry category="DataType"
867                         value="float">
868          </OntologyEntry>
869        </DataType_assn>
870      </SpecializedQuantitationType>
871      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
872                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn Ratio"
873                                   name="Rgn Ratio">
874  <Descriptions_assnlist>
875    <Description text="The regression ratio of every pixel in a 2-feature-diameter circle around the center of the feature.">
876    </Description>
877  </Descriptions_assnlist>
878        <Scale_assn>
879          <OntologyEntry category="Scale"
880                         value="linear_scale">
881          </OntologyEntry>
882        </Scale_assn>
883        <DataType_assn>
884          <OntologyEntry category="DataType"
885                         value="float">
886          </OntologyEntry>
887        </DataType_assn>
888      </SpecializedQuantitationType>
889      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
890                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn Ratio (635/532)"
891                                   name="Rgn Ratio (635/532)">
892  <Descriptions_assnlist>
893    <Description text="The regression ratio of every pixel in a 2-feature-diameter circle around the center of the feature.">
894    </Description>
895  </Descriptions_assnlist>
896        <Scale_assn>
897          <OntologyEntry category="Scale"
898                         value="linear_scale">
899          </OntologyEntry>
900        </Scale_assn>
901        <DataType_assn>
902          <OntologyEntry category="DataType"
903                         value="float">
904          </OntologyEntry>
905        </DataType_assn>
906      </SpecializedQuantitationType>
907      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
908                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:SNR 532"
909                                   name="SNR 532">
910  <Descriptions_assnlist>
911    <Description text="The signal-to-noise ratio at 532 nm, defined by (F532 Mean - B532 Mean) / (B532 SD).">
912    </Description>
913  </Descriptions_assnlist>
914        <Channel_assnref>
915          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
916        </Channel_assnref>
917        <Scale_assn>
918          <OntologyEntry category="Scale"
919                         value="linear_scale">
920          </OntologyEntry>
921        </Scale_assn>
922        <DataType_assn>
923          <OntologyEntry category="DataType"
924                         value="float">
925          </OntologyEntry>
926        </DataType_assn>
927      </SpecializedQuantitationType>
928      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
929                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:SNR 635"
930                                   name="SNR 635">
931  <Descriptions_assnlist>
932    <Description text="The signal-to-noise ratio at 635 nm, defined by (F635 Mean - B635 Mean) / (B635 SD).">
933    </Description>
934  </Descriptions_assnlist>
935        <Channel_assnref>
936          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
937        </Channel_assnref>
938        <Scale_assn>
939          <OntologyEntry category="Scale"
940                         value="linear_scale">
941          </OntologyEntry>
942        </Scale_assn>
943        <DataType_assn>
944          <OntologyEntry category="DataType"
945                         value="float">
946          </OntologyEntry>
947        </DataType_assn>
948      </SpecializedQuantitationType>
949      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
950                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Sum of Means"
951                                   name="Sum of Means">
952  <Descriptions_assnlist>
953    <Description text="The sum of the arithmetic mean intensities for each wavelength, with the median background subtracted.">
954    </Description>
955  </Descriptions_assnlist>
956        <Scale_assn>
957          <OntologyEntry category="Scale"
958                         value="linear_scale">
959          </OntologyEntry>
960        </Scale_assn>
961        <DataType_assn>
962          <OntologyEntry category="DataType"
963                         value="integer">
964          </OntologyEntry>
965        </DataType_assn>
966      </SpecializedQuantitationType>
967      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
968                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Sum of Medians"
969                                   name="Sum of Medians">
970  <Descriptions_assnlist>
971    <Description text="The sum of the median intensities for each wavelength, with the median background subtracted.">
972    </Description>
973  </Descriptions_assnlist>
974        <Scale_assn>
975          <OntologyEntry category="Scale"
976                         value="linear_scale">
977          </OntologyEntry>
978        </Scale_assn>
979        <DataType_assn>
980          <OntologyEntry category="DataType"
981                         value="integer">
982          </OntologyEntry>
983        </DataType_assn>
984      </SpecializedQuantitationType>
985      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
986                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:X"
987                                   name="X">
988  <Descriptions_assnlist>
989    <Description text="The X-coordinate in um of the center of the feature-indicator associated with the feature, where (0,0) is the top left of the image.">
990    </Description>
991  </Descriptions_assnlist>
992        <Scale_assn>
993          <OntologyEntry category="Scale"
994                         value="linear_scale">
995          </OntologyEntry>
996        </Scale_assn>
997        <DataType_assn>
998          <OntologyEntry category="DataType"
999                         value="integer">
1000          </OntologyEntry>
1001        </DataType_assn>
1002      </SpecializedQuantitationType>
1003      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1004                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Y"
1005                                   name="Y">
1006  <Descriptions_assnlist>
1007    <Description text="The Y-coordinate in um of the center of the feature-indicator associated with the feature, where (0,0) is the top left of the image.">
1008    </Description>
1009  </Descriptions_assnlist>
1010        <Scale_assn>
1011          <OntologyEntry category="Scale"
1012                         value="linear_scale">
1013          </OntologyEntry>
1014        </Scale_assn>
1015        <DataType_assn>
1016          <OntologyEntry category="DataType"
1017                         value="integer">
1018          </OntologyEntry>
1019        </DataType_assn>
1020      </SpecializedQuantitationType>
1021    </QuantitationType_assnlist>
1022  </QuantitationType_package>
1023</MAGE-ML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.