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3<!DOCTYPE MAGE-ML PUBLIC "-//OMG//DTD MAGE-ML 1.0//EN" "http://schema.omg.org/lsr/gene_expression/1.0/MAGE-ML.dtd">
4<MAGE-ML identifier="EBI:eleh:QuantArray biotin QT XML">
5  <QuantitationType_package>
6    <QuantitationType_assnlist>
7      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
8                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Number"
9                                   name="Number">
10        <Scale_assn>
11          <OntologyEntry category="Scale"
12                         value="linear_scale">
13          </OntologyEntry>
14        </Scale_assn>
15        <DataType_assn>
16          <OntologyEntry category="DataType"
17                         value="integer">
18          </OntologyEntry>
19        </DataType_assn>
20      </SpecializedQuantitationType>
21      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
22                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:X Location"
23                                   name="X Location">
24  <Descriptions_assnlist>
25    <Description text="X pixel coordinate of spot center.">
26    </Description>
27  </Descriptions_assnlist>
28        <Scale_assn>
29          <OntologyEntry category="Scale"
30                         value="linear_scale">
31          </OntologyEntry>
32        </Scale_assn>
33        <DataType_assn>
34          <OntologyEntry category="DataType"
35                         value="integer">
36          </OntologyEntry>
37        </DataType_assn>
38      </SpecializedQuantitationType>
39      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
40                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Y Location"
41                                   name="Y Location">
42  <Descriptions_assnlist>
43    <Description text="Y pixel coordinate of spot center.">
44    </Description>
45  </Descriptions_assnlist>
46        <Scale_assn>
47          <OntologyEntry category="Scale"
48                         value="linear_scale">
49          </OntologyEntry>
50        </Scale_assn>
51        <DataType_assn>
52          <OntologyEntry category="DataType"
53                         value="integer">
54          </OntologyEntry>
55        </DataType_assn>
56      </SpecializedQuantitationType>
57      <MeasuredSignal isBackground="0"
58                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Intensity"
59                                   name="Biotin Intensity">
60  <Descriptions_assnlist>
61    <Description text="Mean pixel biotin foreground intensity in biotin channel.">
62    </Description>
63  </Descriptions_assnlist>
64  <Channel_assnref>
65    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
66  </Channel_assnref>
67        <Scale_assn>
68          <OntologyEntry category="Scale"
69                         value="linear_scale">
70          </OntologyEntry>
71        </Scale_assn>
72        <DataType_assn>
73          <OntologyEntry category="DataType"
74                         value="float">
75          </OntologyEntry>
76        </DataType_assn>
77      </MeasuredSignal>
78      <MeasuredSignal isBackground="1"
79                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Background"
80                                   name="Biotin Background">
81  <Descriptions_assnlist>
82    <Description text="Mean pixel biotin background intensity in biotin channel.">
83    </Description>
84  </Descriptions_assnlist>
85  <Channel_assnref>
86    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
87  </Channel_assnref>
88        <Scale_assn>
89          <OntologyEntry category="Scale"
90                         value="linear_scale">
91          </OntologyEntry>
92        </Scale_assn>
93        <DataType_assn>
94          <OntologyEntry category="DataType"
95                         value="float">
96          </OntologyEntry>
97        </DataType_assn>
98      </MeasuredSignal>
99      <Error isBackground="0"
100                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Intensity Std Dev"
101                                   name="Biotin Intensity Std Dev">
102  <Descriptions_assnlist>
103    <Description text="Standard deviation of the raw biotin foreground pixel intensity.">
104    </Description>
105  </Descriptions_assnlist>
106  <Channel_assnref>
107    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
108  </Channel_assnref>
109        <Scale_assn>
110          <OntologyEntry category="Scale"
111                         value="linear_scale">
112          </OntologyEntry>
113        </Scale_assn>
114        <DataType_assn>
115          <OntologyEntry category="DataType"
116                         value="float">
117          </OntologyEntry>
118        </DataType_assn>
119  <TargetQuantitationType_assnref>
120    <MeasuredSignal_ref identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Intensity"/>
121  </TargetQuantitationType_assnref>
122      </Error>
123      <Error isBackground="1"
124                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Background Std Dev"
125                                   name="Biotin Background Std Dev">
126  <Descriptions_assnlist>
127    <Description text="Standard deviation of the raw biotin background pixel intensity.">
128    </Description>
129  </Descriptions_assnlist>
130  <Channel_assnref>
131    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
132  </Channel_assnref>
133        <Scale_assn>
134          <OntologyEntry category="Scale"
135                         value="linear_scale">
136          </OntologyEntry>
137        </Scale_assn>
138        <DataType_assn>
139          <OntologyEntry category="DataType"
140                         value="float">
141          </OntologyEntry>
142        </DataType_assn>
143  <TargetQuantitationType_assnref>
144    <MeasuredSignal_ref identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Background"/>
145  </TargetQuantitationType_assnref>
146      </Error>
147      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
148                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Diameter"
149                                   name="Biotin Diameter">
150  <Descriptions_assnlist>
151    <Description text="Average diameter of the spot (in microns). Used to determine whether the spot is close to the expected size or is perhaps an artifact on the slide.">
152    </Description>
153  </Descriptions_assnlist>
154  <Channel_assnref>
155    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
156  </Channel_assnref>
157        <Scale_assn>
158          <OntologyEntry category="Scale"
159                         value="linear_scale">
160          </OntologyEntry>
161        </Scale_assn>
162        <DataType_assn>
163          <OntologyEntry category="DataType"
164                         value="float">
165          </OntologyEntry>
166        </DataType_assn>
167      </SpecializedQuantitationType>
168      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
169                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Area"
170                                   name="Biotin Area">
171  <Descriptions_assnlist>
172    <Description text="The area of the spot given as the number of pixels (in sq. microns). Used to determine whether the spot is close to the expected size or is an artifact on the slide.">
173    </Description>
174  </Descriptions_assnlist>
175  <Channel_assnref>
176    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
177  </Channel_assnref>
178        <Scale_assn>
179          <OntologyEntry category="Scale"
180                         value="linear_scale">
181          </OntologyEntry>
182        </Scale_assn>
183        <DataType_assn>
184          <OntologyEntry category="DataType"
185                         value="integer">
186          </OntologyEntry>
187        </DataType_assn>
188      </SpecializedQuantitationType>
189      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
190                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Footprint"
191                                   name="Biotin Footprint">
192  <Descriptions_assnlist>
193    <Description text="The distance between the expected position of a spot and its actual measured position (in microns).">
194    </Description>
195  </Descriptions_assnlist>
196  <Channel_assnref>
197    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
198  </Channel_assnref>
199        <Scale_assn>
200          <OntologyEntry category="Scale"
201                         value="linear_scale">
202          </OntologyEntry>
203        </Scale_assn>
204        <DataType_assn>
205          <OntologyEntry category="DataType"
206                         value="float">
207          </OntologyEntry>
208        </DataType_assn>
209      </SpecializedQuantitationType>
210      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
211                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Circularity"
212                                   name="Biotin Circularity">
213  <Descriptions_assnlist>
214    <Description text="Reports the degree to which a spot is close to a perfect circle. This measurement is used to determine the print quality of the microarray.">
215    </Description>
216  </Descriptions_assnlist>
217  <Channel_assnref>
218    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
219  </Channel_assnref>
220        <Scale_assn>
221          <OntologyEntry category="Scale"
222                         value="linear_scale">
223          </OntologyEntry>
224        </Scale_assn>
225        <DataType_assn>
226          <OntologyEntry category="DataType"
227                         value="float">
228          </OntologyEntry>
229        </DataType_assn>
230      </SpecializedQuantitationType>
231      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
232                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Spot Uniformity"
233                                   name="Biotin Spot Uniformity">
234  <Descriptions_assnlist>
235    <Description text="The uniformity of the pixels used in the spot foreground intensity calculation.This helps in determining the quality of the spot and aids in selecting the correct quantification output method.">
236    </Description>
237  </Descriptions_assnlist>
238  <Channel_assnref>
239    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
240  </Channel_assnref>
241        <Scale_assn>
242          <OntologyEntry category="Scale"
243                         value="linear_scale">
244          </OntologyEntry>
245        </Scale_assn>
246        <DataType_assn>
247          <OntologyEntry category="DataType"
248                         value="float">
249          </OntologyEntry>
250        </DataType_assn>
251      </SpecializedQuantitationType>
252      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
253                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Bkg. Uniformity"
254                                   name="Biotin Bkg. Uniformity">
255  <Descriptions_assnlist>
256    <Description text="The uniformity of the pixels used in the background intensity calculation.">
257    </Description>
258  </Descriptions_assnlist>
259  <Channel_assnref>
260    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
261  </Channel_assnref>
262        <Scale_assn>
263          <OntologyEntry category="Scale"
264                         value="linear_scale">
265          </OntologyEntry>
266        </Scale_assn>
267        <DataType_assn>
268          <OntologyEntry category="DataType"
269                         value="float">
270          </OntologyEntry>
271        </DataType_assn>
272      </SpecializedQuantitationType>
273      <Ratio isBackground="1"
274                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Signal Noise Ratio"
275                                   name="Biotin Signal/Noise Ratio">
276  <Descriptions_assnlist>
277    <Description text="The ratio of spot intensity to the standard deviation of the local background of all spots in the microarray. Spots with a low Signal/Noise Ratio can be quickly identified for later reviews.">
278    </Description>
279  </Descriptions_assnlist>
280  <Channel_assnref>
281    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
282  </Channel_assnref>
283        <Scale_assn>
284          <OntologyEntry category="Scale"
285                         value="linear_scale">
286          </OntologyEntry>
287        </Scale_assn>
288        <DataType_assn>
289          <OntologyEntry category="DataType"
290                         value="float">
291          </OntologyEntry>
292        </DataType_assn>
293      </Ratio>
294      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
295                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Confidence"
296                                   name="Biotin Confidence">
297  <Channel_assnref>
298    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
299  </Channel_assnref>
300        <Scale_assn>
301          <OntologyEntry category="Scale"
302                         value="unscaled">
303          </OntologyEntry>
304        </Scale_assn>
305        <DataType_assn>
306          <OntologyEntry category="DataType"
307                         value="integer">
308          </OntologyEntry>
309        </DataType_assn>
310      </SpecializedQuantitationType>
311      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
312                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Ignore Filter"
313                                   name="Ignore Filter">
314  <Descriptions_assnlist>
315    <Description text="Whether the feature quantitation is used in down-stream analysis (flagging feature as valid): 0 = feature invalid (null data); 1 = feature valid.">
316    </Description>
317  </Descriptions_assnlist>
318        <Scale_assn>
319          <OntologyEntry category="Scale"
320                         value="unscaled">
321          </OntologyEntry>
322        </Scale_assn>
323        <DataType_assn>
324          <OntologyEntry category="DataType"
325                         value="integer">
326          </OntologyEntry>
327        </DataType_assn>
328      </SpecializedQuantitationType>
329      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
330                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Ratio"
331                                   name="Biotin Ratio">
332  <Descriptions_assnlist>
333    <Description text="The portion of the overall spot fluorescence contributed by biotin channel (normalized so that biotin channel contribution equals 1).">
334    </Description>
335  </Descriptions_assnlist>
336  <Channel_assnref>
337    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
338  </Channel_assnref>
339        <Scale_assn>
340          <OntologyEntry category="Scale"
341                         value="unscaled">
342          </OntologyEntry>
343        </Scale_assn>
344        <DataType_assn>
345          <OntologyEntry category="DataType"
346                         value="integer">
347          </OntologyEntry>
348        </DataType_assn>
349      </SpecializedQuantitationType>
350      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
351                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Percent"
352                                   name="Biotin Percent">
353  <Descriptions_assnlist>
354    <Description text="The portion of the overall spot fluorescence contributed by biotin channel (in percent).">
355    </Description>
356  </Descriptions_assnlist>
357  <Channel_assnref>
358    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Biotin"/>
359  </Channel_assnref>
360        <Scale_assn>
361          <OntologyEntry category="Scale"
362                         value="linear_scale">
363          </OntologyEntry>
364        </Scale_assn>
365        <DataType_assn>
366          <OntologyEntry category="DataType"
367                         value="float">
368          </OntologyEntry>
369        </DataType_assn>
370      </SpecializedQuantitationType>
371      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
372                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Diameter Filter"
373                                   name="Biotin Diameter Filter">
374  <Descriptions_assnlist>
375    <Description text="Biotin Diameter Filter.">
376    </Description>
377  </Descriptions_assnlist>
378        <Scale_assn>
379          <OntologyEntry category="Scale"
380                         value="unscaled">
381          </OntologyEntry>
382        </Scale_assn>
383        <DataType_assn>
384          <OntologyEntry category="DataType"
385                         value="integer">
386          </OntologyEntry>
387        </DataType_assn>
388      </SpecializedQuantitationType>
389      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
390                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Area Filter"
391                                   name="Biotin Area Filter">
392  <Descriptions_assnlist>
393    <Description text="Biotin Area Filter.">
394    </Description>
395  </Descriptions_assnlist>
396        <Scale_assn>
397          <OntologyEntry category="Scale"
398                         value="unscaled">
399          </OntologyEntry>
400        </Scale_assn>
401        <DataType_assn>
402          <OntologyEntry category="DataType"
403                         value="integer">
404          </OntologyEntry>
405        </DataType_assn>
406      </SpecializedQuantitationType>
407      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
408                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Footprint Filter"
409                                   name="Biotin Footprint Filter">
410  <Descriptions_assnlist>
411    <Description text="Biotin Footprint Filter.">
412    </Description>
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414        <Scale_assn>
415          <OntologyEntry category="Scale"
416                         value="unscaled">
417          </OntologyEntry>
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420          <OntologyEntry category="DataType"
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422          </OntologyEntry>
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424      </SpecializedQuantitationType>
425      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
426                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Circularity Filter"
427                                   name="Biotin Circularity Filter">
428  <Descriptions_assnlist>
429    <Description text="Biotin Circularity Filter.">
430    </Description>
431  </Descriptions_assnlist>
432        <Scale_assn>
433          <OntologyEntry category="Scale"
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435          </OntologyEntry>
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438          <OntologyEntry category="DataType"
439                         value="integer">
440          </OntologyEntry>
441        </DataType_assn>
442      </SpecializedQuantitationType>
443      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
444                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Spot Uniformity Filter"
445                                   name="Biotin Spot Uniformity Filter">
446  <Descriptions_assnlist>
447    <Description text="Biotin Spot Uniformity Filter.">
448    </Description>
449  </Descriptions_assnlist>
450        <Scale_assn>
451          <OntologyEntry category="Scale"
452                         value="unscaled">
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460      </SpecializedQuantitationType>
461      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
462                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Bkg. Uniformity Filter"
463                                   name="Biotin Bkg. Uniformity Filter">
464  <Descriptions_assnlist>
465    <Description text="Biotin Bkg. Uniformity Filter.">
466    </Description>
467  </Descriptions_assnlist>
468        <Scale_assn>
469          <OntologyEntry category="Scale"
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478      </SpecializedQuantitationType>
479      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
480                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Signal Noise Ratio Filter"
481                                   name="Biotin Signal Noise Ratio Filter">
482  <Descriptions_assnlist>
483    <Description text="Biotin Signal Noise Ratio Filter.">
484    </Description>
485  </Descriptions_assnlist>
486        <Scale_assn>
487          <OntologyEntry category="Scale"
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492          <OntologyEntry category="DataType"
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496      </SpecializedQuantitationType>
497      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
498                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Biotin Replicate Filter"
499                                   name="Biotin Replicate Filter">
500  <Descriptions_assnlist>
501    <Description text="Biotin Replicate Filter.">
502    </Description>
503  </Descriptions_assnlist>
504        <Scale_assn>
505          <OntologyEntry category="Scale"
506                         value="unscaled">
507          </OntologyEntry>
508        </Scale_assn>
509        <DataType_assn>
510          <OntologyEntry category="DataType"
511                         value="integer">
512          </OntologyEntry>
513        </DataType_assn>
514      </SpecializedQuantitationType>
515    </QuantitationType_assnlist>
516  </QuantitationType_package>
517</MAGE-ML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.