source: trunk/misc/mage/rawdatatypes/QT_QuantArray_Cy.xml @ 1938

Last change on this file since 1938 was 1938, checked in by Nicklas Nordborg, 17 years ago

Added QuantArray? raw data types
Added some intensity formulas to other raw data types
Added MAGE files describing raw data types
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 28.8 KB
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" standalone="no"?>
2<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="QT.xsl"?>
3<!DOCTYPE MAGE-ML PUBLIC "-//OMG//DTD MAGE-ML 1.0//EN" "http://schema.omg.org/lsr/gene_expression/1.0/MAGE-ML.dtd">
4<MAGE-ML identifier="EBI:eleh:QuantArray QT XML">
5  <QuantitationType_package>
6    <QuantitationType_assnlist>
7      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
8                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Number"
9                                   name="Number">
10  <Descriptions_assnlist>
11    <Description text="Unique integer for each spot.">
12    </Description>
13  </Descriptions_assnlist>
14        <Scale_assn>
15          <OntologyEntry category="Scale"
16                         value="linear_scale">
17          </OntologyEntry>
18        </Scale_assn>
19        <DataType_assn>
20          <OntologyEntry category="DataType"
21                         value="integer">
22          </OntologyEntry>
23        </DataType_assn>
24      </SpecializedQuantitationType>
25      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
26                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:X Location"
27                                   name="X Location">
28  <Descriptions_assnlist>
29    <Description text="X pixel coordinate of spot center.">
30    </Description>
31  </Descriptions_assnlist>
32        <Scale_assn>
33          <OntologyEntry category="Scale"
34                         value="linear_scale">
35          </OntologyEntry>
36        </Scale_assn>
37        <DataType_assn>
38          <OntologyEntry category="DataType"
39                         value="integer">
40          </OntologyEntry>
41        </DataType_assn>
42      </SpecializedQuantitationType>
43      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
44                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Y Location"
45                                   name="Y Location">
46  <Descriptions_assnlist>
47    <Description text="Y pixel coordinate of spot center.">
48    </Description>
49  </Descriptions_assnlist>
50        <Scale_assn>
51          <OntologyEntry category="Scale"
52                         value="linear_scale">
53          </OntologyEntry>
54        </Scale_assn>
55        <DataType_assn>
56          <OntologyEntry category="DataType"
57                         value="integer">
58          </OntologyEntry>
59        </DataType_assn>
60      </SpecializedQuantitationType>
61      <MeasuredSignal isBackground="0"
62                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Intensity"
63                                   name="Cy5 Intensity">
64  <Descriptions_assnlist>
65    <Description text="Mean pixel Cy5 foreground intensity in Channel Cy5.">
66    </Description>
67  </Descriptions_assnlist>
68  <Channel_assnref>
69    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
70  </Channel_assnref>
71        <Scale_assn>
72          <OntologyEntry category="Scale"
73                         value="linear_scale">
74          </OntologyEntry>
75        </Scale_assn>
76        <DataType_assn>
77          <OntologyEntry category="DataType"
78                         value="float">
79          </OntologyEntry>
80        </DataType_assn>
81      </MeasuredSignal>
82      <MeasuredSignal isBackground="1"
83                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Background"
84                                   name="Cy5 Background">
85  <Descriptions_assnlist>
86    <Description text="Mean pixel Cy5 background intensity in Channel Cy5.">
87    </Description>
88  </Descriptions_assnlist>
89  <Channel_assnref>
90    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
91  </Channel_assnref>
92        <Scale_assn>
93          <OntologyEntry category="Scale"
94                         value="linear_scale">
95          </OntologyEntry>
96        </Scale_assn>
97        <DataType_assn>
98          <OntologyEntry category="DataType"
99                         value="float">
100          </OntologyEntry>
101        </DataType_assn>
102      </MeasuredSignal>
103      <Error isBackground="0"
104                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Intensity Std Dev"
105                                   name="Cy5 Intensity Std Dev">
106  <Descriptions_assnlist>
107    <Description text="Standard deviation of the raw Cy5 foreground pixel intensity.">
108    </Description>
109  </Descriptions_assnlist>
110  <Channel_assnref>
111    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
112  </Channel_assnref>
113        <Scale_assn>
114          <OntologyEntry category="Scale"
115                         value="linear_scale">
116          </OntologyEntry>
117        </Scale_assn>
118        <DataType_assn>
119          <OntologyEntry category="DataType"
120                         value="float">
121          </OntologyEntry>
122        </DataType_assn>
123  <TargetQuantitationType_assnref>
124    <MeasuredSignal_ref identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Intensity"/>
125  </TargetQuantitationType_assnref>
126      </Error>
127      <Error isBackground="1"
128                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Background Std Dev"
129                                   name="Cy5 Background Std Dev">
130  <Descriptions_assnlist>
131    <Description text="Standard deviation of the raw Cy5 background pixel intensity.">
132    </Description>
133  </Descriptions_assnlist>
134  <Channel_assnref>
135    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
136  </Channel_assnref>
137        <Scale_assn>
138          <OntologyEntry category="Scale"
139                         value="linear_scale">
140          </OntologyEntry>
141        </Scale_assn>
142        <DataType_assn>
143          <OntologyEntry category="DataType"
144                         value="float">
145          </OntologyEntry>
146        </DataType_assn>
147  <TargetQuantitationType_assnref>
148    <MeasuredSignal_ref identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Background"/>
149  </TargetQuantitationType_assnref>
150      </Error>
151      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
152                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Diameter"
153                                   name="Cy5 Diameter">
154  <Descriptions_assnlist>
155    <Description text="Average diameter of the spot (in microns). Used to determine whether the spot is close to the expected size or is perhaps an artifact on the slide.">
156    </Description>
157  </Descriptions_assnlist>
158  <Channel_assnref>
159    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
160  </Channel_assnref>
161        <Scale_assn>
162          <OntologyEntry category="Scale"
163                         value="linear_scale">
164          </OntologyEntry>
165        </Scale_assn>
166        <DataType_assn>
167          <OntologyEntry category="DataType"
168                         value="float">
169          </OntologyEntry>
170        </DataType_assn>
171      </SpecializedQuantitationType>
172      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
173                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Area"
174                                   name="Cy5 Area">
175  <Descriptions_assnlist>
176    <Description text="The area of the spot given as the number of pixels (in sq. microns). Used to determine whether the spot is close to the expected size or is an artifact on the slide.">
177    </Description>
178  </Descriptions_assnlist>
179  <Channel_assnref>
180    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
181  </Channel_assnref>
182        <Scale_assn>
183          <OntologyEntry category="Scale"
184                         value="linear_scale">
185          </OntologyEntry>
186        </Scale_assn>
187        <DataType_assn>
188          <OntologyEntry category="DataType"
189                         value="integer">
190          </OntologyEntry>
191        </DataType_assn>
192      </SpecializedQuantitationType>
193      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
194                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Footprint"
195                                   name="Cy5 Footprint">
196  <Descriptions_assnlist>
197    <Description text="The distance between the expected position of a spot and its actual measured position (in microns).">
198    </Description>
199  </Descriptions_assnlist>
200  <Channel_assnref>
201    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
202  </Channel_assnref>
203        <Scale_assn>
204          <OntologyEntry category="Scale"
205                         value="linear_scale">
206          </OntologyEntry>
207        </Scale_assn>
208        <DataType_assn>
209          <OntologyEntry category="DataType"
210                         value="float">
211          </OntologyEntry>
212        </DataType_assn>
213      </SpecializedQuantitationType>
214      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
215                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Circularity"
216                                   name="Cy5 Circularity">
217  <Descriptions_assnlist>
218    <Description text="Reports the degree to which a spot is close to a perfect circle. This measurement is used to determine the print quality of the microarray.">
219    </Description>
220  </Descriptions_assnlist>
221  <Channel_assnref>
222    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
223  </Channel_assnref>
224        <Scale_assn>
225          <OntologyEntry category="Scale"
226                         value="linear_scale">
227          </OntologyEntry>
228        </Scale_assn>
229        <DataType_assn>
230          <OntologyEntry category="DataType"
231                         value="float">
232          </OntologyEntry>
233        </DataType_assn>
234      </SpecializedQuantitationType>
235      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
236                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Spot Uniformity"
237                                   name="Cy5 Spot Uniformity">
238  <Descriptions_assnlist>
239    <Description text="The uniformity of the pixels used in the spot foreground intensity calculation.This helps in determining the quality of the spot and aids in selecting the correct quantification output method.">
240    </Description>
241  </Descriptions_assnlist>
242  <Channel_assnref>
243    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
244  </Channel_assnref>
245        <Scale_assn>
246          <OntologyEntry category="Scale"
247                         value="linear_scale">
248          </OntologyEntry>
249        </Scale_assn>
250        <DataType_assn>
251          <OntologyEntry category="DataType"
252                         value="float">
253          </OntologyEntry>
254        </DataType_assn>
255      </SpecializedQuantitationType>
256      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
257                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Bkg. Uniformity"
258                                   name="Cy5 Bkg. Uniformity">
259  <Descriptions_assnlist>
260    <Description text="The uniformity of the pixels used in the background intensity calculation.">
261    </Description>
262  </Descriptions_assnlist>
263  <Channel_assnref>
264    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
265  </Channel_assnref>
266        <Scale_assn>
267          <OntologyEntry category="Scale"
268                         value="linear_scale">
269          </OntologyEntry>
270        </Scale_assn>
271        <DataType_assn>
272          <OntologyEntry category="DataType"
273                         value="float">
274          </OntologyEntry>
275        </DataType_assn>
276      </SpecializedQuantitationType>
277      <Ratio isBackground="1"
278                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Signal Noise Ratio"
279                                   name="Cy5 Signal/Noise Ratio">
280  <Descriptions_assnlist>
281    <Description text="The ratio of spot intensity to the standard deviation of the local background of all spots in the microarray. Spots with a low Signal/Noise Ratio can be quickly identified for later reviews.">
282    </Description>
283  </Descriptions_assnlist>
284  <Channel_assnref>
285    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
286  </Channel_assnref>
287        <Scale_assn>
288          <OntologyEntry category="Scale"
289                         value="linear_scale">
290          </OntologyEntry>
291        </Scale_assn>
292        <DataType_assn>
293          <OntologyEntry category="DataType"
294                         value="float">
295          </OntologyEntry>
296        </DataType_assn>
297      </Ratio>
298      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
299                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Confidence"
300                                   name="Cy5 Confidence">
301  <Descriptions_assnlist>
302    <Description text="Unused QuantArray feature, will always = 1.">
303    </Description>
304  </Descriptions_assnlist>
305  <Channel_assnref>
306    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
307  </Channel_assnref>
308        <Scale_assn>
309          <OntologyEntry category="Scale"
310                         value="linear_scale">
311          </OntologyEntry>
312        </Scale_assn>
313        <DataType_assn>
314          <OntologyEntry category="DataType"
315                         value="integer">
316          </OntologyEntry>
317        </DataType_assn>
318      </SpecializedQuantitationType>
319      <MeasuredSignal isBackground="0"
320                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Intensity"
321                                   name="Cy3 Intensity">
322  <Descriptions_assnlist>
323    <Description text="Mean pixel Cy3 foreground intensity in Channel Cy3.">
324    </Description>
325  </Descriptions_assnlist>
326  <Channel_assnref>
327    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
328  </Channel_assnref>
329        <Scale_assn>
330          <OntologyEntry category="Scale"
331                         value="linear_scale">
332          </OntologyEntry>
333        </Scale_assn>
334        <DataType_assn>
335          <OntologyEntry category="DataType"
336                         value="float">
337          </OntologyEntry>
338        </DataType_assn>
339      </MeasuredSignal>
340      <MeasuredSignal isBackground="1"
341                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Background"
342                                   name="Cy3 Background">
343  <Descriptions_assnlist>
344    <Description text="Mean pixel Cy3 background intensity in Channel Cy3.">
345    </Description>
346  </Descriptions_assnlist>
347  <Channel_assnref>
348    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
349  </Channel_assnref>
350        <Scale_assn>
351          <OntologyEntry category="Scale"
352                         value="linear_scale">
353          </OntologyEntry>
354        </Scale_assn>
355        <DataType_assn>
356          <OntologyEntry category="DataType"
357                         value="float">
358          </OntologyEntry>
359        </DataType_assn>
360      </MeasuredSignal>
361      <Error isBackground="0"
362                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Intensity Std Dev"
363                                   name="Cy3 Intensity Std Dev">
364  <Descriptions_assnlist>
365    <Description text="Standard deviation of the raw Cy3 foreground pixel intensity.">
366    </Description>
367  </Descriptions_assnlist>
368  <Channel_assnref>
369    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
370  </Channel_assnref>
371        <Scale_assn>
372          <OntologyEntry category="Scale"
373                         value="linear_scale">
374          </OntologyEntry>
375        </Scale_assn>
376        <DataType_assn>
377          <OntologyEntry category="DataType"
378                         value="float">
379          </OntologyEntry>
380        </DataType_assn>
381  <TargetQuantitationType_assnref>
382    <MeasuredSignal_ref identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Intensity"/>
383  </TargetQuantitationType_assnref>
384      </Error>
385      <Error isBackground="1"
386                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Background Std Dev"
387                                   name="Cy3 Background Std Dev">
388  <Descriptions_assnlist>
389    <Description text="Standard deviation of the raw Cy3 background pixel intensity.">
390    </Description>
391  </Descriptions_assnlist>
392  <Channel_assnref>
393    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
394  </Channel_assnref>
395        <Scale_assn>
396          <OntologyEntry category="Scale"
397                         value="linear_scale">
398          </OntologyEntry>
399        </Scale_assn>
400        <DataType_assn>
401          <OntologyEntry category="DataType"
402                         value="float">
403          </OntologyEntry>
404        </DataType_assn>
405  <TargetQuantitationType_assnref>
406    <MeasuredSignal_ref identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Background"/>
407  </TargetQuantitationType_assnref>
408      </Error>
409      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
410                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Diameter"
411                                   name="Cy3 Diameter">
412  <Descriptions_assnlist>
413    <Description text="Average diameter of the spot (in microns). Used to determine whether the spot is close to the expected size or is perhaps an artifact on the slide.">
414    </Description>
415  </Descriptions_assnlist>
416  <Channel_assnref>
417    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
418  </Channel_assnref>
419        <Scale_assn>
420          <OntologyEntry category="Scale"
421                         value="linear_scale">
422          </OntologyEntry>
423        </Scale_assn>
424        <DataType_assn>
425          <OntologyEntry category="DataType"
426                         value="float">
427          </OntologyEntry>
428        </DataType_assn>
429      </SpecializedQuantitationType>
430      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
431                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Area"
432                                   name="Cy3 Area">
433  <Descriptions_assnlist>
434    <Description text="The area of the spot given as the number of pixels (in sq. microns). Used to determine whether the spot is close to the expected size or is an artifact on the slide.">
435    </Description>
436  </Descriptions_assnlist>
437  <Channel_assnref>
438    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
439  </Channel_assnref>
440        <Scale_assn>
441          <OntologyEntry category="Scale"
442                         value="linear_scale">
443          </OntologyEntry>
444        </Scale_assn>
445        <DataType_assn>
446          <OntologyEntry category="DataType"
447                         value="integer">
448          </OntologyEntry>
449        </DataType_assn>
450      </SpecializedQuantitationType>
451      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
452                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Footprint"
453                                   name="Cy3 Footprint">
454  <Descriptions_assnlist>
455    <Description text="The distance between the expected position of a spot and its actual measured position (in microns).">
456    </Description>
457  </Descriptions_assnlist>
458  <Channel_assnref>
459    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
460  </Channel_assnref>
461        <Scale_assn>
462          <OntologyEntry category="Scale"
463                         value="linear_scale">
464          </OntologyEntry>
465        </Scale_assn>
466        <DataType_assn>
467          <OntologyEntry category="DataType"
468                         value="float">
469          </OntologyEntry>
470        </DataType_assn>
471      </SpecializedQuantitationType>
472      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
473                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Circularity"
474                                   name="Cy3 Circularity">
475  <Descriptions_assnlist>
476    <Description text="Reports the degree to which a spot is close to a perfect circle. This measurement is used to determine the print quality of the microarray.">
477    </Description>
478  </Descriptions_assnlist>
479  <Channel_assnref>
480    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
481  </Channel_assnref>
482        <Scale_assn>
483          <OntologyEntry category="Scale"
484                         value="linear_scale">
485          </OntologyEntry>
486        </Scale_assn>
487        <DataType_assn>
488          <OntologyEntry category="DataType"
489                         value="float">
490          </OntologyEntry>
491        </DataType_assn>
492      </SpecializedQuantitationType>
493      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
494                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Spot Uniformity"
495                                   name="Cy3 Spot Uniformity">
496  <Descriptions_assnlist>
497    <Description text="The uniformity of the pixels used in the spot foreground intensity calculation.This helps in determining the quality of the spot and aids in selecting the correct quantification output method.">
498    </Description>
499  </Descriptions_assnlist>
500  <Channel_assnref>
501    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
502  </Channel_assnref>
503        <Scale_assn>
504          <OntologyEntry category="Scale"
505                         value="linear_scale">
506          </OntologyEntry>
507        </Scale_assn>
508        <DataType_assn>
509          <OntologyEntry category="DataType"
510                         value="float">
511          </OntologyEntry>
512        </DataType_assn>
513      </SpecializedQuantitationType>
514      <SpecializedQuantitationType isBackground="1"
515                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Bkg. Uniformity"
516                                   name="Cy3 Bkg. Uniformity">
517  <Descriptions_assnlist>
518    <Description text="The uniformity of the pixels used in the background intensity calculation.">
519    </Description>
520  </Descriptions_assnlist>
521  <Channel_assnref>
522    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
523  </Channel_assnref>
524        <Scale_assn>
525          <OntologyEntry category="Scale"
526                         value="linear_scale">
527          </OntologyEntry>
528        </Scale_assn>
529        <DataType_assn>
530          <OntologyEntry category="DataType"
531                         value="float">
532          </OntologyEntry>
533        </DataType_assn>
534      </SpecializedQuantitationType>
535      <Ratio isBackground="1"
536                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Signal Noise Ratio"
537                                   name="Cy3 Signal/Noise Ratio">
538  <Descriptions_assnlist>
539    <Description text="The ratio of spot intensity to the standard deviation of the local background of all spots in the microarray. Spots with a low Signal/Noise Ratio can be quickly identified for later reviews.">
540    </Description>
541  </Descriptions_assnlist>
542  <Channel_assnref>
543    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
544  </Channel_assnref>
545        <Scale_assn>
546          <OntologyEntry category="Scale"
547                         value="linear_scale">
548          </OntologyEntry>
549        </Scale_assn>
550        <DataType_assn>
551          <OntologyEntry category="DataType"
552                         value="float">
553          </OntologyEntry>
554        </DataType_assn>
555      </Ratio>
556      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
557                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Confidence"
558                                   name="Cy3 Confidence">
559  <Descriptions_assnlist>
560    <Description text="Unused QuantArray feature, will always = 1.">
561    </Description>
562  </Descriptions_assnlist>
563  <Channel_assnref>
564    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
565  </Channel_assnref>
566        <Scale_assn>
567          <OntologyEntry category="Scale"
568                         value="linear_scale">
569          </OntologyEntry>
570        </Scale_assn>
571        <DataType_assn>
572          <OntologyEntry category="DataType"
573                         value="integer">
574          </OntologyEntry>
575        </DataType_assn>
576      </SpecializedQuantitationType>
577      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
578                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Ignore Filter"
579                                   name="Ignore Filter">
580  <Descriptions_assnlist>
581    <Description text="Whether the feature quantitation is used in down-stream analysis (flagging feature as valid): 0 = feature invalid (null data); 1 = feature valid.">
582    </Description>
583  </Descriptions_assnlist>
584        <Scale_assn>
585          <OntologyEntry category="Scale"
586                         value="linear_scale">
587          </OntologyEntry>
588        </Scale_assn>
589        <DataType_assn>
590          <OntologyEntry category="DataType"
591                         value="integer">
592          </OntologyEntry>
593        </DataType_assn>
594      </SpecializedQuantitationType>
595      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
596                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Ratio"
597                                   name="Cy5 Ratio">
598  <Descriptions_assnlist>
599    <Description text="The portion of the overall spot fluorescence contributed by channel Cy5 (normalized so that channel Cy5 contribution equals 1).">
600    </Description>
601  </Descriptions_assnlist>
602  <Channel_assnref>
603    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
604  </Channel_assnref>
605        <Scale_assn>
606          <OntologyEntry category="Scale"
607                         value="linear_scale">
608          </OntologyEntry>
609        </Scale_assn>
610        <DataType_assn>
611          <OntologyEntry category="DataType"
612                         value="float">
613          </OntologyEntry>
614        </DataType_assn>
615      </SpecializedQuantitationType>
616      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
617                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Percent"
618                                   name="Cy5 Percent">
619  <Descriptions_assnlist>
620    <Description text="The portion of the overall spot fluorescence contributed by channel Cy5 (in percent).">
621    </Description>
622  </Descriptions_assnlist>
623  <Channel_assnref>
624    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
625  </Channel_assnref>
626        <Scale_assn>
627          <OntologyEntry category="Scale"
628                         value="linear_scale">
629          </OntologyEntry>
630        </Scale_assn>
631        <DataType_assn>
632          <OntologyEntry category="DataType"
633                         value="float">
634          </OntologyEntry>
635        </DataType_assn>
636      </SpecializedQuantitationType>
637      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
638                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Ratio"
639                                   name="Cy3 Ratio">
640  <Descriptions_assnlist>
641    <Description text="The portion of the overall spot fluorescence contributed by channel Cy3 (normalized so that channel Cy3 contribution equals 1).">
642    </Description>
643  </Descriptions_assnlist>
644  <Channel_assnref>
645    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
646  </Channel_assnref>
647        <Scale_assn>
648          <OntologyEntry category="Scale"
649                         value="linear_scale">
650          </OntologyEntry>
651        </Scale_assn>
652        <DataType_assn>
653          <OntologyEntry category="DataType"
654                         value="float">
655          </OntologyEntry>
656        </DataType_assn>
657      </SpecializedQuantitationType>
658      <SpecializedQuantitationType isBackground="0"
659                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Percent"
660                                   name="Cy3 Percent">
661  <Descriptions_assnlist>
662    <Description text="The portion of the overall spot fluorescence contributed by channel Cy3 (in percent).">
663    </Description>
664  </Descriptions_assnlist>
665  <Channel_assnref>
666    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
667  </Channel_assnref>
668        <Scale_assn>
669          <OntologyEntry category="Scale"
670                         value="linear_scale">
671          </OntologyEntry>
672        </Scale_assn>
673        <DataType_assn>
674          <OntologyEntry category="DataType"
675                         value="float">
676          </OntologyEntry>
677        </DataType_assn>
678      </SpecializedQuantitationType>
679      <SpecializedQuantitationType identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy3 Signal Noise Ratio Filter" isBackground="0" name="Cy3 Signal/Noise Ratio Filter">
680  <Channel_assnref>
681    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy3"/>
682  </Channel_assnref>
683  <Scale_assn>
684    <OntologyEntry category="Scale" value="linear_scale">
685    </OntologyEntry>
686  </Scale_assn>
687  <DataType_assn>
688    <OntologyEntry category="DataType" value="float">
689    </OntologyEntry>
690  </DataType_assn>
691      </SpecializedQuantitationType>
692      <SpecializedQuantitationType identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:Cy5 Signal Noise Ratio Filter" isBackground="0" name="Cy5 Signal/Noise Ratio Filter">
693  <Channel_assnref>
694    <Channel_ref identifier="ebi.ac.uk:Channel:Cy5"/>
695  </Channel_assnref>
696  <Scale_assn>
697    <OntologyEntry category="Scale" value="linear_scale">
698    </OntologyEntry>
699  </Scale_assn>
700  <DataType_assn>
701    <OntologyEntry category="DataType" value="float">
702    </OntologyEntry>
703  </DataType_assn>
704      </SpecializedQuantitationType>
705      <Ratio isBackground="0"
706                                   identifier="PerkinElmer:QuantArray_QuantitationType:log_normalised"
707                                   name="log normalised">
708  <Descriptions_assnlist>
709    <Description text="Ratio = log2 Cy5 - log2 Cy3, for dyeswap ratio *-1">
710    </Description>
711  </Descriptions_assnlist>
712        <Scale_assn>
713          <OntologyEntry category="Scale"
714                         value="log_base_2">
715          </OntologyEntry>
716        </Scale_assn>
717        <DataType_assn>
718          <OntologyEntry category="DataType"
719                         value="float">
720          </OntologyEntry>
721        </DataType_assn>
722      </Ratio>
723    </QuantitationType_assnlist>
724  </QuantitationType_package>
725</MAGE-ML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.