source: trunk/www/admin/annotationtypes/view_annotationtype.jsp @ 4889

Last change on this file since 4889 was 4889, checked in by Nicklas Nordborg, 13 years ago

References #1290: Change source files to UTF-8

Changed 'Hakkinen' to 'Häkkinen'.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Id
File size: 16.2 KB
Line 
1<%-- $Id: view_annotationtype.jsp 4889 2009-04-06 12:52:39Z nicklas $
2  ------------------------------------------------------------------
3  Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
4  Copyright (C) 2007 Martin Svensson
5
6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7  Available at http://base.thep.lu.se/
8
9  BASE is free software; you can redistribute it and/or
10  modify it under the terms of the GNU General Public License
11  as published by the Free Software Foundation; either version 3
12  of the License, or (at your option) any later version.
13
14  BASE is distributed in the hope that it will be useful,
15  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
17  GNU General Public License for more details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License
20  along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
21  ------------------------------------------------------------------
22
23  @author Nicklas
24  @version 2.0
25--%>
26<%@ page session="false"
27  import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
28  import="net.sf.basedb.core.DbControl"
29  import="net.sf.basedb.core.SystemItems"
30  import="net.sf.basedb.core.Item"
31  import="net.sf.basedb.core.Include"
32  import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
33  import="net.sf.basedb.core.Permission"
34  import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
35  import="net.sf.basedb.core.AnnotationTypeCategory"
36  import="net.sf.basedb.core.User"
37  import="net.sf.basedb.core.Type"
38  import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
39  import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
40  import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
41  import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
42  import="net.sf.basedb.core.Group"
43  import="net.sf.basedb.core.Project"
44  import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
45  import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
46  import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
47  import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
48  import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
49  import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
50  import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
51  import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
52  import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
53  import="net.sf.basedb.util.Values"
54  import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
55  import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
56  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
57  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
58  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
59  import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
60  import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
61  import="java.util.Map"
62  import="java.util.Collections"
63  import="java.util.Date"
64  import="java.util.Set"
65%>
66<%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
67<%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
68<%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
69<%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
70<%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
71<%!
72  private static final Item itemType = Item.ANNOTATIONTYPE;
73  private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
74%>
75<%
76final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
77final String ID = sc.getId();
78final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
79final int itemId = cc.getId();
80final float scale = Base.getScale(sc);
81final DbControl dc = sc.newDbControl();
82try
83{
84  Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
85
86  String title = null;
87  AnnotationType annotationType = AnnotationType.getById(dc, itemId);
88 
89  final boolean writePermission = annotationType.hasPermission(Permission.WRITE);
90  final boolean deletePermission = annotationType.hasPermission(Permission.DELETE);
91  final boolean sharePermission = annotationType.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
92  final boolean setOwnerPermission = annotationType.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
93  final boolean isOwner = annotationType.isOwner();
94  final boolean isRemoved = annotationType.isRemoved();
95  final boolean isUsed = isRemoved && annotationType.isUsed();
96  final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
97  Formatter dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
98  JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, annotationType);
99  ExtensionsInvoker invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
100  %>
101  <base:page title="<%=title%>">
102  <base:head scripts="tabcontrol.js ,table.js" styles="toolbar.css,table.css,headertabcontrol.css,path.css">
103    <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
104    <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
105    <script language="JavaScript">
106    function editItem()
107    {
108      Main.viewOrEditItem('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, true);
109    }
110    function shareItem()
111    {
112      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=ShareItem&item_id=<%=itemId%>', 'ShareAnnotationType', 600, 400);
113    }
114    function deleteItem()
115    {
116      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=DeleteItem&item_id=<%=itemId%>');
117    }
118    function restoreItem()
119    {
120      location.replace('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=RestoreItem&item_id=<%=itemId%>');
121    }
122    function deleteItemPermanently()
123    {
124      Main.deleteItemPermanently('<%=ID%>', true, '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>, '&callback=itemDeleted');
125    }
126    function itemDeleted()
127    {
128      Main.listItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>');
129    }
130    function showUsingItems()
131    {
132      Main.showUsingItems('<%=ID%>', '<%=itemType.name()%>', <%=itemId%>);
133    }
134    function setOwner()
135    {
136      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd=SetOwnerOfItem&item_id=<%=itemId%>', 'SetOwnerOfItem', 450, 150);
137    }
138    function runPlugin(cmd)
139    {
140      Main.openPopup('index.jsp?ID=<%=ID%>&cmd='+cmd+'&item_id=<%=itemId%>', 'RunPlugin'+cmd, 740, 540);
141    }
142    </script>
143  </base:head>
144  <base:body>
145    <p>
146    <p:path>
147      <p:pathelement title="Annotation types" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" />
148      <p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(annotationType.getName())%>" />
149    </p:path>
150   
151    <t:tabcontrol id="main" active="properties">
152    <t:tab id="properties" title="Properties">
153   
154    <tbl:toolbar
155      >
156      <tbl:button 
157        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
158        image="<%=writePermission ? "edit.gif" : "edit_disabled.gif"%>" 
159        onclick="editItem()" 
160        title="Edit&hellip;" 
161        tooltip="<%=writePermission ? "Edit this annotation type" : "You do not have permission to edit this annotation type"%>" 
162      />
163      <tbl:button 
164        disabled="<%=deletePermission ? false : true%>" 
165        image="<%=deletePermission ? "delete.gif" : "delete_disabled.gif"%>" 
166        onclick="deleteItem()" 
167        title="Delete"
168        visible="<%=!annotationType.isRemoved()%>"
169        tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this annotation type" : "You do not have permission to delete this annotation type"%>" 
170      />
171      <tbl:button 
172        disabled="<%=writePermission ? false : true%>" 
173        image="<%=writePermission ? "restore.gif" : "restore_disabled.gif"%>" 
174        onclick="restoreItem()" 
175        title="Restore"
176        visible="<%=annotationType.isRemoved()%>"
177        tooltip="<%=writePermission ? "Restore this annotation type" : "You do not have permission to restore this annotation type"%>" 
178      />
179      <tbl:button 
180        disabled="<%=sharePermission ? false : true%>"
181        image="<%=sharePermission ? "share.gif" : "share_disabled.gif"%>"
182        onclick="shareItem()" 
183        title="Share&hellip;" 
184        tooltip="<%=sharePermission ? "Share this annotation type to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this annotation type"%>"
185      />
186      <tbl:button 
187        disabled="<%=setOwnerPermission ? false : true%>"
188        image="<%=setOwnerPermission ? "take_ownership.png" : "take_ownership_disabled.png"%>"
189        onclick="setOwner()" 
190        title="Set ownership&hellip;"
191        tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Set owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
192      />
193      <tbl:button 
194        image="import.gif" 
195        onclick="runPlugin('ImportItem')" 
196        title="Import&hellip;" 
197        tooltip="Import data" 
198        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
199      />
200      <tbl:button 
201        image="export.gif" 
202        onclick="runPlugin('ExportItem')" 
203        title="Export&hellip;" 
204        tooltip="Export data" 
205        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
206      />
207      <tbl:button 
208        image="runplugin.gif" 
209        onclick="runPlugin('RunPlugin')" 
210        title="Run plugin&hellip;" 
211        tooltip="Run a plugin" 
212        visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
213      />
214      <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
215        wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
216      <tbl:button
217        image="help.gif"
218        onclick="<%="Main.openHelp('" + ID +"', 'annotationtype.view.properties')"%>"
219        title="Help&hellip;"
220        tooltip="Get help about this page"
221      />
222      </tbl:toolbar>
223    <div class="boxedbottom">
224      <div class="itemstatus">Permissions on this item: <i><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(annotationType)%></i></div>
225      <%
226      if (annotationType.isRemoved() || annotationType.isShared())
227      {
228        %>
229        <div class="itemstatus">
230          <base:icon 
231            image="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleted.gif" : "deleted_disabled.gif"%>"
232            onclick="<%=deletePermanentlyPermission ? "deleteItemPermanently()" : null%>"
233            tooltip="<%=deletePermanentlyPermission ? "Permanently delete this item" : null%>"
234            visible="<%=isRemoved%>"> This item has been flagged for deletion<br></base:icon>
235          <base:icon image="used.gif" 
236            onclick="showUsingItems()"
237            tooltip="Show the items that are using this one"
238            visible="<%=isUsed%>"> This item is used by other items and can't be permanently deleted<br></base:icon>
239          <base:icon image="shared.gif" 
240            visible="<%=annotationType.isShared()%>"> This item is shared to other users, groups and/or projects</base:icon>
241        </div>
242        <%
243      }
244      %>
245      <table class="form" cellspacing=0>
246      <tr>
247        <td class="prompt">Name</td>
248        <td><%=HTML.encodeTags(annotationType.getName())%></td>
249      </tr>
250      <tr>
251        <td class="prompt">Registered</td>
252        <td><%=dateFormatter.format(annotationType.getEntryDate())%></td>
253      </tr>
254      <tr>
255        <td class="prompt">External ID</td>
256        <td><%=HTML.encodeTags(annotationType.getExternalId())%></td>
257      </tr>
258      <tr>
259        <td class="prompt">Value type</td>
260        <td><%=annotationType.getValueType()%></td>
261      </tr>
262      <tr>
263        <td class="prompt">Default unit</td>
264        <td><base:propertyvalue item="<%=annotationType%>" property="quantity" />
265          <base:icon image="submenu.gif" style="vertical-align: baseline;"/>
266          <base:propertyvalue item="<%=annotationType%>" property="defaultUnit" />
267        </td>
268      </tr>
269      <tr>
270        <td class="prompt">Enumeration</td>
271        <td><%=annotationType.isEnumeration() ? 
272          HTML.encodeTags(Values.getString(annotationType.getValues(), ", ", true, 
273            annotationType.getValueType() == Type.DATE ? dateFormatter : null)) : "no"%></td>
274      </tr>
275      <tr>
276        <td class="prompt">Default value</td>
277        <td><%=HTML.encodeTags(annotationType.getDefaultValue())%></td>
278      </tr>
279      <tr>
280        <td class="prompt">Multiplicity</td>
281        <td><%=annotationType.getMultiplicity() == 0 ? "<i>- unlimited -</i>" : annotationType.getMultiplicity()%></td>
282      </tr>
283      <tr>
284        <td class="prompt">Required by MIAME</td>
285        <td><%=annotationType.isRequiredForMiame() ? "yes" : "no"%></td>
286      </tr>
287      <tr>
288        <td class="prompt">Protocol parameter</td>
289        <td><%=annotationType.isProtocolParameter() ? "yes" : "no"%></td>
290      </tr>
291      <tr>
292        <td class="prompt">Items</td>
293        <td><%=Values.getString(annotationType.getEnabledItems(), ", ", true)%></td>
294      </tr>
295      <tr>
296        <td class="prompt">Owner</td>
297        <td><base:propertyvalue item="<%=annotationType%>" property="owner" /></td>
298      </tr>
299      <tr valign="baseline">
300        <td class="prompt">Description</td>
301        <td><%=HTML.niceFormat(annotationType.getDescription())%></td>
302      </tr>
303      </table>
304     
305
306      <%
307      ItemQuery<AnnotationTypeCategory> categoryQuery = 
308        annotationType.getCategories();
309      categoryQuery.include(Include.ALL);
310      categoryQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
311      ItemResultList<AnnotationTypeCategory> categories = categoryQuery.list(dc);
312     
313      if (categories.size() == 0)
314      {
315        %>
316        <h4>Categories</h4>
317        This annotation type isn't a member of any category (or, you don't have permission to view them).
318        <%
319      }
320      else
321      {
322        %>
323        <h4 class="docked">Categories</h4>
324        <tbl:table
325          id="members"
326          clazz="itemlist"
327          columns="all"
328          >
329        <tbl:columndef 
330          id="name"
331          title="Name"
332        />
333        <tbl:columndef 
334          id="description"
335          title="Description"
336        />
337        <tbl:data>
338          <tbl:columns>
339          </tbl:columns>
340          <tbl:rows>
341          <%
342         
343          for (AnnotationTypeCategory category : categories)
344          {
345            %>
346            <tbl:row>
347              <tbl:cell column="name"><base:icon 
348                  image="deleted.gif" 
349                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
350                  visible="<%=category.isRemoved()%>"
351                /><%=Base.getLinkedName(ID, category, false, true)%></tbl:cell>
352              <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(category.getDescription())%></tbl:cell>
353            </tbl:row>
354            <%
355          }
356          %>
357          </tbl:rows>
358        </tbl:data>
359        </tbl:table>
360        <%
361      }
362
363      // Tables with users/groups/projects that this item is shared to
364      MultiPermissions mp = new MultiPermissions(Collections.singleton(annotationType));
365      ItemResultIterator<User> users = mp.getUsers().iterate(dc);
366      ItemResultIterator<Group> groups = mp.getGroups().iterate(dc);
367      ItemResultIterator<Project> projects = mp.getProjects().iterate(dc);
368     
369      if (users.hasNext() || groups.hasNext() || projects.hasNext())
370      {
371        %>
372        <h4 class="docked">Shared to</h4>
373        <tbl:table 
374          id="itemsSharedTo"
375          clazz="itemlist"
376          columns="all"
377        >
378          <tbl:columndef 
379            id="itemType"
380            title="Item type"
381          />
382          <tbl:columndef 
383            id="name"
384            title="Name"
385          />
386          <tbl:columndef 
387            id="permissions"
388            title="Permissions"
389          />
390          <tbl:data>
391            <tbl:columns>
392            </tbl:columns>
393            <tbl:rows>
394            <%
395            while(projects.hasNext())
396            {
397              Project project = projects.next();
398              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(project).values().iterator().next();
399              %>     
400              <tbl:row>
401                <tbl:cell column="itemType"><%=project.getType()%></tbl:cell>
402                <tbl:cell column="name"><base:icon 
403                  image="deleted.gif" 
404                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
405                  visible="<%=project.isRemoved()%>"
406                /><%=Base.getLinkedName(ID, project, false, true)%></tbl:cell>
407                <tbl:cell column="permissions">
408                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
409                </tbl:cell>
410              </tbl:row>
411              <%
412            }
413            while(groups.hasNext())
414            {
415              Group group = groups.next();
416              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(group).values().iterator().next();
417              %>
418              <tbl:row>             
419                <tbl:cell column="itemType"><%=group.getType()%></tbl:cell>
420                <tbl:cell column="name"><base:icon 
421                  image="deleted.gif" 
422                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
423                  visible="<%=group.isRemoved()%>"
424                /><%=Base.getLinkedName(ID, group, false, true)%></tbl:cell>
425                <tbl:cell column="permissions">
426                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
427                </tbl:cell>
428              </tbl:row>
429              <% 
430            }
431            while (users.hasNext())
432            {
433              User user = users.next();
434              Set<Permission> permissions = mp.getPermissions(user).values().iterator().next();
435              %>
436              <tbl:row>             
437                <tbl:cell column="itemType"><%=user.getType()%></tbl:cell>
438                <tbl:cell column="name"><base:icon 
439                  image="deleted.gif" 
440                  tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
441                  visible="<%=user.isRemoved()%>"
442                /><%=Base.getLinkedName(ID, user, false, true)%></tbl:cell>
443                <tbl:cell column="permissions">
444                  <%=PermissionUtil.translatePermissionsToString(permissions)%>
445                </tbl:cell>
446              </tbl:row>
447              <%
448            }
449            %>
450            </tbl:rows>
451          </tbl:data>
452        </tbl:table>
453        <%
454      }
455      else
456      {
457        %>
458        <h4>Shared to</h4>
459        This annotation type is not shared
460        (or, you don't have permission to view the ones it is shared to).
461        <%
462      }
463      %>
464     
465    </div>
466      </t:tab>
467      </t:tabcontrol>
468
469  </base:body>
470  </base:page>
471  <%
472}
473finally
474{
475  if (dc != null) dc.close();
476}
477
478%>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.