source: trunk/misc/mage/rawdatatypes/QT_ImaGene.xml @ 2925

Last change on this file since 2925 was 2925, checked in by Jari Häkkinen, 16 years ago

Added svndigest:ignore property tom some items.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Id
  • Property svndigest:ignore set to *
File size: 84.4 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" standalone="no"?>
2<!DOCTYPE MAGE-ML PUBLIC "-//OMG//DTD MAGE-ML 1.0//EN" "http://schema.omg.org/lsr/gene_expression/1.0/MAGE-ML.dtd">
3<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="QT.xsl"?>
4<MAGE-ML identifier="EBI:eleh:ImaGene QT XML">
5  <QuantitationType_package>
6    <QuantitationType_assnlist>
7      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
8                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Field"
9                                   name="Field">
10        <Descriptions_assnlist>
11          <Description text="Name of a field where the spot is located.">
12          </Description>
13        </Descriptions_assnlist>
14        <Scale_assn>
15          <OntologyEntry category="Scale"
16                         value="unscaled">
17          </OntologyEntry>
18        </Scale_assn>
19        <DataType_assn>
20          <OntologyEntry category="DataType"
21                         value="string_datatype">
22          </OntologyEntry>
23        </DataType_assn>
24      </SpecializedQuantitationType>
25      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
26                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Gene ID"
27                                   name="Gene ID">
28        <Descriptions_assnlist>
29          <Description text="Gene ID information for the spot.">
30          </Description>
31        </Descriptions_assnlist>
32        <Scale_assn>
33          <OntologyEntry category="Scale"
34                         value="unscaled">
35          </OntologyEntry>
36        </Scale_assn>
37        <DataType_assn>
38          <OntologyEntry category="DataType"
39                         value="string_datatype">
40          </OntologyEntry>
41        </DataType_assn>
42      </SpecializedQuantitationType>
43      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
44                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Flag_Cy3"
45                                   name="Flag_Cy3">
46        <Descriptions_assnlist>
47          <Description text="Numeric code for the spot (0 - no flag, flag codes 1,...,7).">
48          </Description>
49        </Descriptions_assnlist>
50        <Channel_assnref>
51          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
52        </Channel_assnref>
53        <Scale_assn>
54          <OntologyEntry category="Scale"
55                         value="linear_scale">
56          </OntologyEntry>
57        </Scale_assn>
58        <DataType_assn>
59          <OntologyEntry category="DataType"
60                         value="integer">
61          </OntologyEntry>
62        </DataType_assn>
63      </SpecializedQuantitationType>
64      <MeasuredSignal isBackground="0"
65                      identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Mean_Cy3"
66                      name="Signal Mean_Cy3">
67        <Descriptions_assnlist>
68          <Description text="Pixel intensity averaged over the local signal region.">
69          </Description>
70        </Descriptions_assnlist>
71        <Channel_assnref>
72          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
73        </Channel_assnref>
74        <Scale_assn>
75          <OntologyEntry category="Scale"
76                         value="linear_scale">
77          </OntologyEntry>
78        </Scale_assn>
79        <DataType_assn>
80          <OntologyEntry category="DataType"
81                         value="float">
82          </OntologyEntry>
83        </DataType_assn>
84        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
85          <Error_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Stdev_Cy3"/>
86        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
87      </MeasuredSignal>
88      <Error isBackground="0"
89             identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Stdev_Cy3"
90             name="Signal Stdev_Cy3">
91        <Descriptions_assnlist>
92          <Description text="Standard deviation of pixel intensities over the local signal region.">
93          </Description>
94        </Descriptions_assnlist>
95        <Channel_assnref>
96          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
97        </Channel_assnref>
98        <Scale_assn>
99          <OntologyEntry category="Scale"
100                         value="linear_scale">
101          </OntologyEntry>
102        </Scale_assn>
103        <DataType_assn>
104          <OntologyEntry category="DataType"
105                         value="float">
106          </OntologyEntry>
107        </DataType_assn>
108        <TargetQuantitationType_assnref>
109          <MeasuredSignal_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Mean_Cy3"/>
110        </TargetQuantitationType_assnref>
111      </Error>
112      <MeasuredSignal isBackground="1"
113                      identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Mean_Cy3"
114                      name="Background Mean_Cy3">
115        <Descriptions_assnlist>
116          <Description text="Pixel intensity averaged over the local background region.">
117          </Description>
118        </Descriptions_assnlist>
119        <Channel_assnref>
120          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
121        </Channel_assnref>
122        <Scale_assn>
123          <OntologyEntry category="Scale"
124                         value="linear_scale">
125          </OntologyEntry>
126        </Scale_assn>
127        <DataType_assn>
128          <OntologyEntry category="DataType"
129                         value="float">
130          </OntologyEntry>
131        </DataType_assn>
132        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
133          <Error_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Stdev_Cy3"/>
134        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
135      </MeasuredSignal>
136      <Error isBackground="1"
137             identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Stdev_Cy3"
138             name="Background Stdev_Cy3">
139        <Descriptions_assnlist>
140          <Description text="Standard deviation of pixel intensities over the local background region.">
141          </Description>
142        </Descriptions_assnlist>
143        <Channel_assnref>
144          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
145        </Channel_assnref>
146        <Scale_assn>
147          <OntologyEntry category="Scale"
148                         value="linear_scale">
149          </OntologyEntry>
150        </Scale_assn>
151        <DataType_assn>
152          <OntologyEntry category="DataType"
153                         value="float">
154          </OntologyEntry>
155        </DataType_assn>
156        <TargetQuantitationType_assnref>
157          <MeasuredSignal_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Mean_Cy3"/>
158        </TargetQuantitationType_assnref>
159      </Error>
160      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
161                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Median_Cy3"
162                                   name="Signal Median_Cy3">
163        <Descriptions_assnlist>
164          <Description text="Median pixel intensity computed over the local signal region.">
165          </Description>
166        </Descriptions_assnlist>
167        <Channel_assnref>
168          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
169        </Channel_assnref>
170        <Scale_assn>
171          <OntologyEntry category="Scale"
172                         value="linear_scale">
173          </OntologyEntry>
174        </Scale_assn>
175        <DataType_assn>
176          <OntologyEntry category="DataType"
177                         value="float">
178          </OntologyEntry>
179        </DataType_assn>
180      </SpecializedQuantitationType>
181      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
182                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Median_Cy3"
183                                   name="Background Median_Cy3">
184        <Descriptions_assnlist>
185          <Description text="Median pixel intensity computed over the local background region.">
186          </Description>
187        </Descriptions_assnlist>
188        <Channel_assnref>
189          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
190        </Channel_assnref>
191        <Scale_assn>
192          <OntologyEntry category="Scale"
193                         value="linear_scale">
194          </OntologyEntry>
195        </Scale_assn>
196        <DataType_assn>
197          <OntologyEntry category="DataType"
198                         value="float">
199          </OntologyEntry>
200        </DataType_assn>
201      </SpecializedQuantitationType>
202      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
203                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Mode_Cy3"
204                                   name="Signal Mode_Cy3">
205        <Descriptions_assnlist>
206          <Description text="Mode pixel intensity computed over the local signal region (mode corresponds to the peak location in intensity distribution).">
207          </Description>
208        </Descriptions_assnlist>
209        <Channel_assnref>
210          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
211        </Channel_assnref>
212        <Scale_assn>
213          <OntologyEntry category="Scale"
214                         value="linear_scale">
215          </OntologyEntry>
216        </Scale_assn>
217        <DataType_assn>
218          <OntologyEntry category="DataType"
219                         value="float">
220          </OntologyEntry>
221        </DataType_assn>
222      </SpecializedQuantitationType>
223      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
224                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Mode_Cy3"
225                                   name="Background Mode_Cy3">
226        <Descriptions_assnlist>
227          <Description text="Mode pixel intensity computed over the local background region.">
228          </Description>
229        </Descriptions_assnlist>
230        <Channel_assnref>
231          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
232        </Channel_assnref>
233        <Scale_assn>
234          <OntologyEntry category="Scale"
235                         value="linear_scale">
236          </OntologyEntry>
237        </Scale_assn>
238        <DataType_assn>
239          <OntologyEntry category="DataType"
240                         value="float">
241          </OntologyEntry>
242        </DataType_assn>
243      </SpecializedQuantitationType>
244      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
245                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Area_Cy3"
246                                   name="Signal Area_Cy3">
247        <Descriptions_assnlist>
248          <Description text="Number of pixels in the local signal region.">
249          </Description>
250        </Descriptions_assnlist>
251        <Channel_assnref>
252          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
253        </Channel_assnref>
254        <Scale_assn>
255          <OntologyEntry category="Scale"
256                         value="linear_scale">
257          </OntologyEntry>
258        </Scale_assn>
259        <DataType_assn>
260          <OntologyEntry category="DataType"
261                         value="integer">
262          </OntologyEntry>
263        </DataType_assn>
264      </SpecializedQuantitationType>
265      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
266                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Area_Cy3"
267                                   name="Background Area_Cy3">
268        <Descriptions_assnlist>
269          <Description text="Number of pixels in the local background region.">
270          </Description>
271        </Descriptions_assnlist>
272        <Channel_assnref>
273          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
274        </Channel_assnref>
275        <Scale_assn>
276          <OntologyEntry category="Scale"
277                         value="linear_scale">
278          </OntologyEntry>
279        </Scale_assn>
280        <DataType_assn>
281          <OntologyEntry category="DataType"
282                         value="integer">
283          </OntologyEntry>
284        </DataType_assn>
285      </SpecializedQuantitationType>
286      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
287                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Total_Cy3"
288                                   name="Signal Total_Cy3">
289        <Descriptions_assnlist>
290          <Description text="Total pixel intensity summed over the local signal region.">
291          </Description>
292        </Descriptions_assnlist>
293        <Channel_assnref>
294          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
295        </Channel_assnref>
296        <Scale_assn>
297          <OntologyEntry category="Scale"
298                         value="linear_scale">
299          </OntologyEntry>
300        </Scale_assn>
301        <DataType_assn>
302          <OntologyEntry category="DataType"
303                         value="integer">
304          </OntologyEntry>
305        </DataType_assn>
306      </SpecializedQuantitationType>
307      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
308                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Total_Cy3"
309                                   name="Background Total_Cy3">
310        <Descriptions_assnlist>
311          <Description text="Total pixel intensity summed over the local background region.">
312          </Description>
313        </Descriptions_assnlist>
314        <Channel_assnref>
315          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
316        </Channel_assnref>
317        <Scale_assn>
318          <OntologyEntry category="Scale"
319                         value="linear_scale">
320          </OntologyEntry>
321        </Scale_assn>
322        <DataType_assn>
323          <OntologyEntry category="DataType"
324                         value="integer">
325          </OntologyEntry>
326        </DataType_assn>
327      </SpecializedQuantitationType>
328      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
329                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Shape Regularity_Cy3"
330                                   name="Shape Regularity_Cy3">
331        <Descriptions_assnlist>
332          <Description text="The signal area of a spot is inscribed into a circle, then the number of non-signal pixels that fall within this circle is computed and divided by area of circle. This ratio is subtracted from 1 to give the Shape Regularity.">
333          </Description>
334        </Descriptions_assnlist>
335        <Channel_assnref>
336          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
337        </Channel_assnref>
338        <Scale_assn>
339          <OntologyEntry category="Scale"
340                         value="linear_scale">
341          </OntologyEntry>
342        </Scale_assn>
343        <DataType_assn>
344          <OntologyEntry category="DataType"
345                         value="float">
346          </OntologyEntry>
347        </DataType_assn>
348      </SpecializedQuantitationType>
349      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
350                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Ignored Area_Cy3"
351                                   name="Ignored Area_Cy3">
352        <Descriptions_assnlist>
353          <Description text="Area of ignored regions directly neighboring (&quot;touching&quot;) the signal area is computed.">
354          </Description>
355        </Descriptions_assnlist>
356        <Channel_assnref>
357          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
358        </Channel_assnref>
359        <Scale_assn>
360          <OntologyEntry category="Scale"
361                         value="linear_scale">
362          </OntologyEntry>
363        </Scale_assn>
364        <DataType_assn>
365          <OntologyEntry category="DataType"
366                         value="integer">
367          </OntologyEntry>
368        </DataType_assn>
369      </SpecializedQuantitationType>
370      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
371                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Spot Area_Cy3"
372                                   name="Spot Area_Cy3">
373        <Descriptions_assnlist>
374          <Description text="Signal Area plus Ignored Area.">
375          </Description>
376        </Descriptions_assnlist>
377        <Channel_assnref>
378          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
379        </Channel_assnref>
380        <Scale_assn>
381          <OntologyEntry category="Scale"
382                         value="linear_scale">
383          </OntologyEntry>
384        </Scale_assn>
385        <DataType_assn>
386          <OntologyEntry category="DataType"
387                         value="integer">
388          </OntologyEntry>
389        </DataType_assn>
390      </SpecializedQuantitationType>
391      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
392                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Ignored Median_Cy3"
393                                   name="Ignored Median_Cy3">
394        <Descriptions_assnlist>
395          <Description text="Median pixel intensity computed over the local ignored region.">
396          </Description>
397        </Descriptions_assnlist>
398        <Channel_assnref>
399          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
400        </Channel_assnref>
401        <Scale_assn>
402          <OntologyEntry category="Scale"
403                         value="linear_scale">
404          </OntologyEntry>
405        </Scale_assn>
406        <DataType_assn>
407          <OntologyEntry category="DataType"
408                         value="float">
409          </OntologyEntry>
410        </DataType_assn>
411      </SpecializedQuantitationType>
412      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
413                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Area To Perimeter_Cy3"
414                                   name="Area To Perimeter_Cy3">
415        <Descriptions_assnlist>
416          <Description text="This quality measure defines the spot&apos;s circularity. Area of a spot is divided by a square of spot perimeter and multiplied by 4&amp;#960;. As a result, this measure ranges from 0 (highly non-circular shape) to 1 (a perfect circle).">
417          </Description>
418        </Descriptions_assnlist>
419        <Channel_assnref>
420          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
421        </Channel_assnref>
422        <Scale_assn>
423          <OntologyEntry category="Scale"
424                         value="linear_scale">
425          </OntologyEntry>
426        </Scale_assn>
427        <DataType_assn>
428          <OntologyEntry category="DataType"
429                         value="float">
430          </OntologyEntry>
431        </DataType_assn>
432      </SpecializedQuantitationType>
433      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
434                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Open Perimeter_Cy3"
435                                   name="Open Perimeter_Cy3">
436        <Descriptions_assnlist>
437          <Description text="Computes the proportion of signal perimeter that touches the border of rectangular snip around the spot.">
438          </Description>
439        </Descriptions_assnlist>
440        <Channel_assnref>
441          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
442        </Channel_assnref>
443        <Scale_assn>
444          <OntologyEntry category="Scale"
445                         value="linear_scale">
446          </OntologyEntry>
447        </Scale_assn>
448        <DataType_assn>
449          <OntologyEntry category="DataType"
450                         value="float">
451          </OntologyEntry>
452        </DataType_assn>
453      </SpecializedQuantitationType>
454      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
455                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:XCoord_Cy3"
456                                   name="XCoord_Cy3">
457        <Descriptions_assnlist>
458          <Description text="X coordinate (in pixels) of grid circle corresponding to the spot.">
459          </Description>
460        </Descriptions_assnlist>
461        <Channel_assnref>
462          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
463        </Channel_assnref>
464        <Scale_assn>
465          <OntologyEntry category="Scale"
466                         value="linear_scale">
467          </OntologyEntry>
468        </Scale_assn>
469        <DataType_assn>
470          <OntologyEntry category="DataType"
471                         value="float">
472          </OntologyEntry>
473        </DataType_assn>
474      </SpecializedQuantitationType>
475      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
476                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:YCoord_Cy3"
477                                   name="YCoord_Cy3">
478        <Descriptions_assnlist>
479          <Description text="Y coordinate (in pixels) of grid circle corresponding to the spot.">
480          </Description>
481        </Descriptions_assnlist>
482        <Channel_assnref>
483          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
484        </Channel_assnref>
485        <Scale_assn>
486          <OntologyEntry category="Scale"
487                         value="linear_scale">
488          </OntologyEntry>
489        </Scale_assn>
490        <DataType_assn>
491          <OntologyEntry category="DataType"
492                         value="float">
493          </OntologyEntry>
494        </DataType_assn>
495      </SpecializedQuantitationType>
496      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
497                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Diameter_Cy3"
498                                   name="Diameter_Cy3">
499        <Descriptions_assnlist>
500          <Description text="Diameter (in pixels) of grid circle corresponding to the spot.">
501          </Description>
502        </Descriptions_assnlist>
503        <Channel_assnref>
504          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
505        </Channel_assnref>
506        <Scale_assn>
507          <OntologyEntry category="Scale"
508                         value="linear_scale">
509          </OntologyEntry>
510        </Scale_assn>
511        <DataType_assn>
512          <OntologyEntry category="DataType"
513                         value="integer">
514          </OntologyEntry>
515        </DataType_assn>
516      </SpecializedQuantitationType>
517      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
518                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Position offset_Cy3"
519                                   name="Position offset_Cy3">
520        <Descriptions_assnlist>
521          <Description text="Offset (in pixels) of the center of the grid circle from the expected position in the grid.">
522          </Description>
523        </Descriptions_assnlist>
524        <Channel_assnref>
525          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
526        </Channel_assnref>
527        <Scale_assn>
528          <OntologyEntry category="Scale"
529                         value="linear_scale">
530          </OntologyEntry>
531        </Scale_assn>
532        <DataType_assn>
533          <OntologyEntry category="DataType"
534                         value="float">
535          </OntologyEntry>
536        </DataType_assn>
537      </SpecializedQuantitationType>
538      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
539                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Offset X_Cy3"
540                                   name="Offset X_Cy3">
541        <Descriptions_assnlist>
542          <Description text="X Offset (in pixels) of the center of the grid circle from the expected position in the grid.">
543          </Description>
544        </Descriptions_assnlist>
545        <Channel_assnref>
546          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
547        </Channel_assnref>
548        <Scale_assn>
549          <OntologyEntry category="Scale"
550                         value="linear_scale">
551          </OntologyEntry>
552        </Scale_assn>
553        <DataType_assn>
554          <OntologyEntry category="DataType"
555                         value="float">
556          </OntologyEntry>
557        </DataType_assn>
558      </SpecializedQuantitationType>
559      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
560                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Offset Y_Cy3"
561                                   name="Offset Y_Cy3">
562        <Descriptions_assnlist>
563          <Description text="Y Offset (in pixels) of the center of the grid circle from the expected position in the grid.">
564          </Description>
565        </Descriptions_assnlist>
566        <Channel_assnref>
567          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
568        </Channel_assnref>
569        <Scale_assn>
570          <OntologyEntry category="Scale"
571                         value="linear_scale">
572          </OntologyEntry>
573        </Scale_assn>
574        <DataType_assn>
575          <OntologyEntry category="DataType"
576                         value="float">
577          </OntologyEntry>
578        </DataType_assn>
579      </SpecializedQuantitationType>
580      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
581                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Expected X_Cy3"
582                                   name="Expected X_Cy3">
583        <Descriptions_assnlist>
584          <Description text="X coordinate of expected position of the circle in the grid. Expected position in the grid is computed fitting least square lines to circle centers in every row and column.">
585          </Description>
586        </Descriptions_assnlist>
587        <Channel_assnref>
588          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
589        </Channel_assnref>
590        <Scale_assn>
591          <OntologyEntry category="Scale"
592                         value="linear_scale">
593          </OntologyEntry>
594        </Scale_assn>
595        <DataType_assn>
596          <OntologyEntry category="DataType"
597                         value="float">
598          </OntologyEntry>
599        </DataType_assn>
600      </SpecializedQuantitationType>
601      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
602                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Expected Y_Cy3"
603                                   name="Expected Y_Cy3">
604        <Descriptions_assnlist>
605          <Description text="Y coordinate of expected position of the circle in the grid. Expected position in the grid is computed fitting least square lines to circle centers in every row and column.">
606          </Description>
607        </Descriptions_assnlist>
608        <Channel_assnref>
609          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
610        </Channel_assnref>
611        <Scale_assn>
612          <OntologyEntry category="Scale"
613                         value="linear_scale">
614          </OntologyEntry>
615        </Scale_assn>
616        <DataType_assn>
617          <OntologyEntry category="DataType"
618                         value="float">
619          </OntologyEntry>
620        </DataType_assn>
621      </SpecializedQuantitationType>
622      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
623                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM-X_Cy3"
624                                   name="CM-X_Cy3">
625        <Descriptions_assnlist>
626          <Description text="X coordinate of the center of the mass of spot&apos;s signal region.">
627          </Description>
628        </Descriptions_assnlist>
629        <Channel_assnref>
630          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
631        </Channel_assnref>
632        <Scale_assn>
633          <OntologyEntry category="Scale"
634                         value="linear_scale">
635          </OntologyEntry>
636        </Scale_assn>
637        <DataType_assn>
638          <OntologyEntry category="DataType"
639                         value="float">
640          </OntologyEntry>
641        </DataType_assn>
642      </SpecializedQuantitationType>
643      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
644                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM-Y_Cy3"
645                                   name="CM-Y_Cy3">
646        <Descriptions_assnlist>
647          <Description text="Y coordinate of the center of the mass of spot&apos;s signal region.">
648          </Description>
649        </Descriptions_assnlist>
650        <Channel_assnref>
651          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
652        </Channel_assnref>
653        <Scale_assn>
654          <OntologyEntry category="Scale"
655                         value="linear_scale">
656          </OntologyEntry>
657        </Scale_assn>
658        <DataType_assn>
659          <OntologyEntry category="DataType"
660                         value="float">
661          </OntologyEntry>
662        </DataType_assn>
663      </SpecializedQuantitationType>
664      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
665                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM Offset_Cy3"
666                                   name="CM Offset_Cy3">
667        <Descriptions_assnlist>
668          <Description text="Offset (in pixels) of the spot&apos;s center of the mass from the expected position in the grid.">
669          </Description>
670        </Descriptions_assnlist>
671        <Channel_assnref>
672          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
673        </Channel_assnref>
674        <Scale_assn>
675          <OntologyEntry category="Scale"
676                         value="linear_scale">
677          </OntologyEntry>
678        </Scale_assn>
679        <DataType_assn>
680          <OntologyEntry category="DataType"
681                         value="float">
682          </OntologyEntry>
683        </DataType_assn>
684      </SpecializedQuantitationType>
685      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
686                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM Offset-X_Cy3"
687                                   name="CM Offset-X_Cy3">
688        <Descriptions_assnlist>
689          <Description text="X offset (in pixels) of the spot&apos;s center of the mass from the expected position in the grid.">
690          </Description>
691        </Descriptions_assnlist>
692        <Channel_assnref>
693          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
694        </Channel_assnref>
695        <Scale_assn>
696          <OntologyEntry category="Scale"
697                         value="linear_scale">
698          </OntologyEntry>
699        </Scale_assn>
700        <DataType_assn>
701          <OntologyEntry category="DataType"
702                         value="float">
703          </OntologyEntry>
704        </DataType_assn>
705      </SpecializedQuantitationType>
706      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
707                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM Offset-Y_Cy3"
708                                   name="CM Offset-Y_Cy3">
709        <Descriptions_assnlist>
710          <Description text="Y offset (in pixels) of the spot&apos;s center of the mass from the expected position in the grid.">
711          </Description>
712        </Descriptions_assnlist>
713        <Channel_assnref>
714          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
715        </Channel_assnref>
716        <Scale_assn>
717          <OntologyEntry category="Scale"
718                         value="linear_scale">
719          </OntologyEntry>
720        </Scale_assn>
721        <DataType_assn>
722          <OntologyEntry category="DataType"
723                         value="float">
724          </OntologyEntry>
725        </DataType_assn>
726      </SpecializedQuantitationType>
727      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
728                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Min Diam_Cy3"
729                                   name="Min Diam_Cy3">
730        <Descriptions_assnlist>
731          <Description text="Diameter of the circle inscribed into the spot&apos;s signal region.">
732          </Description>
733        </Descriptions_assnlist>
734        <Channel_assnref>
735          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
736        </Channel_assnref>
737        <Scale_assn>
738          <OntologyEntry category="Scale"
739                         value="linear_scale">
740          </OntologyEntry>
741        </Scale_assn>
742        <DataType_assn>
743          <OntologyEntry category="DataType"
744                         value="float">
745          </OntologyEntry>
746        </DataType_assn>
747      </SpecializedQuantitationType>
748      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
749                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Max Diam_Cy3"
750                                   name="Max Diam_Cy3">
751        <Descriptions_assnlist>
752          <Description text="Diameter of the circle, the spot&apos;s signal region can be inscribed in.">
753          </Description>
754        </Descriptions_assnlist>
755        <Channel_assnref>
756          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
757        </Channel_assnref>
758        <Scale_assn>
759          <OntologyEntry category="Scale"
760                         value="linear_scale">
761          </OntologyEntry>
762        </Scale_assn>
763        <DataType_assn>
764          <OntologyEntry category="DataType"
765                         value="float">
766          </OntologyEntry>
767        </DataType_assn>
768      </SpecializedQuantitationType>
769      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
770                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Control_Cy3"
771                                   name="Control_Cy3">
772        <Descriptions_assnlist>
773          <Description text="Name of a control type for current spot (no name means the spot is not a control spot).">
774          </Description>
775        </Descriptions_assnlist>
776        <Channel_assnref>
777          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
778        </Channel_assnref>
779        <Scale_assn>
780          <OntologyEntry category="Scale"
781                         value="unscaled">
782          </OntologyEntry>
783        </Scale_assn>
784        <DataType_assn>
785          <OntologyEntry category="DataType"
786                         value="string_datatype">
787          </OntologyEntry>
788        </DataType_assn>
789      </SpecializedQuantitationType>
790      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
791                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Failed Control_Cy3"
792                                   name="Failed Control_Cy3">
793        <Descriptions_assnlist>
794          <Description text="0 if the control passed all tests, 1 if at least one of the tests failed.">
795          </Description>
796        </Descriptions_assnlist>
797        <Channel_assnref>
798          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
799        </Channel_assnref>
800        <Scale_assn>
801          <OntologyEntry category="Scale"
802                         value="linear_scale">
803          </OntologyEntry>
804        </Scale_assn>
805        <DataType_assn>
806          <OntologyEntry category="DataType"
807                         value="boolean">
808          </OntologyEntry>
809        </DataType_assn>
810      </SpecializedQuantitationType>
811      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
812                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background contamination present_Cy3"
813                                   name="Background contamination present_Cy3">
814        <Descriptions_assnlist>
815          <Description text="0 if the spot passed background contamination test, 1 if it did not.">
816          </Description>
817        </Descriptions_assnlist>
818        <Channel_assnref>
819          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
820        </Channel_assnref>
821        <Scale_assn>
822          <OntologyEntry category="Scale"
823                         value="linear_scale">
824          </OntologyEntry>
825        </Scale_assn>
826        <DataType_assn>
827          <OntologyEntry category="DataType"
828                         value="boolean">
829          </OntologyEntry>
830        </DataType_assn>
831      </SpecializedQuantitationType>
832      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
833                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal contamination present_Cy3"
834                                   name="Signal contamination present_Cy3">
835        <Descriptions_assnlist>
836          <Description text="0 if the spot passed signal contamination test, 1 if it did not.">
837          </Description>
838        </Descriptions_assnlist>
839        <Channel_assnref>
840          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
841        </Channel_assnref>
842        <Scale_assn>
843          <OntologyEntry category="Scale"
844                         value="linear_scale">
845          </OntologyEntry>
846        </Scale_assn>
847        <DataType_assn>
848          <OntologyEntry category="DataType"
849                         value="boolean">
850          </OntologyEntry>
851        </DataType_assn>
852      </SpecializedQuantitationType>
853      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
854                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Ignored % failed_Cy3"
855                                   name="Ignored % failed_Cy3">
856        <Descriptions_assnlist>
857          <Description text="0 if the spot passed ignored percentage test, 1 if it did not.">
858          </Description>
859        </Descriptions_assnlist>
860        <Channel_assnref>
861          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
862        </Channel_assnref>
863        <Scale_assn>
864          <OntologyEntry category="Scale"
865                         value="linear_scale">
866          </OntologyEntry>
867        </Scale_assn>
868        <DataType_assn>
869          <OntologyEntry category="DataType"
870                         value="boolean">
871          </OntologyEntry>
872        </DataType_assn>
873      </SpecializedQuantitationType>
874      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
875                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Open perimeter failed_Cy3"
876                                   name="Open perimeter failed_Cy3">
877        <Descriptions_assnlist>
878          <Description text="0 if the spot passed open perimeter test, 1 if it did not.">
879          </Description>
880        </Descriptions_assnlist>
881        <Channel_assnref>
882          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
883        </Channel_assnref>
884        <Scale_assn>
885          <OntologyEntry category="Scale"
886                         value="linear_scale">
887          </OntologyEntry>
888        </Scale_assn>
889        <DataType_assn>
890          <OntologyEntry category="DataType"
891                         value="boolean">
892          </OntologyEntry>
893        </DataType_assn>
894      </SpecializedQuantitationType>
895      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
896                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Shape regularity failed_Cy3"
897                                   name="Shape regularity failed_Cy3">
898        <Descriptions_assnlist>
899          <Description text="0 if the spot passed shape regularity test, 1 if it did not.">
900          </Description>
901        </Descriptions_assnlist>
902        <Channel_assnref>
903          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
904        </Channel_assnref>
905        <Scale_assn>
906          <OntologyEntry category="Scale"
907                         value="linear_scale">
908          </OntologyEntry>
909        </Scale_assn>
910        <DataType_assn>
911          <OntologyEntry category="DataType"
912                         value="boolean">
913          </OntologyEntry>
914        </DataType_assn>
915      </SpecializedQuantitationType>
916      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
917                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Perim-to-area failed_Cy3"
918                                   name="Perim-to-area failed_Cy3">
919        <Descriptions_assnlist>
920          <Description text="0 if the spot passed perimeter-to-area test, 1 if it did not.">
921          </Description>
922        </Descriptions_assnlist>
923        <Channel_assnref>
924          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
925        </Channel_assnref>
926        <Scale_assn>
927          <OntologyEntry category="Scale"
928                         value="linear_scale">
929          </OntologyEntry>
930        </Scale_assn>
931        <DataType_assn>
932          <OntologyEntry category="DataType"
933                         value="boolean">
934          </OntologyEntry>
935        </DataType_assn>
936      </SpecializedQuantitationType>
937      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
938                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Offset failed_Cy3"
939                                   name="Offset failed_Cy3">
940        <Descriptions_assnlist>
941          <Description text="0 if the spot passed offset test, 1 if it did not.">
942          </Description>
943        </Descriptions_assnlist>
944        <Channel_assnref>
945          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
946        </Channel_assnref>
947        <Scale_assn>
948          <OntologyEntry category="Scale"
949                         value="linear_scale">
950          </OntologyEntry>
951        </Scale_assn>
952        <DataType_assn>
953          <OntologyEntry category="DataType"
954                         value="boolean">
955          </OntologyEntry>
956        </DataType_assn>
957      </SpecializedQuantitationType>
958      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
959                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Empty spot_Cy3"
960                                   name="Empty spot_Cy3">
961        <Descriptions_assnlist>
962          <Description text="0 if the spot passed offset test, 1 if it did not.">
963          </Description>
964        </Descriptions_assnlist>
965        <Channel_assnref>
966          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
967        </Channel_assnref>
968        <Scale_assn>
969          <OntologyEntry category="Scale"
970                         value="linear_scale">
971          </OntologyEntry>
972        </Scale_assn>
973        <DataType_assn>
974          <OntologyEntry category="DataType"
975                         value="boolean">
976          </OntologyEntry>
977        </DataType_assn>
978      </SpecializedQuantitationType>
979      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
980                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Negative spot_Cy3"
981                                   name="Negative spot_Cy3">
982        <Descriptions_assnlist>
983          <Description text="1 if the spot was qualified as negative, 0 if it was not.">
984          </Description>
985        </Descriptions_assnlist>
986        <Channel_assnref>
987          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
988        </Channel_assnref>
989        <Scale_assn>
990          <OntologyEntry category="Scale"
991                         value="linear_scale">
992          </OntologyEntry>
993        </Scale_assn>
994        <DataType_assn>
995          <OntologyEntry category="DataType"
996                         value="boolean">
997          </OntologyEntry>
998        </DataType_assn>
999      </SpecializedQuantitationType>
1000      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1001                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Selected spot_Cy3"
1002                                   name="Selected spot_Cy3">
1003        <Descriptions_assnlist>
1004          <Description text="1 if the spot was selected in the software view at time of save, 0 if not.">
1005          </Description>
1006        </Descriptions_assnlist>
1007        <Channel_assnref>
1008          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
1009        </Channel_assnref>
1010        <Scale_assn>
1011          <OntologyEntry category="Scale"
1012                         value="linear_scale">
1013          </OntologyEntry>
1014        </Scale_assn>
1015        <DataType_assn>
1016          <OntologyEntry category="DataType"
1017                         value="boolean">
1018          </OntologyEntry>
1019        </DataType_assn>
1020      </SpecializedQuantitationType>
1021      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1022                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Saturated spot_Cy3"
1023                                   name="Saturated spot_Cy3">
1024        <Descriptions_assnlist>
1025          <Description text="1 if the spot was qualified as saturated, 0 if it was not.">
1026          </Description>
1027        </Descriptions_assnlist>
1028        <Channel_assnref>
1029          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
1030        </Channel_assnref>
1031        <Scale_assn>
1032          <OntologyEntry category="Scale"
1033                         value="linear_scale">
1034          </OntologyEntry>
1035        </Scale_assn>
1036        <DataType_assn>
1037          <OntologyEntry category="DataType"
1038                         value="boolean">
1039          </OntologyEntry>
1040        </DataType_assn>
1041      </SpecializedQuantitationType>
1042      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1043                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Flag_Cy5"
1044                                   name="Flag_Cy5">
1045        <Descriptions_assnlist>
1046          <Description text="Numeric code for the spot (0 - no flag, flag codes 1,...,7).">
1047          </Description>
1048        </Descriptions_assnlist>
1049        <Channel_assnref>
1050          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1051        </Channel_assnref>
1052        <Scale_assn>
1053          <OntologyEntry category="Scale"
1054                         value="linear_scale">
1055          </OntologyEntry>
1056        </Scale_assn>
1057        <DataType_assn>
1058          <OntologyEntry category="DataType"
1059                         value="integer">
1060          </OntologyEntry>
1061        </DataType_assn>
1062      </SpecializedQuantitationType>
1063      <MeasuredSignal isBackground="0"
1064                      identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Mean_Cy5"
1065                      name="Signal Mean_Cy5">
1066        <Descriptions_assnlist>
1067          <Description text="Pixel intensity averaged over the local signal region.">
1068          </Description>
1069        </Descriptions_assnlist>
1070        <Channel_assnref>
1071          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1072        </Channel_assnref>
1073        <Scale_assn>
1074          <OntologyEntry category="Scale"
1075                         value="linear_scale">
1076          </OntologyEntry>
1077        </Scale_assn>
1078        <DataType_assn>
1079          <OntologyEntry category="DataType"
1080                         value="float">
1081          </OntologyEntry>
1082        </DataType_assn>
1083        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
1084          <Error_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Stdev_Cy5"/>
1085        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
1086      </MeasuredSignal>
1087      <Error isBackground="0"
1088             identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Stdev_Cy5"
1089             name="Signal Stdev_Cy5">
1090        <Descriptions_assnlist>
1091          <Description text="Standard deviation of pixel intensities over the local signal region.">
1092          </Description>
1093        </Descriptions_assnlist>
1094        <Channel_assnref>
1095          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1096        </Channel_assnref>
1097        <Scale_assn>
1098          <OntologyEntry category="Scale"
1099                         value="linear_scale">
1100          </OntologyEntry>
1101        </Scale_assn>
1102        <DataType_assn>
1103          <OntologyEntry category="DataType"
1104                         value="float">
1105          </OntologyEntry>
1106        </DataType_assn>
1107        <TargetQuantitationType_assnref>
1108          <MeasuredSignal_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Mean_Cy5"/>
1109        </TargetQuantitationType_assnref>
1110      </Error>
1111      <MeasuredSignal isBackground="1"
1112                      identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Mean_Cy5"
1113                      name="Background Mean_Cy5">
1114        <Descriptions_assnlist>
1115          <Description text="Pixel intensity averaged over the local background region.">
1116          </Description>
1117        </Descriptions_assnlist>
1118        <Channel_assnref>
1119          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1120        </Channel_assnref>
1121        <Scale_assn>
1122          <OntologyEntry category="Scale"
1123                         value="linear_scale">
1124          </OntologyEntry>
1125        </Scale_assn>
1126        <DataType_assn>
1127          <OntologyEntry category="DataType"
1128                         value="float">
1129          </OntologyEntry>
1130        </DataType_assn>
1131        <ConfidenceIndicators_assnreflist>
1132          <Error_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Stdev_Cy5"/>
1133        </ConfidenceIndicators_assnreflist>
1134      </MeasuredSignal>
1135      <Error isBackground="1"
1136             identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Stdev_Cy5"
1137             name="Background Stdev_Cy5">
1138        <Descriptions_assnlist>
1139          <Description text="Standard deviation of pixel intensities over the local background region.">
1140          </Description>
1141        </Descriptions_assnlist>
1142        <Channel_assnref>
1143          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1144        </Channel_assnref>
1145        <Scale_assn>
1146          <OntologyEntry category="Scale"
1147                         value="linear_scale">
1148          </OntologyEntry>
1149        </Scale_assn>
1150        <DataType_assn>
1151          <OntologyEntry category="DataType"
1152                         value="float">
1153          </OntologyEntry>
1154        </DataType_assn>
1155        <TargetQuantitationType_assnref>
1156          <MeasuredSignal_ref identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Mean_Cy5"/>
1157        </TargetQuantitationType_assnref>
1158      </Error>
1159      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1160                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Median_Cy5"
1161                                   name="Signal Median_Cy5">
1162        <Descriptions_assnlist>
1163          <Description text="Median pixel intensity computed over the local signal region.">
1164          </Description>
1165        </Descriptions_assnlist>
1166        <Channel_assnref>
1167          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1168        </Channel_assnref>
1169        <Scale_assn>
1170          <OntologyEntry category="Scale"
1171                         value="linear_scale">
1172          </OntologyEntry>
1173        </Scale_assn>
1174        <DataType_assn>
1175          <OntologyEntry category="DataType"
1176                         value="float">
1177          </OntologyEntry>
1178        </DataType_assn>
1179      </SpecializedQuantitationType>
1180      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
1181                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Median_Cy5"
1182                                   name="Background Median_Cy5">
1183        <Descriptions_assnlist>
1184          <Description text="Median pixel intensity computed over the local background region.">
1185          </Description>
1186        </Descriptions_assnlist>
1187        <Channel_assnref>
1188          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1189        </Channel_assnref>
1190        <Scale_assn>
1191          <OntologyEntry category="Scale"
1192                         value="linear_scale">
1193          </OntologyEntry>
1194        </Scale_assn>
1195        <DataType_assn>
1196          <OntologyEntry category="DataType"
1197                         value="float">
1198          </OntologyEntry>
1199        </DataType_assn>
1200      </SpecializedQuantitationType>
1201      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1202                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Mode_Cy5"
1203                                   name="Signal Mode_Cy5">
1204        <Descriptions_assnlist>
1205          <Description text="Mode pixel intensity computed over the local signal region (mode corresponds to the peak location in intensity distribution).">
1206          </Description>
1207        </Descriptions_assnlist>
1208        <Channel_assnref>
1209          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1210        </Channel_assnref>
1211        <Scale_assn>
1212          <OntologyEntry category="Scale"
1213                         value="linear_scale">
1214          </OntologyEntry>
1215        </Scale_assn>
1216        <DataType_assn>
1217          <OntologyEntry category="DataType"
1218                         value="float">
1219          </OntologyEntry>
1220        </DataType_assn>
1221      </SpecializedQuantitationType>
1222      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
1223                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Mode_Cy5"
1224                                   name="Background Mode_Cy5">
1225        <Descriptions_assnlist>
1226          <Description text="Mode pixel intensity computed over the local background region.">
1227          </Description>
1228        </Descriptions_assnlist>
1229        <Channel_assnref>
1230          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1231        </Channel_assnref>
1232        <Scale_assn>
1233          <OntologyEntry category="Scale"
1234                         value="linear_scale">
1235          </OntologyEntry>
1236        </Scale_assn>
1237        <DataType_assn>
1238          <OntologyEntry category="DataType"
1239                         value="float">
1240          </OntologyEntry>
1241        </DataType_assn>
1242      </SpecializedQuantitationType>
1243      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1244                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Area_Cy5"
1245                                   name="Signal Area_Cy5">
1246        <Descriptions_assnlist>
1247          <Description text="Number of pixels in the local signal region.">
1248          </Description>
1249        </Descriptions_assnlist>
1250        <Channel_assnref>
1251          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1252        </Channel_assnref>
1253        <Scale_assn>
1254          <OntologyEntry category="Scale"
1255                         value="linear_scale">
1256          </OntologyEntry>
1257        </Scale_assn>
1258        <DataType_assn>
1259          <OntologyEntry category="DataType"
1260                         value="integer">
1261          </OntologyEntry>
1262        </DataType_assn>
1263      </SpecializedQuantitationType>
1264      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
1265                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Area_Cy5"
1266                                   name="Background Area_Cy5">
1267        <Descriptions_assnlist>
1268          <Description text="Number of pixels in the local background region.">
1269          </Description>
1270        </Descriptions_assnlist>
1271        <Channel_assnref>
1272          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1273        </Channel_assnref>
1274        <Scale_assn>
1275          <OntologyEntry category="Scale"
1276                         value="linear_scale">
1277          </OntologyEntry>
1278        </Scale_assn>
1279        <DataType_assn>
1280          <OntologyEntry category="DataType"
1281                         value="integer">
1282          </OntologyEntry>
1283        </DataType_assn>
1284      </SpecializedQuantitationType>
1285      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1286                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal Total_Cy5"
1287                                   name="Signal Total_Cy5">
1288        <Descriptions_assnlist>
1289          <Description text="Total pixel intensity summed over the local signal region.">
1290          </Description>
1291        </Descriptions_assnlist>
1292        <Channel_assnref>
1293          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1294        </Channel_assnref>
1295        <Scale_assn>
1296          <OntologyEntry category="Scale"
1297                         value="linear_scale">
1298          </OntologyEntry>
1299        </Scale_assn>
1300        <DataType_assn>
1301          <OntologyEntry category="DataType"
1302                         value="integer">
1303          </OntologyEntry>
1304        </DataType_assn>
1305      </SpecializedQuantitationType>
1306      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
1307                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background Total_Cy5"
1308                                   name="Background Total_Cy5">
1309        <Descriptions_assnlist>
1310          <Description text="Total pixel intensity summed over the local background region.">
1311          </Description>
1312        </Descriptions_assnlist>
1313        <Channel_assnref>
1314          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1315        </Channel_assnref>
1316        <Scale_assn>
1317          <OntologyEntry category="Scale"
1318                         value="linear_scale">
1319          </OntologyEntry>
1320        </Scale_assn>
1321        <DataType_assn>
1322          <OntologyEntry category="DataType"
1323                         value="integer">
1324          </OntologyEntry>
1325        </DataType_assn>
1326      </SpecializedQuantitationType>
1327      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1328                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Shape Regularity_Cy5"
1329                                   name="Shape Regularity_Cy5">
1330        <Descriptions_assnlist>
1331          <Description text="The signal area of a spot is inscribed into a circle, then the number of non-signal pixels that fall within this circle is computed and divided by area of circle. This ratio is subtracted from 1 to give the Shape Regularity.">
1332          </Description>
1333        </Descriptions_assnlist>
1334        <Channel_assnref>
1335          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1336        </Channel_assnref>
1337        <Scale_assn>
1338          <OntologyEntry category="Scale"
1339                         value="linear_scale">
1340          </OntologyEntry>
1341        </Scale_assn>
1342        <DataType_assn>
1343          <OntologyEntry category="DataType"
1344                         value="float">
1345          </OntologyEntry>
1346        </DataType_assn>
1347      </SpecializedQuantitationType>
1348      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1349                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Ignored Area_Cy5"
1350                                   name="Ignored Area_Cy5">
1351        <Descriptions_assnlist>
1352          <Description text="Area of ignored regions directly neighboring (&quot;touching&quot;) the signal area is computed.">
1353          </Description>
1354        </Descriptions_assnlist>
1355        <Channel_assnref>
1356          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1357        </Channel_assnref>
1358        <Scale_assn>
1359          <OntologyEntry category="Scale"
1360                         value="linear_scale">
1361          </OntologyEntry>
1362        </Scale_assn>
1363        <DataType_assn>
1364          <OntologyEntry category="DataType"
1365                         value="integer">
1366          </OntologyEntry>
1367        </DataType_assn>
1368      </SpecializedQuantitationType>
1369      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1370                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Spot Area_Cy5"
1371                                   name="Spot Area_Cy5">
1372        <Descriptions_assnlist>
1373          <Description text="Signal Area plus Ignored Area.">
1374          </Description>
1375        </Descriptions_assnlist>
1376        <Channel_assnref>
1377          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1378        </Channel_assnref>
1379        <Scale_assn>
1380          <OntologyEntry category="Scale"
1381                         value="linear_scale">
1382          </OntologyEntry>
1383        </Scale_assn>
1384        <DataType_assn>
1385          <OntologyEntry category="DataType"
1386                         value="integer">
1387          </OntologyEntry>
1388        </DataType_assn>
1389      </SpecializedQuantitationType>
1390      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1391                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Ignored Median_Cy5"
1392                                   name="Ignored Median_Cy5">
1393        <Descriptions_assnlist>
1394          <Description text="Median pixel intensity computed over the local ignored region.">
1395          </Description>
1396        </Descriptions_assnlist>
1397        <Channel_assnref>
1398          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1399        </Channel_assnref>
1400        <Scale_assn>
1401          <OntologyEntry category="Scale"
1402                         value="linear_scale">
1403          </OntologyEntry>
1404        </Scale_assn>
1405        <DataType_assn>
1406          <OntologyEntry category="DataType"
1407                         value="float">
1408          </OntologyEntry>
1409        </DataType_assn>
1410      </SpecializedQuantitationType>
1411      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1412                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Area To Perimeter_Cy5"
1413                                   name="Area To Perimeter_Cy5">
1414        <Descriptions_assnlist>
1415          <Description text="This quality measure defines the spot&apos;s circularity. Area of a spot is divided by a square of spot perimeter and multiplied by 4&amp;#960;. As a result, this measure ranges from 0 (highly non-circular shape) to 1 (a perfect circle).">
1416          </Description>
1417        </Descriptions_assnlist>
1418        <Channel_assnref>
1419          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1420        </Channel_assnref>
1421        <Scale_assn>
1422          <OntologyEntry category="Scale"
1423                         value="linear_scale">
1424          </OntologyEntry>
1425        </Scale_assn>
1426        <DataType_assn>
1427          <OntologyEntry category="DataType"
1428                         value="float">
1429          </OntologyEntry>
1430        </DataType_assn>
1431      </SpecializedQuantitationType>
1432      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1433                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Open Perimeter_Cy5"
1434                                   name="Open Perimeter_Cy5">
1435        <Descriptions_assnlist>
1436          <Description text="Computes the proportion of signal perimeter that touches the border of rectangular snip around the spot.">
1437          </Description>
1438        </Descriptions_assnlist>
1439        <Channel_assnref>
1440          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1441        </Channel_assnref>
1442        <Scale_assn>
1443          <OntologyEntry category="Scale"
1444                         value="linear_scale">
1445          </OntologyEntry>
1446        </Scale_assn>
1447        <DataType_assn>
1448          <OntologyEntry category="DataType"
1449                         value="float">
1450          </OntologyEntry>
1451        </DataType_assn>
1452      </SpecializedQuantitationType>
1453      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1454                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:XCoord_Cy5"
1455                                   name="XCoord_Cy5">
1456        <Descriptions_assnlist>
1457          <Description text="X coordinate (in pixels) of grid circle corresponding to the spot.">
1458          </Description>
1459        </Descriptions_assnlist>
1460        <Channel_assnref>
1461          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1462        </Channel_assnref>
1463        <Scale_assn>
1464          <OntologyEntry category="Scale"
1465                         value="linear_scale">
1466          </OntologyEntry>
1467        </Scale_assn>
1468        <DataType_assn>
1469          <OntologyEntry category="DataType"
1470                         value="float">
1471          </OntologyEntry>
1472        </DataType_assn>
1473      </SpecializedQuantitationType>
1474      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1475                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:YCoord_Cy5"
1476                                   name="YCoord_Cy5">
1477        <Descriptions_assnlist>
1478          <Description text="Y coordinate (in pixels) of grid circle corresponding to the spot.">
1479          </Description>
1480        </Descriptions_assnlist>
1481        <Channel_assnref>
1482          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1483        </Channel_assnref>
1484        <Scale_assn>
1485          <OntologyEntry category="Scale"
1486                         value="linear_scale">
1487          </OntologyEntry>
1488        </Scale_assn>
1489        <DataType_assn>
1490          <OntologyEntry category="DataType"
1491                         value="float">
1492          </OntologyEntry>
1493        </DataType_assn>
1494      </SpecializedQuantitationType>
1495      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1496                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Diameter_Cy5"
1497                                   name="Diameter_Cy5">
1498        <Descriptions_assnlist>
1499          <Description text="Diameter (in pixels) of grid circle corresponding to the spot.">
1500          </Description>
1501        </Descriptions_assnlist>
1502        <Channel_assnref>
1503          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1504        </Channel_assnref>
1505        <Scale_assn>
1506          <OntologyEntry category="Scale"
1507                         value="linear_scale">
1508          </OntologyEntry>
1509        </Scale_assn>
1510        <DataType_assn>
1511          <OntologyEntry category="DataType"
1512                         value="integer">
1513          </OntologyEntry>
1514        </DataType_assn>
1515      </SpecializedQuantitationType>
1516      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1517                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Position offset_Cy5"
1518                                   name="Position offset_Cy5">
1519        <Descriptions_assnlist>
1520          <Description text="Offset (in pixels) of the center of the grid circle from the expected position in the grid.">
1521          </Description>
1522        </Descriptions_assnlist>
1523        <Channel_assnref>
1524          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1525        </Channel_assnref>
1526        <Scale_assn>
1527          <OntologyEntry category="Scale"
1528                         value="linear_scale">
1529          </OntologyEntry>
1530        </Scale_assn>
1531        <DataType_assn>
1532          <OntologyEntry category="DataType"
1533                         value="float">
1534          </OntologyEntry>
1535        </DataType_assn>
1536      </SpecializedQuantitationType>
1537      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1538                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Offset X_Cy5"
1539                                   name="Offset X_Cy5">
1540        <Descriptions_assnlist>
1541          <Description text="X Offset (in pixels) of the center of the grid circle from the expected position in the grid.">
1542          </Description>
1543        </Descriptions_assnlist>
1544        <Channel_assnref>
1545          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1546        </Channel_assnref>
1547        <Scale_assn>
1548          <OntologyEntry category="Scale"
1549                         value="linear_scale">
1550          </OntologyEntry>
1551        </Scale_assn>
1552        <DataType_assn>
1553          <OntologyEntry category="DataType"
1554                         value="float">
1555          </OntologyEntry>
1556        </DataType_assn>
1557      </SpecializedQuantitationType>
1558      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1559                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Offset Y_Cy5"
1560                                   name="Offset Y_Cy5">
1561        <Descriptions_assnlist>
1562          <Description text="Y Offset (in pixels) of the center of the grid circle from the expected position in the grid.">
1563          </Description>
1564        </Descriptions_assnlist>
1565        <Channel_assnref>
1566          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1567        </Channel_assnref>
1568        <Scale_assn>
1569          <OntologyEntry category="Scale"
1570                         value="linear_scale">
1571          </OntologyEntry>
1572        </Scale_assn>
1573        <DataType_assn>
1574          <OntologyEntry category="DataType"
1575                         value="float">
1576          </OntologyEntry>
1577        </DataType_assn>
1578      </SpecializedQuantitationType>
1579      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1580                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Expected X_Cy5"
1581                                   name="Expected X_Cy5">
1582        <Descriptions_assnlist>
1583          <Description text="X coordinate of expected position of the circle in the grid. Expected position in the grid is computed fitting least square lines to circle centers in every row and column.">
1584          </Description>
1585        </Descriptions_assnlist>
1586        <Channel_assnref>
1587          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1588        </Channel_assnref>
1589        <Scale_assn>
1590          <OntologyEntry category="Scale"
1591                         value="linear_scale">
1592          </OntologyEntry>
1593        </Scale_assn>
1594        <DataType_assn>
1595          <OntologyEntry category="DataType"
1596                         value="float">
1597          </OntologyEntry>
1598        </DataType_assn>
1599      </SpecializedQuantitationType>
1600      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1601                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Expected Y_Cy5"
1602                                   name="Expected Y_Cy5">
1603        <Descriptions_assnlist>
1604          <Description text="Y coordinate of expected position of the circle in the grid. Expected position in the grid is computed fitting least square lines to circle centers in every row and column.">
1605          </Description>
1606        </Descriptions_assnlist>
1607        <Channel_assnref>
1608          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1609        </Channel_assnref>
1610        <Scale_assn>
1611          <OntologyEntry category="Scale"
1612                         value="linear_scale">
1613          </OntologyEntry>
1614        </Scale_assn>
1615        <DataType_assn>
1616          <OntologyEntry category="DataType"
1617                         value="float">
1618          </OntologyEntry>
1619        </DataType_assn>
1620      </SpecializedQuantitationType>
1621      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1622                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM-X_Cy5"
1623                                   name="CM-X_Cy5">
1624        <Descriptions_assnlist>
1625          <Description text="X coordinate of the center of the mass of spot&apos;s signal region.">
1626          </Description>
1627        </Descriptions_assnlist>
1628        <Channel_assnref>
1629          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1630        </Channel_assnref>
1631        <Scale_assn>
1632          <OntologyEntry category="Scale"
1633                         value="linear_scale">
1634          </OntologyEntry>
1635        </Scale_assn>
1636        <DataType_assn>
1637          <OntologyEntry category="DataType"
1638                         value="float">
1639          </OntologyEntry>
1640        </DataType_assn>
1641      </SpecializedQuantitationType>
1642      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1643                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM-Y_Cy5"
1644                                   name="CM-Y_Cy5">
1645        <Descriptions_assnlist>
1646          <Description text="Y coordinate of the center of the mass of spot&apos;s signal region.">
1647          </Description>
1648        </Descriptions_assnlist>
1649        <Channel_assnref>
1650          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1651        </Channel_assnref>
1652        <Scale_assn>
1653          <OntologyEntry category="Scale"
1654                         value="linear_scale">
1655          </OntologyEntry>
1656        </Scale_assn>
1657        <DataType_assn>
1658          <OntologyEntry category="DataType"
1659                         value="float">
1660          </OntologyEntry>
1661        </DataType_assn>
1662      </SpecializedQuantitationType>
1663      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1664                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM Offset_Cy5"
1665                                   name="CM Offset_Cy5">
1666        <Descriptions_assnlist>
1667          <Description text="Offset (in pixels) of the spot&apos;s center of the mass from the expected position in the grid.">
1668          </Description>
1669        </Descriptions_assnlist>
1670        <Channel_assnref>
1671          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1672        </Channel_assnref>
1673        <Scale_assn>
1674          <OntologyEntry category="Scale"
1675                         value="linear_scale">
1676          </OntologyEntry>
1677        </Scale_assn>
1678        <DataType_assn>
1679          <OntologyEntry category="DataType"
1680                         value="float">
1681          </OntologyEntry>
1682        </DataType_assn>
1683      </SpecializedQuantitationType>
1684      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1685                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM Offset-X_Cy5"
1686                                   name="CM Offset-X_Cy5">
1687        <Descriptions_assnlist>
1688          <Description text="X offset (in pixels) of the spot&apos;s center of the mass from the expected position in the grid.">
1689          </Description>
1690        </Descriptions_assnlist>
1691        <Channel_assnref>
1692          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1693        </Channel_assnref>
1694        <Scale_assn>
1695          <OntologyEntry category="Scale"
1696                         value="linear_scale">
1697          </OntologyEntry>
1698        </Scale_assn>
1699        <DataType_assn>
1700          <OntologyEntry category="DataType"
1701                         value="float">
1702          </OntologyEntry>
1703        </DataType_assn>
1704      </SpecializedQuantitationType>
1705      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1706                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:CM Offset-Y_Cy5"
1707                                   name="CM Offset-Y_Cy5">
1708        <Descriptions_assnlist>
1709          <Description text="Y offset (in pixels) of the spot&apos;s center of the mass from the expected position in the grid.">
1710          </Description>
1711        </Descriptions_assnlist>
1712        <Channel_assnref>
1713          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1714        </Channel_assnref>
1715        <Scale_assn>
1716          <OntologyEntry category="Scale"
1717                         value="linear_scale">
1718          </OntologyEntry>
1719        </Scale_assn>
1720        <DataType_assn>
1721          <OntologyEntry category="DataType"
1722                         value="float">
1723          </OntologyEntry>
1724        </DataType_assn>
1725      </SpecializedQuantitationType>
1726      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1727                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Min Diam_Cy5"
1728                                   name="Min Diam_Cy5">
1729        <Descriptions_assnlist>
1730          <Description text="Diameter of the circle inscribed into the spot&apos;s signal region.">
1731          </Description>
1732        </Descriptions_assnlist>
1733        <Channel_assnref>
1734          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1735        </Channel_assnref>
1736        <Scale_assn>
1737          <OntologyEntry category="Scale"
1738                         value="linear_scale">
1739          </OntologyEntry>
1740        </Scale_assn>
1741        <DataType_assn>
1742          <OntologyEntry category="DataType"
1743                         value="float">
1744          </OntologyEntry>
1745        </DataType_assn>
1746      </SpecializedQuantitationType>
1747      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1748                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Max Diam_Cy5"
1749                                   name="Max Diam_Cy5">
1750        <Descriptions_assnlist>
1751          <Description text="Diameter of the circle, the spot&apos;s signal region can be inscribed in.">
1752          </Description>
1753        </Descriptions_assnlist>
1754        <Channel_assnref>
1755          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1756        </Channel_assnref>
1757        <Scale_assn>
1758          <OntologyEntry category="Scale"
1759                         value="linear_scale">
1760          </OntologyEntry>
1761        </Scale_assn>
1762        <DataType_assn>
1763          <OntologyEntry category="DataType"
1764                         value="float">
1765          </OntologyEntry>
1766        </DataType_assn>
1767      </SpecializedQuantitationType>
1768      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1769                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Control_Cy5"
1770                                   name="Control_Cy5">
1771        <Descriptions_assnlist>
1772          <Description text="Name of a control type for current spot (no name means the spot is not a control spot).">
1773          </Description>
1774        </Descriptions_assnlist>
1775        <Channel_assnref>
1776          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1777        </Channel_assnref>
1778        <Scale_assn>
1779          <OntologyEntry category="Scale"
1780                         value="unscaled">
1781          </OntologyEntry>
1782        </Scale_assn>
1783        <DataType_assn>
1784          <OntologyEntry category="DataType"
1785                         value="string_datatype">
1786          </OntologyEntry>
1787        </DataType_assn>
1788      </SpecializedQuantitationType>
1789      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1790                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Failed Control_Cy5"
1791                                   name="Failed Control_Cy5">
1792        <Descriptions_assnlist>
1793          <Description text="0 if the control passed all tests, 1 if at least one of the tests failed.">
1794          </Description>
1795        </Descriptions_assnlist>
1796        <Channel_assnref>
1797          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1798        </Channel_assnref>
1799        <Scale_assn>
1800          <OntologyEntry category="Scale"
1801                         value="linear_scale">
1802          </OntologyEntry>
1803        </Scale_assn>
1804        <DataType_assn>
1805          <OntologyEntry category="DataType"
1806                         value="boolean">
1807          </OntologyEntry>
1808        </DataType_assn>
1809      </SpecializedQuantitationType>
1810      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1811                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Background contamination present_Cy5"
1812                                   name="Background contamination present_Cy5">
1813        <Descriptions_assnlist>
1814          <Description text="0 if the spot passed background contamination test, 1 if it did not.">
1815          </Description>
1816        </Descriptions_assnlist>
1817        <Channel_assnref>
1818          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1819        </Channel_assnref>
1820        <Scale_assn>
1821          <OntologyEntry category="Scale"
1822                         value="linear_scale">
1823          </OntologyEntry>
1824        </Scale_assn>
1825        <DataType_assn>
1826          <OntologyEntry category="DataType"
1827                         value="boolean">
1828          </OntologyEntry>
1829        </DataType_assn>
1830      </SpecializedQuantitationType>
1831      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1832                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Signal contamination present_Cy5"
1833                                   name="Signal contamination present_Cy5">
1834        <Descriptions_assnlist>
1835          <Description text="0 if the spot passed signal contamination test, 1 if it did not.">
1836          </Description>
1837        </Descriptions_assnlist>
1838        <Channel_assnref>
1839          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1840        </Channel_assnref>
1841        <Scale_assn>
1842          <OntologyEntry category="Scale"
1843                         value="linear_scale">
1844          </OntologyEntry>
1845        </Scale_assn>
1846        <DataType_assn>
1847          <OntologyEntry category="DataType"
1848                         value="boolean">
1849          </OntologyEntry>
1850        </DataType_assn>
1851      </SpecializedQuantitationType>
1852      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1853                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Ignored % failed_Cy5"
1854                                   name="Ignored % failed_Cy5">
1855        <Descriptions_assnlist>
1856          <Description text="0 if the spot passed ignored percentage test, 1 if it did not.">
1857          </Description>
1858        </Descriptions_assnlist>
1859        <Channel_assnref>
1860          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1861        </Channel_assnref>
1862        <Scale_assn>
1863          <OntologyEntry category="Scale"
1864                         value="linear_scale">
1865          </OntologyEntry>
1866        </Scale_assn>
1867        <DataType_assn>
1868          <OntologyEntry category="DataType"
1869                         value="boolean">
1870          </OntologyEntry>
1871        </DataType_assn>
1872      </SpecializedQuantitationType>
1873      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1874                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Open perimeter failed_Cy5"
1875                                   name="Open perimeter failed_Cy5">
1876        <Descriptions_assnlist>
1877          <Description text="0 if the spot open perimeter test, 1 if it did not.">
1878          </Description>
1879        </Descriptions_assnlist>
1880        <Channel_assnref>
1881          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1882        </Channel_assnref>
1883        <Scale_assn>
1884          <OntologyEntry category="Scale"
1885                         value="linear_scale">
1886          </OntologyEntry>
1887        </Scale_assn>
1888        <DataType_assn>
1889          <OntologyEntry category="DataType"
1890                         value="boolean">
1891          </OntologyEntry>
1892        </DataType_assn>
1893      </SpecializedQuantitationType>
1894      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1895                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Shape regularity failed_Cy5"
1896                                   name="Shape regularity failed_Cy5">
1897        <Descriptions_assnlist>
1898          <Description text="0 if the spot passed shape regularity test, 1 if it did not.">
1899          </Description>
1900        </Descriptions_assnlist>
1901        <Channel_assnref>
1902          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1903        </Channel_assnref>
1904        <Scale_assn>
1905          <OntologyEntry category="Scale"
1906                         value="linear_scale">
1907          </OntologyEntry>
1908        </Scale_assn>
1909        <DataType_assn>
1910          <OntologyEntry category="DataType"
1911                         value="boolean">
1912          </OntologyEntry>
1913        </DataType_assn>
1914      </SpecializedQuantitationType>
1915      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1916                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Perim-to-area failed_Cy5"
1917                                   name="Perim-to-area failed_Cy5">
1918        <Descriptions_assnlist>
1919          <Description text="0 if the spot passed perimeter-to-area test, 1 if it did not.">
1920          </Description>
1921        </Descriptions_assnlist>
1922        <Channel_assnref>
1923          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1924        </Channel_assnref>
1925        <Scale_assn>
1926          <OntologyEntry category="Scale"
1927                         value="linear_scale">
1928          </OntologyEntry>
1929        </Scale_assn>
1930        <DataType_assn>
1931          <OntologyEntry category="DataType"
1932                         value="boolean">
1933          </OntologyEntry>
1934        </DataType_assn>
1935      </SpecializedQuantitationType>
1936      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1937                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Offset failed_Cy5"
1938                                   name="Offset failed_Cy5">
1939        <Descriptions_assnlist>
1940          <Description text="0 if the spot passed offset test, 1 if it did not.">
1941          </Description>
1942        </Descriptions_assnlist>
1943        <Channel_assnref>
1944          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1945        </Channel_assnref>
1946        <Scale_assn>
1947          <OntologyEntry category="Scale"
1948                         value="linear_scale">
1949          </OntologyEntry>
1950        </Scale_assn>
1951        <DataType_assn>
1952          <OntologyEntry category="DataType"
1953                         value="boolean">
1954          </OntologyEntry>
1955        </DataType_assn>
1956      </SpecializedQuantitationType>
1957      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1958                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Empty spot_Cy5"
1959                                   name="Empty spot_Cy5">
1960        <Descriptions_assnlist>
1961          <Description text="0 if the spot passed offset test, 1 if it did not.">
1962          </Description>
1963        </Descriptions_assnlist>
1964        <Channel_assnref>
1965          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1966        </Channel_assnref>
1967        <Scale_assn>
1968          <OntologyEntry category="Scale"
1969                         value="linear_scale">
1970          </OntologyEntry>
1971        </Scale_assn>
1972        <DataType_assn>
1973          <OntologyEntry category="DataType"
1974                         value="boolean">
1975          </OntologyEntry>
1976        </DataType_assn>
1977      </SpecializedQuantitationType>
1978      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
1979                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Negative spot_Cy5"
1980                                   name="Negative spot_Cy5">
1981        <Descriptions_assnlist>
1982          <Description text="1 if the spot was qualified as negative, 0 if it was not.">
1983          </Description>
1984        </Descriptions_assnlist>
1985        <Channel_assnref>
1986          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
1987        </Channel_assnref>
1988        <Scale_assn>
1989          <OntologyEntry category="Scale"
1990                         value="linear_scale">
1991          </OntologyEntry>
1992        </Scale_assn>
1993        <DataType_assn>
1994          <OntologyEntry category="DataType"
1995                         value="boolean">
1996          </OntologyEntry>
1997        </DataType_assn>
1998      </SpecializedQuantitationType>
1999      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
2000                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Selected spot_Cy5"
2001                                   name="Selected spot_Cy5">
2002        <Descriptions_assnlist>
2003          <Description text="1 if the spot was selected in the software view at time of save, 0 if not.">
2004          </Description>
2005        </Descriptions_assnlist>
2006        <Channel_assnref>
2007          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
2008        </Channel_assnref>
2009        <Scale_assn>
2010          <OntologyEntry category="Scale"
2011                         value="linear_scale">
2012          </OntologyEntry>
2013        </Scale_assn>
2014        <DataType_assn>
2015          <OntologyEntry category="DataType"
2016                         value="boolean">
2017          </OntologyEntry>
2018        </DataType_assn>
2019      </SpecializedQuantitationType>
2020      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
2021                                   identifier="BioDiscovery:ImaGene_QuantitationType:Saturated spot_Cy5"
2022                                   name="Saturated spot_Cy5">
2023        <Descriptions_assnlist>
2024          <Description text="1 if the spot was qualified as saturated, 0 if it was not.">
2025          </Description>
2026        </Descriptions_assnlist>
2027        <Channel_assnref>
2028          <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
2029        </Channel_assnref>
2030        <Scale_assn>
2031          <OntologyEntry category="Scale"
2032                         value="linear_scale">
2033          </OntologyEntry>
2034        </Scale_assn>
2035        <DataType_assn>
2036          <OntologyEntry category="DataType"
2037                         value="boolean">
2038          </OntologyEntry>
2039        </DataType_assn>
2040      </SpecializedQuantitationType>
2041    </QuantitationType_assnlist>
2042  </QuantitationType_package>
2043</MAGE-ML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.