source: trunk/misc/mage/rawdatatypes/QT_GenePix.xml @ 2925

Last change on this file since 2925 was 2925, checked in by Jari Häkkinen, 17 years ago

Added svndigest:ignore property tom some items.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
  • Property svndigest:ignore set to *
File size: 40.7 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="QT.xsl"?>
3<!DOCTYPE MAGE-ML PUBLIC "-//OMG//DTD MAGE-ML 1.0//EN" "http://schema.omg.org/lsr/gene_expression/1.0/MAGE-ML.dtd">
4<MAGE-ML identifier="EBI:eleh:GenePix QT XML">
5  <QuantitationType_package>
6    <QuantitationType_assnlist>
7      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
8                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B532+1SD"
9                                   name="% &gt; B532+1SD">
10  <Descriptions_assnlist>
11    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than one standard deviation above the background pixel intensity, at wavelength 532 nm.">
12    </Description>
13  </Descriptions_assnlist>
14        <Channel_assnref>
15          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
16        </Channel_assnref>
17        <Scale_assn>
18          <OntologyEntry category="Scale"
19                         value="linear_scale">
20          </OntologyEntry>
21        </Scale_assn>
22        <DataType_assn>
23          <OntologyEntry category="DataType"
24                         value="integer">
25          </OntologyEntry>
26        </DataType_assn>
27      </SpecializedQuantitationType>
28      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
29                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B532+2SD"
30                                   name="% &gt; B532+2SD">
31  <Descriptions_assnlist>
32    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than two standard deviations above the background pixel intensity, at wavelength 532 nm.">
33    </Description>
34  </Descriptions_assnlist>
35        <Channel_assnref>
36          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
37        </Channel_assnref>
38        <Scale_assn>
39          <OntologyEntry category="Scale"
40                         value="linear_scale">
41          </OntologyEntry>
42        </Scale_assn>
43        <DataType_assn>
44          <OntologyEntry category="DataType"
45                         value="integer">
46          </OntologyEntry>
47        </DataType_assn>
48      </SpecializedQuantitationType>
49      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
50                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B635+1SD"
51                                   name="% &gt; B635+1SD">
52  <Descriptions_assnlist>
53    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than one standard deviation above the background pixel intensity, at wavelength 635 nm.">
54    </Description>
55  </Descriptions_assnlist>
56        <Channel_assnref>
57          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
58        </Channel_assnref>
59        <Scale_assn>
60          <OntologyEntry category="Scale"
61                         value="linear_scale">
62          </OntologyEntry>
63        </Scale_assn>
64        <DataType_assn>
65          <OntologyEntry category="DataType"
66                         value="integer">
67          </OntologyEntry>
68        </DataType_assn>
69      </SpecializedQuantitationType>
70      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
71                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:% &gt; B635+2SD"
72                                   name="% &gt; B635+2SD">
73  <Descriptions_assnlist>
74    <Description text="The percentage of feature pixels with intensities more than two standard deviations above the background pixel intensity, at wavelength 635 nm.">
75    </Description>
76  </Descriptions_assnlist>
77        <Channel_assnref>
78          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
79        </Channel_assnref>
80        <Scale_assn>
81          <OntologyEntry category="Scale"
82                         value="linear_scale">
83          </OntologyEntry>
84        </Scale_assn>
85        <DataType_assn>
86          <OntologyEntry category="DataType"
87                         value="integer">
88          </OntologyEntry>
89        </DataType_assn>
90      </SpecializedQuantitationType>
91      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
92                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B Pixels"
93                                   name="B Pixels">
94  <Descriptions_assnlist>
95    <Description text="The total number of background pixels.">
96    </Description>
97  </Descriptions_assnlist>
98        <Scale_assn>
99          <OntologyEntry category="Scale"
100                         value="linear_scale">
101          </OntologyEntry>
102        </Scale_assn>
103        <DataType_assn>
104          <OntologyEntry category="DataType"
105                         value="integer">
106          </OntologyEntry>
107        </DataType_assn>
108      </SpecializedQuantitationType>
109      <MeasuredSignal isBackground="1"
110                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 Mean"
111                      name="B532 Mean">
112  <Descriptions_assnlist>
113    <Description text="The mean feature background intensity at wavelength 532 nm.">
114    </Description>
115  </Descriptions_assnlist>
116        <Channel_assnref>
117          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
118        </Channel_assnref>
119        <Scale_assn>
120          <OntologyEntry category="Scale"
121                         value="linear_scale">
122          </OntologyEntry>
123        </Scale_assn>
124        <DataType_assn>
125          <OntologyEntry category="DataType"
126                         value="integer">
127          </OntologyEntry>
128        </DataType_assn>
129      </MeasuredSignal>
130      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
131                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 Median"
132                                   name="B532 Median">
133  <Descriptions_assnlist>
134    <Description text="The median feature background intensity at wavelength 532 nm.">
135    </Description>
136  </Descriptions_assnlist>
137        <Channel_assnref>
138          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
139        </Channel_assnref>
140        <Scale_assn>
141          <OntologyEntry category="Scale"
142                         value="linear_scale">
143          </OntologyEntry>
144        </Scale_assn>
145        <DataType_assn>
146          <OntologyEntry category="DataType"
147                         value="integer">
148          </OntologyEntry>
149        </DataType_assn>
150      </SpecializedQuantitationType>
151      <Error isBackground="1"
152             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 SD"
153             name="B532 SD">
154  <Descriptions_assnlist>
155    <Description text="The standard deviation of the feature background intensity at wavelength 532 nm.">
156    </Description>
157  </Descriptions_assnlist>
158        <Channel_assnref>
159          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
160        </Channel_assnref>
161        <Scale_assn>
162          <OntologyEntry category="Scale"
163                         value="linear_scale">
164          </OntologyEntry>
165        </Scale_assn>
166        <DataType_assn>
167          <OntologyEntry category="DataType"
168                         value="integer">
169          </OntologyEntry>
170        </DataType_assn>
171        <TargetQuantitationType_assnref>
172          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B532 Median"/>
173        </TargetQuantitationType_assnref>
174      </Error>
175      <MeasuredSignal isBackground="1"
176                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 Mean"
177                      name="B635 Mean">
178  <Descriptions_assnlist>
179    <Description text="The mean feature background intensity at wavelength 635 nm.">
180    </Description>
181  </Descriptions_assnlist>
182        <Channel_assnref>
183          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
184        </Channel_assnref>
185        <Scale_assn>
186          <OntologyEntry category="Scale"
187                         value="linear_scale">
188          </OntologyEntry>
189        </Scale_assn>
190        <DataType_assn>
191          <OntologyEntry category="DataType"
192                         value="integer">
193          </OntologyEntry>
194        </DataType_assn>
195      </MeasuredSignal>
196      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
197                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 Median"
198                                   name="B635 Median">
199  <Descriptions_assnlist>
200    <Description text="The median feature background intensity at wavelength 635 nm.">
201    </Description>
202  </Descriptions_assnlist>
203        <Channel_assnref>
204          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
205        </Channel_assnref>
206        <Scale_assn>
207          <OntologyEntry category="Scale"
208                         value="linear_scale">
209          </OntologyEntry>
210        </Scale_assn>
211        <DataType_assn>
212          <OntologyEntry category="DataType"
213                         value="integer">
214          </OntologyEntry>
215        </DataType_assn>
216      </SpecializedQuantitationType>
217      <Error isBackground="1"
218             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 SD"
219             name="B635 SD">
220  <Descriptions_assnlist>
221    <Description text="The standard deviation of the feature background intensity at wavelength 635 nm.">
222    </Description>
223  </Descriptions_assnlist>
224        <Channel_assnref>
225          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
226        </Channel_assnref>
227        <Scale_assn>
228          <OntologyEntry category="Scale"
229                         value="linear_scale">
230          </OntologyEntry>
231        </Scale_assn>
232        <DataType_assn>
233          <OntologyEntry category="DataType"
234                         value="integer">
235          </OntologyEntry>
236        </DataType_assn>
237        <TargetQuantitationType_assnref>
238          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:B635 Median"/>
239        </TargetQuantitationType_assnref>
240      </Error>
241      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
242                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Dia."
243                                   name="Dia.">
244  <Descriptions_assnlist>
245    <Description text="The diameter in um of the feature-indicator.">
246    </Description>
247  </Descriptions_assnlist>
248        <Scale_assn>
249          <OntologyEntry category="Scale"
250                         value="linear_scale">
251          </OntologyEntry>
252        </Scale_assn>
253        <DataType_assn>
254          <OntologyEntry category="DataType"
255                         value="integer">
256          </OntologyEntry>
257        </DataType_assn>
258      </SpecializedQuantitationType>
259      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
260                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F Pixels"
261                                   name="F Pixels">
262  <Descriptions_assnlist>
263    <Description text="The total number of feature pixels.">
264    </Description>
265  </Descriptions_assnlist>
266        <Scale_assn>
267          <OntologyEntry category="Scale"
268                         value="linear_scale">
269          </OntologyEntry>
270        </Scale_assn>
271        <DataType_assn>
272          <OntologyEntry category="DataType"
273                         value="integer">
274          </OntologyEntry>
275        </DataType_assn>
276      </SpecializedQuantitationType>
277      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
278                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 % Sat."
279                                   name="F532 % Sat.">
280  <Descriptions_assnlist>
281    <Description text="The percentage of feature pixels at wavelength 532 nm that are saturated.">
282    </Description>
283  </Descriptions_assnlist>
284        <Channel_assnref>
285          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
286        </Channel_assnref>
287        <Scale_assn>
288          <OntologyEntry category="Scale"
289                         value="linear_scale">
290          </OntologyEntry>
291        </Scale_assn>
292        <DataType_assn>
293          <OntologyEntry category="DataType"
294                         value="integer">
295          </OntologyEntry>
296        </DataType_assn>
297      </SpecializedQuantitationType>
298      <MeasuredSignal isBackground="0"
299                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Mean"
300                      name="F532 Mean">
301  <Descriptions_assnlist>
302    <Description text="Mean feature pixel intensity at wavelength 532 nm.">
303    </Description>
304  </Descriptions_assnlist>
305        <Channel_assnref>
306          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
307        </Channel_assnref>
308        <Scale_assn>
309          <OntologyEntry category="Scale"
310                         value="linear_scale">
311          </OntologyEntry>
312        </Scale_assn>
313        <DataType_assn>
314          <OntologyEntry category="DataType"
315                         value="integer">
316          </OntologyEntry>
317        </DataType_assn>
318      </MeasuredSignal>
319      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
320                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Mean - B532"
321                                   name="F532 Mean - B532">
322  <Descriptions_assnlist>
323    <Description text="The mean feature pixel intensity at wavelength 532 nm with the median background subtracted.">
324    </Description>
325  </Descriptions_assnlist>
326        <Channel_assnref>
327          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
328        </Channel_assnref>
329        <Scale_assn>
330          <OntologyEntry category="Scale"
331                         value="linear_scale">
332          </OntologyEntry>
333        </Scale_assn>
334        <DataType_assn>
335          <OntologyEntry category="DataType"
336                         value="integer">
337          </OntologyEntry>
338        </DataType_assn>
339      </SpecializedQuantitationType>
340      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
341                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Median"
342                                   name="F532 Median">
343  <Descriptions_assnlist>
344    <Description text="Median feature pixel intensity at wavelength 532 nm.">
345    </Description>
346  </Descriptions_assnlist>
347        <Channel_assnref>
348          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
349        </Channel_assnref>
350        <Scale_assn>
351          <OntologyEntry category="Scale"
352                         value="linear_scale">
353          </OntologyEntry>
354        </Scale_assn>
355        <DataType_assn>
356          <OntologyEntry category="DataType"
357                         value="integer">
358          </OntologyEntry>
359        </DataType_assn>
360      </SpecializedQuantitationType>
361      <Error isBackground="0"
362             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 SD"
363             name="F532 SD">
364  <Descriptions_assnlist>
365    <Description text="The standard deviation of the feature intensity at wavelength 532 nm.">
366    </Description>
367  </Descriptions_assnlist>
368        <Channel_assnref>
369          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
370        </Channel_assnref>
371        <Scale_assn>
372          <OntologyEntry category="Scale"
373                         value="linear_scale">
374          </OntologyEntry>
375        </Scale_assn>
376        <DataType_assn>
377          <OntologyEntry category="DataType"
378                         value="integer">
379          </OntologyEntry>
380        </DataType_assn>
381        <TargetQuantitationType_assnref>
382          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Median"/>
383        </TargetQuantitationType_assnref>
384      </Error>
385      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
386                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Median - B532"
387                                   name="F532 Median - B532">
388  <Descriptions_assnlist>
389    <Description text="The median feature pixel intensity at wavelength 532 nm with the median background subtracted.">
390    </Description>
391  </Descriptions_assnlist>
392        <Channel_assnref>
393          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
394        </Channel_assnref>
395        <Scale_assn>
396          <OntologyEntry category="Scale"
397                         value="linear_scale">
398          </OntologyEntry>
399        </Scale_assn>
400        <DataType_assn>
401          <OntologyEntry category="DataType"
402                         value="integer">
403          </OntologyEntry>
404        </DataType_assn>
405      </SpecializedQuantitationType>
406      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
407                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F532 Total Intensity"
408                                   name="F532 Total Intensity">
409  <Descriptions_assnlist>
410    <Description text="The sum of feature pixel intensities at 532 nm.">
411    </Description>
412  </Descriptions_assnlist>
413        <Channel_assnref>
414          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
415        </Channel_assnref>
416        <Scale_assn>
417          <OntologyEntry category="Scale"
418                         value="linear_scale">
419          </OntologyEntry>
420        </Scale_assn>
421        <DataType_assn>
422          <OntologyEntry category="DataType"
423                         value="integer">
424          </OntologyEntry>
425        </DataType_assn>
426      </SpecializedQuantitationType>
427      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
428                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 % Sat."
429                                   name="F635 % Sat.">
430  <Descriptions_assnlist>
431    <Description text="The percentage of feature pixels at wavelength 635 nm that are saturated.">
432    </Description>
433  </Descriptions_assnlist>
434        <Channel_assnref>
435          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
436        </Channel_assnref>
437        <Scale_assn>
438          <OntologyEntry category="Scale"
439                         value="linear_scale">
440          </OntologyEntry>
441        </Scale_assn>
442        <DataType_assn>
443          <OntologyEntry category="DataType"
444                         value="integer">
445          </OntologyEntry>
446        </DataType_assn>
447      </SpecializedQuantitationType>
448      <MeasuredSignal isBackground="0"
449                      identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Mean"
450                      name="F635 Mean">
451  <Descriptions_assnlist>
452    <Description text="Mean feature pixel intensity at wavelength 635 nm.">
453    </Description>
454  </Descriptions_assnlist>
455        <Channel_assnref>
456          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
457        </Channel_assnref>
458        <Scale_assn>
459          <OntologyEntry category="Scale"
460                         value="linear_scale">
461          </OntologyEntry>
462        </Scale_assn>
463        <DataType_assn>
464          <OntologyEntry category="DataType"
465                         value="integer">
466          </OntologyEntry>
467        </DataType_assn>
468      </MeasuredSignal>
469      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
470                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Mean - B635"
471                                   name="F635 Mean - B635">
472  <Descriptions_assnlist>
473    <Description text="The mean feature pixel intensity at wavelength 635 nm with the median background subtracted.">
474    </Description>
475  </Descriptions_assnlist>
476        <Channel_assnref>
477          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
478        </Channel_assnref>
479        <Scale_assn>
480          <OntologyEntry category="Scale"
481                         value="linear_scale">
482          </OntologyEntry>
483        </Scale_assn>
484        <DataType_assn>
485          <OntologyEntry category="DataType"
486                         value="integer">
487          </OntologyEntry>
488        </DataType_assn>
489      </SpecializedQuantitationType>
490      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
491                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Median"
492                                   name="F635 Median">
493  <Descriptions_assnlist>
494    <Description text="Median feature pixel intensity at wavelength 635 nm.">
495    </Description>
496  </Descriptions_assnlist>
497        <Channel_assnref>
498          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
499        </Channel_assnref>
500        <Scale_assn>
501          <OntologyEntry category="Scale"
502                         value="linear_scale">
503          </OntologyEntry>
504        </Scale_assn>
505        <DataType_assn>
506          <OntologyEntry category="DataType"
507                         value="integer">
508          </OntologyEntry>
509        </DataType_assn>
510      </SpecializedQuantitationType>
511      <Error isBackground="0"
512             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 SD"
513             name="F635 SD">
514  <Descriptions_assnlist>
515    <Description text="The standard deviation of the feature intensity at wavelength 635 nm.">
516    </Description>
517  </Descriptions_assnlist>
518        <Channel_assnref>
519          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
520        </Channel_assnref>
521        <Scale_assn>
522          <OntologyEntry category="Scale"
523                         value="linear_scale">
524          </OntologyEntry>
525        </Scale_assn>
526        <DataType_assn>
527          <OntologyEntry category="DataType"
528                         value="integer">
529          </OntologyEntry>
530        </DataType_assn>
531        <TargetQuantitationType_assnref>
532          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Median"/>
533        </TargetQuantitationType_assnref>
534      </Error>
535      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
536                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Median - B635"
537                                   name="F635 Median - B635">
538  <Descriptions_assnlist>
539    <Description text="The median feature pixel intensity at wavelength 635 nm with the median background subtracted.">
540    </Description>
541  </Descriptions_assnlist>
542        <Channel_assnref>
543          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
544        </Channel_assnref>
545        <Scale_assn>
546          <OntologyEntry category="Scale"
547                         value="linear_scale">
548          </OntologyEntry>
549        </Scale_assn>
550        <DataType_assn>
551          <OntologyEntry category="DataType"
552                         value="integer">
553          </OntologyEntry>
554        </DataType_assn>
555      </SpecializedQuantitationType>
556      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
557                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:F635 Total Intensity"
558                                   name="F635 Total Intensity">
559  <Descriptions_assnlist>
560    <Description text="The sum of feature pixel intensities at 635 nm.">
561    </Description>
562  </Descriptions_assnlist>
563        <Channel_assnref>
564          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
565        </Channel_assnref>
566        <Scale_assn>
567          <OntologyEntry category="Scale"
568                         value="linear_scale">
569          </OntologyEntry>
570        </Scale_assn>
571        <DataType_assn>
572          <OntologyEntry category="DataType"
573                         value="integer">
574          </OntologyEntry>
575        </DataType_assn>
576      </SpecializedQuantitationType>
577      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
578                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Flags"
579                                   name="Flags">
580  <Descriptions_assnlist>
581    <Description text="The type of flag associated with a feature: -100 = user-flagged null spot; -50 = software-flagged null spot; 0 = spot valid.">
582    </Description>
583  </Descriptions_assnlist>
584        <Scale_assn>
585          <OntologyEntry category="Scale"
586                         value="linear_scale">
587          </OntologyEntry>
588        </Scale_assn>
589        <DataType_assn>
590          <OntologyEntry category="DataType"
591                         value="integer">
592          </OntologyEntry>
593        </DataType_assn>
594      </SpecializedQuantitationType>
595      <Ratio isBackground="0"
596             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Log Ratio"
597             name="Log Ratio">
598  <Descriptions_assnlist>
599    <Description text="Log (base 2) transform of the ratio of the medians.">
600    </Description>
601  </Descriptions_assnlist>
602        <Scale_assn>
603          <OntologyEntry category="Scale"
604                         value="log_base_2">
605          </OntologyEntry>
606        </Scale_assn>
607        <DataType_assn>
608          <OntologyEntry category="DataType"
609                         value="float">
610          </OntologyEntry>
611        </DataType_assn>
612      </Ratio>
613      <Ratio isBackground="0"
614             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Log Ratio (635/532)"
615             name="Log Ratio (635/532)">
616  <Descriptions_assnlist>
617    <Description text="Log (base 2) transform of the ratio of the medians.">
618    </Description>
619  </Descriptions_assnlist>
620        <Scale_assn>
621          <OntologyEntry category="Scale"
622                         value="log_base_2">
623          </OntologyEntry>
624        </Scale_assn>
625        <DataType_assn>
626          <OntologyEntry category="DataType"
627                         value="float">
628          </OntologyEntry>
629        </DataType_assn>
630      </Ratio>
631      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
632                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Mean of Ratios"
633                                   name="Mean of Ratios">
634  <Descriptions_assnlist>
635    <Description text="The geometric mean of the pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
636    </Description>
637  </Descriptions_assnlist>
638        <Scale_assn>
639          <OntologyEntry category="Scale"
640                         value="linear_scale">
641          </OntologyEntry>
642        </Scale_assn>
643        <DataType_assn>
644          <OntologyEntry category="DataType"
645                         value="float">
646          </OntologyEntry>
647        </DataType_assn>
648      </SpecializedQuantitationType>
649      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
650                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Mean of Ratios (635/532)"
651                                   name="Mean of Ratios (635/532)">
652  <Descriptions_assnlist>
653    <Description text="The geometric mean of the pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
654    </Description>
655  </Descriptions_assnlist>
656        <Scale_assn>
657          <OntologyEntry category="Scale"
658                         value="linear_scale">
659          </OntologyEntry>
660        </Scale_assn>
661        <DataType_assn>
662          <OntologyEntry category="DataType"
663                         value="float">
664          </OntologyEntry>
665        </DataType_assn>
666      </SpecializedQuantitationType>
667      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
668                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios"
669                                   name="Median of Ratios">
670  <Descriptions_assnlist>
671    <Description text="The median of pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
672    </Description>
673  </Descriptions_assnlist>
674        <Scale_assn>
675          <OntologyEntry category="Scale"
676                         value="linear_scale">
677          </OntologyEntry>
678        </Scale_assn>
679        <DataType_assn>
680          <OntologyEntry category="DataType"
681                         value="float">
682          </OntologyEntry>
683        </DataType_assn>
684      </SpecializedQuantitationType>
685      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
686                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios (635/532)"
687                                   name="Median of Ratios (635/532)">
688  <Descriptions_assnlist>
689    <Description text="The median of pixel-by-pixel ratios of pixel intensities, with the median background subtracted.">
690    </Description>
691  </Descriptions_assnlist>
692        <Scale_assn>
693          <OntologyEntry category="Scale"
694                         value="linear_scale">
695          </OntologyEntry>
696        </Scale_assn>
697        <DataType_assn>
698          <OntologyEntry category="DataType"
699                         value="float">
700          </OntologyEntry>
701        </DataType_assn>
702      </SpecializedQuantitationType>
703      <Error isBackground="0"
704             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratios SD"
705             name="Ratios SD">
706  <Descriptions_assnlist>
707    <Description text="The geometric standard deviation of the pixel intensity ratios.">
708    </Description>
709  </Descriptions_assnlist>
710        <Scale_assn>
711          <OntologyEntry category="Scale"
712                         value="linear_scale">
713          </OntologyEntry>
714        </Scale_assn>
715        <DataType_assn>
716          <OntologyEntry category="DataType"
717                         value="float">
718          </OntologyEntry>
719        </DataType_assn>
720        <TargetQuantitationType_assnref>
721          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios"/>
722        </TargetQuantitationType_assnref>
723      </Error>
724      <Error isBackground="0"
725             identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratios SD (635/532)"
726             name="Ratios SD (635/532)">
727  <Descriptions_assnlist>
728    <Description text="The geometric standard deviation of the pixel intensity ratios.">
729    </Description>
730  </Descriptions_assnlist>
731        <Scale_assn>
732          <OntologyEntry category="Scale"
733                         value="linear_scale">
734          </OntologyEntry>
735        </Scale_assn>
736        <DataType_assn>
737          <OntologyEntry category="DataType"
738                         value="float">
739          </OntologyEntry>
740        </DataType_assn>
741        <TargetQuantitationType_assnref>
742          <SpecializedQuantitationType_ref identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Median of Ratios (635/532)"/>
743        </TargetQuantitationType_assnref>
744      </Error>
745      <PresentAbsent isBackground="0"
746                     identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Normalize"
747                     name="Normalize">
748  <Descriptions_assnlist>
749    <Description text="The normalization status of the feature (included/not included).">
750    </Description>
751  </Descriptions_assnlist>
752        <Scale_assn>
753          <OntologyEntry category="Scale"
754                         value="unscaled">
755          </OntologyEntry>
756        </Scale_assn>
757        <DataType_assn>
758          <OntologyEntry category="DataType"
759                         value="integer">
760          </OntologyEntry>
761        </DataType_assn>
762      </PresentAbsent>
763      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
764                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Means"
765                                   name="Ratio of Means">
766  <Descriptions_assnlist>
767    <Description text="The ratio of the arithmetic mean intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
768    </Description>
769  </Descriptions_assnlist>
770        <Scale_assn>
771          <OntologyEntry category="Scale"
772                         value="linear_scale">
773          </OntologyEntry>
774        </Scale_assn>
775        <DataType_assn>
776          <OntologyEntry category="DataType"
777                         value="float">
778          </OntologyEntry>
779        </DataType_assn>
780      </SpecializedQuantitationType>
781      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
782                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Means (635/532)"
783                                   name="Ratio of Means (635/532)">
784  <Descriptions_assnlist>
785    <Description text="The ratio of the arithmetic mean intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
786    </Description>
787  </Descriptions_assnlist>
788        <Scale_assn>
789          <OntologyEntry category="Scale"
790                         value="linear_scale">
791          </OntologyEntry>
792        </Scale_assn>
793        <DataType_assn>
794          <OntologyEntry category="DataType"
795                         value="float">
796          </OntologyEntry>
797        </DataType_assn>
798      </SpecializedQuantitationType>
799      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
800                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Medians"
801                                   name="Ratio of Medians">
802  <Descriptions_assnlist>
803    <Description text="The ratio of the median intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
804    </Description>
805  </Descriptions_assnlist>
806        <Scale_assn>
807          <OntologyEntry category="Scale"
808                         value="linear_scale">
809          </OntologyEntry>
810        </Scale_assn>
811        <DataType_assn>
812          <OntologyEntry category="DataType"
813                         value="float">
814          </OntologyEntry>
815        </DataType_assn>
816      </SpecializedQuantitationType>
817      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
818                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Ratio of Medians (635/532)"
819                                   name="Ratio of Medians (635/532)">
820  <Descriptions_assnlist>
821    <Description text="The ratio of the median intensities of each feature for each wavelength, with the median background subtracted.">
822    </Description>
823  </Descriptions_assnlist>
824        <Scale_assn>
825          <OntologyEntry category="Scale"
826                         value="linear_scale">
827          </OntologyEntry>
828        </Scale_assn>
829        <DataType_assn>
830          <OntologyEntry category="DataType"
831                         value="float">
832          </OntologyEntry>
833        </DataType_assn>
834      </SpecializedQuantitationType>
835      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
836                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn R2"
837                                   name="Rgn R&#178;">
838  <Descriptions_assnlist>
839    <Description text="The coefficient of determination for the current regression value.">
840    </Description>
841  </Descriptions_assnlist>
842        <Scale_assn>
843          <OntologyEntry category="Scale"
844                         value="linear_scale">
845          </OntologyEntry>
846        </Scale_assn>
847        <DataType_assn>
848          <OntologyEntry category="DataType"
849                         value="float">
850          </OntologyEntry>
851        </DataType_assn>
852      </SpecializedQuantitationType>
853      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
854                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn R2 (635/532)"
855                                   name="Rgn R&#178; (635/532)">
856  <Descriptions_assnlist>
857    <Description text="The coefficient of determination for the current regression value.">
858    </Description>
859  </Descriptions_assnlist>
860        <Scale_assn>
861          <OntologyEntry category="Scale"
862                         value="linear_scale">
863          </OntologyEntry>
864        </Scale_assn>
865        <DataType_assn>
866          <OntologyEntry category="DataType"
867                         value="float">
868          </OntologyEntry>
869        </DataType_assn>
870      </SpecializedQuantitationType>
871      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
872                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn Ratio"
873                                   name="Rgn Ratio">
874  <Descriptions_assnlist>
875    <Description text="The regression ratio of every pixel in a 2-feature-diameter circle around the center of the feature.">
876    </Description>
877  </Descriptions_assnlist>
878        <Scale_assn>
879          <OntologyEntry category="Scale"
880                         value="linear_scale">
881          </OntologyEntry>
882        </Scale_assn>
883        <DataType_assn>
884          <OntologyEntry category="DataType"
885                         value="float">
886          </OntologyEntry>
887        </DataType_assn>
888      </SpecializedQuantitationType>
889      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
890                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Rgn Ratio (635/532)"
891                                   name="Rgn Ratio (635/532)">
892  <Descriptions_assnlist>
893    <Description text="The regression ratio of every pixel in a 2-feature-diameter circle around the center of the feature.">
894    </Description>
895  </Descriptions_assnlist>
896        <Scale_assn>
897          <OntologyEntry category="Scale"
898                         value="linear_scale">
899          </OntologyEntry>
900        </Scale_assn>
901        <DataType_assn>
902          <OntologyEntry category="DataType"
903                         value="float">
904          </OntologyEntry>
905        </DataType_assn>
906      </SpecializedQuantitationType>
907      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
908                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:SNR 532"
909                                   name="SNR 532">
910  <Descriptions_assnlist>
911    <Description text="The signal-to-noise ratio at 532 nm, defined by (F532 Mean - B532 Mean) / (B532 SD).">
912    </Description>
913  </Descriptions_assnlist>
914        <Channel_assnref>
915          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
916        </Channel_assnref>
917        <Scale_assn>
918          <OntologyEntry category="Scale"
919                         value="linear_scale">
920          </OntologyEntry>
921        </Scale_assn>
922        <DataType_assn>
923          <OntologyEntry category="DataType"
924                         value="float">
925          </OntologyEntry>
926        </DataType_assn>
927      </SpecializedQuantitationType>
928      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
929                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:SNR 635"
930                                   name="SNR 635">
931  <Descriptions_assnlist>
932    <Description text="The signal-to-noise ratio at 635 nm, defined by (F635 Mean - B635 Mean) / (B635 SD).">
933    </Description>
934  </Descriptions_assnlist>
935        <Channel_assnref>
936          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
937        </Channel_assnref>
938        <Scale_assn>
939          <OntologyEntry category="Scale"
940                         value="linear_scale">
941          </OntologyEntry>
942        </Scale_assn>
943        <DataType_assn>
944          <OntologyEntry category="DataType"
945                         value="float">
946          </OntologyEntry>
947        </DataType_assn>
948      </SpecializedQuantitationType>
949      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
950                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Sum of Means"
951                                   name="Sum of Means">
952  <Descriptions_assnlist>
953    <Description text="The sum of the arithmetic mean intensities for each wavelength, with the median background subtracted.">
954    </Description>
955  </Descriptions_assnlist>
956        <Scale_assn>
957          <OntologyEntry category="Scale"
958                         value="linear_scale">
959          </OntologyEntry>
960        </Scale_assn>
961        <DataType_assn>
962          <OntologyEntry category="DataType"
963                         value="integer">
964          </OntologyEntry>
965        </DataType_assn>
966      </SpecializedQuantitationType>
967      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
968                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Sum of Medians"
969                                   name="Sum of Medians">
970  <Descriptions_assnlist>
971    <Description text="The sum of the median intensities for each wavelength, with the median background subtracted.">
972    </Description>
973  </Descriptions_assnlist>
974        <Scale_assn>
975          <OntologyEntry category="Scale"
976                         value="linear_scale">
977          </OntologyEntry>
978        </Scale_assn>
979        <DataType_assn>
980          <OntologyEntry category="DataType"
981                         value="integer">
982          </OntologyEntry>
983        </DataType_assn>
984      </SpecializedQuantitationType>
985      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
986                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:X"
987                                   name="X">
988  <Descriptions_assnlist>
989    <Description text="The X-coordinate in um of the center of the feature-indicator associated with the feature, where (0,0) is the top left of the image.">
990    </Description>
991  </Descriptions_assnlist>
992        <Scale_assn>
993          <OntologyEntry category="Scale"
994                         value="linear_scale">
995          </OntologyEntry>
996        </Scale_assn>
997        <DataType_assn>
998          <OntologyEntry category="DataType"
999                         value="integer">
1000          </OntologyEntry>
1001        </DataType_assn>
1002      </SpecializedQuantitationType>
1003      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1004                                   identifier="Axon Instruments:GenePix_QuantitationType:Y"
1005                                   name="Y">
1006  <Descriptions_assnlist>
1007    <Description text="The Y-coordinate in um of the center of the feature-indicator associated with the feature, where (0,0) is the top left of the image.">
1008    </Description>
1009  </Descriptions_assnlist>
1010        <Scale_assn>
1011          <OntologyEntry category="Scale"
1012                         value="linear_scale">
1013          </OntologyEntry>
1014        </Scale_assn>
1015        <DataType_assn>
1016          <OntologyEntry category="DataType"
1017                         value="integer">
1018          </OntologyEntry>
1019        </DataType_assn>
1020      </SpecializedQuantitationType>
1021    </QuantitationType_assnlist>
1022  </QuantitationType_package>
1023</MAGE-ML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.